Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397405.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1662.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23379
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.12, T:0.30
Warning! 3598 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1273 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 748--1370 Score: 633
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
738 GGAGCCAATA
* * * * *
748 TGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * *
813 TATTCAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATGGAAAAAATTTCAACTTAGAATCAATTTTGAG-T
66 TATACAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAGAATCAATTATGAGAT
** * * *
877 GGCTAAAATCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTA
130 -TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
* * * * * * ** * * *
919 TGGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * * * * *
984 CATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
66 TATACAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAGAATCAATTATGAGAT
*
1049 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
130 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
* * * *
1090 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAG
1 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * *
1155 TATACAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATGTAAGAAAATTGAACTTAGAATCAATTATGAGAT
66 TATACAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGAT
* * ** * *
1219 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTCGTAAGCCTTGCGAAGGTT
130 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
* * * * * * * * * *
1260 TGAGTGCCTATAAATGGACATCTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAC-TTTGCTCGAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAA
* * * *
1324 ACAGT-CAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAAC
65 ATA-TACAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAAC
1371 CTAAANNNNN
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 71, Indels: 14
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 138 0.37
171 228 0.61
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
TATACAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATT
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
Found at i:2852 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2542--2954 Score: 471
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 173
2532 ACTGAATGCC
* ** * * * * *
2542 TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCCGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAA--AAAAATAT--TAGA
1 TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTATAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
2603 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGCACTAGGGCTTTCGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * *
2668 GGCTCGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GTCGATGAATAGT
131 AGCTCGGGTGACTATAAATGAGCTTCTCTTACT-AATGAACAGG
* * *
2711 TTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGACAAACATTCAATTTTAATATGATT-TCACTAAAAATATAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGACAAACATTCAATTATAATATG-TTATAACCAAAAATATAAAA
* *
2774 AAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCG
*
2839 AAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTCTCTTACTAATGAACAGG
129 AAAGCTCGGGTGACTATAAATGAGCTTCTCTTACTAATGAACAGG
* * *
2884 TTTTTCTTCATGTTTTCCAATACAAACATTCAATTATGATTTGTTATAACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTATAACCAAAAATATAAAAAA
*
2949 ACATTC
66 AAATTC
2955 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 32, Indels: 14
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.02
169 33 0.16
170 2 0.01
171 8 0.04
172 2 0.01
173 147 0.72
174 6 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTATAACCAAAAATATAAAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAA
AGCTCGGGTGACTATAAATGAGCTTCTCTTACTAATGAACAGG
Found at i:3010 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2985--3035 Score: 93
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
2975 TTTACAAAAC
2985 CATTTAAAGTGAGTAAGAAGG
1 CATTTAAAGTGAGTAAGAAGG
3006 CATTTAAAGTGAGTAAGAAGG
1 CATTTAAAGTGAGTAAGAAGG
*
3027 CTTTTAAAG
1 CATTTAAAG
3036 AAATGGGTGA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.25, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
CATTTAAAGTGAGTAAGAAGG
Found at i:5650 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5172--5715 Score: 623
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
5162 NNNNNNNNNN
*
5172 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTACA
1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** *
5236 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGT
65 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
* * * *
5301 CAATGAGA-GGGTTTTTCTTCACATTTTTCAAAGCAAACATTC
130 CAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
* * *
5343 AATTATAATATGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
********** * * *
5407 AAACCAATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTG
65 AAACC-ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
*
5472 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACAGTC
129 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
* * * * * * *
5515 AAATATAATCTATTTT-ATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTA
1 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
5579 ACACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGCGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
65 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAG-GAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
** * *
5643 TCAATGAATGGCTCTTTT-TTCACGCTTCTCAAGGTAGACATTC
129 TCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
5686 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
5716 GAGCATTTAA
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 56, Indels: 14
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 27 0.09
171 138 0.45
172 145 0.47
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
Found at i:5732 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5172--5737 Score: 631
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
5162 NNNNNNNNNN
* * *
5172 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTAC
1 AATTATAATCTGTTTT-ACTCAAAAATGT-AAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
** *
5235 AAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG
64 AAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * *
5300 TCAATGAGA-GGGTTTTTCTTCACATTTTTCAAAGCAAACATTC
129 TCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
* * *
5343 AATTATAATATGTTTTACTCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTACTCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
********** * * *
5408 AACCAATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGT
66 AACC-ATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
*
5473 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACAGTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
* * * * * *
5515 AAATATAATCTATTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
1 AATTATAATCTGTTTTACTCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
5580 CACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGCGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGT
66 AACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAG-GAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
** * *
5644 CAATGAATGGCTCTTTT-TTCACGCTTCTCAAGGTAGACATTC
130 CAATGAATGGCT-TTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
* * *
5686 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAGAGCATTTAACCTAAAATCAAT
1 AATTATAATCTGTTTT-ACTCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAAT
5738 AGGCAAATAC
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 61, Indels: 14
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 27 0.08
171 155 0.47
172 145 0.44
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AATTATAATCTGTTTTACTCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGTAAACATTC
Found at i:5929 original size:235 final size:235
Alignment explanation
Indices: 5513--5972 Score: 726
Period size: 235 Copynumber: 2.0 Consensus size: 235
5503 AGGTAAACAG
5513 TCAAATATAATCTATTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAAATATAATCTATTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGT
** *
5578 AACACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAGCGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
66 AACACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGCGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
* * * *
5643 TCAATGAATGGCTCTTTTTTCACGCTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
131 TCAATGAATGGATCTTTTTTCACGCTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* *
5708 AAATGTAAGAGCATTTAACCTAAAATCAATAGGCAAATAC
196 AAATGTAAAAGCAGTTAACCTAAAATCAATAGGCAAATAC
* *
5748 TCAATTATAATCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAAATATAATCTATTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGT
* * *
5813 AGA-GCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGTGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
66 A-ACACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGCGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
* * *
5877 GTCAATGAATGGAT-TTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
130 GTCAATGAATGGATCTTTT-TTCACGCTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
*
5941 AAAACTGTAAAAGCAGTTAACCTAAAATCAAT
194 AAAAATGTAAAAGCAGTTAACCTAAAATCAAT
5973 TATAAGATTA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 18, Indels: 4
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
234 4 0.02
235 200 0.98
236 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (235 bp):
TCAAATATAATCTATTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGT
AACACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGCGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
TCAATGAATGGATCTTTTTTCACGCTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
AAATGTAAAAGCAGTTAACCTAAAATCAATAGGCAAATAC
Found at i:6352 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6041--6835 Score: 882
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
6031 ATAAATGGGC
* * * * * * *
6041 TTTTCTTTATGTTTCCCATGGTAAACATTCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAGATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
** * * * * * * *
6106 TTCAACCCAAAATCAATTTTGAAACTATAAAACTATTTAAAGCGACTAGTAAGGCTTCTGAAAGC
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC
* *
6171 ATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTGTTGCTAATGAATGGT
131 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGT
* * *
6211 TTTTACTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTTAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTT-CTTCATGTTTCTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
6276 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * *
6341 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
130 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGG-T
* * ** * *
6383 TTTTCTTCACGTTTGCTGAT-GCAAACATTCAATTATAATCTGGTTGAACCAAAAATGTAAACAA
1 TTTTCTTCATGTTT-CTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
6447 ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGCAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
** * * * *
6512 TTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCAT-CTCAATGGATGGT
130 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGT
* * *
6553 TGTTGCTTCATGTTTC-CTATGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTAAAAA
1 T-TTTCTTCATGTTTCTC-ATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
6617 AATTCAA-TAAAAAATCAATTGTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
64 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** * *
6681 GGCCT-AGGTGGCTATATGTAGACTTTTCTTACTAATGAATTGCT
128 AGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAA-TGGT
* * * * * *
6725 TTGTCTTCATGTTT-TCCATGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCT-CATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
6789 ATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
6836 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 89, Indels: 27
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.02
171 494 0.95
172 16 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTCATGTTTCTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC
ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGT
Found at i:7474 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7189--7648 Score: 498
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
7179 NNNNNAGGTG
* * *** *
7189 ACTATAAATTGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAGACATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * *
7253 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAATCTAAAATCAATTAT-AAGATTATA
64 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAA-ACTATA
** * * *
7317 AAAGTATTTAAAGCGACTAATAACACTTTTGAAGGCTTGAGTA
127 AAACCATTTAAAGCGACTAATAACACTTCTAAAGGCATGAGTA
* * *
7360 ACTATAAATCGGA-TTTTCTTGCAAATGAATGGGCTTCTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTC
1 ACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCAAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * *
7424 AATTATGATCTGTTTTAACTAAAGATGCAAAAAAATTCAACCCAAAATCAATTATGAAACTATAA
64 AATTATAATCTGTTTTAACTAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAACTATAA
** *
7489 AACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTCTAAAGGCATGAGTG
128 AACCATTTAAAGCGACTAATAACACTTCTAAAGGCATGAGTA
* * * *
7531 ACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAT-ATTCCTCAAGGCAAACATTC
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCC-CAAGGCAAACATTC
* * * *
7595 AATTATAATTTATTTTAA-TGAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
64 AATTATAATCTGTTTTAACT-AA-AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
7649 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 37, Indels: 20
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.07
171 218 0.90
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAACTATAAAAC
CATTTAAAGCGACTAATAACACTTCTAAAGGCATGAGTA
Found at i:8167 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7957--8265 Score: 385
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
7947 CGTCTTATCC
* ** *
7957 AAAAATGTAAAAAAATTCAACAAAATATCAATTGTGAGATTGTAAAACCATATAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACAAAATATCAATTATGAGATTACAAAACCATATAAAACGAGTAAT
* *
8022 AAGGCTTTCGAA-GGCATCGA-TGGCTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-TGCTTTGTCT
66 AAGGCTTTC-AAGGGCAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAT-CTTTGTCT
* *
8084 TTATGTTTTCCATGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTAACT
128 TCACGTTTTCCATGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTAACT
* * * *
8127 AAAAATGTACAAAAATTCAACTTAAAAT-T-AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGATTA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAAC--AAAATATCAATTATGAGATTACAAAACCATATAAAACGAGTA
* * ** *
8190 ATAAGGCTTTCAAGGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTT
64 ATAAGGCTTTCAAGGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTGTCTT
8255 CACGTTTTCCA
129 CACGTTTTCCA
8266 AAGCAAACAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 17, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.03
170 106 0.91
171 2 0.02
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACAAAATATCAATTATGAGATTACAAAACCATATAAAACGAGTAAT
AAGGCTTTCAAGGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTGTCTTCA
CGTTTTCCATGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTAACT
Found at i:8992 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 8950--8998 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 3.6 Consensus size: 13
8940 CTGAAACTTA
8950 AAGAAAAGGAAGAAG
1 AAGAAAA-GAA-AAG
*
8965 AAGACAAG-AAAG
1 AAGAAAAGAAAAG
8977 AAGCAAAAGAAAAG
1 AAG-AAAAGAAAAG
8991 AAGAAAAG
1 AAGAAAAG
8999 CATTGCCTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.20
13 10 0.33
14 8 0.27
15 6 0.20
ACGTcount: A:0.69, C:0.04, G:0.27, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAGAAAAGAAAAG
Found at i:12512 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11900--13767 Score: 1547
Period size: 343 Copynumber: 5.5 Consensus size: 340
11890 CATTCTTTCA
* * *
11900 AAAGCCTTACTA-TTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
11964 TACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTTAT
65 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACTCAT
* ** * **
12029 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCTTTA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTT
130 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ***********
12093 ATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATT
194 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAATT
* * ** *
12158 GTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATT
258 ATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATT
* * ** *
12223 TTAGCCACCCATTCCTT-T
322 ATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * *
12241 AAAGGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTTAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
1 AAA-GCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* *
12305 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGGAAAACATGAAGAAAAACTC
63 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACTC
* * * *
12370 ATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
12435 AATAGTTTTATAAGCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTTGTTAAAACAGAT
193 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAAAT
* ** *
12500 TATGATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTAT
257 TATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTAT
* ** *
12564 ATATAGTCACTCATTCCTTCA
321 -TATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * * * *
12585 AAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAAT-TCATAAATGATTTTAAGTTAAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * ** * *
12649 TTATATTTTTGATTAAAATAGATTATCATTAAATGTTTGTCTAAGG-AAATGTGATGAAAAACTT
64 TTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAACTC
* ** * * * * *
12713 GTTCATTGGTAAGAAAA-TCTCATTTATTGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTA
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
12777 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGA
192 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAA
********** * * * * * *
12842 TTATANNNNNNNNNNTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAATGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCAT
256 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-
12907 TTATAGTCACCCAAGCCTTCG
320 TTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * *
12928 AAAGCTTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ATATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * * * * * * * * *
12992 TACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATATCTACCATGTAAAACGTGAAGCAAAAGC-CA
65 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAG-AAAAACTCA
* * * * *
13056 -TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAG-CTTCTAAAAGCCATATTACTCGCTTT
129 TTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
13119 AAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTCGTTAAAATAAA
192 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAAA
** * * *
13184 TTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA-CCATTCATTGGCACGAAAAGTCTA
256 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTA
13248 TTAATAGTCACCCAAGCCTTCG
320 TT-ATAGTCACCCAAGCCTTCG
* **********
13270 AAAGCCTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * **
13335 ACAAATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATTAAG-AAAAGGCATT
66 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACTCATT
* * * **********
13399 CGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTNNNNNNNNNNTTAAAT
131 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
13464 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTAGATGTTTAGTTAAAACATATTAT
196 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAAATTAT
* * ** * * *
13529 AATTGACTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTATGAAAAGTCTGTTTAA
260 AATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTAT
** *
13594 AGTCACTTAAGCCTTCA
324 AGTCACCCAAGCCTTCG
** * * * *
13611 AAAGCCTTATTACTCT-CTTTTTATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTGGAATCTTTT
1 AAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * **
13675 TAAATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGCCTTGGGAAAGGTGAA-AAAATAGC-C
65 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAA-A-CTC
* * **
13738 ATTCAATGATAAGAAAAGTATATTTATAGT
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
13768 TACCNNNNNN
Statistics
Matches: 1217, Mismatches: 273, Indels: 73
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.01
341 264 0.22
342 382 0.31
343 553 0.45
344 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACTCATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAATTATA
ATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTATAG
TCACCCAAGCCTTCG
Found at i:13520 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11896--13756 Score: 1186
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 172
11886 AACCCATTCT
* * * *
11896 TTCAAAAGCCTTACTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * * *
11961 TCTTACAAT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTGCCTT--AGAAAACATGAAGAAAA
66 TTTTA-AATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAG-AAACATGAAGAAAA
** **
12023 AGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTAATAGTCACCTTTA-CC
129 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAA-AGTCACC-CAAGCC
* * ** ** ***********
12067 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTTATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNC
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * * * * * *
12132 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTG-GGAAAGATGAAGAAAAAG
66 TTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * **
12196 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAATTT-TAGCCACCCATTCC
131 CCATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTAAAGTCACCCAAGCC
* * * * * *
12238 TTTAAAGGCTTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTGTTAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * * * * * * *
12301 GTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCGGA-AAACATGAAGAAA
64 -TTTTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAA
* * * *
12365 AA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCAAAGCC
128 AAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
** * * * *
12410 TTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * * * * * ** *
12475 TTTTACATGTTTTGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAATGTAAAGAAAAAG
66 TTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * **
12539 CCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCATTCC
131 CCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
* * * * * *
12581 TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAAT-TCATAAATGATTTTAAGTTAAATG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-
* * * * * * * * ** *
12645 TTTTTTATAT-TTTTGATTAAAATAGATTATCATTAAATGTTTGTC-T-AAGGAAATGTGATGAA
64 TTTTTTAAATATTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAA-GAAACATGAAGAA
** ** **
12707 AAA-CTTGTTCATTGGTAAGAAAA-TCTCATTTATTGTCACCCAAGCC
127 AAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTAAAGTCACCCAAGCC
* * * * * * * * *
12753 CTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTAAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * * ********** * * *
12818 TTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATANNNNNNNNNNTGCC-TCAAGAAACATAAAGAAAATG
66 TTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
12882 CCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
131 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
* * * **
12924 TTCGAAAGCTTTATTGCT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-AT
* * * * * * * * * * * * * *
12987 TTTTTT-ACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATATCTACCATGTA-AAACGTGAAGCAA
64 TTTTTTAAATATTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAA
* * * * *
13050 AAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAG-C
128 AAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
* * * * * * *
13094 TTCTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATT
1 TTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
* * * * **
13159 TTTTTACAT-TCTTCGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTCACCTTG-AGAAACATGAAGAGAA
65 TTTTTAAATAT-TTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGA-AA
* * *
13222 AA-CCATTCATTGGCACGAAAAGTCTA-TTAATAGTCACCCAAGCC
128 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAA-AGTCACCCAAGCC
* ********** *
13266 TTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
* * *
13330 TTTTTACAA-ATTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACATTAAG-AAA
65 TTTTTA-AATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
13392 AGGCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
129 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
* ********** *
13436 TTCAAAAGCTTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * * *
13501 TTTTAGATGTTTAGTTAAAACATATTATAATTGACTGTTTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAG
66 TTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAG
** * ** **
13565 CCATTCATTGGTATGAAAAGTCTGTTTAAAGTCACTTAAGCC
131 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
** * *
13607 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTTTATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTGGAATCT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * * **
13672 TTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGCCTTG-GGAAAGGTGAA-AAAATA
66 TTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAA-A
* *
13735 GCCATTCAATGATAAGAAAAGT
130 GCCATTCATTGACAAGAAAAGT
13757 ATATTTATAG
Statistics
Matches: 1317, Mismatches: 318, Indels: 110
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 142 0.11
171 869 0.66
172 296 0.22
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
TTTTAAATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAAGAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCC
Found at i:14345 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 14038--14366 Score: 310
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
14028 CTAATTATAG
** * ** *
14038 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTAT
1 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATTGACTAT
* *
14103 AAGTTGAATGTTTTTAATATTTTGATTAAAATAGATCGTAATTGAATGTTTACTTAGAGAAACAT
66 AAGTTGAATGTTTTTAATATTTTGATTAAAATAGATCATAATTGAATGTTCACTTAGAGAAACAT
14168 GAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNACAA
131 GAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA----------ACAA
* * * * *
14209 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTACATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTT
1 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATTGACTAT
*
14274 AAGTTGAAT-TTGTTTACAT-TTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TCAGCCTTAGA-A
66 AAGTTGAATGTT-TTTA-ATATTTTGA-TTAAAATAGATCATAATTGAATGTTCA--CTTAGAGA
* ***
14334 AATGA-GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
126 AA-CATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAA
14367 AGTCCATTTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 18, Indels: 22
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 5 0.04
171 119 0.89
172 9 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATTGACTAT
AAGTTGAATGTTTTTAATATTTTGATTAAAATAGATCATAATTGAATGTTCACTTAGAGAAACAT
GAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAACAA
Found at i:15671 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15341--15699 Score: 399
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
15331 TCACTCAAGT
* * * *
15341 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGGTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATG
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTATATGAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATG
* * *
15406 TTTTTATATTATTTGTTAAAATAGAATATAATTGTATGTTTAGCTTAAGAAACGTTGAGAAAAAG
66 TTTTTACATTATTTGTTAAAAAAGAATATAATTGTATATTTAGCTTAAGAAAC-TTGAGAAAAAG
* ** * *
15471 GTATTCGTTAGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCT-TAC
130 CTATTCGAAAGCAACAAAACT-CATTTATAGTCAC-CTATAC
* * * * *
15512 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTCTATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTATATGAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATG
*
15577 TTTTTACATT-TTTGGTTAAAAAAGATTATAATTG-ACTATTT-GCCTTAAGAAA-TATGAAGAA
66 TTTTTACATTATTT-GTTAAAAAAGAATATAATTGTA-TATTTAG-CTTAAGAAACT-TG-AGAA
*
15638 AAAGCTATTC-AAAGACAACAAAAGCAT-ATTTATAGTCACCTATGC
126 AAAGCTATTCGAAAG-CAACAAAA-C-TCATTTATAGTCACCTATAC
15683 CTTCGAAAGCCTTATTA
1 CTTCGAAAGCCTTATTA
15700 TTTGCTTTTT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 19, Indels: 18
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 11 0.07
171 146 0.91
172 1 0.01
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTATATGAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATG
TTTTTACATTATTTGTTAAAAAAGAATATAATTGTATATTTAGCTTAAGAAACTTGAGAAAAAGC
TATTCGAAAGCAACAAAACTCATTTATAGTCACCTATAC
Found at i:15748 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 15563--15842 Score: 359
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
15553 TCATAATTGA
* *
15563 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGACTATTTGCCTTAAGAA
1 TTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAA
* * * * *
15628 ATATGAAGAAAAAG-CTATTCAAAGACAACAAAAGC-ATATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
66 ACATGAAGAAAAAGTC-ATTCAAAGACAACAAAAGCTA-ATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAA
15691 GCCTTATTATTTGCT
129 GCCTTATTATTTGCT
* * * * * *
15706 TTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TACAAACATATTATAATTGAATCTTTGCCTTAAGA
1 TTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGA
** **
15770 AACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACATGAAAAGCTAATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAG
65 AACATGAAGAAAAAGTCATTCAAAGACAACAAAAGCTAATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAG
15835 CCTTATTA
130 CCTTATTA
15843 CTCGATTTAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 17, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
142 2 0.02
143 113 0.97
144 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
TTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAA
ACATGAAGAAAAAGTCATTCAAAGACAACAAAAGCTAATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
CTTATTATTTGCT
Found at i:16307 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 15706--18775 Score: 2517
Period size: 171 Copynumber: 18.0 Consensus size: 173
15696 ATTATTTGCT
* * * * *
15706 TTTTAAATTGAAT-TTTTTTATATTTTTT-GTACAAACATATTATAATTGAATCTTTGCCTTAAG
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTA-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
* * * * * *
15769 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACATGAAAAG-CTAATTTATACTCACCCAA-GCCTTCAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAA-TTATAGTCACTCAATGCCTTCAA
* *
15832 AAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATT-A
129 AAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * ** *
15876 TATTTAATTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTT-AG
1 T-TTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
* * *** * * *
15939 AAAACATGAAGAAGAAGGCATTCATCATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTC-ATGCCTTCAA
65 -AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAA
** ** * *
16003 AAGTTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * * * *
16048 TTCTAAGTTGAAT-TTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTCTAATTGAATCTTTGCCCT-AGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
* * * *
16111 AA-ATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATTATATTCA-TCAATTCCTTCAA
66 AACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAA
** * *
16174 AAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAAATGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * **
16219 TTTTAAGTTGATTATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTCCCTTGGGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
* ** * * *
16284 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCA-TCTAA-ACCTTCGAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTC-AATGCCTTCAAA
* ** * * *
16347 AGCCTTATTTCTCGTTTTAAATGATTTTTTAATA-TTATAATTGA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATAATTGA
* * * * * * * * * * *
16391 TTTCAGGCTGAAT-TGTTTTAGATCTTTCT-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
* *
16454 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG-CC---------CACT---T---TT-GAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAA
* * * * * *
16502 TGCCTTCTTGCTCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * ** * * * *
16546 TTTTAGGTTGAAT-GTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGACTATTTACCTCAAGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
** * * * *
16610 AATGTAAAGAAAACA-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATCAATAGTCACTTAA-GCCTTCAA
66 AACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT-TATAGTCACTCAATGCCTTCAA
* ** *
16672 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* ** * *
16717 TTTTAAGTTGAATA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-
* * *
16780 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTCATAGTCAC-CTATGCTTTCAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT-ATAGTCACTCAATGCCTTCAA
** * * *
16843 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTAATAACCTCA-AATTTGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA-TTGA
* * * * ** * *
16888 TTTTAAATAGAATTTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCCTAAGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
* * *
16953 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAACTCCAATTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAAA
* *** * ** *
17017 GTCTTCCCACTCACTTTAAATTGTTTCCTAAACTCTTAATTGA
131 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * * * *
17060 TTTTAAGTTAAATGTTTTTAATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTT-GCTTGGAG
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAG
* * * * * *
17124 AAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAAGTAAAG-CCTATTTATAGTCACCTC-A-GCCTTCG
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-AATTATAGTCA-CTCAATGCCTTCA
* *
17186 AAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * * *
17232 TTTT-AGGTGAA-ACGTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG
1 TTTTAAGTTGAATA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
* * * * * * *
17295 AGACATGGAGAAAAAGTCATTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAA
*
17359 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * *
17403 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-
* * *
17466 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTCATAGTCAC-CCATGTCTTTAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT-ATAGTCACTCAATGCCTTCAA
* * *
17529 AAGCCTTA-TACTCATTTTAAATGATTTTATAACCTCA-AAGTTGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA-TTGA
* * ** * **
17573 TTTTAAGCTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-GATTATAGTTGAATGTTTACCCCAAGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
* * * * * **
17636 AAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAATTTCAATTATAGTCAC-CCATTACTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAAA
* * * ** * *
17700 GTCTTCTTACTCACTTTAAATTGTTTCCTAAACTCTTAATTAA
131 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * *
17743 TTTTAAGTTGAATATTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
* * * * *
17808 AACATAAAGATAAAGCCATTCATTGGCAACG-AAAG-CCTATTTATAGTCACCCCAA--CCTTGA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCC-AATTATAGTCA-CTCAATGCCTTCA
* * * *
17869 AAGGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * *
17915 TTTTAGGTT-AA-ATTTTTTAAGATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGACTATCTACCTTAAG
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
* * * ** *
17978 AGACAT-AGAGAAAAAGTCATTCACTGATAAAAAAAGTCC-ATTCATAGTCACTC-ATGCCTTCA
65 AAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT-ATAGTCACTCAATGCCTTCA
* * * * * *
18040 AAAGCTTTATTAGTCATTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGA
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
** * * * *
18086 TTTTAAACTAAAT-TATTTTTATGTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT-CG
1 TTTTAAGTTGAATAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
* * *** * * * *
18149 AAACCATGAAGAAGAAGGCATTCATCATCATGAAAAGTTCATTTACAGTCACTC-ATGCCTTCAA
65 AAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAA
* * * * *
18213 AAGCTTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAAGCTCAAAATTGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * * **
18258 TTTTAAGTTGAAT-CTATTTATATTTTTTGTTAAAA-AAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
** ** * * * * * *
18321 AATGTGAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAACTCTAATTATATTCA-TCTATTCCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAAA
** ** * *
18385 GCCTTCCTACTCACTTTAAATAATTTTGTAAACTCATAAATGA
131 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * * **
18428 TTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTCGGA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
* * **
18493 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CACATTTATAGTCAC-CAAAACCTTCAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAA
* * * *
18556 AGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATA-TTATAATTGA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATAATTGA
* * * * * * ** *
18600 TTTT-AGACTGAAT-TGTTTTAGATTTTTCT-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGTCTTGA
1 TTTTAAG-TTGAATATTTTTTATATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * * * * **
18662 GAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTGACCCAA-GCCTTTGA
64 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAA
* * * * * *
18726 ATGCCTTCTTGCTCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
18771 TTTTA
1 TTTTA
18776 GGTTAAAAGA
Statistics
Matches: 2345, Mismatches: 457, Indels: 194
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
154 3 0.00
155 110 0.05
156 5 0.00
161 2 0.00
162 1 0.00
165 4 0.00
169 83 0.04
170 251 0.11
171 1090 0.46
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173 30 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAATGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
Found at i:16363 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 15706--18775 Score: 2608
Period size: 343 Copynumber: 9.0 Consensus size: 341
15696 ATTATTTGCT
* * * * *
15706 TTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTT-GTACAAACATATTATAATTGAATCTTTGCCTTA-AG
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-
* * * *
15769 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACATGAAAAGCT--AATTTATACTCACCCAA-GCCTTCA
64 AAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCAA-TTATAGTCA-CCAATGCCTTCA
* *
15831 AAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATT-ATATTTAATTTGA-ATTTT
125 AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGATA-TTT
* * * *
15893 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTT-AGAAAACATGAAGAAGAAGG
187 TTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGT
* * ** **
15957 CATTCA-TCATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGTTT
251 CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
16021 TAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGA
315 TAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * *
16048 TTCTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTCTAATTGAATCTTTGCCCTAGAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAA
* * * * *
16113 ATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATTATATTCATCAATTCCTTCAAAAGC
66 A-CTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGC
** * * * *
16178 CTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAAATGATTTTAAGTTGATTATTTTTTATAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TATTTTTTAGAT
** * * ** *
16243 TTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTCCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
194 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
* ** * * **
16308 GACAAGAAAAGTATATTTATAGTCA-TCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGTTTTAAAT-GA
259 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
* *
16371 TTTTTTAATA-TTATAATTGA
322 TTTTATAA-ACTCATAATTGA
* * * * * * * * *
16391 TTTCAGGCTGAATTGTTTTAGATCTTTCT-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGCCTT-GAG
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-
* * *
16454 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CCACTT-T--T---GAATGCCTT----
64 AAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCAATTATAGTCACCAATGCCTTCAAA
* * * *
16508 ---C---TTGCTCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATGTTTTTA
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATAT-TTTTTA
* * * * ** * *
16566 GATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGACTATTTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAACA-CCATT
191 GATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AGTCATT
* ** * * *
16630 CATTGACAAGAAAAGTCCATCAATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
255 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
16695 ACTTTTATAATCTCATAATTGA
320 AGTTTTATAAACTCATAATTGA
* ** * * *
16717 TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAA
* * * *
16782 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTCATAGTCACCTATGCTTTCAAAAG
66 AC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATT-ATAGTCACCAATGCCTTCAAAAG
** * * * * * *
16846 CCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTAATAACCTCA-AATTTGATTTTAAATAGAATTTTTTTTAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTG-ATATTTTTTA-
* * *
16910 G-TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
191 GATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * * * * * * *** *
16974 ATTGGCAAAAAAACTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTCCCACTCACTTTAAATT
256 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
** *
17039 GTTTCCTAAACTCTTAATTGA
321 GTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * *
17060 TTTTAAGTTAAATGTTTTTA-ATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG-CTTGGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA
* * * * * * *
17123 GAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAAGTAAAGC-CTATTTATAGTCACCTCA-GCCTTCG
64 -AAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAACTCCAATTATAGTCACC-AATGCCTTCA
* * * *
17186 AAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTGAAACGTTTT
125 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATA-TTTTT
* * * * *
17250 TAGATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAGACATGGAGAAAAAGTCAT
189 TAGATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* *
17315 TCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
254 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
17380 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA
319 TAGTTTTATAAACTCATAATTGA
* * *
17403 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAA
* * * *
17468 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTCATAGTCACCCATGTCTTTAAAAG
66 AC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATT-ATAGTCACCAATGCCTTCAAAAG
* * * * *
17532 CCTTA-TACTCATTTTAAATGATTTTATAACCTCA-AAGTTGATTTTAAGCTGA-ATTTTTTTAC
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGATA-TTTTTTAG
* ** *
17594 ATTTTTGGTTAAAAC-GATTATAGTTGAATGTTTACCCCAAGAAAAATGAAGAAAAAGTCATTCA
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA
* * * * ** * * *
17658 TTGGCAAGAAAA-TTTCAATTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGTCTTCTTACTCACTTTAAATT
257 TTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
** * *
17722 GTTTCCTAAACTCTTAATTAA
321 GTTTTATAAACTCATAATTGA
* *
17743 TTTTAAGTTGAATATTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAG
1 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-
* * * * * *
17807 AAACATAAAGATAAAGCCATTCATTGGCAACGAAAGC-CTATTTATAGTCACCCCAA--CCTTGA
64 AAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAACTCCAATTATAGTCA--CCAATGCCTTCA
* * * * *
17869 AAGGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTT
125 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTT
** * * * *
17933 AAGATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGACTATCTACCTTAAGAGACAT-AGAGAAAAAGTCA
190 -AGATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGTCA
* * * * * * * *
17997 TTCACTGATAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCATTTTAA
253 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
18062 ATAGTTTTATAACCTCAAAATTGA
318 ATAGTTTTATAAACTCATAATTGA
** * ** * * *
18086 TTTTAAACTAAATTATTTTTATGTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAA
1 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAA
* * * *** * * * * *
18151 ACCATGAAGAAGAAGGCATTCATCATCATGAAAAGTTCATTTACAGTCACTC-ATGCCTTCAAAA
65 AAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCAC-CAATGCCTTCAAAA
* * * * * * *
18215 GCTTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTTATAAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATCTATTTAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATAT-TTTTTAG
* * * ** ** **
18279 ATTTTTTGTTAAAA-AAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAAACATTCA
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA
* * * * **
18343 TTGACAAGAAAACTCTAATTATATTCA-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATA
257 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
18407 ATTTTGTAAACTCATAAATGA
321 GTTTTATAAACTCATAATTGA
* * * * *
18428 TTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTCGGA
1 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAA
* * * **
18493 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGC-ACATTTATAGTCACCAAAACCTTCAAAA
65 AAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCAATTATAGTCACCAATGCCTTCAAAA
* * * * * *
18557 GCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATATTATAATTGATTTT-AGACTGA-ATTGTTTTA
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATATT-TTTTA
** * * * ** * *
18620 GATTTTTCTTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTC
191 GATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * * * * * * ** * * * *
18685 ATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTGACCCAAGCCTTTGAATGCCTTCTTGCTCACTTTTAATA
256 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
*
18750 GTTTTATAATCTCATAATTGA
321 GTTTTATAAACTCATAATTGA
18771 TTTTA
1 TTTTA
18776 GGTTAAAAGA
Statistics
Matches: 2182, Mismatches: 450, Indels: 191
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 7 0.00
326 205 0.09
327 45 0.02
329 1 0.00
330 1 0.00
332 6 0.00
337 7 0.00
339 3 0.00
340 125 0.06
341 174 0.08
342 585 0.27
343 887 0.41
344 128 0.06
345 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAA
ACTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTAGATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAAACTCATAATTGA
Found at i:18904 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 18629--18908 Score: 348
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
18619 AGATTTTTCT
* * ** * * * *
18629 TTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAA
1 TTAAAAGAGATTATAATTGACTGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAA
** * * * * * *
18694 AAAAGCCCATTTATAGTGACCCAAGCCTTTGAATGCCTTCTTGCTCACTTTTAATAGTTTTATAA
66 AAAAGCCCATCAATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
18759 TCTCATAATTGATTTTAGG
131 TCTCATAATTGATTTTAGG
18778 TTAAAAGAGATTATAATTGACTGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAACA-CCATTCATTGACAA
1 TTAAAAGAGATTATAATTGACTGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAA
* * * *
18842 GAAAAGTCCATCAATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTAT
65 AAAAAGCCCATCAATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
18906 AAT
129 AAT
18909 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 20, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
148 1 0.01
149 107 0.98
150 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (149 bp):
TTAAAAGAGATTATAATTGACTGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAA
AAAAGCCCATCAATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGG
Found at i:20126 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19816--20646 Score: 911
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
19806 ATAATTGACT
* * * * * * *
19816 AAGCCATTTATT-GACAAAAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCTTTATTACTT
1 AAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * *
19880 GCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTAGTTAAA
65 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
*
19945 ACATATTATAATTGAATATTTGCCTTAGGAAACAGT-AAGAAA
130 ACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAA-AGTGAA-AAA
*** * * *
19987 AATTTATTCATTAGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
1 AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
20052 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTTTTAGCTAAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
** *
20117 CATATTATAATTGAATG-TTGAGTTTAGGAAATGTGAAGAAA
131 CATATTATAATTGAATGTTTG-CCTT-GGAAAAGTGAA-AAA
* * * *
20158 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
1 AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
20223 CTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * *
20288 CAGATTATAATTCAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAAAA
131 CATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAA-GTGAAAAA
** * ** * * *
20328 AAGTTATTTATTAGCAA-AAAAGCTTATTTATAGTCACCTAAGCCTACGAAAGCTTTATTACTCG
1 AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
20392 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTCCATTGTTGGTTAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT-TTTACATTTTTAGTTAAA
* * *
20456 ACATATTATGATTGAATGTCTGCCTTGTGAAATGTGAAAAA
130 ACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAAGTGAAAAA
* * * *
20497 AAGGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AA-GCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** ** *
20562 GCTTTAAATTAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTGAAAGATAAAATT-TCTTACATTTTTTA-TT
65 GCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTT
* *
20625 AAAATATATTATAATTAAATGT
127 AAAACATATTATAATTGAATGT
20647 CTACATGAGG
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 90, Indels: 23
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 125 0.22
170 41 0.07
171 328 0.59
172 53 0.09
173 10 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAGTGAAAAA
Found at i:20490 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 19816--20595 Score: 1032
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 339
19806 ATAATTGACT
* * ** * *
19816 AAGCCATTTATTGACAAAAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCTTTATTACTTG
1 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAG
** *
19881 CTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTAGTTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATCTTTAGTTAAAA
* * * *
19946 CATATTATAATTGAATATTTGCCTTAGGAAACAGTAAGAAAAATTTATTCATTAGCAACAAAAGC
130 CAGATTATAATTCAATATTTACCTTAGGAAACAGTAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAACAAAAGC
* * *
20011 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
195 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
20076 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTTTTAGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTGAGTT
260 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTGTTAGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTGACTT
20141 TAGGAAATGTGAAGAAA
325 TA-GAAATGTGAA-AAA
* *
20158 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
1 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAG
* * * * *
20223 CTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
65 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATCTTTAGTTAAAA
* *
20288 CAGATTATAATTCAATGTTTACCTT-GGAAAACA-TGAA-AAAAAGTTATTTATTAGCAA-AAAA
130 CAGATTATAATTCAATATTTACCTTAGG-AAACAGT-AAGAAAAAGTTATTCATTAGCAACAAAA
** * * * *
20349 GCTTATTTATAGTCACCTAAGCCTACGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
193 GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
20414 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTCCATTGTTGGTTAAAACATATTATGATTGAATGTCTG
258 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT-TTTCCATTGTTAGCTAAAACATATTATAATTGAATGT-TG
*
20478 CCTTGT-GAAATGTGAAAAA
321 ACTT-TAGAAATGTGAAAAA
* * *
20497 AAGGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AA-GCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTA
* *
20562 GCTTTAAATTAGTTTTATAATCTCGTAATTGATT
64 GCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
20596 GAAAGATAAA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 47, Indels: 17
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.02
340 189 0.49
341 46 0.12
342 141 0.37
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATCTTTAGTTAAAAC
AGATTATAATTCAATATTTACCTTAGGAAACAGTAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAACAAAAGCC
CATTTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCATTGTTAGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTGACTTT
AGAAATGTGAAAAA
Found at i:22318 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21932--23379 Score: 909
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
21922 NNNNNNNNNN
* * * * * *
21932 TTGCCTCT-AGAAACGTGAAGGAAAACTCGTTCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCC
1 TTGCCT-TAAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTAATTATAGTCACCC
* * ***
21995 AAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCT
64 AAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC-
* * *
22058 TGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
127 TGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
** * * ** * * **
22103 TTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAATTCATTCACTAGTAAGAAAAGTGC-AATTATAGTCACTTA
1 TTGCCTTAAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTAATTATAGTCACCCA
** * * * * *
22167 TTCCTTCGAAGGCCTTACTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAAACACATAATTGATTTTTAGCTG
65 AGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTG
* * *
22231 AATATTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
129 AAT-TGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* *
22275 TTTCCTTAAGAAACGTGTA-AAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA
1 TTGCCTTAAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCAA
* * * *
22339 GCCTTC-AAGAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
66 GCCTTCGAA-AGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
* *** * *
22403 ATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGT
130 ATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * * * * *
22445 TTG-CTATAGGAAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCGCTCA
1 TTGCCT-TAAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCA
*** ** *** * * *
22509 TTTCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTGCGTAATGTCATAATTGATTGTAAGTTG-
65 AGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
* * * *
22573 AGTGCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
130 ATTG--TTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * ***
22617 TTGCCTCAAGAAAC-T-TAAGGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAATA-TCCCTTTATAGTCACCC
1 TTGCCTTAAGAAACGTGT-A-GAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCC
** * * * * * *
22679 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT-ACCTTGATAATTGATTTTAAGTT
64 AAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGCT
* * * *
22743 GAAATT-TTTTACATTTATT-GTTAAAACAGGTTGTAATTGAATCT
128 G-AATTGTTTTACATTT-TTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * * *** * * *
22787 TTTCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGTTATAT-ATT-GTCAAAAAAAAGTCCAATTATA-TCCAT
1 TTGCCTTAAGAAACGTGTAGAAAAACCCAT-TCATTAG-C-AAGAAAAGTCTAATTATAGT-CAC
** * * * ** * * ** *
22849 CC-ATTCTCTCAAAATCTTTGTTACTCACTTTAAATG-GTTTATAACCTCATAGGTAATTTTAAG
62 CCAAGCCT-TCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
22912 TTGAATTGTTTTACATTTTCAGA-TAAAACAGATTATAAATGAATGT
126 CTGAATTGTTTTACATTTTTA-ATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * * ** *** * * *
22958 CTGCCTTAGGAAGCATAAAGAAAAAGTTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
1 TTGCCTTAAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCA
* * * * * * *
23022 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATTAATTTTAAGTTT
65 AGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGCTG
* *** *
23086 AATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGACTAT
129 AATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * * * * **
23129 TTTCCTTGAGAAATGTG-ATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTTCCA
1 TTGCCTTAAGAAACGTGTA-GAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCA
** ** * * **
23193 TTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATTG
65 AGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTG
* * * ** * * *
23257 AATGTTTTTTATATTTGTGGTTAAAACAGATTATAACTGACTGT
129 AAT-TGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * * * * * * *
23301 CTGTCTTGAGAAACATG-AAAAAAATGCCATTCATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
1 TTGCCTTAAGAAACGTGTAGAAAAA-CCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCC
* *
23364 ATGCCTTCAAAAGCCT
64 AAGCCTTCGAAAGCCT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 216, Indels: 89
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 160 0.16
171 601 0.59
172 248 0.24
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTGCCTTAAGAAACGTGTAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCAA
GCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA
TTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
Found at i:22598 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 21932--23379 Score: 1424
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
21922 NNNNNNNNNN
* * * * *
21932 TTGCCTCT-AGAAACGTGAAGGAAAACTCGTTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCA
1 TTGCCT-TAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
21996 AGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTT
64 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TT
* * * * * *
22059 GAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGA
127 GAATTGTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTT-CCTTGAGAAACGTGAAGA
** * ** * * * *
22124 AAAATTCATTCACTAGTAAGAAAAGTGCAATTATAGTCACT-TATTCCTTCGAAGGCCTTACTAC
191 AAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTC-CTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTAC
* * * * * * * *
22188 TCATTTTAAATAGTTTTATAAACACATAATTGATTTTTAGCTGAATATTTTTTATATTTTTAATT
255 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAATT
* *
22253 AAAATAGATTATAATTGAATAT
320 AAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
22275 TTTCCTTAAGAAACGTGTA-AAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA
1 TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* * *
22339 GCCTTCAAGAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
65 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
22404 TTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTAT-AGGAAACGTGAAGAAC
130 TTGTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTCCT-TGA-GAAACGTGAAGAAA
* * *
22468 AAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTAATTATAGTCGCT-CATTTCTTTAAAAGCCTTACTACTC
193 AAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTC-CTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTC
*** * * * * * *
22532 ACTTTAAAT-GATTGCGTAATGTCATAATTGATTGTAAGTTGAGTGCTTTTTACATTTTTTATTA
257 ACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAATTA
*
22596 AAACAAATTATAATTGAATGT
321 AAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
22617 TTGCCTCAAGAAAC-TTAAGGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAATA-TCCCTTTATAGTCACCCA
1 TTGCCTTAAGAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
22680 AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT-ACCTTGATAATTGATTTTAAGTTG
64 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACC-TCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
22744 AAATT-TTTTACATTTATTGTTAAAACAGGTTGTAATTGAATCTTTTCCTTGAGAAACGTGAAAA
128 -AATTGTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAAT-GTTTCCTTGAGAAACGTGAAGA
** ** * * * **
22808 AAAAGTTATAT-ATTGTCAAAAAAAAGTCCAATTATA-TCCATCCATT-CTCTCAAAATCTTTGT
191 AAAAGCCAT-TCATTAAC-AAGAAAAGTCCAATTATAGTCC-TCCATTCCT-TCAAAAGCCTTAC
* * ** * *
22870 TACTCACTTTAAAT-GGTTTATAACCTCATAGGTAATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTCA
252 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTA
*
22933 GA-TAAAACAGATTATAAATGAATGT
317 -ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *** *
22958 CTGCCTTAGGAAGCATAAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAA
1 TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* * * *
23023 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTAATTTTAAGTTTAA
65 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
23088 TTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGACTAT-TTTCCTTGAGAAATGTGATGAAA
130 TTGTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATT-A-AATGTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* *
23152 AAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTTCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCA
193 AAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
* * * * **
23217 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTTATATTTGTGGTTAAA
258 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAATTAAA
* *
23282 ACAGATTATAACTGACTGT
323 ACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
23301 CTGTCTTGAGAAACATGAA-AAAAATGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
1 TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
23365 TGCCTTCAAAAGCCT
64 AGCCTTCAAAAGCCT
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 172, Indels: 64
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 123 0.14
342 586 0.65
343 189 0.21
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TGTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAATTAAAACA
GATTATAATTGAATGT
Found at i:22910 original size:513 final size:515
Alignment explanation
Indices: 21969--23285 Score: 1139
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 515
21959 CGTTCATTGG
* * * * * * *** *
21969 CAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATTG-TTT
1 CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA-TGATTG
* * * * *
22033 TATAA-TCTCATAATTGATT-TTAGCTTGAAT-TGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATA
65 CATAACT-TCATAATTAATTGTAAG-TTGAATCT-TTTTACATTTTTGA-CTAAAACAAATTATA
* *** ** * ** *
22094 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATG-AA-GAAAAATTCATTCACTAGTAAGAAAAGTGCAATTA
126 ATTGAATATTTGCCTCAAG-AA-ATGTAAGGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTA
** ** ** * * * * *
22157 TAGTCACTTATTCCTTCGAAGGCCTTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAAACACATAATTGAT
189 TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAAT
* ** * * ** * * * * *
22222 TTTTAGCTGAATATTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCTTAAGAA
254 TTTAAATTGAATATTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGGTTGTAATTGAATCTTTTCCTTGAGAA
* *** * * * * **
22287 ACGTG-TAAAAAACCCAT-TCATTAG-C-AAGAAAAGTCTATTTATAGT-CACCCAAGC-CTTCA
319 ACGTGAAAAAAAAGTTATAT-ATT-GTCAAAAAAAAGTCCAATTATA-TCCATCCATTCTC-TCA
* * * * * * * *
22346 AGAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
380 AAATCTTTGTTACTCACTTTAAATGAGTTTATAACCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* ** * * * * * *
22411 ATATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTG-CTATAGGAAACGTGAAGAACAAGCCAT
445 ACATTTTCAGATAAAACAGATTATAAATAAATGTCTGCCT-TAGGAAACATAAAGAAAAAGCCAT
22475 TCATTAA
509 TCATTAA
* * *** *
22482 CAAGAAAAGTCTAATTATAGTC-GCTCATTTCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTG
1 CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTG
* * * * *
22546 CGTAA-TGTCATAATTGATTGTAAGTTGAGTGCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
65 CATAACT-TCATAATTAATTGTAAGTTGAAT-CTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAATTATAAT
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22610 TGAATGTTTGCCTCAAGAAACT-TAAGGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAATA-TCCCTTTATAG
128 TGAATATTTGCCTCAAGAAA-TGTAAGGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAG
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22673 TCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTAT-ACCTTGATAATTGATT
192 TCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATC-TCATAATTAATT
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22736 TTAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTATTGTTAAAACAGGTTGTAATTGAATCTTTTCCTTGAGAAA
255 TTAAATTGAATATTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGGTTGTAATTGAATCTTTTCCTTGAGAAA
22800 CGTGAAAAAAAAGTTATATATTGTCAAAAAAAAGTCCAATTATATCCATCCATTCTCTCAAAATC
320 CGTGAAAAAAAAGTTATATATTGTCAAAAAAAAGTCCAATTATATCCATCCATTCTCTCAAAATC
*
22865 TTTGTTACTCACTTTAAATG-GTTTATAACCTCATAGGTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
385 TTTGTTACTCACTTTAAATGAGTTTATAACCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
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22929 TTCAGATAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTTAGGAAGCATAAAGAAAAAGTTATTCATTG
450 TTCAGATAAAACAGATTATAAATAAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTA
22994 A
515 A
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22995 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTGC
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23060 ATAACTTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGA
66 ATAACTTCATAATTAATTGTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAATTATAATTGA
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23125 CTATTTTCCTTGAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTT
131 ATATTTGCCTCAAGAAATGTAAGGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAC
** *
23190 CCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAAT
196 CCAAGCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAAT
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23255 TGAATGTTTTTTATATTTGTGGTTAAAACAG
261 TGAATATTTTTTACATTTATGGTTAAAACAG
23286 ATTATAACTG
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 140, Indels: 49
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 125 0.20
513 370 0.58
514 140 0.22
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (515 bp):
CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTGC
ATAACTTCATAATTAATTGTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAATTATAATTGA
ATATTTGCCTCAAGAAATGTAAGGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAC
CCAAGCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAAT
TGAATATTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGGTTGTAATTGAATCTTTTCCTTGAGAAACGTGAA
AAAAAAGTTATATATTGTCAAAAAAAAGTCCAATTATATCCATCCATTCTCTCAAAATCTTTGTT
ACTCACTTTAAATGAGTTTATAACCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTCAGA
TAAAACAGATTATAAATAAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTAA
Done.