Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398812.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2097.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7315
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.12, T:0.30
Warning! 1448 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:395 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 218--879 Score: 380
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 161
208 NNNNNNACTC
* * *
218 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CGTTTTTCTTTGGGTTTCT-TGAGGTAT-ACATAGAA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTTGGATTTCTCT-AGAT-TCACATACAA
* * * *
280 GTGT-AGTCCGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCCACTTAAAATCAATTATGGCATTATAA
63 GTATCA-TCCGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAA
*
343 AACTATTTAAAGCGAGTAATGAGGNNNNNNNNNNTATGGGTGACTA
126 AACCATTTAAAGCGAGTAATGAGG----------TATGGGTGACTA
* * *
389 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGTATTTCTCTAGATTCACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGGATTTCTCTAGATTCACATACAAGTA
** *
454 TCATTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCGATTATGGCATTATAAAACCA
66 TCATCCGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCA
519 TTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTA
131 TTTAAAGCGAGTAATGAGG----T------ATGGGTGACTA
* * * *** * * * * *
560 GAAATGGATTTTTCTTGCCAAAGAAT-GTCTTTTTCTTCACATTTCTC-GGGTTAGACATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTTGGATTTCTCTAGATT-CACATACAAG
* ** * * * * *
623 TATAATATGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAA
64 TATCATCCGTTTCAACCAAAAATGTA-AAA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAA
*
686 AACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
126 AACCATTTAAAGC-GAG---T-A-A----TG-AGGTATGGGTGACTA
* * * **
732 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTGTG-TTT-TTTATGGTAGACA-ACCAA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTG-GATTTCTCTA-GATTCACATA-CAA
* * ** * * * * *
794 TTATAATTGGTTTTAACCAGAAATTTAAAAAACTT-AACTAAAAATAAATTATGGCATTATAAAA
63 GTATCATCCGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAA
* *
858 TCATTTAAAGTGAGTAATGAGG
128 CCATTTAAAGCGAGTAATGAGG
880 ATTTTGAAGG
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 59, Indels: 81
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.01
161 2 0.01
165 2 0.01
166 1 0.00
167 1 0.00
169 1 0.00
170 40 0.10
171 208 0.52
172 125 0.31
173 6 0.02
175 1 0.00
176 1 0.00
177 1 0.00
181 2 0.01
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGGATTTCTCTAGATTCACATACAAGTA
TCATCCGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATGAGGTATGGGTGACTA
Found at i:1186 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 378--1361 Score: 907
Period size: 340 Copynumber: 2.9 Consensus size: 336
368 NNNNNNNNNT
* ** ** **
378 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGTATTTCTCTAGATTC
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTAGAGATAG
* * * **
443 ACATTCAATTATCATTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCGATTATGGCA
66 ACATTCAATT-TTA-TTGTTT-AACCAAAAAT-TAAAAAAATTTAAC-TAAAATAAATTATGGCA
* * * * * *
508 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTAGAAATGGATTTTT
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTCT
* * ** * *
573 CTTGCCAAAGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTCG-GGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
191 CTTGCCAATGAA--CCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTA
*
637 ACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAG
253 ACTAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAG
702 TAATAAGACTTTTGAAGGA
318 TAATAAGACTTTTGAAGGA
*** *
721 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTGTGTTTTTTATG-G-T
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTT-ACATTTCTA-GAGAT
** * * * *
784 AGACAACCAATTATAATTGGTTTTAACCAGAAATTTAAAAAACTTAACTAAAAATAAATTATGGC
64 AGACATTCAATT-TTATT-G-TTTAACCAAAAATTAAAAAAATTTAACT-AAAATAAATTATGGC
* * * *
849 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATGAGGATTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATAGACTTC
125 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTC
* *
914 TCTTGCTAATGAACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAAC
190 TCTTGCCAATGAACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* ******************
979 TAAAAATGTATAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNNNNNNNNN
255 TAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTA
*********
1044 NNNNNNNNNTTGAAGGA
320 ATAAGACTTTTGAAGGA
*
1061 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTT-TGTTACATTTCTAGAGATA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT-TTACATTTCTAGAGATA
* * *
1125 GACATTTAATTTTAGTCTGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATTAATTATGGCA
65 GACATTCAATTTTA-T-TGTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATTTAAC-TAAAATAAATTATGGCA
** * * * * **********
1190 TT-GCAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTANNNNNNNNNNTC
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGG-ATTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTC
* * *
1254 TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTTGACATTTAATTATAATCTGTTTTA
190 TCTTGCCAATG-A-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
1319 ACTAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
253 ACTAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
1362 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 105, Indels: 33
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 42 0.08
340 211 0.41
341 8 0.02
342 180 0.35
343 70 0.13
344 8 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTAGAGATAG
ACATTCAATTTTATTGTTTAACCAAAAATTAAAAAAATTTAACTAAAATAAATTATGGCATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTCTCTTGC
CAATGAACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
TGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGA
CTTTTGAAGGA
Found at i:2558 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2224--3128 Score: 923
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 172
2214 NNNNNNNNGC
* * * *
2224 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGACGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GCACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTT
* * * * * * ** * * * *
2288 TTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCATGTTAGACATTCAATT-CAGTTTGTTTT
65 TTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTAT
* * *
2352 AATAAAAAATAT-ACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
130 AACAAAAAATGTGA-AAA-AATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * * * *
2395 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTAAAGAAATGGGTCACTATAATTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
** * * * *
2460 TCTTGGTAATGAAAGCCTTTTTATTCATATTTCTCAAGCCAGACATTCAATTATAATATGTTATA
66 TCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATA
* * *
2525 ACAAAAAATGT-AAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAG
131 ACAAAAAATGTGAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * *
2566 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTC
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * ** * * * * *
2631 TCTTGCTAATG-AA-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGATATTAAATTATAATCTATTTTA
66 TCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATA
* * *
2694 ACAAAAAATGTGCAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
131 ACAAAAAATGTGAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * *
2736 ATTATAAAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAGAAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * *
2801 TCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTTACAATTCTTGAGGTAGACATCCAATTCTAATCCAT-TT-
66 TCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAAT--ATGTTA
* * *
2864 TAAC-TAAAATGTTGAAATAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
129 TAACAAAAAATG-TGAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
2907 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
2972 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGTCAGACATTCAACTATAATATGTTATA
66 TCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATA
* * * * * * *
3037 ACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATTAATTATAAG
131 ACAAAAAATGTGAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* *
3079 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
3129 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 117, Indels: 25
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 50 0.08
170 98 0.16
171 323 0.53
172 130 0.22
173 2 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTATA
ACAAAAAATGTGAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
Found at i:2899 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2224--3128 Score: 1021
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
2214 NNNNNNNNGC
* * * *
2224 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGACGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-ACTTT
* * * * * * *
2289 TTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCATGTTAGACATTCAATT-CAGTTTGTTTTA
65 TCTTGCCAATGAA-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGTT-GACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * *
2353 ATAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
128 ACAAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * * * * * ** *
2418 TAACAAGACTTTTAAAGAAATGGGTCACTATAATTGGACTTTTCTTGGTAATGAAAGCCTTTTTA
193 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAAAGCCTTTTTA
* * * *
2483 TTCATATTTCTCAAGCCAGACATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAATGTAAAAAATTTGAA
258 TTCACAATTCTCAAGCCAGACATCCAATTATAATATGTTATAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAA
*
2548 CTTAAAATCAATTATGAG
323 ATTAAAATCAATTATGAG
* * *
2566 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTC
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTT
* * * * * *
2631 TCTTGCTAATGAA-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGATATTAAATTATAATCTATTTTAA
65 TCTTGCCAATGAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGTTGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* *
2695 CAAAAAATGTGCAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACGATTTAAAGTGAGT
129 CAAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * *
2760 AATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCT
194 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAAAGCCTTTTTAT
* ** ** * * *
2825 TTACAATTCTTGAGGTAGACATCCAATTCTAATCCAT-TT-TAAC-TAAAATGTTGAAATAA-TT
259 TCACAATTCTCAAGCCAGACATCCAATTATAAT--ATGTTATAACAAAAAATG-T-AAAAAATTT
* *
2886 CAAATTTAAATCAATTTTGAG
320 CAAATTAAAATCAATTATGAG
* * * *
2907 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTT
* * *
2972 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGTCAGACATTCAACTATAATATGTTATA
65 TCTTGCCAATGAA-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGT-TGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * * * * *
3037 ACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
128 ACAAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
*
3102 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
193 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
3129 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 82, Indels: 19
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 33 0.07
341 241 0.51
342 77 0.16
343 120 0.25
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGACTTTT
CTTGCCAATGAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGTTGACATTCAATTATAATATGTTTTAACA
AAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAAAGCCTTTTTATTC
ACAATTCTCAAGCCAGACATCCAATTATAATATGTTATAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAAATT
AAAATCAATTATGAG
Found at i:4482 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4198--6705 Score: 2096
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 171
4188 NNATTATGGC
* * * * * * * *
4198 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGACGCTTTTGAAGGTATGGATGATTATAAATAGTCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
4263 TCTTACCAATGAAT--TTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATT-CAGTTTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * *
4325 ATGAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
131 ATCAAAAATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
*********** * * * *
4367 ATTATAANNNNNNNNNNGGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
4432 TCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGCTAGAAATTCAATTATAATATGTTATA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * * *
4497 A-CAAAAAATGTAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTATGAG
131 ATC-AAAAATATAAAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
4539 ATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGATTATAAATGGACTTC
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * *
4604 TCTTGCCAATGAA--CCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTTGACATTAAATTATAATCTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * * *
4667 A-CTAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATTAATTTTGAG
131 ATC-AAAAATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
4709 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
4774 TCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTGTTATGTTTCTCGAGATAGACATTGAATTGTAGTCTGTTTT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
4838 AACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-G
130 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * **
4879 TAGTGT-AAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGACT
1 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
4943 TCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTT
64 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
5008 TAA-CCAAAATTTAAAAAAAATTTAAATGAAAATCAATTATT-AG
129 TAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAG
* * * * * ** * *
5051 TTTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTAGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** ** * ** * *
5116 T-TATGACAATGGTTGGGTTTTACTTCA-CGTTCTCCAAGGTAGATATTCAATTATAG-CTTTTT
66 TCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * *
5178 TTATTAAAACAT-TTAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTTTGAG
129 TAATCAAAA-ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * ** * * *
5221 ATTGTAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAACAGGTGACTATATATAGCCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
5286 TCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATATTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
** ** * *
5350 AGCCAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAC
130 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
5392 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
5457 TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATT-CAGTTTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* *
5521 ATTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
131 ATCAAAAATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * *
5563 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTCACTATAATTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
5628 TCTTGCTAATCAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATAT-TTTAT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-T
* * ** *
5692 AA-CAAAAAATATAAAACAATTTGAGCTTAAAATCAATTATGAG
130 AATC-AAAAATATAAAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * * * *
5735 ATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAGTAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGACATC
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
5800 TCTTACCAATGAA--CCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTAAGGTTGGCATTCAATTATAATATGTTTT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
5862 AATTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
130 AATCAAAAATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
5905 ATTATAGAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGTTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * *
5970 TTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTT-ACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
66 TCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * **
6034 AA-CTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATTAATCATG-G
130 AATC-AAAAATATAAAAAA-ATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * *
6076 CATTGT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
1 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * * * * *
6140 AGTCTTGCTAATTAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAAAATTCAATTTTAATCTGTTT
64 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
6205 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATT-AG
129 TAATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAG
* * * * * ** * *
6248 TTTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTAGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** ** ** * ** * * *
6313 T-TATGAAAATGGTTGGGTTTTACTTCA-CGTTCTCTAAGGCAGATATTCAATTATAGCCT-TTT
66 TCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * *
6375 TTATTAAAACATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTTTGAA
129 TAATCAAAA-ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
** * * ** *
6419 ATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAACAGGTGACTATATATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** ** * * ** * *
6484 TCTTGAGAATGAATATCTTTTTTTTTACGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
66 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
6548 AGTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-G
130 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * ** * *
6589 CATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAGGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGTCTATAAATGG-CAT
1 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-T
* *
6653 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCTTATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
64 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
6706 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1848, Mismatches: 430, Indels: 120
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 57 0.03
170 469 0.25
171 853 0.46
172 458 0.25
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
ATCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
Found at i:5245 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 4198--6705 Score: 1934
Period size: 512 Copynumber: 4.9 Consensus size: 506
4188 NNATTATGGC
* * * * * * *
4198 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGACGCTTTTGAAGGTAT-GGATGATTATAAATAGTCTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTT
* * * * *
4262 TTCTTACCAATGAAT-TTTTTTCTTCATGTTTCTCATG-G-TAGACATTCAATT-CAGTTTGTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCT--TGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTT
** * * * * * **********
4323 TAATGAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNGGTG
128 TAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAA-ACCATTTAAAGTG
* * * * * *
4388 AGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT
190 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
* * * * * *
4453 TCTTCATATTTCTCAAGCTAGAAATTCAATTATAATATGTTATAACAAAAAATGTAAAAATATTT
255 TCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * *
4518 GAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAC
320 CAAATTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAGAAGG-C
* * * ** * ** *
4582 -TGGGTGATTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAACCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTTGAC
384 TTGAGTGACTATAAATGGACTT-TTTTG-CAATGTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * * *
4646 ATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATTAATTTTGAG
447 ATTCAATTATACT-TTTTTTAA-TAAAAATATA-AAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
*
4709 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
4774 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTGTTATGTTTCTCGAGATAGACATTGAATTGTAGTCTGTTTTA
66 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTCT-TTATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTA
* * * *
4839 ACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGTAGTGTAAACCATTTAAGGTGAGTA
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAACCATTTAAAGTGAGTA
** *
4904 ATAAGGCTTTTTGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
194 ATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
* * * *
4969 TCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAAC-CAAAATTTAAAAAAAATTTAA
258 TCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * *
5033 ATGAAAATCAATTATTAGTTTATAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAATAAGG-ATTTAGAAGGCTTG
323 ATTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAGAAGGCTTG
* ** * * *
5096 AGTGACTACAAATGGACTTTTTATGACAATGGTTGGGTTTTACTTCACG-TTCTCCAAGGTAGAT
387 AGTGACTATAAATGGACTTTTT-TG-CAAT-G-TGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGAC
* * *
5160 ATTCAATTATAGCTTTTTTTATTAAAACATTTAAAAAATTT-AACTTAAAATCGATTTTGAG
447 ATTCAATTATA-CTTTTTTTAATAAAA-ATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * * *
5221 ATTGTAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAACAGGTGACTATATATAGCCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
*
5286 TCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATATTTCTTGA-AGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
66 TCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGA-TAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTT
* * * * * *
5350 AGCCAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
129 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTAT-AAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
5415 TAATGATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTC
192 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC
* * * * ** * * *
5480 TTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTC-AGTTTGTTTTAATTAAAAATATACAAAGAATTCA
257 TTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* ***
5544 AATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTA-AAGAAAT
322 AATTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAGAAGGCTT
* * * * * *
5607 GGGTCACTATAATTGGACTTTTCTTGCTAATCAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGCTAGAC
386 GAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-AAT--GTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * *
5672 ATTCAATTATAATATTTTATAACAAAAAATATAAAACAATTTGAGCTTAAAATCAATTATGAG
447 ATTCAATTATACT-TTTTTTAA-TAAAAATATAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * * *
5735 ATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAGTAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGACATC
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * * *
5800 TCTTACCAATGAA-CCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTTGGCATTCAATTATAATATGTTTTAA
66 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA
** * * * * *
5864 TTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAGAACTATTTAAAGTGAGT
131 CCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATA-AACCATTTAAAGTGAGT
* * * *
5929 AATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGTTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTC
193 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTC
** * * * * * * *
5994 TT-ACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCA
257 TTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * * * *
6058 ACTTAAAATTAATCA-TGGCATTGT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGG-TA
322 AATTAAAATCAATTATTAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAGAAGGCT-
* * * * * *
6120 TGAGTGACTATAAATGGACTAGTCTTGCTAATTAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAA
385 TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTTTGC-AA-T-GTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * * * *
6185 AATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATT-AG
446 CATTCAATTATACT-TTTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATT-TTGAG
* * * * * * * *
6248 TTTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTAGAAGG-CTTGAGTGACTACAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTT
** ** * * * * * ** * * *
6312 TT-TATGAAAATGGTTGGGTTTTACTTCACG-TTCTCTAAGGCAGATATTCAATTATAGCCT-TT
65 TTCT-TGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCT-TGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTT
* ** * * * * **
6374 TTTATTAAAACATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTTTGAAATTATAAAATTATTTAAAGT
127 TTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTAT-AAACCATTTAAAGT
* * ** * ** *
6439 GAGTAATAAGACTTTTGAAAGAACAGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGAGAATGAATATCTTT
189 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTT
* ** * * * * ** *
6504 TTT-TTTACGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAGTAAAAAATAT-AAAAAA
253 TTTCTTCATATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * **
6566 ATTCAACTTAAAATCAATTA-TGGCATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAAGGAGGCTTTT-GA
317 ATTCAAATTAAAATCAATTATTAG-ATTAT-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAGA
* * * * *
6628 AGG-TATGGGTGTCTATAAATGG-CATTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCTTATTTCTCA
380 AGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC-TTTT-TTG-CAATG--TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
6691 AGGTAGACATTCAAT
439 AGGTAGACATTCAAT
6706 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1619, Mismatches: 316, Indels: 122
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 91 0.06
512 530 0.33
513 508 0.31
514 448 0.28
515 42 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
TATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAAATT
AAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAGAAGGCTTGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTTTGCAATGTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
TACTTTTTTTAATAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
Done.