Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398803.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2087.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10670
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.09, T:0.24
Warning! 3633 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2832 original size:170 final size:155
Alignment explanation
Indices: 2541--2848 Score: 325
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
2531 NNNTAAAGTG
* * *
2541 AGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACGATAAATGGACTTTTTTACCAATGGATGGCTTTTG
1 AGTATTAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACGATAAATAGACTTTTTTACCAATGGATAGCTTTTG
*
2606 CTTCATGTTTCTCAAAATAGACAGTCAAATATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAAA-TC
66 CTTCATGTTTCTCAAAATAGACAGTCAAATATAATCTCTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTC
2669 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
131 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
2694 ANNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACGATAAATAGACTTTTCTTA
1 A----------------GTATTAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACGATAAATAGACTTTT-TTA
* * ** ** * *
2759 CCCATGGATAGTTTTTGCTTCACT-TTTCTTGAGGTGGACATTCAAATATAATCTCTTTTAGCCA
49 CCAATGGATAGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTCAAAATAGACAGTCAAATATAATCTCTTTTAGCCA
2823 AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAA
113 AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAA
2849 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 12, Indels: 21
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.01
169 42 0.34
170 62 0.50
171 8 0.07
172 10 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (155 bp):
AGTATTAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACGATAAATAGACTTTTTTACCAATGGATAGCTTTTG
CTTCATGTTTCTCAAAATAGACAGTCAAATATAATCTCTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:3849 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2949--5024 Score: 1842
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 170
2939 NNNNNNNNNN
* ** * * ***
2949 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTATTTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
3014 GAAACATAAAGCAAAAGTCATCAATTGACAAGAAAAGTCAATTTCTTA-TCACTCAAGCCTTCGA
66 GAAACGT-GAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * *
3078 AAGCTTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * ** * * *
3120 TGATTTTAAGATGATTTTTTTTTGTATTTCTGGTTAAAA-CATATTAT-ATATGACTGTTTGTC-
1 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAAT-TGAATGTTTGCCT
* * * **
3182 TCAGGAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTGGTTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
63 TGA-GAAACGTG-AGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
** ** *
3246 TCGAAAGGTTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATC-CAATAAT
125 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATTAT
* * ** * *
3292 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTCTTTAAAATCTATTATAACTAAATGTTTG--TG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCT-
* * * * * *
3355 TCAGGAAATGTAAACAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
63 TGA-GAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* **
3420 GAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
127 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* **
3464 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTTGCCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATG-TTTGCCTTG
* * * * * *
3529 AGAAAAGTGAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCATTCGAA
65 AGAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* *** * * **
3594 AGCCTTTTTACTTGTTTTAAATGATTTTATACTCTCATTGC
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
*
3635 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAACTGAATGTTTGCCTT
1 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
3700 GAGAAACGTGAGCAAAAACCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGA
64 GAGAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* *
3765 AAGCCTTTTTACAT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTGT
129 AAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * **
3807 TGATTTAAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAACAGAATGTTTGCCTCTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCT-TG
* * * * * * * **
3872 -GATATGTAAGCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCAATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAA
65 AGAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * * * *
3936 AGTCGTATTACTCTCTTCAAATGGCTTTACAATCTCATTAT
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * * * * * ** *
3977 TCATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTAT-GTTCAAA-CAGATTATGTTTGAATGTTCAG-C-T
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAATTGAATGTT-TGCCTT
* * * * *
4038 CATGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTAACTCAAGCCTTC
64 GA-GAAACGTG-AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * *
4103 GAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAAT
127 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * * * * * *
4147 TGATTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTGTTTGAAATCTATTATAATTGATTATTTGCC-TCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
4211 GGAAACATGAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTCAAA
66 -GAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* ** * *
4276 AGTCTTATTACTCGTTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATTAT
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * * * ** **
4317 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCTTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTATCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
4381 AAAATGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAA
66 GAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * * * *
4446 GTCATATAACTCTCTTTAAACGATTTTATAATCTCATTAT
131 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* ** * *
4486 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTTTATTTGAA--TTT-CCATCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCC-T-T
* * * * * * * *
4548 CAACAAACGTGAAGCAAAACCCATCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTAACTTAAGCCTTT
64 -GAGAAACGTG-AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * *
4613 GAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
127 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* ** ** *** * * *
4657 TGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATAGGTTATAACTGAATGTCTACCTT-A
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
4721 GGAAACATAAAGGAAAAGTCATCCATTGACAA-AGCAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
66 -GAAACGT-GAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
4785 AAAGCCCTATTACT-AGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
* * * * * * * * * *
4828 TGAATTTAAGCTAAATTTGTTTACATTTTTGGTTCAAA-CAGATTATATTTGAATGTCTACCTCG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* ** * * *
4892 AGAAACATGAAAAAAAAGTCATCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
65 AGAAACGTG-AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * *
4957 AAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA-TAA
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
*
4998 TGTATTTTAAGTTGAATTATTTTACAT
1 TG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
5025 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1562, Mismatches: 292, Indels: 102
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 5 0.00
169 165 0.11
170 423 0.27
171 535 0.34
172 350 0.22
173 78 0.05
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
GAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
Found at i:4171 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2949--5024 Score: 1743
Period size: 340 Copynumber: 6.1 Consensus size: 337
2939 NNNNNNNNNN
* * ** ** *
2949 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATG-TCTATTTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAACTGAATGTTC-A-GCTC
* * * * * *
3013 A-GAAACATAAAGCAAAAGTCATCAATTGACAAGAAAAGTCAATTTCTTA-TCACTCAAGCCTTC
63 ATGAAACGT-GAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * * * *
3076 GAAAGCTTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGATTTTTTT
126 GAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA--ATTTT
** * * * * * *
3141 TTGTATTTCTGGTTAAAA-CATATTAT-ATATGACTGTTTGTCTCAGGAAACATGAAGGAAAAGC
188 TTACATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAAT-TGAATGTTTGCCTCTGGAAACGT-AAGCAAAAGC
** * * ** *
3204 CATCCATTGGTTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGGTTTATTACTCACTT
250 CATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
*** *
3268 TAAATTATTTTATAATC-CAATAAT
314 TAAATGGCTTTATAATCTC-ATTAT
* * * * * * *
3292 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTCTTTAAAATC-TATTATAACTAAATGTT-TGTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTT-GTTAAAA-CAGATTATAACTGAATGTTCAG-C
* * * * * *
3355 TCAGGAAATGTAAACAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
61 TCATGAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* *
3420 GAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
126 GAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
** * *
3485 TACATTTTTTATTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTTGCCT-TGAGAAAAGTGAGCAAAAGCCA
189 TACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATG-TTTGCCTCTG-GAAACGTAAGCAAAAGCCA
* * * * * * *
3549 TCCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCATTCGAAAGCCTTTTTACT-TGTTTTA
252 TCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
** * **
3613 AATGATTTTATACTCTCATTGC
316 AATGGCTTTATAATCTCATTAT
* *
3635 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAACTGAATGTT-TGC-
1 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA-CAGATTATAACTGAATGTTCAGCT
* * * * *
3697 CTTGAGAAACGTGAGCAAAAACCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTGAAGCCTT
62 CAT--GAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * *
3762 CGAAAGCCTTTTTACATACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTGTTGATTTAAAGTTGAATTCTT
125 CGAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
** * * *
3827 TTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAACAGAATGTTTGCCTCTGGATATGTAAGCAAAAACCAT
188 TTACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGGAAACGTAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * *
3892 CCATTGATAAGAAAAGTCAATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCGTATTACTCTCTTCAAA
253 CCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
*
3957 TGGCTTTACAATCTCATTAT
318 TGGCTTTATAATCTCATTAT
* * * * * ***
3977 TCATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTATGTTCAAACAGATTATGTTTGAATGTTCAGCTCATG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTTCAGCTCATG
* * * *
4042 AAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTAACTCAAGCCTTCGAAA
66 AAACGTG-AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * *
4107 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTACA
130 GCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA
* * * * * * * *
4172 TTTTTGTTTGAAATCTATTATAATTGATTATTTGCCTCAGGAAACATGAGCAAAAGCCATCTATT
193 TTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGGAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * *
4237 GACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGT-TTTAAAAGGC
258 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGC
4301 TTTATAATCTCATTAT
322 TTTATAATCTCATTAT
* * * * * *
4317 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCTTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTATCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAACTGAATGTTCAGCTCAT
* * *
4381 AAAATGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAA
65 GAAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * * * * *
4446 GTCATATAACTCTCTTTAAACGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
130 GCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
** * * ** *
4511 TTTTTGGTTAAAATAGATTTTATTTGAA--TTT-CCATCTCAACAAACGTGAAGCAAAACCCATC
193 TTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCC-TCT--GGAAACGT-AAGCAAAAGCCATC
* * * * * ** **
4573 CATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTAACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAT
254 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * *
4638 GGTTTTGTAATCTCATAAT
319 GGCTTTATAATCTCATTAT
* ** * * * * *
4657 TGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATAGGTTATAACTGAATG-TCTACCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTTC-AGCTCA
* * * * * * *
4721 GGAAACATAAAGGAAAAGTCATCCATTGACAA-AGCAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
64 TGAAACGT-GAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * * * * *
4785 AAAGCCCTATTACTAGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGAATTTAAGCTAAATTTGTTT
127 AAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT
* * * * * * ** *
4850 ACATTTTTGGTTCAAA-CAGATTATATTTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAAAAAAAGTCA
190 ACATTTTTGGTTAAAATC-TATTATAATTGAATGTTTGCCTCTG-GAAACGT-AAGCAAAAGCCA
* * * * * *
4913 TCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAA
252 TCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * *
4978 ATGGTTTTGTAATCTCA-TAA
317 ATGGCTTTATAATCTCATTAT
*
4998 TGTATTTTAAGTTGAATTATTTTACAT
1 TG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
5025 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1412, Mismatches: 272, Indels: 100
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 5 0.00
338 1 0.00
339 169 0.12
340 377 0.27
341 48 0.03
342 343 0.24
343 312 0.22
344 116 0.08
345 38 0.03
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTTCAGCTCATG
AAACGTGAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGCCTCTGGAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTA
TAATCTCATTAT
Found at i:9925 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9515--10670 Score: 1255
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
9505 NNNNNNNNNG
* * * *
9515 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATCTAAAGCTAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * *
9580 TTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTCACGATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAACTTTTGCTT
66 ATAAGGCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTT
* * * *
9645 CACATTTCTCAAGGTGGACATTCAAATATAATCTCTTTTAG
131 CATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * * * *
9686 CAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
1 C-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* * * * *
9751 AATAAGACTTTTTAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATATCTTTTGCT
65 AATAAGGCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCT
* * * * * * *
9816 GCATGTTTC-CTAAGGAAAACATTCAATTATATTCTCTTTTAA
130 TCATATTTCTC-AAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * * *
9858 CCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* *
9923 ATAAGGC-TTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTATCAATGGATAGTTTTTGCT
66 ATAAGGCTTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCT
* * * * * *
9987 TCATGTTTCTCGAGGTATACATTTAAATATATTCTGTTTTAA
130 TCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
** * * * * *
10029 TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATTGATTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
10094 ATAAGG-GTTTTAATGACTTGAATGACCATCAATGGACTTTTTTTA-CTGATGGATAGCTTTCGC
66 ATAAGGCTTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATAGCTTTTGC
* * ** *
10157 TTTATATTTCTTAAGACAGACATTTAAATATAATCTATTTTAA
129 TTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * * *
10200 TCAAAAATGTAAAACACTTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* ** * *
10265 ATAAGGCTGTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTT
66 ATAAGGCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTT
** * * * *
10330 CGCATTTCTCAAGGCAGGCATTC-AATCACAATATATTTTAA
131 CATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAAT-ATAATCTATTTTAA
* ** * **
10371 TCAAAAATGTAAAACCATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * *
10436 ATAAGGC-TTTTAACGGCTTGAGTGACTATCAATGAACTTTTTTTA-CTAATGAATAGCTTTTGC
66 ATAAGGCTTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATAGCTTTTGC
* * * *
10499 TTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAA
129 TTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
* * *
10542 CTAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * ** * * * *
10607 ATGAGGCTGTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTCTCAATGGATAGCTTTTGCT
66 ATAAGGCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCT
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 149, Indels: 28
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.02
171 653 0.79
172 155 0.19
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTT
CATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
Found at i:10661 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 9517--10666 Score: 1459
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
9507 NNNNNNNGCC
* * * * * *
9517 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATCTAAAGCTAGTATT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
9582 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTCACGATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAACTTTTGCTTCA
66 AAGGC-TTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATAGCTTTCGCTTCA
*** *
9647 CATTTCTCAAGGTGGACATTCAAATATAATCTCTTTTAGCAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
130 CATTTCTCAAGACAGACATTCAAATATAATCTATTTTA-CAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* **
9712 AAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTTAAGGCTTAAGTGA
194 AAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTGTCGAAGGCTTAAGTGA
* * *
9777 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATATCTTTTGCTGCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAA
259 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATAGCTTTCGCTGCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAA
* * * * * * *
9842 TTATATTCTCTTTTAACCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAA
324 TCACAATATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAA
* * *
9907 CTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTATCAA
389 ATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAACGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTCCTTATCAA
* * ** * *
9972 TGGATAGTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTATACATTTAAATATATTCTGTTTTAATA
454 TGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATA
* * * *
10031 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATTGATTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * * *
10096 AAGGGTTTTAATGACTTGAATGACCATCAATGGACTTTTTTTACT-GATGGATAGCTTTCGCTTT
66 AAGGCTTCGAA-GGCTTGAGTGACCATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGATAGCTTTCGCTTC
* * * * * *
10160 ATATTTCTTAAGACAGACATTTAAATATAATCTATTTTA-ATCAAAAATGTAAAACACTTCAACT
129 ACATTTCTCAAGACAGACATTCAAATATAATCTATTTTACA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
10224 TAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTCGAAGGCTTAAGTG
193 TAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTGTCGAAGGCTTAAGTG
* * **
10289 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCGCTTCGCA--TTT-CTCAAGGCAGGCAT
258 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATAGCTTTCGC-T-GCATGTTTCCT-AAGGAAAACAT
* * *
10351 TCAATCACAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACCATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTAT
320 TCAATCACAATATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTAT
* * **
10416 AAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAACGGCTTGAGTGACTATCAATGAACTTTTTTTA
385 AAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAACGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTCCTTA
10481 -CTAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACT-
450 TC-AATGAATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAA-TA
*
10544 AAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
10609 GAGGCTGTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTCTCAATGGATAGCTTT
66 AAGGCT-TCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATAGCTTT
10667 TGCT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 90, Indels: 21
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 6 0.01
513 392 0.73
514 134 0.25
515 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATAGCTTTCGCTTCAC
ATTTCTCAAGACAGACATTCAAATATAATCTATTTTACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTGTCGAAGGCTTAAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATAGCTTTCGCTGCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATC
ACAATATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAAT
ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAACGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTCCTTATCAATG
AATAGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATA
Done.