Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398771.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2054.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5462
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 1755 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:727 original size:344 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--1259 Score: 1156
Period size: 344 Copynumber: 3.7 Consensus size: 339
* * * * *
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * * **
65 TTAAAATACACG--ATAATT-AATTGTCTACCTTGAAAAGTATGAAGAGAAAGCCATTCATAGGC
66 TT-AAA-ACAAGTTATAATTGAA-TGTCTGCTTTGAAAAACA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
* * * *
127 AATAAAAGT-TCATTTATAATCACTCGTTCCTTCAAAAGACTTACTACTCACTTTAAATAGTTTT
127 AA-AAAAGTCT-ATTTATAGTCA-TCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
191 ATAATCTCATAATTGC-TTTTAGGTTGAATGTTTTCACA-TTTTTGATTGAAACAGATTATAATT
189 ATAATCTCATAATT-CATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
** * * * * *
254 GAATGCCTGCC-AAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAAT
252 GAATGTATGCCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
318 CACTC-TAGCTTTTGAAAGCCTTAC
316 CACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTAT
* *
342 TACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTACTTTACTTTTT
1 TACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTT--TTTACATTTT
* * * *
406 TAGTTAAACCAAGTTATACTTGAATGTTTGCTTTGAAAAACACGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
63 TGGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGAT
* * * *
471 AAAACAAGTCTATTTATAGTCATGAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGCTTTA
127 AAAA-AAGTCTATTTATAGTCAT-CATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
536 TAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTTAAACAGATTACAATTGAA
190 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
601 TGTATACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCCAGAAAAG-CTTATTTATAGTCAC
255 TGTATGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCAC
*
665 CCATACCTTTGAAAGTCTTAT
319 CCATACCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
686 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTGCATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * ** * *
751 TTAAAATAAATTATAATTGAATATCTGTCTAGTGAACTATA-AAGAAAAAGTCATTCATTGGA-A
66 TTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTG-CT-TTGAAAAACAGAAGAAAAAGCCATTCATT-GATA
* * * *
814 AGAAAAGTTTAGTTATAGCGTC-TCATTCC-TCGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
128 A-AAAAGTCTATTTATA--GTCATCATTCCTTC-AAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * ** ** *
877 GTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAATGGGCTATAAATGA
189 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * * * * * *
941 ATGTTTGTCTCATAAAACATTAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATGGCCA
254 ATGTATGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* **
1005 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
318 CCCATACCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
1027 TACTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAACTCAA-TTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAA-TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
*
1090 GTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
65 GTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTCTGCTTTGA-AAAAC-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-
* * * * * * *
1153 TAGAAAAGTCTATTTATAGACATTCATGCCTTCAAAAGAGTTATTGCTCGTTTTACATAGTTTTA
126 TAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
1218 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
190 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1260 GATNNNNNNN
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 134, Indels: 72
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 5 0.01
339 5 0.01
340 122 0.16
341 187 0.25
342 130 0.17
343 16 0.02
344 269 0.36
345 13 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
TTAAAACAAGTTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACAGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAA
AAGTCTATTTATAGTCATCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATG
CCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC
TTTGAAAGCCTTAT
Found at i:1250 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1260 Score: 1054
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
* * * * *
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * ** * * * * *
66 TAAAATACACGATAATT-AATTGTCTACCTT-GAAAA-GTATGAAGAGAAAGCCATTCATAGGCA
66 TAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTAGAAAACG-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT
* * * *
128 ATAAAAGT-TCATTTATA-ATCACTCGTTCCTTCAAAAGACTTAC
129 AGAAAAGTCT-ATTTATAGA-CACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
171 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTGAATGTTTTCACATTTTTGA
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGG
* * * **
236 TTGAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCC-AAGAGAAACG-TGAAGAAAAAGATATTCATTGACT
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT
* * * ** *
299 AGAAAAGTCCATTTATA-ATCACTC-TAGCTTTTGAAAGCCTTAC
129 AGAAAAGTCTATTTATAGA-CACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
342 TACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTACTTTACTTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT--TTTACATTTTT
* * * * * *
407 AGTTAAACCA-AGTTATACTTGAATGTTTG-CTTTGAAAAAC-ACGAAGAAAAAGCCATTCATTG
63 GGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
469 A-TAAAACAAGTCTATTTATAGTCA-TGAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
126 ACTAGAA-AAGTCTATTTATAGACACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
515 TACTCGCTGTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * * *
580 TTTAAACAGATTACAATTGAATGTATACCTCAGGAAACG-TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCCA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA
* * * ** *
644 GAAAAG-CTTATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGTCTTAT
130 GAAAAGTC-TATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
686 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTGCATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGG
* * * * ** * * * *
751 TTAAAATAAATTATAATTGAATATCTGTC-TAGTGAACTATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGA-A
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACT
* * *
814 AGAAAAGTTTAGTTATAG-CGTCTCATTCC-TCGAAAAGCCTTAT
129 AGAAAAGTCTATTTATAGAC-ACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTAT
* * * *
857 TACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTGACATTTTTGGT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
** ** * * * * * * * *
922 TAAAATGGGCTATAAATGAATGTTTGTCTCATAAAAC-ATTAAGAAAAAGGCATTCATTG-GTAA
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-A
* * * * *
985 GAAAAATCCATTTATGGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
130 GAAAAGTCTATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
1027 TACTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAACTCAATTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTGGT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
1092 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
* * **
1156 AAAAGTCTATTTATAGACATTCATGCCTTCAAAAGAGTTAT
131 AAAAGTCTATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
1197 TGCTCGTTTTACATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTG
1261 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 856, Mismatches: 196, Indels: 75
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 309 0.36
171 397 0.46
172 21 0.02
173 126 0.15
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
AAAAGTCTATTTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Done.