Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398837.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2119.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4821
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 353 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1133 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 227--1135 Score: 565
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 167
217 NNNNNNNNNG
* * *
227 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
** * ** *
292 GATTGAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCGAGTAATATGGCTTTCGAAG
65 -ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTGAAG
* * *
357 GAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATAAATGTAT
127 GAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AAATGAA--TAT
* ** * * *
400 TTTTT-TACACGTTTCTCAAGGTAGGTATTTAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * ********* * *
463 ATTCAACCTAAAATCGATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTAAAGG
65 ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA-GTTTTGAAGG
*
528 AATGGGAGACTATAAAT-GTACTTTTCTTGCCAATGAATAT
128 AATGGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCAAATGAATAT
* * ** * * * * * * *
568 CTTTCTCCTCACGTTTCTTGGTGTAGACATTTAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAAAGCAAAAT
1 -TTTTTCTTCACGTTTCTAAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * ********* *
633 AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAA
64 AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGTTTTGAAG
* * * *
698 GAACGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTTT
127 GAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAA-TAT
* * **
740 TTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAGAA
1 TTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA-AA
** * * * * * * **
805 AAATTGAACAAAAAATCTATT-TTAGGATAATAAGACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTNN
63 AAATTGAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTGA
******** * ** * *
869 NNNNNNNNGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATAAATAAATAGG
125 AGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATA-T
** * * * * * ***
913 TTTTTCTAAATGTTTCCCAAGGCAGGCATTC-GTGCCCAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAGACATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
977 AACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAAGTTTTCGAA
64 AA-TTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTT-GAA
1042 GGAATGGGAGAC-ATAAA-AGGACTTTTCTTGCAAATGAATACT
126 GGAATGGGAGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCAAATGAATA-T
*
1084 TTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
1136 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 173, Indels: 58
0.70 0.23 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 6 0.01
170 114 0.21
171 191 0.36
172 102 0.19
173 118 0.22
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTGAAGGAAT
GGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAT
Found at i:3089 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1926--4776 Score: 2315
Period size: 171 Copynumber: 16.6 Consensus size: 171
1916 NNNNNNNNNN
* ** *
1926 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACAGATTTTAAGC
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
1991 TGAATATTTTGACAGTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATAAA
66 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGAA
* ** *
2055 GAAAAA-AGTATTCATTTG-TAA-AAAAAACTATTTATAGTCAC
130 GAAAAAGA-CATTCA-TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * *
2096 CCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTT-AGC
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * * * * *
2160 TTCAATTTTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCT-TGAGAAATG
65 TTGAA---TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACG
* ** *
2224 TG-AGAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTGATAGTC-T
126 TGAAG-AAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCAT
* ** * * *
2269 CGCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTATAAG
1 C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
2334 TTGAA-TTTTGTATATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAAAT-ACTTACCTCAAGAAATGTGT
65 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCTAGAAACGTGA
* * * * * * *
2397 ATAAAAATACATTTATTCAAAAGAAAAGTCCATATATAGTC-T
129 AGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * * * * * * *
2439 CTCAATCCATCAAAAGTCATATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAAG
1 C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
2504 TTCAATCTTTTTTACATTTTTGATTGAAACAGGCAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTAA
65 TTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGA
* *
2569 AGAAAAACACATTCATTGATAAGCAAAGTCTATTTATAGTCA-
129 AGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * * * * *
2611 CCTATTCTTTCAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGGTTTTAAG
1 CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
2676 TTCAATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT-TACCTCGAGAAAAGTG
65 TTGAA-TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTG
** * * * * *
2740 AAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTCATAGTAAC
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
** * * *
2783 CCATTGTTTCAAAA-CCTTATTATTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * *
2847 AGATTTTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAGTGCCTACCTC-AGGAAACATG
66 TGA--ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACGTG
* * * *
2911 TAGAAAAAGCCATTAATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCAT
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
*
2955 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
3020 TGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAG
66 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAG
* *
3085 AAAAA-AGCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCT-TTTAT-GTC-T
131 AAAAAGA-CATTCA-TTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCAT
* * * *
3124 CACATTCCTTCAAAAACTTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * * * * * *
3189 TTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTGGACA-CGAATGCCTGCCT-TGGGAAACATT
65 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTG
* ** * * * * *
3252 TAGAAAAACCCATTTATTTATAAGAAAAGTCTCTTTATCGTCAC
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* ** * * * * * *
3296 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATCTTATTATCCCAAAATAGATTTTATGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * *
3361 TCAATTTTTCTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAGTTAAATGTCTACCT-TAAGAAATGTG
66 TGAA-TTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTG
* * ** *
3425 AAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * *
3469 CCGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
3534 TCAATTGTTTTGCTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACAC-CAAGAAACGTGAG
66 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCTAGAAACGTGAA
* *
3598 GAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-T
130 GAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * *
3639 CCCATTCCTTTAAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
1 -CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * ** * *
3704 CTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATACCTGCCTCGAGAAACGTGTA
65 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAC--GT-
* * * * * * *
3768 GAAAAAAAATACATTTATTCAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-T
127 GAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * *
3812 CTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTCAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *** * * * * *
3877 TTCAATCTTTTTTTTGTTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAGTGTCTACCT-TGTGAAACATG
65 TTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTG
* * ** * * *
3941 AAGAGAAACACATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCAC
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* ** * ** * *
3985 CCATT-CTTGTAAAAGCAGTATTACTCACTTTAAATTATTTTGTAATCTCA-AATTCAATTTTAA
1 CCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAA
* * * *
4048 GTTCATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTACCTCAAGTAAA-GTG
64 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAG-AAACGTG
* ** * * * *
4111 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAAC
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * * * *
4155 CCATTCTTTCAAAA-CTTTATTACTAGCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
4219 TG-ATTATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAGTG-CTTGCCTCGAGAAACATGT
66 TGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCTAGAAACGTG-
* * *
4282 AAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
128 AAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
** * * * * *
4325 CCATTTTTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * *
4390 TAAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACA-AATCATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAATGTAA
66 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGA
* *
4453 AGAAAAAAACATTCATT-TTCCAA-AAAAGTCTATTTATAGTC-T
129 AGAAAAAGACATTCATTGAT--AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* *
4495 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAG
1 CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * *
4559 GTTGAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTGAATG-CTTGCCTCAAAAAACATG
64 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCTAGAAACGTG
* * * * * ** *
4623 TAGAGAAAGCCATTTATT-TTGAAGAAAAGTCTATTTGCAATC-T
128 AAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * * *
4666 GCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-ATATTTAA
1 -CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAA
* ** * * *
4730 GTTGAATCTATTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAAATGAATG
64 GTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
4777 CTTGTCTTGA
Statistics
Matches: 2173, Mismatches: 424, Indels: 166
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 89 0.04
170 573 0.26
171 679 0.31
172 346 0.16
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174 69 0.03
175 43 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAG
AAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
Found at i:3428 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 1926--4604 Score: 2710
Period size: 685 Copynumber: 3.9 Consensus size: 682
1916 NNNNNNNNNN
* * * * *
1926 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACAGATTTTAAGC
1 CCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGT
* * * * * * ** * *
1991 TGAA-TATTTTGACAGTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA
66 TCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-GTGAA
* * * ** * * * *
2055 GAAAAAAGTATTCATTTGTAA-AAAAAACTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTA
130 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
2119 CTCGCTTCAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTT-AGCTTCA-ATTTTTTTTTTACTTTTT
195 CTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG--T-AGA--TTTTTTTTACATTTT
* ** * *
2182 TTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCT-TGAGAA-ATGTGAGAAAAAAGATATTCATTG
255 TTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTCGGA-AACATGT-AG-AAAAAGACATTCATTG
** * * * * ** *
2245 GCAAGAAAAGTGCATTGATAGTCTCGCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTT
317 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
2310 TATAATCTTATAATTGATTATAAGTTGAATTTTGTATATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAA
381 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAA
* * * * * * * * *
2375 AT-ACTTACCTCAAGAAATGTGTATAAAAATACATTTA-TTCAAAAGAAAAGTCCATATATAGTC
446 ATGTC-TACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * * *
2438 TCTCAATCCATCAAAAGTCATATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAA
509 TCTCATTCCTTCAAAAACCATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** **
2503 GTTCAATCTTTTTTACATTTTTGATTGAAACAGGCAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTA
574 GTTCAATCTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATA
*
2568 AAGAAAAACACATTCATTGATAAGCAAAGTCTATTTATAGTCAC
639 AAGAAAAACACATTCATTGATAAGCAAAGTCTCTTTATAGTCAC
* * * * * *
2612 CTATTCTTTCAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGGTTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGT
*
2677 TCAATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGAATGT-TACCTCGAGAAAAGTG
66 TCAATTT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAAGTG
* *
2740 AAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTCATAGTAACCCATTGTTTCAAAA-CCTTAT
128 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
* *
2803 TATTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTTTTTACATTTTT
193 TACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGA--TTTTTTTTACATTTTT
** * * * * *
2868 CATTAAAATAGACTATAATTGAGTGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTGATA
256 TGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTC-GGAAACATGTAGAAAAAGACATTCATTGATA
* * *
2933 AGAAAAGTCTATTTACAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
320 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
2998 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
384 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAAT
* * * *
3063 GTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA-TTTGCAAGAAAAGCCCTTTTAT-GTCTCA
448 GTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATTTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
** * * *
3126 CATTCCTTCAAAAACTTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
512 CATTCCTTCAAAAACCATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *** * * * * **
3191 GAA-GTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTGGACA-CGAATGCCTGCCTTGGGAAACATTTA
577 CAATCTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACAATA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA
* * * * *
3254 GAAAAACCCATTTATTTATAAGAAAAGTCTCTTTATCGTCAC
641 GAAAAACACATTCATTGATAAGCAAAGTCTCTTTATAGTCAC
* * * * * *
3296 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATCTTATTATCCCAAAATAGATTTTATGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGT
** * * * *
3361 TCAATTTTTCTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAGTTAAATGTCTACCTTAAGAAATGTGA
66 TCAATTTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-GTGA
** * * * *
3426 AGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTTCTTTCAAAAGCCTTATT
129 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
* ** * * *
3491 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTGC-TTTTTTG
194 ACT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTT-
* * * * * *
3554 GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACAC-CAAGAAACGTG-AGGAAAAAGACATTCATTGGT
257 GTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTAC-CTC-GGAAACATGTA-GAAAAAGACATTCATTGAT
*
3617 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTT-AAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
319 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCATT-CTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
3681 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAA
382 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAA
** * * * * * * *
3746 TACCTGCCTCGAGAAACGTGTAGAAAAAAAATACATTTATTCAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
447 TGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCA-TT-TT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
3811 TCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTCAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
509 TCTCATTCCTTCAAAAACCATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
3876 GTTCAATCTTTTTTTTGTTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAGTGTCTACCTTGTGAAACATG
574 GTTCAATCTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATA
* **
3941 AAGAGAAACACATTCATTGGCAAGCAAAGTC-CATTTATAGTCAC
639 AAGAAAAACACATTCATTGATAAGCAAAGTCTC-TTTATAGTCAC
* * * * *
3985 CCATT-CTTGTAAAAGCAGTATTACTCACTTTAAATTATTTTGTAATCTCAAATTCA-ATTTTAA
1 CCATTCCTT-CAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT-AGATTTTAA
*
4048 GTTC-ATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTACCTCAAGTAAAGTG
64 GTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAAGTG
* *
4111 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA-CTTTAT
128 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
4175 TACTAGCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGATTATTTTTACATTTTTTG
193 TACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTTG
* * * * *
4240 TTAAAACAGACTATAATTGAGTGCTTGCCTCGAGAAACATGTA-AGAAAAGCCATTCATTGATAA
258 TTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTCG-GAAACATGTAGA-AAAAGACATTCATTGATAA
* * * * * *
4304 GAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTTTTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTTTA
321 GAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * *
4369 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACA-AATCATAATTGAAT
385 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT-ATAATTAAAT
* * * *
4433 GTCTACCT-TGAGAAATGTAAAGAAAAAAACATTCATTTTCCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTC
448 GTCTACCTCT-AGAAACGTGAAG-AAAAAACATTCATTTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* * * * *
4496 -CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAG
511 TC-ATTCCTTCAAAAACCATATTACTC-GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
4559 GTTGAAT-TTTTTTACT-TTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTGAATG
574 GTTCAATCTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATG
4605 CTTGCCTCAA
Statistics
Matches: 1641, Mismatches: 299, Indels: 110
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 32 0.02
683 86 0.05
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685 529 0.32
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688 113 0.07
689 127 0.08
690 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
CCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGT
TCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAGTGAAG
AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTTGTTA
AAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTCGGAAACATGTAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCTCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT
CTAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
AAAAACCATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATCTTTT
TTATATTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACACA
TTCATTGATAAGCAAAGTCTCTTTATAGTCAC
Found at i:3793 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3767--3806 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
3757 AGAAACGTGT
3767 AGAAAAAAAATACATTTATTC
1 AGAAAAAAAATACATTTATTC
* *
3788 AGAAAAAAAGTCCATTTAT
1 AGAAAAAAAATACATTTAT
3807 AGTCTCTCAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.10, G:0.07, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
AGAAAAAAAATACATTTATTC
Done.