Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398762.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2044.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6357
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.31
Warning! 563 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3113 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2335--6354 Score: 2879
Period size: 170 Copynumber: 23.6 Consensus size: 170
2325 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2335 AAAAAAATTGAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGATTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
** * *** * *
2400 TGAAGGTATGGGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTATTAATGAATGGCTATTTTTTTCACGTCTC
66 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTC
* * *
2464 TCAAGGTAAGCATTCAATTATAATATGTTTGAACC-AAAATGT
129 T-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* *
2506 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATA--TGAGTAATAAGGCC
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCT-AGTAATAAGGCT
* * * * * * * * *
2569 TTGAATGGCATGGGTAACTAT-AATTAGATTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTCCCTTGCA--T
64 TTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTT-CACGT
* * ** * ** *****
2631 TTTTGAGACAGACAAACAATTATAATCTGTTTTAACCAAANNNNN
126 TTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
***** * * * * * * *
2676 NNNNNAATTTAACTTAAAATCAATTACGA-AGTTATAGAACCATCTAAAGCTGGTAACAAGACTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTT
* * * *
2740 TCGAAGG-ATTGGGTGACTATAAATGGACATTTCGTGCCAAT-AGATGGCTTTTGT-TTCACGTT
65 TCAAAGGTA-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTT-TCTTCACGTT
* * * * *
2802 TCATAAGGTAAACTTTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGT
127 TC-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * *
2847 AAAAAAA--AAACCTAAAATAAATTTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAATAAAAAGGCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCT
* * * *
2909 TTCAAAGGCT-TGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTATTGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
64 TTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
** * * * *
2973 GCTAAGGTAAACATTCAAGCACAATCTGCTTTAAACAAAAATAT
128 -CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* *
3017 AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
3082 CAAAGGTATGGGCGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAA-CGCTTTTGCTTTACGTTTCT-
66 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTA
* * * *
3145 TGAGTCAAACATTCAATTGTAATTTGTTTCAACCAAAAATGT
131 AG-GT-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
3187 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * * **
3252 CAAAGACAAGGGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATGCATGACTTTTTCTTCATATTTCC
66 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-C
* * * *
3317 TAAGGCAGACATTTAATTATAATAC-GTTTTAACCAAAAATAT
129 TAAGGTAAACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
3359 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * * *
3424 CGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTGTTTTGCCAATGAACAG-TTTTACATCATGTTTC
66 CAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTTT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * *
3487 TTGAGGCAAACATTCCATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGT
129 -TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * *
3530 ATAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAATAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
3595 TGAA-GTCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTCTTCTTCATGTTTTT
66 CAAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTC
* * * * *
3659 TCAGGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCATAAAT-A
129 TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
3700 ATAAAAAATTTAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCC
1 A-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGG-C
** * * * * * *
3764 TTT-AAAGCCATGGTTGACTATACAT-AGACCTTTCATGCCAATGCATGGCTTTTTCTCTGA-GT
63 TTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACGT
* ** * * * * **
3826 TTCT--GATTCACAATCAGTTATAATATATTTTAGTCAAAAATGT
126 TTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
3869 AAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGCAAT-AGGAATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGG-CTT
** * * ** ***
3933 TTGAAGGTATGAGTGTCTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTATTTT-TTTGTGTTT
65 TCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTT
* *
3996 CTCAAGGTAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAACC-AAAATGT
128 CT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
4039 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAATG-TGAGTAATAAGGCCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTT
* * * * ** * *
4103 TGAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCCCCTGCGTTTT
65 TCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTTC
* *** *
4167 TGACACAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
129 TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * **
4209 AAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATCTAAAGCTGGTAACAACACTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
4273 CGAAGG-ATTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAAT-AGATGGCCTTTGCTTCACGTTTC
66 CAAAGGTA-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
* ** * * * * *
4336 ATACGACAAAC-TTGTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGT
129 -TAAGGTAAACATT-CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
4379 AAAAAAA--AAACTTAAAATCAATTTTTGAGATTATAAAAACTATTTAAAG-TGAATAAAAAGGC
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGC
* * * * *
4441 TTTCGAAGGCT-TGGGTGACTACAAATGGATTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
63 TTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * *
4505 TGCTAAGGTAAACATTCAAGCACAATCT-TCTTTAAACAAAAATAT
127 T-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACCAAAAATGT
* * *
4550 AAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
4615 CAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAA-CGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
66 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CT
* * * *
4679 GA-GTCAAACATTCAATTGTAATTTGTTTTTACCAAAAATGT
130 AAGGT-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
4720 AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAAGCCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTT
* * * * * * * **
4784 TCAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTTTTACCAATGCATGGTTTTTTTTTTCATATTTC
65 TCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTT-
* * * * *
4849 CTGAGGCAAACATTTAATTATAAT-TCATTTTAACTAAAAATGT
128 CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * * *
4892 ACAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATGTGAAGCGAGTAAAAAGGCTTA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
4957 CGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTGCTAATGAATGG-TTTTACTTCACATTTC
66 CAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-
* * * * *** **
5020 CTGAGGCAGACATTTC-ATTATAATTTGTTTTAGGTAAAACCGT
128 CTAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
5063 ACAAGAAA-TAAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAAGCTT
1 A-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * *
5127 TTGAA-GTCATTGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTAAATGGCTTCTTCTTCATGTTTT
65 TCAAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTT
* * * * * *
5191 TTTAGGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCATAAATAT
128 CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
5234 -TAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGG-CTT
* * * * * ** *
5298 T-AAAGGCATGGGTGACTATACAT-AGACCTTTCATGCCAATGCATGGCTTTTTCTTTGCATTTC
65 TCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
* ** * * * ** *
5361 TGAGACACACATTCAGTTATAATCTATTTTAGTCAAAAATAT
129 TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
5403 AAAAAAATTAAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGATTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
** * * * ** * ** *
5468 TGAAGATATGAGTGTCTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTATTTTTTTCGTGTCTC
66 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTC
* * *
5532 TAAAAGTAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAACC-AAAATGT
129 T-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * ** *
5574 AAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTT-AATTTGAGTAATAAGGCCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
5637 TAAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTC-TCTGCGTTTT
65 TCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTTC
* ** * *
5701 TGAGACAGACAATT-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
129 TAAGGTAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
5743 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATCTAAAGCTTGTAACAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
5808 CAAAGG-ATTTGGTGACTATAAAT-AGACTTTT-TGTGTCAAT-AGATGGCCTTTGCTTCATGCT
66 CAAAGGTA-TGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * * * *
5869 TCATAAGACAGAC-TTGCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-AT
127 TC-TAAGGTAAACATT-CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** * * *
5913 -AAAAAA---AA-TTAAAATCAATTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAAAAATGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTT
* * * * *
5973 TCGAAGGCT-TGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAATGGC-TTTTCTACACATTT
65 TCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* ** * * * *
6035 GCTAAAGTAAACATTCAAGCACAATCTGCTTTAAACAAAAATAT
128 -CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
6079 GAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
* * * *
6144 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAAT-GCTTTTGCTTCACGTTTCCT
66 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CT
* * * *
6208 GA-GTCAAACATTCAATTGTAATTTATTTTAACCAAAAATGT
130 AAGGT-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
6249 AAAACAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTT
* * * * *
6313 TCAAAGACT-TAGGTGGCTATAAATGAACTTTTTTTACCAATG
65 TCAAAG-GTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
6355 TAT
Statistics
Matches: 3000, Mismatches: 705, Indels: 289
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 45 0.01
166 72 0.02
167 15 0.00
168 147 0.05
169 271 0.09
170 1204 0.40
171 894 0.30
172 325 0.11
173 26 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTA
AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
Done.