Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398764.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2047.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1826
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.10, T:0.34
Warning! 188 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:788 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 290--1208 Score: 943
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 338
280 NNNNNNNNNN
* * * *
290 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTT
1 TTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTT
* * *
355 TTAGTTAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT-AATGGA
66 TT-GTTAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-
* *
419 TAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGGTTTT
128 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
484 GTAATCTTATAATTAATTAT-AGTT-GACTTTTTTTTATATTTTCATT-AAAACAGACTTTAATT
193 GTAATCTCATAATTAATTATAAGTTAAAATTTTTTACAT-TTTTC-TTGAAAACAAACTTTAATT
* * * **
546 GAACATCTGCCTTA-GGAAACGAGTTGAAAATGTCATTTATTAAGAAA-AAAAGTCCATATATAG
256 AAACATCTACC-TAGGGAAACGAGTAGAAAATACCATTT-TT-AGAAAGAAAAGTCCATATATAG
*
609 TTACCCATTCCTTCAAAAGTC-
318 TCACCCATTCCTTCAAAAG-CA
* * *
630 TTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTATTTTTAC-T
1 TTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TCAAATT-TTTTTACAT
* * *
693 GTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTGGAGAAACATGAAG-AAAAAGATATTCA
64 -TTTT-GTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCA
* * **********
757 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTACTA-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATG
124 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATG
821 GTTTTGTAATCTCATAATTAATTATAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTCTTGAAAACAAACTTTA
188 GTTTTGTAATCTCATAATTAATTATAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTCTTGAAAACAAACTTTA
* * * * *
886 ATTAAATATCTACCTAGGGAAATGAGTAGAAAATACCATTTTTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAG
253 ATTAAACATCTACCTAGGGAAACGAGTAGAAAATACCATTTTTAGAAAGAAAAGTCCATATATAG
**
951 TCACCCATTTTTTCAAAAGCA
318 TCACCCATTCCTTCAAAAGCA
*
972 TTA-CTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTCAAACTTTTTTACATT
1 TTATC-ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATT
* * ** * *
1036 TTTGGTGAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTTAAG-AA-ATGTAACAAAAAAAGCATTCATG
65 TTT-GTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACATG-AA-GAAAAAAGCATTCATT
* * * **
1099 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAACCTTATTGCA-CCTTTTAAATAAT
126 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACATGC-TTTAAATGGT
* ** * *
1163 TTTATAATCTCATAATTTGTTTTAAGTT-GAATTTGTTTACATTTTT
190 TTTGTAATCTCATAATTAATTATAAGTTAAAATTT-TTTACATTTTT
1209 GGTTAAANNN
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 79, Indels: 48
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.01
339 11 0.02
340 158 0.33
341 51 0.11
342 186 0.39
343 58 0.12
344 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTT
TTGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGGTTTTGTA
ATCTCATAATTAATTATAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTCTTGAAAACAAACTTTAATTAAACA
TCTACCTAGGGAAACGAGTAGAAAATACCATTTTTAGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAAGCA
Found at i:1108 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 290--1826 Score: 741
Period size: 170 Copynumber: 9.0 Consensus size: 168
280 NNNNNNNNNN
* * *
290 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATT-TTTTACATTT
* * * * ** * * *
355 TTAGTTAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGTGAA-GAAAAAAGCATTAATGGA
65 TTGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA--TGAATAAAAAAAGCATTCATGGG
* *
419 TAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCC
128 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
* * * * * ** *
460 TTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTAATTAT-AGTTGACTTTTTTTTATAT
1 TTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TCA-AATTTTTTACAT
*** * ** * * * * ** * * *
523 TTTCATTAAAACAGACTTTAATTGAACATCTGCCTTAGGAAACGAGTTGAAAATGTCATTTATTA
63 TTTTGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGAATAAAAAAAG-CATTCA-TG
* * * * * * *
588 AG-AAAAAAAGTCCATATATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGTC
126 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
* * * * *
630 TTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTAC-TG
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TCAAAT-TTTTTACAT-
* * * ** * * *
694 TTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTGGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCAT
63 TTTT-GGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AA-ATGAATAAAAAAAGCATTCAT
* * *
758 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACTA-TCACTCATTCCTTCAAAAGCC
125 GGGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
********** * * * *
802 TTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTATAAGTTAAAATTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TCAAATTTTTTACATTT
** * * * * * * * * * **
867 TTCTTGAAAACAAACTTTAATTAAATATCTACC-TAGGGAAATGAGTAGAAAATACCATT-TTTT
65 TTGGT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAATGAATA-AAAAAAGCATTCATGG
* * * * *
930 GAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCA
127 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
* *
972 TTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTCAAACTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAA-TTTTTTACATTT
* * *
1037 TTGGTGAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAATGTAACAAAAAAAGCATTCATGGGT
65 TTGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATG-AATAAAAAAAGCATTCATGGGT
*
1102 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAACC
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
* * * ** **
1142 TTATTGCAC-CTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTTGTTTTAAGTTGAATTTGTTTACATT
1 TTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTT-TTTACATT
********** * *
1206 TTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT-AA-AGAAAAAGATATTCAT
64 TTTGG-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AA-ATGAATAAAAAAAG-CATTCAT
* ** *********
1269 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CNNNNNNNNNNAAAGCC
125 GGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCC
* * * * * **
1313 TTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTACATTTT
* * * *
1378 TGGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGTCTATGC-TGAGAAACGTGAA-AAAAAAA--ATTCATGG
66 TGG-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAA--TGAATAAAAAAAGCATTCATGG
* * * * *
1439 GCAAAAAAAGTCC-TTTATAGTCTCCCATTCCTT-ATAAAGCC
127 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA-AAAGCC
* ********** * * * *
1480 TTATTACTCGATTTANNNNNNNNNNTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TCAA-ATTTTTTACATT
* * * * * ** * *
1545 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTCAA-AACATGAA-GAAAAGTGTATTCATT
64 TTT-GGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAA-ATGAATAAAAAAAGCATTCATG
* * * * * * * *
1608 AGCAAAAAAAGTTCATTTATTA-TCACCCATTCCTTCGAAAGCT
126 GGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
* * * * * * *
1651 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTAAAATTAATTTAAAGTTCAATTTTTTTTTACTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TCAA--ATTTTTTACAT
* * *
1716 TTTTGGGTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATG--TGAAGAAAAATGCATTC
63 TTTT-GGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAATGAAT-AA-AAAAA-GCATTC
** * *
1778 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCC
123 ATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCT-TTCAAAAGCC
1824 TTA
1 TTA
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 284, Indels: 113
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 48 0.05
168 32 0.03
169 99 0.10
170 403 0.39
171 237 0.23
172 150 0.15
173 50 0.05
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTACATTTT
TGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGAATAAAAAAAGCATTCATGGGTAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC
Done.