Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398865.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2147.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5563
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.09, T:0.31
Warning! 1233 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:460 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--894 Score: 531
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
*
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
** * * * * * *
66 AATGCCCACATAGAGAAATGAGAAGAAAAAGGTATTCACT-GACAAGAAAAG-TCTATTTTTACT
65 AATGCTAAC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AA-AAAAGTTC-ATTTATAGT
*
129 CACTCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
126 CACTCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAAGGTTT
* * * * *
172 TCTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTT
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAA-TT
** * * ** * *
237 G-ATGCTTGC-CTTAGGAAATGTGTCA-AAAAACCCATCCATTTGGAACAAAAGTTCATTTATAG
64 GAATGCTAACTC-GA-GAAATGTG-AAGAAAAAGGCATTCA-TTGGAAAAAAAGTTCATTTATAG
* * *
299 TCTCTCATTCTTTTAAAAGTC-TTATTACTCGTTTTAAAAGGTTT
125 TCACTCATTCTTTCAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAAAGGTTT
* * * *
343 TATAAGCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACTA-ATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTA-TTAAAAC-AGATTATAATT
*
407 GAATGTCTAACTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTC
64 GAATG-CTAACTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTC
* *********************
472 ACCCATTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTAAATA-GTTT
127 ACTCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTT
* * * * * * * *
514 TATAGTCT-AAAATTTTATTTTAAATTGAATTTTTTGTATATTTTT-TGCTAAAATAGATTATAA
1 TATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-CACATTTTTAT--TAAAACAGATTATAA
* * * * ** * * *
577 TTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AAAATCGTTAGTAAGAAAAA-TTCATTTATA
62 TTGAATG-CTAACTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGAA-AAAAAGTTCATTTATA
* * * ** *
640 GTCACCCATT-TCTTCAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTT
124 GTCACTCATTCT-TTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAAGGTTT
* * * * * * * * *
685 GATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACATATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTCACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
750 TGAATGTCTACCTCGAGAAATAT-AAGCAAGAAGGCATTCATTGGAATGAAAAGTCCATTTATAG
63 TGAATG-CTAACTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGAA-AAAAAGTTCATTTATAG
* * * * *
814 TCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTCAAAAAGTTT
125 TCACTCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT-AAAAGGTTT
*
858 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCA
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCA
895 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 140, Indels: 74
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 19 0.03
171 317 0.58
172 131 0.24
173 78 0.14
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGCTAACTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
ATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAAGGTTT
Found at i:3096 original size:172 final size:166
Alignment explanation
Indices: 2703--3260 Score: 453
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 166
2693 NNNNNNNNNN
* * * * *
2703 ATCTCAAAATTGATTTTAACTTCAATTTGTTATTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAT
1 ATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TT-TTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAA
* ** * *
2768 TGACTACCTTGAGAAACG-TATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATCTATAGTCTC
64 TGTCTACCTCAAG-AACGTTA-AGAAAAAG-CATTCATTGA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC
** ** * *
2832 TTATTCCTTAAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTGTG
125 CAATTCCTTAAAAAGCCTTAT-ACTCAATTTAAAT-GTTTTATA
* * * * * *
2876 AT-TTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAAACTATAATTAAA
1 ATCTT-AAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAA
* *
2939 TGTCTACCTCAAGAGACGTTAAGAGAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCTATTTATAATCAC
64 TGTCTACCTCAAGA-ACGTTAAGA-AAAAGCATTCATT-G-AAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * *
3004 CCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCAATTTAAATGATTTTATT
125 CAATTCCTTAAAAAGCCTTA-TACTCAATTTAAATG-TTTTATA
* ** * *
3048 ATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTACGATTAAAACAGATTATAATTGAATA
1 ATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * * *
3113 TCTGTCTTGGAA-AACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT-AATAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACC
66 TCT-ACCT-CAAGAACGTTAAGAAAAA-GCATTCATTGAA-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * *
3176 AATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCATTTTAACAAGTTTTATA
126 AATTCCTTAAAAAGCCTTA-TACTCAATTTAA-ATGTTTTATA
*
3219 ATC-TAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTG
1 ATCTTAA-AATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTG
3261 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 54, Indels: 39
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 6 0.02
171 124 0.40
172 150 0.48
173 28 0.09
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
ATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATG
TCTACCTCAAGAACGTTAAGAAAAAGCATTCATTGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTC
CTTAAAAAGCCTTATACTCAATTTAAATGTTTTATA
Found at i:3653 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3363--4675 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 169
3353 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
3363 TTTT-TTACATTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGATTGCCTACCTTG-GAAAACGT-ATAGA
1 TTTTCTTACA-TTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAG-AAACGTGA-ACA
* * * * * ** ** *
3425 AAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTGTCTTATT-TTTTAAAAAGCCTTATAAC
63 AAAAGTCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTAT-AC
** * * *
3489 TCGCTTTAAATAGTTTTGTGATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
126 TCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
* * * *
3534 TTTTCTTACATTTTTTG-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAGACGTTAACAGA
1 TTTTCTTACA-TTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACAAA
*
3598 AA-TGCATTCATTAGTA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACTT-CTTTAAAAGCCTTACTA
65 AAGT-CATTCATTA--ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTTAAAAGCCTTA-TA
* *
3660 CTCAATTTAAAT-GATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTATAA
125 CTCAATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAA
* * * * * * *
3706 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTATCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACAAAA
* * * ** *
3771 AGTTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTTAAAATTCTTATTACTCAT
66 AGTCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA-TACTCAA
* *
3836 TTTAAAAAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAA
130 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
********* * ** *
3876 NNNNNNNNNNATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTG--CAAA
1 -TTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACAAA
* * * ********** *
3939 GAA-TCGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTAC
65 -AAGT--CATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA-TAC
* * *
4003 T-AACTTTAAATAGTTTGATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAA
126 TCAA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
* * * * ** * * ** *
4048 CTTTTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATCTTTGAATATCTACGTCGAAAAATATGAAGA
1 --TTTTCTT-ACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACA
* * ** * * *
4113 AGAAGACATTCATTGAAC-TGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
63 AAAAGTCATTCATT-AACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA-TAC
*
4177 TC-ATTTCAAA-ATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
126 TCAATTT-AAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* ********** * * * * * * *
4221 CTTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCATCGAAAAACGTGAAGAAA
1 -TTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACAAA
* * *** * * * * *
4286 AAGGCGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCAATT-CTTTCAAAAGTCTTATTA
65 AA---GTCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTA-TA
* * * *
4350 CTTGC-A-TTAGATGGTTTTATAATCTCATAAAT-AATTTAAGTTGAA
125 C-T-CAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
* * * * * ** * * **
4395 TATTT-TTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTCAAT-GCTTGGCTTGGGAAACGT-TTCGA
1 T-TTTCTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATC-TACCTCGAGAAACGTGAAC-A
* * * * * *** *
4457 AAAAGCCATCCATTTGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTGTCATT-CTTTCAAAAGTCTTATTA
63 AAAAGTCATTCA-TTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTA-TA
* *
4520 CTCATTTTAAA-AGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
125 CTCAATTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
* * * * * * * * *
4566 GTTTT-TCT-CA-TTTTGGTTGAAACTAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTGTAGAA
1 -TTTTCT-TACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACAA
* *** *
4628 AAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
64 AAAGTCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
4676 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 867, Mismatches: 222, Indels: 106
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 8 0.01
170 140 0.16
171 312 0.36
172 149 0.17
173 63 0.07
174 183 0.21
175 7 0.01
176 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAACAAAA
AGTCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATACTCAAT
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
Found at i:4631 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4239--4665 Score: 410
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
4229 NNNNNNNNNN
* * * *
4239 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCATCGA-AAAACGTGAAGAAAAAGGCGACATTTATTGG
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAAA-GTGTAGAAAAA-GC--CATTCATTGG
* * *
4303 TAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCATCAATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCATTAGATGGTTT
62 AAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCATCAATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCATTAAAAGGTTT
*
4367 TATAATCTCATAAATAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCA
126 TATAAGCTCATAAATAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCA
* * * * * * * * * *
4412 TTAAAATAGACTATAATTCAATG-CTTGGC-TTGGGAAACGTTTCGAAAAAGCCATCCATTTGAA
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-T-ACATCGAGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAA
*
4475 AGAAAAGTTCATTTATAGTCTGTC-ATTCTTTCAAAAGTCTTATTAC-T-CATTTTAAAAGGTTT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTC-ATCAATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCA--TTAAAAGGTTT
* * **
4537 TATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTCT-CA-TTTTGG
126 TATAAGCTCATAAAT-AATTTAAGTTGAA-TATTTT-TACATTTTTCA
* *
4582 TTGAAACTA-ATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTGTAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
1 TT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGG-AA
4646 A-AAAAGTTCATTTATAGTCA
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCA
4666 CCCATTCCTT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 35, Indels: 32
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 2 0.01
170 130 0.63
171 31 0.15
172 5 0.02
173 31 0.15
174 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
AAAAGTTCATTTATAGTCATCAATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCATTAAAAGGTTTTATAA
GCTCATAAATAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCA
Done.