Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397404.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_237.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 4292 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:612 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 231--689 Score: 496
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
221 NNNNNNNNNN
*
231 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGGTGAC
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* * * * * * *
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* * * **
360 ATAATAGGTTTTAACTAAAAATCTAAAAGAACTTAGCCT
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* *
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1 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAA
* * * *
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66 AATAAATAGACTTTTCGTG-TCAATGAATGGCTTTTTCTTAACCTTTCTGAGGCAAACACTCAAT
* * * * *
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130 TATAACAGGTTTTAACAAAAAAACTAAAAGAACTT-AAACT
* * * * * *
567 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGA
1 -AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
** * * * * * *
632 CTATAAATAGACTTTACTTG-CTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAA
65 AAATAAATAGACTTTTCGTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTAACCTTTCT-GAGGCAAA
690 TATTAAATTA
Statistics
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168 101 0.42
169 112 0.46
170 16 0.07
171 7 0.03
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Consensus pattern (169 bp):
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AATAAATAGACTTTTCGTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTAACCTTTCTGAGGCAAACACTCAATT
ATAACAGGTTTTAACAAAAAAACTAAAAGAACTTAAACT
Found at i:1630 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 231--6686 Score: 4264
Period size: 171 Copynumber: 37.8 Consensus size: 170
221 NNNNNNNNNN
* * *
231 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * ** * * *
295 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTT-TTGAGGTAGACAGTCAAT
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
** * * * *
359 TATAATAGGTTTTAA-CTAAAAATCTAAAAGAACTT-AGCCT-
130 TATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * ** * *
399 AAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * ** *
464 AATAAATGGA-TTTTTCGTGTTC-ATGAATGGC-TTTTCTTTACCTTTCT-GAGGCAAACACTT-
66 TATAAATGGACTTTTT--T-ATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA-TTC
* * * *
524 AATTATAA-CATGTTTTGA-CAAAAAAAGTAACAAATTTCAAAC-TA
127 AATTATAATC-TGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTA
* * * * *
568 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * ** * *
633 TATAAATAGACTTTACTT-GCTAATGAA-AGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAATATTAA
66 TATAAATGGACTTT-TTTATC-AATGAATA-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * ****
696 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAANNNN
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
****** * * * * *
739 NNNNNNATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTTCAAGGCATTGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * *
804 TATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAAT-GTCTTATTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGAGATTCAA
66 TATAAATGGACTT-TTTTATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
** * *****
868 CAATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNN
129 TTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
***** * ** * * ** * * * *
910 NNNNNAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTAAGCAATAACGCTTGAGAAAGCTTGAGTGAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * *
975 TATAAATGAACTTTTTATATCAATGGATAACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGAGATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTT-TATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * * *
1040 TATAATATATTATGATAAAAAAAGTAAAAAACTTCAACTTA
130 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** * * * *
1081 AAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* ** * * * * * *
1146 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTGTTTCTTAATATTTC-CTAAGCCAAACATTCAA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAA
* * * * *
1210 TTACAATCTGTTTGAA-CTAAAATGTAAAACAATTCAACCTA
129 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** ** * *
1251 AAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCA-CGGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * ** * * *
1315 TATAAATGGACTTTTTTTATCAATGCATAGCTTGTTCTTAATGTTT-TCCCTGGTAGACAATCAA
66 TATAAATGGAC-TTTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
1379 TTATAATCT-ATTTAATAAAAAATCTAAAAAAATTTAGCCTA
129 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
1420 AAATGAATTATAACAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * *
1485 TATAAATGGACTTTTTGTACCAAT-AGATACCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTTAA
66 TATAAATGGACTTTTT-TATCAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
1549 TTATAATATATTTTACTCAAAAATATAAGAAAATTTAACTTA
129 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
1591 AAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTACAA-CGAGTGATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * *
1655 CTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATAGTTTTTTATTCACGTTTCTCAAGCCAAACATTCA
65 CTATAAATGGACTTTT-TTAT-CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * * *
1719 ATTATATTTTCTCTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * *
1762 AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTGAAGAGACTAATAAGACTTTCGAAGCCATGGATGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * *
1827 TCTAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAACACTCAAT
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* *
1892 TATAATCTGTTTTAATCAAAACTGTAAGAAAATTCAACTTA
130 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *** * *** *
1933 AAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAAAGTAATAAGGCTTTTCAATAAATGGGTGAT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * ** * * * *
1998 TATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTTTCAA--AAGAACATTCAA
66 TATAAATGGACTT-TTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA-AACATTCAA
*
2061 TTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
129 TTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
2104 AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGAT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * *
2169 TATAAATGGAC---TTT-T-AATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGACAGACATTTAA
66 TATAAATGGACTTTTTTATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAA
*
2227 TTATAATTTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTTCAACTTA
129 TTATAATCTGTTTT-AATCAAAAATGT-AAAAAAA-TTCAACTTA
* * * * * **
2271 AAATC-ATAAATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-ATTAAGTG
1 AAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTG
* * * * * * * *
2334 ACTATAAATGAACTTTTCATATCAATGGATGGCTCTTGCTTCATGTTTTTCAAGACAAACATTCA
64 ACTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * *
2399 ATTATAATATATTTTAATCAAAAAAG-AAAAAGAATTCAATTTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTA
* * * *
2442 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * ** * ** * *
2507 CATAAATGGGCTATTCTTGTCAATGAACGGGTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGAAAACATTCAAT
66 TATAAATGGACT-TTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
** * * *
2572 TATAATCT-TGTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTA
130 TATAATCTGT-TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
2613 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAAGCTATTGAAGGCATGGATGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * **
2678 TATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTC-TAGTTTTTTAAATGG----TTTT
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCAT-G-TTTCTCAA-GGCAAACATT
* * ** * * *** * * ** * *
2737 GTAATCTCATAAT-TGATTTTAGGT-TGAATTTTCTTAGATTTTTAGTTG
126 -CAAT-T-ATAATCTG-TTTTA-ATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * * * *
2785 AAA-CATATTATAATTAATTGTCTACCTCA-TGAAA-CTTGAAG-AA-AAAGCTATT-----CAT
1 AAATCA-ATTATGA--GATTATAAAAC-CATTTAAAGC--G-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * ** ** * * **** ** *
2840 ---TGACAAGAAAAGTCCATTTATAAAATCAAT-TATGAGATTACAATGAATGCCATTTCTTGAA
59 GGGTGACTATAAATGGAC-TTT-T-TTATCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATG---TTTC-TCAA
** * * * * * * * **
2901 -TTAAATATTCAATTATATTCTATTTTACTGAAAAATATAAAACAATTCAACCGA
116 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
2955 AAATGAGTTATGAGATTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGGATGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * *
3020 AATAAATGGACTTTTCATGTCAAT-AACTGGTTTTTTCTTTACGTTTC-CTAAGGCACACACTT-
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAA-TAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACA-TTC
* * *
3082 AATTATAA-CTTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
127 AATTATAATC-TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * *** * *
3126 AAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGACTTTTGAAATAACGGTTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * *
3191 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-AGGCTCTTTCTTTATG-TTCCCTAGAGCAAACATTCA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATA-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GCAAACATTCA
* * *
3254 ATTTTAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
3297 AAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* *
3362 TATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAAACATTCAA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
3426 TTATAATTTATTCTAATAAAAAATGTAAAACAATGTCAACTAA
129 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTA
* ** * *
3469 AAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * ** * * *
3534 TATAAATGGTCTTTTCTTATCAATAAAT-GACTTTTTCTTTTTGTTTCCCAATGCAGACA-TCTA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC-A
* * * * *
3597 ATTACAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
3640 AAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * *
3705 TATAAATAGACTTGTCTTACCAATGAATTA-CTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCA
66 TATAAATGGACTT-TTTTATCAATGAA-TAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCA
* * * *
3768 ATTACAATATGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAACATTTAACTTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTA
* ********** * * * *
3812 AAATCAATTATGAGAGTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * *
3877 TATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTGTGCTTCAAGTTTTTCAAGGTAAACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * **
3942 TATAATATATTTTAATCAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTA
130 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** **
3984 AACA-GAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAAGGTTTAAGTGA
1 AA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* ** * * *
4048 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTTACAT-TTTCT-GAGGCAAACATTC
65 CTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * * * *
4111 AATTATAATTTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAATAATTTTAACCTC
127 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * ** *
4156 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGTTTTTTGAAGGCATAGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * *
4221 TATAAATAGACTTTTCTTGTAAATGAATGGC-TTTTGTTC-TAGTTTCTCGAGTCAAACAATCAA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * **
4284 TTATAATGTGTTTTAACTC-GAAATCTAAAAAAATTCAACCCA
129 TTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
4326 GAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGAGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * * *
4391 TAGAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTTTTAAGGTAAAAATT
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAAT--A-G-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * * * *
4456 CAATTACAATATGTTTTAA-CTAAAAAAGGAAAAAAATTCAATTTA
126 CAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
4501 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * ** * * * *
4566 TATAAATGGACTTTTCTTATAAATGAATGGC-TTTTC-TCCTAGTTTCTTGAGCCAACCAATGAA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
4629 TTATAATCTGTTTTAACCAGAAATCTAAAAAAATTTAACCTA
129 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
4671 AAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * *
4736 TAAAAATGAACTTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTAACAT-TTTC-CAA-GCAGACATTC
66 TATAAATGGAC--TTTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * *
4798 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
127 AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** *
4842 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTGGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
*
4907 TATAAAT-GA-TTTTTTCTTGCTAATGAA-AGGCTTTTTCTTTACAT-TTTC-CAAGGCAAACA-
66 TATAAATGGACTTTTTT-AT-C-AATGAATA-GCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * * * *
4966 TCAATTGTAATCTATTTGAACCAAAAATGTGAAAAAATT-AACTTA
125 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
** * *
5011 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACG-ATTGAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGA
* ** * * * ** * *
5075 CTATAAAT-TAGCTTTTCTTGCCAGTGAATA-TTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGTCCAACATTCA
65 CTATAAATGGA-CTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * ** *
5138 ATCATATTCTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAACGCTCAACTGA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTA
* * * * **
5182 AAATCAATTATGAGATTGTACAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * * *
5247 TATAAGTAGACTTTTTCTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTC-CTGAGGTAGACAGTCAA
66 TATAAATGGACTTTTT-TATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAA
* * * *
5311 TTATAATCTATTTTAACCTAAAATGTAAAACAATTCAACTTA
129 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * * * ** *
5353 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTACTAAGGCTTTTCAAGGAATTGACGAT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* ** *****
5418 TATAAATGGACTTCTATTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAAACNNNNN
66 TATAAATGGACTT-TTTTATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCA
***** * * *
5481 NNNNNAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
5524 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-ATTTTTCGAAGGCATGGATGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGA
* * * * * * *
5588 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTCT-AGAGACAGAGAGTCA
65 CTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCA
* * *
5652 ATTATAATATGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** *
5695 AACTCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * ** * * *
5760 TATAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGACAGACATTCAA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * *
5824 TTATAATTTGTTTTAAT-AGTAAAA-GTAGAAAAATACAACTTA
129 TTATAATCTGTTTTAATCA--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** * **
5866 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGG-AGTGAATGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGA
* * * * * * *
5930 CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCCATAAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTTTTAAGGCAAACATTCA
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* * * * **
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** * *
6038 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * ** * * *
6103 TATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGCCAGATATTCAAT
66 TATAAATGGACTT-TTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* *
6168 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTA
130 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
6209 AAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * ** * * *
6274 CATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACACTCAAT
66 TATAAATGGAC-TTTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * *
6339 TATAATCT-TGTTTAAACAAAAGTGTAAGAAAATTCAACCTA
130 TATAATCTGT-TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
6380 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT-AAGATGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGAATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
6444 CTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAA-AGGCTTTCTCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTTA
65 CTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATA-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
6508 AGTATAATCTGTTTTATTAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
6551 AAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* ** * * * *
6616 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAAACAATAGCTTTGTCTTTACAT-TTT-TCAAGGTAGATATTCA
66 TATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
6679 ATTATAAT
128 ATTATAAT
6687 ACCATTTAAA
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AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:6809 original size:114 final size:114
Alignment explanation
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Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
6555 CAATTATGGG
* * * *
6565 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
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* * **
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65 TTCTTGCCAAACAATAGCTTTGTCTTTACATTTTTCAAGGCAGATACGCA
* * * *
6679 ATTATAATACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAGGGCT-TGGGTGACTGTAAATGGGCTT
1 ATTATAATACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTT
** *
6743 TTCTTGCCAATGAATGGGCTTT-TC-TT-CATATTTTCTAAGGCAGATACGCA
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1 ATTATAAT
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Statistics
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ATTATAATACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAAACAATAGCTTTGTCTTTACATTTTTCAAGGCAGATACGCA
Found at i:7042 original size:139 final size:138
Alignment explanation
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6781 GGCAGATACG
*
6791 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTCAACCTAAAATAACTATGAGATTATAA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATCAAAAAATTCAACCTAAAATAACTATGAGATTATAA
** * * *
6856 AACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCGAAGTAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAAT
66 AACCATCAAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGAATTGATGACTATAAATGAACTTTTCTTAAT
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131 AAGGCTTT
* * * *
6929 CAATTATAATTTGTTTTAACT-GAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATCAAAAAATTCAACCTAAAAT-AACTATGAGATTAT
* *
6993 AAAACCATCAAAAGCAAGTAAT-AGGACTTTCGAAGGCA-TGAATGACTATATATGAACTTTT
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7054 TTTGCCAATG
Statistics
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CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATCAAAAAATTCAACCTAAAATAACTATGAGATTATAA
AACCATCAAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGAATTGATGACTATAAATGAACTTTTCTTAAT
AAGGCTTT
Found at i:7531 original size:171 final size:171
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6917 TAATAAGGCT
* * * *
6927 TTCAATTATAATTTGTTTTAACTGAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * ** * * *
6992 TAAAACCATCAAAAGCAAGTAAT-AGGACTTTCGAAGGCATGAATGACTATATATGAACTTTTTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *
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* * * * * * *
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* * ** **
7162 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTTAGTTCCTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
7227 T-CCTAATGAAT-GGTTTTGT-TTTATGTTTCTCGAGGTAAACA
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* * * * * * * * *
7268 TTCAATTATATTCTGTTTT-GCTAAAACTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAGTTATGAGACTG
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
7332 TAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCGT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** *
7397 GTCAATGAATAATTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGACA
131 GCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACA
* * * * *
7438 CTT-AATTATAACT-TCTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTT
1 -TTCAATTATAA-TATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * *** *
7501 TATAAAACTATTTAAAGTGAGCT-ATAAGGCTTTTGAAGAAACGGACAACTATAAATGGAGTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
7565 CTTGCCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCACATTCCCCAAGGCAAACA
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* * *
7609 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * * * *
7674 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCGTGGGTGAATACAAATGCACTTGTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
7739 ACCAATGAATCA-CTTTTTCCTCGTATTTCTCGAGGCAAACA
131 GCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * **
7780 TTCAATTATAATATGTTTTGACTAAAACTATAGGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
7845 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCAT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * *
7910 ATCGATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACA
131 GCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * * *
7951 ATCAATTATAAT-TAGTTTTAA--AAGAACAAGTAGAAAAATACAGCTTAAAATCAATTATGAGA
1 TTCAATTATAATAT-GTTTTAACTAA-AA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** **
8013 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-G--T-AG-AAAAATAAATAAACTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT
* ** * * * **
8073 TTTTATCAATAAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGCAGACA
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* * * * * * * *
8118 TTTAAATACAATTTGCTGTAA-TAGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
8182 ATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
8247 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAAGCAGACA
130 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACA
* * *
8289 TTCAATTATAATGTGTTTT-ACTGAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATT
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * *
8353 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTGGCTATAAATGGA-TTTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*** * * * *
8417 ATATTAATGGATAGCTTTTACTTCATATTTCTCAAGGTAGACA
130 -TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
* * ** *
8460 TTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAA-GTAAAAAAATTCAACAAAAAATAAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
8524 TAAAACGATTTAAAGCGAGGAATAAGGTTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
8589 GCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCAAGTTTCCCAA-GCTAAACA
131 GCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AGACA
* * * * * * *
8630 TTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTCAGCCTCAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * ** * * * *
8695 ATAAAACCATTTGTAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGATACGGGAGACTATAATTGAACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
8760 TGCCAATGAAAAGC-TTTTCTTCTTATTTCTCGATGCAGGCA
130 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
** * * * * *
8801 GGCAATTATAATATTTTTTAACTAGAAATTTAAAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
8866 TAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGGGTGACTACAAATGTACTGTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
8931 GTCAATTAATGGCTTTTTCTTCTTGTTTCTCAAGGGAAAAA
131 GCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
*
8972 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
9030 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
Found at i:12719 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12294--13679 Score: 1243
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
12284 CAGTAAATGT
* * * * *
12294 TTTTTCTTAATGTTTCTTGAGTTCAG-CATTCAATTATATTCTGTATTAACCAAAAATATAAAAA
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* * * * *
12358 AAGCTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGA
65 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTC-A
* * * * * *
12422 A-GACATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTTTCTGTCAATAAATAGC
128 AGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGAATGGC
* * * * * * * * * *
12467 TTTTTCTTCTTGTTTCTTGAGACAGACAGTCAACTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAGACA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * *
12532 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTACTAAGGCTTTTCAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG
* * * * * *
12597 AATGAGCGATTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGAC
131 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
** * * * * *
12638 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * *
12703 ATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAA-GCTTTTCGAGC
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAG-
* * *
12767 GCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGAG-
130 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-GC
* * * * * * * *
12809 TTTTTCTTAATGTTT-ATAGAGGTAGAGAGTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * *
12873 ACTTCAACCTAAACTCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTC-AA
** * * *
12937 GGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGC
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* ** * * * *
12980 TTTTGCTTCACT-TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCGTAAAA-GTAGAA
1 TTTTTCTTCA-TGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATATAAAA
* * * * ** *
13043 AAATACAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACTATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAA
* * * * *
13108 AGAGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCC
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
** ** * * * * * * *
13151 TTTTTCTTCACATTTTTTGAGGCAAATATTCAAATACAATATATTTTAA-TAGAAAATATAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATATAAAAA
** * * * * * *
13215 GTTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTAAGCAATAAGACTTTTGAA
65 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAA
* * * *
13280 GGCATAGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGC
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
* ** *
13323 TTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAT
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * ** *
13387 ATTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG
** * * *
13452 CGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGTTAATGAATGGC
131 AATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAATGGC
* * ** * * * * *
13494 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAGACACTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAGTGTAAGAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * *
13559 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT-AAG-ATGAGTAATAAGGCTTTTGAA
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA--AGTAATAAGGCTTTTCAA
* * * *
13622 AGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCGAATGAAAGGC
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGC
* *
13665 TTTCTCTTCACGTTT
1 TTTTTCTTCATGTTT
13680 TTCAAGACAG
Statistics
Matches: 979, Mismatches: 211, Indels: 48
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 89 0.09
171 542 0.55
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG
AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
Found at i:12930 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 12320--13713 Score: 1411
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 343
12310 TTGAGTTCAG
* * * *
12320 CATTCAATTATATTCTGTATTAACCAAAAATATAAAAAAAGCTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
12385 TTGTACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAGTAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * ** * *
12450 TTCTGTCAATAAAT-AGCTTTTTCTTCTTGTTTCTTGAGACAGACAGTCAACTATAATCTATTTT
130 CT-TGTCAATGAATGAGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGACAGACAGTCAATTATAATATATTTT
* * * *
12514 AACCCAAAATGTAAGACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAG
194 AACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG
* * * * *
12579 TACTAAGGCTTTTCAAGGAATGAGCGATTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGACTTTTTC
259 TAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* *
12644 TTCATGTTTCCCAAGGTAAA
324 TTCATGTTTCCCAAGGCAGA
* * * * *
12664 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
12729 TATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAA-GCTTTTCG-AGCGCATGGATGACTATAAATGGACTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAG-GCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * ** * *
12792 TCTTATCAGTGAATGAG-TTTTTCTTAATGTTTATAGAGGTAGAGAGTCAATTATAATATGTTTT
129 TCTTGTCAATGAATGAGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGACAGACAGTCAATTATAATATATTTT
* * * **
12856 AATCAAAAATGTAA-AAAACTTCAACCTAAACTCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
194 AACCAAAAATGTAAGAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
** * * *
12920 GTAATAAGGC-TTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTT
258 GTAATAAGGCTTTTC-AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT
*
12984 GCTTCACT-TTTCCCAAGGCAGA
322 TCTTCA-TGTTTCCCAAGGCAGA
* * * * * *
13006 CATTCAATTATAATTTGTTTTAACCGTAAAA-GTAGAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGG
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
13070 TTACAAAACTATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AGTGGGTGACTATAAATAGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
13134 TCTTGTCAATGAATG-CCTTTTTCTTCACAT-TTT-TTGAGGCAAATATTCAAATACAATATATT
129 TCTTGTCAATGAATGAGCTTTTTCTT-A-ATGTTTCTTGAGACAGACAGTCAATTATAATATATT
* * * * * *
13196 TTAA-TAGAAAATATAA-AAAGTTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAA
192 TTAACCA-AAAATGTAAGAAA--ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
13259 GTAAGCAATAAGACTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGC
254 GTAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC
*
13323 TTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGCAGA
318 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA
** * * *
13349 CATTCAATTATAATCT-TTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAAGTTAAAATCAATTATGACAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * *
13413 TATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTT
* * * * * * ***
13478 TTTGTTAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAGACACTCAATTATAATCCGTTTTA
130 CTTGTCAATGAATGAGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGACAGACAGTCAATTATAATATATTTTA
* * *
13542 ACCAAAAGTGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT-AAGATGAG
195 ACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAAG
* * * * * * * *
13606 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAAAGGCTTTCTC
259 TAATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* ** *
13671 TTCACGTTTTTCAAGACAGA
324 TTCATGTTTCCCAAGGCAGA
* * * *
13691 CATCCAAGTAAAATCTATTTTAA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA
13714 TAAAAAGAAT
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 167, Indels: 59
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 17 0.02
342 527 0.62
343 266 0.31
344 44 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTGTCAATGAATGAGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGACAGACAGTCAATTATAATATATTTTAA
CCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
ATAAGGCTTTTCAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT
CATGTTTCCCAAGGCAGA
Found at i:13329 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 12323--13719 Score: 1625
Period size: 514 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
12313 AGTTCAGCAT
* * *
12323 TCAATTATATTCTGTATTAACCAAAAATATAAAAAAAGC-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAA-CTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
12387 GTACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTT
* * * * * *
12452 CTGTCAATAAATAGCTTTTTCTTC-TTGTTTCTTGAGACAGACAGTCAACTATAATCTATTTTAA
128 CTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCTTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
12516 CCCAAAATGTA-AGACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGT
192 -CCAAAA-GTAGAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAATAAGT
* * * * * * * * *
12580 ACTAAGGCTTTTCAAGGAATGAGCGATTATAAATGGACTTATCTTACCAATGAATGACTTTTTCT
255 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAATGAATGACTTTTTCT
* ** * * *
12645 TCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
319 TCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
12710 TTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGCTTTTCGAGCGCATGGAT
384 TTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGCTTTTCGAGCGCATGGAT
* * * * * *
12775 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGAGTTTTTCTTAATGTTTATAGAGGTAGAGAG
449 GACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTAATGTTTACAGAGGCAGACAG
* * * *
12838 TCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAACTCGATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
** *
12903 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCAT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTC-T
* * * *** * * *
12967 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCG
130 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACC-
* *
13032 TAAAAGTAGA-AAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACTATTTAAAATAAGTAAT
194 -AAAAGTAGAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAATAAGTAAT
* *
13096 AAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
258 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAATGACTTTTTCTTCA
* ** * **
13161 CATTTTTTGAGGCAAATATTCAAATACAATATATTTTAAT-AGAAAATATAAAAAGTTTTCAACT
322 CGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAATCA-AAAATATAAAAA-AATTCAACT
* * * *
13225 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTAAGCAATAAGACTTTT-GAAG-GCATAGG
385 TAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAG-CTTTTCG-AGCGCAT-GG
* * *
13288 -TGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGCAGACA
447 ATGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGAG-TTTTTCTTAATGTTTACAGAGGCAGACA
*
13351 T
511 G
* ** *
13352 TCAATTATAATCT-TTTTAATAAAAAATATAAAAATA-TTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-ACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
13415 TAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTC
* * * *
13480 TGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAGACACTCAATTATAATCCGTTTTAACC
129 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
13545 AAAAGT-GTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAGATGAGTAA
194 AAAAGTAG--AGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAATAAGTAA
* * *
13609 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAAAGGCTTTCTCTTC
257 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATGAATGACTTTTTCTTC
* * * * * *
13674 ACGTTTTTCAAGACAGACATCCAAGTAAAATCTATTTTAAT-AAAAA
321 ACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAATCAAAAA
13720 GAATAGTCAA
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 118, Indels: 42
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 14 0.02
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514 395 0.53
515 38 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTG
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
AAGTAGAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATAAG
GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
TTTCAAGGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGCTTTTCGAGCGCATGGATGACTATA
AATGGACTTGTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTAATGTTTACAGAGGCAGACAG
Found at i:17214 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16907--18199 Score: 1045
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
16897 NNNNNNNNNN
* * * * *
16907 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
* * * * * * * *
16972 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCT
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCC
* **
17036 A-TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATGACTGGCTTT
129 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
17078 AAAAGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATA
** * * * * * *
17143 TTGCATTTGAATATGTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** ** *
17208 TTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT
131 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
17249 AAATGGTTTTGTAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTCTACA-ATCTCGATTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACA
* * * * * * * * * * * * * *
17312 AATTATAATTGAGTGTTTGTCTTGGGACATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAGAGTTC
64 TATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
17377 ATTTATAGTCACTCAA-ACTTTCGAAAGCTTTATCATTCACTTT
129 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * *
17420 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
* * * * *
17485 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAGTCTA
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
17549 TTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AGAA-CTTTATTACT--C---
130 TTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGA-AAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
17586 ----GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATA
* * * * ** * * *
17647 TTATAATTGAATTTTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTGACAAGAACAGTACAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
17712 TTGTAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTATTTT
131 TTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
17753 ATATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTAAATTTCTGGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATA
** * * **
17818 TTATAATTGCCTGTCTGCATCGAGAAATGA-GAAG-AAAAGCTTTTCATTGACAAGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
17881 ATTATAGTCAC-CTGTGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTCT
130 TTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
17923 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTGTTTTACATTTTTAGTAAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
* * * * * *
17988 ATTGTAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAACTTGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
18051 CATTTATGGTCACTCAAG-CTTTCGAAAACCTTATCACTCGCTTT
128 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * ** *
18095 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT-TGATTGAAATTTTTTAC-TTTTTAATTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
* * * * *
18158 ATTATAATGGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGC
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGC
18200 TATCCATTAA
Statistics
Matches: 882, Mismatches: 203, Indels: 74
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 71 0.08
162 62 0.07
169 3 0.00
170 212 0.24
171 385 0.44
172 144 0.16
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATA
TTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:18092 original size:504 final size:503
Alignment explanation
Indices: 16907--18094 Score: 1218
Period size: 504 Copynumber: 2.3 Consensus size: 503
16897 NNNNNNNNNN
* * *
16907 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTTATATTTTTTA-TTAAAATA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTTGAAATTGTTTTACA-TTTTTAGTAAAAATA
* * *
16971 TATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAA-TATGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGCACA-AAAAG
64 TATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACT-TGAAG-AAAAACTCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * *
17033 TCTA-TTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATGACTGGCTTTAAAAGATTTTATAATCTA
125 TCTATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAACCTTATCACT--C-------GCTTTTATAATCTA
* * *
17096 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTGCATTTGAATATGTGC
180 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATATGTGC
* * * ** *
17161 CTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCT
245 CTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTAATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCT
* * *
17226 TCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTT
310 TCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTATATTTT
* * * * *
17291 TCTACAATCTCGATTAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGTCTTGGGACATATGAAGCAAAAGCC
375 TCTACAATCTCGATTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGTCTCGAGAAATATGAAGCAAAAGCC
* * * * * * * *
17356 ATCCATTGATATGAAGAGTTCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCTTTATCATTCACTTT
440 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATCACTCACTCT
* * * * *
17420 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACT-
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAGGTTGAAATTGTTTTACATTTTTAG-TAAAAATA
** * * * *
17484 TATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAGTCT
64 TATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAAAACTTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * * * * *
17548 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAGAACTTTATTACTCGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAACCTTATCACTCGCTTTTATAATCTAATAATTGATTTTA
* * * * * **
17613 AGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATTTTTGCTTTGAGAAACAT
193 AGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATATGTGCCTCAAGAAACAT
* * * * *
17677 GAAGAAAAAGATATTAATTGACAAGAACAGTACATTTGTAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
257 AAAGAAAAAGACATTAATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
** * * * * *
17742 TTACTTATTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGA-ATTTTTTTA-AATTTC
322 TTACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-ATATTTTTCTACAATCTC
* * * ** *
17805 TGGTTAAAACATATTATAATTGCCTGTCTG-CATCGAGAAATGA-GAAG-AAAAGCTTTTCATTG
386 -GATTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGTC-TCGAGAAAT-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
**** * *
17867 ACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTGTGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTCT
448 ACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CTCAAACTTTCGAAAGCCTTATCACTCACTCT
*
17923 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTGTTTTACATTTTTAGTAAAAATAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AGGTTGAAATTGTTTTACATTTTTAGTAAAAATAT
* * * *
17988 ATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACTTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACTTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
*
18053 TTTATGGTCACTCAAGCTTTCGAAAACCTTATCACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAACCTTATCACTCGCTTT
18095 AAATTGTTTT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 107, Indels: 47
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
502 7 0.01
503 150 0.27
504 258 0.47
505 2 0.00
511 1 0.00
512 23 0.04
513 102 0.19
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (503 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAGGTTGAAATTGTTTTACATTTTTAGTAAAAATATA
TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACTTGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
TATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAACCTTATCACTCGCTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATATGTGCCTCAAGAAACATAAAG
AAAAAGACATTAATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
GCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTATATTTTTCTACAATCTCGATTA
AAACAAATTATAATTGACTGTCTGTCTCGAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
AGTCCAATTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATCACTCACTCT
Found at i:21981 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21691--23280 Score: 1332
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 169
21681 TGATATGAAG
* ** * * * *
21691 AGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
21755 CGTAATTGATTCTAGGTTGATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTTATTATAATTGAATGTTT
66 CATAATTGATTTTA-GTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
*
21820 GCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
129 ACCTT-GAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
21862 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAATCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATGT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
21927 CATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATTTTTG
66 CATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* *
21992 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGACAAGAAA
130 CCTTGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * * ** * * *
22033 AGTACATTTGTATTCACCTATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * ** *
22098 CATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTGTTAAATTTCTAGTTAAAACATAGTATAATTGCCTGTCTG
66 CATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * *** *
22163 CATCGAGAAATAAGAAG-AAAAGGTTTTCATTGACAAAAAA
130 CCTTGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* ** * **
22203 AGTCCAATTATAGTCACCTGTGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTCCAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
22268 CATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTT
66 CATAATTGATTTTA-GTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* *
22333 TCCTTGGAAAACT-TGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAA
129 ACCTT-GAAAA-TATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAA
* ** * * *
22375 AGCCCATTTATAGTCATTCAAGCC-TCTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATA
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
22439 TCATAATTCATTTTTTGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTGT
65 TCATAATTGA-TTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
22503 ACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTAATATA-AAA
129 ACCTTGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAA
* * * * *
22545 AGTCTATTTATAGCCACTCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
22609 TCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTCA-ATAAAACACATTATAATTGAATGTC
65 TCATAATTG-ATTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * ** *
22673 TACCTT-AGGAATCGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGACA
128 TACCTTGA-AAAT-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* **
22716 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
22781 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCT-GTTAAAACAGATTGTATTTGAATGTCT
66 CATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
** * * ** *
22845 ACCTCAAAAAACATGAAGGAAAAGGTATTTATTGACAAGAAA
129 ACCT-TGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * *** * * * *
22887 AGTTCACTTAT--TTTTCTA-G--TTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTGTAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** * *
22946 TCATAATTGATTTTCAGCTGTATTTTTCTAC-TTGTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTC
65 TCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
** * * * * * * *
23010 TGGCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTA-TCAATCGATATGAAA
128 TACCTT-GAAAATATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAA
* **
23053 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT-TGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * * *
23117 TTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTCCTATAGTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTT
65 TCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * ** ** *
23182 ACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAGTGATTCATTGGTAAGACA
129 ACCTTGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * *
23224 AGTGCATTTATATTCACCCACGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
23281 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1137, Mismatches: 237, Indels: 90
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 7 0.01
166 119 0.10
168 4 0.00
169 9 0.01
170 237 0.21
171 644 0.57
172 112 0.10
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
CTTGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
Found at i:22886 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 21691--23280 Score: 1653
Period size: 512 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
21681 TGATATGAAG
* ** * *
21691 AGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** ** *
21755 CGTAATTGATTCTAGGTTGATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTTATTATAATTGAATGTTT
66 CATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT
* * * * * ** *
21820 GCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
131 ACCTTAGAAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGC
* * * *
21885 CTTCTAAAATCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTCAGTTGAATT
196 C-TCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTCAGTTGAATT
* * * * *
21950 TTTTTCCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATTTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
260 TTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * ** *
22015 CCATTAATTGACA-AGAAAAGTACATTTGTATTCACCTATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
324 CTATCAATTGATATA-AAAAGT-CATTTATAGTCACC-ATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
22079 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTGTT-AAATTTCTAGTTAAAAC
386 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTCAAATTTTTA-TTAAAAC
* ** * * * ** *** ** * *
22143 ATAGTATAATTGCCTGTCTGCATCGAGAAATAAGAAG-AAAAGGTTTTCATTGACAAAAAA
449 ATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGACA
* ** * * **
22203 AGTCCAATTATAGTCACCTGTGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTCCAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
22268 CATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTT
66 CATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT
* * * * * *
22333 TCCTTGGAAAACTTGAA-GAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCAAG
131 ACCTTAGAAAACATGAAGGAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAG
* * **
22397 CCTCTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATATCATAATTCATTTTTTGTTGAAT
195 CCTCT-AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTCAGTTGAAT
** * * *
22462 TTTTTTACTTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAG
259 TTTTTTACTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
22527 CTATCCATTAATATAAAAAGTCTATTTATAGCCACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
324 CTATCAATTGATATAAAAAGTC-ATTTATAGTCAC-CATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
22591 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTCAATAAAACA
386 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTT-ATTAAAACA
* *
22656 CATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAATCGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGACA
450 TATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAT-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGACA
* *
22716 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
22781 CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTCT-GTTAAAACAGATTGTATTTGAATGTC
66 CATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTATATTTT-TAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTT
* * * * * * * *
22844 TACCTCAAAAAACATGAAGGAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTTCACTTAT--T-TTTCTAG
130 TACCTTAGAAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAG
* * * * * * *
22906 -TTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGCTGTAT
195 CCTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTCAGTTGAAT
* * * * * *
22969 TTTTCTACTTGTTCGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGGCTTGGGAAACATGAAGCAAAA
259 TTTTTTACTT-TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAA
* *
23034 GCTATCAATCGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGC
323 GCTATCAATTGATATAAAAAGT-CATTTATAGTCA-CCATACCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * **
23098 TTTAAAAAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTCCTATAGTTTTGGTTAAAA
385 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC-A-AATTTTTATTAAAA
* * **
23162 CATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAGTGATTCATTGGTAAGACA
448 CATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGACA
* * * * *
23224 AGTGCATTTATATTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
23281 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 166, Indels: 48
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
506 4 0.00
507 59 0.07
508 237 0.27
509 21 0.02
510 1 0.00
511 9 0.01
512 301 0.34
513 258 0.29
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT
ACCTTAGAAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGC
CTCTAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTCAGTTGAATTT
TTTTACTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCT
ATCAATTGATATAAAAAGTCATTTATAGTCACCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTATTAAAACATATTAT
AATTGAATGTCTACCTTAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGACA
Done.