Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398784.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2068.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2918
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.31
Warning! 474 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1287 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 927--1582 Score: 854
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 339
917 NNNNNNNNNN
* *
927 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTATTTTAT-ATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AA-TATTTTATCATT
* * * *
991 TTTCATTAAAAC-AGACTGTAATTGAATGTCTAAT-GTAAGAAACATGAATAAAAGAGTACTCAT
64 TTTCATTAAAACTA-ACTATAATTGAACGTCT-ATCGTAAGAAACATGAAGAAAAGAGCACTCAT
* * * *
1054 TAGAAACAAAATTCCATTTATAGTCT-CTCAGTCCTTCAAAAGCGTTATTGCTAGCTTTAAATAG
127 TAGAAACAAAAGTCCATTTATAGCCTCCT-AGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG
********* *
1118 TTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATNNNNNNNNNNTTTTGATTAAAACAGACAATAA
191 TTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAA
* * * * *
1183 TTGATTGTCTATCTCGAGAAACGTGAA-AAAAAAGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
254 TTGAATGTCTATCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
1247 TCACTCATTCATTCAAAACCG
319 TCACTCATTCATTCAAAACCG
* * *
1268 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTGCATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATATTTTAT-CATTT
* *
1333 TTCATTAAAACTAACTATAATTGAACGTCTATCGTAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGG
65 TTCATTAAAACTAACTATAATTGAACGTCTATCGTAAGAAACATGAAGAAAAGAGCACTCATTAG
* ** * * *
1398 CAGGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCAGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
130 AAACAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTT
* *
1463 ATATTTTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGAAT
195 ATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGAAT
*
1528 GTCTATCTCGAGAAAATTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
260 GTCTATCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
1583 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 39, Indels: 13
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 51 0.19
340 37 0.14
341 179 0.66
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATATTTTATCATTTT
TCATTAAAACTAACTATAATTGAACGTCTATCGTAAGAAACATGAAGAAAAGAGCACTCATTAGA
AACAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTA
TAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGAATG
TCTATCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
TTCATTCAAAACCG
Found at i:1342 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2--1582 Score: 702
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 167
1 G
* *
2 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCAGTCCTTCA
* * * * * **********
66 AAACCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTT
64 AAACCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT
* * * * * * * *
131 ACATTTTCCATTAACACAAACAACAATTGAATATCTATATTG
127 ATATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAT-CTA
*********
173 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTATANNNNNNNNNNCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATA-GTCCTCAGTCCTTCA
* *
238 AAAGCC-TTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
64 AAA-CCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TT
** ** * * * *
302 TCCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCACA
126 TATATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATC-TA
* * * ************* * *
345 AGAAACGTGAATAAAAGAGCATNNNNNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCTTCCAATCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCT-CAGTCCTTCAA
* * ** * *
410 AAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAGTTGAAGTTTTGT
65 AA-CCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT
* * ************
474 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAANNNNNNNNNNGCCTCA
127 ATATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCT-A
* * * * * * *
516 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-CGGATAATAAAAAGTTCATTTATAG-CCTCCCATTTCTT
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCCT--CAGTCCTT
* * *********** * *
579 CAACAACCATT-TTACTCG-TTCTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTAATTTTAATTTCAATTT
62 CAA-AACCGTTATTACTAGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TT
* * *
642 TTTTACATATTTTT--TTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTGTCTTA
123 TTTT--ATATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATC-TA
* ** ** * ********
688 AGAAGCATGAAGAAAGCAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTACAG-CCTCNNNNNNNNNNA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTC--AGTCCTTCA
*
752 AAAGCC-TTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGATGAATTTTT
64 AAA-CCGTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTT
** * * * * *
814 CTGCATTTTT-GTTTAAACAAACTATAATTGAATATCTA-CTGCA
126 -TATATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCT--A
* * * * * *************
857 AGAAACGTGAATAAAAGAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNNNNN
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCAGTCCTTCAA
***** * * *
922 NNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTATTTTA
65 AACCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTA
** *
987 TATTTTTCATTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTAATGTA
128 TATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCT-ATCTA
* * * * * * * *
1028 AGAAACATGAATAAAAGAGTACTCATTAGAAACAAAATTCCATTTATAGTCTCTCAGTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCAGTCCTTCAA
* * * * ******
1093 AAGCGTTATTGCTAGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATNNNNNNN
65 AACCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTA
*** * * *
1158 NNNTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGATTGTCTATCTCG
128 TATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCT-A
* * * * *
1199 AGAAACGTGAA-AAAAAAGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCAGTCCTTCAA
* * * *
1263 AACCGTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTT
65 AACCGTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAT
* *
1327 GCATTTTTCATTAAAACTA-ACTATAATTGAACGTCTATCGTA
129 --ATTTTTCATTAAAAC-AGACAATAATTGAATGTCTATC-TA
* * *
1369 AGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAG-CCTCCTAGTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCT-C-AGTCCTTCA
* * *
1433 GAAGCC-TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTA
64 -AAACCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTA
* * *
1497 TATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTCG
128 TATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCT-A
*
1538 AGAAA-ATTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
1 AGAAACA-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
1583 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 310, Indels: 112
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 10 0.01
169 180 0.17
170 178 0.17
171 437 0.42
172 222 0.21
173 10 0.01
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTCAGTCCTTCAAA
ACCGTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATAT
TTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTA
Found at i:1609 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1826 Score: 657
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 168
* * * *
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTT
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTC
* * * * * **********
65 AAAACCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTT
* ** * * * * * *
130 TACATTTTCCATTAACACAAACAACAATTGAATATCTATATT
127 TATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
**********
172 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTATANNNNNNNNNNCCTTC
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGCCACCCAGTCCTTC
* *
237 AAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TT
** * * * * *
302 TCCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCAC
127 TATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
* * * * ************* * ** *
344 AAGAAACGTGAATAAAAGAGCATNNNNNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCTTCCAATCCTTCA
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
* * ** * *
409 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAGTTGAAGTTTTGT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT
* * * ************
474 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAANNNNNNNNNNGCCTC
128 ATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
* * * * * * * * *
515 AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-CGGATAATAAAAAGTTCATTTATAGCCTCCCATTTCTT
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAA-GAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTT
* *********** * *
579 CAACAA-CCATT-TTACTCG-TTCTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTAATTTTAATTTCAATT
63 CAA-AAGCC-TTATTACTAGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-T
* * * *
641 TTTTTACATATTTTT--TTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTGTCTT
123 TTTTT--ATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
* * ** ** * * **********
687 AAGAAGCATGAAGAAAGCAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTACAGCCTCNNNNNNNNNNA
1 GAGAA-AATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
*
752 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATC-AATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTC
65 AAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTT-
** * * * *
815 TGCATTTTTG-TTTAAACAAACTATAATTGAATATCTA-CTGC
127 TATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCT-C
* * * * * * * *************
856 AAGAAACGTGAATAAAAGAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNNNN
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
****** * * *
921 NNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTATTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT
* ** *
986 ATATTTTTCATTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTAATGT-
128 ATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCT-ATCTC
* * * * * * * * * * * *
1027 AAGAAACATGAATAAAAGAGTACTCATTAGAAACAAAATTCCATTTATAGTCTCTCAGTCCTTCA
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
* * * * *****
1092 AAAGCGTTATTGCTAGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATNNNNNN
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTT
**** *
1157 NNNNTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGATTGTCTATCTC
128 ATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
* * * * * * *
1198 GAGAAACGTGAA-AAAAAAGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCA
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
* * *
1262 AAA-CCGTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTT
65 AAAGCC-TTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTT
* * * *
1325 TTGCATTTTTCATTAAAACTA-ACTATAATTGAACGTCTATCGT-
128 AT--ATTTTTGATTAAAAC-AGACAATAATTGAATGTCTATC-TC
* * * * * *
1368 AAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCA
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
* * *
1433 GAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAT
*
1498 ATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
130 ATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
* ********** *
1537 GAGAAAATTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNAATCCTTCA
1 GAGAAAA-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
* * * * ********
1602 AAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTT--TAAGTTAATTTTTT
* * * * ** * **
1667 ACATTTTTCAATAAAACAGACTATACCTGAATCTCTGCCTC
128 ATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
* * ****** * *
1708 AAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCACCAATGAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCA
1 GAGAAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCA
* * * * *
1773 ACAG-CTTTTTGCTCG-TTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
1827 CAATNNNNNN
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 390, Indels: 97
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 232 0.19
170 210 0.17
171 526 0.43
172 225 0.18
173 7 0.01
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GAGAAAATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAGTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATA
TTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTC
Found at i:1714 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 927--1826 Score: 809
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
917 NNNNNNNNNN
* * * * *
927 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTATTTTATATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATT
* * * * *** * *
991 TTTCATTAAAAC-AGACTGTAATTGAATGTCTAATGTAAGAAACATGAATAAAAGAGTACTCATT
65 TTTCAATAAAACTA-ACTATAACTGAACGTCTAGCCTAAGAAACATGAAGAAAAGAGTATTCATT
* ** * * * *
1055 AGAAACAAAATTCCATTTATAGTCT-CTCAGTCCTTCAAAAGCGTTATTGCTAGCTTTAAATAGT
129 -GCAGGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCT-AGTCCTTC-AAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAATGGT
* ********** *
1119 TTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATNNNNNNNNNNTTTTGATTAAAACAGACAATAAT
191 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAAT
* * * * *
1184 TGATTGTCTATCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
256 TGAATGTCTATCTCGAGAAAAGTGAAAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
1249 ACTCATTCATTCAAAACCG
321 ACTCAATCATTCAAAACCG
* *
1268 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTGCATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTT
* * * * *
1333 TTCATTAAAACTAACTATAATTGAACGTCTATCGTAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGG
66 TTCAATAAAACTAACTATAACTGAACGTCTAGCCTAAGAAACATGAAGAAAAGAGTATTCATT-G
* *
1398 CAGGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCAGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
130 CAGGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCA-AAGCCTTATTGCTAGCTTTAAATGGTTTT
* *
1463 ATATTTTAATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGA
194 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGA
* ********
1526 ATGTCTATCTCGAGAAAATTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNN
259 ATGTCTATCTCGAGAAAAGTGAA-AAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** *
1591 NNAATCCTTCAAAAGCC-
323 TCAATCATTCAAAA-CCG
* * * **********
1608 TTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTT
* *
1673 TTCAATAAAAC-AGACTATACCTGAATC-TCT-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA-
66 TTCAATAAAACTA-ACTATAACTGAA-CGTCTAGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAGAGTATTCAT
* * * * *
1734 -CCAATGAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAACAG-CTTTTTGCTCG-TTCTAAAT
128 TGC-A-G-GAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCAA-AGCCTTATTGCTAGCTT-TAAAT
*
1796 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
188 GGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
1827 CAATNNNNNN
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 86, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 3 0.01
339 91 0.20
340 174 0.38
341 187 0.41
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTT
TTCAATAAAACTAACTATAACTGAACGTCTAGCCTAAGAAACATGAAGAAAAGAGTATTCATTGC
AGGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAGTCCTTCAAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTGATGAAAACAGACAATAATTGAAT
GTCTATCTCGAGAAAAGTGAAAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
ATCATTCAAAACCG
Done.