Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398785.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2069.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5798
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.07, T:0.22
Warning! 2415 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4343 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4034--5798 Score: 1808
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
4024 NNNAAACATG
* * * * *
4034 AAGAAA-AAGGCATTCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTCCAAAAGCCATA
1 AAGAAACAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
4098 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAA-TTCTTTTACATTTTC
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTC-TTTACATTTT-
* * * * * *
4162 CATTAAAACAGACTATAATTGGATGCTTACCACAGGAAACGTGC
128 TATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * *
4206 AA-AAA-AAGCTGTTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGTCCTTCAAAAGCCTC
1 AAGAAACAAGC-ATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
4268 ATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCAT-ATGTGATTTTAAGTTGAGTTTCTTTA-GTTGT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATT-T
*
4331 TTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGT-A
127 TT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * * *
4376 AAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCGATTTCCTTCAAAAGCCTCAT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** *
4441 TAGACGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT-TTTACATTTTTG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTTACATTTTT-
* * *
4505 GTTAAAACAGACTATATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
129 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
4548 AA-AAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
4612 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATAT-ATTTTAAGTTAAAGTTTTTTTACATTTTT
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTACATTTTT
* * * *
4676 AGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTTTATCTCGAGAAACCT-A
129 A-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
4719 AAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGGCTTAT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
4784 TACTCGCTCTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-TTTTTA
*
4849 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTG-
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * * *
4890 AAGAAA-AAGCATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGGCTTAT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
4954 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTA-
* * ** *
5019 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
5060 AAGAAAGAAGCATTTATT-GAAAATAAAAGTCCATTTATAGTCACC--TTCCTTCAAAAGGCTTA
1 AAGAAACAAGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
5122 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGA-TTTTA
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTA
* * *
5186 GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAATGTG-
130 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
** * * ** * * *
5228 AAGAAA-AAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGGCTTCT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * **
5292 TACTCGGTTTAAATTATTTTATAATGC-CATAATT-ACTTTTATGTAGAATTT-TTTTGATTTTT
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTT
* * * **
5354 CGTTAAAA-A-A-AATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGT-A
129 -ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * * *
5394 AAGAAACAAGTATTTAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC--TTCCTTTAAAAGGCTTAT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
5457 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGATTTTTAG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTA-
* *
5522 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTG-
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
** * ** * * * *
5563 AAGAAA-AAAAATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTTAAAAGGCTTCT
1 AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * * * *
5626 TACTCGGTTTAAATTATTTTATAATGTCATAATTAATTTTATGTTGAATTT-TTTAGATTTTTCA
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTT-A
* * **
5690 TTAAAA-A-A-AATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGT-A
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
5728 AAGAAACAAGTC-TTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTCA
1 AAGAAACAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
5792 TTACTCG
65 TTACTCG
Statistics
Matches: 1359, Mismatches: 186, Indels: 101
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 86 0.06
166 60 0.04
167 121 0.09
168 84 0.06
169 234 0.17
170 161 0.12
171 445 0.33
172 167 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAACAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
Found at i:5517 original size:334 final size:336
Alignment explanation
Indices: 4053--5798 Score: 2029
Period size: 334 Copynumber: 5.2 Consensus size: 336
4043 GCATTCACTA
* * *
4053 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTCCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
4118 TATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAA-TTCTTTTACATTTTCCA-TTAAAACAGACTATAAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTC-TTTAGATTTT-TAGTTAAAATAGACTATAAT
* * * * *** *
4181 TGGATGCTTACCACAGGAAACGTGCAA-AAAAAGCTGTTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATA
128 TGAATGTTTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAA-AAATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * **
4244 GTCACCAAGTCCTTCAAAA-GCCTCATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCAT-ATGTGAT
190 GTCATCTATTCCTTCAAAAGGCTTC-TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT-T-AT
* * * * **
4307 TTTAAGTTGAGTTTCTTT-AGTTGTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
252 TTTAAGTAGAATTTTTTTCA-TT-TTTCGTTAAAACA-A-AATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
* *
4371 ACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTA
313 ACGTAAAGAAACAAGTATTCATTG
* * * ** *
4395 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCGATTTCCTTCAAAAGCCTCATTAGACGCTCTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
4460 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATT
* * * *
4524 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGACCATTTATAGT
129 GAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-AA-AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
4588 C-TCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATATATTTT
192 CATCT-ATTCCTTCAAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT-TATTTT
* * * * *
4652 AAGTTA-AAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTTTATCTCGAGAAAC
255 AAG-TAGAA-TTTTTTT-CATTTTTCGTTAAAACA-A-AATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
* *
4716 CTAAAGAAACAAGCATTCATTG
315 GTAAAGAAACAAGTATTCATTG
* * * * *
4738 GCAAGCAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTCTAAACGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
4803 TATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
** * * *
4868 AATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 AATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
* *
4933 CTATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
195 CTATTCCTTCAAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAG
* * * *
4997 TTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
258 -TAGAATTTTTTT-CATTTTTCGTTAAAACAAA--ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAA
* * *
5061 AGAAAGAAGCATTTATTG
319 AGAAACAAGTATTCATTG
** * * *
5079 AAAATAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
5143 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGA-TTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
* * * *
5207 ATGTTTATCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTC
131 ATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
* *
5272 TATTCCTTCAAAAGGCTTCTTACTCGGTTTAAATTATTTTATAATGC-CATAATTACTTTTATGT
196 TATTCCTTCAAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAT-CTCATAATTA-TTTTAAGT
* *
5336 AGAATTTTTTTGATTTTTCGTTAAAA-AAAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAA
259 AGAATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAACAAAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAA
* *
5400 CAAGTATTTAATG
324 CAAGTATTCATTG
* * * *
5413 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
5477 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
* *
5542 ATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTTC
131 ATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
* * * * *
5606 TATTCCTTTAAAAGGCTTCTTACTCGGTTTAAATTATTTTATAATGTCATAATTAATTTTATGTT
196 TATTCCTTCAAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTA
** * *
5671 GAATTTTTTAGATTTTTCATTAAAA-AAAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAC
260 GAATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAACAAAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAC
* *
5735 AAGTCTTCAATG
325 AAGTATTCATTG
* *
5747 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCG
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 130, Indels: 68
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
334 312 0.25
335 70 0.06
336 23 0.02
337 16 0.01
338 142 0.11
339 74 0.06
340 1 0.00
341 99 0.08
342 292 0.23
343 204 0.16
344 9 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
ATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
TATTCCTTCAAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTAG
AATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAACAAAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAACA
AGTATTCATTG
Done.