Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398826.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_211.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1246 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:729 original size:171 final size:168
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Indices: 1--839 Score: 704
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* *
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AT
* * *
66 TTTTAGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAACATGAAGGAAAACACATTCATT
65 TTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTC-AAAAACATGAAGAAAAACACATTCATT
* * * *
131 GGTAAAAAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
128 GG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
173 CCTTGTTACTCACTTTCGATTGTTTTATAATCT-AATATTTGAATTTAAGCTGAATTGTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-A
* * * * * * * * **
237 TTTTTGATTCAAGCATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAATCGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
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* *
302 TAGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
127 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * ***
343 CCTCATAACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNN
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TAA
****** * * * * *
408 NNNNNGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAATATGAAGAAAAACACATTCATT
64 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAA-AAACATGAAGAAAAACACATTCATT
** *
473 -GCTAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCCGTTCCTTCAAAAG
128 GGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
********** * * * * *
514 CCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATTATCTCAAATTTGATTTCATGTTTAATTTTTCTATAA
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T-TAA
* *
579 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCTAAAAACATGAAGAAAAATATATTCATT
64 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTC-AAAAACATGAAGAAAAACACATTCATT
* *
644 GGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTTTC-AAAG
128 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAG
** *
685 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTGCATAAT-TCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-A
* * * *
749 TTTTTGATTAAAATC-GATTATAATTGAATGCCT-ACATCGAGAAAGATGAAGAAAAA-AGCATT
64 TTTTT-ATTAAAA-CAGACTATAATTGAATGTCTAAC-TC-AAAAACATGAAGAAAAACA-CATT
*
811 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
124 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
840 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 135 0.26
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172 111 0.21
173 1 0.00
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CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATT
TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
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* *
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* * *
66 TTTT-AGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAACATGAAGGAAAACACATTCAT
65 TTTTGA-TTAAAAC-GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCAT
* * * * ** *
130 TGGTAAAAAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTCGATTG
128 TGCT-AAGAAAAGTCTATTTATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCGATTG
* * * * *
195 TTTTATAATCTAATATTTGAATTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGATTCAAGCATATTATAA
192 TTTTATAATCTAATATTTGAATTTAAGCTGAATTGTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * *
260 TTGAATGTTTACCTCAAGAATCGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAGTCTATTTATAGT
257 TTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAGTCTATTTATAGT
325 CACCCATTCCTTTAAAAG
322 CACCCATTCCTTTAAAAG
* * * * * * * ****
343 CCTCATAACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNN
1 CCTTATTACTCACTTTCAAT-GGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TACA
***** * * * *
408 NNNNNG-TTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAATATGAAGAAAAACACATTCAT
64 TTTTTGATT-AAAACGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCAT
* **********
472 TGCTAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGT
128 TGCTAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCGATTGT
* * * *
537 TTTATTATCTCAA-ATTTG-ATTTCATGTTTAATT-TTTCTATAATTTTT-ATTAAAACAGACTA
193 TTTATAATCT-AATATTTGAATTT-AAGCTGAATTGTTT-TA-AATTTTTGATTAAAACAGACTA
* * *
598 TAATTGAATGTCTAACTCTAA-AAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
254 TAATTGAATGTCTAACTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAA-AAAAGTCTATTT
* * *
662 ATTGTCACTCATTCCTTTCAAAG
317 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
*
685 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTGCATAAT-TCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTCAATGGTT-TATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
* * * * *
749 TTTTTGATTAAAATCGATTATAATTGAATGCCTACATCGAGAAAGATGAAGAAAAA-AGCATTCA
64 TTTTTGATTAAAA-CGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACA-CATTCA
*
813 TTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATA
127 TT-GCTAAGAAAAGTCTATTTATA
836 GTCANNNNNN
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 88, Indels: 32
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.02
341 127 0.33
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343 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.37
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CCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT
TTTGATTAAAACGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGC
TAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCGATTGTTTT
ATAATCTAATATTTGAATTTAAGCTGAATTGTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCACC
CATTCCTTTAAAAG
Found at i:1229 original size:19 final size:19
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1197 GTCTATTTAT
1207 AGTAACACATTCCTTCAAA
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1226 AGTAACACATTCCTTCAAA
1 AGTAACACATTCCTTCAAA
1245 AG
1 AG
1247 CCTTATTACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
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AGTAACACATTCCTTCAAA
Found at i:3429 original size:172 final size:172
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3085 NNNNNNCTTA
* * * * * * * *
3095 AAATGGTTTTATTACCTTAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTAGAGTTTTTGTTCAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * *
3160 ACTATAATTGAATGTCTAACTCT-AGAAACATGAAGAAAAATA-TATTCATTGGCAAGAAAAGT-
66 ATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
3222 TCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
129 T-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
3267 AAATGCTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAA-TTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * *
3331 GACTATAATTGAATGTCTACCTTATGAAACTTGAAGTAAAATGCGTTCATTGGTAAGAAATGTCT
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* *
3396 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
130 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *** * * * * * *
3439 TAATTGTTTTATAATCTCATTTTTGAATTTAAGTTAAATTT-TTTTACTTTTTTTATTCAAACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * *
3503 ATTATAATGGAATG-CTTACCTTAAAAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGTAAG-AAAGTG
66 ATTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** * * *
3565 TATTTATAGTCATTCATTCGTTTAAAAACCTTATTACTCACTTT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * **
3609 AAATGATTTTATTACCTCAAAATTAATTTTATA-TTTAA-TTGTTTTTATAGTTTTCATTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTCAATTTG-TTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * ** ** * * *
3672 AGACTATAATTCAATG-CATAACTCCAGAAATGTAAAGAAAAACA-CATTCATTGGTAAGAAAAA
64 AGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
3735 TCCATTTATACTCACCCGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
127 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
3781 TAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AA-TTGTTTTAACATTTTTAGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCAATTTGTTTT-ACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * **
3844 AGATTAAAATCGAATGCCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAACA-CATTCATTATCAAGAAAAGT
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
3908 CTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
3953 CAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAGACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
** * * * * *
4018 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCGAGAAAAGTTTA
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * *
4083 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTT
131 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
4125 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGC-A-TT-TTTTACAATTTTCGTTAAACCA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * ** * * ** * ** ** *
4187 GACTGTAATTGAATACCTGCCTCAAGAAATGTGTAGAAAAATCCATTTGTTTGG-AAGAAAACTC
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* * * * *
4251 TATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACTTTATTACCCACTTT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
4295 AAATGGTTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTGTTTCATATTTTTTGTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * *
4359 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGGAACGTGAAGAAAAACA-CATTCATTGGTAAAAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* **
4423 ATTTATAGTCACCCATTTCC-TCAAAAGCCTCATTTTTCACTTT
130 ATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
4466 TAATAGTTTTATAATCTCAGATTTTATTTTAAGTT---TTTTTTTATACATTTTTGGTTTAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTT-TACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * *
4528 AATTATAATTGAATGTCTACCTCT-GGAAACGTAAACAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * **
4592 CATTTATTGTCACCCATTTCTGT-AAAAGTCTTATTACACGTTTT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
4636 AAATGGTTTTATAATATCAAATTTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTACA-TTTTTGTTTGAAACT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAAC-
* * * * * * * * *
4700 A-ACTATTATTGAATGTCTACATCACGAAACGTGAAGAAAAATGCATTGATTGGCAAAAAAAGTC
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
4764 CATTTATAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
4808 CAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACCG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * *
4873 ATTATAATTGAAT-ACTTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* *
4937 ATTTATAGTCACTCATTCCATCGAAAA-CCTTAATT-CTCACTTT
130 ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTT-ATTACTCACTTT
* * * * * *
4980 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTGAGTTTAATTT-TTTTGACATTTTTAGTTAAAACT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACA
* * ** * *** * * * * *
5044 GACTATAATTGATTCCCGACCCGGATAAACATGAAGGAAAACA-CATTCATTAGTAAAAAAAGTC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
5108 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * * * * * *
5151 CGATTGTTTTATAATCTCATATTTGACTTTAAGTT-AA---ATTTT---TTTTTTATTCAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * *
5209 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAAGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* *
5273 ATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
130 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * **
5316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTGACATTTTTAGTTGCAACA-
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* ** * * *
5379 ATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGGTAAAG-AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAATGTC
66 A-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
5443 TATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTCT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * **
5487 CAATGATTTTAAAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTT-TTTTATATTTTCGGTTAAAACCA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAA-CA
** ** * *
5551 -ATTATAATTGAATGTCTATATTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* ** ** *
5615 ATTTGTTTTCACAGATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTT
130 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
5658 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTTTTNNNNNNNNNNN
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTT-----------
************************************************************
5723 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
55 -----TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
**** * *
5788 NNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTT
115 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
5846 TAATGGTCTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * *
5910 GATTATGATTGAATGTCTACATTGAGAAGCATGAA-AAAAAAGGCATTAATTGACAAGAAAAGCC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
5974 CATTTACAGTCACCCATTTCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
6018 AAATAGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTGAGTTCAATTAT-TTTAACATTTTTAGTTAAAACT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TGTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-
* ** *
6082 A-ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACA-CATTCATTGAAAAAAAAAGT
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
6145 CTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTT
128 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * * * * * *
6190 CGATTGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGCTCAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * ** * * * * *
6254 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAGAACAAGGCTTTCATTGACAAG-AAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
*
6318 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
131 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * * * *
6360 AANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * ****
6424 CTTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNN
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
****** * * *
6489 NNNNNNGTCATCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
131 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * **
6531 AAATGATTTTATAATTTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTT-ATTTACA-TTTTTGATTCGAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAACA
* ** * *
6594 GATTATAATTGAATGTC-AGCCTT-GGAAA-ATGTAAAGGGAAAGGTATTCATTGGCAA-AAAAG
65 GATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAACATG--AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* **********
6655 TCTATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNN
127 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
6701 AAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATATTTGGTTAAAAAAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
** * * * ** * ** ** * *
6765 GCTAGAATTAAATGT-TGTCCTTGGGGAACATGAA-CCAAAAGCCAACCGTTGGCACGAAAAGTC
66 ATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * **
6828 CATTTATAGTCACTCAAGT-CTTCGAAA-CCTTATTACTTGCTTT
129 TATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * *
6871 AAATGGTTTTATAATCTCTGAATTGATTTTTAGTT-GATATT-TTTTACATTTTT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTGTTTTACATTTTT
6924 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2820, Mismatches: 731, Indels: 214
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 84 0.03
165 41 0.01
166 2 0.00
168 7 0.00
169 25 0.01
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171 760 0.27
172 1112 0.39
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174 1 0.00
188 92 0.03
189 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:3763 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3117--6690 Score: 2106
Period size: 342 Copynumber: 10.4 Consensus size: 339
3107 TACCTTAAAA
* *** * * * *
3117 TTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTAGAGTTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAATG-TCTAACT
1 TTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCT
* * *
3181 CT-AGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCA
63 -TAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
3244 TCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAATTCAATTTG
126 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AATTTAATTT-
* * * * * *
3309 TTTTACATTTTTTGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCT-TATGAAACTTGAAGTAAAAT
189 TTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCA-GAAACGTGAAGAAAAAC
* * ** * * *
3373 GCGTTCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTT
252 ACATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
3438 TTAATTGTTTTATAATCTCATTT
317 TCAATTGTTTTATAATCTCATAT
* * * *
3461 TTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTATTCAAACATATTATAATGGAATGCTTACCTTA
1 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTA
* * * ** * *
3526 AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG-AAAGTGTATTTATAGTCATTCATTCGTTTAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
3590 AAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTACCTCAAAATTAATTTTATATTTAATTGTTTTT
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA-ATTTAATT-TTTTT
* * * * * *
3655 ATAGTTTTCATTAAAACAGACTATAATTCAATG-CATAACTCCAGAAATGTAAAGAAAAACACAT
193 ACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACACAT
* * * *
3719 TCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATACTCACCCGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAA
256 TCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAA
* *
3784 TGGTTTTATAATCTCATAA
321 TTGTTTTATAATCTCATAT
* * * * * *
3803 TTGATTTTAAGCTTAATTGTTTTAAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATCGAATGCCTACCA
1 TTGATTTTAAG-TTAATT-TTTTTACTTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCT
* ** *
3867 TAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTC
63 TAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
3932 AAAAGCCTTATTACTCACTTTCAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAA-TTTAA-TTTT
* * * * *** ** **
3996 TTTATATTTTTAGTTAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAAAATGAAGAAAAAGGC
190 TTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACAC
* ** * * * * * * *
4061 ATTCATTAGCGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
254 ATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* *
4126 AATGGTTTTATAATCTCATAA
319 AATTGTTTTATAATCTCATAT
* ** ** * * * * * * *
4147 TTGATTTTAAGTTGCA-TTTTTTACAATTTTCGTTAAACCAGACTGTAATTGAATACCTGCCTCA
1 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTA
** * ** ** * * *
4211 AGAAATGTGTAGAAAAATCCATTTGTTTGG-AAGAAAACTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGACA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * * * *
4275 AAAACTTTATTACCCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTC
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAA-TTTAATTTTTTT
* * * *
4340 ATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGGAACGTGAAGAAAAACACATT
193 ACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACACATT
* * * ** *
4405 CATTGGTAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TCCTCAAAAGCCTCATTTTTCACTTTTA
257 CATTGGTAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCA
* *
4468 ATAGTTTTATAATCTCAGAT
320 ATTGTTTTATAATCTCATAT
* * * ** * *
4488 TTTATTTTAAGTT-TTTTTTTATACATTTTTGGTTTAAACAAATTATAATTGAATG-TCTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTAATTTTTT-TACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCT-
* * * * * * * *
4551 T-GGAAACGTAAACAAAAA-AGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTTCTG
63 TAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT-
* * ** * * * *
4614 T-AAAAGTCTTATTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATATCAAATTTGATTTTAAGTTTAATTTG
126 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAA-TTTAATTT-
* * * *
4678 TTTTACATTTTTGTTTGAAACTA-ACTATTATTGAATGTCTACAT-CACGAAACGTGAAGAAAAA
189 TTTTACATTTTT-ATTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCCA-GAAACGTGAAGAAAAA
** * * * * *
4741 TGCATTGATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCA
251 CACATTCATTGGTAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
4804 CTTTCAATTGTTTTATAATCTCAAAA
314 CTTTCAATTGTTTTATAATCTCATAT
* * * * *
4830 TTGATTTTAAGCTCAATTTGTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACCGATTATAATTGAATACTTACAT
1 TTGATTTTAAG-TTAATTT-TTTTACTTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCT
* * * * * * *
4894 CAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATC
63 TAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
4959 GAAAA-CCTTAATT-CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTGAGTTTAATTTT
128 -AAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT-AATTTTAATTTAATTTT
* * ** * * * * *
5022 TTTGACATTTTTAGTTAAAACTGACTATAATTGATTCCCGACC-CGGATAAACATGAAGGAAAAC
190 TTT-ACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-CAGAAACGTGAAGAAAAAC
* *
5086 ACATTCATTAGTAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-
252 ACATTCATTGGTAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
*
5149 TTCGATTGTTTTATAATCTCATAT
316 TTCAATTGTTTTATAATCTCATAT
* * * *
5173 TTGACTTTAAGTTAA---ATTT--TTTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCA
1 TTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCTTA
* * * * * * *
5232 AGAAACGTAAAGAAAAAAAGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCTTCA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
5296 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTG
129 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA-ATTTAATTTTTTT
** * ** * * *
5361 ACATTTTTAGTTGCAACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGGTAAAGAAAAAGACAT
193 ACATTTTTA-TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACACAT
** * *
5425 TCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTTACTCTCA
256 TCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCA
* *
5489 A-TGATTTTAAAATCTCAAAAT
320 ATTG-TTTTATAATCTC-ATAT
***
5510 TT-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-TATTTTCGGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTCTATA-
1 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACT-TTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATG-CT-TAC
** * * * ** **
5571 -TTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTTTCACAGATTCCT
61 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * ** * *
5635 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAGGTTCAATTTT
126 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA-ATTTAA-TTT
************************************
5700 TTTTACATTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
189 TTTTACATTTTT-----------------ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAGA
*************************** * * *
5765 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
237 AACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
* * * * * *
5830 CCTTATTATTCACTTTTAATGGTCTTATAATCTCAAAA
302 CCTTATTACTCACTTTCAATTGTTTTATAATCTCATAT
* ** * * *
5868 TTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATGATTGAATG-TCTACAT
1 TTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCT
* * * * * * * * * * *
5932 TGAGAAGCATGAAAAAAAAGGCATTAATTGACAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATTTCATC
63 TAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
5997 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTGAGTTCAATTATT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AATTTAATT-TT
* ** *
6061 TTAACATTTTTAGTTAAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACA
190 TTTACATTTTTA-TTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACA
* * * * * * *
6125 CATTCATT-GAAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTT
253 CATTCATTGGTAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
6189 TCGATTGTTTTATAATCTCATAT
317 TCAATTGTTTTATAATCTCATAT
* *** * * *
6212 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
1 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTA
** * * * * * *
6277 AGAAACATTTAGAACAAGGCTTTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
********** * * * *
6341 AAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
130 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTA-ATTTAATTTTTTTA
* ** **
6406 CATTTTTAGTTAAAACAG-CTTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
194 CATTTTTA-TTAAAACAGAC-TATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACACATT
* *********** * * * * *
6470 CATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCATCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT-AAA
257 CATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAAT
* *
6534 TGATTTTATAATTTCATAA
322 TG-TTTTATAATCTCATAT
* * * * * ** *
6553 CTGATTTTAGGTTGAATTTATTTACATTTTTGATTCGAACAGATTATAATTGAATG-TCAGCCTT
1 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTA-CCTT
* ** ** *
6617 -GGAAA-ATGTAAAGGGAAAGGTATTCATTGGCAA-AAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTT
64 AAGAAACATG--AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
6679 CAAAAGCCTTAT
127 CAAAAGCCTTAT
6691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2492, Mismatches: 618, Indels: 243
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 106 0.04
336 141 0.06
337 25 0.01
338 3 0.00
339 2 0.00
340 29 0.01
341 479 0.19
342 669 0.27
343 285 0.11
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345 19 0.01
358 11 0.00
359 73 0.03
360 147 0.06
361 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTTAA
GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAATTTAATTTTTTTACA
TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATT
GGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATTGTT
TTATAATCTCATAT
Found at i:3793 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 3095--6690 Score: 2410
Period size: 514 Copynumber: 7.0 Consensus size: 513
3085 NNNNNNCTTA
* * * * ** *
3095 AAATGGTTTTATTACCTTAAAATTGATTTT-ATGTTCAATTTTTTTTAGAGTTTTTGTTCAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAT-TT-AA-TTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACA
* * * * * *
3159 GACTATAATTGAATGTCTAACTCTAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
63 GACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAATCC
* * * *
3224 ATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3289 TTAATTTTGAA-TTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCT
193 TTGATTTT-AAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
3353 TATGAAACTTGAAGTAAAATGCGTTCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTC
257 TAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* ** *
3418 AAAAACCTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATTTTTGAATTTAAGTTAAATTTTTT
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * **
3483 TACTTTTTTTATTCAAACATATTATAATGGAATGCT-TACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGACA
387 TACTTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGACA
* * ** * * *
3547 TTCATTGGTAAGAAAGTGTATTTATAGTCATTCATTCGTTTAAAAACCTTATTACTCACTTT
452 TTCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
3609 AAATGATTTTATTACCTCAAAATTAATTTTATATTTAATTGTTTTTATAGTTTTCATTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-ATTTAATT-TTTTTACAGTTTTCATTAAAACAG
* * * * *
3674 ACTATAATTCAATG-CATAACTCCAGAAATGTAAAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAAATCC
64 ACTATAATTGAATGTC-TAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAATCC
* * * *
3738 ATTTATACTCACCCGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
3803 TTGATTTTAAGCTT-AA-TTGTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATCGAATGCCTACC
193 TTGATTTTAAG-TTCAATTTGTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
3866 ATAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATT-ATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCT
256 TTAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCT
* * * *
3930 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
320 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTT-AAATTT
* *
3995 TTTTA-TATTTTTAGTTAAGACAAATTATAATTGAATG-TCTACCTTGTGAAAA-ATGAAGAAAA
384 TTTTACTTTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCTTG-GAAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
4057 AGGCATTCATTAGCGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
447 AGACATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
4122 TTT
511 TTT
* ** * * *
4125 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCA-TTTTTTACAATTTTCGTTAAACCAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGA
* ** ** * * ** * *
4189 CTGTAATTGAATACCTGCCTCAAGAAATGTGTAGAAAAATC-CATTTGTTTGG-AAGAAAACTCT
65 CTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-CACA-TTCATTGGCAAGAAAAATCC
* * * * * *
4252 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACTTTATTACCCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
4317 TTAATTTTAAGTTGAA-TTGTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
193 TTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * *
4381 AAGGAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCC-TC
258 AAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTA-TTCCTTC
* ** * * * *
4445 AAAAGCCTCATTTTTCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCAGATTTTATTTTAAGTT--TTTTTTT
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* ** * * * *
4508 ATACATTTTTGGTTTAAACAAATTATAATTGAATG-TCTACCTCTGG-AAACGTAAACAAAAA-A
387 -TACTTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGA
* * * * * * **
4570 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTTCTGT-AAAAGTCTTATTACACGTT
450 -CATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACT
4634 TT
512 TT
* * * ** *
4636 AAATGGTTTTATAATATCAAATTTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTACATTTTTGTTTGAAACTA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTAATTT-TTTTACAGTTTTCATTAAAAC-A
* * ** *
4701 -ACTATTATTGAATGTCT-ACATCACGAAACGTGAAGAAAAATGCATTGATTGGCAA-AAAAAGT
63 GACTATAATTGAATGTCTAAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAA-T
* * * * * *
4763 CCATTTATAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATTGTTTTATAATCTCAA
126 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
4828 AATTGATTTTAAGCTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACCGATTATAATTGAAT-ACTTAC
191 AATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TAC
* * * * * * *
4892 ATCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCC
255 CTTAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCC
* * * * * *
4956 ATCGAAAA-CCTTAATT-CTCAC-TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTGAGTTTAA
319 TTC-AAAAGCCTT-ATTACTCACTTTTAATTG-TTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAA
* ** * * * * *
5018 TTTTTTTGAC-ATTTTTAGTTAAAACTGACTATAATTG-ATTCCCGACC-CGGATAAACATGAAG
381 TTTTTTT-ACTTTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCTTGGA-AAACATGAAG
* * ** *
5080 GAAAACACATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
443 AAAAAGACATTCATT-GGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
5145 TCAC-TT
507 TCACTTT
** * * * * * * * *
5151 CGATTGTTTTATAATCTCATATTTGACTTTAAGTTAAATTTTTT----TTTT-ATTCAAACAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGAC
* * * * *
5211 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAAGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAACA-CATTCATTGGCAAGAAAAATCCAT
* *
5275 TTACAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** *
5340 GATTTTAGGTTGAATTT-TTTGACATTTTTAGTTGCAACA-ATTTATAATTGAATGTCTACCTTG
195 GATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTA
** * * * *
5403 AGAAAGGTAAAGAAAAA-GACATTCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
259 AGAAACATGAAGAAAAACG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * * * *
5467 AAAGCCTTATTACTTACTCTCAA-TGATTTTAAAATCTCAAAATTT-ATTTTAAGTTCAATTTTT
323 AAAGCCTTATTACTCACTTTTAATTG-TTTTATAATCTC-AAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTT
*** * ** * *
5530 TTA-TATTTTCGGTTAAAACCAATTATAATTGAATG-TCTATATTGGGAAACATGAAGAAAAAGG
386 TTACT-TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGA
* * ** ** *
5593 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTTTCACAGATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTT
450 CATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
5658 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGGTTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTTTTNNNNNNNNNNN
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-ATTTAA-TTTTTTTACAGTTTT-----------
************************************************************
5723 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
53 -----CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCAT
**** * * *
5788 NNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTTAATGGT
113 TGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
5853 CTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATG
178 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * ** * * *
5917 ATTGAATGTCTACATTGAGAAGCATGAAAAAAAAGGCATTAATTGACAAGAAAAGCCCATTTACA
242 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
5982 GTCACCCATTTCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTT
307 GTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTT
* * * * * * *
6047 TGAGTTCAATTATTTTAAC-ATTTTTAGTTAAAACTAACTATAATTGAATG-TCTACCTT-AAGA
372 TAAGTTAAATT-TTTTTACTTTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCTTGGA-A
* ** * * *
6109 AACATGAAGAAAAACACATTCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
434 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
6174 CTTTATTACTCATTTT
498 CCTTATTACTCACTTT
** * * * * * *** *
6190 CGATTGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTCAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGA
* * * ** * ** * ** * * *
6255 TTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAGAACAAGGCTTTCATTGACAAG-AAAGTCCAT
65 CTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAATCCAT
* **********
6319 TTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATT
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
6384 GATTTTAGGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGCTTATAATTGAATTTCTACCTTGA
195 GATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * ********** *
6448 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCATCC-ACTCCTTCAA
260 GAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAA
* * * * * * *
6512 AAGCCTTATTACTTAC-TTTAAATGATTTTATAATTTCATAA-CTGATTTTAGGTTGAATTTATT
324 AAGCCTTATTACTCACTTTTAATTG-TTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** * ** * ** **
6575 TACATTTTTGATTCGAACAGATTATAATTGAATG-TC-AGCCTTGGAAAATGTAAAGGGAAAGGT
387 TACTTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTA-CCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGAC
* *
6638 ATTCATTGGCAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
451 ATTCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
6691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2378, Mismatches: 595, Indels: 221
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 3 0.00
506 90 0.04
507 157 0.07
508 128 0.05
509 26 0.01
510 10 0.00
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530 86 0.04
531 149 0.06
532 130 0.05
533 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAATCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
AAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT
TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
TTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:6510 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5795--6690 Score: 917
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
5785 NNNNNNNAAG
* * * * *
5795 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTTAATGGTCTTATAA
1 AAAAGTCTATTTACAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAATTGTTTTATAA
* * * * *
5860 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATGATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
5925 TCTACATTGAGAAGCATGAAAAAAAAGGCATTAATTGACAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCA
128 TTTACCTTGAGAAACATG-TAAAAAAGGCTTTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
5990 TTTCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTGAGTTCA
191 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTGAGTTCA
6055 ATTATTTTAACATTTTTAGTTAAAACTAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA
256 ATTATTTTAACATTTTTAGTTAAAACTAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA
6120 AAACACATTCATTGAAAAA
321 AAACACATTCATTGAAAAA
* *
6139 AAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTCGATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTACAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTT-AATTGTTTTATAA
* *
6204 TCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTCAAACAGATTATAATTGAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
6269 TTACCTTGAGAAACATTTAGAACAAGGCTTTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCAATT
129 TTACCTTGAGAAACATGTA-AAAAAGGCTTTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
********** *
6334 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAA-TTGATTTT-AGGTTGA
193 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAGTTGATTTTGA-GTTCA
* * * * *
6397 ATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGCTTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
256 ATTATTTTAACATTTTTAGTTAAAACTAAC-TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
** ** *
6460 AAAAGGCATTCATTGGCAAG
320 AAAACACATTCATTGAAAAA
********** * * * *
6480 AAAAGNNNNNNNNNNGTCATCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTACAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAATTG-TTTTATAA
* * * * * *
6545 TTTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTATTTACATTTTTGATTCGAACAGATTATAATTGAATG-
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
6609 TCAGCCTTG-GAAA-ATGTAAAGGGAAAGG-TATTCATTGGCAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACC
129 TTA-CCTTGAGAAACATGTAAA---AAAGGCT-TTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACC
6671 CATTCCTTCAAAAGCCTTAT
189 CATTCCTTCAAAAGCCTTAT
6691 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 80, Indels: 29
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 4 0.01
340 12 0.03
341 223 0.49
342 71 0.15
343 74 0.16
344 73 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGTCTATTTACAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAATTGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTT
ACCTTGAGAAACATGTAAAAAAGGCTTTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTGAGTTCAATTAT
TTTAACATTTTTAGTTAAAACTAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACA
CATTCATTGAAAAA
Done.