Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398777.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2060.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 377 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--4016 Score: 2329
Period size: 171 Copynumber: 23.5 Consensus size: 168
* * * * ***
1 ATTCATATG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTATTTT
1 ATTCAT-TGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
65 AAATCGTTTTACAATCTCATAATCGATTTTAGGATGAATATTTGTACATTTTTTG-CTAAAACAG
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTGATTAAAACAG
* * * ** *
129 ATAATAATTGACTGTCTGCCTTAAGAAATGTGAACAAAAAGCC
126 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
*
172 ATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT-TTAACTCGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTT
* *
236 AAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGCTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAAA
65 AAAT-G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGA
* * * * * *
301 TTACAATTGAATGTTTACC-TAGGGAAACATAAAG-AAAATCTT
127 TTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGC-C
* * ** * * **
343 ATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCA--TCTA--C-C-CATACCTTTGAAATCCTTATTACGCAATTT
1 ATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * *
401 CAATGGTGTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * *
466 TTATAATTGAATCTGT-CATGAA-AAACGTGAAGAAAAAACT
127 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * *
506 ATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
571 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGCTTGAATTGTTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGAT
66 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTTTTTTAC-ATTTTGATTAAAACAGAT
* * ** * * * *
636 TGTAATTGAATATCCGCCTCAGGAAACAT-AAAAAAAAACTC
128 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC-C
* * * * * *
677 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*** * * * * * *
741 TTGTAGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACTTTTTTTG-CTAAAAGAG
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAC--ATTTTGATTAAAACAG
* * * *
805 ATTATAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCT
126 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* *** ** * * **
848 ATTCATTAACAAG-AAAGTGTATTTATAGTCAC-CTAAACCTTCATAAGCCTTCTTACTCTTTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
911 AATTTTTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTCTGATTAAAATAT
65 AA--ATGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TGATTAAAACAG
** * * ** *
976 ATTATAATTGAATGTCTACAATAGGAAATATGAATCAAAAGTC
126 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* ** ** * * * *
1019 ATCCATT-AGCATTAAAAATCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAAGACTTATTACTCACTT
1 ATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
1082 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTGTTTTATATTTTTGGTTAGAATA
64 TAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTGATTAAAACA
*
1147 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA-AAA-ATGAAGAAAAAGGC
125 GATTATAATTGAATGTCTACCTT--AAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * *
1191 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAATGATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
1256 AATGGTTTAGTAATCTCATAATTGATTATAAGTTGACTTTTTTTACCTTTTTAGTT-AAACAAAT
66 AATGTTTTA-TAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGAT
* * * * ** * *
1320 TATAATTTATTGTCCACCTTGAGAAATGTGGACAAAAAGCC
128 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * *
1361 ATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGTCATATTGCTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * * *
1426 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATA
66 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GATTAAAACAGA
* * * * *
1490 TTATAATTGACTGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGGAAAAGCC
127 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
1532 ATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * ** *
1597 AATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGAATGAATTTCTGTACAATTTTGGCTAAAATAGAT
66 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTTTTTTAC-ATTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * *
1662 TATAATTGACTATTTACCTTGAGAAACATGTACAAAAAGCC
128 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * **
1703 ATTCATTGATAAGAAAAACCCATTTATAATCGCTCATGCCTTCAAAAGCTTTTTTACTTACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
1768 AATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATATTTTTACATTTTTCATTCAAATAGAT
66 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * *
1833 GATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAAATATGAAGAAAAA-CTT
128 TATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGC-C
* * * * * * *
1874 ATTCATTTG-CCAGAAAAGCCTATTTATAGTTAC-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATT
1 ATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
1937 TCAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAA
64 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAG
* * *
2002 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAACC
126 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * ** * *
2045 A-TCATTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTTAC-CTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
2108 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGA
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGA
* * * * * * *
2173 TTGTAATTAAATATTTGCCTT-GGAAAACATAAAGAAAAA-CTC
127 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGC-C
* * * * * **
2215 ATTCATTGGCAAGCAAAGCCAATGTATAGTCACTTGA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * *
2279 TAATGGTTTAATAATATCATAACTGATTTTAAATTAAATTTTGTTACTTCTTTTG-TTAAAAGAG
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAC--ATTTTGATTAAAACAG
* * *
2343 ATTATAATTGAATATTTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGTC
126 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* ** * ** * *
2386 ATTCATTAACAA-ATAAAGTGCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAATGGCCTTCTTACTCGTTT
1 ATTCATTGACAAGA-AAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
2449 TAAAT-TATTTTTATATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTT-CATTTTTGATTAAAATA
64 TAAATGT-TTTATA-ATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACA
* * * ** *
2512 TATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAATCAAAAGTC
125 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * ** * *
2556 ATCCATT-AGCATA-AAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTT
1 ATTCATTGA-CA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
2619 TAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTGAA-TTGAATTTTTATTTATATTTTTAGTTAGAA
64 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT-AAGTTGAA-TTTT-TTTACATTTTGA-TTAAAA
** * * * * * *
2683 TGGATTATAATTTAACGTCAACCTT-GGCAACAATGAAGAAAAAGGC
123 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * *
2729 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAATCATTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2794 AATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTAGTGAAAA-AAAT
66 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGAT
* * * * ** * *
2858 TATAATTTATTGTCTACCATGAGAAATGTGAACAAAAAGTC
128 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
2899 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGTCTTGAAAAGCCTTATTGCTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
2964 AATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATAT
66 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * *
3029 TATAATTGATTGTTTATCTCGAA-AAACGTGAAGAAAAATCC
128 TATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * ** *
3070 ATTCA-TAAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 ATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
********** * * *
3134 AAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTAGATTTTTTG-TTAAAACAT
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTGATTAAAACA-
* * *
3198 G-TTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AGAAAAG-C
125 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGCC
* ** * * *
3240 ATTAATTGATGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTAATACTCGTTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********* * *
3305 AATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGA-TAAAATAGA
66 AAT-GTTTTATAATCT-CATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GATTAAAACAGA
* * * * *
3369 TTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAATATGAAGGAAAAGCC
127 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * **** * *
3411 ATTGATTGATAAGAAAAGACCATTTATAGCCACTCAAATTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********* *
3476 ANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGA
66 A-ATGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GATTAAAACAGA
* * ******
3540 TTATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGGANNNNNN
127 TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
**** * * * * * *
3582 NNNNATTGATAAGAAAAGCCCATTTATGGTTACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
3646 AAATAGCTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACGG
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAG
********* * *
3711 ATTATAATTGAATGTCTANNNNNNNNNNA-GTGAAGAAAAAGGC
126 ATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
** * * * * *
3754 ATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTT-AAAAGACTTATTACTTGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ********** * *
3818 AAATGGTTTTGTAATCTGATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGA
** **
3883 TTATAATTG-ATAGTCTGTCTTAAGAAACGGGAAGGAAAAA-CC
127 TTATAATTGAAT-GTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGCC
* * ** * * *
3925 ATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGT-TGTCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
3989 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
65 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATT
4017 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2976, Mismatches: 732, Indels: 275
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 24 0.01
164 39 0.01
165 60 0.02
166 3 0.00
167 2 0.00
168 7 0.00
169 115 0.04
170 703 0.24
171 1510 0.51
172 380 0.13
173 129 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
Found at i:1324 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 20--4016 Score: 2334
Period size: 341 Copynumber: 11.7 Consensus size: 336
10 CAAGAAAAGC
* * * * * *
20 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTATTTTAAATCGTTTTACAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
85 AATCGATTTTAGGATGAATATTTGTACATTTTTTGCTAAAACAGATAATAATTGACTGTCTGCCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * ** * *
150 T--AAGAAATGTGAACAAAAAGCCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCT
130 TGGAA-AAA-ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCT
*
213 TCAAAAGCCTT-TTAACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGCTTGAAT
193 TCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAAT-G-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT
** * * * * *
276 TTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAAATTACAATTGAATGTTTACCTAGGGAAACATAAAGAAAAT
254 TTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
340 CTTATTCATTTGCAAGAAAAGC
317 GTCATTCATTGGCAA-AAAA-T
* * * * * * * *
362 CCA--TCTA--C-C-CATA-CCTTTGAAATCCTTATTACGCAATTTCAATGGTGTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACTCA-AGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* ** * *
420 TAATTGATGTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA--TCTGTC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * **
483 AT-GAAAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTC
129 TTGGAAAAA-ATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC
* *
546 TTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGCTTGAATT
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
* * * * * * ** * * * *
610 GTTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATATCCGCCTCAGGAAACATAAAAAAAAAC
255 TTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAG
675 TCATTCATTGGCAAGAAAAGT
318 TCATTCATTGGCAA-AAAA-T
* ** * * *** *
696 CAATTTATAGTCACTTGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTTTGTAGTTTTATAATATCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
761 AACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACTTTTTTTGCTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTGCCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* ** ** *
826 TAGG-AAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTAACAAG-AAAGTGTATTTATAGTCAC-CTAAACC
130 T-GGAAAAAATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACC
* * ** * ** * * *
887 TTCATAAGCCTTCTTACTCTTTTTAATTTTTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATG
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA--ATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * **
952 TTTTTATATTTCTGATTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTACAATAGGAAATATGAATCAAAA
255 TTTTTACATTTTTGGTTAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGGAAACATGAAGAAAAA
* *
1016 GTCATCCATTAGCATTAAAAAT
317 GTCATTCATTGGCA--AAAAAT
* * *
1038 CCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
1103 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTGTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * *
1168 TTGGAAAAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAATGATTCCCT
129 TTGGAAAAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT
* *
1233 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAGTAATCTCATAATTGATTATAAGTTGACTTTTT
194 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * ** * * *
1298 TTACCTTTTTAGTTAAACAAATTATAATTTATTGTCCACCTTGAGAAATGTGGACAAAAAGCCAT
258 TTACATTTTTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* *
1363 TCATTGACAAGAAAAG
322 TCATTGGCAA-AAAAT
* * * * * *
1379 CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGTCATATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
1 CC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
** * * * * * *
1444 TAATTGATTTTGGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTTTGCC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * ** * * *
1509 TT--AAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACACATACC
129 TTGGAA-AAA-ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC
* * * *
1572 TTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTT-AGAATGAATT
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
* * * * * * * * *
1636 TCTGTACAATTTTGGCTAAA-ATAGATTATAATTGACTATTTACCTTGAGAAACATGTACAAAAA
255 TTTTTACATTTTTGGTTAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAA
* ** *
1700 GCCATTCATTGATAAGAAAAAC
317 GTCATTCATTG-GCA-AAAAAT
* * * * * * *
1722 CCATTTATAATCGCTCATGCCTTCAAAAGCTTTTTTACTTACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * ** * * * *
1787 AATTGATTTTAGGCTGAATATTTTTACATTTTTCATTCAAATAGATGATAATTGAATGTTTGCCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * *
1852 AGGAAAATATGAAGAAAAACTTATTCATTTGCCAGAAAAG-CCTATTTATAGTTAC-CTATACCT
130 TGGAAAAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC-ATACCT
* * * * * *
1915 TCGAAAGCCTTATTACTTGATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTT
193 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * **
1980 TTTACATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACC
257 TTTACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGTC
2045 A-TCATTGGCAACAAAAAT
320 ATTCATTGGC-A-AAAAAT
* * * * *
2063 CCATTTATAGTTAC-CTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
2127 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTAAATATTTGCC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * *
2192 TTGGAAAACATAAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGCAAAG-CCAATGTATAGTCACT--TGAGC
129 TTGGAAAAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAT-A-C
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2254 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTAATAATATCATAACTGATTTTAAATTAAATT
191 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
2319 TTGTTAC-TTCTTTTGTTAAA-AGAGATTATAATTGAATATTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAA
255 TTTTTACATT-TTTGGTTAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAA
**
2382 AGTCATTCATTAACAAATAAAGT
316 AGTCATTCATTGGCAAA-AAA-T
* * * ** * *
2405 GCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAATGGCCTTCTTACTCGTTTTAAATTATTTTTAT-ATCTT
1 CCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTC
* * * * *
2468 ATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTT-CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
63 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
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2532 CTTAGG-AAACATAAATCAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAAGTCTACTTATAGTCACTCA-AG
128 CTT-GGAAAAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-
** * * * *
2594 CCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTGAA-TTGAA
190 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAA
* * *** * * * *
2658 TTTTTATTTATATTTTTAGTTAGAATGGATTATAATTTAACGTCAACCTTGGCAACAATGAAGAA
253 -TTTT-TTTACATTTTTGGTTA-AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAC-ATGAAGAA
*
2723 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
314 AAAGTCATTCATTGGCAA-AAAA-T
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2748 CCATATATAATCATTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
2813 AATTGATTGTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTAGTGAAAA-AAATTATAATTTATTGTCTACCA
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
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2877 T-GAGAAATGTGAACAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGTCTT
130 TGGA-AAAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT
* * * * * * *
2941 GAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTCTT
194 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
3006 TTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTATCTCGAAAAACGTGAAGAAAAA-TCC
258 TTACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGT-C
** *
3070 ATTCATAAGCAAGAAAAGC
320 ATTCATTGGCAA-AAAA-T
* * * ** * **********
3089 CCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
3154 AATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAACATG-TTATAATTGACTGTCTACC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTGCC
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3218 TT-GAGAAACGTGAA-AGAAAAG-CATTAATTGATGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACC
129 TTGGA-AAAAATGAAGA-AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC
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3280 TTCAAAAGCCTTAATACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTT
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
3345 TTGTACATTTTTGGATAAA-ATAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAATATGAAGGAAAAG
256 TTTTACATTTTTGGTTAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAG
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3409 CCATTGATTGATAAGAAAAGA
318 TCATTCATTGGCAA-AAAA-T
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3430 CCATTTATAGCCACTCAAATTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
3495 AATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
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3560 T--AAGAAACATGAAGGANNNNNNNNNNATTGATAAGAAAAGCCCATTTATGGTTACCCA-AGCC
130 TGGAA-AAA-ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CC
* * * *
3622 TTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGCTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
192 -TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
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3686 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTANNNNNNNNNNAGTGAAGAAAAA
254 TTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACA-TGAAGAAAAA
* * *
3751 GGCATTCATTGGTAGGAAAAGT
317 GTCATTCATTGGCA--AAAAAT
** * * ** * * *
3773 CCATTTATAGTCACTCATTCCCTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTGAT
1 CCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
********** * *
3838 AATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-ATAGTCTGTC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTGCC
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3902 TT--AAGAAACGGGAAGGAAAAA-CCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGT-TGTCTATA
129 TTGGAA-AAA-ATGAA-GAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATA
* * **
3963 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
190 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATT
4017 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2840, Mismatches: 690, Indels: 249
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 40 0.01
334 139 0.05
335 4 0.00
336 82 0.03
337 4 0.00
338 2 0.00
339 10 0.00
340 112 0.04
341 977 0.34
342 798 0.28
343 592 0.21
344 79 0.03
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
GGAAAAAATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCAT
TGGCAAAAAAT
Done.