Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398792.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2075.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5613
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.11, T:0.28
Warning! 1153 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1288 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 891--1301 Score: 448
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
881 NNNNNNNNNN
* * * *
891 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGCAATAAGGATTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTT
* ** * * *
956 GAAGGAATGGGTGGCGGTAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCA
66 AAAGGAATAAGTGACGATAAATAAACTTTACTTACCAATGAATA-CTTTTTCTTCAAGTTTCTCA
* * *
1021 AGCTAGATATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAACGTTT
130 AGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAAC-TGT
* * * * * ** *
1063 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAGGGAGTAATAAGGGTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTT
* ** ** * * **
1128 AAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATTAATA-TTTTTTTTCACTTTTCTCAA
66 AAAGGAATAAGTGACGATAAATAAACTTTACTTACCAATGAATACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAA
* *
1192 GCTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT
131 GCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAACTGT
* * * *
1231 AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGTTTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTT
*
1296 CAAAGG
65 TAAAGG
1302 CTTGAGNNNN
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 44, Indels: 5
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.03
169 55 0.28
170 49 0.25
172 85 0.44
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTT
AAAGGAATAAGTGACGATAAATAAACTTTACTTACCAATGAATACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAA
GCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAACTGT
Found at i:4036 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3362--5610 Score: 1073
Period size: 171 Copynumber: 13.2 Consensus size: 169
3352 NNNNNNNNNN
* **
3362 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCCCGTTTCTCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAA
* * * * *
3427 GCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTA
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTT
* * * ********
3492 TCAGTTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAANNNNNNNN
129 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
** ** * * * *
3533 NNGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTGTACCAA--AAGTTAG-CTTTTGCTTCACGTTTC
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-CCAATGAA--T-GCCTTTT-TTTCATGTTTC
* * * * * * *
3594 -CTAGGGTAAACATTCCATTATAGA-CTTTTTTTAACCAAAAATG-CAAAAAGTTTAACTTAAAA
60 TC-AAGGTAGACATTCAATTATA-ATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
* * *
3656 -CTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAATGCTTTTG
122 TC-AATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * *
3704 AA-GATATAGTTGACAATAAATAGACTTTTTCTACCAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTC-CA
1 AAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCAATGAATGCC-TTTTTTTCATGTTTCTC-
* * * * * * *
3767 AAGGGAGACATTCAATTATAATCAGTTCTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
62 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * **********
3832 TATAAGATTATAAAA-TCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTA
127 TTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * *
3875 AAAGAATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTTAAG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAG
* * * ** *
3940 GTAGACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACACAAAATTTAAATTTTAATCGATTT
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTT
*****
4005 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCNNNNN
129 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
***** * * *
4046 NNNNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTATTTCTTT-ATGTTTCTAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCT-TTT-TTTCATGTTTCTCA
* ** * * ** * * *
4110 AGGTAAACATTCAATTATTGTTTATTTTAACTGGAAATGCAAAACAATTTAACATAAAATCAATT
63 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * ********** *
4175 ATG-GCATTACAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTTG
128 TTGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* *
4217 AAGGTATAGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATGAATG--TTTTTTCTACATGTTTCTC
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTT-T-CATGTTTCTC
* * * * * * * * * * * *
4279 AAGGTAGACATTCAATTCTAGTTTGTTTTGACCAAAAATATACGAAGAATTCAAATTTAAATAAA
62 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * **********
4344 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCANNNNNNNNNNTA
126 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * * *
4388 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAAAGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAA
** * *
4453 ACTA-ATCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAATATTTTAACTTAAAATCAAT
64 GGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAAT
********** *
4517 TTTGAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTTTG
127 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * * * ** *
4560 AAGGAATGAGAGATTATTAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCTCGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAA
* * * * **
4625 GGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAGCAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAACN
64 GGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
********* ** *
4688 NNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTA
128 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
*** * ** * ** **
4730 AAGGAATGGACAACCATAAATAAACTTTTCTTCTCAATGAATACCTTTTTCTTCAACTTTCTTGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAA
* * * * * * *
4795 GATAGACACTCAATTTTAATTTGTTTTAA-TAAAAAATGTACAAAAAAATCAACTAAAAATCAAT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
**********
4859 TTTGAGATTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
127 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* ** * * *
4902 AAGAAAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-AAGATGAATGCCTTATTCTTCATGTTTCTCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCA-ATGAATGCCTT-TTTTTCATGTTTCTCAA
* * * * **********
4966 GGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTACAAATGTAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTT
* * * *
5031 TGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAGTAATGAGGCTTTCA
129 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
** * ** * * * * *
5072 AAAAAATAGAAGACTATTAAGGGACTTTTCTTCCAAATGAATAG-C-TTTGTACACGTTTCTCGA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAAT-GCCTTTTTTTCATGTTTCTC-A
* * * * * * *
5135 A-GTAAATATTCAATTA-AAGTCTATTTT-AGTGAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
63 AGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* ***********
5197 TATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTA
127 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* *
5240 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAA
* ********** * *
5304 GCTAGACATTCAATNNNNNNNNNNTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAGCTTAAAATCAATT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATT
* * *
5369 TTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTGA
128 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
*** * * * * * *
5411 AAGGAATGAAAGACTATTAAGGGACTTTTCTTCCAAATGAATGACTTTTGTTAAGCGTTTCTCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCCTTTTTTTCA-TGTTTCTCAA
* * * * *
5476 GGCAGACATTCAATTA-AAGTCTATTTT-AGTAAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAATTAAT
64 GGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * ** *
5539 TATGAGATTATAAAACCAATTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTG
127 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
* *
5582 AAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
5611 TTT
Statistics
Matches: 1484, Mismatches: 527, Indels: 134
0.69 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 16 0.01
168 79 0.05
169 56 0.04
170 322 0.22
171 640 0.43
172 353 0.24
173 16 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGG
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTG
AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
Done.