Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397409.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3559.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22925
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 2195 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:679 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2370 Score: 1787
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
* * * * *
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTACCCATGGATATCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC
** * * * **********
65 TTCACGTTTCATGAAGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTTGATANNNNNNNNNNAAAAATTCAA
65 TTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
130 CTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAATCATTTTAA-CAGAGT
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-GAGT
* * * * * * *
172 AATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTACT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
* * * *
237 TCACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTT--TAAAAAA-ATAAAAAAATTCAAT
66 TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
299 TTAAAACCAATTATGAGATTACAAAAGCATTTAAAGCGAGT
131 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
********* * * * *
340 AATAAGG-TTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTTTTACCGATAAATATCTTTTT
1 AATAAGGCTT-TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT
** * * * *
403 CTTCACGTTTTACTAGGAACG-CA-TCTAATTTTAATTTGTTTTAATAAAAAATTATAAAAAAAT
64 CTTCACGTTTCCCGAGGTA-GACATTC-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-TATAAAAAAAT
* * * *
466 TCTACTTTAAGTCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGA
126 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
512 AATAAAGTTTTTGAAGGCGTGGGTAACTATAAATTGACTATTCTTGCTAATGAATATATTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
** * ** * *
577 TCATATTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAATTAACATAAAAATATTCAAC
66 TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
642 TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGACT
131 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * *
683 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCCACGGATATCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC
*** * * * ** *
747 TTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAGCATTCAC
65 TTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
812 CTTAAAACCAATTATAAGATTACAAAATTATTTAAAGCGAAT
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * *
854 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
* * * * * * *
919 TCATGTTTTCTGAAGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTCAAT
66 TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * *
984 TTGAAATTAATTATGAGTTTATAAAATCATTTTAAGTGAGT
131 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * ** * * * *
1025 AATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAACGGACTTTTCTT-CCAAAAGGATATATTTTAC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCC-AATGAATATCTTTTTC
** * * *** * * * * * *
1089 TTTGCGTTTCTCAAACAAGATATTCAATTATATTCTGTTTGAATAAAAAATGTAAACAAATACAA
65 TTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
** * * * *
1154 CTTAAAGCCAATTATGATATTACAAAA-CTATTAAAACCGAGT
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGT
* * * * *
1196 AATAAGGCTATCGAAGGCATGAGTGACTAT-AAGTGAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTAC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC
* * * * * * * *
1260 TTCACGTTTCTCAATGCAAACATTCAATTATATTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
65 TTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
** **********
1325 CTTAAACCCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGT
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
1367 AATAAGGTTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCGATGGATGTCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
** * * * ** * * *
1432 TCACGTTTTTCAAGATAGGCATTCAATTATAGCCTATTTTAATAAAGAATGTAAAAAAATTCAAC
66 TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
1497 TTAAAATCCATTATGAGATTACAAAATCATTTAAACCGAGT
131 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
1538 AATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGGATAACTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
* *** * * ********** *
1603 TTACGTTTCTTAACGTACACATTCAATTATAATCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAAAATTCAAC
66 TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * ** *
1668 TTAAAAACAATTATGAGCTTATAGAATCATTTAAATTGATT
131 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * * **
1709 AATAAGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGACGTCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
* * ** * * * * * *
1774 TTATGTTTTTC-ACGGTAGACATTGAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAACTTTAA
66 TCACGTTTCCCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
1838 CTTGAAATTAATTATGAGGTTATGAAA-CGATTTAAAGAGAGT
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGT
* ** * * *
1880 AATAAAGCTTTCGAAGGCAAAGGTGACTATGAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATATCTTTTAC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCC-AATGAATATCTTTTTC
** * * * * *
1944 TTCACGTTTTTC-AGAGCAGATATTCAATTATATTCTATTTTCATAAAAAATATAAAAAAATTCA
65 TTCACGTTTCCCGAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
2008 ACTT-AAATCCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGT
129 ACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
********** * ** * *
2051 AATAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGAT-AGATGTCTTTTCC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTC
* * * **
2115 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGGTATAA-CTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
65 TTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
* ********** *
2179 ACTTAAAATCAATTATGAGCTTANNNNNNNNNNTAAACCGAGT
129 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
2222 AATAAGGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCCTACTAATGGATATCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC
* * * * * *
2286 TTAACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTATAATAAAAAATATAAAATAATTCAA
65 TTCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
2351 CCTAAAATCAATTGTGAGAT
130 CTTAAAATCAATTATGAGAT
2371 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 448, Indels: 76
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 112 0.07
169 4 0.00
170 29 0.02
171 1422 0.83
172 131 0.08
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
Found at i:2930 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2501--5326 Score: 1930
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 172
2491 NNNNNNNNNN
* * * *
2501 GATTTTATAAGCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTATAACATATTA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * * * *
2565 GAATTGAATGTCTACC-ATGAGAAACATTAAGAAAAAGATATCAATTAG-TAGAAAAAGTTCATT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATT
* * **********
2628 TATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAAT
129 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * **
2672 GATTTTATAAGCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTCTTTATAAAAACAGGTTA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
** * * * * * *
2736 TACCTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACATGAAGGAAAAGACATCCATCGGCAAGAGAAGTCCATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
**********
2800 ATAGTCACCCATAGNNNNNNNNNNC-TTATTACTCGCTTTAAAT
130 ATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
2843 GGTTTTGTAATCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
* ** * * * *
2908 AATTGAATATCT-TGTATGAGAAACACAAAGTAAAAGATATCCATTTGG-AAGAAAAGCCCGTTT
66 AATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
2971 ATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
3014 GGTTTTATAACCTCATAATTA-ATTTCAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAAATT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAA-T
* * * * * *
3077 ATATTTGAATGTCTACCTCA--AAAAACATGAAGAAAAAGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCAT
64 ATAATTGAATGTCTACCT-ATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
3140 TTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCTTTATTAATCAG-TTGAAAT
128 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTC-GCTTTAAAT
* ** * * * * * *
3185 GATTCTATAAGCTCATAATTATTTTTGAGCTGAATTGTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * * * * *
3250 TAATTCAATGTGTACGT-CGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
3314 ATAGTCACCCATGCCTTTGAGAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
3357 GATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATAT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
* * * * * * *
3422 AATTGAATGCCTGCCT-CGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTAGG-AAGAAAAGTTCACTT
66 AATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
3485 ATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGGTTTAAAC
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
3528 GATATTATAACCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTATTTAAACAGATTA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * * * * *
3592 AAATT-AAAGACCTTCCT-T-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCAT
65 TAATTGAATG-TCTACCTATGA-GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * *
3654 TTATAGTCAGTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
128 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *********** * * * * **
3699 GGTTTTGTAATNNNNNNNNNNGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGCTAT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
* ** * * * * * * *
3764 AATTGAATATGAACCT-TGAAAAACGTGAAGAAAAAAACATCCATCT-GTAAGAAAATTCCATTT
66 AATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTT
**********
3827 ATAGTCACCCATGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
3870 -AGTTTTGTAATCTCATAATTTGGTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGAAT
1 GA-TTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAAT
* * * * * *
3934 ATAATTGAATGTTTGCCT-TAAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
64 ATAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
3998 TATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTACTACTCGGTTTTAAT
129 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
********** * * *
4042 GATTTTATAAGCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAGAACA-AGTTA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-ATA
* * * * * *
4106 TAATTGAATATCTACCTA-GAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATCGACAAGAAAAGTCCATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
4170 ATAGTCCCCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ********** * *
4213 -AGTTTTGTAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAAAATA
1 GA-TTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * *
4277 TAATTGAATGTCTGCCT-CGAGAAACATAAATAAAAAGATATCTATTGG-AATGAAAAGTCCATT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCATT
* * * *
4340 TATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAAT
129 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
4384 GATTTTATAACCTCATAATT-GATTTTAAATTGACTTTTTTTATATTTTTTA--AAAATAGATTA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * * * * * * * * *
4446 AAATTAAAAGCCTTCC-GTGGGAAACATGAAA-AAAAA-ATATTCATTGGTAATAAAAGTACATT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4508 TATAGTCAGCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT
129 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * **
4552 -AGGTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTAAAGTTTTTATTAAAACAGGCTA
1 GA-TTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * * * * * **
4616 TAATTAAATGTGTGCCT-TGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCTATNN
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
******** * *
4680 NNNNNNNNCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGCTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * *
4723 GGTTTTGTAATCTCATAATTTGATTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTCAAATAGAATAT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
* * * * *** * * ** *
4788 AATTAAATGTTTGCAT-TGAGAAACGCGAAGTAAAAGATATTCATTGATAAAAAAAAGTCCATTT
66 AATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
4852 ATAGTCACTCATGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
4895 TATTTTTTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGAATA
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATA
* * * *
4959 TAATTGAATGTCTTCCT-TGAGAAACATAAAGTAAAACATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
5023 ATAGCCACCGA-GTCCTTC-AAATGCCTTACTACTCGATTTAAAT
130 ATAGTCACCCATG-CCTTCGAAA-GCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
5066 GATTTTATAATCTCACAATT-GATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACAATTTTTATTAAAACATATT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAAT
* * * * * * *
5130 AGAATTAAATGTCTA--T-TGCAAAAAACATGAAGATAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
64 ATAATTGAATGTCTACCTATG--AGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
5192 TTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT
127 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
5238 GATTTTGTAATCTTATAATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTAT
1 GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
* *
5303 AATTGAATGTTTACCT-TAAGAAAC
66 AATTGAATGTCTACCTATGAGAAAC
5327 GTGAAGNNNN
Statistics
Matches: 2063, Mismatches: 527, Indels: 130
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 94 0.05
169 36 0.02
170 66 0.03
171 1316 0.64
172 536 0.26
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
GATTTTATAAGCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
AATTGAATGTCTACCTATGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT
Found at i:3355 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2854--5313 Score: 1222
Period size: 343 Copynumber: 7.2 Consensus size: 338
2844 GTTTTGTAAT
* * *
2854 CTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATATC
1 CTCATAATTA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGT-
* * * * * *
2919 TTGTATGAGAAACACAAAGTAAAAGATATCCATTTGG-AAGAAAAGCCCGTTTATAGTTACCCAT
63 TCGTA-GAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAT
*
2983 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT-AATTTCAAGTTAA
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAATTTC-AGTTAA
* * *
3047 AGTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAAATTATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAA
190 AGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAA-TATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATGAAGAA
* *
3111 AAAGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCTTTATTAATC
254 AAAGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATC
* *
3176 AGTTGAAATGAT-TCTATAAG
319 AGTTGAAACGATAT-TATAAC
* * * * *
3196 CTCATAATTATTTTTGAGCTGAATTGTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTCAATGT
1 CTCATAATTA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGT
* * * * *
3261 GTACGTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
63 -T-CGTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * ** *
3326 GCCTTTGAGAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAA
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAATTTCAGTTAAA
* * * * * *
3391 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA
191 GTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * **
3456 AGATATCTATTAGGAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGG
256 AGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATCAG
*
3521 TTTAAACGATATTATAAC
321 TTGAAACGATATTATAAC
* * * *
3539 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTATTTAAACAGATTAAAATTAAAGACC
1 CTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAATG---
* * * **
3604 TTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCAGTCAT
62 TT-CGTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAT
* * ********** * *
3668 GCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATNNNNNNNNNNG-TTTTAAGTTAA
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGAATTTCAGTTAA
* * *** **** ** *
3732 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATATGAACCTTGAAAAACGTGAAGAAA
190 AGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATGAAGAAA
* * * * * * * * ********** *
3797 AAAACATCCATCT-GTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTC
255 AAGATAACCAT-TAGCAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATC
* * * * *
3861 -GCTTTAAA-TAGTTTTGTAAT
319 AG-TTGAAACGA-TATTATAAC
* * *
3881 CTCATAATT-TGGTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATG
1 CTCATAATTAT--TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATG
* * * * *
3945 TTTGCCTTA-AGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
62 -TT--CGTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCC
* * * * * * ********** *
4009 ATGGCTTCGAAAGCCTTACTACTCGGTTTTAATGATTTTATAAGCTCATAATTNNNNNNNNNNTG
124 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAATTTCAGTTA
* * * * ** ** * *
4074 AATTTTTTTACATTCTTTATTAGAACAAGTTATAATTGAATATCTACCT-AGAGAAACGTGAAGA
189 AAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACCTCA-AAAAACATGAAGA
* * * * * * * * * *
4138 AAAAGACATCCA-TCGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAC
253 AAAAGATAACCATTAG-CAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAA
* * * * * *
4202 TCACTTTAAA-TAGTTTTGTAAT
317 TCAGTTGAAACGA-TATTATAAC
********* * * *
4224 CTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAAAATATAATTGAATGTC
1 CTCAT-AATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGT-
* * * * *
4289 TGCCTCGAGAAACATAAATAAAAAGATATCTATTGG-AATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
63 T-CGTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA-GAAAAGACCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * * * *
4353 GCCTTCGGAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAC
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAATTTCAGTTAAA
* * * * * * * * ***
4418 TTTTTTTATATTTTTTA--AAAATAGATTAAAATTAAAAGCCTTCCGT-GGGAAACATGAA-AAA
191 GTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACC-TCAAAAAACATGAAGAAA
* ** * * * * * * ** *
4479 AAAATATTCATTGGTAATAAAAGTACATTTATAGTCAGCT-ATGTCTTCGAAAGCCTTATTATTC
255 AAGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCACTTATAGTCA-CTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATC
* * * * *
4543 -GCTTTAAATAGGT-TTGTAAT
319 AG-TTGAAA-CGATATTATAAC
* * * * **
4563 CTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTAAAGTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTAAATGTG
1 CTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGT-
* * * * * * * **********
4628 TGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCTATNNNNNNNNNNCCATG
63 T-CGTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * *
4693 CCTTCGAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTTG-ATTTAAGTTGAA
127 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA-TTGAATTTCAGTTAAA
* * * * ** * * ** * ** *
4757 -TTTTCTTATATTTTTTATTCAAATAGAATATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACGCGAAGTAA
191 GTTTT-TTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATGAAGAAA
** ** * * * * * *
4821 AAGATATTCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGATAGCCTTATTACTC
255 AAGATAACCATT-AGCAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATC
* ** * * *
4886 -GCTTTAAATTATTTTTTAAT
319 AG-TTGAAACGATATTATAAC
** *
4906 CTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGT
1 CTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATG-
* * * * * * * *
4970 CTTCCTTGAGAAACATAAAGTAAAACATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCGA-
62 -TTCGTAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * *
5034 GTCCTTC-AAATGCCTTACTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTG-ATTTTAGGTT
126 G-CCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAATTTCA-GTT
** * * * * * * * *
5097 GAATTTTTTTTACAATTTTTATTAAAACATATTAGAATTAAATGTCTA-TTGCAAAAAACATGAA
188 -AAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACCT-CAAAAAACATGAA
* ** * * * * *
5161 GATAAAGATATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
251 GAAAAAGATAACCATTAG-CAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATT
** * * * * *
5225 -ATTTGCTTTAAATGATTTTGTAAT
315 AATCAG-TTGAAACGATATTATAAC
* * * * *
5249 CTTATAATTGGTTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGTT
5314 TACCTTAAGA
Statistics
Matches: 1659, Mismatches: 400, Indels: 119
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 215 0.13
340 37 0.02
341 42 0.03
342 454 0.27
343 829 0.50
344 73 0.04
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
CTCATAATTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAATGTTCG
TAGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAATTTCAGTTAAAGTTTT
TTACATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATA
ACCATTAGCAAGAAAACTCCACTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTAATCAGTTGAA
ACGATATTATAAC
Found at i:3474 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 2501--5328 Score: 2314
Period size: 514 Copynumber: 5.5 Consensus size: 510
2491 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2501 GATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTATAACATATTAG
1 GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAT
* * * * * * * *
2566 AATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATTAAGAAAAAGATATCAATTAG-TAGAAAAAGTTCATTT
66 AATTAAATGTCTACC-TCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTT
* ********** * *
2629 ATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA
129 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-
* * * * ** ** * * *
2694 TTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTCTTTATAAAAACAGGTTATACCTGAATGTCTACTTTGAGAA
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* * * * * * *********
2759 ACATGAAGGAAAAGACATCCATCGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-NNNNNNNNN
258 ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAGAG
* * * *
2823 NCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAGATTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
321 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** **
2888 TTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATATCTTGTATGAGAAACACAAAGTAAAAGATATCCATT
386 TTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAAT-GCCTGCCTGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCA-T
* * * *
2953 TGG-AAGAAAAGCCCGTTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
449 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
3014 GGTTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAAATTAT
1 GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAT
* * * * *
3079 ATTTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCATTTAT
66 AATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * * *
3144 AGTCACTCATACCTTCGAAAGCTTTATTAATCAG-TTGAAATGATTCTATAAGCTCATAATTATT
131 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATT-GT
* * * * * * *
3208 TTTGAGCTGAATTGTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTCAATGTGTACGTCGAGAA
194 TTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* * *
3273 ACGTAAAGAAAAAGGTATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAGAGC
258 ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAGC
* *
3338 GTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACATT
322 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * *
3403 TTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTA
387 TTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTGCCT-GAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATT-
* * * * * * *
3468 GG-AAGAAAAGTTCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGGTTTAAAC
450 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
3528 GATATTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAGTTTTTTTACATTTTTTATTTAAACAGATTA
1 GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAG-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTA
* * * * ** * *
3592 AAATTAAA-GACCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTT
65 TAATTAAATG-TCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * *********
3656 ATAGTCAGTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATNNNNNNNNNNG
129 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAAT-CTCATAATTG
* * ** * * * *
3721 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATATGAACCTTGAAAA
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* * * * * ******
3786 ACGTGAAGAAAAAAACATCCATCTGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCNNNNNN
258 ACGTAAAGAAAAAGATATCCAT-TGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAGC
**** * * *
3851 NNNNTTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTTGGTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCA
322 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
** *
3915 TTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCAT
385 TTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTGCC-TGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCAT
* * * * *
3980 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTACTACTCGGTTTTAAT
449 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********** * * * * *
4042 GATTTTATAAGCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAGAACAAGTTAT
1 GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAT
* * * * * * *
4107 AATTGAATATCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATCGACAAGAAAAGTCCATTTA
66 AATTAAATGTCTACCTCA-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *****
4171 TAGTCCCCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATNNNNNN
130 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTGTAATCTCAT-AATTG
**** * * * * *
4235 NNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAAAATATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAA
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
* * *
4300 ACATAAATAAAAAGATATCTATTGGAATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-GAAG
258 ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAG-AG
* * * * ** * * *
4364 CCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGACTTTTTTTATAT
321 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
4429 TTTTTA--AAAATAGATTAAAATTAAAAGCCTTCCGTGGGAAACATGAA-AAAAAAATATTCATT
386 TTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTGCC-TGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATT
* * * * * * *
4491 GGTAATAAAAGTACATTTATAGTCAGCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT
450 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * ***
4552 -AGGTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAA-TGTTTTTAAAGTTTTTATTAAAACAGGCT
1 GA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATT
* * ** * * **
4615 ATAATTAAATGTGTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCTATNN
64 ATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
******** * * *
4680 NNNNNNNNCCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTTG
129 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAA-TTG
* * * * * * * * *
4745 ATTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTCAAATAGAATATAATTAAATGTTTGCATTGAGAA
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
** * * * * * *
4810 ACGCGAAGTAAAAGATATTCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGATAG
258 ACGTAAAGAAAAAGATATCCATTG--GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAG
* *
4875 CCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTTTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CA
321 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA
* * * *
4939 TTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATAAAGTAAAACATATCCAT
385 TTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTGCC-TGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCAT
* * * * *
5004 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCGA-GTCCTTC-AAATGCCTTACTACTCGATTTAAAT
449 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ** * *
5066 GATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACAATTTTTATTAAAACATATTA
1 GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTA
* * * * *
5131 GAATTAAATGTCTA-TTGCAAAAAACATGAAGATAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
65 TAATTAAATGTCTACCT-CAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
5195 AAAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTTATAATTGG
129 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATT-G
* * * * **
5260 TTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAA
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAA
5325 ACGT
258 ACGT
5329 GAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 1811, Mismatches: 460, Indels: 86
0.77 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 270 0.15
511 118 0.07
512 8 0.00
513 362 0.20
514 868 0.48
515 182 0.10
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAT
AATTAAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGTTT
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACG
TAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAGAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
ATTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTGCCTGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
Found at i:4424 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 2524--5332 Score: 2045
Period size: 685 Copynumber: 4.1 Consensus size: 682
2514 CATAATTGAT
** * * * * * * * * * *
2524 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTATAACATATTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTAAATGTGTGCCTTAAGAAA
* * * *
2589 CATTAAGAAAAAGATATCAATTA-G-TAGAAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAA
66 CATGAAGAAAAAGATATCCA-TAGGCAAG-AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
********** ** * *
2651 GCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACA
128 GCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACA
* * ** ** ** * * *
2716 TTCTTTATAAAAACAGGTTATACCTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGGAAAAGACATCCAT
193 TTCTTTATTAAAATAGAATATAATTGAATACCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCAT
* * ********** * *
2781 CG-GCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-NNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATG
258 -GAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAG
* * * *
2844 GTTTTGTAATCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
321 ATATTATAACCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATAT
* ** * * * *
2908 AATTGAATATCTTGTATGAGAAACACAAAGT-AAAAGATATCCATTTGGAAGAAAAGCCCGTTTA
385 AATTGAATGTC-TGCCTGAGAAACATAAA-TAAAAAGATATCTA-TTGGAAGAAAAGACCATTTA
* *
2972 TAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAA
447 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
* * * * * * * **
3036 TTTCAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAAATTATATTTGAATGTCTACCTCAAAAA
511 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATGTACCTTGAAAA
* * * * *
3101 ACATGAAGAAAAAGATAACCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGC
576 ACATGAAGAAAAAAATATCCATTAGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
3166 TTTATTAATCAG-TTGAAAT-GATTCTATAAGCTCATAATTAT-T
641 CTTATTAATC-GCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCATAATT-TGG
* * ** * * * * * **
3208 TTTGAGCTGAATTGTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTCAATGTGTACGTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTAAATGTGTGCCTTAAGAA
* * * * * *
3273 ACGTAAAGAAAAAGGTATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAGAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
3338 GTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACATT
130 CTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * * *
3403 TTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTA
195 CTTTATTAAAATAGAATATAATTGAATACCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATGA
* * * * * *** *
3468 GGAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGGTTTAAACGATAT
260 GCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGATAT
* * * *
3533 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTATTTAAACAGATTAAAATT-
325 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTG
* * * * * *
3597 AAAGACCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATAT-TCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGT
390 AATG-TCTGCCTGA-GAAACATAAATAAAAAGATATCT-ATTGG-AAGAAAAGACCATTTATAGT
** * * * **********
3661 CAGTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATNNNNNNNNNNG-TTTT
451 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTT
** * *
3725 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATATGAACCTTGAAAAACGT
515 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATGTACCTTGAAAAACAT
* * *********
3790 GAAGAAAAAAACATCCATCT-GTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCNNNNNNNNN
580 GAAGAAAAAAATATCCAT-TAGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
3854 NTTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTTGG
644 ATTAATCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTTGG
* * *
3893 TTTAAGTTCAATTTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTAAATGTGTGCCTTAAGAA
* * *
3958 ACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * **********
4023 CTTACTACTCGGTTTTAATGATTTTATAAGCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATT
130 CTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
4088 CTTTATTAGAACA-AG-TTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATCCAT
195 CTTTATTA-AA-ATAGAATATAATTGAATACCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCAT
* *
4151 CGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAG
258 -GAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAA-AG
* * * ********** * *
4215 -TTTTGTAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAAAATATA
321 ATATTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATA
*
4279 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATAAATAAAAAGATATCTATTGGAATGAAAAGTCCATTTATA
386 ATTGAATGTCTGCCT-GAGAAACATAAATAAAAAGATATCTATTGGAA-GAAAAGACCATTTATA
* * *
4344 GTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTT
449 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
* * * * * * * **
4409 TAAATTGACTTTTTTTATATTTTTTA--AAAATAGATTAAAATT-AA-AAGCCTTCCGTGGGAAA
514 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATG--TACCTTGAAAAA
* * * * * * * *
4470 CATGAA-AAAAAAATATTCATTGGTAATAAAAGTACATTTATAGTCAGCTATGTCTTCGAAAGCC
577 CATGAAGAAAAAAATATCCATTAGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
4534 TTATTATTCGCTTTAAATAGGTTTGTAATCTCATAA-TTGG
642 TTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTTGG
* ** * **
4574 TTTTAAGTTGAATGTTTTTAAAGTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTAAATGTGTGCCTTGAA-A
1 -TTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTAAATGTGTGCCTT-AAGA
* ********** *
4638 AACATGAAGAAAAAGATATCCATCGGCAAGAAAAGTCTATNNNNNNNNNNCCATGCCTTCGAAAA
64 AACATGAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * * * * * *
4703 CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTTGATTTAAGTTGAATTTTCTTATAT
129 CCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * *** * * * ** * * *
4768 TTTTTATTCAAATAGAATATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACGCGAAGTAAAAGATATTCATT
194 TCTTTATTAAAATAGAATATAATTGAATACCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCA-T
** * * * * * * **
4833 GATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
258 GAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGAT
* * * **
4898 TTTTTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGAATATAA
323 ATTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAA
* * * * *
4962 TTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATAAAGT-AAAACATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
387 TTGAATGTCTGCC-TGAGAAACATAAA-TAAAAAGATATCTATTGG-AAGAAAAGACCATTTATA
* * * * * * * *
5026 GCCACCGA-GTCCTTC-AAATGCCTTACTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGAT
449 GTCACCCATG-CCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
5089 TTTAGGTTGAATTTTTTTTACAATTTTTATTAAAACATATTAGAATT-AA-ATGT-CTATTGCAA
512 TTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATGTAC-CTTG--A
* * * * * *
5151 AAAACATGAAGATAAAGATATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGA
573 AAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTAG-TAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * *
5215 AAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT-GATTTTGTAATCTTATAA-TTGG
637 AAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCATAATTTGG
* * * * * * *
5260 TTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAA
1 -TTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTAAATGTGTGCCTTAAGAA
*
5325 ACGTGAAG
65 ACATGAAG
5333 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1664, Mismatches: 407, Indels: 106
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 1 0.00
680 4 0.00
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682 300 0.18
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684 35 0.02
685 926 0.56
686 158 0.09
687 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (682 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTAAATGTGTGCCTTAAGAAA
CATGAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
TTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGGGTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTC
TTTATTAAAATAGAATATAATTGAATACCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATGAG
CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGATATT
ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGA
ATGTCTGCCTGAGAAACATAAATAAAAAGATATCTATTGGAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCC
ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATGTACCTTGAAAAACATGAAGAA
AAAAATATCCATTAGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATC
GCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTTGG
Found at i:6308 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6131--6528 Score: 435
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
6121 NNNNNNNNNN
** * *
6131 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTGC
1 ATTACTCACTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGC
* * * * * *
6196 TATTCAAATAGATTATAATTAAATATCTA-CTTTGGGAAACACGAAGAAAAATATATTCATT-AG
66 TATTAAAACAGATTAAAATTAAATATCTACCTCT-AGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGA-
* * * *
6259 CAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCAT-
129 AAAGAAAAGTCCACTAATAGTCACCCACACCTTC-AAAACCATA
* * * * * * *
6302 ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATC-ATCTCATAATCGACTTTAGGTAAAATTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAATTTTA-CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTG
* * * *
6366 TTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGAA
65 CTATTAAAACAGATTAAAATTAAATATCTACCTCTAGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGAA
* ** *
6431 AAGAAAAGTCTACTAATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCCTA
130 AAGAAAAGTCCACTAATAGTCACCCACACCTTCAAAACCATA
* * * *
6473 ATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
6529 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 38, Indels: 10
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
171 172 0.93
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCACTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGC
TATTAAAACAGATTAAAATTAAATATCTACCTCTAGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGAAA
AGAAAAGTCCACTAATAGTCACCCACACCTTCAAAACCATA
Found at i:8063 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7534--11895 Score: 3113
Period size: 171 Copynumber: 25.6 Consensus size: 171
7524 NNNNNNNNNN
* * * * *
7534 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATA--TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAT
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCT--TGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
7597 AGTCCATTCATAGACACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATGTTTATAATC
64 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT-TTTATAATC
* **********
7661 TCATAATTGACTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTTTATTAAA
128 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * ** * * *
7705 ACAGATTAAAATTAAAAGCCTTTC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
********** * *
7769 GTCCATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
7834 ATAATT-AGCTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTTATT-AA
130 ATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* ** * * ** ** ***
7875 ACTGGGCTATAATTGAATTTTTATTTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGACGTCCATCAACAAGAAAA
1 AC-AGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
7940 GTCCATTTCTAGTTACCCATGCCTTCGAAAACTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *
8005 ATAGTTGAGTTTAAGTTGAATTTTTCTT-TATTTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * *
8047 ACAGAATATGATTGAATCTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * ********** * *
8112 TCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAAT-AGTTTTATAACCTA
66 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* *
8176 ATAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * ** * * *
8218 A-AAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAATATACCCATTGGCAAGAAAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
8282 TTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTTA-TCAG-TTTAAATGATTTTATAAGC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATC
** * *
8345 TTTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAG
128 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * ***
8389 ACGGATTATAATTGAATGTGTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTATTAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
8454 TTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGTAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
66 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
**********
8519 NNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAA
131 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAA
* * * * * **
8561 ACAGAATATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGATAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
8626 TGCATATATAGTCACCTACA-G-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAA-CT
66 TCCATTTATAGTCACC--CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-
* * * ** *
8688 TCATAATTAATTTTAATTTGAGTTTTTTTGCA-TTTTTAGTAAA
128 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * ********** *
8731 ATAGAATATAATTGAATGTCTACC-TCAAGANNNNNNNNNNAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * *
8795 ATTCATTTATAGTCAACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTATATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * *
8860 ACAATTGATTTTAGGTTAAATTATTTTATA-TTTTTATTATA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * ** * * * *
8901 ACATATTAGAATTGAATGTCCGCC-TCAAGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCATTGGTAGGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
8965 GTTCATTTATAGTCATCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATAATTTTATAAGCT
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCT
* *
9029 TATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TAAA
129 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** ** * * * * *
9071 ACAGGTTATACCTGAACGTCTACCTT-AAGAAACGTAAAGTAAAAGGTATCCATAGGCAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
********** *
9135 GTCCATTTATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
** * *
9200 ATAATTGGGTTTAAGTTG-ATTTTTTTAACAATTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTTATTAAA
** * * * *
9242 ACAGAATATAATTGAATGTCTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGAAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
9307 TCCACTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGATTTTATAA-CGTC
66 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TC
* * * * *
9371 ATAATTGATTTTAAGTCGAGTTTTTTTTTTACATTTTTATTTAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAA
* * * * * * * ** * *
9415 ATAGATTAAAATTAAAAGCCTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATA-CTCATTGGGAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATC-CATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
9479 GTCCATTTATAGTCAGCCATGCGTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCCC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
*
9544 ATAATT-AGTTTTAAGCT-AATTTGTTTTATATTTTTTATTAAA
130 ATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * ****
9586 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAAAAAAAGACATTCATCCATAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
9651 TCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAACGTTATTACTCGCTTTAAAT-ACTTTTGTAATCTC
66 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
**
9715 ATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAA
* * * * *
9757 ACAGAATATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGTAAGAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
9822 TCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGATTTTATAATCTCA
66 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * *
9887 CAATTAATTTT-AGATTGAATTTTTTTACAATTTTTATTAAA
131 TAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * ** * *
9928 ACATATTAGAATTAAATGCCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACCAA-AAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAA
* * * * *
9992 GTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACACGATTTTAATGATTTTATAAGCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
10057 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** * * * * * *
10099 ACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAACA-ACATCCATCGACAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAA-AGATATCCATTGGCAAGAAAA
********** * *
10163 GTCCATTTATAGTCACCCACNNNNNNNNNNA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCT
65 GTCCATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
** *
10227 CATAATTGGGTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAA
129 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * *
10270 ACAAAAAATAATTGAATGTCTATCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
10334 GTCCATTTATAGTCAGCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATGTTGTAATCGC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * *
10399 ACAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTAAATTTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * * *
10441 ACATATTAGAATTGAATGTCTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATATCCA-TGAGAAAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAG-AAAA-AGATATCCATTG-GCAAGAA
* * * *
10505 AAGTCCATTTATGAG--ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTATAACT-AGTTTTATAA
63 AAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA
* * * *
10566 -CTTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTTATTAAA
126 TC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * ** * **********
10612 A-AAAATTATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * *
10676 GTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCGAAAACCTTATTAATTAG-TTTAAATGATTTTATAAGCT
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
********** * * *
10740 CATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAA
129 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * *** * * **
10783 ATAGATTATAATTGAATG-CGTACAAAGAGAAACATGAAGAAAAATTTATCCATTGGCAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTC-TACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* ********** ** * * *
10847 GTCTATNNNNNNNNNNCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACCCGGTTTAAATGATTTTATAAGCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * *
10912 ATAATTAATTTTGAGTTGAATATTTTTACATTCTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** * * * * ** * *
10954 ACAGGTTATAATTAAATGTGTACCTT-AAGAAACGTAAAGAAAAAGACATCTGTCGGTAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * ** * *
11018 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTTACTTTCAATGATTTTATAACCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * *
11083 ATAATTAATTTCAAGTTG-AGTTTTTTAAAATTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* ** * *
11124 A-A-AATTATAATTGAATTTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
11187 GTTCA-TT-TA-TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAG-TTTAAATGATTCTATAAGCT
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * *
11248 CATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTATATATTTTTTATTAAA
129 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * *
11291 ATAGATTATAATTGAATGTGTAAC-TCAAGAAACGTGATA-AAAAAGGTATCCATTGACAAGAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * ** *
11354 AGTCTATTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGTTC-CTTTTAAAT-AGTTTTGTAAT
64 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGA-TTTTATAAT
***
11417 CTCATAA-TGGGGTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAA
127 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * *
11460 ACAAAATATAATTGAATGTGTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGAAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
********** * * * *
11524 GTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTCATAACCTC
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
11589 ATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATGTTTTATTAAA
130 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* ** ** * **
11631 ACA-AATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAANN
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
******** ** * * * *
11695 NNNNNNNNATAGTCACTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCAG-TTTAAATGATTCTATAAGCT
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCT
* *
11759 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTTATTAAA
129 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * * * * * *
11802 ACATATTAGAATTGAATGTTTACCATGAGAAATGTAAAGAAAAAGATA-CTAATTAG-AAAAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATC-CATTGGCAAGAAAA
*
11865 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
65 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
11896 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3232, Mismatches: 857, Indels: 205
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
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*
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * ***
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* * * *
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* ** * * *
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* **********
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451 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAA
* * * * * *
8561 ACAGAATATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGATAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* * * * *
8626 TGCATATATAGTCACCTACAG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-CGATTTTATAACTT
66 TCCATTTATAGTCACCTA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCT
* * * * * *
8689 CATAATT-AATTTTAATTTGAGTTTTTTTGCA-TTTTTAGTAAAATAGAATATAATTGAATGTCT
130 CATAATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
* ********** * * * *
8752 ACCTCAAGANNNNNNNNNNAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCAACC-ATA
194 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAATG
* * *
8816 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTATATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTAAAT
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * *** ** *
8881 TATTTTAT-ATTTTTATTATAACATATTAGAATTGAATGTCCGCCTCAAGAAACGTTAAGAAAAA
323 TTTTTTATAATTTTTATTA-AACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
8945 GATATCCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGT
387 GATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
** * * * *
9010 TTAAATAATTTTATAAGCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TAAA
452 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** ** * * * * * * *
9071 ACAGGTTATACCTGAACGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGTAAAAGGTATCCATAGGCAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* ********** * *
9136 TCCATTTATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
* * *
9200 ATAATTGGGTTTAAGTTG-ATTTTTTTAACAATTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTT
131 ATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTG
* ** * * *
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* ** * * **
9329 TTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGATTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTCGAGTT
260 TTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATC-TCACAATTGATTTTAAGT-TAAAT
* * * * * * * *
9393 TTTTTTTTACATTTTTATTTAAATAGATTAAAATTAAAAGCCT-TCCTTGGGAAACATGAAGAAA
323 TTTTTTATA-ATTTTTA-TTAAACAGATTAGAATTGAATGTCTAT-CTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
9457 AAGATA-CTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATGCGTTGGAAAGCCTTATTACTC
385 AAGATATC-CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
9521 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATT-AGTTTTAAGCT-AATTTGTTTTATATTTTTTATTA
449 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTA
9584 AA
512 AA
* * * * * * * * *
9586 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAAAAAAAGACATTCATCCATAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* * * * * * *
9651 TCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAACGTTATTACTCGCTTTAAATA-CTTTTGTAATCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
* *
9715 ATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGC
131 ATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGC
** * * * *
9780 CTTGAGAAACATGAAGTAAGAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCCT
196 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCT
* *
9845 TCAAAAGCCTTATTACTTGCA--TTAAATGATTTTATAATCTCACAATTAATTTT-AGATTGAAT
261 TCAAAAGCCTTATTAC-T-CAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAG-TTAAAT
* * * * ** * *
9907 TTTTTTACAATTTTTATTAAAACATATTAGAATTAAATGCCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAA
323 TTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
9972 GATATCCATTGACCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACACGA
387 GATATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-A
* * * * * * *
10036 -TTTTAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAA
450 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** * * *
10099 ACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAGAAAACA-ACATCCATCGACAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AGATATCCATCGACAAGAAAA
* ********** * * *
10163 GTCCATTTATAGTCACCCACNNNNNNNNNNA-CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTTTAATC
65 GTCCATTTATAGTCACCTA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACC
* * * * *
10226 TCATAATTGGGTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAAAATAATTGAATGTCT
129 TCATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
** * ** *
10291 ATCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCC-ATG
194 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATG
* * * * * *
10355 GCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATGTTGTAATCGCACAATTGATTTTAGGTTGAA
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAA
* *
10419 TTTCTTTA-AATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTA-CGTTGAGAAACGTGAAGAA
322 TTTTTTTATAA-TTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACGTGAAG-A
* * * * * *
10482 AAATATATATCCATGAGAAAAAAAAGTCCATTTATGAG--ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
383 AAA-AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
10545 CT-GCTATAACTAGTTTTATAA-CTTCATAATTGA-TTTCAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTTA
446 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
10607 TTAAA
509 TTAAA
* * ** * * ********** *
10612 A-AAAATTATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAA
* * * * * *
10676 GTCCATTTATAGTTA-CTCATACCTTCGAAAACCTTATTAATTAG-TTTAAAT-GATTTTATAAG
65 GTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATAGATTTTATAAC
********** * * * *
10738 CTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATG-C
128 CTCATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTC
* ** ** * *********
10802 -GTACAAAGAGAAACATGAAGAAAAATTTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATNNNNNNNNNNCC-
193 TG-CCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCA
* * * * * * * *
10865 ATGCCTTTAAAAGCCTTATTACCCGGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTAATTTTGAGTTG
255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * * * * *
10930 AATATTTTTA-CATTCTTTATTAAAACAGGTTATAATTAAATGTGTACCTTAAGAAACGTAAAGA
320 AATTTTTTTATAATT-TTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGA
* ** ** * * * *
10994 AAAAGACATCTGTCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACT
383 AAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
11059 TACTTTCAATGATTTTATAACCTCATAATT-AATTTCAAGTTG-AGTTTTTTAAAATTTTTATTA
448 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
11122 AA
512 AA
* ** * * * * *
11124 A-A-AATTATAATTGAATTTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAA
* * * *
11187 GTTCA-TT-TA-TCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAG-TTTAAAT-GATTCTATAAG
65 GTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGATTTTATAAC
* * * * * *
11246 CTCATAATT-GATTTTCAGTTAAATTTTTATATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
128 CTCATAATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGT
* ** * * * *
11310 GTAACTCAAGAAACGTGATA-AAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGC-
192 CTGCCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA
* ** ** * * ***
11373 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTGTTCCTTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAA-TGGGGTTAAGTT
255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGA-TTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * ** *
11436 GAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAAATATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGA
319 AAATTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGA
* * * **********
11500 AAAAGATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
383 AAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
11565 CGCTTTAACTGGTTTCATAACCTCATAATTGA-TTTCAAGTTAAATTTTTTTATATGTTTTATTA
448 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
11629 AA
512 AA
* ** * ** * ** **
11631 ACA-AATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAANN
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAA
******** * * * *
11695 NNNNNNNNATAGTCA-CTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCAG-TTTAAAT-GATTCTATAAG
65 GTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGATTTTATAAC
* * * *
11757 CTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTTTTATTAAAACATATTAGAATTGAATGT
128 CTCATAATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGT
* * * ** * * * *
11821 TTACCAT-GAGAAATGTAAAGAAAAAGATA-CTAATTAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGT---C-
192 CTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
* ***************************
11879 A---C-TC--ATGCC----T--TC-G---AAA-G----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTA
*****************************************************************
11923 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
320 AATTTTTTTATAATTTTTATTAAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAA
***************************************** *
11988 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCA
385 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * ** *
12053 GTTTAAATGATTCTATAAGCTCACAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
450 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * * *
12117 ACATATTATAATTGAATGTGTACATTAAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATCCAT-AAGCAAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGA-CAAGAAAA
* * * * *
12181 GTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-GATTTTGTAATCT
65 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCT
* * * * *
12245 CATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAAAATATAATTGAATATCTG
130 CATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTG
** * * * *
12310 CCTTC-AGAAATGTGAAGTAGAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGC
195 CC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGC
* * * * * * * * *
12374 TTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATT
259 CTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATT
*** * * * * *
12438 TTTTTACGTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTATA-CTTGGAAAAACATGAAGAAAAA
324 TTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAA
* ********** * * *
12502 GATATCCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAAT
387 GATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
12567 TTATATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAA
452 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * *
12629 ACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCT-TGAAACGTGAAGAAAAA-AGTATCCATTGATAAGAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGA-TATCCATCGACAAGAAA
* * * ********** * *
12692 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTNNNNNNNNNNTTTAAATAG-TTTTGTAATC
64 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACC
* * *
12756 TCATAATTAGG-TTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTT
129 TCATAATT-GGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTC
* * * ********** * *
12820 TTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGNNNNNNNNNNTCCATTTATAGTCACCCATA
193 TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATG
** * * * * * **
12885 CCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGGTTTAAATAATTTCATAACCTCATAATTGATTTTGAG-CCAA
258 CCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * *
12948 TTTTTTT-TCATTTTTTATTAAAAAAGATTAAAATTAAAAG-CTTTCCTT-AGGAAACGTGAAGA
322 TTTTTTTAT-AATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTAT-CTTGA-GAAACGTGAAGA
* * * * *
13010 AAAAGATATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCTTTCGAAAGTCTTATTAC
383 AAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* ** * * ** *
13074 TCGCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATGTTTTTTATTA
447 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
13139 AA
512 AA
** * * * * * * **
13141 ACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGACAACCCTCGGTAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* * * * * * *
13206 TTCATTTATAGTCACCCATGCCTACGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTGTAATCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
* * ** * *
13270 ATAATTGTG-TTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCATTTTTTATTAAATTAGAATATAATTCAGTGTCT
131 ATAATTG-GATTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
* ** * ********** *
13334 ACCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCACCCATGC
194 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGC
* * * * * * * * *
13399 CTTCGAAAGCATAATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAG-TAGAAA
259 CTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTA-AAT
* * * * * * * * * ** *
13463 TGTTTTACATTTTTTATAAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
323 TTTTTTATAATTTTTAT-TAAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * **
13528 GATATCCATT-GACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACATTTGAAAGCCTTATTACTTGC
387 GATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* **
13592 TTTATATGGTTTCGTAATCTCATAATT-AGGTTTAAGTTGAATTTTTTT-TAATTTTTTATTAAA
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13655 ACA-ATATATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAACATGAATAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAA
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13840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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* * * * *
14034 AGATATCAATT-GACAAGAAAATTCCATTTATAGGCACTCATGCC-TCTGAAAGCCTTACTACTC
386 AGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTC
* * *
14097 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGA-TTT--G-TG--GTTTTTTATATTTTTTATTAAA
449 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * * *
14156 GCATATTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATATATCCATTGGA-AAGAAAA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TCGACAAGAAAA
* * *** * *
14220 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTGATAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACT-GGTTTTATAACCT
65 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCT
* * * *
14284 CATAATT-GATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTTATTAACACAAAATATATTTGAATGTCT
130 CATAATTGGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
* ** * *
14348 GCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATG
194 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATG
* * * * * *
14412 CTTTCGAAAGCCTTATTAATCAGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * ** * * * *
14477 TGCTTTTTAT--TTTTTATTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTGCCTTAAGAAATGTAAAGTAA
323 T--TTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * ********** * * * *
14540 AAGATATCCATTGGTAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATCACTCG
385 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
14605 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTGTTTATTAAA
450 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * *
14669 ACATG-TTATAATTAAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGACATCCATCGGCAAGAAAA
1 ACA-GAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAA
* * * * *
14733 GTCTATTTATAGTTACCCT-TGCATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAACC
65 GTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACC
* *
14796 TCATAATT-AATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-A-AATTATAATTGAATGT
129 TCATAATTGGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAA-TATAATTGAATGT
* * * * * * * * **
14858 GTACCTCTAGAAACATGAATAAAAGGATATCCATTAGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTAT
192 CTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
* ** * * * *
14923 ACCTTTGAAAGCCTTATTAATCAGTTTAAATGATTCTATAAGT-TTATAATTGATTTTAAGTTAA
257 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAA-TCTCACAATTGATTTTAAGTTAA
********** * * * * *
14987 A-TTTNNNNNNNNNNTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCATGAGAAACGCGAAGAAA
321 ATTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * *
15051 GATG-TATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCTTTTGGAAGCTTTATTACT
385 -AAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * ********** *
15114 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTATATTAA
448 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
15179 A
513 A
* ** * * * *
15180 ACAGAATATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACATATCTATTGGA-AA-AAGA
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TCGACAAGAA-A
* * * * *
15243 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTACGT-GGTTTAAA-AGATTTTATAGC
64 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGATTTTATAAC
* * * * * * *
15306 CTCATAATT-GATTATAAGTCT-AATTTTTTTATATTATTTATTAAAAAAGATTAAAATCGAAAG
128 CTCATAATTGGATT-TAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATG
** *** * * * *
15369 -CTTTTCTTGGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCAACC
191 TC-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACC
** * * **********
15433 -ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTANNNNNNNNNNT-AGTTTTAAG
254 AATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGA-TTTTATAATCTCACAATTGA-TTTTAAG
* * * ** * * *
15495 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTG
317 TTAAATTTTTTTATAATTTTTATT---AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTG
* ** * *
15560 AAGAAAAAAATATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATAAT
379 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
15625 TACTTACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTCAAGTT-AATTTTTTTTATATATTT
444 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTATAT-TTT
15688 TT-TTAAA
506 TTATTAAA
* * * * * *
15695 A-A-AATTATAGTTGAATGTTTACC-TGAAAAAACATGAAGAAAAAGA-AGTCCATTGGCAAGAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TCCATCGACAAGAA
* *
15756 AAGTCCATTTATAGTCACCCGTA-G-CTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAA-CGATTTTATA
63 AAGTCCATTTATAGTCA-CC-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATA
* * * * * * * *
15818 ACCTCATAATTAGTTTTATGATGAGTTTTTTATATATTTTTT-TTCAAACAGATTATAATTGAAT
126 ACCTCATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAAT
* ** * * * * *
15882 GTCTACCTTGATAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTC
190 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
********** * * *
15947 -ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNT-AGTTTTGTAATCTCATAATT-AGGTTTAAG
254 AATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGA-TTTTATAATCTCACAATTGA-TTTTAAG
* * * ** * * *** * *
16009 TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGAGTATTATTAAATGTCTGTCCCAAGAAACATAAA
317 TTAAATTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAA
********** * *
16074 GAAAAAGATATCNNNNNNNNNNAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATAG-CTTCGAAAGCTTTATT
381 GAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * ** *
16138 ACTCGCTTTGAATGATTTTAGAACCGCATAATT-AGTTTTTCGTTGAGTTTTTTTAATATTTTTT
445 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTT
16202 ATTAAA
508 ATTAAA
* * * * ****
16208 ACAGATTATAATTAAATGTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG------AT-------ANNNN
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
********************************************** * *
16260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAT-GGTTTTATAATCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
* * * * * * *
16324 ACAATT-GATGTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAACCATATTAGAATTGAATGTCTA
131 ATAATTGGAT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTG
* * * *
16388 CCTCGAGAAACATGAAGAACAAGATATCCATT-GCTAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
195 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGC
** * * * *
16452 CTTCGCAAGCTTTATTGCTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTT-AGGTAGAA
259 CTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTA-AA
* * * * ** *
16515 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
322 TTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * *
16580 AGATATCCGTT-GGAATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTAGTCT
386 AGATATCCATTAGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
16644 CTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAAATTGA-TTTCAAGTCGAATTTTTTTACATGTTTTATTAA
450 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
16708 A
513 A
* * ** * * * ********
16709 GCA-AATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGNNNNNNNN
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TCGACAAGAAA
********************************************** * * * *
16773 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTA-
64 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-ATTTTATAAC
** * *** ** * * * * *
16837 --CAT--TTTTATTAAAACAG-ATTATAATTA-AATGTGTACCTCGAGAAACATGGA-A-AA---
128 CTCATAATTGGATTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTA--T-TA-AAACA-GAATATAATTG
* * * **
16891 AA-GTAT--CT-ATTG----A-GAAG-AAAAG---TCCATT--TATAGTTACTCA-TGCC-TTTG
187 AATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-AG--A-AAAGT-CCATTT-
** ** * * * ** * * * **** *
16939 ATAG-C-CTTATTAC-TC----G-CTT-TAAAT-AATTT-TGTAATCTCATAAT-T-GGGTTTAA
245 ATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGA
* * * * * * * * ** **
16991 GTTGAA-TT--TT---TTTACATTTTTTACTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
310 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTA-TTAAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAA
* * * * * * * *
17050 ACATGAAGAAAAAAATATCTATTGGAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCTATAG-CTTCAAAAG
374 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAG
* * * * * *
17114 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATT-AATTTGAAGTTG-AGTTTTTTATA
438 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATA
17177 TTTTTTATTAAA
502 TTTTTTATTAAA
* * * * * * * ****
17189 ACATATTATAATTGAATGTTTA-TTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT-TAGCAANNNN
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGA-CAAGAAA
****** * ** * *
17252 NNNNNNTTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACACGATTTAAAT-GATTTTATAACC
64 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACC
* ********* * * * *
17316 TCATAATT-AANNNNNNNNNNAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTC
129 TCATAATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTC
* * * ** * *
17380 TACCTCATGATACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCAACC-AT
193 TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAT
* * * * * * *
17444 GCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-GCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGA
257 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAA
* * ********** * * *
17508 GTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
321 ATTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
17573 AAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAG-CTTCGAAAGCCTTATTACTC
385 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * * *
17637 GCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAGTTTTTTTGTACTTTTTGTTAAA
449 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * ** ** *
17702 ATA-AATTCTAATTGAATATCCAGCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTTG-CAAGAAA
1 ACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TCGACAAGAAA
* * * * * * *
17765 AGTCTATTTACAGTCACTCT-TGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAAT-GTTTTTATAAT
64 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAAC
* * * * * * * *
17828 CTCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTA
128 CTCATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTC
** * * ********** **
17893 AACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAATG-NNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTT
193 TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAT
* * * ** *
17957 GCCTTCCAAAGTCC-TATTACTC-GCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTG
257 GCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTA
* * * ********** * *
18020 AATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
320 AATTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * * *
18085 AAAGATATCCA-TGGACAAGAAAAGTTCC-TTTATAGTCATCCATGCCTTCGGAAGACTTATTAC
384 AAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
********** * *
18148 TCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTC
447 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-
18212 AAA
511 AAA
* * * * * * * * * *
18215 A-ATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
** * * * *
18279 TCCATTTATAGTCA-CTCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTGTAATCT
66 TCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCT
** * * * * * * * *
18342 CATAATT-GACTTTAAGTAAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAAAATTAAAAGCCT
130 CATAATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
** ** * ** *
18406 TTCTCGGGAAACATGAAGAAAACGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-GTG
194 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATG
* * * * * * * *
18470 CCTCCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAA
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * ** * **
18534 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAGATATGAAGAAAA
322 TTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * *
18599 AGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTACTACTCAT
386 AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
** * * *
18664 TTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATT-AATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTGAA
451 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** * * * *
18727 ACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCTATCGGCAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* * * * *
18792 TCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAGAT--ATTTTATAATCT
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATAGATTTTATAACCT
* * *
18855 CATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTAATAAAACAGAATATAATTGAATGTTT
130 CATAATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
* ** * * *
18918 GCCTTGAA-AAATGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAACAATG
194 GCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATG
* * * * * * *
18982 CCTTCAAAAGCCTTTTTAGTC-GCTTTAAATGGTTTTATAAACTGATAATTGATTTTAAGTTGAA
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * ** *
19046 TTTTTTTA-CATTTTTATTCAAAAAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAA
322 TTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
**********************************
19110 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
386 -------------------------------AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
******************** * * * * *
19175 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTAATCAGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTA
420 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTA
* * * *
19240 AGTTGAAGTTTTTTAAATTTTCTATTGAA
485 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * *
19269 ACAGATTATAATTGAAGGTGTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAATGATATCCATTGACAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* * * * * * * *
19334 TCTATTTATAGTCACCCACGCCTTAGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTGTAATCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
* * * * * * *
19398 ATAAGTAGG-TTTAAGTTGAATCTTTTTACATATTTTATTAAAATAGAATACAATTAAATGTTTG
131 ATAA-TTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTG
* * * * * * *
19462 CCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGATTTTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTTATAGTCA-TACATAG
195 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-AT-G
* * * * ** * * *
19526 -CTTCGAAAGCCTTATTAGTC-GCTTTAAACGATTTTATAACCTCGTAATTAATTTTAATTTAAG
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * **********
19589 TTTTATTA-AA-TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCNNNNNNNNNNTGAAGAAAA
322 TTTTTTTATAATTTTTATT-AAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * **
19652 AGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAATCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACACTG
386 AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
19717 TTTAAATGATTTTAT-ATGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTTATTAAA
451 TTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
** * * * * * * * * **
19780 ACAGGTTATAATTAAACGTTTACCATGAAAAACATGAAGAGAAAGACATCCATCGGTAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* **********
19845 TCCATTTATAGTCACCCATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATA-ATTTTATAACCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
** ** ** * **
19909 ATAATTAAATTTAAGTTGAGGTTTTTTATTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTNN
131 ATAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGC
******** * * * **
19974 NNNNNNNNACATGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATAACT
196 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCT
** * * * * * * *
20039 TCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAACAATTTTATTACCTAATAATTAATTTTAAGTTGAGTTT
261 TCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * **
20103 TTTTATATTTTTTACTAAAACA-ATTTATAATTGAACGTCTA-CCTCAGGAAATATGAAGAAAAA
325 TTTTATAATTTTTA-TTAAACAGA-TTAGAATTGAATGTCTATCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAA
* * ********** * *
20166 GATATCCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACT
387 GATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
20231 TTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGA-TTTTAGATTGAATTTTTTTATATATTTT-TTAAA
452 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * * * * *
20292 ACATATTACAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAG
1 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATCGACAAGAAAAG
* ** * * * *
20357 TTCATTTATAGTCACCCGTGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAT-GATTTTATAAGCTC
66 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTTATAACCTC
20421 ATAATT-GATTT
131 ATAATTGGATTT
20432 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 9156, Mismatches: 2782, Indels: 896
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
477 7 0.00
478 2 0.00
479 23 0.00
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TTTATAATTTTTATTAAACAGATTAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
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* * * *
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* * * *
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**
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* **********
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* * * * * * * * * **
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* * * *
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* ** *
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127 GAAAAAGATATCCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * **
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1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGA
* *** * * * *
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* * * * *
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131 AAGATATCCAT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
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1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGA
* * ** * * * * *
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66 ATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGA
**********
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* * * * * *
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1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTG
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * ** *
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* * ** * ****************************
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******************************************
13861 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 AAAAGATATCCATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
********************************** * *
13903 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCACAATTGA-TGTTAGGTTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGT-TTAAGTTG
* * * * **
13967 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACAAGAA-A
65 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGA
* * * * *
14030 AAACAGATATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGGCACTCA
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* * *
14074 TGCC-TCTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGA-TTT--G-TG
1 TGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTG
* * * * *
14134 --GTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCATATTAGAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATGTGAAGA
65 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGA
* * *
14196 AAAATATATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
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*** * * *
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1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTG
* * * * * * * *
14303 AATTTTTTTACATGTTTTATTAACACAAAATATATTTGAATGTCTGCC-TCAAAAAATGTGAAGA
65 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGA
* * *
14367 AAAAGATATCCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
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* * * *
14410 TGCTTTCGAAAGCCTTATTAATCAG-TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTG
* * * * * *
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* * **********
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* * * * * * *
14581 TACCTTTGAAAGCCTTATCACTCGGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTCA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGA
* * ** * * * *
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66 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
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* * * * *
14752 TGCATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT-AATTTCAAGTTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTG
* * *
14816 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAATTATAATTGAATGTGTACC-TCTAGAAACATGAATA
65 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGA
* * * * **
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* * * * * *
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1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAA-TCTCATAATTGAGTTTAAGTT
* ********** * * * * *
14985 -AAATTTNNNNNNNNNNTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCATGAGAAACGCGAAGA
64 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGA
* * *
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* * * * * * **********
15092 TGCTTTTGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGA
* * *
15157 ATTTTTTTATATTTTATATTAAAACAGAA-TATAATTGAATGTCTTCC-TCAAGAAACATGAAGA
66 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGA
* * *
15220 AAAACATATCTATTGG-AAAAAGAAGTCCATTTATAGTCACCCA
129 AAAAGATATCCA-TGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * **
15263 TACCTTCGGAAGCCTTATTACGT-GGTTTAAAAGATTTTATAGCCTCATAATTGA-TTATAAGTC
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTT-TAAGT-
* * * * ** **
15326 T-AATTTTTTTATATTATTTATTAAAA-AAGATTAAAATCGAAAG-CTTTTCTTGGGAAACGTGA
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* * * *
15388 AAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCAACCA
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* * * **********
15434 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTANNNNNNNNNNT-AGTTTTAAGTT
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTT
* * * *
15497 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAA
64 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAA--TTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAA
*
15562 GAAAAAAATATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
127 GAAAAAGATATCCAT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * ** *
15607 TGCCTTCGAAAGCATAATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTCAAGTT
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTT
* * ** * *
15670 -AATTTTTTTTATATATTTTT-TTAAAA-AAATTATAGTTGAATGTTTACCTGAAAAAACATGAA
64 GAA-TTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAA
*
15732 GAAAAAGA-AGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCG
127 GAAAAAGATA-TCCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
15777 TAG-CTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAATT-AGTTTTATGAT
1 T-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTT
* * * * *
15840 GAGTTTTTTATATATTTTTT-TTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACGTGAAG
64 GAATTTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAG
* * * *
15904 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCA
128 AAAAAGATATCCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ********** *
15948 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNT-AGTTTTGTAATCTCATAATT-AGGTTTAAGTT
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-GTTTAAGTT
* * * * * * * * *
16011 AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGAGTATTATTAAATGTCTGTCC--CAAGAAACATAAA
64 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCTTC-AGAAACGTGAA
********* *
16074 GAAAAAGATATCNNNNNNNNNNAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
127 GAAAAAGATATC-CATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * **
16119 TAG-CTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTAGAACCGCATAATT-AGTTTTTCGTT
1 T-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTT
* * * * *
16182 GAGTTTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTCCTTAAGAAACGTGAAG
64 GAATTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAG
16247 AAAAAGATA
128 AAAAAGATA
16256 NNNNNNNNNN
Statistics
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164 1 0.00
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167 3 0.00
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Found at i:13010 original size:512 final size:509
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12019 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCGA
* * * * *
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66 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCT-TGAAACGTGAAGAA
* * * * * * * *
12158 AAAGCTATCCA-TAAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTATT
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*
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* * * ** *
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* * * **
12351 AGTCCATTTATAGTCACCCACGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAACCTC
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** * * * *
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* **********
12481 TTGGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTC-ACTCA
451 TTGG-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CA
*
12541 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTATATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCGA
*
12606 ATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTTGAAACGTGAAGAAA
66 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTTGAAACGTGAAGAAA
* ********
12671 AA-AGTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTNNNNNNNN
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** *
12735 NNTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAGGTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAA
195 GCTTTAAAT-GTTTTGTAATCTCATAATT-GGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * **********
12800 ACAGAATATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGNNNNNNNNNN
258 ACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* ***
12865 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTTGGTTTAAATAATTTCATAACCTCA
323 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAATTT-ATAACCTCA
* ** * * *
12930 TAATTGATTTTGAG-CCAATTTTTTTTCATTTTTTATTAAAA-AAGATTAAAATTAAAAGCTTTC
387 TAATTAATTTCAAGTCCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAA-ATTAAAATTAAAAG-TATA
* * *
12993 CTTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCA
450 CTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCA
* * * ** * * * *
13053 TGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCGA
* ** * *
13118 ATTTTTTTATGTTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTA-C-CTTGAAAAATGTGAAGA
66 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTTG--AAACGTGAAGA
* * * * * * *
13181 AAAAGACAACCCTCGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTACGAAAACCTTATTACT
129 AAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACT
* *
13246 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGTGTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCATTTTTTATTA
194 CGCTTTAAAT-GTTTTGTAATCTCATAATTG-GTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTA
** * * * *******
13311 AATTAGAATATAATTCAGTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGNNNNNNN
256 AAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
*** ** * * *
13376 NNNCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATAATTACTCACTTTAAA-AGATTTTATAACC
321 AGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATA-A-TTTATAACC
* ** * * * * * *
13440 TCATAATTGATTTCAAGTAGAAATGTTTTACATTTTTTATAAAAACAAATTATAATTAAATGTTT
384 TCATAATTAATTTCAAGTCCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAAAGTAT
*** * *
13505 ACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCA
449 A-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CA
* * * * *** * * ** * * *
13567 TACATTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTCGTAATCTCATAATT-AGGTTTAAGTTG
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA-TTTTAAGTCG
* * * *
13631 AATTTTTTT-TAATTTTTTATTAAAACA-ATATATAATTGAATGTCTGCCT-TCAGAAACATGAA
65 AATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTGTACCTCT-TGAAACGTGAA
* * ** * * * * *
13693 TAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACTCATAG-CTTCGAAAGCCTAATT
127 GAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAACCTTATT
* * ** ** * * **
13757 ACTCGCTTTAAACGATTTTATAGCCTCATAATTATATTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTCGAT
191 ACTCGCTTTAAATG-TTTTGTAATCTCATAATT-GGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
***************************************************
13822 TAAAACAG-AT-T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
254 TAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGA
***************************************************** *
13884 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--TTTATAATC
319 AAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAATTTATAACC
* * * ** * * * * * *
13947 TCACAATTGATGTT-AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTC
384 TCATAATTAAT-TTCAAGTCCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAAAGTA
* ** * * * *
14011 TACCTCAAGAAACAAGAA-AAAACAGATATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGGC-ACTCA
448 TACTTGGA-AAACATGAAGAAAA-AGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CA
* * ** * * *
14074 TGCC-TCTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGA-TTT--GT-G
1 TGCCTTC-GAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCG
* * * * * ** *
14134 --GTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCATATTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAA
65 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTTGAAACGTGAAGAA
* *
14197 AAATATATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC-T-GATAAAGCCTTATTA
130 AAAGATATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAA-CCTTATTA
* * * * * *
14259 CTCGCTTTAACTGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTTATT
192 CTCGCTTTAAAT-GTTTTGTAATCTCATAATTGGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * * ** * * *
14324 AACACAAAATATATTTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTCGTAAGAA
255 AAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* ** * * * * *
14389 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTAATCAGTTTAAATGATTTTATAACC
320 AAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT-AATTTATAACC
* * ** * * **
14454 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGCTTTTT--ATTTTTTATTAAAACAGAA-TATAATTGATTG
384 TCATAATTAATTTCAAGTCCAATT--TTTTTACATTTTTTATTAAAACA-AATTAAAATTAAAAG
* * * ** ********** *
14516 TCTGCCTT--AAGAA-ATGTAAAGTAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCAC
446 TAT-ACTTGGAA-AACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
14578 CCA
507 CCA
* * * * **
14581 TACCTTTGAAAGCCTTATCACTCGGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTC-
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAG-TCG
* * * *
14645 AATTTTTTTACATTGTTTATTAAAACATG-TTATAATTAAATGTCTA-CT-TTGAGAAACGTGAA
65 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-GATTATAATTGAATGTGTACCTCTT--GAAACGTGAA
* * * ** * * * * *
14707 AAAAAAGACATCCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCTTGCATTCGAAAGCCTTATTA
127 GAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTA
* * * **
14772 CTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
192 CTCGCTTTAAAT-GTTTTGTAATCTCATAATTGGTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * *
14837 AAAA-A-AATTATAATTGAATGTGTACCTCTAGAAACATGAA-TAAAAGGATATCCATTAGTAAG
255 AAAACAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAA-GATATCCATTGGCAAG
* ** * * * * * *
14899 AAAAATCCATTTATAGTCACTTATACCTTTGAAAGCCTTATTAATCAGTTTAAATGATTCTATAA
318 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAATT-TATAA
** * * * * * ********** * * * *
14964 GTTTATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTNNNNNNNNNNTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
382 CCTCATAATTAATTTCAAGTCCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAAAGT
* * ** * * *
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15091 A
509 A
* * * * * ** * * * ********** *
15092 TGCTTTTGGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGA
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCGA
* * * * ** *
15157 ATTTTTTTATATTTTATATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAA
66 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTTGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
15222 AACATATCTATTGGA-AA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTACG
131 AAGATATCCATT-GATAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAC-
* * * ** * *
15285 T-GGTTTAAAAGATTTTATAGCCTCATAATTGATTATAAGTCT-AATTTTTTTATATTATTTATT
193 TCGCTTTAAATG-TTTTGTAATCTCATAATTGGTT-TAAGT-TGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * ** * * * ** *
15348 AAAAAAGATTAAAATCGAAAG-CTTTTCTTGGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
255 AAAACAGAATATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * ** * * * * **
15412 AAAGTACATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTANN
319 AAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATA-ATTTATAAC
******** * * ** * * * * * *
15477 NNNNNNNNTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAAAGGCTATAATTGAATG
383 CTCATAATTAATTTCAAGTCCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAA--TTAAAATTAAAAG
* * * * * * *
15542 TCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAAATATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
446 TATA-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCA
* * * * * * * *
15607 TGCCTTCGAAAGCATAATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAGT-T
1 TGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCG
* * * **** *
15670 AATTTTTTTTATATATTTTT-TTAAAA-AAATTATAGTTGAATGTTTACCTGAAAAAACATGAAG
65 AA-TTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTTGAAACGTGAAG
** * * *
15733 AAAAAGA-AGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTAG-CTTCGAAAGCCCTATT
128 AAAAAGATA-TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAACCTTATT
* * * * * * *
15796 ACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAATTAGTTTTATGATGAGTTTTTTATATATTTTTT-
191 ACTCGCTTTAAATG-TTTTGTAATCTCATAATT-GGTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTTA
* * * * * * *
15860 TTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
253 TTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAG
* * * **
15925 AAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC
318 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAA-CCTTATTAC
15969 NNNNNNNNNN
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CTTTAAATGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
GAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAATTTATAACCTCATAAT
TAATTTCAAGTCCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAAAGTATACTTGGA
AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCA
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16296 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* * * * * * * * * *
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* * *
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16765 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAGAAAAATCCATT
TATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTAGTCGCTTT
Found at i:17122 original size:171 final size:171
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16809 NNNNNNNNNN
* * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * *
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* *
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130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * **
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* * ********** * **
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* * * * **
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131 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
******** * * * *
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* * * *
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* * *
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130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* ********** *
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1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * *
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*
17627 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * * * *
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1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * *
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* *
17799 TTATTACTCGCCTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATT-AGTT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* * * ** *
17841 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTAAACTTCAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* ********** *
17906 GTGAAGAAAAATG-NNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-TGCCTTCCAAAGT
66 ATGAAGAAAAA-GATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAG-
* **
17969 CC-TATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGCT
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* * ********** **
18012 TTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTACCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
18077 ATGAAGAAAAAGATATCCA-TGGACAAGAAAAGTTCC-TTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGGAAG
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGG-CAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAG
* * * ********** *
18139 ACTTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTCATT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
18183 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTCAAAA-ATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
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* * ** *
18246 CATGAAGGAAAAGATAT-TCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCA-CTCACACCTTCAAAAG
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* *
18309 CCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTGTAATCTCATAATTGACT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * * * * ** **
18353 TTAAGTAAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAAAATTAAAAGCCTTTCTCGGGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * *
18418 ATGAAGAAAACGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCGTGCCTCCGAAAGCC
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
18482 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGCTT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
18524 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAGAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * *
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66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
* ** * * *
18654 TACTACTCATTTTAAA-AAGTTTTATAAGCTCATAATTAATT
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* * * **
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1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * *
18760 ATGAAGAAAAAGACATCTATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCT
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*
18825 TATTGCTCGCTTTAAGAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATT
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* * * * *
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1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAA
** * * * * * *
18929 TGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAACAATGCCTTCAAAAGCC
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
18994 TTTTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTGATAATTGATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
19036 TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTCAAAA-AAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* *********************************************
19099 CGTGAAGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 CATGAAGAAAA---------AGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
******************************* * *
19164 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTAATCAGT-TTAAATGATTT
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*
19218 TATAAGCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTAAATTTTCTATTGAAACAGATTATAATT
1 T-TAAG-T--TGAATT--TTTTTA--T--A-TTTTTT--A---T-TA---AAACAGATTATAATT
* * * ** * * * *
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46 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * * *
19347 ACCCACGCCTTAGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAGT-AGGT
111 ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* * * * * * * * * *
19408 TTAAGTTGAATCTTTTTACATATTTTATTAAAATAGAATACAATTAAATGTTTGCCTCGAGAAAC
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* * * * *
19473 ATGAAAAAAAAGAT-TTTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTTATAGTCATAC-ATAG-CTTCGAAAG
66 ATGAAGAAAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTAT-GCCTTCGAAAG
* * * * *
19535 CCTTATTAGTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCGTAATTAATT
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* * * * ********
19579 TTAA-TTTAAGTTTTATTA-A-ATTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCNNNNNNNN
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
** * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
19877 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTAAAT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
** * **********
19919 TTAAGTTGAGGTTTTTTATTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
** * * ** *
19984 ATGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATAACTTCAAAAGCCT
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
** * * * *
20049 TATTACTCGCTTTAAACAATTTTATTACCTAATAATTAATT
131 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
20090 TTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTACTAAAACA-ATTTATAATTGAACGTCTACCTCAGGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * ********** * *
20154 TATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCC
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
** *
20219 TTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
20261 TT-AGATTGAATTTTTTTATATATTTT-TTAAAACATATTACAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
1 TTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * ** * *
20324 CATAAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGTGGCTTTGAAAGCC
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* *
20389 TTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
********************************************
20431 TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTA------------------AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
*****************************************************************
20496 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
48 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
***********************************************************
20561 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
113 CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
*****************************************************************
20620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * ** * * *
20685 NTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACGC-ATAG-GTTCAAAAGC
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAT-GCCTTCGAAAGC
* * *
20748 CTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAATTAATT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
20791 TTATGTT-AAGTTTTTTTTATATTTTTT-TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAA
1 TTAAGTTGAA--TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * *
20854 ACATGAAGGAAAAGATATCCATTGACAAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAG
64 ACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * *
20919 CGTTATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTTATT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **
20963 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGGTTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * *********
21028 ATGAAGAAAAAGACATCCATCT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTNNNNNNNNN
66 ATGAAGAAAAAGATATCTAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* * * * **
21092 NTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAGTTGGGT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
21134 TTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGAATATTATTGAATGTTTGCCTTAA-AACA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA-A
* * ********** * * *
21197 CTTGAAGAAAAAGATATCCATTGNNNNNNNNNNTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCC
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* * *
21262 ATATTACTCGCTTTAAACG-TTTTATAACCTCATAATTGATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
21303 TCAAGTTAAATATTTTTACT-TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTC--GAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * * *
21365 AATGTAAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCA-CTCATACTTTCGAAA
65 CATG--AAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAA
* * * * *
21429 GCCTTATTAATTAG-TTTAAATGATTTTGTAAGCTCATAGTTGATT
127 GCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
21474 TTAAATTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATGTACCACGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
** * * * * * **
21539 GCGAAG-CAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAATCT
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
* * * **
21603 TATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTGTAATTTGATAATTGGGT
131 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
21644 TTATGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATTGTCTACCTCAAAAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAA
* * *
21708 GATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGC-ATGCCTTCGAAAGC
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGC
* * *
21771 CTTATTAATCAG-TTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATT
129 CTTATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
21814 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTCTAATTGAATGTGTACCTCTAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * *
21878 ATGAAGAAAAAGATAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTTACCCATGCTTTCGAAAGCCT
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
* * * **
21943 TATTAGTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGGGT
131 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
21984 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTGTACCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * ** * * * * *
22049 GTTAAGAAAAAGATATCCCTTTGTAAGAAAAGTTCATGTATAGTCA-CTCATGTCTTTC-AAAGC
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATG-CCTTCGAAAGC
* * * *
22112 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCAAAATTGTTT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * * * *
22155 TTAAGTTGGGTTTTTTTACATATTATATTTAAACAGATT-TCAATTGAATGTATACTTCAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* ** * * * *
22219 CGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATT-GCTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCATTCAAAAG
65 CATGAAGAAAAAGATATCT-ATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAG
* ** *
22282 CCATATTACTCAATTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **
22326 TTCAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTTACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
1 TTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * * * * * * *
22391 TATGAAGAAAAACATATCTACTAGCAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACCCATTCCTTTGGAAGCT
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
22456 TTATT-CATCGCTTTAAATGGTTTTGTTAT-TCATAATTGGTT
130 TTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
22497 TTCAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAATT-AAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * *
22561 CATGAAAAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGGCTTTGAAAGC
65 CATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGC
* * * *
22625 CTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAACCAT-ATAATTAATT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTGATT
* * * *
22668 TTAAGTTGAGTTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * *
22732 GTGCAGAAAAAGATATCCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCC
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC
* *
22796 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
22838 TTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
22903 ATGAAGAAATAGATATCCATTGG
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTGG
Statistics
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TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:18283 original size:683 final size:682
Alignment explanation
Indices: 16819--19083 Score: 1964
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16809 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16819 TTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTGTACCTCGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTAATAAAACAGAATACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * ** *
16883 ATGGA-AAAAAG-TA-TCTATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAT-GCCTTTGATAG
65 ATGAAGAAAAAGATATTC-ATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTCAAAAG
* * * **
16943 CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC--
* * * * * *
17008 TTTTTACTAAAACAGAA-TATAATTGAAT-GTCT-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCT
190 TTTTTATTAAAATA-AATTATAATTGAATAGCCTAG-CTCCAGAAACATGAAGAAAAAGATATTT
* * * * * * *
17070 ATTGGAAAGAAAACTCCATTTATAGTCAC-CTATAG-CTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
253 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTC-GT-GCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAA
* * ** * * * * * *
17133 TGATTTTATAACCTCATAATTAATTTGAAGTT-GAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTA
316 TGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* ** ** * * **********
17197 TAATTGAATGTTTATTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAANNNNNNNNNNTTTA
381 TAATTGAATATAAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA
** * * * *
17262 TAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACACGA-TTT-AAATGATTTTATAACCTCATAATTA
446 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTC-ACTTTAAAAAG-TTTTATAAGCTCATAATTA
********** * * * * *
17325 ANNNNNNNNNNAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACC-TCATG
509 ATTTAAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-G
* * ** * * * * * *
17389 ATACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAA
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* * *
17454 G-CTTTATTACTCGCTTTAA-ATAATTTTATAATCTCATAATTAAAT
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* * **********
17499 TTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACCTCGAGAAAC
1 TTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTTAATAAAACAGAATACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * *
17564 ATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAGCTTCGAAAGCCT
65 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCT
* * *
17629 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAGTTTTTTTGTACTTT
130 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TACTTT
* * * * *
17694 TTGTTAAAATAAATTCTAATTGAATATCC-AGCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTTG
193 TTATTAAAATAAATTATAATTGAATAGCCTAGCTCCAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGG
* * * * *
17758 CAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCTTGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATGTTTTT
258 CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTT
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323 ATAATCTCATAATT-GCTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTG
* * * **********
17887 AATGTAAACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAATG-NNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
387 AATATAAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * **
17951 ACCCTTGCCTTCCAAAGTCC-TATTACTCGCTTT-AAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGCTTT
451 ACCCATGCCTTCCAAAG-CCTTACTACTCACTTTAAAAAG-TTTTATAAGCTCATAATT-AATTT
**********
18014 -AAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTACCTTGAGAAACA
513 AAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * *
18078 TGAAGAAAAAGATATCCAT-GGACAAGAAAAGTTCC-TTTATAGTCATCCATGCCTTCGGAAGAC
578 TGAAGAAAAAGACATCCATCGG-CAAGAAAAG-TCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGAC
* **********
18141 TTATTACTCACTTTAA-ATGGTTNNNNNNNNNNATAATTCATT
641 TTATTACTCACTTTAAGAT-ATTTTATAATCTCATAATTCATT
* * *
18183 TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTCAAAA-ATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTAAT-AAAACAGAATACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * *
18247 ATGAAGGAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCACACCTTCAAAAGCCT
65 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCT
* * * ** *
18312 TATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTAAAAATTTTTTATATTT
130 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTT-TACTT
* * * ** ** *
18376 TTTATTAAAATAGATTAAAATT-AAAAGCCTTTCTCGGGAAACATGAAGAAAACGATATTTATTG
192 TTTATTAAAATAAATTATAATTGAATAGCCTAGCTCCAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTG
* * * *
18440 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTCCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
257 GCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTT
* * *
18505 TGTAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
322 TATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTG
** * *
18570 AATATCTACCTCAAGAGATATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
387 AATATAAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** *
18635 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTACTACTCATTTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAG
452 CCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAG
* * * *
18700 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTGAAACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
517 TTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * *
18765 GAAAAAGACATCTATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTG
582 GAAAAAGACATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGACTTATTA
* *
18830 CTCGCTTTAAGATATTTTATAATCTCATAATTGATT
647 CTCACTTTAAGATATTTTATAATCTCATAATTCATT
* * * * * * **
18866 TTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTAATAAAACAGAATATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATG
1 TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTAATAAAACAGAATACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
* * * * *
18931 TGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAACAAT-GCCTTCAAAAGCCT
66 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTCAAAAGCCT
* * * *
18995 TTTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
130 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTT
19060 TATTCAAAA-AAATTATAATTGAAT
194 TATT-AAAATAAATTATAATTGAAT
19084 GTTTACCTCA
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 282, Indels: 81
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 9 0.01
681 45 0.04
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (682 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTAATAAAACAGAATACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTA
TTAAAATAAATTATAATTGAATAGCCTAGCTCCAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTACAGTCACTCGTGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATA
TAAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCCAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAGTTGA
ATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAGACATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGACTTATTACTCA
CTTTAAGATATTTTATAATCTCATAATTCATT
Found at i:18557 original size:854 final size:833
Alignment explanation
Indices: 16819--18903 Score: 1852
Period size: 854 Copynumber: 2.5 Consensus size: 833
16809 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
16819 TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTGTACCTCGAGAAAC
1 TTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAAC
* * * * * ** *
16883 ATGGA-AAAAAG-TATCTA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTTGATAGCC
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * ** * *
16945 TTATTACTCGCTTTAAATAA-TTTTGTAATCTCATAATTGGGTTT-AAGTTGAATTTTTTTACAT
130 TTACTACTCACCTTAAA-AAGTTTTATAAGCTCATAATT-AATTTAAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * *** * * * *
17008 TTTTTACTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCTATT
193 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATCTATC
* * * * * * *
17073 GGAAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCTATAGCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA-ATGAT
258 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGAT-AT
* * * * *
17137 TTTATAACCTCATAATT-AATTTGAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAAT
322 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTACATTTTTTAATAAAAC--------A-
* * * * **********
17201 TGAATGTTTA-TTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT-TAGCAANNNNNNNNNNTTTATA
377 -GAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATGGA-CAAGAAAAGTTCCTTTATA
* *** * * * * *
17264 GTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACACGA-TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAANN
439 GTCATCCATGCCTTCGGAAGACTTATTACTC-ACTTTAAATG--GTTATAA-TTCAT-TTTAA--
**** * *
17328 NNNNNNNNAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCATGATAC
497 ----GTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCATGAAAC
* * * ** * *
17393 ATGAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAAGCTT
557 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCACACCTTCAAAAGCCT
** **
17458 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTT
622 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTAAAAATTTTTTATATTTT
********** * * *
17523 TTATTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGC
687 TTATTAAAACAGATTAAAATTAAAAGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
*
17588 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
752 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAGCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
17653 TAACCTCATAATTGATT
817 TAACCTCATAATTGATT
* * * * * *
17670 TTAACTTGAGTTTTTTTGTACTTTTTGTTAAAATAAATTCTAATTGAATATCCAGCTCCAGAAAC
1 TTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAAC
* * * * * *
17735 GTGAAGAAAAAGATATTTATTTGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCTTGCCTTCAAAAGCTT
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
17800 TATTACTCGCCTT-AAATGTTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
131 TACTACTCACCTTAAAAAG-TTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTT
* * ********
17864 TTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-AAACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAATG-NNNNNNNN
195 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTT-AAGAAACATGAAGAAAAA-GACATCTATC
** * * *
17927 NNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCCAAAGTCC-TATTACTCGCTTTAA-ATGA
258 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAGAT-A
* * *
17990 TTTTGTAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGANNNNNN
321 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTAATAAAACAGA------
18055 NNNNATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATGGACAAGAAAAGTTCCTTTATAG
379 ----ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATGGACAAGAAAAGTTCCTTTATAG
18120 TCATCCATGCCTTCGGAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTCATTTT
440 TCATCCATGCCTTCGGAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTT----------ATAATTCATTTT
* *
18185 AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTCAAAA-ATATTACAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACA
495 AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATT-AAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTC-ATGAAACA
* *
18248 TGAAGGAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTC-ACTCACACCTTCAAAAGCCT
558 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CACACCTTCAAAAGCCT
* * * *
18312 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTAAAAATTTTTTATATTTT
622 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTAAAAATTTTTTATATTTT
* ** * * *
18377 TTATTAAAATAGATTAAAATTAAAAGCCTTTCTCGGGAAACATGAAGAAAACGATATTTATTGGC
687 TTATTAAAACAGATTAAAATTAAAAGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC
* * * * *
18442 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGT-GCCTCCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
752 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAG-CTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * *
18506 GTAATCTCATAATTGCTT
816 ATAACCTCATAATTGATT
* * * * * *
18524 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAGAT
1 TTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAAC
* **
18589 ATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
66 ATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
** *
18654 TACTACTCATTTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
131 TACTACTCACCTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * * *
18719 TTATTGAAACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCTATCGGC
196 TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATCTATCGGC
* *
18784 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAGATATTTTA
261 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGATATTTTA
* **
18849 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTAATAAAACAGAAT
326 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTAATAAAACAGAAT
18904 ATAATTGAAT
Statistics
Matches: 989, Mismatches: 201, Indels: 96
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
843 2 0.00
845 2 0.00
847 1 0.00
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856 3 0.00
861 4 0.00
862 4 0.00
863 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (833 bp):
TTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAAC
ATGAAGAAAAAGATATCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
TACTACTCACCTTAAAAAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATCTATCGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGATATTTTA
TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTAATAAAACAGAATGTCTACCTTG
AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATGGACAAGAAAAGTTCCTTTATAGTCATCCATGCCTTCGG
AAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATT
AAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCAACCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATC
TCATAATTAAATTTAAGTAAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTAAAAGCCT
ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATAG
CTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATT
Found at i:21355 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 20686--22924 Score: 2155
Period size: 340 Copynumber: 6.6 Consensus size: 341
20676 NNNNNNNNNN
* * * * *
20686 TGAAGAAAAAGATATCCAT-T-GATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACGCATAG-GTTCAAAAGC
1 TGAAGAAAAAGATATCCATCTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGC
* * * * *
20748 CTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTATGTT-AAGTTTTTTTTATA
64 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACA
* * * * *
20812 TTTTTT-TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGATATCCAT
126 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * *
20876 TGACAAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCGTTATTACTCGGTTTAAATAA
191 TGCCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
20941 TTTTATAAGCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGGTTATAA
255 TTTTATAACCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * **
21006 TTAAATGTTTACCTTGAGAAACA
319 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
* * **********
21029 TGAAGAAAAAGACATCCATCT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTNNNNNNNNNN
1 TGAAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * ** **
21093 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAGTTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTT
66 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
* * * * * *
21158 TATTAAAACAGAATATTATTGAATGTTTGCCT-TA-AAACACTTGAAGAAAAAGATATCCATTGN
131 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATCCATTGC
********* * * * *
21221 NNNNNNNNNTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCATATTACTCGCTTTAAA-CGTTTT
194 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
21285 ATAACCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATATTTTTACTTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGA
259 ATAACCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
21350 ATGTTTGCCTC--GAAAAA
323 ATGTCTACCTCAAGAAACA
* * * *
21367 TGTAAAGAAAAAGATATCCA-CTAGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCATACTTTCGAAAGC
1 TG--AAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * * * * *
21431 CTTATTAATTAG-TTTAAATGATTTTGTAAGCTCATAGTTGATTTTAAATTGAATATTTTTATAT
64 CTTATT-ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT
* * * ** * *
21495 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATGTACCACGAGAAACGCGAAG-CAAAGGTATCCATT
127 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* **
21559 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
192 GCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* ** * * * * *
21624 TTGTAATTTGATAATTGGGTTTATGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
257 TTATAACCTCATAATT-GATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* *
21689 -AATTGTCTACCTCAAAAAAGA
321 GAA-TGTCTACCTCAAGAAACA
* * *
21710 TGAAG-AAAAGATATCCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
21773 TATTAATCAG-TTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTT
66 TATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
* * * *
21837 TTATTAAAACAGATTCTAATTGAATGTGTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATTGGC
130 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGCC
* * * * * *
21902 AAGAAAAGTCCATGTATAGTTACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTG
195 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
21967 TAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
260 TAACCTCATAATT-GATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
22032 GGTGTACCTCAAGAAACG
324 TGTCTACCTCAAGAAACA
* * * * * * * *
22050 TTAAGAAAAAGATATCCCT-TTGTAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACTCATGTCTTTC-AAAGCC
1 TGAAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCC
* * * * ** *
22113 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCAAAATTGTTTTTAAGTTGGGTTTTTTTACATAT
65 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTT
* * * * * * **
22178 TATATTTAAACAGATT-TCAATTGAATGTATACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATT
129 TTTATTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC-CATT
* * * * * * * **
22241 GCTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCATTCAAAAGCCATATTACTCAATTTAAAT-GAT
192 GCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-T
* * * *
22305 TTTATAACCTCATAATTGATTTTCAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTTACTAAAACATATTATAA
256 TTTATAACCTCATAATTGA-TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
** *
22370 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATA
319 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACA
* * * * * * * *
22393 TGAAGAAAAACATATCTA-CTAGCAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACCCATTCCTTTGGAAGCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
22457 TATT-CATCGCTTTAAATGGTTTTGTTAT-TCATAATTGGTTTTCAGTTGAATTTTTTAACATTT
66 TATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTT
* * * *
22520 TTAATT-AAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTG
129 TTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
22584 CCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTA-TT
193 CCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTT
* * * *
22648 TTATAACCAT-ATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAAT
257 TTATAACC-TCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * *
22711 TAAATGTCTACCTTAAGAAACG
320 TGAATGTCTACCTCAAGAAACA
* * *
22733 TGCAGAAAAAGATATCCAT-TAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * *
22797 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTT
66 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* * *
22862 TTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAATAGATATCCATTG
130 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
22925 G
Statistics
Matches: 1543, Mismatches: 306, Indels: 96
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.00
339 59 0.04
340 567 0.37
341 358 0.23
342 340 0.22
343 208 0.13
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TGAAGAAAAAGATATCCATCTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGCCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
AACCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACCTCAAGAAACA
Done.