Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398758.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2040.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18229
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 3661 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1054 original size:168 final size:158
Alignment explanation
Indices: 787--1118 Score: 289
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
777 TAAAACCATT
* * * *
787 TAAA-CGAGCTAAAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTCTTCTCAATGAATG
1 TAAAGCGAGCTAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTCTTCTCAATGAATG
* **
851 GCTTTTTCTCCACGTTTCCCAAGGCTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAGGC-ATGTAAAAA-A
66 CCTTTTTCTCCACGTTTCCCAAGGCTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAATGTAAAAATA
** *
914 TATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
131 -ATTGAACTTAAAAACAATTATGAGATTA
* *
943 TAANNNNNNNNNNAGCGAG-TAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGAGACTCTAAATAGACTTTTCT
1 TAA----------AGCGAGCTAA-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGAC-TTTCT
* ** ** * *
1007 TGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATTTTTCTTAATG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
54 T-CTCAATGAATGCCTTTTTCTCCACGTTTCCCAAGGCT-GACATTCAATTATAACCTGTTTTAA
1070 CCAATAATGTAAAAATAATTGAACTTAAAAACAATTATGAGATTA
117 CC---AATGTAAAAATAATTGAACTTAAAAACAATTATGAGATTA
1115 TAAA
1 TAAA
1119 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 19, Indels: 34
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
156 3 0.02
162 1 0.01
166 4 0.03
167 34 0.25
168 56 0.41
169 1 0.01
172 37 0.27
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (158 bp):
TAAAGCGAGCTAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTCTTCTCAATGAATG
CCTTTTTCTCCACGTTTCCCAAGGCTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAATGTAAAAATA
ATTGAACTTAAAAACAATTATGAGATTA
Found at i:1272 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 1133--1284 Score: 191
Period size: 81 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
1123 NNNNNNGCGA
* * * * * *
1133 GTAATAAGGCTTTTGACAGAATGGATGACTATAAATGGATTTTTTCTGTCAATAAATGCCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGACAAAATGAAAGACTATAAATGGATTCTCTCTGCCAATAAATGCCTTTTT
1198 CTTCACATTTTATGTG
66 CTTCACATTTTATGTG
* * *
1214 GTAATAGGGCTTTTGTA-AAAATGAAAGACTATAAATGGACTTCTCT-TGCCAATGAATGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTG-ACAAAATGAAAGACTATAAATGGA-TTCTCTCTGCCAATAAATGCCTTT
1277 TTCTTCAC
64 TTCTTCAC
1285 GTTTCTCGNN
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 9, Indels: 4
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 55 0.92
82 5 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (81 bp):
GTAATAAGGCTTTTGACAAAATGAAAGACTATAAATGGATTCTCTCTGCCAATAAATGCCTTTTT
CTTCACATTTTATGTG
Found at i:2367 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1903--3033 Score: 1201
Period size: 172 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
1893 NNNNNNNNNN
* * * *
1903 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * *
1968 CTATAAATGTACTTTTCCTT-TCAATGAATGTCTTTTTCTAT-ATGTTTCATAAGGTATG-CATT
66 CTATAAATGGACTTTT-CTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTC-TGAGGTA-GACATT
* * * * *
2030 CAATAATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
127 CAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
* * * *
2074 AAAATCAATTATAAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * **
2139 CTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTTAGTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAA
* *
2204 TTATACTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAACAAAATTGAACTT
130 TTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTGAACTT
* * * *
2246 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * **
2311 CCATAAATAGAGTTTCCTTGTCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAA
*
2376 TTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTGACCTT
130 TTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTGAACTT
* * * * * *
2418 ATAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * * *
2483 CCAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTATCTTCATGTTTCTTGAGGAAGATATTTAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAA
* * * * ** *
2548 TTATAATCTGCTTTAACTAATAATGTAAAGTAATTGAACCT
130 TTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
* * * *
2589 -CAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAC-GAGCAAAAAGGC-TTTGAATGAATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * **
2651 CTATAAATGGAC-TTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTCCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCTGAGGTAGACATTCAA
* **
2715 CTATAAC-CTGTTTTAGGC----ATGTAAAAAACATTGAACTT
130 TTAT-ACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTGAACTT
* * * *
2753 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAAC-GAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGAG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * *
2817 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCGTTTTTCTTGATGTAGACATTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCA
* * * * * *
2882 ATTATAATATGTTTTAACCAATAATGCAAAAATAATGGAACCT
129 ATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTGAACTT
* **
2925 AAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
2989 ACTATAAATGGACTTTTTTTTTATCAATAAATGCCTTTTTCTTCA
65 ACTATAAATGGAC--TTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
3034 CATTTCATGT
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 141, Indels: 43
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
163 8 0.01
164 8 0.01
165 26 0.03
166 13 0.02
167 77 0.10
168 78 0.10
169 9 0.01
170 33 0.04
171 145 0.18
172 372 0.47
173 2 0.00
174 25 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAGACATTCAAT
TATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTT
Found at i:2877 original size:507 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1903--3005 Score: 1302
Period size: 507 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
1893 NNNNNNNNNN
* * * *
1903 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* * ** * *
1968 CTATAAATGTACTTTTCCTTTCAATGAATGTCTTTTTCTATATGTTTCATAAGGTATGCATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCCTTCCAATGAATACCTTTATCTATATGTTTCATAAGGTAAGCATTCAA
* * * * *
2033 TAATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTTTAAAA
131 TAATAATCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* * * *
2098 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAA
196 CCATTTAAAGCGAGCAAAAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * *
2163 TGAATGCCTTTTAGTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATACTTTGTTTTAATCAAAAAT
261 TGAATGACTTTTACTCCACGTTTCA-GAGGTAGACATTCAACTATACTCTGTTTTAAGC---AAT
*
2228 GTAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATTAGGC
322 GTAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGC
* * *
2293 TTTTGAAGGAATGAGTGACCATAAATAGAGTTTCCTTGTCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTT
387 TTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATAGACTTTCCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTT
* * * *
2358 CTCGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAA-AATTG-ACCTT
452 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAA-AATAATGGAACC-T
* * * *
2418 ATAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
* * * * *
2483 CCAAAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATACCTTTATCT-TCATGTTTCTTGAGG-AAGATATT
66 CTATAAATGGACTTTTCCTT-CCAATGAATACCTTTATCTAT-ATGTTTCATAAGGTAAG-CATT
* * * * * ** * * *
2545 TAATTATAATCTGCTTTAACTAATAATGTAAAGTAATTGAACCT-CAATCAATTATGAGATTATA
128 CAATAATAATCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATA
*
2609 AAACCATTTAAA-CGAGCAAAAAGG-CTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTT-C
193 AAACCATTTAAAGCGAGCAAAAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* *
2670 TCAATGAATGACTTTTTCTCCACGTTTTCCA-AGGTAGACATTCAACTATAAC-CTGTTTTAGGC
258 -CAATGAATGACTTTTACTCCACG-TTT-CAGAGGTAGACATTCAACTAT-ACTCTGTTTTAAGC
2733 -ATGTAAA-AAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAAC-GAGTAA
319 AATGTAAACAAA-ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTT-AAACTGAGTAA
* * * * * * *
2794 TAAGGGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
381 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATAGACTTTCCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTC
*** * * *
2859 GTTTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATAATGCAAAAATAATGGAACC
446 ACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAATAATGGAACC
2924 T
511 T
* * *
2925 AAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
2990 CTATAAATGGACTTTT
66 CTATAAATGGACTTTT
3006 TTTTTATCAA
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 78, Indels: 32
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
506 6 0.01
507 225 0.45
508 7 0.01
510 1 0.00
511 48 0.10
512 34 0.07
513 11 0.02
514 35 0.07
515 131 0.26
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
CTATAAATGGACTTTTCCTTCCAATGAATACCTTTATCTATATGTTTCATAAGGTAAGCATTCAA
TAATAATCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGCAAAAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGACTTTTACTCCACGTTTCAGAGGTAGACATTCAACTATACTCTGTTTTAAGCAATGTAA
ACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGAGAGACCATAAATAGACTTTCCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCG
AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAATAATGGAACCT
Found at i:3390 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3045--3762 Score: 771
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
3035 ATTTCATGTG
* * * * *
3045 GTAATAGGGCTTTTGCAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTT-ACCAATGAATG-CTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGTC-TTT
* * *
3108 TTCTTCATGTTTCTCGAGATA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* *
3172 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
3215 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGATAATGAATGCCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTT
* * * *
3280 CCTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATAATGCAAAAGAAATT
66 -CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATT
* * * * *
3344 GAACATAAAATCAATTGTGAGATTATTAAACCATTTAAAATGA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * **
3387 GTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAAT-TCTTTTA
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTT-
** * * * * *
3451 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTGAAGCAAAAATGTAGAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * **
3516 AACTTAACATTAAGTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCAA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
********** * * *
3558 GTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTT
* * * * *
3623 CTTCATGTTTCTTAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAACAATGTAAAACAAATTG
66 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTC
*
3688 AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * *
3730 CTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATA
3763 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 101, Indels: 16
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 64 0.15
171 175 0.40
172 199 0.45
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
Found at i:3760 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3052--3762 Score: 920
Period size: 343 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
3042 GTGGTAATAG
* * *
3052 GGCTTTTGCAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
1 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCATG
* *
3117 TTTCTCGAGATAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
66 TTTCTCGAGATAACATTCAATTATAGTCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * **
3182 TCAATTATGAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
131 TCAAGTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * *
3247 AAATAGACTTTTTTTGATAATGAATGCCTTTTTCCTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
196 AAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCCTTACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTAT
* * ** *
3312 AATATGTTTTAACCAATAATGCAAAAGAAATTGAACATAAAATCAATTGTGAGATTATTAAACCA
261 AATATGTTTTAACCAACAATGCAAAACAAATTGAACATAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* *
3377 TTTAAAATGAGTAATAA
326 TTTAAAATGACTAACAA
* * * * * *
3394 GGTTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAATTCTTTTATCTTCATG
1 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCATG
* * * * *
3459 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTGAAGCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAC
66 TTTCTCGAGATA-ACATTCAATTATAGTCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * **********
3524 ATTAAGTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTA
130 ATCAAGTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * * *
3589 TAACTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTACACATTCAATT
195 TAAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATT
* * * *
3653 ATAATCTGTTTTAACTAACAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
259 ATAATATGTTTTAACCAACAATGCAAAACAAATTGAACATAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
*
3718 CATTTAAAGTGACTAACAA
324 CATTTAAAATGACTAACAA
3737 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
1 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
3763 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 55, Indels: 3
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
342 69 0.22
343 243 0.78
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCATG
TTTCTCGAGATAACATTCAATTATAGTCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAAGTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCCTTACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTAT
AATATGTTTTAACCAACAATGCAAAACAAATTGAACATAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAATGACTAACAA
Found at i:5767 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 5686--5780 Score: 118
Period size: 46 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
5676 TCTCATAATT
* ** ** *
5686 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGACTAC
1 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAGACTAC
*
5731 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAGGCTAC
1 AATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAGACTAC
5777 AATT
1 AATT
5781 AAATGTTGAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 13 0.31
46 29 0.69
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (45 bp):
AATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAGACTAC
Found at i:6359 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5849--6581 Score: 532
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
5839 TATAGTCTCT
* * * * * *
5849 CATTCCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* *
5914 GAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GCAAACATAGA
66 GAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCC-TGAG-AAACATAGA
* * ***
5978 GAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATA-TTNNNN
129 AAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-CAC
****** * * * * *
6021 NNNNNNTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGAT
1 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * ** * *
6086 GAA-TTTTTCTACT-TTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTT-TACCTCATGAAACA-AG
66 GAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAAT-TTCTGCCTGA-GAAACATAG
********** **
6147 AAGATAAAAGCANNNNNNNNNNAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTC
128 AA-A-AAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC
* * * *
6192 CATTTTTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * *
6257 TAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCCATGAGAAATATGGAA
66 GAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCC-TGAGAAACATAGAA
* **
6322 AAAAATCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCGGTTATAG-TCAC
130 AAAAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC
**********
6363 TCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGT
1 -CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * ** * ** * * * *
6428 TGAA-TTTTTCTACATTTTTTCTTAATACAGACTGTAATTGAATGTCTACCTCATGAAACAT-GA
65 TGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCCTGA-GAAACATAGA
* * *
6491 AGATAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCTC-T
129 A-A-AAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TCAC
* * * *
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1 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
6582 NNNNNNNNNN
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AAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTCAC
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5829 NNNNNNNNNN
** *
5839 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTA
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*
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* * * * ********** *
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* * * *****
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*****
6164 NNNNNAGAAAAGTCCATT
326 TGACAAGAAAAGTCCATT
* ** * * **
6182 TATAGT-TTTCCATTTTTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATT
1 TATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATT
* * * *
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* * * * * *
6311 G-AAATATGGAAAAAAATCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCGGTTATAGTCACTCATTCTTTTAA
129 GCAAACATAGAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
********* *
6375 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNT-GATTTTAAGTTGAATTTTTCT
194 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATCGATTTTAAGATGAATTTTTCT
* * *
6439 ACATTTTTT-CTTAATACAGACTGTAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAAGATAAAAGCAT
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6503 TCATTGACAAGAAAAGTCCATT
322 TCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * *
6525 TCTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
6576 CAATCTNNNN
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TTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACAAGAAGATAAAAGCATTCAT
TGACAAGAAAAGTCCATT
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** * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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**
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* * * * * * *
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** * * *
8192 TTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCCATGAGAAATATA
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*** *
8239 G-AGAAAAATATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTA
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* * *
8303 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTT
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* * * * * *
8368 CTTAATACAGACTGTAATTGAAAGTCTACC-TCATGAAACATA
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* * * *
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1 GAAGA-AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * * * ** *
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*** ** * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
8811 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
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* * *
8875 TTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATG-CATACC-TCAGGAAACAT-
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* * * * * * *
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1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTT
* * * * *
8984 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTAATAATTGATTTTCAGTTGAGTTGTTTTTACAATTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTT
** ** * * * *
9049 TCATTAAAACAGGTTATAATT-ATATGTTTACCTCGAGAAATA-A
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* * * * * *
9092 GAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GTGAGAGAAGTGCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAATCC
1 GAAG-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCC
* * *
9154 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTTATATT
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* * * * *
9218 TTTGATTAAAAGATG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACAT-
127 TTTGGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATA
* * * * *
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1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTA
* *
9328 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
9373 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATA
Found at i:8355 original size:343 final size:339
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7714 CGAGAAATGT
* ** *
7724 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAATTTCTATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
7983 AATCTCATAATCGATTTTAAGATGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGACTATAAGTGAAT
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* * * * * *
8066 GAAGATAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTTCTTTAAAAGCCTCA
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
8131 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTACTCTCAAAATTGAATTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTT
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTT
* * ***
8196 GGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCCATGAGAAATATAGAGAAAAATATATTCATTGAGA
130 GGTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTGCCTTGAGAAACAT-GAGAAAAAGCCATTCATTGAGA
* *
8261 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
194 AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
8326 AATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTCTTAATACAGACTGTAATTGAAA
259 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
8391 GTCTACCTCATGAAACATA
323 GTCTACCTCA-GAAACA-A
* * *
8410 -AAGATAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * ** *
8474 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTAAATATTTTTA
66 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTG
** ** ** * * * * ** *
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131 GTTAAAACAGGTTATAATTGAATTTC-TGCCTTGAGAAACATG-AGAAAAAGCCATTCATTGAGA
** * * * * * * * *
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194 AGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
8667 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTCAC-TTTTTGTTAAAGCAGACTATAATTTA
258 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * ***
8730 ATGTTTGCCTTGAGAAATGT
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* ** * *
8750 GAAGAAAAAAG-TTTCCATCAGTAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAAGCATT-CATTGGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
8813 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTT
64 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTT
*** * * * *
8877 TGGTTAAAACATACTATAATTGAA-TGCATACC-TCAGGAAACATGTAGGAAAAGCCATTCATTG
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* * * *
8940 A-AAGGAAAAATACATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTT
191 AGAA-GAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * ** **
9004 TTATATTCTAATAATTGATTTTCAGTTGAGTTGTTTTTACAATTTTCATTAAAACAGGTTATAAT
255 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* *
9069 T-ATATGTTTACCTCGAGAAATAA
318 TGA-ATGTCTACCTC-AGAAACAA
* * * *
9092 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGTGAGAGAAGTGCATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCAAAATCCTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTT
*
9156 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAGTTCAATTTTTTTTATATTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTT
* * * *
9220 TGATTAAAAGATGTTATAATTGAATGTT-TGCCTTGGGAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGA
129 TGGTTAAAACAGGTTATAATTGAAT-TTCTGCCTTGAGAAACAT-GAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * *
9284 GAAGAAAAATCCATTTATAGCCACTCATTCTTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
192 GAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
*
9349 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
257 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
9373 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1092, Mismatches: 184, Indels: 61
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Consensus pattern (339 bp):
GAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTG
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTCAGAAACAA
Found at i:9537 original size:854 final size:853
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Period size: 854 Copynumber: 1.9 Consensus size: 853
7761 ATAGTCTTCC
* * * * ** *
7771 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTC
1 ATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-
* ** ** * * * **
7836 AATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACAT--AGA
65 AATTTTTTTTCACTTTTT-GTTAAAGCAGACTATAATTTAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGA
* * * * * *
7898 GAAAAAG---CCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATTCTTTCAGAAGCCTTA
129 -AAAAAGTTTCCA-TCAGT-A-AA-CAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
*
7960 TTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGATGAATTTTTTTACTTTTTTG
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* * * *
8025 GTTAAAATAGACTATAAGTGAATGTCTACCTCATGAAACAAGAAGATAAAAGCATTCATTGGCAA
253 GTTAAAACAGACTATAAGTGAATGTCTACCTCAGGAAACAAGAAGAGAAAAGCATTCATTGGAAA
* * *** * *
8090 GAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTTCTTTAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTA
318 GAAAAATACATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * **
8155 CTCTCAAAATTGAATTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAAT
383 CTCTCAAAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTTACAATTTTCATTAAAACAGGTTATAATTGAAT
* *
8220 TTCTGCCATGAGAAATATAGAGAAAAATATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
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* * ** *
8285 ATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTG
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** *
8350 AATTTTTCTACATTTTTTCTTAATACAGACTGTAATTGAAAGTCTACCTCATGAAACATAAAGAT
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* * * *
8415 AAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
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* * *
8480 GCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTAAATATTTTTAACTAAA
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* * * * *
8545 ATTGACTATAATCGAATGCATGTCTTGAAAAATGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAAAGAAAAAT
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**
8610 TATATTTATAGTCAGTT
837 TATATTTATAGTCACAT
* * *
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*
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* *
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* * * *
8885 ACATACTATAATTGAATG-CATACCTCAGGAAACATGTAG-GAAAAGCCATTCATT-GAAAGGAA
259 ACAGACTATAAGTGAATGTC-TACCTCAGGAAACAAGAAGAGAAAAG-CATTCATTGGAAA-GAA
* * * *
8947 AAATACATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATT
321 AAATACATTTATAGTCACCCATTTCTTT-AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACT
* * *
9011 CT-AATAATTGATTTTCAGTTGAGTTGTTTTTACAATTTTCATTAAAACAGGTTATAATT-ATAT
385 CTCAA-AATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTTACAATTTTCATTAAAACAGGTTATAATTGA-AT
* * *
9074 GTT-TACC-TCGAGAAATA-AGAAGAAAAA-AGCATTCATTG-GTGAGAGAAGTGCATTTATAGT
448 -TTCTACCAT-GAGAAATATAG-AGAAAAATA-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
9134 CTC-CTATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
508 CACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * * **
9198 -AGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGATTAA-A-AGA-TGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAA
572 AAGTTCAA-TTTTTCTACATTTTTGATTAATACAGACTG---TAATTGAAAGTCTACCTCAGGAA
** * * * *
9259 ACATGGAGA-AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGCCACTCATTCTTTTAGAAG
633 ACATAAAGATAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAG
*
9323 CCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
697 CCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGT
9373 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.12 0.07
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852 3 0.00
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858 4 0.01
859 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (853 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTA
ATTTTTTTTCACTTTTTGTTAAAGCAGACTATAATTTAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAA
AAAGTTTCCATCAGTAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGATGAATTTTTTTACTTTTTGGTTAAAAC
AGACTATAAGTGAATGTCTACCTCAGGAAACAAGAAGAGAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAATA
CATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAA
ATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTTACAATTTTCATTAAAACAGGTTATAATTGAATTTCTACCA
TGAGAAATATAGAGAAAAATACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTC
TACATTTTTGATTAATACAGACTGTAATTGAAAGTCTACCTCAGGAAACATAAAGATAAAAGCAT
TCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTAAATATTTTTAACTAAAATTGACTA
TAATCGAATGCATCTCATGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGAAAGAAAAACTATATTTAT
AGTCACAT
Found at i:10036 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9743--12012 Score: 1893
Period size: 171 Copynumber: 13.4 Consensus size: 169
9733 NNNNNNNNNN
* * * *
9743 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTA
* * * * * *
9808 GTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTC-ATGAAACGTGA-AGATAAAAGCATTCAGTGGT
65 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGA-GAAAC-TAATAGA-AAAAGCATTCATTGGA
* *
9871 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
9914 TTACTAGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTGCATTATT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATT-TT
* * * **
9979 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGCCTCGAGAAACTAATTGAAAAAGCATTCATTGGCTA
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTAATAGAAAAAGCATTCATTGGAAA
* * *
10044 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTA
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* * * * * * *
10085 TTACTCGCTTTAAATGGTTTAACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTAATATTTTTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAG
* * * * * *
10150 ACTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGTCTCAAAAAAC-ATGTAGAAAAAGTCATTCATT-GAA
66 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTA-ATAGAAAAAG-CATTCATTGGAA
* * * *
10213 AG-AAAGTTACATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTAA
128 AGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
10255 TTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTT
* * * * ** *
10320 AGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA-T-ATGAAGAAAAAAGTTTTCCTTAG
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTAAT--AG-AAAAAGCATTCATT-G
* * * * *
10383 TAAA-CAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
125 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
10427 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTA
* * * * *
10492 GTTAAAACAGACTATATTTGAATGCATGCCT-TAGGAAAC-ATGTAGAAAAAGCCATTCAGTT-A
65 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGA-GAAACTA-ATAGAAAAAG-CATTCA-TTGG
* * * * *
10554 AAAGAAAAG-CACATATATACTGACCTATTCCTTCAAAGGCCTTA
126 AAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
10598 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTCTTC
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TT-
* * ** * * *
10663 A-TCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCT-TATGAAACGTGA-AGATAAAAGCATTCATTTG
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGA-GAAAC-TAATAGA-AAAAGCATTCATTGG
* * *
10725 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTA
126 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
10769 TAACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATCTTAGGTTCAATTTGTTTTGCATTATT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATT-TT
* * * * * * * * *
10834 AATTAAAATAGATTATAATTGCATATCTGCCTCAAGAAAC-AAGAAGAAAAAGCATTCATTGGCA
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTAA-TAGAAAAAGCATTCATTGGAA
** *
10898 AGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
10940 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAG
* * ** * * *
11005 ACTAAAATAGACTATAATTGAATACATGTCTC-AAACAAC-ATGTAGAAAAAGTCATTCATT-GA
66 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGA-AACTA-ATAGAAAAAG-CATTCATTGGA
* * * * *
11067 AAGAAAAATTACATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAGGCCTAA
127 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* **
11111 TTCCTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTT
* * * * ** *
11176 ATTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-T-ATGAAGAAAAAAGTTTTTATTAG
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTAAT--AG-AAAAAGCATTCATT-G
* * *
11239 TG-AA-CAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
125 -GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
11283 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTA
* * * *
11348 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGCCTC-AGGAAACGT-GTAGAAACAGCCATTCAGT-GA
65 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGA-GAAAC-TAATAGAAAAAG-CATTCATTGGA
* * *
11410 TAGAAAAAG-CACATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
127 AAG-AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
11454 TTACTCACCTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTC
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-
* *
11519 A-TTAAAACAGAC--TAATTGAA---A---CTTG-G--------AGAAAAAGTCATTCATTGAAA
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTAATAGAAAAAG-CATTCATTGGAA
* *
11566 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGTCTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
11608 TTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTCTTATATTTTTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTA
* * * * * *
11673 GTTAAAATAGAATATAATTAAATGCATGCCTTGAGAAAC-ATATAGAAAAAGCCATTCACT-GAA
65 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTA-ATAGAAAAAG-CATTCATTGGAA
* *
11736 AGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
128 A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** *
11779 TTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTT
* * * * * * * * *
11844 GGCTAAAACAAACTATAATTTAATGTCTGTCTCAAGAAATATGAATA-AAAAAGCATTCATTGGC
64 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAA-CT-AATAGAAAAAGCATTCATTGGA
********** * **
11908 AAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
11951 TTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAATTTATTTTAACTTCAA-TTTGTTACATTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
12013 TGGTTAAATA
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 321, Indels: 178
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
154 111 0.07
155 4 0.00
156 7 0.00
159 1 0.00
162 5 0.00
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168 1 0.00
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174 5 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAG
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACTAATAGAAAAAGCATTCATTGGAAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:10721 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 9743--12020 Score: 2200
Period size: 513 Copynumber: 4.5 Consensus size: 510
9733 NNNNNNNNNN
* * * * *
9743 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTCTACATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
* * * * * * *
9807 AGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGATAAAAGCATTCAGTGGTA
66 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
* *
9872 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGTTTTAAATGGTTTTA
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
9936 TAATTTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTGCATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
** * *** *
10001 ATGTGTGCCTCGAGAAACTAAT-T-GAAAAAG-CATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTC
259 ATGCATGCCT-TAGAAAC--ATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
10063 ACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAACAATCTCATAATTAATTTTAA
321 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* * * ** *
10128 GTTGACTTTTTTAATATTTTTGA-CTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGTCTCAAAAAACATG
386 GTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATC-AAAACAGACTATAATTGAATGC-TATCTTGAGAAACATG
* * * * *
10192 TAGAAAAAGTCATTCATTGAAAG-AAAGTTACATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTAA
448 AAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAG-TACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
10255 TTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
* * * * * ** * *
10320 AGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGTTTTCCTTAGTA
66 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
* *
10385 A-ACAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
131 AGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
10449 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * *
10514 TGCATGCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAGTT-AAAAGAAAAG-CACATATATACTGA
260 TGCATGCCTTA-GAAACATGTAGAAAAAGTCATTCA-TTGAAAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA
* * *
10577 CCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG
322 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG
* * * *
10642 TAGAATTGTTTTACATTCTTCATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTT-ATGAAACGTGA
387 TTGAATT-TTTTACATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATG-CTATCTTGA-GAAACATGA
* * * *
10706 AGATAAAAG-CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTA
449 AGA-AAAAGCCATTCA-TTGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * *
10769 TAACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATCTTAGGTTCAATTTGTTTTGCA-TTAT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTT-T
* * * * * * * *
10833 TAATTAAAATAGATTATAATTGCATATCTGCCTCAAGAAACAAGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC
65 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGT
** * * **
10897 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
10962 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTT-GACTAAAATAGACTATAATTGA
195 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
11026 ATACATGTCTCAAACAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTG-AAAGAAAAATTACATTTATAGTCA
259 ATGCATGCCTTAGA-AACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * ** *
11090 CCCATTCGTTCAAAGGCCTAATTCCTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
322 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG
* * * * *
11155 TTGAATTTTTTTTACACTTTT-ATTTAAAATAGACTATAATTGAATG-TTTGCCTTGAGAAATAT
387 TTGAA--TTTTTTACATTTTTGA-TCAAAACAGACTATAATTGAATGCTAT--CTTGAGAAACAT
** * * * * * *
11218 GAAGAAAAAAG-TTTTTATTAGTGAA-CAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
447 GAAG-AAAAAGCCATTCATT-G-AAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
11281 TA
509 TA
* * *
11283 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
* * * * * * *
11347 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CATGCCTCAGGAAACGTGTAG-AAACAGCCATTCAGTGA
66 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGG
** * *
11410 T-AGAAAAAG-CACATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTT
129 TAAG-AAAAGTC-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
11473 TTATGACCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGAC--TAA
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAA
11534 TTGAA---A---CTT-G------G-AGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
255 TTGAATGCATGCCTTAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
11585 CGCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
320 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* * * * * * *
11650 AGTTGAGTTTTCTTATATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTAAATGC-ATGCCTTGAGAAACAT
385 AGTTGAATTTT-TTACATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGCTAT--CTTGAGAAACAT
* *
11714 -ATAGAAAAAGCCATTCACTGAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTT
447 GA-AGAAAAAGCCATTCATTGAAA-GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
11778 A
510 A
** *
11779 TTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
* * * * * * * * *
11844 GGCTAAAACAAACTATAATTTAATGTCTGTCTCAAGAAATATGAATAAAAAAGCATTCATTGGCA
66 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
********** ** *
11909 AGAAAAGTCNNNNNNNNNNCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTAT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
11974 AATCTCAAAATTTATTTTAACTTCAA-TTTGTTACATTTTTGGTTAAA
196 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
12021 TAGGTTATAA
Statistics
Matches: 1454, Mismatches: 257, Indels: 126
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
494 2 0.00
495 12 0.01
496 146 0.10
497 213 0.15
498 15 0.01
506 2 0.00
509 1 0.00
510 2 0.00
511 2 0.00
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514 374 0.26
515 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT
AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GCATGCCTTAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
ATTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:11670 original size:154 final size:160
Alignment explanation
Indices: 11391--11831 Score: 448
Period size: 154 Copynumber: 2.7 Consensus size: 160
11381 GGAAACGTGT
* * * *
11391 AGAAACAGCCATTCAGTG-ATAGAAAAAGCACATTTATAGT-GACCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
1 AGAAAAAGCCATTCACTGAAAAG-AAAAGTACATTTATAGTCG-CCCATTCCTTCAAAGGCCTTA
* * * * * *
11454 TTACTCACCTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTC
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTC
* *
11519 ATTAAAACAG-A-CTAATTGAA-A-CTTG-G-
129 ATTAAAACAGAATATAATTAAACACCTTGAGA
* * * * *
11545 AGAAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
1 AGAAAAAGCCATTCACTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAGGCCTTATT
* * * * **
11610 TCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTCTTATATTTTTGGT
66 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTCAT
*
11675 TAAAATAGAATATAATTAAATGCATGCCTTGAGAAACATA
131 TAAAACAGAATATAATTAAA--CA--CCTTGAG------A
* *
11715 TAGAAAAAGCCATTCACTGAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTAT
1 -AGAAAAAGCCATTCACTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAGGCCTTAT
** *
11780 TACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
11832 TTTTACACTT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 36, Indels: 21
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 111 0.48
155 5 0.02
156 7 0.03
159 1 0.00
162 4 0.02
163 1 0.00
171 103 0.44
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
AGAAAAAGCCATTCACTGAAAAGAAAAGTACATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAGGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTCAT
TAAAACAGAATATAATTAAACACCTTGAGA
Found at i:12601 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12424--12797 Score: 432
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
12414 NNNNNNNNNN
* * * *
12424 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTCTTCATTAAAATAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTCTTCACTAAAATAGAATATAAT
* * * * * *
12489 TGAATGTC-TACCAGGAGAAACTTGGAGAAAAAGTCATTCATTGAAAA-GAAAAGTCCATTTATA
66 TGAATG-CATACCACGAGAAACATAGAGAAAAAGCCATTCACT-AAAAGGAAAAGTACATTTATA
** * *
12552 GTCGTTCATTTCTTCCAAA-GCCTTATTTCTCGCTTTAAAT-AGT
129 GTC-ACCAGTTCTTCCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-T
* * * * **
12595 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTCTTATATTTTTGGCTAAAATAGAATATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTCTTCACTAAAATAGAATATAAT
* * * *
12660 TGAATGCATGCCTCGAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCACTAAAAGGAAAAGTACATTTGTAGT
66 TGAATGCATACCACGAGAAACATAGAGAAAAAGCCATTCACTAAAAGGAAAAGTACATTTATAGT
* * *
12725 CACCCGTTCTTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
131 CACCAGTTCTTCCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
*
12766 TTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
12798 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 30, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.09
171 153 0.91
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTCTTCACTAAAATAGAATATAAT
TGAATGCATACCACGAGAAACATAGAGAAAAAGCCATTCACTAAAAGGAAAAGTACATTTATAGT
CACCAGTTCTTCCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
Found at i:13834 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13365--14727 Score: 1189
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 168
13355 NNNNNNGATA
* * * *
13365 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCTTGA-GAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACC-TCATGAAA
* * * ** * * * * *
13429 CATATAGAAAATGTCATTCACT-AAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCATCCGTTCCTTCAAAGGA
64 CATA-AAAAAAAG-CATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * **********
13493 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * * * * *
13536 TTAAGTTGAATTTTTTTACACATTTGGTTAAAATAGACTATAAGTCAATGTTTGCCTCAAT-AAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTC-ATGAAA
** * * * * *
13600 TGTGAAAAGAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
64 CAT-AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
13665 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * ***
13706 TTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGATTGTGTGCCTTGGGAAAC
1 TTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAAAC
* * *
13771 ATGGAAAAAAAGCCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
65 AT-AAAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
13835 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATA
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
13877 TTAAGTTGAATTTTTCTACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAAAC
*
13942 ATAAAGATAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
65 ATAAA-A-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
14007 TATTACTTGCTTTACATGGTTTTATAATTTCATAATTGATT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
14048 TTAGGTTCAATTTATTTTGCATTATT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAA
1 TTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAA
* * * *
14112 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
63 ACAT-AA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
14177 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
14220 TTAAGTTGAATTTTTTTTCACTTTTGGTTAAAACAAAGTATAATTGAATGTATATCTCATGAAAC
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAAAC
* * * *
14285 ATAAAGAAAAAGGCGTTTATTGGTAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
65 ATAAA-AAAAA-GCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
14349 TTATTACTGGTTTTAAGTGATTTTATAATCTCATAATTGATT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * ** ***
14391 TAAATTTAAATTTTTTA-ATATTTATCGTTAAAACAAACTATAATTGAGTGCATGTCTTGGGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAAA
* * * * *
14455 CATATAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGGAAAATTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGC
64 CATA-AAAAAAAG-CATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
14519 CTAATTCCTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * *
14562 TTAAGTTGAATTTTAATTTACACATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAA
1 TTAAGTTGAA-TTT--TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAA
** * * * * *
14627 ATGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT--CTCATTCCTTCACAAGC
63 ACAT-AA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
14690 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
14728 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 188, Indels: 68
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 148 0.15
171 581 0.60
172 161 0.17
173 58 0.06
174 17 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCATGAAACA
TAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:14328 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 13391--14727 Score: 1341
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 511
13381 TACATTTTTG
* * * * * * *
13391 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCT--TGAGAAACATATAGAAAATGTCATTCACTAAA
1 GTTAAAACAAACTATAATTGAATGCA--CCTCATG-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAA
* * * * * *
13454 AGGAAAAGTACATTTATAGTCATCCGTTCCTTCAAAGGACTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTT
63 AGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
********** * * * *
13518 ANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTT--TTTACACATTTG-GTTAAAATAGACTATAAG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTAATTTACACA-TTGAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * ** *
13580 TCAATGTTTGCCTCAATAAATGTGAA-AAGAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
191 TGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
13644 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA
255 C-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * * **
13709 AGTTCAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGATTGTGTGCCTTGGGAAACATG
319 AGTTCAATTGTTTTATACTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTATACCTCAGGAAACATG
* *
13774 GAAAAAAAGCCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
384 AAAAAAAAGCCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
13839 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATT-AAGTTGAATTTTTCTACAT-TGTT
449 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAAGTTAAATTTTT-TA-ATAT-TT
13902 A-
510 AC
* *
13903 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAT-GAAACATAAAGATAAAAG-CATTCATTGGC
1 GTTAAAACAAACTATAATTGAATG-C-ACCTCATGGAAACATAAAGA-AAAAGCCATTCATT-GA
* * * * * *
13966 AA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTACATGGTTTT
62 AAGGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
14030 ATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTCAA-TTTATTTTGCATTATTGA-TTAAAATAGATTATAAT
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTAATTTACA-CATTGAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
14093 TGAATGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATTG
191 TGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* * * *
14157 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT
254 TC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * * *
14222 AAGTTGAATT-TTTTTTCACTTTTGGTTAAAACAAAG-TATAATTGAATGTATATCTCATGAAAC
318 AAGTTCAATTGTTTTAT-ACTTTTAGTTAAAAC-AAGTTATAATTGAATGTATACCTCAGGAAAC
* * * * *
14285 AT-AAAGAAAAAGGCGTTTATTG-GTAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
381 ATGAAA-AAAAAGCCATTCATTGTG-AAGAA-AAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*** * *
14347 CCTTATTACTGGTTTTAAGTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTAATAT
443 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTAATAT
14412 TTATC
508 TTA-C
* ** * *
14417 GTTAAAACAAACTATAATTGAGTGCATGTCTTGGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAAAG
1 GTTAAAACAAACTATAATTGAATGCACCTCAT-GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAG
* * * * *
14482 GAAAATTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTAATTCCTCGTTTTAAATAGTTTTGTA
65 GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* *
14547 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTAATTTACACATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTAATTTACACATTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * *
14612 TATTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CTC
195 TATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCTC
* *
14676 ATTCCTTCACAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
259 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
14728 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 114, Indels: 61
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.00
512 120 0.18
513 128 0.19
514 348 0.51
515 79 0.12
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
GTTAAAACAAACTATAATTGAATGCACCTCATGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGG
AAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTAATTTACACATTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
ATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCTCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAA
TTGTTTTATACTTTTAGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTATACCTCAGGAAACATGAAAAAAA
AGCCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTAATATTTAC
Found at i:14681 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13365--14727 Score: 1426
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
13355 NNNNNNGATA
* * * *
13365 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTCAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCTTGGGAAAC
* * * * * * * *
13430 ATATAGAAAATGTCATTCACTAAAAGGAAAAGTACATTTATAGTCATCCGTTCCTTCAAAGGACT
66 ATATAGAAAAAGCCATTCATTGAAA-GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* **********
13495 TATTACTCACTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACATT
130 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACATT
* * * * * * ** * * *
13560 TGGTTAAAATAGACTATAAGTCAATGTTTGCCTCAATAAATGTGAA-AAGAAAGCATTCATTTGC
195 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
13624 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTT
260 AAGAAAAGTCTATTTATAG--TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTT
* *
13688 ATAATCTCAAAATTAATT
322 ATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **
13706 TTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGATTGTGTGCCTTGGGAAAC
1 TTAAGTTCAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCTTGGGAAAC
** * * * * *
13771 ATGGAAAAAAAGCCATTCATTGTGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
66 ATATAGAAAAAGCCATTCATTG-AAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
13836 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTCTACA-TTG
130 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACAT-
* * *
13900 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATAAAGATAAAAGCATTCATTGG
194 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* ** * *
13965 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTACATGGTTTT
259 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT--CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
*
14030 ATAATTTCATAATTGATT
322 ATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ***
14048 TTAGGTTCAATTTATTTTGCA-TTATTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCATGA
1 TTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTATAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG-CATGCCTTGGGA
* * *
14111 AACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAA
63 AACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
14175 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA
126 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * * * *
14240 CTTTTGGTTAAAACAAAGTATAATTGAATGTATATCTCATGAAACATAAAGAAAAAGGCGTTTAT
191 CATTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAT
* * *** *
14305 TGGTAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGTTTTAAGTGA
256 TGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGT--CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
14369 TTTTATAATCTCATAATTGATT
318 TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
14391 TAAATTTAAATTTTTTAATATTTATCGTTAAAACAAACTATAATTGAGTGCATGTCTTGGGAAAC
1 TTAAGTTCAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCTTGGGAAAC
* *
14456 ATATAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGGAAAATTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCT
66 ATATAGAAAAAGCCATTCATTGAAA-GAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * ** * *
14521 AATTCCTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTAATTTACACA
130 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT--TTTACACA
* * ** * *
14586 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCGTTG
193 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *
14651 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCATTCCTTCACAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
258 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
14716 TAATCTCATAAT
323 TAATCTCATAAT
14728 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 157, Indels: 43
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.00
341 191 0.23
342 284 0.34
343 283 0.34
344 78 0.09
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTAAGTTCAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCATGCCTTGGGAAAC
ATATAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACATTT
AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATT
Done.