Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397410.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_179.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22651
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 6148 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:506 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 175--557 Score: 430
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
165 NNNNNNNNNN
* * * * * *
175 TACTCACTTTAAATA-GTTTTATACTCTCATAATT-CTTTTAAGATTAAATTTTTTTACATTTTT
1 TACTCATTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTAAATGTTTTCACATGTTT
* * * *
238 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTAGCA
65 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAGCATTCACTAGCA
********** ** *
303 AGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACTTATTCCTTCAAAAGCTTTAT
130 AGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
346 TACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAACTGTTTTCACATGTTT
1 TACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATT-AAATGTTTTCACATGTTT
* * * * *
410 TGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTATCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAGCATTCACTGGCA
65 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAGCATTCACTAGCA
* *
475 AGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTGT
130 AGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
518 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
1 TACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
558 GAATTCTTTG
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 33, Indels: 5
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 32 0.18
172 143 0.81
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTAAATGTTTTCACATGTTTT
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAGCATTCACTAGCAA
GAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:1327 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1085--1564 Score: 448
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
1075 NNNNNNNNNG
* * * * * * *
1085 AAGAAAAACACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CACTCATTCCTTT-AAAAGACTT
1 AAGAAAAAGACATTCATTAGTAACAAAAGTCCAATTATAGTAC-CTCACT-CTTTCAAAAGCCTT
*
1148 ATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAACATTGATTTTAATTTGAATTCTTTATACATTTT
64 ATTACTCA-TTTAAATGGCTTTATAATCTCAA-ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTT
** * *
1213 TAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTG
125 TAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATA
* * * * *
1257 GAGAAAAAGGCATTCATTGGTACCAAAAGTCCATTTATAGGTACCT-A-T-TTGATCAAAAGCCT
1 AAGAAAAAGACATTCATTAGTAACAAAAGTCCAATTATA-GTACCTCACTCTT--TCAAAAGCCT
* ** * * **
1319 TTTTACTCATATTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAAGTACAACTTTTTGTACATTT
63 TATTACTCAT-TTAAATGGCTTTATAATCT-CAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTT
* * * * * *
1384 TTAATGAAAATAGATTATAATTTAATGTTTACCTCAAGAAACATA
124 TTAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATA
* * **
1429 AAGAAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAGGTCCAATTATAGTTGCTCACTCTTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGACATTCATTAGTAACAAAAGTCCAATTATAGTACCTCACTCTTTCAAAAGCCTTAT
* * *
1494 TACTTATTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTG
66 TACTCA-TTTAAATGGCTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAG
1559 TTAAAA
128 TTAAAA
1565 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 49, Indels: 29
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
171 23 0.09
172 207 0.84
173 10 0.04
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAAGACATTCATTAGTAACAAAAGTCCAATTATAGTACCTCACTCTTTCAAAAGCCTTAT
TACTCATTTAAATGGCTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTA
AAACACATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATA
Found at i:2995 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2687--3011 Score: 431
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
2677 NNNNNNNNNN
* * *
2687 AAGCCTTATTACACACTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTGA
1 AAGCCTTATTACACACTTTAAATGAGTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTGA
* * *
2752 CATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATCTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTC
66 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTGACTAGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTC
*
2817 ATTAGTAAGAAATGTCTATTTATCGTCACCCATTCCATCAA
131 ATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATCGTCACCCATTCCATCAA
* * ** * *
2858 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTTGAATCTCAAAATTAATTTTGGGTTTAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACACACTTTAAATGAGTTTAT-AATCTCAAAATTAATTTTAAG-TCAA-ATTTTT
* * * * *
2922 TG-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-ACTAGGAGAAACGTGAAGAAAAAGGT
63 TGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTGACTAGG-GAAACATGAAGAAAAAGGT
2985 ATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTAT
127 ATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTAT
3012 AGCAACCCAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 18, Indels: 7
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 43 0.33
172 77 0.58
173 7 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACACACTTTAAATGAGTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTCAAATTTTTTGA
CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTGACTAGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTC
ATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATCGTCACCCATTCCATCAA
Found at i:4141 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3754--4159 Score: 440
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
3744 NNNNNNNNNN
* ** *
3754 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAAAAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
3819 TATGATAATTGATTTTAATTTGAATTATTTAATATTTTTTTGTTAAAACAAATCATAATTAAATG
66 TATCAAAATTGATTTTAATTTGAATTATTTAATAATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAATG
* * ** * *
3884 TCTACCTTGAGAAATGTGATCAAAAGGCATTCATTGGTAAG
131 TCTACCTAGAAAAACATGATAAAAAGGCATTCATTGATAAG
********** *
3925 AAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* ** * * * * *
3990 TCTCAAAATTGATTTTAATTTTCATTATTT-GTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
66 TATCAAAATTGATTTTAATTTGAATTATTTAATA-ATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAAT
*
4054 GTCTACCTAGAAAAACATGA-AAAAAGGCATTCATT-ATCTAG
130 GTCTACCTAGAAAAACATGATAAAAAGGCATTCATTGAT-AAG
* * *
4095 AAAAGTCCATTTATAGTCACGTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
4160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 47, Indels: 5
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 70 0.38
171 115 0.62
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TATCAAAATTGATTTTAATTTGAATTATTTAATAATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAATG
TCTACCTAGAAAAACATGATAAAAAGGCATTCATTGATAAG
Found at i:5630 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5027--6322 Score: 709
Period size: 172 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
5017 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
5027 TTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TTAAAGCATATTATAATTGAATGTTTACCT
1 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* ** * ** * ** * ** *
5091 AGAAAAACACAAAGAAAAAGGCATTCATGGGCTAGAAAAGTCCGTTTATAGTCATCCATTTTTTC
65 AGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGC-AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTGC
* * ** * * * *
5156 AAAAGCATTGTTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTAAAT-A
* * * * ** * * *
5199 TT-ACTTTTAGGTTGAATT-TTTTTACATATGTCATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCT
1 TTGA-TTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
** * * * *
5262 AGAGAAAGGTGAA-AAGAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTGCT-GTCTCCCATTCCT
65 AGAGAAACATGAAGAA-AAAGACATTCATTAGCAA-AAAAGTCTATTT-ATAGTCACCCATTCCT
* * * *********** * *
5325 TCAAAATCTTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCT-CATAA
127 GCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTAAAT-A
* * * * * * * *
5370 TTGATTTCATGTTGAATTA-TTTTACATTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTT
1 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA
* * * **
5433 GAGAAACGTGAAGAAATATACATTCATTAGCAAAAGAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTGCA
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAA-AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTGCA
* * *******
5498 AAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGCTTTATAATNNNNNNN
130 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTAAATA
*** * * * *
5540 NNNATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTTACCTA
1 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA
* * *
5605 GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGATAAGTCTATTTATAAT-AGCCCATTCCTTC
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATTCCTGC
* *
5669 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATACTCTAAATA
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTAAATA
* *
5712 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTT-TGTTAAAACCGATTA-AATTAAATGTCTAGCT
1 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-CC
* * *
5775 TA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACACATTCCT
64 TAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAA-AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCT
** ********** * ** *
5838 TTAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAACA
127 GCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTAAATA
* * * * * * * * *
5883 TTGGTTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTGGGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTA
1 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA
* * * * * * *
5948 GAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTCATTCCAT-C
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TGC
* * * *
6012 AAAAGCCTTTTTAGTCACATTAAAT-GATTTTATAATCTCAAA-A
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-CTTTATAATCT-AAATA
* * *
6055 TTGATTTTAAGTAT-AATT-TTTTGTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGACTAC
1 TTGATTTTAAGT-TCAATTATTTT-TACATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
** * * * * * **
6117 CTCA-AGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTTGCCCATTCC
63 CT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
* * ** *
6181 TTCAGAAGCCTTATTAC-CTGTTTTAAA-AGGCTTTATAATCT-CATAA
126 TGCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATA-GCTTTATAATCTAAAT-A
* * * *
6227 TTGATTTTAATTTCAATT-TTTTTACATTTTCTG-CTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTT-TGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT
* ** * *
6290 TGAGAAAGGTGAACAAAAAGGCATTCATTAGCA
65 AGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCA
6323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 209, Indels: 79
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 111 0.13
171 347 0.40
172 407 0.46
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA
GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTGCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTAAATA
Found at i:6255 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5353--6322 Score: 825
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 342
5343 NNNNNNNNNG
* * * * *
5353 GTTTTATAATCT-CATAATTGATTTCATGTTGAATTA-TTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGACTA
1 GTTTTATAATCTAAAT-ATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * ** * * * ** * * *
5415 TAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAATATACATTCATTAGCAA-AAGAAGTCTATTT
65 -AATTAAATGACTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAAGAA-AAGTCCAATT
** * * * **********
5479 ATAGTCACTTATTCCTGCAAAAGCCTTATT-TCTCACTTTAAATGGCTTTATAATNNNNNNNNNN
128 ATAGTCACACATTCCTTCAAAA-CCTTATTACCTCACTTTAAATAGCTTTATAATCCCAACATTG
* * * * * * *
5543 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTTACCTAGAG
192 ATTTTAATTTCAA-TTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAG
* * * *
5608 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGATAAGTCTATTTATAATAGCCCATTCCTTCAAAA
256 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATAGCCCATTCCATCAAAA
*
5673 GCCTTATTACTCACTTTAAATA
321 GCCTTATTACTCACATTAAATA
* * *
5695 GTTTTATACTCTAAATATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTTGTTAAAACCGATTAA
1 GTTTTATAATCTAAATATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAA
* * * * * *
5760 ATTAAATGTCTAGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATA
66 ATTAAATGACTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATA
* ********** * *
5825 GTCACACATTCCTTTAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAACATTGGTTT
131 GTCACACATTCCTTCAAAACCTTATTACCTCACTTTAAATAGCTTTATAATCCCAACATTGATTT
* * * * *
5890 TAATTTGAATTCTTTGTACATTTTGGGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAT
196 TAATTTCAATT-TTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAC
* * *
5955 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT-A-GGCACTCATTCCATCAAAAGC
260 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATAGC-C-CATTCCATCAAAAGC
* *
6018 CTTTTTAGTCACATTAAAT-
323 CTTATTACTCACATTAAATA
*
6037 GATTTTATAATCTCAAA-ATTGATTTTAAGTAT-AATT-TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATA
1 G-TTTTATAATCT-AAATATTGATTTTAAGT-TCAATTATTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGA
* ** * *
6099 TTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCAA
62 TTA-AATTAAATGACTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCAA
** * * ** *
6164 TTATAGTTGCCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACCT-GTTTTAAA-AGGCTTTATAATCTCATA-
126 TTATAGTCACACATTCCTTCA-AAACCTTATTACCTCACTTTAAATA-GCTTTATAATCCCA-AC
* * * *
6226 ATTGATTTTAATTTCAATTTTTTTACATTTTCTGCTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
188 ATTGATTTTAATTTCAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA
** *
6291 GAGAAAGGTGAACAAAAAGGCATTCATTAGCA
253 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA
6323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 113, Indels: 31
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 37 0.07
343 332 0.67
344 124 0.25
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
GTTTTATAATCTAAATATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAA
ATTAAATGACTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATA
GTCACACATTCCTTCAAAACCTTATTACCTCACTTTAAATAGCTTTATAATCCCAACATTGATTT
TAATTTCAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACA
TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATAGCCCATTCCATCAAAAGCCTT
ATTACTCACATTAAATA
Found at i:6793 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6424--7024 Score: 480
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
6414 NNNNNNNNNN
6424 CTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAGA
1 CTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAGA
** *
6488 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCGTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGAAAACATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAAAAAAAG
*
6553 TCTATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGTCTTATTACTCA
130 TCTATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ********** * *
6595 CTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGGTTTTAGATTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAGAA
1 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAGAA
* * * *
6659 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGATACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAAAAAAGT
66 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGAAAACATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAAAAAAAGT
* * ** *
6724 -TCGTTTATAGTTACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
131 CT-ATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ********** * *
6765 TTTTAAAAGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAGAA
* * * * * * * * *
6830 CAGTTTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAAGC-TAAACAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAA
66 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-G-GAAAACATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAAAAAAA
* * * * * * * *
6893 GTCCATTTATAGTCATCTATTCTTTTAAAAGCCTTCTTACTCA
129 GTCTATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
6936 CTTTAAATGATTTTATAATCTCGA-AATTGATTATA-AGTTAAATTTTTTTTATACTT-TTAGTT
1 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAGA-TTGAA-TTTTTTTACA-TTGTTGGTT
* * *
6998 AAAATAGTTTATAATTGAATGTCTGCC
62 AGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
7025 TTGAGAAATA
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 89, Indels: 19
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 133 0.40
171 153 0.46
172 42 0.13
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAGAA
CAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGAAAACATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAAAAAAAGT
CTATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:7490 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 7208--7523 Score: 375
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
7198 ACAATTTTTG
* * * * * *
7208 TTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGCAACATGAAGAAAAAAGCATTGCATGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTGCATGGTAAC
* * *
7273 AAAAGTCGATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTCTTACTCACTTTGAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCGATTTATAGCCACCCATTCCATCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
7338 TCTCAAAATTGATTTTAATTTGTATTNNNNNNNNNNTTTTAA
131 TCTCAAAATTGATTTTAATTTGTATT----------TTTTAA
* *
7380 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-CCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT-CATTGGTAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTGCA-TGGTAA
* * * * *
7443 CAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCTTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
65 CAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATTCCATCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
7508 ATCTCAAAATTGATTT
130 ATCTCAAAATTGATTT
7524 CAAGTACAGT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 16, Indels: 3
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 101 0.80
172 24 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (162 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTGCATGGTAAC
AAAAGTCGATTTATAGCCACCCATTCCATCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAATTTGTATTTTTTAA
Found at i:9376 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8573--10661 Score: 944
Period size: 342 Copynumber: 6.2 Consensus size: 338
8563 NNNNNNNTTG
* *
8573 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGA-AAACGACATTCATTAGC
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-ACAAACATGAAGAGAAACG-CATTCATTAG-
* ** * * ** * *
8636 CA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAATCTTATTACTC-GTTTCAAAAGGTTT
63 CAGGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTT
* ******** * * * * *
8699 TATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAACCAGATTATACTT
127 TATTATCT--TAAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * *
8763 GAATG-TCTACC-TCGGGAAAGGTGAACCAAAAGGCATTCATTGGTAAA-AAAAGTTTATTTTAA
190 GAATGCT-TGCCAT--GAAAATGTGTA-GAAAAGCCATTCATTTG-AAAGAAAAGTCTA-TTT-A
* * * **********
8825 TA-AC-CT-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNN
248 TAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA
* *
8887 TTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTA
313 TTTAAGTT-AATT-TTTCTACATTTTTA
** * * * * * *
8915 GTTAAAGTAGATTATAATTGAGTGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTC
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-ACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAG-C
********** * * * *
8979 A-GAAAAGTCTANNNNNNNNNNCCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACGCGCTTTAAATGGTTTTA
64 AGGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
9043 TAATTTTAGAATTACTTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGA
129 TTATCTTA-AATTA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
9108 ATGTTTGCCGTAGAAAATGTGTAGAATAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTGTATTTATAGTCTC
192 ATGCTTGCCAT-GAAAATGTGTAGAA-AAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
* * * *
9173 TCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
255 TCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGT
* * *
9238 TAAATTTTGTACATTTTTG
320 TAATTTTTCTACATTTTTA
*
9257 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAATGCATTCATTAGCAG
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAG
* * **********
9322 GAAAAGTCTATTTATAGTTTCTTATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
66 GAAAAGTCTATTTATAGTTGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
* ** * *
9387 ATCTCAAAGTTGATGATAAGTTCAATTTTTTTTTACACTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTAAA
131 ATCTTAAA-TT-ATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * **** *
9451 TGCTTATCTTGGAAAATGTGTTGAGAAAGCCATTCATTTCTTTGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
193 TGCTTGCCAT-GAAAATGTGTAGA-AAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT
* ********** *
9516 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGAAGTTAAGTT
256 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT
9581 GAATTTTTCTACATTTTTA
321 -AATTTTTCTACATTTTTA
* * * * * * *
9600 GTTAAAACAAAGTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTGGCAN
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAG
********* *
9665 NNNNNNNNNATTTATAGTTGCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
66 GAAAAGTCTATTTATAGTTGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
* * * *
9730 ATCTTAAAATTAATTTTGAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATTGAAT
131 ATCTT-AAATT-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * *
9795 GCCTGCCATGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAAAAAAGTCTATTTGT-GATCTC
194 GCTTGCCATG-AAAATGTGTAG-AAAAGCCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCTATTTATAG-TCTC
* * * * *
9858 TCATT-CTTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATTATCTCATAATTGACTTTAAG
255 TCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAG
*
9922 TTTAATTTTTTTTTACATTTTTA
319 -TTAA--TTTTTCTACATTTTTA
** * * * * ********** * *
9945 GTT-AAACAGGTTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACTTGAANNNNNNNNNNTTCACTAGCAA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAG
* * * * *
10009 GAAAAGTTTATTTTTA-AT-CATCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTCAAA-------A
66 GAAAAGTCTATTTATAGTTGC-T-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
10065 -T-TC--------CTTT-AG---AA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAACTT-AA
129 TTATCTTAAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA-TTGAA
* ** * ** * * *
10114 TG-TCTACCATGAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATCATCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCA
193 TGCT-TGCCATG-AAAATGTGTAG-AAAAGCCATTCAT-TTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-
* * * *
10177 TCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTC-CTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
253 TCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
* * *
10240 AGATGAATCGTTT-TACATTTTTG
317 AG-TTAAT-TTTTCTACATTTTTA
* * ** * * * * * * *
10263 GCTAAAACGGTTTATATTTGAGTGTCTACC-TATAGAAACATGAAGAGAAATGTATTCATTGGTA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-ACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCA
** * *
10327 GGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATTCCATCAAAA-CCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA
65 GGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
10390 TAATCTCACAATTGGTTTTATA-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTG
129 TTATCTTA-AATT-ATTTTA-AGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** ** ** ********** *
10453 AATG-TCTACCATGGGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTC
191 AATGCT-TGCCAT-GAAAATGTGTAG-AAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* ** ** * *
10517 ATC-CATTGCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAAAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTA
253 -TCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
*
10581 AGTTAATTTTT-TAACATTTCT-
317 AGTTAATTTTTCT-ACATTTTTA
* * * * * * *
10602 GCTTAAAACAAACTATAATTGAACGTCTACCTTGAGAAATACGAAGAGACACGCATTCAT
1 G-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCAT
10662 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1323, Mismatches: 346, Indels: 158
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
318 31 0.02
319 66 0.05
320 126 0.10
321 14 0.01
322 2 0.00
324 2 0.00
325 4 0.00
327 2 0.00
335 2 0.00
336 1 0.00
337 4 0.00
339 6 0.00
340 55 0.04
341 147 0.11
342 379 0.29
343 332 0.25
344 132 0.10
345 18 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAG
GAAAAGTCTATTTATAGTTGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
ATCTTAAATTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGC
TTGCCATGAAAATGTGTAGAAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTC
CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAATTT
TTCTACATTTTTA
Found at i:9825 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 9002--9950 Score: 846
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
8992 NNNNNNNNCC
* * * * * * *
9002 CATTCCTTCAAAAGCCTGATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTAGAATTACTTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTAATTTTAAGTT
* * * * * * *
9067 GAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCGT-AGAAAATGTGTA
66 CAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGA-ATTATAATTGAATGCTTGCCATGA-AAAATGTGTA
* * ** *
9131 GAATAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTGTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCTTTATTA
129 GAAAAAGCCATTCATTTCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
** * *
9196 CTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTACATTTTTGGTTA
194 CTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGAAGTTAAGTTAAATTTTCTACATTTTTAGTTA
* * *
9261 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAATGCATTCATTAGCAGGAAA
259 AAACAAACTATAATTGAATATCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAGGAAA
*
9326 AGTCTATTTATAGTTTCT
324 AGTCTATTTATAGTTGCT
* ********** * * * **
9344 TATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAGTTGATGATAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTAATTTTAAGTT
* * ** * * *
9409 CAATTTTTTTTTACACTTTTAGTTAAACAG-ATTATAATTAAATGCTTATCTTGGAAAATGTGTT
66 CAA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-AGAATTATAATTGAATGCTTGCCATGAAAAATGTGTA
* *** *
9473 GAGAAAGCCATTCATTTCTTTGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTA
129 GAAAAAGCCATTCATTTCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* ********** *
9538 CTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGAAGTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTT
194 CTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGAAGTTAAGTT-AAATTTTCTACATTTTTAGTT
* * * * ****
9603 AAAACAAAGTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTGGCANNNN
258 AAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAGGAA
******
9668 NNNNNNATTTATAGTTGCT
323 AAGTCTATTTATAGTTGCT
* *
9687 CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTAATTTTGAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTAATTTTAAGTT
* * **
9752 CAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATTGAATGCCTGCCATGAAAAACATGTAG
66 CAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGA-ATTATAATTGAATGCTTGCCATGAAAAATGTGTAG
* * * * *
9817 AAAAAGCCATTCA-TTGAGAAAAAAAGTCTATTTGT-GATCTCTCATT-CTTTCAAAATCCTTAT
130 AAAAAGCCATTCATTTCA-AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCTCTCATTCCTTT-AAAAGCCTTAT
* * * * * ** * *
9879 TACTCACTTTCAATGGTTTTATTATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTTT
192 TACTCGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGAAGTTAAG-TTAA--ATTTTCTACATTTTT
9944 AGTTAAA
254 AGTTAAA
9951 CAGGTTATAA
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 135, Indels: 21
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 181 0.39
343 253 0.55
344 3 0.01
345 21 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (341 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTAATTTTAAGTT
CAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAATTATAATTGAATGCTTGCCATGAAAAATGTGTAGA
AAAAGCCATTCATTTCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
CGCTCTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGAAGTTAAGTTAAATTTTCTACATTTTTAGTTAAA
ACAAACTATAATTGAATATCTACCTTAACAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAGCAGGAAAAG
TCTATTTATAGTTGCT
Found at i:10473 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10073--10640 Score: 497
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
10063 AATTCCTTTA
* * *
10073 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAACTT-AATGTCTACCATGAAAAACATGAAG
1 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAA-TTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAG
* * * *
10137 AAAAAGATATTCATCATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTCTTAC
65 AAAAAG-TATTCATCATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCATCAAAAGCCTTATTAC
* *
10202 TCCTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAT
129 TACTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGAT
** * * * * * *
10244 GAATCGTTTTACATTTTTGGCTAAAACGGTTTATATTTGAGTGTCTACCTAT-AGAAACATGAAG
1 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-ATGAGAAACATGAAG
* ** ** *
10308 AGAAATGTATTCATTGGT-AGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCATCAAAA-CCTTATTA
65 A-AAAAGTATTCA-TCATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCATCAAAAGCCTTATTA
* * *
10371 CTAAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGGTTTTATA-TT
128 CT-ACTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTA-AGAT
* * *
10414 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCATGGGAAACATAAAGA
1 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGA
********** * * *
10479 AAAAGGTATTCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTGCTTTAAAAGCCTTATTAC
66 AAAA-GTATTCATCATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATTCCATCAAAAGCCTTATTAC
* * *
10543 T-CATTTTAAAAAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAG-T
129 TAC-TTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGAT
* * * * * * * * *
10584 TAATTTTTTAACATTTCTGCTTAAAACAAACTATAATTGAACGTCTACCTTGAGAAA
1 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAA
10641 TACGAAGAGA
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 65, Indels: 29
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 176 0.55
171 128 0.40
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGA
AAAAGTATTCATCATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCATCAAAAGCCTTATTACTA
CTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGAT
Found at i:17577 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17289--17784 Score: 468
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
17279 NNNNNNNNAT
* * * *
17289 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGACCT
* * * ** * *
17354 CAAGAAAC-TTATAGAGAAATC-TATAT-ATTGGCAACAAAAGTCTC-TTTATAGTCATTCATTC
66 CAAGAAACATGA-AGA-AAAACGCAT-TCATTAAC-AGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATTC
* * *
17415 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTCTTAA
126 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* ** * *
17460 AATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGCTTG-
1 AATTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-TCGA
* *** * ** *
17524 CTTTGGGAAACGTGTTGAAAAA-GCCATTCATTTGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-T
63 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAACG-CATTCA-TT-AACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * ** **
17586 CCTTTTAAAAGCCTTGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGT
125 CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* **
17633 AATTGCTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGACCT
1 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGACCT
* *
17698 CAAGAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAACGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
66 CAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
17763 AAAAGCCTTATTACTCACTTTA
130 AAAAGCCTTATTACTCACTTTA
17785 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 54, Indels: 32
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 4 0.02
171 116 0.45
172 14 0.05
173 115 0.45
174 4 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGACCT
CAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
Found at i:17747 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17287--17784 Score: 486
Period size: 173 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
17277 NNNNNNNNNN
* * * *
17287 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGAC
* * ** * * *
17352 CTCAAGAAACTTATAGAGAAATC-TATAT-ATTGGCAACAAAAGTCTCTTTATAGTCATTCATTC
66 CTCAAGAAACTGA-AGAGAAA-CGCAT-TCATTAAC-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTC
* * *
17415 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTCTT
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * *
17458 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGCTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-TC
* *** ** * * *
17523 G-CTTTGGGAAACGTGTTGA-AAAAGCCATTCATTTGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
63 GACCTCAAGAAAC-TGAAGAGAAACG-CATTCA-TT-AACAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * **
17585 -TCCTTTTAAAAGCCTTGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
124 TTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * **
17631 GTAATTGCTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGAC
17696 CTCAAGAAACATGAAGAGAAACGCATTCATTAACGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCT
66 CTCAAGAAAC-TGAAGAGAAACGCATTCATTAAC-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCT
17761 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
17785 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 57, Indels: 30
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 4 0.02
171 114 0.45
172 16 0.06
173 115 0.45
174 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCGAC
CTCAAGAAACTGAAGAGAAACGCATTCATTAACAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
Found at i:18401 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17921--19316 Score: 1103
Period size: 170 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
17911 NNNNNNNNNN
* * * * *
17921 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
17986 TGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAGAAA-TCTATTCATTGGCAACAAAAGTCTCTTTATAGTCAT
65 TGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAA
* * * *
18050 TCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
129 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
18092 TAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAACTCTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTG
* * * * *
18157 AATGTCTACCTTGAA-AAA-GATGAAGAAGAAGGCATTCAATTG-CAAGAAAAGTCCATTTGTAG
63 AATGTCTAGC-TCAAGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * *
18219 TCACCCATTCCTTTATAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
125 TCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
18265 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTATTTTGACATTTTT-GTTAAATAGATTATAATAGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAA
* * *
18329 TGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTAGAGTCAAC
65 TGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAAC
*
18394 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
130 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
18435 T-ATCTCATAATTGCTTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAGCAGATTATAGTTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAA-CAGATTATAATTGA
* * * * * * *
18498 ATGTCTAACTTAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATT-AGTAAGAAAAATTTATTTATAGTC-
64 ATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * *
18561 ACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAACGATTTTA
128 ACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
18605 TAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAATTTCTTTTACATTTTTAATTAGAACATATTATAACTT-
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTA-AACAGATTATAA-TTG
* ** * *
18669 AATGTCT-GC-CATGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCA-TCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
63 AATGTCTAGCTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * *
18731 TCACCCATTTCTTCGAAAGCCTTATTAGTCACTTT-AATGGTTTTA
125 TCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
18776 TAGTCTCGTAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAACTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA-AACAGATTATAATTGA
*** * * * * *
18840 ATGTCT-GCATTGGGAAACATGAACAAAAATGGTATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGT-
64 ATGTCTAGC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
18903 AGTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGATTTCA
127 A-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
18948 TACTCTCATAATTGATTTT-AGATTG-ATTTTTTTAACATTTTTAGTCAGAATAGATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTA-AACAGATTATAATTG
** * * * *
19011 AATGT-TTTC-CATGGGAAACATGAAGAAAAAGG----CATTGGCAAGAAAA-ACTCATTTATAG
63 AATGTCTAGCTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
** *
19069 TC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTA
125 TCAACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
***************** * *
19115 TAATCTCATAANNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAA
* * * *
19180 TGTCTACCT-AGAGAAACCTTAAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAAG-AAAGT-TCATTTATAGTC
65 TGTCTAGCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
* * *
19242 ATA-CATTCCCTT-AAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
127 A-ACCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
19286 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
19317 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 112 0.11
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174 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:18808 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 17921--19316 Score: 1165
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 338
17911 NNNNNNNNNN
* * * * * *
17921 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAA
* * * ** *
17986 TGTCTACC-TCAAGAAACCTGAAGAGAAATCTATTCATTGGCAACAAAAGTCTC-TTTATAGTCA
66 TGTCTGCCATGAA-AAACGTGAAGA-AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCA
** * * * *
18049 TTCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAG
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAA-
* * * *
18114 TTCAACTCTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAA-G
193 TTGAA-T-TTTTTTATATTTTTTA-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTT-AAGAAACG
* * * * *
18176 ATGAAGAAGAAGGCATTCAATTGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTATAAGCCT
253 -TGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
18241 TATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
315 TATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
18265 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTATTTTGACATTTTT-GTTA-AATAGATTATAATAGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
18328 ATGTCTAGCTCA--AGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCT-ATTTAGAGT
65 ATGTCT-GC-CATGAAAAACGTGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGT
* * *
18390 CAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATA-TCTCATAATTGCTTTTA
127 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTT-
* *
18454 AATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTAACTTAAGAAACGTA
191 AATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAACGTG
* * * * *
18519 AAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTAT
255 AAGAAAAAGGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
18584 TACTCGCTTTCAACGATTTTA
318 TACTCACTTTAAATGATTTTA
* * * *
18605 TAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAATTTCTTTTACATTTTTAATTAGAACATATTATAACTT-
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAA-TTG
**
18669 AATGTCTGCCATGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTC
64 AATGTCTGCCATGAAAAACGTGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTC
* * * *
18733 ACCCATTTCTTCGAAAGCCTTATTAGTCACTTT-AATGGTTTTATAGTCTCGTAATTGATTTTAG
128 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTA-
** * * * ** *
18797 ATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAACTGAATGTCT-GCATTGGGAAACATG
192 ATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA-AACAGATTATAATTGAATGTCTAAC-TTAAGAAACGTG
* * *
18861 AACAAAAATGGTATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGT-AGTCCATTCCTTCAAAAGCCTT
255 AAGAAAAA-GGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--CCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
18925 ATTACTCACTTTGAATGATTTCA
316 ATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * *
18948 TACTCTCATAATTGATTTT-AGATTG-ATTTTTTTAACATTTTTAGTCAGAATAGATTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTG
* * ** * * *
19011 AATGTTTTCCATGGGAAACATGAAGAAAAAG---GCATTGGCAAGAAAA-ACTCATTTATAGTCA
64 AATGTCTGCCATGAAAAACGTGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCA
* ** * * **********
19072 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNN
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAA-TTGATTTTAA
****** * * * * * *
19137 NNNNNNTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAACCTT
193 TTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTA-AGAAACGTG
*
19200 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAAG-AAAGT-TCATTTATAGTCATACATTCCCTT-AAAAGCCT
255 AAGAAAAAGGCATTCATT-G-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-CCATT-CCTTCAAAAGCCT
* * * *
19262 AATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
315 TATTACTCACTTTAAATGATTTTA
19286 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
19317 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 160, Indels: 92
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 137 0.16
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345 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAA
TGTCTGCCATGAAAAACGTGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAATTG
AATTTTTTTATATTTTTTATTAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAACGTGAAGAAA
AAGGCATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGATTTTA
Found at i:18892 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 17923--19125 Score: 1281
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 509
17913 NNNNNNNNTA
* * ** * *
17923 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
17988 TCTACCTCAAGAAACCTGAAGAGAAATCTATTCATTGGCAACAAAAGTCTCTTTATAGTCATTCA
65 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCA-CCA
* * * * * * *
18053 TTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTCA
* *
18118 ACTCTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGATGAAGA
192 ACTCTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCATGAAAAAGATGAAGA
* * * * * *
18183 AGAAGGCATTCAATTGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTATAAGCCTTATTATT
257 AAAAGACATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGATAAGCCTTATTAGT
*
18248 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTATTTTGACATTTTTGTTAA
322 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTGACATTTTTGTTAA
* * ** *
18313 ATAGATTATAATAGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAG
387 ACAAATTATAATAGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAG
* *
18378 TCTATTTAGAGTCA-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAT
452 TCTATTTAGAGT-AGACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTCAT
* *
18436 ATCTCATAATTGCTTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTATAGTTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA-CAGATTATAATTGAATG
* * * * *
18501 TCTAACTTAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCACCAA
65 TCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACC-A
* * * * *
18566 TTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGA
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTCA
* *
18631 A-T-TTCTTTTACATTTTTAATTAGAACA-TATTATAACTT-AATGTCTGCCATGAAAAACG-TG
192 ACTCTT-TTTTACATTTTTAATTAAAACAGT-TTATAA-TTGAATGTCTACCATGAAAAA-GATG
* *
18691 AAGAAAAAGATATTC-ATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCGA-AAGCCTT
253 AAGAAAAAGACATTCAAT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-GATAAGCCTT
* ** * * *
18754 ATTAGTCACTTT-AATGGTTTTATAGTCTCGTAATTGATTTT-AGATTGAATT-TTTTTATATTT
316 ATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG-TTGAATTATTTTGACATTT
*** *
18816 TTGGTTAGAACAAATTATAACT-GAATGTCT-GCATTGGGAAACATGAACAAAAATGGTATTCAT
380 TT-GTTA-AACAAATTATAA-TAGAATGTCTAGC-TCAAGAAACATGAACAAAAA-GGCATTCAT
* ** * * * *
18879 TGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTAGTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGAT
440 TGACAAAAAAAGTCTATTTAGAGTAGACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGAT
18944 TTCAT
505 TTCAT
* * * *
18949 ACTCTCATAATTGATTTTAGATTG-ATTTTTTTA-ACATTTTTAGTCAGAATAGATTATAATTGA
1 A-TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTTA-TTA-AACAGATTATAATTGA
* * * ** * * *
19012 ATGTTTTCCATGGGAAACATGAAGAAAAAG---GCATTGGCAAGAAAAACTCATTTATAGTCACC
62 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACC
*
19074 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAA
127 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GTTTTATAATCTCATAA
19126 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 93, Indels: 47
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 85 0.15
511 43 0.07
512 146 0.25
513 244 0.42
514 55 0.10
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAACAGATTATAATTGAATGT
CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTCAACTC
TTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCATGAAAAAGATGAAGAAAAA
GACATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGATAAGCCTTATTAGTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTGACATTTTTGTTAAACAA
ATTATAATAGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTA
TTTAGAGTAGACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTCAT
Found at i:21598 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 20468--22651 Score: 1030
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 168
20458 GAATTCTATG
* * * * * * * ** * *
20468 TACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAGACAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAA-AAAAAGGCAT
* * * * * * **
20533 TCATTGGCTAAAAAAAATTCATTTACAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAA
65 TCATTGG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * *
20598 ACGATTTTATAATTTTACAATTGCTTTAAAGTTGAATTTTTT
127 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** * * * * *
20640 TACATTTTTTA-TTAAAATAGACTACAATTGGATGCT-TGCC-TCAGGAAACGTATAGAAAAA-T
1 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-TGTACCTTGA-GAAATGT-TAAAAAAAGG
** * * *
20701 CTATTCATTTCAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTCATTACTCACTT
62 C-ATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
20766 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTT
124 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * * * **
20811 TAAATTTTT-GATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCCTGAGAAATGTAAAGAAAAACACA
1 TACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAA-AAAAAGGCA
* * * * * ****
20875 TCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNN
64 TTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
****** * *
20940 NNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTGTTT
127 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTT
** * * * * * * * * * * *
20982 TGTATTTTTTGTTAGAATAGACTATAGTTGATTGTTTACCCT-AGAAAATATGAAGAAAAAGGTA
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAG-AAATGTTAA-AAAAAGGCA
* * * **********
21046 TTCGTTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATT-CTATCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTA
64 TTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
21110 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTT-AGATTGAATATTGT
126 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTT
** * * * * * * ** * ***
21153 TACATTTTTCA-TTAGTACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGAAAAACATGAAAAAAAAATAT
1 TACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAAAAAAAGGCAT
* * * * *
21217 TCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC-CTTTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAA
65 TCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
21281 AAGATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
127 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
********** * * * * * *
21324 TACANNNNNNNNNNAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTGAGTAAGGTGAACAAAAAGGCAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAA-AAAAAGGCAT
* * * * * *
21389 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTTACTTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTAAAA
65 TCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATA-GTCCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
21454 TGGTTTTAAAATCTCA-AGATTGATTTTAATTTGAATTCTTTG
128 TGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
* * * * *
21496 TACATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTAAATGTTTA-GTTGGAGAAATATTAAAAAAAGGCAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTT-GAGAAATGTTAAAAAAAGGCAT
* * * * * *
21560 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCCGCTATTCCTTCAAAAGCATGATTATTCGCTTTAAA
65 TCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
21625 TGATTTTATAATTTTATAATTGCTTTGAAGTTGAATTTTTT
128 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
21666 TACATTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGCT-TACCTCGGGAAATGTGTAAAAAAAGTCA
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-TGTACCTTGAGAAATGT-TAAAAAAAGGCA
* *
21729 TTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAA
64 TTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
********** *
21794 NNNNNNNNNNAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
127 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * *
21836 TTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACTTTGAGAAACGTGAAGATAAATGCAT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAA-AAAAAGGCAT
* * * *
21901 TCATTGGTAGAAAAAGTCTATTTATAGTAACC-CATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAA
65 TCATTGGAAG-AAAAGTCCATTTATAGT--CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
21965 ATGGTTTTCTTATCTCAAAATTGATGTTAAGTTCAATTTTTTTT
127 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTT
* * * * * *
22009 TGA-ATTTCTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTT-AGAAACGTGTAGAAAAA-GC
1 T-ACATTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGT-TAAAAAAAGGC
* * * * * *
22070 TATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTGCTTTAAAAGCTTTATTACCCGCTTT
63 -ATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
22135 AAATAGTTTCATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAACTTTTT
125 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
22179 TACATTTTTAGTTAAAACAGAC-AGTAATTAAATATCTACCTTGAGAAATATGAAGAGAAATGCA
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTA-TAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAA-AAAAAGGCA
** * *********
22243 TTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNN
64 TTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
22308 NTAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTT
127 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT
* ********** * * ** * *
22351 TACATTTTTGGTTAAAACANNNNNNNNNNAAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCATT
1 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAAAAAAAGGCATT
* * * * **********
22416 CATTGGCAAGAAAACTTCATTTATAATCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCACTTTAAAT
66 CATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
22481 GGTTTTATACTATCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTT
129 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
** * * * * ** *
22522 TACATTTTTTA-TTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCA
1 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAA-AAAAAGGCA
* * * *
22586 TTCATTGGCTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTA
64 TTCATTGG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
22650 AA
126 AA
Statistics
Matches: 1508, Mismatches: 431, Indels: 146
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.02
170 246 0.16
171 800 0.53
172 370 0.25
173 57 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAATGTTAAAAAAAGGCATT
CATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
Found at i:21774 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 20457--22298 Score: 1274
Period size: 513 Copynumber: 3.6 Consensus size: 508
20447 NNNNNNNNNA
* *
20457 TGAATTCTATGTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGAAAAACATGAA
1 TGAATTCTTTGTACATTTTTAGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAG-AAAATATGAA
* * * * * *
20522 GAAAAAGACATTCATTGGCTAAAAAAAATTCATTTACAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTCATT
64 GAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTCATT
* * *
20587 ACTTGCTTTAAACGATTTTATAATTTTACAATTGCTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT
127 A-TTGCTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGCTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * * * *
20652 TAAAATAGACTACAATTGGATGCTTGCCTCAGGAAACGTATAGAAAAATCTATTCATTTCAAAGA
190 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTGTAAAAAAATC-ATTCATTTGAAAGA
* * * * * *
20717 AAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATT
254 AAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATATT
* * *
20782 CTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTC
319 CTCATAATTAATGTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTAAATGTC
* * * *
20847 TGCCCTGAGAAATGTAAAGAAAAACACATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATAACTCATT
384 TACCCTGAGAAAGGTAAACAAAAACACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACTCATT
********** *
20912 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTACAT
449 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTACAT
* * * * *
20972 TGAATTGTTTTGT--ATTTTTTGTTAGAATAGACTATAGTTGATTGTTTACCCTAGAAAATATGA
1 TGAATT-CTTTGTACATTTTTAGTTA-AATAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTAGAAAATATGA
* * * * **
21035 AGAAAAAGGTATTCGTTGGTAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCATT-CTATCAAAAGCCNNN
63 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC-CCTATTCCT-TCAAAAGCC-TC
******* * * * * *
21098 NNNNNNNCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGATTGAATATTGTTACATTTTT
124 ATTATTGCTTTAAATGA-TTTTATAATTTTATAATTGCTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTT
** * ** * *
21162 CATTAGTACAGATTATAATTGAATG-TCTGCCAT-GAAAAACATGAAAAAAAAAT-ATTCA-TTG
187 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCC-TCGGGAAACGTG-TAAAAAAATCATTCATTTG
* * * * *
21223 TTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-C-CTTTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAAAGAT
249 -AAAGAAAAGTCCATTTATA-TT-CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGAT
* * ********** * **
21286 TTTATAATT-TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACANNNNNNNNNNAAACAGATTATA
311 TTTAT-ATTCTCATAATTAATGTTAAGTTAAA-TTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAAACAATA
* * * * ** * **
21350 ATTAAATGTCTATCTTGAGTAAGGTGAACAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
374 ATTAAATGTCTACCCTGAGAAAGGTAAACAAAAACACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
21415 TTTACTTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCA-AGATTGATT
439 ATAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATA-ATTGATT
21479 TTA-ATT
503 TTACA-T
* * ** * *
21485 TGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAACCAGATTATAATTAAATGTTTAGTTGGAGAAATATTAA
1 TGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGA-AAATATGAA
* *
21550 -AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCCGCTATTCCTTCAAAAGCATGATTA
64 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCC-CTATTCCTTCAAAAGCCTCATTA
21614 TTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGCTTTGAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATT
128 TT-GCTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGCTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
* * * *
21678 AAAACAAACTATAATTGAATGCTTACCTCGGGAAATGTGTAAAAAAAGTCATTCATTTGGAAGAA
191 AAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTGTAAAAAAA-TCATTCATTTGAAAGAA
* ********** *
21743 AAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAANNNNNNNNNNAATC
255 AAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATATTC
* ** * * * *
21808 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTGT
320 TCATAATTAATGTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTAAATGTCT
** * * * * ** * ** * * *
21873 ACTTTGAGAAACGTGAAGATAAATGCATTCATTG-GTAGAAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATT
385 ACCCTGAGAAAGGTAAACAAAAACACATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAATAACTCATT
* * * *** * *
21937 CCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTTATCTCAAAATTGATGTTA-AGT
449 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTACA-T
* * * * * **
21997 TCAATTTTTTTTTGA-ATTTCTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTTAG-AAACGT
1 TGAA-TTCTTTGT-ACATTT-TTAGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TAGAAAATAT
* * * * * * * * *
22059 GTAGAAAAA-GCTATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTGCTTTAAAAGCTTT
61 GAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTC
** * * * * * *
22123 ATTACCCGCTTTAAAT-AGTTTCATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTT
124 ATTA-TTGCTTTAAATGA-TTTTATAATTTTATAATTG-CTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * ** *
22187 T-AGTTAAAACAGAC-AGTAATTAAAT-ATCTACCTTGAGAAATATG-AAGAGAAATGCATTCAT
186 TCA-TTAAAACAGACTA-TAATTGAATGCT-TGCCTCGGGAAACGTGTAA-AAAAAT-CATTCAT
* * ** *
22248 TGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCAT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
246 TTGAAAGAAAAGTCCATTTATATTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
22299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1029, Mismatches: 241, Indels: 115
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
511 13 0.01
512 270 0.26
513 523 0.51
514 207 0.20
515 12 0.01
516 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGAAAATATGAAGA
AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCCCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTATTG
CTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGCTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
AGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGGGAAACGTGTAAAAAAATCATTCATTTGAAAGAAAAGTCC
ATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATATTCTCATAA
TTAATGTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTAAATGTCTACCCTG
AGAAAGGTAAACAAAAACACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTACAT
Done.