Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397414.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1130.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.31
Warning! 3685 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:430 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 407--445 Score: 78
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
397 NNNNNNNAAA
407 CATGAAGAAAAAGTCATT
1 CATGAAGAAAAAGTCATT
425 CATGAAGAAAAAGTCATT
1 CATGAAGAAAAAGTCATT
443 CAT
1 CAT
446 TTGTTGGAAA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
CATGAAGAAAAAGTCATT
Found at i:2622 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 2308--2650 Score: 343
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 160
2298 NNNNNNNNTT
* * *
2308 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAGTGA
1 AAAATCAACTTAAGAGATTATAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGCAAGGCATCAGTGA
* * * *
2372 CTATAAATAGACATTTCTTTCCAATGAATGGGTTTTTTTTTCACGTTTCCTTAGGCAGAGATTCA
66 CTATAAATAGACATTTCTTTCCAATGAATGGGCTTTTTGTTCACGTTTCCTAAGGCAAAGATTCA
* *
2437 ACTGGAAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
131 ACTGCAAACTGTTTTAACCAAAAATAT-AAA
* *
2468 AAAATCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTGGA
1 AAAATCAACTTAA----------GAGATTAT-AAACCATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTGCA
* * * * **
2532 CGGCATGAGTGACTATAAATAGGC-TTTTTTTGTTAATGAAT-GGCTTTTTGTTCACGTTTCCTA
54 AGGCATCAGTGACTATAAATAGACATTTCTTT-CCAATGAATGGGCTTTTTGTTCACGTTTCCTA
* * * *
2595 ATGCAAAGATTCAATTGCAATCTGTTTTAACCACAAATATAAA
118 AGGCAAAGATTCAACTGCAAACTGTTTTAACCAAAAATATAAA
2638 AAAATCAACTTAA
1 AAAATCAACTTAA
2651 AATCAATTAT
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 21, Indels: 18
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 8 0.05
161 3 0.02
170 16 0.11
171 67 0.45
172 54 0.36
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Consensus pattern (160 bp):
AAAATCAACTTAAGAGATTATAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGCAAGGCATCAGTGA
CTATAAATAGACATTTCTTTCCAATGAATGGGCTTTTTGTTCACGTTTCCTAAGGCAAAGATTCA
ACTGCAAACTGTTTTAACCAAAAATATAAA
Found at i:5758 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5396--5787 Score: 463
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
5386 NNNNNNNTTG
*
5396 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAATTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAATTT
* * * *
5461 TATAATCTCATAGTTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATTAATTATAATTGA
66 TATAATCTAATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-TAATTATAATTGA
* * **
5526 ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGAAACTCATTG
130 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAAACTCATCA
* * * * * * * **
5566 ATAAGAAAGGTCCACTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGC-TATAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCAT-TAAATAATT
*
5630 TTATAATC-AAGTAATTGATTTCAAGTTGAACTTTTTTT-CATTTTTTATTAAAA-CATGTA-AC
65 TTATAATCTAA-TAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAT-TATA-
** *
5691 AGTTGAATGTCTACC-CAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCA
125 A-TTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGAAACTCATCA
5737 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
5788 ACTTNNNNNN
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 29, Indels: 15
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 74 0.40
171 99 0.54
172 7 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAATTT
TATAATCTAATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAATTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAAACTCATCA
Found at i:6572 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5954--6975 Score: 900
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
5944 NNNNNNACTT
* * * *
5954 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* ** * * * *
6019 A-AAAAAACAGTTGACTGTCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
6082 G-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCCTCATTTCTC
129 GTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
6124 ACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTGAACTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTCTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * ** *
6189 AAACAGAGTGTAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAA-AAAAAGATATTGATTGGCAAGAA
63 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
** *
6252 AAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAAGCCTTATTAC-C
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
6296 TTCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTGTTAA
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * *
6360 AATAGACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCGATTCATTGGGAAGAAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
6425 GTTCATTTCTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * ** * *
6467 GCTCTAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTACA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * *
6532 ACATATTATAGTTGAATGTCTGCCT-AAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * **
6596 G-CCTATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACNN
129 GTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
******** * * * *
6638 NNNNNNNNTGGTTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTGAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * **
6703 ACAGATTGTTATTGAATGTGTACCTCTAGAAACAT-AAG--AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ** ** *
6765 TCCATTTGTAGTCACCTATTTCTTAAAAAGCTTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
6806 GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTT-CTTTTTTTGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * **
6870 AACAAACTATAATTAAATGTCCACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
*
6935 GTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
6976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 158, Indels: 45
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 110 0.16
169 20 0.03
170 135 0.20
171 268 0.40
172 65 0.10
173 70 0.10
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
Found at i:6913 original size:339 final size:330
Alignment explanation
Indices: 6307--6975 Score: 691
Period size: 339 Copynumber: 2.0 Consensus size: 330
6297 TCTTTAAATA
* * * *
6307 GTTTTATAATCTTATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACTATAA
1 GTTTTATAATATCATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTCTTAAAACAGACTATAA
* * * *
6372 TTAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCGATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTCTAG
66 TTAAATATCTACCTCAAGAAACATAAAG-AAAAGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAG
**
6437 TCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTT
130 TCACCCATGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTT
* * * * * ** *
6502 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACATATTATAGTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACAT
195 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCCACCTAAGAAAACAT
* *
6567 AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CTATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTT
260 AAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTC-ATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT
6631 ATTACNNNNNNNNNNTG
324 ATTAC----------TG
* * * * * *
6648 GTTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTGAAACAGATTGTT
1 GTTTTATAATATCATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTCTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
6713 ATTGAATGTGTACCTCTAGAAACAT-AAG-AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAG
65 ATTAAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAG
* ** * * * * ** *
6776 TCACCTATTTCTTAAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
130 TCACCCATGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTT
* * *
6841 AGGTTGAAATTTTTTT-CTTTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCCACCTCAA-AAAAC
195 AAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCCACCT-AAGAAAAC
* * * * * * * *
6904 GTGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
258 ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT
6969 TATTACT
323 TATTACT
6976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 53, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
339 180 0.66
340 13 0.05
341 39 0.14
342 38 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
GTTTTATAATATCATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTCTTAAAACAGACTATAA
TTAAATATCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGT
CACCCATGCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTA
AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCCACCTAAGAAAACATA
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTG
Found at i:6934 original size:510 final size:511
Alignment explanation
Indices: 5958--6975 Score: 1353
Period size: 510 Copynumber: 2.0 Consensus size: 511
5948 NNACTTGCTT
* * * * * *
5958 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAA
1 TAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAA
* * *
6023 AAACAGTTGACTGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCTAT
66 AAACAGTTGAATGTCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAT
* * * * *
6088 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCCTCATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATT
131 TTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATT
6153 AATTTGAACTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAGTGTAATTGAATGTCTACCTAG
196 AATTTGAACTTGAA-TTTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAGTGTAATTGAATGTCTACCTAG
* *
6218 AGAAACATGAAAAAAAGATATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAA
260 AGAAACAT-AAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
* *
6283 AAGCCTTATTACCTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTC
324 AAGCCTTATTACCGTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTC
* * * *
6348 ATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCGATTCA
389 ATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATATCCACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCGATTCA
* * *
6413 TTGGGAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTC
454 TTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTC
* *
6471 TAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAT
1 TAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAA
** * *
6536 ATTATAGTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTA
65 AAAACAGTTGAATGTCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTA
* * ********** *
6601 TTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATATCATAAT
130 TTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAAT
* * * * * * **
6666 TGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTCTTGAAACAGATTGTTATTGAATGTGTACCTCT
195 TAATTTGAACTTGAATTTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAGTGTAATTGAATGTCTACCTAG
* * **
6730 AGAAACAT-AAGAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATTTCTT-AAAA
260 AGAAACATAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* * * * *
6793 AGCTTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTT
325 AGCCTTATTAC-CGTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTTG-AATTTTTTT
* * *
6857 CTTTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCCACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATT
388 CATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATATCCACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAG-CGATT
* *
6921 GATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
452 CATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
6976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 66, Indels: 11
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
509 48 0.11
510 161 0.37
511 1 0.00
512 51 0.12
513 53 0.12
514 121 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
TAAATAGTTTCATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAA
AAACAGTTGAATGTCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAT
TTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATT
AATTTGAACTTGAATTTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAGTGTAATTGAATGTCTACCTAGA
GAAACATAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAA
GCCTTATTACCGTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTCAT
TTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATATCCACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCGATTCATT
GAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTC
Found at i:8677 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7562--9046 Score: 1602
Period size: 342 Copynumber: 4.3 Consensus size: 340
7552 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
7562 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTCGCATTTCTCA
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCG
* * * * *
7627 TTAAAACATG-TAATAATTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGAG-A
66 TTAAAACA-GATAATAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCA
* * * *
7690 AGAAAAGTCC-ATTTATAATCACACATAACTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
128 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAAACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * **
7754 TAATCTCATAGTTGATTTGAAGTTAAA-TTTTTTATATATTTT-TTAAAACAGGCTATAATTAAA
192 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAA
* * *
7817 TGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCAAAAAA-CTTCATTTATACTCAC
257 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGACAAAAAAGCCT-ATTTATACTCAC
* * *
7880 CTATGCTTTCGAAAGCCTTAT
320 CAATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
7901 TACTCTCTCTAACTGGTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAAATTTTTTATA-ATTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT-TACATTTTT
** * * * * * * *
7965 -GTTAAAATTGGTTACAGTTCAATGCCTACCTAACGAAACAT-AATGAAAAATCCATTCATTAGC
64 CGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTAA-GAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTAGC
* * * * * *
8028 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-CCTAAGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTGAATGATTTT
127 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAAAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
8092 ATAATCCCATAATTGACTTT-AAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
191 ATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * *
8156 AAATGTCTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGGGAAAAAAAAGTCTATTTATAG
254 AAATGT-TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT--TGACAAAAAAGCCTATTTATAC
*
8220 TCACCAATGTCTTCAAAAGCCTTAT
316 TCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ** * *
8245 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTATATTTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCG
* * *
8310 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCCTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAG
66 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
* *
8375 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAAACTT-TAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
130 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAAACTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
8439 ATTTTATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
194 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * *
8504 TTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAGAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATACTCACTC-
259 TTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAA-AAAAGCCTATTTATACTCAC-CA
8568 ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
322 ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * *
8587 TACTCGCTTTAAATGGCGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCG
* * * * * *
8652 TCAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGTCATTCATTAGCAAG
66 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
* *** *
8717 AAAAGCCTATTTATAGTCACTCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAA
130 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAAACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * ** * *
8782 TTTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTGCAGTTGAATGT
195 TCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
* * *** * * *
8847 TTGCCTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAATAGAAGCCTATTTAGACTCATCCAA
260 TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAA-AAAAGCCTATTTATACTCA-CCAA
8911 -GCCTT-AGAAAGCCTTAT
323 TGCCTTCA-AAAGCCTTAT
* * * *
8928 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCG
* *
8993 TTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCAT
66 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
9047 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAAACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTT
TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAAAAAGCCTATTTATACTCACCAATGC
CTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:8899 original size:683 final size:682
Alignment explanation
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7552 NNNNNNNNNN
* * ** *
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* * * * *
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* *
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* * *
7756 ATCTCATAGTTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATATATTTTTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTT
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* *
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* * * * *
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* ** * * *
7951 TTTTTATAATTTTTGTTAAAATTGGTTACAGTTCAATGCCTACCTAACGAAACATAATGAAAAAT
389 TTTTTATAATTTTTGTCAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACCTAACGAAACATAATGAAAAAT
* *
8016 CCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCACTT
454 CCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
8081 TGAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
519 TAAATGATTTTATAATCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * * *
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584 GATTACAATTAAATGTCTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATAGGGAAAAAAAAGCC
* * *
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649 TATTTAGACTCATCCAA-GCCTT-AGAAAGCCTTAT
* ** * **
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1 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCA
* *
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* * * *
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129 GAAAAGTCC-ATTTATAATCACACAAAACTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
8437 TAATTTTATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACA-GATAATAATTG
192 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAA-TTTTTTACATATTTT--TTAAAACAGGAT-ATAATTA
* * * *
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* *
8563 CA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCGTT-ATAATCTCATAATTGATTT
315 CACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGG-GTTCATAATCTCATAATTGACTT
* * * *
8626 TAAGTT-GAATTTTTT-TACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAA
378 TAAGTTAAAATTTTTTATA-ATTTTT-GTCAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACC-TAACGAA
* *
8688 ACATGAA-GAAAAGGT-CATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-CTCACGCCTTCGAA
440 ACAT-AATGAAAA-ATCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAA
* * ** *
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502 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGAATTT-AAGTTAAATTTTTTTT
* * * * * * *
8813 ATATTTTTTGTTAAAATAGATTGCAGTTGAATGT-TTGCCTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCAT
566 ACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTAAATGTCTT-CCTAGAGAAACATGAAGAAAAACACAT
* * * *
8876 TCAT-TGGCAATAGAAGCCTATTTAGACTCATCCAAGCCTTAGAAAGCCTTAT
630 TCATAGGGAAAAAAAAGCCTATTTAGACTCATCCAAGCCTTAGAAAGCCTTAT
* * * *
8928 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA
1 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCA
* *
8993 TTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCAT
66 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
9047 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGA
AAAGTCCATTTATAATCACACAAAACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTACATATTTTTTAAAACAGGATATAATTAAATGTTTA
CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAAAAACCTCATTTATACTCACCTATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGGTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAAATTT
TTTATAATTTTTGTCAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACCTAACGAAACATAATGAAAAATCC
ATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGATTTTATAATCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
TTACAATTAAATGTCTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATAGGGAAAAAAAAGCCTA
TTTAGACTCATCCAAGCCTTAGAAAGCCTTAT
Found at i:8975 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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7552 NNNNNNNNNN
* * * ** * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
** * **
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66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
** * * * * ** * *
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66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAGA-GAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * *
8029 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGAAAGTCTTAT
129 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACC-AAGCCTTAGAAAGCCTTAT
* * * *
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1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTT
* * ** * *
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* * *
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* * ** *
8245 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTATATTTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * *
8310 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCCT-GAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAA
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* * *
8374 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAAACTTTA-AAGGCCTTAT
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** * * * *
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1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * *
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66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* *
8546 AAAAGCCTATTTATACTCACTCATGCCTTCA-AAAGCCTTAT
131 AAAAGCCTATTTATAGTCAC-CAAGCCTT-AGAAAGCCTTAT
* ** * *
8587 TACTCGCTTTAAATGGCGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * *
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66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* *
8717 AAAAGCCTATTTATAGTCACTCACGCCTTCGAAAGCCTTAT
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8758 TACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
* ** * * * * *
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* * *
8887 AGAAGCCTATTTAGACTCATCCAAGCCTTAGAAAGCCTTAT
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* * * **
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1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * *
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66 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
9047 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
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Found at i:9260 original size:21 final size:20
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*
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*
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9261 CNNNNNNNNN
Statistics
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10216 NNNNNNNNNN
*
10226 TAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAA
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** * * * *
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* *
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* *** *
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* * * *
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* * *
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128 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT--TTTA
* * * * * *
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* * *
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*
10677 CCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
10708 AAATGGTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:11603 original size:172 final size:173
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* * * * * * *
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********* * *
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* **
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* * *
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* * * **
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* * * *
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*
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11781 TCATGNNNNN
Statistics
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Found at i:11802 original size:173 final size:171
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11472 NNNNNNNNNN
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**
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* * ** *
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*
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************
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* * * *
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* * *
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11923 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCATCCAAA
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Found at i:13517 original size:171 final size:169
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12816 TATTACTTGC
* * * * * *
12826 TATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTG
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* * * * *
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********** * * * *
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* * ** * *
13061 GAATGTTTGT-CTTGTGAAACATGAAGAAAAA-AAATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 GAATGTTT-TCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
* * **
13124 CACCCACA-CCTTCGAAAGTCC-TATTACTCGTTTTAAATAATTT
129 CA-CCA-AGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
* * * * * ***
13167 TATAATCTCATAATTG-TTTTCAAGTTAAATGTTTCTACATTTTTAGTTAAAACATATTATANNN
1 TATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
******* * * * *
13231 NNNNNNNTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATCGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
65 GAATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
* * * ********
13296 ACCTATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTANNNNNNNN
130 ACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
** * * * * * *
13338 NNTAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTACAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
13403 AATGTTTTCCTAGGGAAACATGAACAAAAACCCATTCATTGGCAACAGAAGCCTATTTAAACTCA
66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
*
13468 TCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATGGTTT
131 -CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATT-TAAATGGTTT
* * * *
13509 TATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
*********** * * * *
13574 AATANNNNNNNNNNGAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATTGACAAAAAAAGCCTATATATAGTC
66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
13639 ACCAATGCCTTCAAAAGCC----T--T-ATTTAAATGGTTT
130 ACCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGTTT
* * * * * *
13673 TATAATCTCACAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
13737 ACTATCTACCTA-AGGTAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAG-AAGGAAAAGTCTCA-TTATAG
66 AATGTTTTCCTAGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGCCT-ATTTATAG
* * *
13799 TCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
128 TCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
********** * * *
13843 TATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * * * *
13908 AAT-TTCAACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAGGCCATTCATTGGTAGGAGAAGTGC-ATTTATAG
66 AATGTT-TTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAG
* * ****
13970 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNN
128 TCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
****** * * * * *
14014 NNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAATAAATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
*** * * * * * * *
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66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
* ****
14144 CCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGNNNN
131 -CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
****** * *
14185 NNNNNNCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
14249 TAAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGGAAAAA-CCATTCATTGGCGAGAAATGCCTATTTATA
64 TGAATGTTTTCC-TAGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATA
* * *
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127 GTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
********** * * * *
14357 NNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATAG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * * *
14422 AATGTCTGT-CTTGAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGGAAAGCCTATTTATTGTC
66 AATGT-TTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
* * * *
14486 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGATTT
130 ACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
* * *
14528 TATAATCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * *
14592 GAATATTTGTCCCA-ATAAACGTGAA-AAAAAACTATTCATTGGTAGGAGAAGTCC-ATTTATAG
65 GAATGTTT-TCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAG
* * * **********
14654 TCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNT
128 TCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
* * * *
14698 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * **
14763 GAATCTCTGCATTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGCCTATTTATAGT
65 GAATGTTTTC-CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
* *******
14827 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGNNNNNN
129 CACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
**** * * * * ** *
14870 NNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTGCAGTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * *
14935 GAATCTTTGCCTA-AGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
65 GAATGTTTTCCTAGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
* *
14999 CACCCAAGCCGTCAAAAGTCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTT
129 CA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CATTTAAATGGTTT
* * * * *
15042 TTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
15107 AATGCTTGT-CTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC-ACTTATAGT
66 AATG-TTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGT
* * *
15170 CACCTATGCTTTCAAAAGCCATATTACTTGC-TTTAAATGGTTT
129 CACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CATTTAAATGGTTT
* * * * *
15213 TATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * ** *
15277 AATGTTCAT-CTTGAGAAACATGAAGAAAACGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATACTC
66 AATGTT-TTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
* *
15341 ACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAATTGTTTT
130 AC-CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CATTTAAATGGTTT
* * * * ** * **
15383 TATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAGATC-GGGTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGATTATAATT
* * * * * * ** * * * *
15447 GAATATCTACTTAGGGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATC
65 GAATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
* ** * * *
15512 ACCCATA-CTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTT
130 A-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
********** * * * * *
15554 TATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAACACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * ** * * *
15619 AAGGTCTGCCCCAGA-AAATGTGAAGAAATAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
66 AATGT-TTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGT
********** * **
15682 CACTNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
129 CAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
* * * * * * *
15725 TATAATCACATAATTGATTTCAAGTTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * *
15790 AATGTTTGCTTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCCT-TTTATAGT
66 AATGTTTTCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGT
* * *
15852 CACCCATA-CTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
129 CA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
* ** * ** *
15895 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAAAATTCTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * *
15960 GTACGTCTACCTCAG-GAAACATAAAG-AAAAGTCTATTCATTGGAAAGGAAAA-CCCATTTATA
65 GAATGTTTTCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAA-GAAAAGCCTATTTATA
* * ** **
16022 GTCACCGATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGTTATTTT
127 GTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
* * * ** * * *
16067 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * * *
16132 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTACAGTC
66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTC
* * ***
16196 ACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGNNN
130 A-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
******* * * * * * *
16238 NNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTGGATAAAATAAATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
16303 AATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAACAAAAGTCC-ATTTATAGT
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* * * *********
16366 CACTCATGCCTTTAAAAGCATTATTANNNNNNNNNNATGGTTT
129 CAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCATTTAAATGGTTT
*** * * * *
16409 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAACGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
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66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTC
* * * * * * * *
16538 ACCTATA-CTTTTAAAGGCTTTATTAGTCGCTTTCAATGTTTT
130 ACC-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
* ** * ** * *
16580 TATAATCTCATAATTGATTTCAAG-AAAACTTTTTTACATTTTTCTTTAAAAAAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* *** * *
16644 CATGTCCGCCTCAG-GAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AGTAAAAGTCC-ATTTATAG
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* * * * *
16706 TCACCCATA-CCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTT
128 TCA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
********** * * * *
16750 TATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAATCAAATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * * **
16815 AATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAA-ATTCATTTATAGTC
66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTC
* * *****
16879 ACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATNNNNN
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***** * * *
16921 NNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTCACATTTTTTGG-TAAAACAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * *
16985 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAGAGCCATTCATTGGTAGGAGAAGTCC-ATGTATAG
65 GAATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAG
* * * * * **
17048 TCGCCCATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATATTTT
128 TCACCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
* ********** * * *
17092 TATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTGATTAAAATAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * * ** **
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* * * * * *
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* * ** **
17263 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACAATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * * * *
17327 TGTATGTCTGTCATGGA-AAACATGTAGAGAAAGTCACTCATTAGCAAGAAAAG-TTCATTTATA
64 TGAATGT-TTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT-ATTTATA
* *********
17390 GTCACCTATA-CCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNN
127 GTCACC-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
* * ** * * * *
17435 NATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATGATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
17500 AATGTTAT-CTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACTAGAAAA-CTCCATTTATGGT
66 AATGTTTTCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CTATTTATAGT
* * * *
17562 TACCCATA-CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
129 CA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTT
********** * * ** *
17605 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGATAAAACAAATTGCAGTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * *
17669 AA-----T--AAG-GACATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTACTTACAGTCA
66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
* ********* *
17726 CCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGATTT
131 -CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCATTTAAATGGTTT
* * * *
17767 TATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * * * *
17832 ATTGTCTACCTCGAGAAATATGATGAAAAA-CATATTTATTGGGAAGAAAGGTCC-ATTTATAGT
66 AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGT
*
17895 CAACCATA-CCTTCGAAAA-CCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTT
129 C-ACCA-AGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTT
* * * *
17938 TATAATCGCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGATAATAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
18000 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3794, Mismatches: 1032, Indels: 354
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 121 0.03
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164 44 0.01
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168 2 0.00
169 30 0.01
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGTTT
Found at i:14373 original size:343 final size:324
Alignment explanation
Indices: 13856--15375 Score: 734
Period size: 343 Copynumber: 4.5 Consensus size: 324
13846 NNNNNNNNNN
* *
13856 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAATTTCAACCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACCTTA
* * * *
13921 AGAAACGTGAAAAAAAGGCCATTCATTGGTAGGAGAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
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****
13986 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG------ATTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
14051 TATTTTTGGTCAAAATAAATTATAATTA-AATGTCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATT
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*
14115 CATTGACAATAG-AAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAA
252 CATTGACAA-AGAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
14179 TGNNNNNNNNNNCTTATAA
316 TG----------CTTATAA
* * * *
14198 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTCTACCT
1 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACCT
14262 TAAGAAACATGAAGGAAAAA-CCATTCATTGG-CGAGAAATGCCTATTTATAGTCACTCAAT-CC
64 TAAGAAACATGAA--AAAAAGCCATTCATTGGACGAGAAATG-C-ATTTATAGTCAC-CAATGCC
****
14324 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATT
124 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTT------CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *** * * *
14388 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATAGAATGTCTGTCTTGAGAAATGTGAAGAAAGAG
182 TTTTTACATTTTTGGTCAAAATAAATAATAATAGAATGTCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
** * * * * *
14453 CCATTCATTGGTAAGGAAAGCCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
247 CCATTCATTGACAAAGAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
**
14518 TAGATGATTTTATAATCTCATA
312 TA-A--ATGCT-T-A--T-A-A
* * *
14540 TATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGGT-AAAACAGATAATAATTGAATATTTGTC-
1 T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTCAAAACAAATTATAATT-AA-A--TGTCA
* * * * * * * *
14603 -CC--AATAAACGTGAAAAAAAACTATTCATTGGTAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
60 ACCTTAAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTGG-ACGAGAAATGCATTTATAGTCACCAATGCC
* ***** * * * *
14665 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTT
124 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-----TTAAATGAT-TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT
* * * ** * * * ** * *
14730 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTGAATCTCTGCATT-AGGAAACATGAAGAAAAA
182 TTTTTACATTTTTGGTCAAAATAAATAATAATAGAATGTCAACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
14794 GCCATTCATTAAC-AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
246 ACCATTCATTGACAAAG-AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
14858 TTTAAGNNNNNNNNNNAT-CTCATAA
310 TTTAA-----------ATGCTTATAA
* * * * ** * * * ***
14883 TTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTGCAGTTGAATCTTTGCC-T
1 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACCTT
* * * * *
14947 AAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGG-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA-GCCG
65 AA-GAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGACGAGAAATG-C-ATTTATAGTCA-CCAATGCCT
* * * *
15010 TCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G---ATT--TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *** * * *
15075 TTTACATTTTTTGTTACAACAGATAATAATTGAATG-CTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGC
184 TTTACATTTTTGGTCAAAATAAATAATAATAGAATGTC-AACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAC
* * * * * **
15139 CATTCATTTG-C-AAGAAAAGTCC-ACTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCATATTACTTGC
248 CATTCA-TTGACAAAG-AAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
15201 TTTAAATGGTTTTATAA
310 TTTAAAT-G-CTTATAA
* * * * * *
15218 TCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 --T--TGA-T---TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAATG-
* * * * * ** *
15282 TC-ATCTTGAGAAACATGAAGAAAACGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTTTATTTATACTCACTC
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* *
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12769 NNNNNNNNNN
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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13578 NNNNNNNNNNGAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATTGACAAAAAAAGCCTATATATAGTCA-CC
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
13699 GAATTGTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGAT--T-GTAG-TTGACTATCTACCTAAGGTAACATG
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* * * * * * *
13759 AAGAAAAACCCATTCATTAG-AAGGAAAAGTCTCA-TTATAGTCA-CTCAAGTCTTCGAAAGCCT
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* **********
13821 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
373 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* ** *
13886 TGGTCAAAACAAATTATAATT-AA-ATTTCAACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAGGCCATTCATTG
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* *
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503 GTAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG---T
****** * * *
14014 NNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAATAAATTATAATTA
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* * * * * *
14079 AATGTCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAATA
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* * **
14126 GAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNN
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* * * * ** *
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* **
14384 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATAGAATG-TCTGTCTTGAGAAATGTGAAGA
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* * * * *
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* *
14512 TCGCTTTAGATGATTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGGT
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* ** * *
14576 -AAAACAGATAATAATTGAATATTT-GTCC-CAATAAACGTGAAAAAAA-ACTATTCATTGGTAG
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* *******
14637 GAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATA
507 GAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT---TTAAATGTTATA
* * * * * *
14702 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTGAAT
569 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAAT
** *
14767 CTCTGCATT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGA
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* * ***
14811 AAAGCCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGNNNNNNNNNNAT
1 AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA--------ATGAT
* * *
14876 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTGCAGTTGAATCT
58 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTGCAATTAAATCT
* * *
14941 TTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA
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* * *
15006 GCCGTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
188 GCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* *
15071 TTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATAATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAG
253 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATAGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAG
* * *
15136 AGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCATATTACTTGC
318 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGC
* * * * * *
15201 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTGTGAAAAC
383 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAAC
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15265 AGATTATAATTGAAT-GTTC-ATCTTGAGAAACATGAAGAAAACG-TCATTCATTGACAAGAAAA
448 AGATTATAATTGAATATTTCAACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGACCATTCATTGGTAGGAGAA
** * * * * *
15327 GTTTATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTC
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15392 ATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAGATC-GGGTATAATTGAATATCTA
574 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAA-AACAAATTATAATTAAATCTCAA
* * * * *
15456 C-TTAGGGAAACATGAACAAAAAGA-TATCCATTGACAAGA
638 CATT-GAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTAACAAGA
* * * ** * * * *
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1 AAAGCCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TCTCATA
* ***** * * * * * * * *** * *
15558 ATCTCATAATNNNNNNNNNNTTAAATTT-TTTTACATTTTTAGATAACACAGATAATAATTGAAG
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* * ** * ** * * * * *
15622 GTCTGCCCCAGAAAATGTGAAGAAATAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACT
121 CTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACC
********** * * *
15686 NNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTATAATCACATAATTGATTTCAAGT
185 CAAGCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTT-TAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * * * *
15750 TGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTA-AATGTTTG-CTTCAGGAAACATGA
249 TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA-TAGAATGCTTGTCTTGA-GAAACATGA
* * ** * * * * *
15813 AGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATT
312 AGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATT
* * * ** * **
15877 ACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAAAATTCTTTTTAGATTTTTTA
377 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGG
* * ** * * * * *
15942 TTAAAACAGATAATAATTG--TACGTCTACCTCAGGAAACAT-AAAGAAAAGTCTATTCATTGGA
441 TCAAAACAGATTATAATTGAATATTTCAACCTCAAGAAACGTGAAA-AAAAGACCATTCATTGG-
* ** * * * * *
16004 AAGGA-AAACCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGTTATTTTT
504 TAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA---AATGTT
* * * * ** * * * * * *
16068 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGTATAATTGA
566 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAA
* ** * * * * *
16133 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGA-TATCCATTAGCAAGA
631 ATCTCAACATTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTAACAAGA
* * *
16179 AAAGTCC-ATTTACAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGNNNNNNN
1 AAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G-------
*** * * * * * *** *
16242 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTAAATTTTTGGATAAAATAAATAATAATTGAAT
56 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTGCAATTAAAT
* * * * *
16306 GTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAACAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC
121 CTCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCAC
* * * * * ********** * * *
16369 TCATGCCTTTAAAAGCATTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
184 CCAAGCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGT
*** * * *
16434 TGAAACGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATG-TCTG-CTTTGAGAAACATGA
249 TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATAGAATGCT-TGTC-TTGAGAAACATGA
* * * * ** * * * * * **
16497 AGAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTGTAGTCACCTATACTTTTAAAGGCTTTATT
312 AGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATT
* * * * ** * **
16562 AGTCGCTTTCAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG-AAAACTTTTTTACATTTTTCTT
377 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * ** * ** **
16626 TAAAAAAGATAATAATTG--CATGTCCGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACA
442 CAAAACAGATTATAATTGAATATTTCAACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGACCATTCATTGGTA
* * * * * *
16688 GTAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTAT
506 GGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA--A-TGTTAT
********** * * *
16753 AATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAATCAAATTATAATTAAAT
568 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAAT
* * * * * * * **
16818 ATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGA
633 CTCAACATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAACAAGA
** * * **
16862 AAA-ATTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNN
1 AAAGCCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT--------GA
* * * * * *** *
16926 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTATTTCACATTTTTTGG-TAAAACAGATAATAATTGAAT
57 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACA-TTTTTGGTTAAAAAAAATTGCAATTAAAT
* * * * * * * *
16989 GTCTACCT-CGAGAAACATGAA-AAAAGAGCCATTCATTGGTAGGAGAAGTCC-ATGTATAGTCG
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* * * * *
17051 CCC-ATCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATA-TTTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
183 CCCAAGCC-GTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTT-TAATCTCATAATTAATTTTA
********** * * * *
17114 AGTTGAA-TTTTNNNNNNNNNNTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAG-C-TCATGAAAC
246 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATAGAATG-CTTGTCTTGA-GAAAC
* * ** * * * * * * *
17176 GA-GAAGAAAAAGCTATTCATTGGTTAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCACGCTTTCAAAAGTC
308 -ATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
17240 TTATTATTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTTATAT
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** * ** * ** * * * * * *
17304 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTG--TATGTC--TGTCATGGAAAACATGTAGAGAAAG-TCAC
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* * * * * * * * *
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******* ** * * * *
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* * * * ** * ** *
17494 TGATTAAATGTTATC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACTAGA
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* * * * * *
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*** * * * * *
17609 NNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTGGATAAAACAAATTGCAGTT-GA-
60 ----CATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTGCAATTAAAT
* ** * * *
17670 ----A--TAAGGACATGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTACTTACAGTCACCC
121 CTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
* * ********** * * *
17729 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
186 AAGCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* * * * * ** * * *
17793 GACTTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTG-TCTACCTCGAGAAATATGAT
250 GAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATAATAGAATGCT-TGTCTTGAGAAACATGAA
* * * * * * * * *
17856 GAAA-AACATATTTATTGGGAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAACC-ATACCTTCGAAAA-CCTTT
313 GAAAGAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTC-ACCTATGCCTTC-AAAAGCCATA
* * * *
17918 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTT-CATTTTT
375 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT
* * ************************
17982 AGTTAAAACAG------A-T--A-A--T--A----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---G
439 GGTCAAAACAGATTATAATTGAATATTTCAACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAGACCATTCATTGG
* * * *
18026 -A--A-AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTT
504 TAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G--TT
* * ** * * * * *
18087 ATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTT-AACTAAAACAGATCAAAAATG
566 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTC-AAAACAAATTATAATTA
* * ** * * *** *
18151 AATGTCCACCAAAG-GAAACATTAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAA
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* * * * ** *
18198 AAAGCCTATTTGTAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAGGGTTTTATAAT
1 AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AA-------ATGAT
* ** * * * ** * * ** * * *
18263 CTCATAATTAATTCGAAGCTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAATGT
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* * ** * *
18327 TTACCTCAGGAAACGA-GAA-AAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
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** * * * * * * * *
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438 TGGTCAAAACAGATTATAATTGAATATTTCAACCTCA-AGAAACGTGAA-AAAAAGACCATTCAT
* * * * ** *** * * *
18700 TGGAAAGAAAAGTCCATCTGCAGTCACTTGTGCCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATAGT
501 TGGTAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* ******** * * * * * *
18765 TTTNNNNNNNNNNAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTCCAGTTTTGGTTAAAACAAACTATAA
565 TAT--AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAA
* * * * ** ** *
18830 TTAAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAATGATTCATTGGCAAAA
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* * * * * *
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* * * * * * **** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
19138 ATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTGCTTTTG-GAAACAAGAA-A
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** * *** * * *
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315 -AAGA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTA
* * * * * *
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378 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
19327 TAAAACATATTACAATTGAATGTTT--GCCT-AAGGAAACATAAAGAAAAAG-CCATTCATTGGT
442 CAAAACAGATTATAATTGAATATTTCAACCTCAA-GAAACGTGAA-AAAAAGACCATTCATTGGT
* * * * * * *
19388 AAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGATTTAAATGATTTT
505 AGGAGAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG---TT
* * * * *
19452 ATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTTATATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATT
566 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATT
* * * * * ** *
19515 GAATGTCTACCTT-AGGAA-ATG-AGAAGTAAAAGATATTCATTAGCAAGA
629 AAATCTCAACATTGAGAAACATGAAGAA--AAAA-CCATTCATTAACAAGA
* * * **********
19563 AAAGTCC-ATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G-------A
* * * * * * * * *
19627 TCTCGTAATTGACTTTAAGTTGATTTT-TTTTTCATTTTTGGTTATAACAGATTACAATTGAATG
57 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTGCAATTAAATC
* * ** * *
19691 TTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATGGTCACCCA
122 TCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA
* *
19756 AGCCTTTAAAAGCCTTA
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AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATAGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTC
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ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATTATA
ATTGAATATTTCAACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAGACCATTCATTGGTAGGAGAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTATAATCTCATAATTAATTTT
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTAAATCTCAACATTGAGAAACAT
GAAGAAAAAACCATTCATTAACAAGA
Found at i:16070 original size:684 final size:678
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12816 TATTACTTGC
* * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* ** * * * *
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383 TT-TTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-CCTCAG-GAAACATGAAG-AAAAGTCATTCAT-T
* * * ******
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**** * * * * * * * * * * * *
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* * * * * *** * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAATTTTTAGATAAAACAAATAATAATTG
************ * * *
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* * *
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128 TCACTC-ATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * ** * * * ** * *
13693 TAACTTGAA-TTGTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTGACTATCTACCTAAGGTAAC
192 TAAGTTGAACTT-TTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAAC
* * * * *
13756 ATGAAGAAAAACCCATTCATTAGA-AGGAAAAGT-CTCATTATAGTCA-CTCA-AGTCTTCGAAA
254 ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCT-ATACT-TTCAAAA
* ********** * **
13817 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
315 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACA
* * * * * * * * * * *
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** * * * * ** **
13946 TTGGTAGGAGAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGN
441 TTGAAAGGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGTTAT
********* * * * * ** * * * *
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505 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGTATAA
* * * * * * * *
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570 TTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGA-TATCCATTAG-CAAGAAAAGTCC-ATTTA
* * * * * ***
14138 TAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAAT-GNNNN
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****** * * * * * * * **
14185 NNNNNNCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTAAATTTTTAGATAAAACAAATAATAATT
* * * * * * *
14250 AAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAAA-CCATTCATTGGCGAGAAATG-CCTATTTATAG
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* **********
14313 TCACTCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTNNNNNNNNNNTAATTGATT
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* * *
14376 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATAGAATGTCTGTCTT-GAGAAA
191 TTAAGTTGAA-CTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTG-CTTAG-GAAA
** * ** * * * *
14440 TGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGGAAAG-CCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
253 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCTATACTTTCAAAAGC
* * * *
14504 CTTATTACTCGCTTTAGATGATTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
317 CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAT-TAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACAT
** * * ** * **
14568 TTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATATTTGTCC-CAATAAACGTGAA-AAAAAACTATTCAT
381 TTTT-TTTAAAACAGATAATAATTG-A-ATGTCTCCTCAGGAAACATGAAGAAAAGTC-ATTCAT
** * * *********
14631 TGGTAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTNNNNNNNNN
442 TGAAAGGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGTTATT
* * ** * * ** * * * * *
14696 NTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAG
506 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGTATAA
* * * * ** * * *
14761 TTGAATCTCTGCATT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-CCTATTTAT
570 TTGAATATCTACCTTGA-GAAACATGAACAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTAC
* * * * * *******
14824 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGNNNNNN
633 AATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTT
**** * * * * * * * *** *
14870 NNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTGCAGTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTAAATTTTTAGATAAAACAAATAATAATT
** * * * * * *
14935 GAATCTTTGCCT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAG
65 GAAGGTCTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCC-ATTTATAG
* * * * * * *
14998 TCACCCAAGCCGTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTT-TAATCTCATAATTAATTT
128 TCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
15062 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATAATAATTGAATGCTTGTCTT-GAGAAAC
192 TAAGTTGAA-CTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTG-CTTAG-GAAAC
* ** *
15126 ATGAAGAAAGAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCC
254 ATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATACTTTCAAAAGCC
* * * * ** *
15190 ATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTT
318 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTT
* * * *
15254 TTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGT-TCATCTTGAGAAACATGAAGAAAACGTCATTCATTG
383 TTT-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTCCTC-AG-GAAACATGAAGAAAA-GTCATTCATTG
** * * * * *
15318 ACAA-GAAAAGTTTATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTT
444 A-AAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGTTATTT
* * * * *
15382 TTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAGATCGGGTATAATT
507 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGTATAATT
* * *
15447 GAATATCTA-CTTAGGGAAACATGAACAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAA
572 GAATATCTACCTT-GAGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTACAA
* * *
15510 TCACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTT
635 TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTT
********** * * * *
15554 TATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAACACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAATTTTTAGATAAAACAAATAATAATTG
* * * * *
15619 AAGGTCTGCC-CCAGAAA-ATGTGAAGAAATAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
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********** * * *
15682 CACTNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCACATAATTGATTTCA
129 CACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
15747 AGTTGAACTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTGCTTCAGGAAACATG
194 AGTTGAACTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCTT-AGGAAACATG
* *
15812 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTAT
257 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATACTTTCAAAAGCCTTAT
* * *
15876 TACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAAAATTCTTTTTAGATTTTTT
322 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATT-TTTTTACATTTTTT
* * *
15941 ATTAAAACAGATAATAATTGTACGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAGTCTATTCATTGGAAA
386 -TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-CCTCAGGAAACATGAAGAAAAGTC-ATTCATT-GAAA
* * *
16006 GGAAAA-CCCATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGTTATTTTTAT
447 GGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGTTATTTTTAT
* *
16070 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGTATAATTGAAT
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* * *
16135 GTTTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCC
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* * ***
16200 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGNNN
641 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTT
******* * * *
16238 NNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTGGATAAAATAAATAATAATTG
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* *
16303 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCA
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* ********** *
16368 CTCATGCCTTTAAAAGCATTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
131 CTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
16433 TTGAAACGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAACATGAA
196 TTG-AACTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCTTAG-GAAACATGAA
* * * * * *
16498 GAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTGTAGTCACCTATACTTTTAAAGGCTTTATTA
259 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATACTTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
16563 GTCGCTTTCAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG-AAAACTTTTTTACATTTTTCTTT
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* * * * * * *
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* *
16692 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAG-TAGTTTTATAAT
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********** * * * * ** * * *
16756 CTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA-ATCAAATTATAATTAAATAT
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* * * * *****
16884 TGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATNNNNN
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***** * * * * * *
16921 NNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTTCACATTTTTTGGTAAAACAGATAATAATT
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* *** * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
17305 TTTCATTAAAACAGACAATAATTGTATGTCT-GTCATGGAAAACATGTAGAGAAAGTCACTCATT
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* * *
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17426 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3073, Mismatches: 718, Indels: 250
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Matches are distributed among these distances:
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* * ** * * *
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380 GTTAAAACAGATTATA-ATTGAATGTTTGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
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13276 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTANNNNNNNN
443 AGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
** * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* ***********
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190 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
* * * * *
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254 AAGAAAAAGCCATTC-ATTAG-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CTATGCTTTCAAAAGCCA
* * * * *
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315 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* * * * ** * * *
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378 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GA
* * * * * *
13780 -AGGAAAAGT-CTCA-TTATAGTCACTCA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
441 CAAGAAAAGTCCT-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
13841 TT
504 TT
********** * ** * * *
13843 TATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TATAATTG
* * * * * * * * *
13908 AATTTCAACCT-TGAGAAACGTGAAA-AAAAGGCCATTCATTGGTAGGAGAAGTGC-ATTTATAG
64 AA-CTCTACCTAAG-GAAACAT-AAAGAAAA-GCTATTCATTGGAAAGAAAAG-CCTATTTATAG
* * *********** *
13970 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTT
124 TCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* ** * * * * * *** *
14035 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAATAAATTATAATTAAATGTCAACCTTGAGAAACGT
189 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT-TAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT
* * * * * * * **
14100 GAAGAAAAAACTATTCATT-GACAATAGAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGT
253 GAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CTATGCTTTCAAAAGCCA
* ********* * *
14163 TATTACTCACTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-AT
315 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAA---TTTTTTACAT
* * ** *
14226 TTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAAA-CCATTCAT
375 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
14290 TGGCGAGAAATG-CCTATTTATAGTCACTCA-ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
438 TGACAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-
14353 G-TTT
501 GTTTT
********** * * * *
14357 NNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATAG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT-ATAATTG
* ** * ** * * * * *
14422 AATGTCTGTCT-TGAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGGAAAGCCTATTTATTGTC
64 AA-CTCTACCTAAG-GAAACATAAAGAAA-AGCTATTCATTGGAAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
* * * *
14486 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGA-TTTTATAATCTCAT-ATATGATTTT
126 ACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTA-ATTATTTTTATAATCTCATAAT-TAATTTT
* ** * * ** * *
14549 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATATTTGTCC-CAATAAACG
189 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAACAGATAATAATTGAATGTTTG-CCTTGAGAAACA
* * * * * * * * * *
14613 TGAA-AAAAAACTATTCATTGGTAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTT
252 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCTTTCAAAAGCCAT
********** *
14677 ATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTT
* * * * *
14742 TGGTTAAAACAGATTGTAGTTGAATCTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAAC
378 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * *******
14807 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGNNNNNN
442 AAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
**** * * * * * *
14870 NNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAAT-TGCAGT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAT--AAT
* * * * * * *
14934 TGAATCTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGT
62 TGAA-CTCTACCTAAGGAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGCCTATTTATAGT
* * * **
14999 CACCCAAGCCGTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTT-TAATCTCATAATTAATTTT
125 CACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT-AATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * *
15063 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATAATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACAT
189 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA-AACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT
* * *
15128 GAAGAAAGAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCATA
253 GAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCTTTCAAAAGCCATA
* * ** *
15193 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTG
317 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGG
* * *
15258 TGAAAACAGATTATAATTGAATGTTCAT-CTT-GAGAAACATGAAGAAAACGTCATTCATTGACA
381 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTT--TGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * ** *
15321 AGAAAAGT-TTATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTT
443 AGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
* * * * * *
15383 TATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAGATCGGGTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA-AACAGATATAATTG
* * * * * * *
15448 AATATCTACTTAGGGAAACATGAACA-AAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAAT
64 AA-CTCTACCTAAGGAAACAT-AA-AGAAAAGCTATTCATTGGA-AAGAAAAGCCTATTTATAGT
* * ** * * * * ********
15511 CACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNN
125 CACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
** * * * * **
15576 NNTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGATAACACAGATAATAATTGAAGGTCTGCC-CCAGAAA-AT
190 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAA-ACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-
* * ********* *
15638 GTGAAGAAATAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNAAAGCCT
252 -TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATGCTTTCAAAAGCCA
* * * *
15703 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCACATAATTGATTTCAAGTTGAACTTTTTCACATTTT
315 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-AAGTTGAA-TTTTTTACATTTT
* * *
15768 TGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
378 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* *
15833 AA-AAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
442 AAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
* *
15895 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAAAATTCTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-AAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT-ATAATT
* * *
15960 GTACGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAGTCTATTCATTGGAAAGGAAAA-CCCATTTATAGT
63 GAAC-TCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAG-CTATTCATTGGAAA-GAAAAGCCTATTTATAGT
* * * * *
16024 CACCGATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGTTATTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
125 CACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * *
16089 AGTTGAATCTTTTAACATTTTTTATTAAGATAGAGT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
190 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAA-ACAGA-TAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT
* ** * * * * * * *
16153 GAACAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
253 GAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCTTTCAAAAGCCATA
** ********** * *
16218 TTACTCATTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTG
317 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTG
* * * * ** * * *
16283 GATAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATT-AGCA
380 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA
* * * * * ********** *
16347 ACAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCATTATTANNNNNNNNNNATGGTTT
443 AGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
** * * *
16409 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-CGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-AAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT-ATAATT
* * ** * * *
16473 GAATGTCT-GCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCT-TTTGTA
63 GAA-CTCTACCTAAG-GAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGGA-AAGAAAAG-CCTATTTATA
* * ** * * * *
16535 GTCACCTAT-ACTTTTAAAGGCTTTATTAGTCGCTTTCAA-TGTTTTTATAATCTCATAATTGAT
123 GTCACCCATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTT-AATTATTTTTATAATCTCATAATTAAT
* ** * * * ** *
16598 TTCAAG-AAAACTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAAAAGATAATAATTGCATGTCCGCC-TCAGGA
186 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATT-AAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GA
* * *
16660 AATATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAGTAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTT-AA
248 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT-GCTTTCAA
* * * *********
16722 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTA
309 AAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * * * * * * * * * *
16787 TATTTTTGGTTAAATCAAATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAACTATTC
372 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
16852 ATTGGCAAGAAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT
436 ATTGACAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*****
16916 NNNNN
501 GTTTT
***** * * * **
16921 NNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTCACATTTTTTGGTAAAACAGATAATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT-ATAATTG
* * * * * * *
16986 AATGTCTACCT-CGAGAAACATGAAA-AAAGAGCCATTCATTGGTAGGAGAAGTCC-ATGTATAG
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* * * * * *
17048 TCGCCCAT-CCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATATTTTTATAATTTCATAATTGATTT
124 TCACCCATGCC-TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTT
********** * * * *
17112 TAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAG-C-TCATGAAA
188 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAACAGATAATAATTGAATGT-TTGCCTTGA-GAAA
* * ** * * * * *
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* * * * *
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** ** * * * * * * *
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373 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTA-GG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * ***
17366 ATT-AGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTNNN
436 ATTGA-CAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
******
17429 NNNNNN
500 TGTTTT
* * * ** * *
17435 NATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATGATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGA-TATAATT
* * * * * * * * *
17499 -AAATGTTATCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TCGACTAGAAAA-CTCCATTTATG
63 GAACT-CTACCT-AAGGAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGGA-AAGAAAAGC-CTATTTATA
* * * ********** *
17560 GTTACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTNNNNNNNNNNAATTGATT
123 GTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT-AATTATTTTTATAATCTCATAATTAATT
** * * ** * *
17624 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGA-T-AA-A-A-CA-AATTGCA-G-TTG-AATAAG-GACA
187 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA
* * * * * * * *
17679 TGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTACTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGC
252 --TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CTATGCTTTCAAAAGC
* ********** * * *
17743 CTTATTANNNNNNNNNNAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGACTTTTTTTATAT
313 CATATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTT-AAGTTGA-ATTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
17807 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAATATGATGAAAAA-CATATTTAT
375 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCAT
** * * *
17871 TGGGAAGAAAGGTCC-ATTTATAGTCAACCATACCTTCGAAAA-CCTTTTTACTCACTTTAAATG
438 TGACAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
17934 GTTT
502 TTTT
* * *
17938 TATAATCGCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTT-CA-TTTTTAGTTAAAACAG--ATAA-T
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTAAAT-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATATAATT
************************ *
17998 -AA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------A----AAAG----TCC-ATTTATAGTCAC
63 GAACTCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGCCTATTTATAGTCAC
* * * * * * ** *
18046 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * * *** ** *
18111 TGAATTTCTTTACATTTTTAACTAAAACAGATCAA-AAATGAATGTCCACC-AAAGGAAACATTA
193 TGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAACAGAT-AATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGA
** * * * * * * *
18174 AGAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAG-CCTATTTGTAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTAT
255 AGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACT-ATGCTTTCAAAAGCCATAT
* ** * * * **
18238 TACTTGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTAATTCGAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTA
318 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATT-TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGG
* * * * ** * *
18303 TTAAAACAGATTATAAGTGAATGTTTACCTCAGGAAACGA-GAAAAAAAAGATATTCATTGGCAG
381 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
** *
18367 GAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTT
444 GAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGTTTT
* * * *
18428 TCTAATCTCATACTTGACTTTAAGTAAAATGTTTTCTT-CA-TTTTTAGCTAAAACAGAT-TACA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-AAAT-TTTT-TTACATTTTTTA-TTAAAACAGATATA-A
* ** * * **
18490 GTTGAA-TGT--CT--GTCTAAC-TCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATTCCTATTTAT
61 -TTGAACTCTACCTAAG-GAAACAT-AAAG-AAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGCCTATTTAT
* *** * * * ** * ** **
18549 AGACGTTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTT
122 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * * * * * * * * *
18614 TGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGGATGTCTACCTAGGGAAA
187 TTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATT-AAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA
** * * * ** * * *
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250 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATGCTTTCAAAAGCC
* ********** * * *
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* * * ** * ***
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* * * * * * * * *
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18937 TT
504 TT
* * * * * * * * *
18939 CATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATCTGATTAAAGTC-GAT-TACGGT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA-ACAGATATA--AT
* * * * * * * *
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62 TGAA-CTCTACCTAAGGAAACATAAAG-AAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGCCTATTTATAGT
* * * * *** *
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125 CACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * *
19132 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTTG-GAAACAA
190 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAACAGATAATAATTGAATGTTTGC-CTTGAGAAACAT
* ** * *** * *
19195 GAA-ATAAATGATATTTATTTTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTT
253 GAAGA-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATGCTTTCAAAAGCCAT
* * * * *
19259 ATTACCCTCTTTAAAT-GATTTTATAGTCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTT-CATTT
316 ATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTT
* * * * *
19322 TTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
377 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * *
19387 TAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACCCA-AGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGA-TTTAAATGAT
441 CAAGAAAAGTCCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGTT
19449 TT
504 TT
* * * *
19451 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTTATATATTTTT-TTAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAACAGA-TATAATT
* * * * *
19515 GAATGTCTACCTTAGG-AA-ATGAGAAGTAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATA
63 GAA-CTCTACCTAAGGAAACAT-A-AAG-AAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAG-CCTATTTATA
* * * ********** * * * * *
19577 GTTACCTATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGACTT
123 GTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* * ** * * *
19642 TAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTATAACAGATTACAATTGAATGTTTGCC-TAAGGAAAC
188 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA-AACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAAC
* * * *
19706 ATGAAGAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATGGTCAC
251 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC
19753 CCAAGCCTTT
Statistics
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TTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCTAT
TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
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12825 CTATAATCTT
* * * * *
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* * * * ** **
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** * *
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* * * * **********
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * ******
13518 ATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATANNNNN
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAC
***** * * * *
13583 NNNNNGAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATT-GACAAAAAAAG-CCTATATATAGTCACCAATG
66 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTAG-CAACAAAAGTCC-ATGTATAGTCACCCATG
* ** * * *
13646 CCTTCAAAAGCC---TTA-T---T-TAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAACTTGAAT
128 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAC
* * * * ** * * * * * * * *
13703 TGTTTCACATTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTGACTATCTACCTAAGGTAACATGAAGAAAAAC
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* * * * * * * *
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256 CTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATACT-TTCAAAAGTCTTATTACTCGC
* ********** * ** *
13831 TTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTCAAAA
319 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * ** * *** * * * * * *
13895 CAAATTATAATTAAATTTCAACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAGGCCATTCATTGGTAGGAGAAGT
383 CAGATAATAATTGTATGTCTGTC-AG-GAAACATGAAGAAAA-GTCATTCATT-G-AAGAAAAGT
* * * * * *********
13960 GCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCA
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* * * * * * *
14024 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAATAAATTATAATTAAATGTCAACC
507 TAATTAATTTTAAGTTGAA-CTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGT-TACC
* * * * * *
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****** *
14152 TTCAAAAG-CGTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTT
632 TTCAAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAAT-----ATTTTTCTC
* * ** *
14194 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
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* * * **********
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* * * * *
14385 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATAGAATGTCTG-TCTTGAGAA-ATGTGAAGA
191 A--CTTTTAAAATTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTCATGA-AACA--TGAAGA
* * * * * * * * *
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251 AAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTAC
* * ***
14512 TCGCTTTAGATGATTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTGGG
315 TCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTTTTCAT
* * * ** * ** *
14575 TAAAACAGATAATAATTGAATATTTGTCCCAATAAACGTGAA-AAAAAACTATTCATTGGTAGGA
378 TAAAACAGATAATAATTGTATGTCTGT--CAGGAAACATGAAGAAAAGTC-ATTCATT-G-AAGA
* * * **********
14639 GAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAAT
438 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAAT
** * * * * * *
14704 CTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTGAATCT
503 CTCATAATTAATTTTAAGTTGA--ACTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGT
* * * * * * *
14769 CTGCAT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG-AAAAGCCTATTTATAGTCACCT
566 -TACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TGACAAGAAAAATCC-ATTTATAGTCACCC
* * *******
14832 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGNNNNNNNNNNATCTC
627 ATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAA-----ATATTTTTCTC
* * * * *** * * * *
14879 ATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTGCAGTTGAATCTTTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
14944 CCT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAG
65 CCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCC-ATGTATAGTCACCCATG
* * * * * * *
15007 CCGTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTT-TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
128 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
15071 TTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAGATAATAATTGAATG-CTTG-TCTTGAGAAACATGAAGAA
192 --CTTTTAAAATTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTC-TGCTCAT--GAAACATGAAGAA
* * * * ** * * * * *
15134 AGAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCATATTACTT
252 AAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTACTC
* * * * ** *
15199 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTT--ATTTTTTGTGAA
317 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTTTTCATTAA
* * * *
15262 AACAGATTATAATTGAATGT-TCATCTTGAGAAACATGAAGAAAACGTCATTCATTGACAAGAAA
381 AACAGATAATAATTGTATGTCT-GTC-AG-GAAACATGAAGAAAA-GTCATTCATTG--AAGAAA
** * * * ** *
15326 AGTTTATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA-TTGTTTTTATAATC
440 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTAG-TTTTATAATC
* * * * * * * ** * *
15390 TCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTA-TTAAGATCGGGTATAATTGAATATC
504 TCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTT-ACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGT-
* * * * * * * * *
15454 TACTTAGGGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATA
566 TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATA
* ** * * *
15519 CTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTC
630 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATA--TTT-T--TCTC
********** * * * * * *
15563 ATAATNNNNNNNNNNTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAACACAGATAATAATTGAAGGTCTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * ******
15628 C-CCAGAAA-ATGTGAAGAAATAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTNNNNN
66 CTCAAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGC
***** * * *
15691 NNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCACATAATTGATTTCAAGTTGAACT
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* * * * *
15756 TTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAG
193 TTTTAAAATTTTT-GTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGC-TCATGAAACATGAAGAAAAAG
* *
15821 CCATTCATT-GACAA-AAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTACTCACT
256 CTATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCT
* * * *
15884 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAAAATTCTTTTTAGATTTTTTATTAAAAC
320 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-AAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* * * *
15949 AGATAATAATTGTACGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAGTCTATTCATTGGAAAGGAAAA-C
384 AGATAATAATTGTATGTCT--GTCAGGAAACATGAAGAAAAGTC-ATTCATT-G-AA-GAAAAGT
* * * *
16013 CCATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT-AGTTATTTTTATATTCTCA
443 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAG-TAGTTTTATAATCTCA
* * * * *
16077 TAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTAACATTTTTTA-TTAAGATAGAGTATAATTGAATGTTTAC
507 TAATTAATTTTAAGTTGAA-CTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATG-TTAC
* * * * * * *
16141 CTTGAGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCT
569 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATGA-CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCT
* * * ******
16206 TCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGNNNNNNNNNNTC
633 TCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATA-----TTTTTCTC
* * *
16247 ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTGGATAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAC
* * *
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* ********** **
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131 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAC-T
* * * * *
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* * * * *
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257 TATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCT
* * ** * *
16569 TTCAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG-AAAACTTTTTTACATTTTTCTTTAAAAAA
320 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
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385 GATAATAATTGTATGTCTG--TCAGGAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATTGA-AG-AAAAGTCC
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********** * * * * *
16763 TTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAATCAAATTATAATTAAATATCTACCTC
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* * * * * *
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*****
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* * *
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********
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** * ** *
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*
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* * *
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* * **********
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* *
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* ****
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** *** *
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* * ** * * * * *
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** ********** *
17733 CTTCGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG-AC
129 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAC
* * * * * * * *
17796 TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCGA-GAAATATGATGAAA
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* * * * * *
17923 CACTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTT-CATTTTT-AGTT
316 CGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTAAATTTTTTTTACATTTTTCA-TT
************************
17986 AAAACAG---AT-A----A------T----AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAAAGTC
379 AAAACAGATAATAATTGTATGTCTGTCAGGAAACATGAAGAAAAGTCATTCATTGAAGAAAAGTC
* * * ** * * *
18033 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATA
444 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * * * * *
18098 ATTAACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAACTAAAACAGATCAAAAATGAATGTCCACC-A
509 ATTAATTTTAAGTTGAACTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGT-TACCTC
* * * ** * * * *
18162 AAGGAAACATTAAGAAAAA-ATCATTCATTGGTAA-AAAAAGCCTATTTGTAGTCACTCA-AGCT
572 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCA-TGACAAGAAAAATCC-ATTTATAGTCACCCATA-CC
* * **
18224 TTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAGGGT-TTTATAATCTC
632 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAA---TATTT-T--TCTC
* ** * * * * * * *
18266 ATAATTAATTCGAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAACAGATTATAAGTGAATGTTTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTA
* * ** * ** * * *
18330 CCTCAGGAAACGA-GAAAAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGG
65 CCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGC
* * * ** * * * **
18394 CTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATACTTGACTTTAAGTAAAAT
129 CTTTAAAAGCCTTATTACTC-GCTATAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* *** * * * * * *
18458 GTTTTCTTCATTTTTAGCTAAAACAGATTACAGTTGAATGTCTG-TC-T--AAC-TCAAAGAAAA
192 CTTTT-AAAATTTTT-GTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTCATGAAACAT-GAAGAAAA
* * * * *** * * * *
18518 AGCCATTCATTGGCAAG-AAATTCCTATTTATAGACGTTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTT
254 AGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATA-CTTTCAAAAGTCTTATTACTC
* * * * * *
18581 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTC-TTA
317 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACA-TTTTTCATTA
* * * **
18645 AAACATATTATAATTGGATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGAAAGAA
380 AAACAGATAATAATTGTATGTCTGTC-A-GGAAACATGAAG-AAAAG-TCATTCATT-G-AAGAA
* ** *** * * * * ** * ******
18709 AAGTCCATCTGCAGTCACTTGTGCCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATAGTTTTNNNNNN
439 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAATC
**** * * * * * * * * *
18774 NNNNAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTCCAGTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTC
504 TCATAATTAATTTTAAGTTGAA-CTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGT-
* * * * * *
18839 TACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAA-ATGATTCATTGGCAA-AAAAAGTTCATTTATAATCACCCA
566 TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCA-TGACAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
18902 TGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAATCTC
628 TACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTT--T--TCTC
* * * * * * * ***
18948 ATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATCT-GATTAAAGTC-GATTACGGTTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAA-ACAAATAATAATTGAATGTCT
* * * *
19011 ACAT-AAGGAAACCTTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAG-CCTACT-TATAGTCACCCA
64 ACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCC-A-TGTATAGTCACCCA
* ** * * *** * *
19073 AGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGA
126 TGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** *
19138 ATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTTGGAAACAAGAA-ATAA
191 A-CTTTTAAAATTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTCAT-GAAACATGAAGA-AA
* * * *** * ** * * * * *
19202 ATGATATTTATTTTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCT
253 AAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTACTCG
* * * * * ** **
19267 CTTTAAATGATTTTATAGTCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTT-CATTTTTGGTTAAA
318 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAA
* * * * * * * *
19331 ACATATTACAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
382 ACAGATAATAATTGTATGTCTG--TCAGGAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATT-G-AAGAAAAG
* ** * *
19396 -CCTATTTACAGTCACCCA-AGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGA-TTTAAAT-GATTTTATAAT
442 TCC-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGTCTTATTACTC-ACTTTAAGTAG-TTTTATAAT
* * * * * *
19457 CTCATAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTTATATATTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
503 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAAC-TTTTTACAT-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGT
* * * * * * * *
19521 CTACCT-TAGGAA-ATGAGAAGTAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT
566 -TACCTCGAGAAACAT--GAAGAAAAAGCTATTCATGA-CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCC
* * **********
19584 ATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
627 ATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATA--TTT-T--TCTC
* * * * * * * * * * *
19631 GTAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTATAACAGATTACAATTGAATGTTTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
19696 CT-AAGGAAACATGAAGAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATGGTCACCCAAGC
66 CTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCC-ATGTATAGTCACCCATGC
19759 CTTTAAAAGCCTTA
129 CTTTAAAAGCCTTA
19773 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 4739, Mismatches: 1229, Indels: 574
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
650 2 0.00
651 110 0.02
652 84 0.02
653 23 0.00
654 3 0.00
655 1 0.00
656 11 0.00
657 90 0.02
658 10 0.00
659 5 0.00
660 4 0.00
661 91 0.02
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670 1 0.00
671 2 0.00
672 2 0.00
673 1 0.00
674 20 0.00
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680 30 0.01
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686 37 0.01
687 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (668 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTAC
CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGCCT
TTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT
TAAAATTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
CATTGGAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT
GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAAT
AATTGTATGTCTGTCAGGAAACATGAAGAAAAGTCATTCATTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
TTGAACTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTACCTCGAGAAACATGAAGA
AAAAGCTATTCATGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTC
ACTTTAAATATTTTTCTC
Found at i:18258 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18024--19772 Score: 1337
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 171
18014 NNNNNNNNNN
* ** *
18024 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTA
1 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
18088 TAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAACTAAAACAGATCAAAAATGAA
65 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
18153 TGTCCACCAAAGGAAACATTAAGAAAAAATCATTCATTGGTA
130 TGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
* * * * * *
18195 AAAAAAGCCTATTTGTAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAGGGTTTTAT
1 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
18260 AATCTCATAATT-AATTCGAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAA
66 AATCTCATAATTGACTT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
18324 TGTTTACCTCAGGAAACGA-GAAAAAAAAGAT-ATTCATTGGCA
130 TGTCTACCTAAGGAAAC-ATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCA
* * * * * * *
18366 GGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAATGGTTTTCT
1 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * *
18431 AATCTCATACTTGACTTTAAGTAAAATGTTTTCTT-CATTTTT-AGCTAAAACAGATTACAGTTG
66 AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTT-TTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
** ** **
18494 AATGTCTGTCT-A--ACTCA--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
128 AATGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
** * *** * *
18533 AGAAATTCCTATTTATAGACGTTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * *
18598 AATCTCATAATTG-GTTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGG
66 AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* *
18662 ATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGAA
129 ATGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCA
* ** **** * * * * * *
18705 AGAAAAGTCC-ATCTGCAGTCACTTGTGCCTTCTAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATAGTTTTN
1 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
********* * * * * * *
18769 NNNNNNNNNAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTCCAGTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAA
65 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
18834 ATGTCTACCTCTA-GAAACGTGAAGAAAAAATGATTCATTGGCA
129 ATGTCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
* * * * * * * * *
18877 AAAAAAG-TTCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCA
1 AGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ***
18941 TAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTACATATCTGATTAAAGTC-GATTACGGTTGA
65 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA-ACAGATTATAATTGA
* * * **
19005 ATGTCTACATAAGGAAACCTTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
129 ATGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
* * * * * *
19048 ACAAAAGCCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAT
1 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
*
19113 AATCTCATAATT-AATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * * * ***
19176 TGTCTGCTTTTGGAAACAAGAA-ATAAATGAT-ATTTATTTTTA
130 TGTCTACCTAAGGAAACATGAAGA-AAA-AATCATTCATTGGCA
** * * *
19218 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCT-CTTTAAATGATTTT
1 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
19281 ATAGTCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTG
64 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** *
19345 AATGTTTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
128 AATGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
* * ** * *
19389 AGAAAAGCCTATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGATTTAAATGATTTTAT
1 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
*
19454 AATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAACTTTTTTATATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTG
66 AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA-TTTTTT-TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
19516 AATGTCTACCTTAGGAAATGA-GAAGTAAAAGAT-ATTCATTAGCA
128 AATGTCTACCTAAGGAAA-CATGAAG-AAAAAATCATTCATTGGCA
* * * ********** *
19560 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
19624 TAATCTCGTAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTATAACAGATTACAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * **
19689 TGTTTGCCTAAGGAAACATGAAG-AAAAGGCTATTCATTGGCA
130 TGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATTGGCA
* *
19731 AGAAAAGCCTATTTATGGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
1 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
19773 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 1220, Mismatches: 302, Indels: 112
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.00
167 121 0.10
168 2 0.00
169 14 0.01
170 145 0.12
171 668 0.55
172 252 0.21
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
Found at i:19294 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 18814--19772 Score: 989
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 342
18804 CCAGTTTTGG
* * * ** *
18814 TTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCTA-GAAACGTGAAGA-AAAA-ATGATTCATTGGC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACAAGAA-ATAAAAGAT-ATTCATTAGC
* * * * * * *
18876 AAAAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCA
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTCA
* * * * **
18941 TAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAAT-TTTTTTACATATCTGATTAAAGTC-GATTACGGTTG
128 TAATCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTT-CATATCTGATTAAA-ACAGATTACAATTG
* * *
19004 AATGTCTACATAAGGAAACCTTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCTACTTATAGTCA
191 AATGTCTACATAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCTACTTACAGTCA
* ** * * * *
19069 CCCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAG
256 CCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGATTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAG
19134 TTGAA-TTTTTT-TACATTTTT
321 TTGAACTTTTTTATACATTTTT
* * * * * ***
19154 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTTGGAAACAAGAAATAAATGATATTTATTTTTAA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAATAAAAGATATTCATTAGCAA
* * *
19219 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATGATTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTCATA
* * * * *
19284 GTCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATG
130 ATCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTTCATATCTGATTAAAACAGATTACAATTGAATG
* * * * * *
19349 TTTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACCCA
195 TCTACATAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCTACTTACAGTCACCCA
* *
19414 AGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGA
260 AGCCTTCAAAACCCTTATTACCCGATTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGA
*
19479 ACTTTTTTATATATTTTT
325 ACTTTTTTATACATTTTT
** *
19497 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGAGAAGTAAAAGATATTCATTAGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAATAAAAGATATTCATTAGCAAG
* ********** *
19562 AAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAAT-AGTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGA-TTTCATA
* * * ** * * * *
19626 ATCTCGTAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTATAACAGATTACAATTGAATG
130 ATCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTTCATATCTGATTAAAACAGATTACAATTGAATG
* * * * * * * * **
19691 TTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATGGTCACCCA
195 TCTACATAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCTACTTACAGTCACCCA
* *
19756 AGCCTTTAAAAGCCTTA
260 AGCCTTCAAAACCCTTA
19773 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 92, Indels: 15
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 259 0.50
342 248 0.48
343 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAATAAAAGATATTCATTAGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTCATAA
TCACATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTTCATATCTGATTAAAACAGATTACAATTGAATGT
CTACATAAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCTACTTACAGTCACCCAA
GCCTTCAAAACCCTTATTACCCGATTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAA
CTTTTTTATACATTTTT
Found at i:19901 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 19641--19883 Score: 353
Period size: 129 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
19631 GTAATTGACT
* * * * *
19641 TTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTATAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAAC
1 TTAAGTTGATATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTTTGCCTAAGAAAAC
* *
19706 ATGAAGAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATGGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCC
66 ATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCC
** * *
19770 TTAAGTTGA-ATTTTTTTAATTTTTTGGTTAAAACAGATAATTATTGAATGTTTGGCTCAGAAAA
1 TTAAGTTGATATTTTTTTAA-TTTTTGGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTTTGCCTAAGAAAA
* *
19834 CGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
65 CATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
19884 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 13, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
128 8 0.08
129 92 0.92
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (129 bp):
TTAAGTTGATATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTTTGCCTAAGAAAAC
ATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCC
Found at i:20135 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19931--20257 Score: 295
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
19921 TTATAATCTA
* * ** **
19931 ATAATTGATTTAAGTAAAATTTTTTTGACATTTTTCGTTAAAATAGATAATAATTGTATGTTTGT
1 ATAATTGATTTAAGTAAAATGTTTTTGACATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTAAATG-TTAC
* * * * * * * *
19996 CTTGGGAAACATGTAGAGAAAGTCACTT-ATTAGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATAC
65 CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATCAACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* *
20059 CTTCACAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNC
129 CTTCAAAAGCCTCATTACTCA-CTTTAAATGGT----------C
* * *
20102 ATAATTGATTTTAAGTTGAAA-GTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTA
1 ATAATTGA-TTTAAG-TAAAATGTTTTTGACATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTA
*
20165 CCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAATAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
64 CCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
*
20230 CTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
129 CTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAA
20258 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 27 0.21
171 85 0.65
172 12 0.09
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATAATTGATTTAAGTAAAATGTTTTTGACATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTACC
TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAACAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
TCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTC
Found at i:21143 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 20583--21148 Score: 555
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 166
20573 NNNNNNTTCA
*** * * *
20583 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * **
20648 TATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGAACAAGCATTCA
66 AATTTTTAGT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAA-AAGCATTCA
* * *
20713 TTAGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGGCTTC
129 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
20751 AAAAGCCTTATTACTTGCGTTAATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTAAATTTTTA
1 -AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-
* * * * * * ** * *
20816 ATATTTTTTTATTAAAATAGATTGTAATTGAACGTCT-ATTTCTAGAAACATGAACAAAAAG-AT
64 TTA-ATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACATGAA-GAAAAGCAT
* * * *
20879 ATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTCACCCATACCTTC
126 -T-CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
** * * *
20922 GAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 -AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * *
20987 TTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCCA
64 TTA-ATTTTT-AGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAA-G-CA
* * * *
21052 TTCATTCG-TAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTC
125 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
21093 ATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 A-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
21149 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 68, Indels: 26
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 55 0.17
170 36 0.11
171 178 0.57
172 41 0.13
173 3 0.01
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
AATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAGCATTCATT
AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
Done.