Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398775.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2058.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4042
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.09, T:0.31
Warning! 735 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:954 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 658--1544 Score: 663
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
648 NNNNNNNNNN
* * * * * *
658 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGAATATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
723 TGTGCCTCAAGAAATGTGATGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTGATAGCCTCTCA
65 TCTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCA
* *
788 TTCCTTCAACAAGCTTTTTACTCGTTCTAAATGGTTTTATT
130 TTCCTTCAA-AAGCTTATTACTCGTT-TAAATGGTTTTATA
* ********* * *
829 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTNNNNNNNNNNTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTGTATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
894 TCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAATAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCA
65 TCTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCA
*********
959 TTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATA
130 TTCCTTC-AAAAGCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATA
* *
1000 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTCAATGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
*** * ** * *
1065 CTGCCTTAAGAAGCATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGCCTCCCAT
66 CTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCAT
* *
1130 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-A
131 TCCTTCAAAAG-CTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATA
* * ********** * * *
1169 ATCTAATAATTGATTTTAAGATNNNNNNNNNNACATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** ** ** * * ** *
1234 TCTATCGCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAGTCATTGGCAAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCAC-C
65 TCTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTATAG-C-CTC
*
1297 TC-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
127 TCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
1340 ATCTAATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATT-TTTGTATA-TTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTG
*** * *
1404 AATGTCTATATTGAGAAATGTGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTG
61 AATGTCTGCCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATA--G
* * * * *
1469 AC-CT-ATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTCTA
123 CCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATA
*
1515 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1545 TTACATTTCT
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 136, Indels: 39
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.04
170 212 0.38
171 178 0.32
172 10 0.02
173 2 0.00
174 47 0.08
175 88 0.16
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTGCCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCAT
TCCTTCAAAAGCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATA
Found at i:3350 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2484--3706 Score: 625
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
2474 NNNNNNTCTC
* * * * * *
2484 ATTCCTTCAACAGCCTTGTTACTCG-TTCTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTAATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * *
2548 TAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAGCATGAAGA
65 GATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGA
* *** * *
2613 AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGGGTATTTACAGCCTCCC
130 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCT-CT
* * * ********************** *
2655 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
2720 AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTATC-TAGGGAAACGTTAAGA
66 ATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGA
* * *
2784 AAAAAACATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCAC-CC
130 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-CTCT
**********
2825 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAAT-AGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
2889 GAATTTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAT
65 G-ATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACATGAAG
** * * *
2953 AAAAGTGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCT
129 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCT
* ** * * ********** * *
2995 CAGTGTTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTAATAATTTATTTTAAGTT
1 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
3060 AAATTTTTATACATTTTTTTATTAAAACAGAC-AGTAATTAATTGTCTATC-TCGAGAAACATGA
65 GATTTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGACTA-TAATTAAATGTCTACCAT-GAGAAACATGA
********** *
3123 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCAC-CC
127 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-CTCT
* * *
3168 ATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * ** *
3233 ATTTTTTTTATATTTTCCATTAAAACTGACTATAATTAAATGTCTACCACAAGAAACATAAAGAA
66 ATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAA
* **
3298 AAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGCCTTCT
131 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCC-TCT
* ********** *
3339 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTANNNNNNNNNNTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
3404 AATTTGTTTTACATTTTTTTATTAAAACTGA-TAATAATTAAATGTCTATCC-TGAGAAATGTGA
66 -ATTTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTCTA-CCATGAGAAACATGA
* *
3467 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-
127 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-CTCT
* * ********** * *
3512 ACTCCTTCAACAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTCTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** * *
3577 AATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAGCACACTATAATTGCATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAA
66 ATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAA
* ***
3642 AAAAGCGTTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCT
131 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCT
* *
3682 CATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTC
1 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
3707 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 261, Indels: 62
0.70 0.24 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 112 0.15
171 376 0.49
172 143 0.19
173 117 0.15
174 6 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
ATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAA
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCT
Found at i:3585 original size:344 final size:334
Alignment explanation
Indices: 2715--3707 Score: 846
Period size: 344 Copynumber: 2.9 Consensus size: 334
2705 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
2715 AGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTATCTAGGGAAACGT
1 AGTTAAATTTTTATACATTTTTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACAT
* * * * * *
2779 TAAGAAAAAAACATTCATTGAC-AAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCATTCAAAAGCCTTA
********** * * *
2843 TTNNNNNNNNNNAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT
131 TTACTCGCTTGAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAAATTTTC
* * *
2908 ATTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAATAAAAGTGCATTCATTGGTAA
195 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAA
* * * ** * *
2973 GAGAAGTCCATTTATAGTCTCTCAGTGTTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAANNNNNNNNNN
260 GAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAA---------T
*
3037 AATCTAATAATTTATTTTA
316 AATCTAATAATTGATTTTA
* *
3056 AGTTAAATTTTTATACATTTTTTTATTAAAACAGACAGTAATTAATTGTCTATCTCGAGAAACAT
1 AGTTAAATTTTTATACATTTTTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACAT
*********** *
3121 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCATTCAAAAGCCTTA
* * * *
3186 TTACTCGCTTGAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAATTTGATTTTTTTTATATTTTCC
131 TTACTCGCTTGAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTT-C
* * * * *
3251 ATTAAAACTGACTATAATTAAATGTCTACCACAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAA
195 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAA
** *
3316 GAAAAGTGTATTTATAGCCT-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTANNNNNNNNNN
260 GAAAAGTCCATTTATAGCCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTA---------A
3379 TAATCTAATAATTGATTTTA
315 TAATCTAATAATTGATTTTA
* * * * *
3399 AGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTTATTAAAACTGATAATAATTAAATGTCTATC-CTGAGAAAT
1 AGTTAAATTT-TTATACATTTTTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTATCTC-GAGAAAC
* * * * *
3463 GTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCAACAGCCT
64 ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCATTCAAAAGCCT
********** *
3528 TATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTCTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTT
129 TATTACTCGCTTGAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA-TTT
* * * * * * * * **
3593 TCATTAAAGCACACTATAATTGCATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCGTTCATTAAT
193 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGT
* *
3658 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCA
258 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
3708 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 118, Indels: 33
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 16 0.03
342 71 0.14
343 191 0.37
344 232 0.45
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
AGTTAAATTTTTATACATTTTTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACAT
GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCATTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTGAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTCA
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAG
AAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAATAATCTAATAA
TTGATTTTA
Done.