Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398872.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2154.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3414
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.07, T:0.26
Warning! 1159 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3092 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2564--3071 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 167
2554 NNNNNNNNNN
2564 TTTAAATAATTTTATAACTTT-ATAATTGATTTTAATTTAGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAG
1 TTTAAATAATTTTATAA-TTTCATAATTGATTTTAATTTA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAA-
* *
2628 TAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAACAAAAAGATATCTGTTGGCAAGAAAAGT
63 AAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAGATATC-ATTGGCAAGAAAAGT
**********
2693 CCATTTATGGTCACCCATGCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGC
126 CCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
* * * * *****
2735 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTGATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTNNNNN
1 TTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA
***** * * * *
2800 NNNNNTAATTAAATGTTTTCCTC-AGGAAACATTTAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
65 AATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAAACA-TGAAAAAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
2864 CATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCTC
127 CATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
2905 TTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTTATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA
1 TTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTTA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA
* * *
2970 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATACATTGGCAAAAAAAGTC
65 A-ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTC
3035 CATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTAC
127 CATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTAC
3072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 57, Indels: 18
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 132 0.49
171 135 0.50
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
TTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAA
ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAAAAAAAGATATCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
Found at i:3101 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2564--3397 Score: 545
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
2554 NNNNNNNNNN
* * *
2564 TTTAAATAATTTTATAACTTTATAATTGATTTTAATTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAG
1 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAA-
* *
2628 TAA-ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAACAAAAAGATATCTGTTGGCAAGAAAAG
64 AAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAGATATC-ATTGGCAAGAAAAG
**********
2692 TCCATTTATGGTCACCCATGCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGC
127 TCCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
* * * ****
2735 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTGATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-NNNN
1 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA
****** * * * *
2799 NNNNNNTAATTAAATGTTTTCCTC-AGGAAACATTTAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAAACA-TGAAAAAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
2863 CCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCTC
128 CCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
* **
2905 TTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTT-ATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * *
2969 AAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATACATTGGCAAAAAAAGT
65 AAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGT
****
3034 CCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACNNNN
128 CCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
****** * *
3076 NNNNNNTGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTAAATACTTTT-TTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAA
* *********** * * * *
3140 TAGATTATAATTTNNNNNNNNNNTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAGAAGT
65 AAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAA-AAAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * *
3205 TCGTTTATAGTAACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
128 CCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
********** * **
3247 TTNNNNNNNNNNTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTTAGGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-
* * * * *
3312 TA-ATTACAATTAAATGTTTGCCT-TAAGAAAC--GAAAAGACAAAGATATCGATTGGCAAGAAA
65 AAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAA-AAACATG-AAA-A-AAAGATATC-ATTGGCAAGAAA
* *
3373 AGTCCATTTATAGTAACCCATGCCT
125 AGTCCATTTATGGTCACCCATGCCT
3398 CCGAAAGCCT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 137, Indels: 36
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 139 0.27
171 356 0.70
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAA
AGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAAAAAAAGATATCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
Done.