Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398829.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2112.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5631
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 1292 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:318 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1219 Score: 1215
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
* *
1 TCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
65 AAAACAGATTATAATTGAATATCAACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAA
* * *
130 AAGTTCA-TTGATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTAC
130 AAGTCCATTTG-TAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * *
172 TCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATGGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* ** * * * * * * * * *
237 AAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAACCTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACCAAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAA
* ** * * *
302 AGTCCATTTGTAGTCACTTAAGCATTTGAAAGCCTTATTATT
131 AGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-C
* * * * *
344 TC-CTCTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTGCATTGTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
407 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAA
* * *
472 AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
130 AAGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * * ** * *
514 TCACTTTAAATAGTTTTAGAAACTCAAAACTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTGATTG
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* *
579 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAATAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAACAA
* * * *
643 AAGTGCATTTATAGTCAACT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
130 AAGTCCATTTGTAGTC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * ** *
685 TCACTTTAAATGATTTTACAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTA-AGTTTTTTG
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT--GAATTTTTTTACA-TTTTTGG
** * * * * *
749 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGGGCATTCATTGACAAG
63 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAC
* * *
814 AAAAGTCTA-TTGATAGTCAGTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTAC
128 AAAAGTCCATTTG-TAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * *
858 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTATAAATTTTTAGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TACATTTTTGGT
* * ** * * * *
923 TAAAACAGATTAGAATTAAATGTCTACCTCCAGAAACATGAAGAAAACGGCATTCATTGGTAA-G
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACA
* * * *
987 AAAGTCCATTAGTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAAGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * *
1030 TCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
1094 AAAA-AAATTCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGGAACATGAAGCAAAAA-CCA-TCTGTTGGC-
65 AAAACAGA-T-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTC-ATTGGCA
* * * ** *
1155 ACGAAAGTCCCTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
126 ACAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
** *
1201 TTGCTTTGAATGGTTTTAT
1 TCACTTTAAATGGTTTTAT
1220 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 162, Indels: 48
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 22 0.03
171 525 0.61
172 91 0.11
173 221 0.26
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAA
AGTCCATTTGTAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
Found at i:2207 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1918--2364 Score: 531
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
1908 NNNNNNNNNN
** * * *
1918 CCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTCACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA
* * * * * * *
1983 TATTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATCCAT
66 TTTTTCGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGGGATCCAT
*
2048 TGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA-CTCATATCTTCAAAAG
130 TGACAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACCT-ATATCTTCAAAAG
* * * * * *
2090 CTTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAATTCAATTTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA
* * * ** **
2155 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGGATTTAT
66 TTTTTCGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGGGATCCAT
*
2220 TGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAG
130 TGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTATATCTTCAAAAG
* ** *
2262 CCTTATTACTCAGTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC
1 CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC
*
2327 ATTTTTCATTAAAAAAG-TATATAATTGAATGTCTACCT
65 ATTTTTCGTTAAAAAAGAT-TATAATTGAATGTCTACCT
2365 TGAGAANNNN
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 39, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.02
172 167 0.72
173 60 0.26
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA
TTTTTCGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGGGATCCATT
GACAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTATATCTTCAAAAG
Found at i:2850 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2674--2980 Score: 388
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
2664 NNNNNNNNGC
* * * *
2674 TTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTGAAATTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAACTCAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAAT
* *
2739 AG-CTTATAATTGAATGCCT-GTCTTGAGAAACATG-TAGAAAACACCAATCATAGAG-AAGAAA
66 AGAC-TATAATTGAATGCCTAAT-TTGAGAAACATGAT-GAAAAAACCAATCATAG-GTAAGAAA
2800 AGTCTATTTATGGTCTCTTATTCCCTCAAGAGCTTATTACTTGA
127 AGTCTATTTATGGTCTCTTATTCCCTCAAGAGCTTATTACTTGA
* * ** * * *
2844 TTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTTAGCTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAACTCAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAAT
* * * * *
2909 AGACTATAATTGAATGTCTAATTTGGGAAACATGATGAAAAAAGCATTCATCGGTAAGAAAAGTC
66 AGACTATAATTGAATGCCTAATTTGAGAAACATGATGAAAAAACCAATCATAGGTAAGAAAAGTC
2974 TATTTAT
131 TATTTAT
2981 AGTCAACCAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 111 0.97
171 3 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAACTCAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAAT
AGACTATAATTGAATGCCTAATTTGAGAAACATGATGAAAAAACCAATCATAGGTAAGAAAAGTC
TATTTATGGTCTCTTATTCCCTCAAGAGCTTATTACTTGA
Found at i:4980 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4636--5631 Score: 959
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
4626 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
4636 ATTTTAAGTTCAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTACCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
** * * * *
4701 AAGGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATTCCTTCAAAAT
66 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * * * * *
4766 TCTTATTACACACTTCATATAGTTTTACAATCTCATAATTG
131 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* *
4807 ATTTTAAGCTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
** * * * * *
4872 AAAGGTTAAGAAAAAGGTATTCATTGGGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
* *
4937 GCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG
130 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * *
4979 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * * * * *
5044 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCCATTTATGGTCTCTCATTCCTTTAAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * *
5109 CCTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATCCCATAATTG
131 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * **
5150 ATGTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
* * * * *
5215 GAACATGAAGCAAATA-CCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATTGTC-CCTCA-AGCCTTC
65 AAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATA-CCTTC
* * ** *
5276 GAAAGCCTTTTTACTTGCTTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
126 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
5322 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGT-TGACCTTAGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAG
* * * * * * * * *
5386 TAACATGAAGCAAAA-GCTATCCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAATTACTCA-AGCCTTCGA
65 AAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAA
** * *
5449 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATATTTG
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTG
* * * * * * *
5493 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTCA-TTAAAATAGGCTATAATTGATTGTCTACCTCAA-A
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * *** *
5556 AACCATGAAGAAAAAAGCACTCATCAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
66 AA-CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
*
5621 GTCTTATTACT
130 GCCTTATTACT
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 121, Indels: 31
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 89 0.13
171 312 0.45
172 281 0.41
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
Found at i:5305 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4636--5631 Score: 990
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 338
4626 NNNNNNNNNN
* * * *
4636 ATTTTAAGTTCAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTACCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGA
** * * * *
4701 AAGGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATTCCTTCAAAAT
65 AACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
4766 TCTTATTACACACTTCATATA-GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTTAC
129 CCTTATTACTCACTT-A-AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTAC
* ** ** * ** *
4830 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAGGTTAAGAAAAAGGTATTCA
190 ATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA
* ** *
4895 TTGGGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGG
255 TTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGG
*
4960 TTTTATTATCTCAAAATTG
320 TTTTATAATCTCAAAATTG
*
4979 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGA
* * * *
5044 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCCATTTATGGTCTCTCATTCCTTTAAAAG
65 AACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* *
5109 CCTTATTACTCACTGTAAAAGGTTTTATAATCCCATAATTGATGTTAAGTTGAATATTTTTACAT
129 CCTTATTACTCACT-TAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT
** * *
5174 TTTTAGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGGAACATGAAGCAAATA-CCATCCA
192 TTTTAGTT-AAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATCCA
* * * * ** *
5238 TTGGCACAAAAAGTCCATTTATTGTC-CCTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTACAT
255 TTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATA-CCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAAT
5301 GGTTTTATAATCTCAAAATTG
318 GGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * **
5322 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGT-TGACCTTAGG
1 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTA-G
* * * * * * ** *
5386 TAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAAT-TACTCAAGCCTTCGAA
64 AAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAA
** * * * *
5450 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CA
127 AGCCTTATTACTCAC-TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
* * *
5514 TATTTTCA-TTAAAATAGGCTATAATTGATTGTCTACCTCAA-AAACCATGAAGAAAAAAG-CA-
191 T-TTTT-AGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-CATGAAG-AAAAAGCCAT
*** * * *
5575 CTCATCAACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT
252 C-CATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACT
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 91, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 83 0.15
342 45 0.08
343 402 0.74
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
ACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
AGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
CAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCAAAATTG
Done.