Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398868.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2150.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1421 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:913 original size:172 final size:171
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Indices: 502--965 Score: 459
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
492 NNNNNNNNNN
* * * * *
502 CTCATAATTAATTTTAGGTTCAATATCTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT
1 CTCATAATTGATTTTAGATTGAAT-TCTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * ** * ** *
567 CTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAGGGGCATTCATT-ACCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCA
65 CTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA
* ** ** * *
631 TTCTTGCAAAAGCCTTGTTTGTCGCTTTAAATGGTTGTATCAT
129 TTCTTGCAAAAGACTTAATACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
* * * * * *
674 CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTGTTTTACATTCTTCGTTAAAACAAACT-TCAAATGACTG
1 CTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTCTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTAT-AATTGAATG
* * * *
737 TCTGCCTCAAAAAATATGTAGAAAAAGCCATTCCTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAA
64 TCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA
*
802 TTCCTT-CAAAAGACTTAATACTCACTTTAAAATGGTTTTATAAT
129 TT-CTTGCAAAAGACTTAATACTCACTTT-AAATGGTTGTATAAT
* * * * *
846 CTCATAAATGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAGATTGAATTCTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
** * * * *
911 TGCCTCAGGAGACATGAAGAAAACGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
966 TCTTACCTTT
Statistics
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173 2 0.01
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CTCATAATTGATTTTAGATTGAATTCTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATT
CTTGCAAAAGACTTAATACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
Found at i:1040 original size:94 final size:94
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Indices: 887--1059 Score: 233
Period size: 94 Copynumber: 1.8 Consensus size: 94
877 CATTTTTGGC
* * * * *
887 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAGACATGAAGAAAACGGCATTCATTGGGAAGA
1 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAACAGCATTCATTGGCAAAA
* *
952 AAAGTCCATTTATATCTTACCTTTTTTAT
66 AAACTCAATTTATATCTTACCTTTTTTAT
* *
981 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-GATAAACATGAAGAAATA-AGCATTGATTGGCAA
1 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAA-ACAGCATTCATTGGCAA
1044 AAAAACTCAATTTATA
64 AAAAACTCAATTTATA
1060 ATCTCCCATT
Statistics
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93 1 0.01
94 66 0.97
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TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAACAGCATTCATTGGCAAAA
AAACTCAATTTATATCTTACCTTTTTTAT
Found at i:1269 original size:170 final size:171
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Indices: 980--1518 Score: 501
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970 ACCTTTTTTA
* * *
980 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAT-AAACATGAAGAAATAAGCATTGATTGGCAA
1 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-ATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-AA
* * * *
1044 A-AAAA-CTCAATTTATAATCTCCCATTCCTTT-AAAAACCTTATTACAC-GTTTTAAATGGTTT
64 AGAAAAGTTC-ATTTATAATGTCCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTT
*
1105 TATAACCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTACATTTTTGG
126 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTATTGG
* * * *
1150 TTAAAATAGAGTATAATTTAAAGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAG
1 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAAG
* * * * * *
1215 AAAAGTTCGTTTATAGTGTCCCATTCTTTCAAAAGCTTTGTTACTCAGTTTAAATAGTTCTATAA
66 AAAAGTTCATTTATAATGTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
1280 TCC-CATAATTGATTTTAAGTTCAACCA-T-TTTTATATAATTGA
131 -CCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--ATTGTTTTACATTATTGG
** * * * *
1322 TTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGGACATTCATT-GAAA
1 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGAAA
* * * * * *
1385 GGAAAAGTTAATTTATAATCAG-CCC-TTATTGCAGAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTT
65 -GAAAAGTTCATTTATAAT--GTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTT
* * * *
1448 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTCG
127 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTATTGG
* * * *
1493 TTAAAACAAACTACAATTGACTGTCT
1 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT
1519 GCCTTAGAAA
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 54, Indels: 33
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.03
170 111 0.37
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173 4 0.01
174 2 0.01
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TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAAG
AAAAGTTCATTTATAATGTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAA
CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTATTGG
Found at i:4016 original size:172 final size:171
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Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
3499 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
3509 TAATCTCATAATTTATTTTAAATTAAATTGTTTTACATTCTTCATTAAAACAAATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * * * *
3574 TGTCTACATTAGGAAATATGTAG-AAAAGCCATTCATTGAG-AAAATAAACT-CTTTCTATAGTC
66 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGA-AAAGTCCATT-TATAGCC
* ********
3636 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNN
128 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** * * * * * *
3680 NNATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAGACTATAACTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ********
3745 CGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTANNNNNNNN
66 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
*********** * *
3809 NNNNNNNNNNNAACCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
131 AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
3850 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTGTTTTTACATTATTCATTAAAACAAATTAGAAATGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGA
* **
3915 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGCCAC
65 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
* * * *
3980 CCATTCCTGCAAAAACCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTA
130 CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4022 TAATCACATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** * * * * ***
4086 TTTCTACCTTGAGCAACA-CACAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAGGAAAAATCCATTTATAGATG
66 TGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
* * *
4149 CCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
129 CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** * ********** *
4192 TAGGCTCACAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACANNNNNNNNNNAAATAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * * *
4256 TGTCTACCTCAATAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTCGTAGGAAAAAGTCCATTTATAGTCC
66 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAG-CC
**
4321 -CTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
128 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
4364 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATCTATTACATTATTGGTTAAAACAGATTCTAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * * ** * *
4429 ATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAGGGGTATTCATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCAC
65 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
* **
4494 CCATT-CTTGCAAAAGCCTTATTTGTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 CAATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
4536 TACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTCGTTAAAACAAACTACAATTGAC
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * *
4601 TGTTTGCCTC-AGAAAATATGTAGAAAAAGTCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA
66 TGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
*
4664 CCAATTCCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
129 CCAATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
4707 TAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
4772 TATCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAACGACATTAATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
4831 TCCTAAATTT
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 247, Indels: 46
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 213 0.24
171 369 0.42
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173 12 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.35
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TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
Found at i:4905 original size:94 final size:94
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4741 ACATTTTTGG
* * * *
4751 TTAAAATAGACTATAATTGAATATCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAACGACATTAATTGGGAAG
1 TTAAAATAGACCATAATTGAATATCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAA
* *
4816 AAAAGTCCATTTATATCCTAAATTTTTTA
66 AAAACTCAATTTATATCCTAAATTTTTTA
* * *
4845 TTAAAATAGACCATAATTGAATGTCTCTCTC-GAGAAACATGAAGAAATAAG-CATTCATTGGCA
1 TTAAAATAGACCATAATTGAATATCTATCTCAG-GAAACATGAAGAAA-AAGACATTAATTGGCA
4908 AAAAAACTCAATTTATA
64 AAAAAACTCAATTTATA
4925 GTCTCTCATT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 9, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.01
94 66 0.96
95 2 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.13, T:0.30
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TTAAAATAGACCATAATTGAATATCTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAA
AAAACTCAATTTATATCCTAAATTTTTTA
Found at i:5267 original size:171 final size:169
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4835 AAATTTTTTA
* * ** *
4845 TTAAAATAGACCATAATTGAATGTCT-CTCTCGAGAAACATGAAGAAATAAGCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAA
* * * **
4909 AAAAACTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
4973 AA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
128 AATC-TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGG
* * * * * ** * *
5016 TTAAAATAGACTATAATTTAATGTCTACCTCATGAAACGCGAAGAAAAAGCATTCATCAGTAGGA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
5081 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATCCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * **
5146 CTCATAATTGATATTAGGTTCAACATTTTTTACATGATTGG
131 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTGG
* * ** * *
5187 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAGGGCATTTATTGGTAAGA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * * ** * *
5252 AATGTCTATTTATAGTCAGC-CATT-CTTGCAGAAGCCTTATTACTAACTTTAGATGGTTTTATC
66 AAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
5315 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTT-A
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATT-TTTGG
* * * *
5357 TTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGAG-AA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAA
* * * * *
5420 AAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
5485 ATCTCATAAATGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
5526 TTACAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGAATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* *
5591 AAAAGTCCATTTATAGTCTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
5656 TCTAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTG
130 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
5698 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCGTTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * * *
5763 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTGTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* **
5827 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTCTTCA
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTT-TTGG
* * * *
5869 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAACGTGCAGAAAAAGCTATTCATTGG-TA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAA
* * * **
5932 GAAAAAGTCCATTTATAGT-TGTCAATTCTTTCGAAAGCCTTATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTA
64 G-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
5996 TAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGG
* * * *
6040 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTCGTAGG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAG
* *
6105 AAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 -AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
6170 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATCTTTTACATTATTAG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTGG
*** * * * * * * ** *
6213 TTAAAACATTTTATAAGTGAACGTCTACATCAAAAAATGTGAAGAAAGGGGAATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAG
** * * * **
6278 AAAAGTATATTTATAGTCACCCATT-CTTGTAAAAGCCTTATTTGTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
6342 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTATTT-G
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATT-TTTGG
* * * * ** * *
6384 TTAAAACAAACTACAATT-AACTGTCTGCCTCAAGAAATATGTAGAAAAATCCATTCATTGAG-A
1 TTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTG-GCA
* * * ** *
6447 AGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
6511 TAATCTCATAAATGATTTTAGGATGAATTGTTTTATATTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGG
* ** * * * *
6555 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAATATGAAGAAAACGATATTTATTGACAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAA
* * * * * * * * * **
6619 GAAAAGTCCATTTATAATCACACATTCCTCCAAAGGCCTTAGTCCTAGCTTTAAAAGGCATTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * **
6684 ATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTATAAATTTTTCT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTGG
* *
6726 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
6791 AAAACTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
6856 TATCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
6897 CTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCATGAAACGTGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * *
6962 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
7027 TCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATGTTTTTTGCATTATTGG
130 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
7069 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGT-CCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAA
* * * * *
7133 GAAAAGTCCATGTATAGTCTCTTATTCCTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
7198 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTCACATTATTT-G
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT-ACATT-TTTGG
* * * * **
7241 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAATGTGAA-AAAAAGGGCATTCATTGATAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA--GCATTCATTGGCAA
* * * * * *
7305 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTAGCAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATGATTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
7369 AATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTCTTT-A
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* * ** * * * *
7412 TTAAACCAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTATGAAGCATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGGCAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATT-GGCAA
* * * * * * ********** * *
7477 -AAAAATCTATTTACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATGGTTTTGTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
7541 ATCTCAAAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * * *
7583 TTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACATG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * * *
7648 AAAAGTCCATTTATAATATCCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
7713 TCTCATAA
130 TCTCATAA
7721 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2224, Mismatches: 407, Indels: 148
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 65 0.03
170 321 0.14
171 1147 0.52
172 623 0.28
173 65 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGG
Found at i:7530 original size:857 final size:846
Alignment explanation
Indices: 4839--7720 Score: 3038
Period size: 857 Copynumber: 3.4 Consensus size: 846
4829 TATCCTAAAT
* * * **
4839 TTTTTATTAAAATAGACCATAATTGAATGTCT-CTCTCGAGAAACATGAAGAAATAAG-CATTCA
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCA
* * * * * * * * * *
4902 TTGGCAAAAAAACTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTTCAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC-CATAACCCACTTTAAATGG
* * *
4967 TTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATA
128 TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAGACTATA
* * ** * *
5031 ATTTAATGTCTACCTCATGAAACGCGAAGAAAAAGCATTCATCAGTAGGAAAAGTCCATTTATAG
192 ATTGAATGTCTACCTCA-GAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
5096 TCTCTCATCCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATT
256 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * *
5161 AGGTTCAACA-TTTTTTACATGATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
321 AGGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAC
* ** * * * * * *
5225 GTG-AAGAAAGGGCATTTATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTCAGC-CATT-CTTGCAGAAGC
383 GTGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTTATTCCTT-CAAAAGC
** * * * * *
5287 CTTATTACTAACTTTAGATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
446 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTCTTTTACATT
* * * ** * * **
5352 CTTTA-TTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATT
511 -ATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATT
* * *
5415 GAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
575 G-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-TTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
5479 TTTATAATCTCATAAATGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTACAACAGACTATAA
638 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTATTT-GTTAAAACAGACTATAA
* * * *
5542 CTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
701 TTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAA--AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
**** * *
5607 TCTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT
764 TCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
5672 AAGTTTAATTTTTTTTACA
829 AAGTTGAA-TTGTTTTACA
* * * *
5691 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCGTTCAT
1 -TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * * * * *
5756 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTGTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
65 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAAGCC-CATAACCCACTTTAAATGG
* * *
5820 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACTTTCTTCATTAAAATAGACTATA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTT-TTCGTTAAAACAGACTATA
* *
5884 ATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGCAGAAAAAGCTATTCATTGG-TAGAAAAAGTCCATTTAT
192 ATTGAATGTCTACCTCAG-AAACGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * * ** * * *
5948 AGT-TGTCAATTCTTTCGAAAGCCTTATCGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAAT
254 AGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
6012 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
318 TTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAA
* * * *
6077 CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTCGTAGGAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAGGC
382 CGTGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGC
6142 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATATCTTTTACAT
446 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT-TCTTTTACAT
* * * * * **
6207 TATTAGTTAAAACATTTTATAAGTGAACGTCTACATCAAAAAATGTGAAGAAAGGGGAATTCATT
510 TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATT
** ** **
6272 GGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTCTTGTAAAAGCCTTATTTGTCGCTTTAAATGGTT
575 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTG-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
6337 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTATTTGTTAAAACAAACTACAATT
639 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTATTTGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * *
6402 -AACTGTCTGCCTCAAGAAATATGTAGAAAAATCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGT
703 GAA-TGTCTACCTCAAGAAATATG-A-AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
6466 CACCAATTCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT
765 CACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
6530 AGGATGAATTGTTTTATA
829 AAGTTGAATTGTTTTACA
* * * * *
6548 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAATATGAAGAAAACGATATTTA
1 TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCA
* * * ** * * * * *
6612 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACACATTCC-TCCAAAGGCCTTAGTCCTAGCTTTAAAAG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCCATA-ACCCA-CTTTAAATG
** * * * *
6676 GCATTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTATAAATTTTTCTTTAAAACAGACTATA
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAGACTATA
* * * *
6741 ATTGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTCAATTTATA
192 ATTGAATGTCTACC-TCAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
6806 GTCTCTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTT
255 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
6871 TAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCATGAAACG
320 TAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACG
* *
6936 TGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTAAAAAGCCTT
384 TGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
7001 ATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATGTTTTTTGCATTAT
449 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT-TCTTTTACATTAT
* * * *
7066 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGT-CCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGG
513 TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGG
* * * *
7130 CAAGAAAAGTCCATGTATAGTCTCTTATTCCTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
577 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATT-CTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
7195 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTCACATTATTTGTTAAAATAGATTATAATTG
641 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-ACATTATTTGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
7260 AATGTATACCTTAAGAAATGTGAAAAAAAGGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
704 AATGTCTACCTCAAGAAATATGAAAAAAA--GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
7325 CCCATT-CTAGCAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAA
767 CCAATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
7389 GTTGAATTGTTTTACA
831 GTTGAATTGTTTTACA
* * * ** * * * *
7405 TTCTTTATTAAACCAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTATGAAGCATGTAGAAAAAGCCATTCAT
1 TT-TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * * *********
7470 TGGGCAA-AAAAATCTATTTACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATGG
65 T-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG-CCCATAACCCACTTTAAATGG
* * * * * * *
7534 TTTTGTAATCTCAAAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAGACTATAA
* * * ** * * * *
7599 CTAAATGTCTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAA
193 TTGAATGTCTACC-TCAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
7664 TATCCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
256 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
7721 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1679, Mismatches: 297, Indels: 102
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
852 12 0.01
853 243 0.14
854 96 0.06
855 81 0.05
856 298 0.18
857 768 0.46
858 176 0.10
859 4 0.00
860 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (846 bp):
TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCCATAACCCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTCAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACGTGAAAAA
AAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTCTTTTACATTATTAGTTAAA
ACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTTATTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTATTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
AAGAAATATGAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
A
Done.