Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398737.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_202.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32204
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 6985 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:854 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 180--1125 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
170 NNNNNNNNNN
* ** ** * * *
180 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAGCAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTT-GCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG
* * * * * *
245 AAA--CATTAAGAAAAAGGC-AATCATTG-GCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
64 AAATGC-GTAA-AAAAA-GCTAGTCATTGAG-AAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
306 GAAAGACTTATTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATT
125 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
********* ** * * *
351 GATTTTAANNNNNNNNNNTTTGCATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CATGCCTTCA
1 GATTTTAA-GTTGAATTTTTTTAATTT-TTGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTT-A
** * * * * *
415 A-AAATGTATAAAAAAA-ATCATTCATTGAGAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
62 AGAAATGCGTAAAAAAAGCT-AGTCATTGAGAAGAAAA-CTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
477 AAAAGCATTATTACTTAG-TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT
125 AAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
****** * *
522 GATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNCTTT--TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
1 GATTTTAAGTTG-----AATTTTTTTAATTTTTGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * ** **********
585 AAGAAACATGC--AAAACAGGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTTTATTTANNNNNNNNNNTTCCTT
61 AAG-AA-ATGCGTAAAAAAAGCTAGTCATTGAGAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
648 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTGATATTGGTTTATAATCACATAATC
124 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
*
694 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTTGCTAAAATAGACTATAATTGAAT-T-TTCACTTAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATT-TTTGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGC-CTT-A
* * *
757 AGAAATGCG-AAGAAAAATGC-AGTCGTTG-GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTTACCCATTCCT
62 AGAAATGCGTAA-AAAAA-GCTAGTCATTGAG-AAGAAAA-CTCAATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *****
818 TCAGAATCCTTCTTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCANNNNN
123 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
***** * * *
865 NNNNNTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-A--TTTTTGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
* * * *
930 GAAATGTGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAACTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAA
63 GAAATGCGTAAAAAAAGCTAGTCATTGAGAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
995 AGCTTTATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTTATAATT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
* * * *
1037 GATTTTAAGTTGAACTTTTTTGTAATTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAG
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TAATTTTTGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG
* * * *
1102 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCAT
64 AAATGCGTAAAAAAAGCTAGTCAT
1126 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 143, Indels: 88
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
169 6 0.01
170 16 0.03
171 291 0.49
172 231 0.39
173 27 0.05
174 7 0.01
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAA
ATGCGTAAAAAAAGCTAGTCATTGAGAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATC
Found at i:2332 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1526--2577 Score: 870
Period size: 170 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
1516 NNNNNNNNNA
* * * *
1526 TGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGACAAT
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * ** * * *
1591 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-ATAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
65 AATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAA-AAAAGTCCATTTAT
* **********
1655 AGTCACTCATTCCTTTAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT
129 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
1696 TATTTTATAATCTCAAAATTTATTTCAAGTTAAATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTA
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* * * * *
1760 TAATCGACTGCCTACCTCGAGAAACATGT-AAAAAAACCATTCATTGAGGAAAAAAGTCGATTTA
64 TAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTGA-GAAAAAAGTCCATTTA
*
1824 TAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
128 TAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ** ** *
1866 TGTTTGATAATATCATAATTGATTTTAAATTGGATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * *
1931 AATTGAATGTCTGCCTTGTGAAACGTGCAAAAAAAGCTACTCGTTGAGAAAAAAGTCCATTTATA
65 AATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATA
* * *
1996 GTCACGCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGATAT
130 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * **
2035 TGTTTTATAATGTCATAAATGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTACCTAAAACAGACTAT
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
** ** * **********
2100 AATTGAAT-TTTTACTTGGAGAAACGTG-AAGAAAAATNNNNNNNNNNGCA-AAAAAAGTCCATT
65 AATTGAATGCCTGCCTT-GAGAAACATGTAA-AAAAA-ACCATTCATTG-AGAAAAAAGTCCATT
* * *
2162 TATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTGGCTTTCAAT
126 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
2206 TATTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATGTTTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGACTA
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* * *
2270 TAATTGAATGCCTGTCTTGAAAAATATGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAAAAATGTCCATTTA
64 TAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAAAAA-GTCCATTTA
* * * *
2335 TAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTGCTCACTTTAAAT
128 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********* * *
2377 TGTTTTATAATCTTATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAACAGATTA
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* * * * * *
2440 CAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTTC-TTG-GTAAGAAAAGTCCATT
64 TAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAAACCA-TTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATT
* * *
2503 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAAA
126 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
2547 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 TGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTT
2578 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 161, Indels: 52
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 123 0.18
170 335 0.48
171 213 0.31
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
ATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
Found at i:3027 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2732--3145 Score: 497
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
2722 NNNGAATGTG
* * *
2732 AAAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCATATT
1 AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCATATT
*
2797 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTATATATTTTTAGC
66 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTATATATTTTTAGC
* * * * *
2862 TAAAACAAACTATAATTGAATTTTTA-CTGGAAGAAAGATGA
131 TAAAACAAACTATAA-TCAAATGTTACCTCG-AGAAACATGA
** * * * * *
2903 TGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAATGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATT
1 AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCATATT
********** * *
2968 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGC
66 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTATATATTTTTAGC
*
3033 TAAAACAGACTATAATCAAATGTTACCTCGAGAAACATGA
131 TAAAACAAACTATAATCAAATGTTACCTCGAGAAACATGA
* * * *
3073 AAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
1 AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCATATT
*
3138 ACTCGCTT
66 ACTTGCTT
3146 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 40, Indels: 3
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 78 0.39
171 124 0.61
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAAGCCATATT
ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTATATATTTTTAGC
TAAAACAAACTATAATCAAATGTTACCTCGAGAAACATGA
Found at i:4935 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4570--5212 Score: 481
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
4560 NNNNNAGCTG
* * * * * * ** * *
4570 AATTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTGTAATCGAATGACTATCTCGAGAAACATGTAAAA
1 AATTTTTCTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAAA
** * * * *****
4634 AAATTATTCATTGAGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNN
65 AAAACATTCGTTG-GCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
***** * * * * *
4698 NNNNNAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTG
129 GCTTGAAAATGTTATATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTA
* ** * * * *
4739 AATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACTTGCAAAA
1 AATTTTTCTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAAA
* * *
4804 AAAAGCTACTCGTTGTG-AA-AAAAGTCCATTTATATTTACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTAC
65 AAAA-C-ATTCGTTG-GCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *********** * *
4866 TCGCTTGATATTGTNNNNNNNNNNCATGATTGATTTTATGTTA
127 TCGCTTGAAAATGTTATATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTA
* *
4909 AATTTTTCTACATTTTTGGATAAAACAGACTATAATTAAAT-TTT-CACTTAGAGAAACATGAAG
1 AATTTTTCTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTT-GAGAAACATGAA-
* * ** *
4972 AAAAATACATTCGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAATCCTTATTAC
63 AAAAA-ACATTCGTTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
5037 TCACTTTAAAATGTTATATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG
127 TCGCTTGAAAATGTTATATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
5080 AATTTTTTTACATCTTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAAAA
1 AATTTTTCTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAAA
* * *
5145 AAAACATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
65 AAAACATTCGTTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
5210 CTT
130 CTT
5213 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 97, Indels: 25
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 38 0.10
170 192 0.53
171 116 0.32
172 15 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AATTTTTCTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAA
AAACATTCGTTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTGAAAATGTTATATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTA
Found at i:5809 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 5633--6221 Score: 446
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 166
5623 NNNNNNNNNN
* * *
5633 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGCTAAAACAG
1 TTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGG-TAAAACAG
* * * * **
5698 ACTATAATTAAATTTTTACTTGGAGAAACATGACAAAGAACACATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCA
65 ACTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATG--AAACAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
5763 TTTATGGTCACCCATTT-CTTCCAAAGTCATATTACTCGCT
127 TTTATAGTCACCC-TTTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACT
********** *
5803 TTAAATTGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAAGGTAAAATA
1 TTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT--GGTAAAACA
* * **
5868 GACTATAATCAAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
64 GACTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAACAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
5933 TATAGTCACCCTTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACT
129 TATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACT
* * * * *
5971 TTAAATTGTTTTATAATCCCAAAAGTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAAAATTCTGGTTAAAACA
1 TTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTGG-TAAAACA
* * * * * * * **
6036 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGCAAA-AAAGCTATTCA-TGGAGAAGAAAAGNN
64 GACTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATG-AAACAAA-C-ATTCATTGG-CAAGAAAAGTC
******** * * * *
6099 NNNNNNNNGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCT
125 CATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACT
* * * * ** *
6141 TTAAATGGTTTTATAAACTCATAATCCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGG-TAAAACA
6206 GACTATAATTAAATGT
64 GACTATAATTAAATGT
6222 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 82, Indels: 20
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.02
168 116 0.35
169 19 0.06
170 150 0.46
171 35 0.11
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
TTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTAAAACAGA
CTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAACAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACT
Found at i:5979 original size:168 final size:159
Alignment explanation
Indices: 5657--5984 Score: 331
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
5647 AATCTCATAA
* * * *
5657 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGCTAAAACAGACTATAATTAAATTTTTACTTGGA
1 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGCTAAAACAGACTATAATCAAATGTTTACCTCGA
* ** * *
5722 GAAACATGACAAAGAACACATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTTCTTCCAA
66 GAAACATGA-AAACAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAA
* *
5787 AGTCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
130 AGCCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
* *
5817 NNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAAGG-TAAAATAGACTATAATCAAA
1 ----------TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT--GGCTAAAACAGACTATAATCAAA
* **
5881 TGTTTACCTCGAGAAACATG-AAACAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCC
54 TGTTTACCTCGAGAAACATGAAAACAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
5944 -TTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTAT
119 ATTT-CTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
5985 AATCCCAAAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.02
168 62 0.46
169 5 0.04
170 29 0.21
171 35 0.26
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (159 bp):
TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGCTAAAACAGACTATAATCAAATGTTTACCTCGA
GAAACATGAAAACAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAA
GCCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
Found at i:6755 original size:168 final size:160
Alignment explanation
Indices: 6446--6758 Score: 326
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
6436 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6446 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCTCCATGAATAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAGGGGTGACCACAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGC
* * * *
6511 TTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAGAATTTTAAAAAAA
66 TTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* *
6576 TTTAGCTTAAAATCACTTTTGGGATTATAA
131 TTCAACTTAAAATCACTTTTGGGATTATAA
**
6606 ANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAGGGGTGAGTACAAATGAACTTTTCTTGC-
1 A----------GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAGGGGTGACCACAAATGAACTTTTCTT-CT
* ** * * *
6670 CAATGAAT-GCTTTTTT-CATGTTTCTCGAGGTAAACATTTGATTATAGTCTATTTTAGCTAAAA
55 CAATGAATAGCTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
6733 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
120 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
6759 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 14
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
168 61 0.50
169 8 0.07
170 51 0.42
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAGGGGTGACCACAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGC
TTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCACTTTTGGGATTATAA
Found at i:6922 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6322--8823 Score: 1439
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 170
6312 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6322 TTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTACAGTATGTTTT
1 TTCTTGCCAACGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTT
* * * * ********** *
6387 AGCCAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAG
65 AGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAG
* * *
6452 TAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACCATAAATGGACTT
130 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * *
6493 TTCTT-CTCCATGAATAGCTTTTT-TGCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTCTT
1 TTCTTGC-CAACGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAAAAATTTAATTATAGTCTATT
* * * * * * * * ** ********** *
6555 TTAACCAGAATTTTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCACTTTTGGGATTATAAANNNNNNNNNNGCG
63 TTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCA
* * * *
6620 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAGGGGTGAGTACAAATGAACTT
128 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * *
6663 TTCTTGCCAATGAATGC-TTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTGATTATAGTCTATTTTA
1 TTCTTGCCAACGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTA
* * ********** *
6726 GCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACAATTTAAAGCGAGT
66 GCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGT
* * *
6791 AATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAAT-AGACAT
131 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
* * *
6831 TTCTTGCCAACGAATGCGTTTTTCGTCATGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTGTTTT
1 TTCTTGCCAACGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTT
*
6896 AGCCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAG
65 AGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAG
* * **********
6961 TAATAAAGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATNNNNNNNNNN
130 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * ** * * * * ** *
7002 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTTTTTACATTTCTTGAGGTGAACATTCGATTTTAGTCTATTT
1 TTCTTGCCAACGAATG--CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTT
* * * * *
7067 TAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATATTTTAAAGCAA
64 TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAA
* * *
7132 GTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGAACTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * *
7174 TTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTTAATTATAGTCTGTTTT
1 TTCTTGCCAACGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTT
* **************** * * * *
7239 AGCCAAAAATGTAGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACAATATCAAGCGAG
65 AGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAG
*
7304 TAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTAACTATAAAT-AGACTT
130 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
* * * * * * *
7344 TT-TT-CACAACGAGTAGCTTTTTTTTACAAGTTTCAC-AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGT
1 TTCTTGC-CAACGAAT-GCTTTTTCTT-CATGTTTCTCGAA-GTAAAAATTTAATTATAGTCTAT
* * * *
7406 TTTAACAAAAAAT-AAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
62 TTTAGCCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAG
** *
7470 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
126 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * *** ** *
7515 TT-TTCCACAATGAATGGTTTTTTTTACATGTTTCTCGAGGTAGTCATTCCATTACAGTCT-TTT
1 TTCTTGC-CAACGAATGCTTTTTCTT-CATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTT
* * * * * *
7578 TAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAT
64 TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAA
* * *
7643 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * ** * * * *
7685 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACT-TTTCTTTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
1 TTCTTGCCAACGAATG-CTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTT
* * * * * *
7749 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTGTGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCG
64 TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACA-TTATAAAACAATTTAAAGCA
* * * *
7813 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACAT
128 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * * *
7856 TTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 TTCTTGC-CAACGAAT-GCTTTTTCTT-CATGTTTCTCGA-AGTAAAAATTTAATTATAGTCTAT
* * * * * * ***********
7919 TTTA-ACTAAGATTTCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGANNNNNNNNNNTAATTTAAAG
62 TTTAGCCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAG
* * * * *
7983 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTT
126 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * * * * **
8028 TTCTTACCAATGAAT-ATATTTTTTTCATATTTCTTGATGTAGACATTCGATTATAGTCTATTTT
1 TTCTTGCCAACGAATGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTT
* * ********** *
8092 AGCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACAATTTAAAGCGAG
65 AGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAG
* * * * *
8157 TAATATGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACCATAAATGGACAT
130 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* ** * * *
8198 TTCTTGCCAACGAATATG-TTTTTCATCATGTTTCTCCTAGTAAAAGTTCAATTATAGTCTGTTT
1 TTCTTGCCAACG-A-ATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTT
********** * * *
8262 TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGA
64 TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAA
* * * *
8327 GTAATAAAGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTGTAAATGGACTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * * *
8369 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTGCT-TAACATAAACATTCAATTATTA-TCTGTT
1 TTCTTGCCAACGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAAAAATTTAATTA-TAGTCTATT
* * * * * * * *
8432 TTAGCCAAAGATGTAAACAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATATAACATTTTAAAACG
63 TTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCA
* *
8497 AGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTT
128 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
********* * * * * *
8540 TTCTTGCCANNNNNNNNNNTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAGTTATAGTCTATTTT
1 TTCTTGCCA-ACGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTT
********** * * * * *
8605 A-CCTAAAAATGTAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAATAATATCAAGCGA
65 AGCC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAA
* * **
8669 GTAATAAGGCTTTTGAA-GAATCGGTAACTATAAATGGGCTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * *
8710 TT-TT-CGCAACGAGTAGCTTTTT-TTGTAAGTTTCAT--AAGGTAAAGATTCAATTATAGTCTG
1 TTCTTGC-CAACGAAT-GCTTTTTCTT-CATGTTTC-TCGAA-GTAAAAATTTAATTATAGTCTA
* * * * *
8770 TTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
61 TTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
8824 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1826, Mismatches: 448, Indels: 117
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 157 0.09
169 75 0.04
170 517 0.28
171 800 0.44
172 275 0.15
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTCTTGCCAACGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTATTTTA
GCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
Found at i:7499 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 6620--8540 Score: 1614
Period size: 513 Copynumber: 3.8 Consensus size: 508
6610 NNNNNNNGCG
* * ** * *
6620 AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAAGGGGTGAGTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTT
* * ** * * * *
6683 T-TTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTGATTATAGTCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTCTCTAAGTAAA-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTT
* ********** *
6747 AACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACAATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATG
129 AACTTAAAATTAATTATGAATTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* ** *
6812 GGTGACCATAAATAGACATTTCTTGCCAACGAAT-GCGTTTTTCGTCATGTTTCTCCAA-GTAAA
194 GGTGACCATAAATAGACATTT-TTTCCAACGAATAGC-TTTTTTTTCATGTTTC-ACAAGGTAAA
* * * *
6875 AATTTAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAA-A-TCAACTTAAAATCAATTATGAC
256 CATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAA-ATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAC
* * * *********
6938 ATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATNNNNNNNNNNT
319 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AAAGGAACTT
* * *
7003 TCTTGCCAATGAATGATTTTTTTTTTTACATTTCTTGAGGT-GAACATTCGATTTTAGTCTATTT
383 TCTTACCAATGAATGA-TATTTTTTTTACATTTCTTGAGGTAG-ACATTCGATTATAGTCTATTT
* * *
7067 TAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATATTTTAAAGCA
446 TAGCCAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCA
* *
7131 AGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGC-TTTT
* * ***
7196 TCTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTTAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAGAAAAANNN
65 TCTTCATGTTTCTCTAAGT-AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTT
************* * *
7261 NNNNNNNNNNNNNTTATGAGA-TTATAAAACAATATCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAT
129 AACTTAAAATTAATTATGA-ATTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * *
7324 GGGTAACTATAAATAGAC-TTTTTTCACAACGAGTAGCTTTTTTTTACAAGTTTCACAAGGTAAA
193 GGGTGACCATAAATAGACATTTTTTC-CAACGAATAGCTTTTTTTT-CATGTTTCACAAGGTAAA
*
7388 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
256 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACAT
* * *
7453 TATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTT
321 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA-GGAACTTTC
* * * * * *
7517 TTCCACAATGAATG--GTTTTTTTTACATGTTTCTCGAGGTAGTCATTCCATTACAGTCT-TTTT
385 TTAC-CAATGAATGATATTTTTTTTACA--TTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTATTTT
* * *
7579 AACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCA
447 AGCCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCA
* * *
7642 TGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATG-CTTT
* * *
7706 TTCTTCACT-TTTCTTTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
64 TTCTTCA-TGTTTCTCTAAGTA-AAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
7770 TTAACTTAAAATTAATTGTGAATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
127 TTAACTTAAAATTAATTATGAATTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
7835 TGGGTGACCATAAATGGACATTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCATGGTAG
192 TGGGTGACCATAAATAGACATTTTTTC-CAACGAATAGCTTTTTTTT-CATGTTTCACAAGGTAA
* * ** *
7900 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAGATTTCAAAAAAAT-TT-AACTTAAAATCAATTTTGA
255 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAAT-AAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*********** * *
7963 NNNNNNNNNNTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGAGACTATAAATGG-ACT
318 CATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA-GGAAC-
* * *
8027 TTTCTTACCAATGAAT-ATATTTTTTTCATATTTCTTGATGTAGACATTCGATTATAGTCTATTT
381 TTTCTTACCAATGAATGATATTTTTTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTATTT
* * ********** *
8091 TAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACAATTTAAAGCG
446 TAGC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCA
* ** *
8155 AGTAATATGGCTTTTG-AAGAAATGGGTGACCATAAATGGACATTTCTTGCCAACGAATATG-TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAACG-A-ATGCTT
*
8218 TTTCATCATGTTTCTCCT-AGTAAAAGTTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTTCT-CTAAGTAAAA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAA
* ********** * *
8282 TTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGA-TCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
126 TTTAACTTAAAATTAATTATGA-ATTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** * * * ** **
8346 AATTGGTGACTGTAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTTTTCATGTTGCTTAACA
190 AATGGGTGACCATAAATAGACATTTT-TT-CCAACGAATAG-CTTTTTTTTCATGTTTCACAAGG
* * * * * *
8409 TAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAGCCAAAGATGTAAACAA-ATTAAACTTAAAATCAATTA
252 TAAACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * *
8472 TGAGATTATATAACATTTTAAAACGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAA
315 TGACATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAGGAA
8537 CTTT
380 CTTT
8541 TCTTGCCANN
Statistics
Matches: 1132, Mismatches: 231, Indels: 94
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 16 0.01
511 279 0.25
512 206 0.18
513 509 0.45
514 108 0.10
515 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTT
CTTCATGTTTCTCTAAGTAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
CTTAAAATTAATTATGAATTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
TGACCATAAATAGACATTTTTTCCAACGAATAGCTTTTTTTTCATGTTTCACAAGGTAAACATTC
AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAA
AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAGGAACTTTCTTACCA
ATGAATGATATTTTTTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAT
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCA
Found at i:7547 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6446--8823 Score: 1631
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 338
6436 NNNNNNNNNN
* * *
6446 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCTCC-ATGAAT-A
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTC-CCAACGAATGA
* * * * * * *
6509 GCTTTTTTGCATGTTTCTC-AAG-GTAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAGAATTTTAAA
64 -TTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGTG-AAA-ATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACCAAAAATGTAAA
* * * * * ********** *
6572 AAAATTTAGCTTAAAATCACTTTTGGGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
125 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * **
6637 AGGAAGGGGTGAGTACAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GC--TTTTTTCATGTTTCTCGA
190 AGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAATAGCTTTTTTTTCAAGTTTCTTAA
** * * * *
6698 GGTAAACATTTGATTATAGTCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTN
254 GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*********
6763 NNNNNNNNNAAAACAATTTAA
318 TGAGATTATAAAACAATTTAA
* * * * * *
6784 AGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACATTTCTTGCCAACGAATGCG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTCCCAACGAATG-A
** * * *
6849 TTTTTCGTCATGTTTCTCCAAGTAAAAATTTAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAA
64 TTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
6914 AATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTTAAGG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ********** ** * *
6979 AATGGGTGACTATNNNNNNNNNNTTCTTGC-CAATGAATGATTTTTTTTTTTACA-TTTCTTGAG
193 AATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAAT-AGCTTTTTTTTCA-AGTTTCTTAAG
* * * * * * * * *
7042 GTGAACATTCGATTTTAGTCTATTTTAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
255 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
7107 GAGATTATAAAATATTTTAA
319 GAGATTATAAAACAATTTAA
* * * * * *
7127 AGCAAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAACGAATGCA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCCCAACGAATG-A
* * *
7192 TTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTTAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAGAAAA
64 TTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAA
**************** * *
7257 ANNNNNNNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACAATATCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-G
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * **
7321 AATGGGTAACTATAAATAGACTTTT-TTCACAACGAGTAGCTTTTTTTTACAAGTTTCACAAGGT
193 AATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTT-CAAGTTTCTTAAGGT
7385 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGA
257 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
7450 GATTATAAAACAATTTAA
321 GATTATAAAACAATTTAA
* * *
7468 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCACAATGAATGGT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCC-CAACGAATGAT
* * ** * * *
7533 TTTTTTTACATGTTTCTCGAGGT-AGTCATTCCATTACAGTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAAA
65 TTTTTTT-CATGTTTCTCTAAGTGA-AAATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACCAAAAATGTAAAAA
* * *
7596 AATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTTAAA
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAA
* * * **
7660 GGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACTTTTCTTTA
191 GGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCA-CAATGAATAG-CTTTTTTTTCAAGTTTC-TTA
* * * * *
7723 A-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATT
253 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
7787 GTGA-ATTTATAAAACCATTTAA
317 ATGAGA-TTATAAAACAATTTAA
* * * * * *
7809 AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACATTTCTTCTCAATGAATAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTCCCAACGAAT-GA
* * * * * * *
7874 TTTTTTTTGCATGTTTCTC-ATG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAGATTTCAAA
64 TTTTTTTT-CATGTTTCTCTAAGTG-A-AAATTCAATTATAGTCTGTTTTACCAAAAATGT-AAA
* * *********** *
7937 AAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGANNNNNNNNNNTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
125 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
*
8002 AGGAATGTG-AGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATA--TATTTTTTTCATA-TTTCT
190 AGGAATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTCA-CAATGAATAGCT-TTTTTTTCA-AGTTTCT
* * * * * * * *
8062 TGATGTAGACATTCGATTATAGTCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAN
251 TAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*********
8127 NNNNNNNNNTATAAAACAATTTAA
315 TTATGAGATTATAAAACAATTTAA
* * * * *
8151 AGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACCATAAATGGACATTTCTTGCCAACGAAT-AT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTCCCAACGAATGAT
*
8215 GTTTTTCATCATGTTTCTCCT-AGT-AAAAGTTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAA
65 -TTTTT-TTCATGTTTCT-CTAAGTGAAAA-TTCAATTATAGTCTGTTTTA-CCAAAAATGTAAA
********** * *
8278 AAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
125 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
8343 AGGAATTGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTTTTCATGTTGCTTA
190 AGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAATAG-CTTTTTTTTCAAGTTTCTTA
** * * * * * *
8406 ACATAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAGCCAAAGATGTAAACAAATTAAACTTAAAATCAAT
253 AGGTAAACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
8470 TATGAGATTATATAACATTTTAA
316 TATGAGATTATAAAACAATTTAA
* * * * * ********
8493 AACGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCANNNNNNNNN
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCCCA-ACGAATGA
* * * * *
8558 NTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAGTTATAGTCTATTTTACCTAAAAATGTAAAAAA
64 TTTTTTTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTACC-AAAAATGTAAAAAA
********** * * *
8623 ANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAATAATATCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-G
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
8687 AATCGGTAACTATAAATGGGCTTTT-TTCGCAACGAGTAGCTTTTTTTGT-AAGTTTCATAAGGT
193 AATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTT-TCAAGTTTCTTAAGGT
* *
8750 AAAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG
257 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
8815 ATTATAAAA
322 ATTATAAAA
8824 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
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343 338 0.21
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCAACGAATGATT
TTTTTTCATGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
GGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTTCAAGTTTCTTAAGGTAAAC
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACAATTTAA
Found at i:16449 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16134--17208 Score: 714
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 168
16124 GTTTCTCCAA
* * * *
16134 GTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTAGGCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
16199 GAAATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
66 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTAA-TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-
* *
16264 TTTTGTTCCCAATGAATGATTTTTTTTTACATTTCTTAAG
129 TTTTTTTTCCAATGAATGATTTTTTTTTACATTTCTTAAG
* * * * * *
16304 GTAAACATTCGATTAAAGACTGTTTTAGTCAAAGATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
16369 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAT
66 GAGATTATAAAACAATTTAAAGT-AATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAT
* *
16434 TTTTTTTCTCAATGAAT-A-GTTTTTTTACATGTTTTTCAAG
130 TTTTTTTC-CAATGAATGATTTTTTTTTACAT-TTCTT-AAG
* * * * *
16474 GCAAACATTCAACTATAGTCTGTTTTA-ACTAAAAATTTAAAAAAAAAAATT-AACTTAATATCG
1 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGAC-AAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
16537 ATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAA
61 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-TAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * ***
16602 TGGACTTTTGTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACATTTC-CGGG
125 TGGA-TTTTTTTTCCAATGAATGATTTTTT-TTTACATTTCTTAAG
* * * * *
16647 GTAAACATTCTATTATAGTCTGTTTAAGCCAAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
******** * * *
16712 GAGATTATAAAAC-ATTNNNNNNNNNNTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
66 GAGATTATAAAACAATT--TAAAGTAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATG-G
* * * * * *
16776 ATTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTCCAA-
128 ATTTTTTTTCCAATGAATG-ATTTTTTTTTACATTTCT-TAAG
********** *
16818 GTGAAA-ATTCAATTATAGTCTGTTTTNNNNNNNNNNGTAAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATT
1 GT-AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT
** * * * * * * *
16882 ATGAGATTATAAAGTAATATCAAGCGAGTTATAAGACTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGG
64 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-TAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * ** * **
16946 A-CTTTTTTCTGAACGAGTAGCTTTTTTTGCACGTTTCACAAG
128 ATTTTTTTTC-CAATGAAT-GATTTTTTTTTACATTTCTTAAG
* * **********
16988 GTAAACATTCAATAATAGTATGTTTTA-AC---AA---AAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
17046 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAAAC
66 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTAA-TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAT
* * *
17111 TTTTTTCCTCAATGAATG-GTTTTTTTTACATATTTCTTGAG
130 TTTTTTTC-CAATGAATGATTTTTTTTTAC--ATTTCTTAAG
** ** *
17152 GTAGTCATTCGGTTATAGTCT-TTTTA-ACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
17209 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 169, Indels: 84
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 50 0.07
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175 6 0.01
176 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACAATTTAAAGTAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATT
TTTTTTCCAATGAATGATTTTTTTTTACATTTCTTAAG
Found at i:16862 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 16172--16843 Score: 838
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 343
16162 GCAAAAATGT
*
16172 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * *
16237 TTAGGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTCCCAATGAATGATTTTTTTTTACATTTCTTA
66 TAAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTGTTCCCAATGAATGATTTTTTTTTACATTTCTCA
* * *
16302 AGGTAAACATTCGATTAAAGACTGTTTTAGTCAAAGATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATT
131 AGGTAAACATTCGATTAAAGACTGTTTAAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
16367 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
196 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA
* * * * *
16432 ATTTTTTTTCTCAATGAATAGTTTTTTTACATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAACTATAGTCTGT
261 ATTTTCTTGCTCAACGAATAGTTTTTTTACATGTTCTCCAAGGCAAACATTCAACTATAGTCTGT
16497 TTTAACTAAAAATTTAAA
326 TTTAACTAAAAATTTAAA
* * * * * *
16515 AAAAAAAATTAACTTAATATCGATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * *
16580 TAAAGGAAT-GAGTAACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACATTTC-
66 TAAAGGAATAG-GTAACTATAAATAGACTTTTGTTCCCAATGAATGATTTTTT-TTTACATTTCT
** * * * *
16643 CGGGGTAAACATTCTATTATAGTCTGTTTAAGCCAAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
129 CAAGGTAAACATTCGATTAAAGACTGTTTAAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*********
16708 TTATGAGATTATAAAAC-ATTNNNNNNNNNNTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
194 TTATGAGATTATAAAACAATT-TAAAGTGAATAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
*
16772 TGAAATTTTCTTGC-CAACGAAT-GCATTTTTCTTCACAT-TTCTCCAAGTG-AAA-ATTCAATT
258 TG-AATTTTCTTGCTCAACGAATAG--TTTTT-TT-ACATGTTCTCCAAG-GCAAACATTCAACT
16832 ATAGTCTGTTTT
317 ATAGTCTGTTTT
16844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 41, Indels: 17
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
342 5 0.02
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345 12 0.04
346 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
TAAAGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTGTTCCCAATGAATGATTTTTTTTTACATTTCTCA
AGGTAAACATTCGATTAAAGACTGTTTAAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA
ATTTTCTTGCTCAACGAATAGTTTTTTTACATGTTCTCCAAGGCAAACATTCAACTATAGTCTGT
TTTAACTAAAAATTTAAA
Found at i:17737 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17439--17759 Score: 409
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
17429 NNNNNNNNNN
* * * **
17439 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCATTTTTTGCAT
1 AGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAGCTCAATGAATAGCATTTTTTGCAT
* * *
17504 GTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATTTCAAAAAAATTTAACTTAA
66 GTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAACTAAAATATCAAAAAAATTCAACTTAA
*
17569 AATCAATTTTGAGATGATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
131 AATCAATTATGAGATGATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
17610 AGGCTTTTAAAGGGATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCAAGC-CAATGAAT-GC-TTTTTTTCA
1 AGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-AGCTCAATGAATAGCATTTTTTGCA
** * * * *
17672 TG-TTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGCTTTAGCTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACT
65 TGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAACT-AAAATATCAAAAAAATTCAACT
*
17735 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
128 TAAAATCAATTATGAGATGATAAAA
17760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.03
169 73 0.57
170 8 0.06
171 42 0.33
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAGCTCAATGAATAGCATTTTTTGCAT
GTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAACTAAAATATCAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATGATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
Found at i:18634 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18100--18655 Score: 420
Period size: 168 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
18090 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
18100 AGATTATAAAACATTTTAAACCAAGTAATAAGGAATTTGAAAGAATGAGTGACTATAAAT-GAAC
1 AGATTATAAAATAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAATGGGTGACTATAAATGGAA-
* ***
18164 TTTTCTTCC-CAACGAAT-GCATTTTTCTT-CACGTTTCTCTAATTGAAA-ATTCAATTATAGTC
64 -TTT-TTCCTCAACGAATAGC-TTTTT-TTACACGTTTCAC-AAGACAAACATTCAA-TATAG-C
* * * * *
18225 -TGTTTTAGTCA-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAG
122 ATCTTTTA-ACAGAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
18271 AGATTAT-AAATAATATCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATAATGAGTGACTATAAATGGATTT
1 AGATTATAAAATAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATGGAATT
* * * * *
18335 TTTTCTCAACGAGTAGCTTTTTTTGCATGTTTCACAAGACAAACATTCAATAATAGCATGTTTTA
66 TTTCCTCAACGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCACAAGACAAACATTCAAT-ATAGCATCTTTTA
18400 ACAGAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
130 ACAGAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** *
18438 AGATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAAT
1 AGATTATAAAATAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGAAT
* * * ** ** *
18503 TTTTCCTCAATGAATAG-TTTTTTTACACGTTTCTCGAGGTAGTCATTCGAT-TA-CAGTCTTTT
65 TTTTCCTCAACGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCACAAGACAAACATTCAATATAGCA-TCTTTT
*
18565 CAACA-ATAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATT-TG
129 -AACAGA-AAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATG
* * *
18606 AGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGT
1 AGATTATAAAATAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGAATGGGT
18656 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 61, Indels: 35
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.01
166 8 0.03
167 55 0.18
168 150 0.49
169 61 0.20
170 25 0.08
171 7 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AGATTATAAAATAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATGGAATT
TTTCCTCAACGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCACAAGACAAACATTCAATATAGCATCTTTTAA
CAGAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
Found at i:23912 original size:167 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23669--23973 Score: 456
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
23659 GCACATTCCT
* * * * * *
23669 CAAGGAAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTCACAAATAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAA
1 CAAGGAAAGCATTCAATTATAGTATACTTTAACAAATAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAA
* * *
23734 TTATGAGATTATAAAATAATATCAAGCGAGTAATAAGGTTTTTG-AAGAATGGGTGACTATAAAT
66 TTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAAT
23798 GGACTTTTCTCTCAACGAGTAGCTTTTTTTGCATGTTTTA
131 GGACTTTTCTCTCAACGAGTAGCTTTTTTTGCATGTTTTA
*
23838 CAAGGTAAA-CATTCAATTATAGTATGCTTTAACAAA-AA-ATAAAAAAATTTAACATAAAATCA
1 CAAGG-AAAGCATTCAATTATAGTATACTTTAACAAATAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCA
* * *
23900 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTGATAAGGTTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAA
65 ATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAA
23965 TGGACTTTT
130 TGGACTTTT
23974 TTTTCGTAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 13, Indels: 5
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 61 0.50
168 29 0.24
169 28 0.23
170 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAAGGAAAGCATTCAATTATAGTATACTTTAACAAATAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTCTCAACGAGTAGCTTTTTTTGCATGTTTTA
Found at i:24988 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24633--25217 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
24623 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
24633 CAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTGATACGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACCATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTCAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAA-GAATGGGTGACTATA
* * ** ** * *
24697 AATGGACTTTTCTTGCTAACGAATGCGTTTTTCATCATGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTTTTCACATTTCTCGAAGTGAAAATTCAATTATA
** * * * * *
24762 GTTTGCTTTAGACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGT
130 GACTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAAT
********** * **
24803 NNNNNNNNNNATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAATGTTTTTTG-AGAAATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTCAAGCAAGTAATAA-GGATTTTGAAG-AATGGGTGACTAT
* * * *
24867 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ATTTTTTTT-ATATTTCTCGAGGT-AAACATTCTATTA
64 AAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTTTTCACATTTCTCGAAGTGAAA-ATTCAATTA
*
24929 TAGACTGTTTTAGCCAAAGATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAAT
128 TAGACTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAAT
* * * * *
24972 CAATTATGAGATTATAAAACATTTTCAAGCAAGTAAAAAGGAATTTGAAAGAATGAGTAACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTCAAGCAAGTAATAAGGATTTTG-AAGAATGGGTGACTATA
** * *
25037 AATAAACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTTTTCACGTTTCTCTAAGTGAAAATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTTTTCACATTTCTCGAAGTGAAAATTCAATTATA
* **********
25102 GTCTGTTTTAGCCAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAAAT
130 GACTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAAT
* * * *
25143 TAATTATGAGATTATAAAACAATATCAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAA
1 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTCAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAAGAATGGGTGACTATAA
25208 ATGGACTTTT
66 ATGGACTTTT
25218 TTCTCAACGA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 83, Indels: 18
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 115 0.36
170 70 0.22
171 127 0.39
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACAATTTCAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAAGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTTTTCACATTTCTCGAAGTGAAAATTCAATTATAG
ACTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAAT
Found at i:27436 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27029--27555 Score: 397
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
27019 CATTCGTAAG
* * * ** * * *
27029 AAAAA-TCCATTTATAGTCATCTATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTC-CTTTTAAATTATTTTAT
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCAC-TTGATATTGTTTTAT
* * * ** ** * *
27092 AATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTGATGATTCAAA-AGACTGTAATCGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TGAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * *
27155 TGAC-TACTTTGAAAAACGTGTAAAAAAAG-TCATTTATT-ACGGA
129 TG-CTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCT-ACTCATTGA--GA
***********
27198 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATA
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTGATATTGTTTTATA
* * * *
27263 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
27327 TTTACCTTGTGAAACATGCAAAACAAGCTACTCGTTGAGA
131 CTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTACTCATTGAGA
* *
27367 AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTGATATTGTTTTATA
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTGATATTGTTTTATA
**********
27431 ATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGACTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
27496 CTTGCTTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTTATTGAGAA
131 CTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTACTCATTGAG-A
27537 AAAAAGTCCATTTATAGTC
1 AAAAAGTCCATTTATAGTC
27556 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 71, Indels: 17
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 47 0.17
169 97 0.35
170 131 0.47
171 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTGATATTGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGACTATAATTGAATG
CTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTACTCATTGAGA
Found at i:30488 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 30143--30561 Score: 381
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 161
30133 NNNNNNNNNN
* * * * *
30143 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAGAACAG
1 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGGTTA-AAAAA
* * * * * *
30208 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAATATTTTAAAAAACCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
64 ACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAATAGTGTAAAAAACCTATTCATTGAGAAGAAAAATCCA
***
30273 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNT
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-------CGCT
30313 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTATGGTTAAAAAA
1 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT-TGGTTAAAAAA
* * * * * *
30378 ACTGTAATTGAATACTTGCCTTAAGAAA-CGTGTAAAAAAGGCTATTCATTGTGGAGAAAAATCC
64 ACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAATAGTGTAAAAAA-CCTATTCATTGAGAAGAAAAATCC
* ***
30442 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCT
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-------CCTCGCT
* *
30483 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATCTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTGGTTAAAA-A
* *
30548 GACAATAATTGAAT
63 AACTATAATTGAAT
30562 GTTTATCTTG
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 29, Indels: 25
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.04
170 172 0.83
171 27 0.13
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAAC
TATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAATAGTGTAAAAAACCTATTCATTGAGAAGAAAAATCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCGCT
Found at i:30989 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
30617 TGAAACAATT
* * *
30627 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAC-GGACTATAATTGAATGCCTGCCTC
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* * * *
30691 AGAAAACGTGTAAAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTACCATTCTTTGA
65 AGAAAACGTATAAAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTACCATTCTTTCA
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130 AAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTCATAATCTCATA
* * * * *
30797 ATTG-TGTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTCTAATTGATTACTTACCT
1 ATTGAT-TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTATAATTGAATACCTACCT
** * * * * * *
30861 TGGAAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCTTTC
64 CAGAAAACGTATAAAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTACCATTCTTTC
* * * **********
30926 AAAAGGCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATA
129 AAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTCATAATCTCATA
* * * * * **
30968 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATT-ACATGCTTGTCTC
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* * * * * * * * ** *
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65 AGAAAACGTA--TAAAAAAACCCATTCATTGGA-AAGAAAAATCCATTTATAGTCTACCATTCTT
* * ** * *
31094 TCAAAAGCCATT-TTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATA
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* **
31138 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACA
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTTTTCATTAAAACA
31181 AACAATATTT
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 73, Indels: 20
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 7 0.02
170 133 0.44
171 139 0.46
172 19 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTATAATTGAATACCTACCTCA
GAAAACGTATAAAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTACCATTCTTTCAA
AAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTCATAATCTCATA
Done.