Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398832.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2115.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3526
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.12, T:0.33
Warning! 443 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:301 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2--826 Score: 756
Period size: 170 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
1 A
* * * * ** * *
2 TATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGC-C-TTTT-TTCATGTTTTCTAAGGCAGGCAATCAA
1 TATAAATAAACTTTTCTTTCCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGTAAACATTCAG
* * ** * * * * *
64 TTATAATCTATTTTAA-TATAAAATGTAAAA-AAAATCACTTAAAATCAGTTATTAAATTATTAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
127 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TGAGTGAC
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTG-GTGAC
** * * * * *
170 TATAAATGGACTTTTCTTACCATTGAATCTCTTGTTCTTCATGTTTCTAGGGTAAACATTTAGTT
1 TATAAATAAACTTTTCTTTCCAATGAATCTCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTAAACATTCAGTT
* * * *
235 ATAGTCTATTTTAACTAAAACTGTATAACAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACC
66 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
300 ATTTAAAGTGAGTACTAAGACTTTTGAAGGAATTGGTGAC
131 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGAC
* * * * * * *
340 TATAAATGAACTTTTCTTGT-CGATGAATCCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTGAA
1 TATAAATAAACTTTTCTT-TCCAATGAATCTCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAAACATTCAG
* *
404 TTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTT-AAATCAATTATGGGATTATAAAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
468 CTATTTAAAGCGAGTAAGAAGACTTTT-AAAGGAA-TGTATGAC
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATTG-GTGAC
* * *
510 TATAAATAAAC-TTTCGTTGCCAATGAATACT-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCA
1 TATAAATAAACTTTTC-TTTCCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAAACATTCA
* * * * * * *
573 TTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAATATGAG-GTATAAA
63 GTTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
637 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGAC
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGAC
* * ** * * * *
680 TATAAATAGAA-TTTTTTTTCTCAATGATTGGCTTTTTCTACATGTTTTCTAAAGCAGACATTCA
1 TATAAATA-AACTTTTCTTTC-CAATGAATCTCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGTAAACATTCA
*
744 GTTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAA-AA---AA-TTAAAATCAATTATGATATTATAA
63 GTTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
**
802 AACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
827 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 92, Indels: 48
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 14 0.03
166 29 0.05
167 1 0.00
168 25 0.05
169 50 0.09
170 293 0.54
171 126 0.23
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TATAAATAAACTTTTCTTTCCAATGAATCTCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTAAACATTCAGTT
ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGAC
Found at i:2173 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1194--2239 Score: 1003
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
1184 NNTTATAATA
* * * * * *
1194 TATTTTAATGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
1259 AGTGAGTAATGTGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-C
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGC
** * * * *
1322 TCTTTTTCTAAATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATT
130 T-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * * * * * *
1365 TGTTTTGACCACAAATATTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATTGA-ATTATAAAATCATTTA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTA
* *
1429 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGG
65 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAAT-G
* * * * ** * *
1494 C-TTTTCCTAT-ACGTTTCTTGATGTAGGTAATCGATTATAGTC
129 CTTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * * *
1536 TATTTTAATGAAAAATGTCAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATTAGATTTTAAAACTATTTAA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
1601 AGAGAGAAAAAAGGCTTTAGAGGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-C
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGC
* * * *
1664 TCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTCATTTGTAGTC
130 TTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *** *
1706 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAGCCATTTAACTTAAAATTACTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
1771 AGCGAGTAATAAGACTCTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATAAATGGT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCT
* ** * *
1836 TTTTCCTTCATGTTTCTCTTGGTAAACATTCAATTATA-TT
131 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * *
1876 TTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
1941 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGTCTATAAATGGACTTTTCTAGCT-AATGAATAC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TCTCAATGAATGC
* * *
2005 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATAGTC
130 TTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * *
2047 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGGTCATAAAACCATTTGA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *** * * **
2112 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATTATTGACTATAAATAGAATTTCCTTCTCAATGAATGGA
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCT
** * * * * * *
2177 TTTTGATACATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTATAGTC
131 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* *
2218 TGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
1 TATTTTAATCAAAAATGTAAAA
2240 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 157, Indels: 28
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 275 0.39
171 422 0.60
172 4 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCT
TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
Found at i:2191 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1194--2239 Score: 1089
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 341
1184 NNTTATAATA
** * * *
1194 TATTTTAATGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
* ** * *
1259 AGTGAGTAATGTGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCTC
66 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATCT-
** * * * * * * * * *
1324 TTTTTCTAAATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGACCACAAATATTAAAAA
130 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
1389 ATTCAACTCAAAATCAATTATTGA-ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
195 ATTTAACTTAAAATTAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-
* * * *
1453 GAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTCCTATACG-TT-TCTTGAT
258 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTCCTACATGTTTCTCTTGA-
*** *
1516 GTAGGTAATCGATTATAGTC
322 GTAAACAATCAATTATAGTC
** * * * * * * *
1536 TATTTTAATGAAAAATGTCAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATTAGATTTTAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
* * * * *
1601 AGAGAGAAAAAAGGCTTTAGAGGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATCT
66 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATCT
* * * * ***
1665 CTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTCATTTGTAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAGCC
130 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * **
1730 ATTTAACTTAAAATTACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTCTTAAAAG
195 ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAG
* * * * *
1795 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATAAATGGTTTTTCCTTCATGTTTCTCTTG-GT
259 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTCCTACATGTTTCTCTTGAGT
* *
1859 AAACATTCAATTATA-TT
324 AAACAATCAATTATAGTC
* * * * *
1876 TTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
* * * *
1941 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGTCTATAAATGGACTTTTCTAGCTAATGAATACT
66 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-CT
* * *
2006 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCATTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
130 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
2071 ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGGTCATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGC
195 ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-
*** * * ** * ** *
2136 AATTATTGACTATAAATAGAATTTCCTTCTCAATGAATGGATTTTGATACATGTTTCCCAAG-GC
259 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTCCTACATGTTTCTCTTGAGT
* *
2200 AAACATTCAGTTATAGTC
324 AAACAATCAATTATAGTC
* **
2218 TGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAA
2240 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 122, Indels: 18
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 112 0.20
341 321 0.56
342 132 0.23
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATCTT
TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTCCTACATGTTTCTCTTGAGTAA
ACAATCAATTATAGTC
Found at i:3018 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2371--3526 Score: 800
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
2361 NNNNNNNNNN
* * * * *
2371 TAATAAGGCTTTTCAAGAAATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTACTAATGAAT-ACGTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTT
* * * *
2434 CTTCACGATTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAACCATTCA
65 CTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
* ** **
2499 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGNN
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATTGAG
********** * *
2541 NNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTT-
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
* * ** * * *
2605 TTCACGGTTCTT-AGGTAGGCATTCAA-TATTA-TCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTGA
66 TTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
* * * **
2667 ACTTAAAATCAATGT-TGAGATGATAAAACCATTGAAAGCGAG
130 ACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACAATTTAAATTGAG
* * *
2709 TAATAAGG-TGTTTGAAGAAATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTT
1 TAATAAGGCT-TTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTT
** * * * *****
2772 TCTTCATATTTCAT-AGGGTAGACCTTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAANNNNN
64 TCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATT
***** *
2836 NNNNNTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAATTGAG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATTGAG
* * * *
2880 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGGCAATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
* * *
2945 TTCAAGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATTA-TCTGTTTTAAACAAAAATGT-AAACAAATTC
66 TTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAC-AATTC
* * * *
3008 AACTTAAAATCGATTAT-AGGTAACTATAAATAGTTAACTATAAATTAAGGTGAG
129 AACTTAAAATCAATTATGA-G--ATTATAAA-A--CAA-TTTAAA-T----TGAG
* * * * * * * *
3062 TAATAAGGCTTTCGAGGGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATCAT-TTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTT
* * * * * *
3125 CTTTACGTTT-TTTACGGTAGATATTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACCATTC
65 CTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC
* * * * *
3189 AAGTTAATATTACTTATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATTGAG
* * **********
3232 TAATAAGGCTTTT-AAAAGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTT
** * * * * * *
3296 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAACTAGAATTGTAAAAAAAATTT
65 CTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACAATTC
* * ********
3361 AACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTNNNNNNNN
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATTGAG
** * * * * *
3404 NNATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCCCAATGTATG-CTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTT
* * * *
3468 TCTTCACGTTTATTGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA
64 TCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 196, Indels: 80
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 107 0.14
169 26 0.03
170 85 0.11
171 240 0.32
172 78 0.10
173 65 0.09
174 2 0.00
175 5 0.01
176 3 0.00
177 5 0.01
178 2 0.00
179 7 0.01
180 5 0.01
181 70 0.09
182 48 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
TTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAATTGAG
Found at i:3045 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3023--3052 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
3013 AAAATCGATT
3023 ATAGGTAACTATAA
1 ATAGGTAACTATAA
*
3037 ATAGTTAACTATAA
1 ATAGGTAACTATAA
3051 AT
1 AT
3053 TAAGGTGAGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (14 bp):
ATAGGTAACTATAA
Done.