Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398835.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2117.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5025
ACGTcount: A:0.18, C:0.06, G:0.07, T:0.16
Warning! 2688 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1554 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1267--2112 Score: 911
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 171
1257 NNNNNNNNNN
* * * *
1267 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGATGATTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGA
* * *
1332 CTTTTCTTCTCAGTGAATGGC-TTTTTATGCATGTTTCTCCAAGCG--GACATTCAATTATAGTC
66 CTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTCTGCATGTTTCT-CAAG-GTAGACATTCAATTATAGTA
* * * * *
1394 TGTTTTAAAAAAAAATGCACAAAAATTTAACTTAAAATCAATTC
128 TGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
1438 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAAAAACCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGA
* * * * * * * * *
1503 CTTTTCATGTGAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTATGT
66 CTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGT
* ** *
1568 TTTAAAGAAAAATGTAAAAACGTTCATCTTAAAATCAATTA
131 TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** **
1609 TGAGATTATAAAA-TCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTAAAAATGG
1 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGG
* * * ** * * * *
1673 ATTTTTCTTCTCAATGAATGGC-GTTTTCTACACCTTTC-CTAAGGCAGACTTTCAATTAAAGTC
65 ACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTCTGCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTA
* * * * *
1736 TGTTTTAAAGAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATCAAATA
128 TGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * * **
1780 TGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGA
* * * * *
1845 C-TTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGT
66 CTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGT
*
1909 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
131 TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
1950 TGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCAAGTAATTAGCTTTTTGAAGGAGTGGGTGACTGTAAATGG
1 TGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGG
** * *
2014 ACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTT-TGCATGTTTCTCGGGGTA-AGCATTTAATTATAGTT
65 ACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTA
*
2077 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
128 TGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
2113 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 104, Indels: 26
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 144 0.26
171 404 0.72
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGA
CTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGT
TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
Found at i:2022 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1267--2032 Score: 1005
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
1257 NNNNNNNNNN
* *
1267 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGATGATTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * * ** * *
1332 CTTTTCTTCTCAGTGAATGGCTTTTTATGCATGTTTCTCCAAGCGGACATTCAATTATAGTCTGT
65 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCGTTTTATACACCTTTCTCCAAGCAGACATTCAATTAAAGTCTGT
* * * * *
1397 TTTAAAAAAAAATGCACAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGG
130 TTTAAAAAAAAATACACAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
1462 GAGTAAAAACCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCATGTGAATGAATGATTTT
195 GAGTAAAAACCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGATTGT
* * ** * **
1527 TTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTATGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAACGTT
260 TTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATT
*
1592 CATCTTAAAATCAATTA
325 CAACTTAAAATCAATTA
* * ** **
1609 TGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTAAAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * * *
1674 TTTTTCTTCTCAATGAATGGCGTTTTCTACACCTTTC-CTAAGGCAGACTTTCAATTAAAGTCTG
65 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCGTTTTATACACCTTTCTCCAA-GCAGACATTCAATTAAAGTCTG
* * * *
1738 TTTTAAAGAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCGTTTAAAG
129 TTTTAAAAAAAAATACACAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1803 CGAGTAATAAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAAC-TTTCTTGTCAATGAATGCTTG
194 CGAGTAAAAACCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGATTG
* * *
1867 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
259 TTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAT
1932 TCAACTTAAAATCAATTA
324 TCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
1950 TGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATTAGCTTTTTGAAGGAGTGGGTGACTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
2015 CTTTTCTTCTCAATGAAT
65 CTTTTCTTCTCAATGAAT
2033 AGCTTTTTTT
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 60, Indels: 7
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.01
341 161 0.45
342 197 0.55
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGAC
TTTTCTTCTCAATGAATGGCGTTTTATACACCTTTCTCCAAGCAGACATTCAATTAAAGTCTGTT
TTAAAAAAAAATACACAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAAAAACCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGATTGTT
TCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTA
Found at i:2083 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1267--2112 Score: 1011
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
1257 NNNNNNNNNN
* *
1267 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGATGATTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * *
1332 CTTTTCTTCTCAGTGAATGGCTTTTTATGCATGTTTCTCCAAGCGGA-CATTCAATTATAGTCTG
65 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTATGCATGTTTCT-C-AGAGGAGCATTTAATTATAGTCTG
* * * * *
1396 TTTTAAAAAAAAATGCACAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
128 TTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * *
1461 GGAGTAAAAACCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCATGTGAATGAATGATTT
193 CGAGTAAAAACCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGATTG
* * ** * **
1526 TTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTGTATGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAACGT
258 TTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAT
*
1591 TCATCTTAAAATCAATTA
323 TCAACTTAAAATCAATTA
* * ** **
1609 TGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTAAAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * * * ** *
1674 TTTTTCTTCTCAATGAATGGCGTTTTCTACACCTTTC-CTA-AGGCAG-ACTTTCAATTAAAGTC
65 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTATGCATGTTTCTC-AGAGG-AGCA-TTT-AATTATAGTC
* * * *
1736 TGTTTTAAAGAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCGTTTAA
126 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
1801 AGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAAC-TTTCTTGTCAATGAATGCT
191 AGCGAGTAAAAACCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGAT
* * *
1865 TGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
256 TGTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAA
1930 ATTCAACTTAAAATCAATTA
321 ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
1950 TGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATTAGCTTTTTGAAGGAGTGGGTGACTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA
* * * *
2015 CTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTC-GGGGTAAGCATTTAATTATAGTTTG
65 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTATGCATGTTTCTCAGAGG--AGCATTTAATTATAGTCTG
** *
2079 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
128 TTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
2113 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 75, Indels: 21
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 6 0.01
341 214 0.51
342 195 0.47
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGAC
TTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTATGCATGTTTCTCAGAGGAGCATTTAATTATAGTCTGTTT
TAAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAAAAACCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGATTGTTT
CTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTA
Done.