Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398824.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2108.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4120
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.32
Warning! 193 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:844 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--2059 Score: 1740
Period size: 170 Copynumber: 12.1 Consensus size: 168
* *
1 TGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTGCACGTTTC-C
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* ** * *
65 TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAGACAATTTTAAAAAATTTAACTTTAAATCAA
66 -AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATA-A-AAAATAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAA
* *
130 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTC
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
172 TGAAGGCATAGGTGACAATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCATATTTT-GT-ACATTTC
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-T-TTTTCTTCACGTTTC
* * ** * * *
235 T-AGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTGACCAAAAATAAAAAAAAT-ATCTTCAAGTCAA
64 TCA-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAA
** * ** * *
298 TTATTTGCTTATAAAGGCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * *
340 TAAAGGCATAGGTGACTATAAGTTGACTTTTTCATGCGAATAAATATCTTTTTATTCACATTTCC
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * *
405 CAAGGTAGACATTCAATTATAGT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTCAAATCA
65 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA--T-AAAAAAATTCAACTT-AAATCA
* * *
469 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT
126 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
512 CGAAGGCAT-GAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTGCTTGACGTTTCC
1 TGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * *
576 CAAGGTAGACATTTAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAATAAATAAATTCAACTTTAAATC
65 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT--A-AAA-AAATTCAAC-TTAAATC
* * *
641 AATTATAAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
125 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * * *
685 TGAATTCATGGGTGATTATAAATGTACTTTTGTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTACTC
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * ** *
750 GAGGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAAAACTGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATT
66 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATT
* *
815 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACACGGCTTT
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * *
855 TGAAGGCATAGGTGATTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAATATATTTTTCTACATGTTT-TC
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * *
919 GAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAT
66 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAAT
** * *** *
984 TATGAGATTATAAAAATAATTAAAATAAATAATAAGGCTTT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * ** * * * **
1025 CCAGGGCATAGGTGAGTATAAATGGATTTTTCTCACCAATGAATGGCTTTTTTTTTTATATTTCT
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTCACGTTTCT
** * * * * * *
1090 TGAGGTAGACATTCAATTGTAATATCTTTTGATCAAAAATGAAAAAAA--AAACTTCAAGTCAAT
65 CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAAT
* *
1153 TATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** * * * *
1194 TAAAGGTATAGGTGATTATAAGTTAACTTTTTCATACCAATGAATATCTTTTTATTCACGTTT-T
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT
* *
1258 CCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAACGTTAAACTTCAAATCA
65 -CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAA--TTCAACTT-AAATCA
** * * * *
1323 ATTATGAGATTATAAAAATAATTAAAACGAGCAATAAGGCTTC
126 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
1366 CAAAAGTATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTAT-TTACATGTTTC
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTT-TCTT-CACGTTTC
* * * * * *
1430 TCAAGGT-GAATATTTAATTATAATTTGTTTTAATAAAAATGTAAAAACATTCAACTTGAAATCA
64 TCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTT-AAATCA
* * ** *
1494 ATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGAAAGTAATAGGGCTTT
126 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *** *
1537 CGAAGACATGGGTGAATACAAATGAAC-TTTCTTAATAATGAATGGCATTTTT-TTCACGTTTCT
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTCACGTTTCT
* * *
1600 TAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGA-TTTAACT----AA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
65 CAAGGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAA-TAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAA
*
1659 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
1701 TGAAAGCGTAGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTCCCAATGAATA-TTGTTTTCTTCACGTTTCA
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT-TTTTCTTCACGTTTC-
* *
1765 T-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAA
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAA
* * * *
1829 TTATGAGATTATTAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1871 TGAAAGC-TTGAGTGACTATAAAT-TAGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTC
1 TGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * * * * * *
1934 TCGAGGTAGACATTTAATTGTTATCTGTTTCAATCAAAAAT-AAAAAATTTAACTTAAAGTAAAT
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAAT
* * *
1998 TATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTACTAAGGCTTT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
2039 TGAAGGCATAGGTGACTATAA
1 TGAAGGCATAGGTGACTATAA
2060 CGATCTATTC
Statistics
Matches: 1538, Mismatches: 289, Indels: 125
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.00
164 78 0.05
165 49 0.03
166 2 0.00
167 9 0.01
168 153 0.10
169 235 0.15
170 374 0.24
171 266 0.17
172 220 0.14
173 145 0.09
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
Found at i:1808 original size:854 final size:845
Alignment explanation
Indices: 8--2059 Score: 2372
Period size: 854 Copynumber: 2.4 Consensus size: 845
1 TGAAGGT
* * *
8 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTGCACGTTTCCTAAGGTAG
1 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-TTTTTTCTACACGTTT-CTGAGGTAG
* * * * * * *
73 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAGACAATTTTAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATAT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
138 TTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGC-TTCTGAAGGCATAGGTGACAATGAATGGACTTT
128 TTATAAAAATAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * * *
202 TCTTGCCAATGAATATCATATTTTGTACATTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTG
192 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTTATATTTCTAGAGGTAGACATTTAATTGTAATATCTTTTG
* * ** * * *
267 ACCAAAAATAAAAAAAATATCTTCAAGTCAATTATTTGCTTATAAAGGCTTTTAAAGTGAGTAAT
257 ATCAAAAATAAAAAAAA-AACTTCAAGTCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
332 AAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAGTTGACTTTTTCATGCGAATAAATATCTTTTTATTC
320 AAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAGTTAACTTTTTCATACCAATAAATATCTTTTTATTC
* * * * *
397 ACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTT
385 ACATTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATTATTTTAATAAAAAA-GTAAAAAAAATTAAACTT
* ** * * * *
462 CAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
449 CAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAATTAAAACGAGCAATAAAGCTTCCAAAAGCATGAGTGA
* * * *
527 GTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTGCTTGACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAG
514 CTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTGATTGACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAA
*
592 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAATAAATAAATTCAACTTTAAATCAATTATAAGAGTATAA
579 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-AATAAATAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGAGTATAA
* ** * ** * * * * **
657 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATTCATGGGTGATTATAAATGTACTTTTGTTGCT
643 AACTAATTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGAATACAAATGAACTTTTCTTAAT
* * * *
722 AATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTACTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAAAA
708 AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTACTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* *
787 CTGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACACGGC
773 C--AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGC
*
852 TTTTGAAGGC
836 TTTTGAAAGC
* * * *
862 ATAGGTGATTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAATATATTTTTCTACATGTTT-TCGAGGTAG
1 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-TTTTTCTACACGTTTCT-GAGGTAG
* *
926 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATAT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*** * * * * *
991 TTATAAAAATAATTAAAATAAATAATAAGGCTTTCCAGGGCATAGGTGAGTATAAATGGATTTTT
128 TTATAAAAATAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
1056 CTCACCAATGAATGGCTTTTTTTTTTATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTGTAATATCTTTTG
193 CTTACCAATGAATGGC-TTTTTTTTTATATTTCTAGAGGTAGACATTTAATTGTAATATCTTTTG
1121 ATCAAAAATGAAAAAAAAAACTTCAAGTCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAAT
257 ATCAAAAAT-AAAAAAAAAACTTCAAGTCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
1186 AAGGCTTTTAAAGGTATAGGTGATTATAAGTTAACTTTTTCATACCAATGAATATCTTTTTATTC
320 AAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAGTTAACTTTTTCATACCAATAAATATCTTTTTATTC
* * *
1251 ACGTTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA-TAAAAAAACGTTAAACT
385 ACATTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAAT-TATTTTAATAAAAAAGTAAAAAAA-ATTAAACT
* *
1315 TCAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-AATTAAAACGAGCAATAAGGCTTCCAAAAGTAT-AGG
448 TCAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCAATTAAAACGAGCAATAAAGCTTCCAAAAGCATGA-G
* * *
1378 TGACTATAAATGAACTTTTCTTG-TCAATGAATATCTTTT-ATTTACATGTTTCTCAAGGT-GAA
511 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCT-AATGAATAACTTTTGATTGAC--GTTTCCCAAGGTAG-A
* * * *
1440 TATTTAATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAAT-GTAAA-AACATTCAACTTGAAATCAATTATGAG
572 CATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAATAAATAA-ATTCAACTTGAAATCAATTATAAG
* *
1502 ATTATAAAAAC-AATTAAAGAAAGTAATAGGGCTTTCGAAGACATGGGTGAATACAAATGAAC-T
636 AGTAT-AAAACTAATTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGAATACAAATGAACTT
* * * *
1565 TTCTTAATAATGAATGGCATTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGA-T
700 TTCTTAATAATGAATAGC-TTTTTCTTCACGTTACTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATT
*
1628 TTAA-C-TAA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
763 TTAACCAAAACAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
*
1690 AATAAGGCTTTTGAAAGC
828 AACAAGGCTTTTGAAAGC
* * * *
1708 GTAGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTCCCAATGAATATTGTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAG
1 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATT-TTTTCTACACGTTTC-TGAGGTAG
*
1773 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATAT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
1837 TTAT-TAAATCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGC-TTGAGTGACTATAAAT-TAGCT
128 TTATAAAAAT-AATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGA-CT
* * *
1899 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGGTAGACATTTAATTGT--TATCTG
190 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTTA-TATTTCTAGAGGTAGACATTTAATTGTAATATCT-
* ** * * *
1961 TTTCAATCAAAAATAAAAAATTTAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGA
253 TTT-GATCAAAAATAAAAAA-AAAACTTCAAGTCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGA
* *
2026 GTACTAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAA
315 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAA
2060 CGATCTATTC
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 153, Indels: 67
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
843 5 0.00
844 9 0.01
845 114 0.11
846 200 0.20
847 38 0.04
848 1 0.00
849 2 0.00
850 1 0.00
851 51 0.05
852 78 0.08
853 140 0.14
854 316 0.31
855 61 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (845 bp):
ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTCTACACGTTTCTGAGGTAGAC
ATTCAATTATAATATTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAAATAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATGGCTTTTTTTTTATATTTCTAGAGGTAGACATTTAATTGTAATATCTTTTGATCA
AAAATAAAAAAAAAACTTCAAGTCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTAAAGGCATAGGTGACTATAAGTTAACTTTTTCATACCAATAAATATCTTTTTATTCACATTT
CCCAAGATAGACATTCAATTATAATTATTTTAATAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTCAAATCA
ATTATGAGATTATAAAATCAATTAAAACGAGCAATAAAGCTTCCAAAAGCATGAGTGACTATAAA
TGAACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTGATTGACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAAT
CTGTTTTAATAAAAAATAATAAATAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGAGTATAAAACTAATT
AAAGAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGAATACAAATGAACTTTTCTTAATAATGAATA
GCTTTTTCTTCACGTTACTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACAAAAAAA
TTCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGC
Done.