Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397408.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2095.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22957
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 3083 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:640 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 341--640 Score: 340
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
331 ATAGTCTCTC
* * * *
341 ATTTCTTTAAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGTT
1 ATTTCTTCAAAAGCTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAGTT
* * * * * *
406 GAATTATTTTACATTTTAGTTAAAAATGGCTATAATTGAATATCTACGTTGGGGAACGTGAAGCA
66 AAATTATTTTACATTTTAGTTAAAAATGACTATAATTGAATACCTACCTTGGGAAACATGAA-CA
*
471 CAAGCCATGCATTGACATGAAGAGTCT
130 AAAGCCATGCATTGACATGAAGAGTCT
* *
498 ATTTCTTCAAAAGCT-TTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT
1 ATTTCTTCAAAAGCTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAGTT
* * * *
562 AAA-TATTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAT-ACTGTCATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATGT
66 AAATTA-TTTTACA-TTTT-AGTTAAAA-ATGACTATAATTGAATACCTACCTTGGGAAACATG-
* *
624 AA-AAAAGCTATTCATTG
126 AACAAAAGCCATGCATTG
641 GTAAGAAAAG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 19, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.02
156 65 0.55
157 47 0.39
158 5 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
ATTTCTTCAAAAGCTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAGTT
AAATTATTTTACATTTTAGTTAAAAATGACTATAATTGAATACCTACCTTGGGAAACATGAACAA
AAGCCATGCATTGACATGAAGAGTCT
Found at i:827 original size:328 final size:327
Alignment explanation
Indices: 194--829 Score: 723
Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 327
184 TTATTACCCA
* *
194 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTCAATTGAATTCCTTCTATATTTTTAGTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTCAATTAAATT-CTTCTATATTTTTAGTAAAA
* * * * *
259 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAACGCAAAGGTAGTCATTGGGAAGAAAAG
65 ACATACTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAC-AAAAGCTAGTCATTGGGAAGAAAAG
* * * * * * * *
324 TTCATTTATAGTCTCTCATTTCTTTAAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTC
129 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTC
* *
389 ATAATTGATTTCAAGTTGAATTATTTTACATTTTAGTTAAAAATGGCTATAATTGAATATCTACG
194 ATAATTGATTTCAAGTTCAATTATTTTACATTTTAGTTAAAAATGACTATAATTGAATATCTACG
* * * * * *
454 TTGGGGAACGTGAAGCACAAGCCATGCATTGACATGAAGAGTCTATTTCTTCAAAAGCTTTATTA
259 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATGCATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTTCAAAAGCTTTATTA
519 GTCG
324 GTCG
* *
523 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAA-TTGATTTT-AAGTTAAATAT-TTTTATATTTTTCA-TT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTCAA-TTAAAT-TCTTCTATATTTTT-AGTA
* * * * * *
584 AAAACATACTGTCATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATGTAA-AAAAGCTATTCATTGGTAAGAA
62 AAAACATACTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATG-AACAAAAGCTAGTCATTGGGAAGAA
* *
648 AAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAACA-GCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAAT
126 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAAT
* * * * * *
712 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGCATTTTTTGTT-AAAATAGATTATAATTGAATG
191 CTCATAATTGATTTCAAGTTCAA-TTATTTTACA-TTTTAGTTAAAAAT-GACTATAATTGAATA
* * *
776 TCTATC-TTGAGAAACGTTAAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTT
253 TCTA-CGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATGCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTT
830 ATAGCCACCT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 42, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 48 0.19
327 59 0.23
328 106 0.42
329 39 0.15
330 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (327 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTCAATTAAATTCTTCTATATTTTTAGTAAAAA
CATACTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAACAAAAGCTAGTCATTGGGAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTCAAGTTCAATTATTTTACATTTTAGTTAAAAATGACTATAATTGAATATCTACGTT
GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATGCATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTTCAAAAGCTTTATTAGT
CG
Found at i:857 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 502--862 Score: 397
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
492 GAGTCTATTT
* * * * *
502 CTTCAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATA
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATA
* * * *
567 TTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTGTCATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATGTAAAAAAGC
66 TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAGC
* * * **
632 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTC
131 TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCCCTCATTC
* * *
672 CTTCAACAGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATA
* ** * * * * *
736 TTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGT-TAAGAAA
66 TTTTTAT--ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGT-A-AAA
*
800 AAGGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCT-ATTC
127 AA-GCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCC-CCTCATTC
*
844 TTTCAAAAGCCTTATTACT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACT
863 TGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 28, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.04
170 57 0.36
171 38 0.24
172 53 0.34
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATA
TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAGC
TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCCCTCATTC
Found at i:963 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 765--979 Score: 256
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
755 AAAATAGATT
* * * * *
765 ATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTT
1 ATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCAATTT
*
830 ATAGCCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
66 ATAGCCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * *
871 ATAATTGAATGTCTA-CTTGGGGAAACATGAAGCACAAGCCATGCATTGGCACGAAGAGTCAATT
1 ATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCAATT
* *
935 TATAGTCACTCAAGTT-TTTGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAA
65 TATAGCCAC-CAA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
977 ATA
1 ATA
980 GTTTTATAAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 14, Indels: 6
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
105 3 0.03
106 78 0.85
107 9 0.10
108 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (106 bp):
ATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCAATTT
ATAGCCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
Found at i:2281 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1986--3591 Score: 718
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
1976 NNTATAATCT
* * * * *
1986 GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCTTTTAAA
1 GTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
2051 GTGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACT
65 GTGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
* *
2116 TTTT-TTACATGTTTCCCAAGGTAGGCATTCG-ATGACAGTCTC
129 TTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATT-GAATGACAAT-TC
* * *
2158 -TTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAGTTGTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
2222 GCGACTAATATAGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
65 GTGAGTAATA-AGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
* * *
2287 TTTTCTTCACA--TTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATTC
129 TTTTCTT-ACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
* * *
2328 GTTTTAATAAAAAATGTACAAAGAATTTAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAA
1 GTTTTAATAAAAAATGTA-AAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
2393 AGTGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGAATGACTGACTATAAATAGAC-TTTCTTACTAATGAATGCC
64 AGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCC
** ********** * *
2457 TTTTTCTT-CATGTTTCTAAAGGTNNNNNNNNNNTTATAA-TC
128 TTTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
* ** * * * * * * *
2498 TGTTTTGACCAAAAATATAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATCAGTTTATAAAACTATTTAA
1 -GTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * *
2563 AGTAAGTAATAAAGC-TTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAATGCATGG
64 AGTGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC
* * * * * * * ** *
2627 CTTGTGCTT-CACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAGCTA
127 CTTTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
* ***********
2670 TTTTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAA-TAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* **** * * *
2734 AG-GAAGTAATAAGACCTTTTAAAGGAATAAAAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGACTG
64 AGTG-AGTAATAAG--CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
*** * * * * * *
2798 CCTTTGAGTT-CATGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAA-TC
126 CCTTTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
* ** ** * * *
2841 TATTGTTTCTAAAAATATAG-AAGGAATTCAA-TTAAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATT
1 -GTT-TTAATAAAAA-AT-GTAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
2904 TAAAGTG-GATAATAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTCTCTTTCGAATGAA
61 TAAAGTGAG-TAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * ** * * * * * *
2968 T-ACTTATGTCTT-CATGTTTTTCATGATAGGCATTCAATTATAA-TC
124 TGCCTT-TTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
* * * * *
3013 TATTTTAACT-AAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCCA-T
1 -GTTTTAA-TAAAAAATGTA-AAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATT
*
3076 TATAGCTGA-TAATAAGAC-TTTGAA-G-ATGAGAGT-A-TCA-AAATGGACTTTTCTT-CTCAA
61 TAAAG-TGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATG-G-GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTAC-CAA
* * ** * * * * *
3133 TGAATGACTTTTTC-TACAAGTTTCCTGAGGCA-AGCATTTAATTA-TAGTC
120 TGAATGCCTTTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGA-CATTGAATGACAATTC
* *
3182 TATTTTAAT-AAAAATGGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAACCATT
1 -GTTTTAATAAAAAAT-GT--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATT
* ** * * * *
3245 TAAAGCGAACAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAA
61 TAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAA
* * * * * *
3310 TGCCTTTTTCTTA-ACGTTTCTCAAGATAGACATTTAATTATAA-TC
124 TGCCTTTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
* * ********************
3355 TATTTTAACAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 -GTTTTAATAAAAA---ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** *
3420 ACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATA
62 AAAGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-
* * * *
3485 G-CTTTTT-TTACATGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAGTGAC-AGTC
125 GCCTTTTTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
** *
3528 TGTTTTAACGAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTA
1 -GTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
3592 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1091, Mismatches: 268, Indels: 151
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 107 0.10
170 101 0.09
171 342 0.31
172 274 0.25
173 169 0.15
174 80 0.07
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
TTCTTACATGTTTCCCAAGGTAGACATTGAATGACAATTC
Found at i:2754 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2720--2768 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
2710 TTATGAGATT
*
2720 ATAAAACCATTTAAAGGAAGTA
1 ATAAGACCATTTAAAGGAA-TA
*
2742 ATAAGACCTTTTAAAGGAATA
1 ATAAGACCATTTAAAGGAATA
2763 A-AAGAC
1 ATAAGAC
2769 TATAAATGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.20
21 3 0.12
22 17 0.68
ACGTcount: A:0.53, C:0.10, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
ATAAGACCATTTAAAGGAATA
Found at i:2931 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2708--3072 Score: 420
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 173
2698 NNNNNNNNNC
* *
2708 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAATAAGACCTTTTAAAGGAATAAAAGACTATA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAATAAGACCTTCTAAAGGAATAAAAGACTATA
* * * *
2773 AA-TGAACTTTTCTTCCCAATGACTGCCTT-TGAGTTCATGTTTCTCAA-AGTAAACATTCAATT
66 AATTG-ACTTCTCTTCCCAATGAAT-ACTTATGACTTCATGTTTCTCAAGA-TAAACATTCAATT
* * *
2835 ATAATCTATTGTT-TCTAAAAATATAGAAGGAATTC-AATTAAAAATT
128 ATAATCTATT-TTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATT-AAAATT
* * ****
2881 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGA-TAATAAG-GCTTCTAAAGGAATGGGTGACTAT
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGACCTTCTAAAGGAATAAAAGACTAT
* * * * * **
2944 AAATTGACTTCTCTTTCGAATGAATACTTATGTCTTCATGTTTTTCATGATAGGCATTCAATTAT
65 AAATTGACTTCTCTTCCCAATGAATACTTATGACTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTAT
*
3009 AATCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATT
130 AATCTATTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTAAAATT
3053 AATTTTGAGATTATAAAACC
1 AATTTTGAGATTATAAAACC
3073 CATTATAGCT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 23, Indels: 13
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.03
172 115 0.71
173 41 0.25
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAATAAGACCTTCTAAAGGAATAAAAGACTATA
AATTGACTTCTCTTCCCAATGAATACTTATGACTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATA
ATCTATTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTAAAATT
Found at i:4153 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3855--4162 Score: 386
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
3845 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
3855 ATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTCTTCGTACCAATGAAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAATT
* * * ** *
3920 ACAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAATAATTCAACAAAAAATTAAATATGAGTTTATAAAACC
66 ACAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACAAAAAATCAAATATGAGACTATAAAACA
3985 ATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
131 ATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
*
4026 ATAAATGGACTCTTCGTACCAATGCATAG-CTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTCTTCGTACCAATG-AAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAAT
* * * *** *
4090 TATAGTCAT-TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGACTATAAAA
65 TACAATC-TGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACAAAAAATCAAATATGAGACTATAAAA
*
4154 TAATTTAAA
129 CAATTTAAA
4163 ATGAGTAACA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 22, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 109 0.96
172 4 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATAAATGGACTCTTCGTACCAATGAAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAATT
ACAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACAAAAAATCAAATATGAGACTATAAAACA
ATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
Found at i:4178 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3855--4294 Score: 384
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
3845 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
3855 ATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTCTTCGTACCAATGAAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAATT
* * * ** *
3920 ACAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAATAATTCAACAAAAAATTAAATATGAGTTTATAAAACC
66 ACAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACAAAAAATCAAATATGAGACTATAAAACA
* **
3985 ATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
131 ATTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
*
4026 ATAAATGGACTCTTCGTACCAATGCATAG-CTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTCTTCGTACCAATG-AAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAAT
* * * *** *
4090 TATAGTCAT-TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGACTATAAAA
65 TACAATC-TGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACAAAAAATCAAATATGAGACTATAAAA
* ** * ** ** *
4154 TAATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACT
129 CAATTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
** * * * * ** ** *
4197 ATAAATGGACT-TTTTTTCTCAATGAAAGGCTTTTTCTACATGTTTGTCAAGGTAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTCTTCGTAC-CAATGAAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAAT
** * *
4261 TATTATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATT
65 TACAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAACAATT
4295 TAACTTAANN
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 47, Indels: 12
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.04
171 203 0.94
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATAAATGGACTCTTCGTACCAATGAAAGCCTTTTGCTTCACATTCCTCAAAGTAGACATTCAATT
ACAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACAAAAAATCAAATATGAGACTATAAAACA
ATTTAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT
Found at i:4675 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4490--4857 Score: 381
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
4480 NNNNNNNNNN
* * **
4490 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAAGCTT-TTAACGGAAT-AGTTGACTATAAATGGACT-T
1 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTGCGAA-GGAATGAG-TGACTATAAATGGACTCT
* * * * * * *
4552 TACTTACTAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTCTTTT
64 TA-GTACCAATGAATGCCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTAT-AGCTATTTT
* ***
4616 GAA-CAAAAATGTAAAACAATTCAA-TTAAAAATTAAGTATGAGTT
127 GAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTT-AAAATCAAGTATGACAC
** * **
4660 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTCTTA
1 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTGCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTCTTA
* * * * *
4725 GTGCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGCTATTTTTAAC
66 GTACCAATGAATGCCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCTATTTTGAAC
* * *
4790 CAAAAATTTAAAACAATTCAACTTCAAATCAATTATGACAC
131 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAAGTATGACAC
4831 TATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAA
1 TATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAA
4858 NNNNNNNNNN
Statistics
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170 73 0.45
171 86 0.53
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TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTGCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTCTTA
GTACCAATGAATGCCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCTATTTTGAAC
CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAAGTATGACAC
Found at i:4837 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
4525 ACGGAATAGT
* * * * *
4535 TGACTATAAATGGACTTTACTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
1 TGACTATAAATGGACTTTACGTACCAATGAATGCCTTTTGCTTATGTTCCCCAAGGTAAACATTC
* * * ***
4600 AATTATAATCTCTTTTGAACAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAAATTAAGTATGAGTTTATAA
66 AATTATAAGCTATTTTGAACAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAAATCAAGTATGACACTATAA
4665 AA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAAGGCTTGAG
131 AATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAAGGCTTGAG
* * * *
4705 TGACTATAAATGGACTCTTA-GTGCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACT-TTACGTACCAATGAATGCCTTTTGCTT-ATGTTCCCCAAGGTAAACAT
* * * *
4769 TCAATTAT-AGCTATTTTTAACCAAAAATTTAAAACAATTCAACTT-CAAATCAATTATGACACT
64 TCAATTATAAGCTATTTTGAA-CAAAAATGTAAAACAATTCAA-TTAAAAATCAAGTATGACACT
**
4832 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
127 ATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA
4858 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 42 0.33
171 82 0.65
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.34
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TGACTATAAATGGACTTTACGTACCAATGAATGCCTTTTGCTTATGTTCCCCAAGGTAAACATTC
AATTATAAGCTATTTTGAACAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAAATCAAGTATGACACTATAA
AATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGCGAAGGCTTGAG
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Period size: 171 Copynumber: 24.1 Consensus size: 170
5221 NNNNNNNNNN
* * * * *
5231 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAGAGCC
1 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * ********** *
5296 ATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCGCTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
5360 AAATGGTTTTATAATGTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTGT
129 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * * * * * *
5402 TTTAAATTTTTGGGTAAGAATAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTG-GGAACATGAAGTAAAAGC
1 TTTACATTTTT-GTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * ** * * **
5465 CATGCATTGGCACGAAGAGTCCATTTATAGTC-ACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
5529 TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGT
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * **
5572 TTTACATTTTTGTTCAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACC
1 TTTACATTTTTGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * * ** * * **
5637 ATTTATTAGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCAGTCAAAATCTTTATTACGAACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
5702 AATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTCT
130 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * * *
5743 TTGCACATTTTTGATTAAAACGGATTATAATTGAATATCTACCTCT-AGAAACAT-AAAAGAAAA
1 TT-TACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGA-AAAA
* * * *
5806 GGCATTAATTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTC-TCACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
62 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
5870 TTTAAATAATTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
126 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * *
5915 TTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCC
1 TTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * *
5980 ATTCATTTGG-AACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCAATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GT
65 ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
6041 TCTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGT
127 T-TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * * * * * *
6086 TTTACATTTTTGGTTAAAA-TGACTATAATTAAATGTCTACCAT-AGGGAACGTGAAGCAAACGT
1 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * * ** * * **
6149 CATGCATTGGTACGAAGAGTTCATTTATAGTC-ACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
6213 TAGATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGT
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
** * * *
6256 TTTACATTTTTGGCCAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAGC
1 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * * *
6320 TTTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGT-AAGTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA-CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
6384 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAA-TTGAATTCCT
129 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-GT
* * ** * * * * * *
6427 TGTGCATTTTCAATGAAAACGGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATAAAGGAAAAGGC
1 TTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * * ** ** *
6492 ATTCATTGGCAAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTGTTATTTGTCAGTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
6557 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATAT-T
130 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGT
* * * * * * *
6598 TTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATCATTGAATGCCTACCCT-AGGAAACATGTAA-AAAAAG
1 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTG-AAGAAAAAG
* * ** *
6661 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
63 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
6726 TAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-T
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGT
* * * ** * *
6769 TTCT-CATTTTTTGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTATATCGAGAAACGTGAAGAAAAATG
1 TT-TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
*
6833 CATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNN
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTAT---------
****************************************************
6897 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
119 ---------TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
****************************** * *
6958 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATGTCTACCTTG-GAAAACATGTAA-AAAAAGT
1 TTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTG-AAGAAAAAGG
* * * **
7021 CATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCACATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
7085 TAAAACG-TTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
128 T-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * *
7128 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTC
1 TTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* *
7193 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT----C---C-TTCAAAAGCCTT-TTACTCAGTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
7249 TATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-GGATTGAATAT-T
130 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TGT
* * * * * * * * **
7290 TTAACATTTTTGGTTAGAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAAAAAAAGAT
1 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * * * * * *
7355 ATTTATTGACAACAAAAGTACAGTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAACCTTATTATTCACTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
7419 AAATGATTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCT
129 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGT
* * * * * * * *
7462 TTTACAGATTTGGTTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACCACT-AAAAACGTGTAGAAAAAGC
1 TTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * ** * * * *
7526 CATTCATTAAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAATGCTTTATTACTCGCTT
64 CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
7590 TAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTAT
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * * *
7633 TTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAA-AAAAAGC
1 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGG
* * * * * *
7697 CATTCATTGGGAGGAAAAGTCTA-TTATAGTC-TCTCATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCGCTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
7760 TAAATGGTTTTATAGTGTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGT
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * ** * * * * *
7803 TTTAAATTTTGGTTAAAA-ATGGCTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGGAACATAAAGCAAAAGC
1 TTTACATTTTTGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * ** * * **
7866 CATGCTTTGGCACGAAGAGTCCATTTATAGTC-ACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
7930 TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGT
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * *
7973 TTTACATTTTTATTCAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
1 TTTACATTTTTGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
*** * * * *
8038 ATTCATTATTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCACTTNN
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT--
*******************************************
8103 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 ----TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
*************************************************** *** *** *
8150 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCTACCTTA-GA
1 TTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAGGC
** * * * *
8214 AAACA-T-G-AAGCAAAAG-CCATGTATTGGCATAAAGCGTCCATT-TATAATCACCTAAGCCTT
65 ATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTA-TAG--TCAA----CCATTCT-T--TCA--AAAG----
** * * * *
8274 TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGT
113 ------CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * **
8338 TTTACATTTTTGTTCAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAC
1 TTTACATTTTTGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * * *
8403 ATTCATTAGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
8468 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTCAT
130 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GT
* * * * * * * * *
8510 TGTAGAATTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATAAAGGAAAAGGC
1 TTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * * *
8575 ATTCATTGGCAATAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
8640 AATAATTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
130 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * *
8681 TTTACATTTTCGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAGC
1 TTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAGG
* * ** **
8745 CATTCATTGGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
8808 CTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGT
128 -TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* ** * *
8852 TTTACAATTTTAGTTAAAA-ATGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGGAATA--TGAAGTAAAA
1 TTTAC-ATTTTTGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAA-ACGTGAAGAAAAA
* * * * * ** * * **
8914 GCCATGCATTGG-AGCGAAGAGTCCATTTATAGTC-ACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
62 GGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
8977 CTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGT
125 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* ** * *
9023 TTTACATTTTTTGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATTTTGAAAAACGT-AAAAAAAAGGC
1 TTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * **
9087 TTTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
9151 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTCCT
129 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GT
* * * * * * * *
9194 TGTGCATTTTTTATTAAAATAGACTATCATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGTA-AAAAAGG
1 TTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGG
** * *
9257 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAT
64 -CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
9322 TAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
128 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
*
9365 TTTTCATTTTTTGTTA
1 TTTACA-TTTTTGTTA
9381 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2876, Mismatches: 936, Indels: 334
0.69 0.23 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 9 0.00
162 108 0.04
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164 1 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 4 0.00
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175 1 0.00
176 10 0.00
177 1 0.00
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181 3 0.00
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183 3 0.00
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194 11 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
Found at i:6682 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 5231--6805 Score: 2015
Period size: 683 Copynumber: 2.3 Consensus size: 681
5221 NNNNNNNNNN
* * * *
5231 TTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAGAGC
1 TTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACATGTAAAAAAAGC
* * * **********
5295 CATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCGCTT
65 CATTCATTTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TT
* * * * *
5359 TAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGGTAAGAATA
128 TAAAT-TTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAA-AATA
* * *
5424 GCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAACATGAAGTAAAAGCCATGCATTGGCACGAAGAGTCCAT
191 GCTATAATTAAATGTCTACCTAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGGCACGAAGAGTCCAT
*
5489 TTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
256 TTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATT
** * *
5554 AATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGTTCAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
321 AATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCCAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
* *
5619 AAATGTGAAGAAAAAACCATTTATTAGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCAGTCAAAA
386 AAACGTGAAGAAAAAACCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCAGTCAAAA
* * *
5684 TCTTTATTACGAACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTCTTTGCAC
451 GCCTTATTACGAACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTCCTTGCAC
** *
5749 ATTTTTGATTAAAACGGATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACATAAAAGAAAAGGCATTAA
516 ATTTTCAATGAAAACGGATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACATAAAAGAAAAGGCATTAA
* *
5814 TTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA
581 TTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA
* * *
5879 TTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
646 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATT
* * * *
5915 TTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCC
1 TTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACATGTAAAAAAAGCC
*
5980 ATTCATTTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTCT
66 ATTCATTTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTT-T
6044 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-GA
129 AAATT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-
* * * * *
6108 CTATAATTAAATGTCTACCATAGGGAACGTGAAGCAAACGTCATGCATTGGTACGAAGAGTTCAT
192 CTATAATTAAATGTCTACC-TAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGGCACGAAGAGTCCAT
* *
6173 TTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGATTTTATAAACTCATAATT
256 TTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATT
6238 AATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCCAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
321 AATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCCAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
* * * * ** *
6303 AAACGTGAA-AAAAAAGC-TTTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGT-AAGTCATTCTTTTAA
386 AAACGTGAAGAAAAAACCATTT-ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA-CCATTCAGTCAA
** * * * *
6365 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAATTGAATTCCTTGT
449 AAGCCTTATTACGAACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTCCTTGC
* * * *
6430 GCATTTTCAATGAAAACGGATTATAATTGAATGTCTATCT-TGAGAAACATAAAGGAAAAGGCAT
514 ACATTTTCAATGAAAACGGATTATAATTGAATATCTACCTCT-AGAAACATAAAAGAAAAGGCAT
* * * * * ** ** *
6494 TCATTGGCAAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTGTTATTTGTCAGTTTAAA
578 TAATTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
** *
6559 TGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATATT
643 TAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATT
* *
6598 TTTATATTTTTCATTAAAACAGACT-ATCATTGAATGCCTACCCTAG-GAAACATGTAAAAAAAG
1 TTTACATTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGCCTA-CCTAGAGAAACATGTAAAAAAAG
* * *
6661 CCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
64 CCATTCATTTGG-AACAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GT
* * *
6725 TTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTCT-CATTTTTTGTTAAAA
127 TT-AAATTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTGTTT-TACATTTTTGGTTAAAA
* *
6788 TAGGTTATAATTGAATGT
189 TA-GCTATAATTAAATGT
6806 TTATATCGAG
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 92, Indels: 38
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 11 0.01
683 408 0.52
684 359 0.46
685 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (681 bp):
TTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACATGTAAAAAAAGCC
ATTCATTTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAA
ATTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGCTAT
AATTAAATGTCTACCTAGGGAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGGCACGAAGAGTCCATTTATA
GTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTT
TTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCCAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACG
TGAAGAAAAAACCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCAGTCAAAAGCCTT
ATTACGAACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTCCTTGCACATTTT
CAATGAAAACGGATTATAATTGAATATCTACCTCTAGAAACATAAAAGAAAAGGCATTAATTAGC
AAAAAAACTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTA
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATATT
Found at i:9851 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9481--10642 Score: 1116
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 168
9471 NNNNNNNNNN
*
9481 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATGTTTCTTCATG
1 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-T-TTTTTTCATG
** ** * * * *
9546 TTTCTTGATATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATCAACTTAAAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
* **
9611 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAA
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** * *
9651 GGCTTTAGAAGGAATCGAAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATTAATAGCTTTTTTTACATG
1 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTT-CATG
* * * ** * * *
9716 TTTC-CTAAGGTAGGCATTCAATGATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAGATATTTAACTTAA
64 TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAA
* * * * * *
9780 AATCAATTGTGATATTATAAAATCGTTTAAAGTGACTAATAA
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
9822 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTCCTTCACG
1 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT--TTCATG
* * * * * * * *
9887 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTCATCGAAAATGCACAAGAAATTTAATTTAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AA-AAATTCAACTTAA
* * *
9952 AATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * *
9994 GGCTTTT-AAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTTACTTACTAATGAATGTTTTTTCTTCATG
1 GGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-TTCATG
* * *
10058 TTTCTCAAGGTCA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTGAA-CAAAAATTTAAAACAATTCAACTAA
64 TTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTA
* * *
10121 AAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
126 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * * * * *
10164 GGCTTTCGAAGGCTTAGGTGATTATAAATGGACTCTTCGTGCCAATGCATGGCTTTTGCTTT-AT
1 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTT--TTTCAT
* ** * * *
10228 GTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCAT-TTTTAACGAAAAATTTAAAACAATTCAACTTG
63 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTA
* * *
10292 AAATCAATTATGACACTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
126 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * *
10335 GGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTTTTCCCAATGAATAGCTTTTTCTACATG
1 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTT-TTCATG
* *
10400 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTGAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAA
*
10465 ATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
10506 AGCATTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTTTTCTACAC
1 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTT-TTCAT
* * * *
10570 ATTTCT-AGAGGTAGACAATAAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
63 GTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
10634 AAATCAATT
126 AAATCAATT
10643 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 145, Indels: 49
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 180 0.22
171 522 0.64
172 112 0.14
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTCATGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
Found at i:10565 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 9485--10642 Score: 1285
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 509
9475 NNNNNNGGCT
* * * *
9485 TTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATGTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTC
* ** * * * *
9550 TTGATATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
65 -TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** *
9615 TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATCGAAGACTATAAAT
129 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATAGAAGACTATAAAT
* * * * * *
9680 GGGCTTTTCTTGCCAATTAATAGCTTTTTTTACATGTTTCCTAAGGTAGGCATTCAATGATAGTC
194 GGACTCTTCGTGCCAATGAATAGCTTTTTTTA-ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATGATAGCC
* * * * * * *
9745 TGTTTTAATAAAAAATATAAAGATATTTAACTTAAAATCAATTGTGATATTATAAAATCGTTTAA
258 TGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAATCATTTAA
* * * *
9810 AGTGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGCT
323 AGCGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCT
* * * *
9875 TTTTCCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTCATCGAAAATGCACAAGA
388 TTTTCCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATGCACAAGA
* * * * * *
9940 AATTTAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
453 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
* * * *
9997 TTTTAAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTTACTTACTAATGAATGTTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
10062 TCAAGGTCA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTGAACAAAAATTTAAAACAATTCAACTAAAAATT
65 T-AAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * ** ** *
10126 AATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGATTATAA
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATAGAAGACTATAA
* * * *
10191 ATGGACTCTTCGTGCCAATGCATGGCTTTTGCTTT-ATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTAT
192 ATGGACTCTTCGTGCCAATGAATAGCTTTT--TTTAATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATGAT
* * *
10254 AGCCAT-TTTTAACGAAAAATTTAAA-ACAATTCAACTTGAAATCAATTATGACACTATAAAA-C
254 AGCC-TGTTTTAACAAAAAATATAAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAATC
* * * * *
10316 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-AGACTTTTTTTCCCAA
317 -ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAA
* * * *
10380 TGAATAGCTTTTT-CTACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA
380 TGAAT-GCTTTTTCCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAA
* * *
10444 TGTA-AA-ATAATTCAACTTGAAATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
444 TGCACAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
10507 GC
508 GC
* * **
10509 ATTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTTTTCTACACATT
1 -TTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-TAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTT
* * * *
10573 TCTAGAGGTAGACAATAAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
63 TCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
10638 CAATT
126 CAATT
10643 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 93, Indels: 37
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.01
512 136 0.25
513 384 0.72
514 8 0.01
515 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
TTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCT
AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATAGAAGACTATAAATGG
ACTCTTCGTGCCAATGAATAGCTTTTTTTAATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATGATAGCCTGT
TTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACACTATAAAATCATTTAAAGC
GACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
TCCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATGCACAAGAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
Found at i:11682 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11359--12563 Score: 667
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 169
11349 CGTGAAGCAT
* * * * * * * * *
11359 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GATTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
1 AATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * * *
11423 T-TAGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCAC-CTATT-C
65 TCGA-GAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACTC-ATTCC
* *
11485 TTCAAAAG-CTATATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAA
126 TTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* *
11529 AATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
11593 CGAGAAACGTATAGAAAAACCCATTCGTTAGGAAGAAAAGTCCATTTATTATCTCACATTCCTTC
66 CGAGAAACGTA-AGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTA-TATCACTCATTCCTTC
** *
11658 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTACTAATCTCAT
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCAA
* * * * * * * *
11699 AATTGACTTCAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTACTTTAAAAAGG-CTATAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA-GTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** **
11763 TC-AGAGAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTACGAAGAGTGGATTTATAGTCACTCAAGCCT
65 TCGAGA-AACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACTCATTCCT
* ** * ** * *
11827 TCGAAAGCCCCATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCAT
127 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* * * * ** *
11870 AATT-AATTTTTAGTTGAATTGTGTTACATTTTTGGTCAAAACATATTATTATTGAATGTCTACC
1 AATTGAA-TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * ********* *
11934 TTGTGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCATTGCTT
65 TCGAGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCAT-TTATATCACTCATTCCTT
11999 CAAAAGCCTTATTAC-CACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAA
128 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAA
* * * * * * *
12040 AATTGATTTTAAATTGAATTCCTTGTGCA-TTTTCGATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTAT
1 AATTGAATTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTTTTAG-TTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTAC
* ********* * * * *
12104 CTTGANNNNNNNNNNGGAAAAGGCATTCATT-GTGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCT
64 CTCGA-GAAACGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGT-AAGAAAAGTCCATTTATA-TCACTCATTCC
* * * *
12168 TTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAC
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
* ********** * * * * *
12212 AATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGACTGTCATTGAATG-CTTAC
1 AATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTC-TAC
* * * * * * * * *
12275 CTAGAGAAATATGTAA-ATAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCT
64 CTCGAG-AA-ACGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT-ATCACTCATTCC
* * * * *
12339 TTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTCGAA-GGTTTTATAATCTCAT
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCAA
* * *
12383 AACTGATTTTGAA-TTGAATAT-TTTTACATTTTT-GTTAAAA-GAGATTATAATTAAATGTCTA
1 AATTGAATTT-AAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACG-GATTATAATTGAATGTCTA
** * * *
12444 CCTAAAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATT-C
63 CCTCGAGAAACGT-AAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT-ATCACTCATTCC
* * *
12507 TTCCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTAA
126 TT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
*
12552 AATTGATTTTAA
1 AATTGAATTTAA
12564 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 211, Indels: 90
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 158 0.20
170 165 0.21
171 386 0.49
172 60 0.08
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCT
CGAGAAACGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATCACTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
Found at i:13278 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12984--15830 Score: 2296
Period size: 171 Copynumber: 16.7 Consensus size: 171
12974 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
12984 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAGACCAGG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** * ** **
13049 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAGGTATCCATTGCCAAGAAAAGTTTAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
* **
13114 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTTACTTT
131 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
13155 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
13220 TAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGGAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTACAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
* * *
13285 TTATTGTC-TCTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTT
131 TTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
13326 AAATG-GTTAATAATCTCATAATTGACTTCAAGTTGAATTGTTTTACGA-TTTTGATTAAAAAAG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * * * * *
13389 ACTATAATTCAATGTCTACCTTGGGGAAGGTGAAGCAAAATCCATCCATTGATACGAAAAGTCTA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * *
13454 CTGATCGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
130 TTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * * *
13496 AAATGGTTTTATAAACTTATAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * * * * * *
13561 TTATAATTAAATATTTACCTCGAGACACATGAAGAAACAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
* * * *
13626 TTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT
131 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * *
13667 AAATGATTTTATAATATTATAATTGATTTCAAGTTCAATTGTTTTATA-TTGTAGTTAAAAAAGG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * * * * *
13731 CTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGTGAAGCAATAGTCATGCATTGATACA-AAGAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGA-AGAAAAGTCCA
** * ** *
13795 TTTATAGTCACAC-AAGCCTTCGAAAGCCCCATTACTTGCTTT
130 TTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
13837 AAAT-AGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTCAAAACAG
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* *
13901 ATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GTAAGAAAAGTC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
* * ** * * * *
13964 TATTTATAGACAATTATTGCTTCAAAAACCTTATTACCCACTTT
128 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * * * * * *
14008 AAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAAATGAATTCCTTGTATATTTGCT-ATTAAAACG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTT-TTGGTTAAAACA
* * * * *
14071 GATTATACTTGAATGTCTACCTCGACAAACGTGAAGGAAAAGGCATTTCATTG-GCAAGAAAAGT
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGAG-AAGAAAAGT
* * *
14135 CCATTTATAGTCA-CTCATTCATTCAAAAGCCCTATTACTCACTTT
127 CCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
14180 TAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAATTTTAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACA
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTGGTTAAAACA
* * ** * *
14244 GATTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGTAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
* *
14308 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
128 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
14352 AAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATA
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * *
14415 GATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCT
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCC
* *
14480 ATTTATAATC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
14523 AAAT-AGTTTTATAGTGTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTAAATATTTGGTTAGAAA-T
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTA-AAACA
** * * * * * * * *
14586 GGCTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGGAATGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACACA-AAGAGT
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGA-AGAAAAGT
* ** * *
14649 CTATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTT
127 CCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
14694 AAATGGTTATATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTTAATTGTTTTATATTTTT-GTTAAAAACAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAG
* * * * **
14758 ATTATAATTCAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAAAAAAAGTTT
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCC
*
14822 ATTTATAGTCAACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 ATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * **
14865 AAATGGA-TTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAATTGAATTCCTTTCACA-TTTCGATTAAAATG
1 AAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** * * *
14928 GACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGTCATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
* * * *
14992 TATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
15036 AAATAATTTTTTAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGATTAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
15101 TAATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT-AGGATGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCA
* * * *
15165 TTTATAGTCTCCTATTCATTCAGAAGCCTTATTACTCGTTTT
130 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
15207 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA-ATG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-G
** * * * * * **
15271 GCTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGGAACGTGAAGCACAAGCCATGCATTG-GCACGAAGTGTC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
** * *
15334 CATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
128 CATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * * *
15378 AAAT-AGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTCGTTGCATTGTTTTACATTTTTGGTCACAACAG
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
15442 ATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATT-AGTAAGAAAAGTC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTC
* * *
15505 CATTTATAATCAGCC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 CATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * **
15549 AAAT-AGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAATTCAATTCCTTGTACATTTTTTATTAAAAC-
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** *
15612 GAATTATAATTCAATGTCTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCA---AAAAGAAAAGTC
64 G-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
** * * *
15674 CATTTGGAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTT
128 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
15718 AAATGATTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAAATAT-TTTTATATTTTTCATTAAAATAG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
15782 ACTGTCATTGAATGCCTACCTTG-GAAAACATGTA-AAAAAGTCATTCATT
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
15831 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2132, Mismatches: 472, Indels: 146
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.01
168 42 0.02
169 78 0.04
170 317 0.15
171 1367 0.64
172 243 0.11
173 73 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:16658 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 16446--16768 Score: 346
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
16436 NNNTTACTTG
*
16446 CTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTGTACATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTGTACATTTTTGATTAAAA
* * *
16511 CATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TTGAAGGAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGT
66 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGT
*
16575 -CTATTTATAGTCACCCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCA
131 GC-ATTTATAATCACCCATTC----------CTTATTACTCA
* * * * * *
16616 CTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGA-TTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAGA
1 CTTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATTAATTTTTA-GTTGAATTGTTGTACATTTTTGATTAAA
* * * * * * *
16680 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAATAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAG
*
16745 TGCATTTATAATCACTCATTCCTT
130 TGCATTTATAATCACCCATTCCTT
16769 CAAAAGTTTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 15
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
169 5 0.04
170 78 0.60
171 44 0.34
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
CTTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTGTACATTTTTGATTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGT
GCATTTATAATCACCCATTCCTTATTACTCA
Found at i:18878 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17704--19882 Score: 1002
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 168
17694 NNNNNNNNNN
* * *
17704 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-AAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * **
17768 TTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATACACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTT
65 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATG-ATTGCTTTTTCTTCATG-TTT
* ** * * ** *
17833 CCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATG
127 CTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * * * * * ***
17875 CAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGNNN
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
******* * * * *
17940 NNNNNNNAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTCCTTCA-ATTTCT
66 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGATTG-CTTTTTCTTCATGTTTCT
* * *
18004 CGAGATAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
129 -AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * *********
18045 TACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
1 TA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * ** * * *
18109 TTTTGAAGGAATAAGAGGTTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTT
64 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAATG-ATTGCTTTTTCTTCATGTTT
* **
18174 CTAGAGACA-AGCATTCAATTATCGTCTATTTTAATAAAAAATA
127 CTA-AGATAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * * *
18217 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGTCT
1 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * ********* *
18282 TTTGAAAGAAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATNNNNNNNNNNTTCTTCACGTTTC
65 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAT-GATTGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
18347 TCAAGGTAGACATTCAATTATGACCTATTTTTA-AAAAAATG
128 T-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * * * * *
18388 TAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATGTAAAATAAGTAACAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** *
18452 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTGCTTTTT-TTACATGTTT
65 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAATG-ATTGCTTTTTCTT-CATG-TT
* * * *
18516 TCTAAGACA-AGCATTCAATTATAGTATATTTTAATAAAAAATT
126 TCTAAGATAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * ********** * * *
18559 TAAAACAATTCAACTTGAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCAT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *******
18624 TT-AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACNNNNNNNN
66 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAATG-ATTGCTTTTTCTTC-ATGTTTC
************* * * *
18688 NNNNNNNNNNNNNCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATG
128 TAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATA
* * * *
18729 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
18794 TTGACGAAATGGGTGACTATCAATATACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTCC
66 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGATTG-CTTTTTCTTCATGTTT-C
*
18859 TAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACT-AAAAATA
128 TAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATA
* * * * * *
18900 TTAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
18965 TTGAAGGAATGTGAGACTCTAAAT-GAACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTT-TTACATGTTT
66 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-CCAATGATTG-CTTTTTCTT-CATG-TT
* * * * * * * *
19028 TCCAAGGTAGGCATTCAATGACAGTCTGTTTTAATGAAAAATA
126 TCTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * *********** * *
19071 TAAAAATATTTAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGACTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * ** *
19135 TTTGAAGAAATGGGTGGCTCTAAATGGACTTTTCTT--TTTGAATGCCTTTTTCTTCATGATTCT
65 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGATTG-CTTTTTCTTCATG-TT-T
* * * * *
19198 CGAGGA-AGACATTGAATTATAAT-TCGTTTTAATAAAAAATG
127 CTAAGATAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAATAAAAAATA
* * ** * *
19239 TACAAGAAATTCAATTTAAAATTGATTTGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCT
1 TA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
********** * *
19304 TTTGAAGGAATG-GCTGACTATANNNNNNNNNNTCTTACTAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTT
65 TTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGATTGC-TTTTTCTTCATGTTT
* * * * * ** * *
19368 CATAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTGTGACCAAAATTG
127 C-TAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * * * * * * * *
19411 TAAAACAATGCAACTAAAAATTAATTATGAGTTTATGAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
** * ** * * * * * * * * *
19476 TCAAAAGCTTGAGTGATTATAAATGGACTCTTCGTACCAATGCATGGCTTGTGCTTCACGTTCCC
66 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTCCAATG-ATTGCTTTTTCTTCATGTT-TC
* * * * * * * *
19541 CAAGGTAAACATTTAGTTAT-AGCCATTTTTAACT-AAAAATG
128 TAAGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAA-TAAAAAATA
* * ********** **
19582 TAAAACAATTCAACTTGAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAA-TAATTTAAAACGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
19646 TTTAAAGGAAT-AGGAGACTGTAAATGGACTTTTCATCCTAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT
65 TTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTCC-AATG-ATTGCTTTTTCTTCATGTTT
********* * * *
19710 CTNNNNNNNNNNATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATA
127 CT-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * * *
19753 TAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTTTGAGATTAAAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
19818 TTAAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAAAGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCT
66 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGATTG-CTTTTTCTTCATGTTTCT
19883 TGAGGTNNNN
Statistics
Matches: 1461, Mismatches: 480, Indels: 134
0.70 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 47 0.03
169 76 0.05
170 280 0.19
171 830 0.57
172 222 0.15
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTAA
GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
Found at i:21932 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 21423--22054 Score: 705
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
21413 AATGGGTGAT
* * **
21423 TATAAATAGACTTTTCTTACTAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAAGTAAACATTCAAT
* * * * * * *
21488 TTAGTCTGTTTTAAACAAAATTGTAAAAAACTTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACT
66 TCAATCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** **********
21553 ATTTAAAGCAAGTTGTAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACNNNNNNNNNNCTTTTCTTACCAATG
131 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
** * * *
21618 AATGCTTTTTTTTTTTAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTAAGCTAAAAAAG
196 AATGCTTTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTAAGCTAAAAAAG
21683 T-AAAAAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCA
261 TAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCA
21746 TTTGAANNNNNNNNNNAC
325 TTTGAA----------AC
* * * *
21764 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTTCTTTACCTTTCTCAAGGTAAACATTCAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGC-CTTTTTCTTCACCTTTCTCAAAGTAAACATTCAA
** *
21829 TTACAATCTG-TTTATGTCAAAAATGTAATAAAA-TTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAA
65 TT-CAATCTGTTTTA-AACAAAAATGTAA-AAAACTTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
21892 AACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGTAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
127 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * *
21957 AATGAATGCTTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAGCTAAA
192 AATGAATGCTTTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTAAGCTAAA
* * *
22022 TATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATG
257 AAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
22055 AGATNNNNNN
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 44, Indels: 9
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 27 0.11
342 35 0.15
343 150 0.62
344 27 0.11
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAAGTAAACATTCAAT
TCAATCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
AATGCTTTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTAAGCTAAAAAAG
TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCAT
TTGAAAC
Found at i:21940 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21274--22787 Score: 942
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
21264 GAGATTAAAT
* ** * **
21274 CAATGAATGC-GTTTTTCTTCACATTTCT-AGAGGTAGACATTCAA-T-TAGTCTGTTTTAACCA
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTATGCA
* * * **
21335 AAAATGTAAAAAAGTTGAACAT-AAAATCAATT-T-TGACGTAATAAAAGCATTTAAAAAGAGTA
64 AAAATGTAAAAAA-TTCAAC-TCAAAATCAATTATGTGA--TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
21397 ATAAGACTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTAC
125 ATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * **
21443 TAGTGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATT-TAGTCTGTTTTAAACAA
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTATGCAA
* * * * * * * **
21506 AATTGTAAAAAACTTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTTGTAA
65 AAATGTAAAAAA-TTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
**********
21571 GGCTTTTGAAGGAATGTGTGACNNNNNNNNNNCTTTTCTTAC
129 GGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
21613 CAATGAATGCTTTTTTTTTTTAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTAAGCTAA
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTATGC-AA
* * *
21678 AAAAGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAG
65 AAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ********* *
21743 GCATTTGAANNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTTTCTTAC
130 GCTTTTGAA-GGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* ** * *
21784 CAATGAATGCTTTTTTTCTTTACCTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTATGTCAA
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTATG-CAA
*
21849 AAATGTAATAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGA
65 AAATGTAA-AAAATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
*
21914 GGCTTTTGAAGTAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
129 GGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * *
21956 CAATGAATGCTTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAGCTAA
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTATGC-AA
* * * ********** *
22021 ATATGTAAAAAAATTTAAC-CTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATA
65 AAATGT-AAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
22085 AGGCCTTTGAAGGAATGGTTAACTATAAATAGGCTTTTTTTGC
128 AGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * *
22128 CAATGAAT-CTATTTTTCTTCATGCTTCTTAA-GTAAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAAT--
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTG-TTT-ATGC
* * * * *
22189 AAAAAGTGTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTAT-TAAATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTA
63 AAAAA-TGTAAAAA-ATTCAACTCAAAATCAATTATGT-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
22253 ATAAGGCCTTTGAAGGGATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTT-C
125 ATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * ** * * *
22298 TCAATTAAAGGC--TTTTACTACATGTTTCTCAAGACAAGCATTCAGTTATAGTCTATTTTAATG
1 -CAA-TGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT-GTTT-ATG
* * * * **
22361 -AAAAATGTTAAAATATTCAACTTAAATTCAATTA-GACGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTA
62 CAAAAATG-TAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATG-TGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
22424 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATATATAGACTTTTCTTAT
125 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * * * * * * *
22469 CAATGAATAC-ATTTTCCTTCATATTTTTTC-AGGTAGA-TTATCAATTCTAGTCTATTT-TAAC
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAAACAT-TCAATTATAGTCTGTTTAT-GC
* * * * * * * **
22530 GAAAAATATAAAAAAGAATT-GACAT-AAAATCAGTTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAATGAG
63 -AAAAATGT--AAAA-AATTCAAC-TCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
22593 TAATAAGGCTTTT----GAA--G-GACTATAAATAGACTTGTT-TTGC
123 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTAC
* * * **
22633 CAATGAATAC-ATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAAC-A
1 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTATGCAA
* * * * * *
22695 AAAGGTACAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAAT
65 AAATGT--AAAAA-ATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** *
22760 AAAACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
127 AAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATA
22788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1043, Mismatches: 240, Indels: 122
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 14 0.01
163 49 0.05
164 58 0.06
165 4 0.00
167 7 0.01
169 46 0.04
170 162 0.16
171 429 0.41
172 269 0.26
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CAATGAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTATGCAAA
AATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
Done.