Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398858.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2140.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1795
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.10, T:0.32
Warning! 256 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1060 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 516--1534 Score: 898
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
506 NNNNNNNNNN
* * * * **
516 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACACAAAGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAAAATGAAGAAAA
** * * * *
581 AGATATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
646 TTCAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAACTTAAA
129 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
687 TTTTTTTCA-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATG-CTTGCCATGAGAAACATGCAA-A
1 TTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TCAGAAAAATG-AAGA
* * * *
749 AAAA-GCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAA-TCTTATTA
62 AAAAGGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * * * **
811 CTCGCTTTAAATGATTTTAAAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGCA
124 CTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * *
857 TTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCA-ACAAAAGTGAAGAAA
1 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAAA-TGAAGAAA
* * *
921 AAGGCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTAATCG
64 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
*
986 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAA
128 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * ** * **
1028 TTTTTTTATATTTTTGGCTAAAAAACACTATAATTGAATTTTTATTTGGAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CAGAAAAATGAAGAAAA
* * *
1093 ATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACGCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
65 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
1157 CTTCAAATTGTTTTACAATGTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
1199 TTTTTTTACA-TTTCGAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCAGAAAATATGAAGAAA
1 TTTTTTTATATTTTTG-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAA-ATGAAGAAA
* * * *
1263 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACGCCTATTCTTTTAAAAAGCCTTATTACTC
64 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTC
* *
1328 GCTTTAAATTATTTTATCATC-CAAAAATTGATTTTAAGTTAAA
127 GCTTTAAATTATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAA
********** * * * **
1371 TTTTNNNNNNNNNNTGGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGTCTGCTTTGAGAAACGTGCAA-AAA
1 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCAGAAAAATG-AAGAAA
* * *
1434 AA-GCTATTCA-TGGAGAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATTCC-TTAAAAGCCTTATTACT
64 AAGGC-ATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
** * * *
1496 CGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCTAATTAATTTTAAG
126 CGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 129, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 54 0.08
170 148 0.22
171 386 0.56
172 97 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAAATGAAGAAAAA
GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
Found at i:1491 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 595--1530 Score: 1092
Period size: 512 Copynumber: 1.8 Consensus size: 512
585 ATCCATTAGT
*
595 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTA
* * * *
660 TAATCCCAAAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTCAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAA
66 CAATCCCAAAATCGATTTTAACTTAAATTTTTTTCAATTTTCGGTTAAAACAGACAATAATTCAA
* * * *
725 TGCTTGCCATGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACC
131 TGCTTACCATCAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGACACC
* * * *
790 CATTCCTTCAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAAACTCATAATTAATTTTAAGTTG
196 CATTCCTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTA
* *
855 CATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCAACAAAAGTGAAGAA
261 AATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTCAACAAAAGTGAAGAA
* * *
920 AAAGGCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTAATC
326 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAATC
* * *
985 GCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAA
391 GCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAA
1050 AAACACTATAATTGAATTTTTATTTGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGC
456 AAACACTATAATTGAATTTTTATTTGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGC
*
1107 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACGC-ATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTT
** * * *
1170 TACAATGTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTCGAGTTAAAACAGACAATAAT
64 TACAATCCCAAAATCGATTTTAACTTAAATTTTTTTCA-ATTTTCG-GTTAAAACAGACAATAAT
* * * *
1233 TGAATGTTTACC-TCAGAAAATATG-AAGAAAAAGAC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTA
127 TCAATGCTTACCATCAG-AAACATGCAA-AAAAAG-CTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** * *
1294 TAGACGCCTATTCTTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATCATC-CAAAAATTG
188 TAGACACCCATTC-CTTAAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAAACTC-AAAATTA
********* * * ** *
1358 ATTTTAAGTTAAATT-TTNNNNNNNNNNTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-TGTCTGCTTTGAG
250 ATTTTAAGTTAAATTGTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTCAAC
* * * *
1421 AAACGTGCAA-AAAAA-GCTATTCA-TGGAGAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATTCC-TTA
314 AAAAGTG-AAGAAAAAGGC-ATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
* * *
1482 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCCTAATTAATTT
376 AAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTT
1531 TAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 60, Indels: 30
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 15 0.04
512 204 0.58
513 61 0.17
514 69 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATTGTTTTA
CAATCCCAAAATCGATTTTAACTTAAATTTTTTTCAATTTTCGGTTAAAACAGACAATAATTCAA
TGCTTACCATCAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGACACC
CATTCCTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTA
AATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTCAACAAAAGTGAAGAA
AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAATC
GCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAA
AAACACTATAATTGAATTTTTATTTGGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGC
Done.