Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397415.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_353.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21610
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 5947 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2374 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2081--3192 Score: 854
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
2071 NNNNNNNNNN
* * *
2081 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGTCT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT
1 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA-GAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * *
2145 -GACTAGAAAAGTCTATTTATTGTCACACATACCTTTGAAAGCCTTACTACTAGTTTTAAATGGT
65 AG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGT
* * * * * *
2209 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGCTGAATTATTTCATATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * * *
2252 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGATACGAGAAGAAAAACCCATTTATTA
1 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTA
*** * * * *
2317 TTTAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
* *
2382 TGTAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TT
* * * * * **
2424 TTTA-TTAAAACATATTAGAATTGATTGTTTGCCTCTAGAAA-AATAAAGAAAAAGCTGTTCATT
1 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGA-GAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * *
2487 GGCAAAAAAAGTCTATTTATAG-CA-ACTTATTCCTTCAAAAGCATTTTTACTCGCTTTAAATGG
65 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC--ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGG
* * * *
2550 CTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATT
* * * * * * *
2595 TTTGGCTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGGCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-T
1 TTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
2658 AGGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATGGT
65 A-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGT
* * * *
2723 TTTATAATCTCTTAATTGATTTTTAGTAAAATTTTTTTACATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * ** * * * * * * *
2766 TTTAGTTAAAATAAATTACAATTGATTGTCCGTCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTG
1 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTA
* * * * * * ** * *
2831 GTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTC-ACGAGCTTTATTACTCACTCTAAATAGTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTT
* * * * * *
2895 TTGTAATCTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * * * ** *
2937 TTT-GATTAAAACATATTTTAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAATGTGTAGAAAAAGAAATTCGTT
1 TTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * **
3001 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC-CTATTCTTTCGACAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGT
65 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGT
* * * * *
3064 TTTATAATCGCATAATTGATTTTAAATTCAA--TGTTTACATT
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
** * * * ** * *
3105 TTCGGTTAGAAA-AAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTA-AAGAATGAGCTATTCAG
1 TTTAGTTA-AAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACG-AGAAGAAAAAGCCATTCAT
* *
3168 T-GACTAGAAGAGTCCATTTATAGTC
64 TAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
3193 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 746, Mismatches: 172, Indels: 49
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 69 0.09
169 5 0.01
170 37 0.05
171 497 0.67
172 134 0.18
173 2 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTA
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
Found at i:2714 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2320--3088 Score: 877
Period size: 343 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
2310 TTTATTATTT
* * * *
2320 AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
2385 AATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTAGAATTGAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTACAATTGAT
** *
2449 TGTTTGCCTCTA-GAAAAATAAAGAAAAAG-CTGTTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAG-CA
129 TGTCCGCCT-TAGGAAAAATAAAGAAAAAGTC-GTTCATTGGCAAAAAAAGTCTACTTATAGTC-
** * * * *
2511 ACTTATTCCTTCAAAAGCATTT-TTACTCGCTTTAAATGGCTTTGTAATCCCATAATTGATTTTA
191 ACCCATTCCTTCAAAAGC-TTTATTACTCACTCTAAATAGCTTTGTAATCCCATAATTGATTTGA
* * * *
2575 AGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGGCTTAAAAAACG
255 AATTAAA-TTTTTTTACATTTTTGACTAAAACATA-CTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACG
** *
2639 TGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTA
318 TGAAGAAAAAGAAATTCATAGGCA
* *
2663 AGAAAGGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
* * *
2728 AATCTCTTAATTGATTTTTAGTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTACAATTGATT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTACAATTGATT
* ** * * *
2793 GTCCGTCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCC
130 GTCCGCCTTAGGAAAAATAAAGAAAAAGTCGTTCATTGGCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCC
** * ** *
2858 ATTCCTTCACGAGCTTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTGAAATTG
195 ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTCTAAATAGCTTTGTAATCCCATAATTGATTTGAAATTA
* * * * * * * *
2923 AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTTTAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAATGTGTAGAA
260 AATTTTTTTACATTTTTGACTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACGTGAAGAA
* *
2988 AAAGAAATTCGTTGGCA
325 AAAGAAATTCATAGGCA
* * * **
3005 AGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCTTTCGACAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
*
3069 AATCGCATAATTGATTTTAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAA
3089 ATTCAATGTT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 61, Indels: 18
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 29 0.08
342 118 0.33
343 208 0.58
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTACAATTGATTG
TCCGCCTTAGGAAAAATAAAGAAAAAGTCGTTCATTGGCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCA
TTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTCTAAATAGCTTTGTAATCCCATAATTGATTTGAAATTAA
ATTTTTTTACATTTTTGACTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACGTGAAGAAA
AAGAAATTCATAGGCA
Found at i:3598 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3295--5330 Score: 1599
Period size: 171 Copynumber: 11.9 Consensus size: 171
3285 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3295 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAAT-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
3359 ATCTTTTTCTTCACATTT-CTCGAGGCAAACAATCAATTAAAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTA
66 A-CTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTA
* * * *
3422 AAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * *
3466 AGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAGTAGACTTTTCTTACCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
** * * * * * *
3531 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTGGACAATCAATTGTAATTTATTTTAACTAAAACTGCAAAA
66 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
3596 AAATTTAACTAAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACTATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
** * * **
3637 AAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTGTGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * ** * * * * * * * *
3702 GCTTTTTTTTCACGTTTTTTAAGACAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCCAAAAGTGTAAAA
66 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAA
* * * *
3767 AGAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTT
130 A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * *
3810 AAAGGGAGTAAAAATGCTTTTGAAGGAATAAGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAA-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * * * * * *
3873 CAGCTTTTTCTTTA-TTTTTCTCGAGGCAAACAATCAATTCTAATATGTTTTAA-TAAAAAATAT
65 GA-CTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGT
* * *
3936 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAA-TCATTT
127 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT
* ** * * * * **
3981 AAAGCGAGT-A-ACGATTTTTGAAGTAATGGATGCCTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAAT-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * ** * * *
4043 ATCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAA
66 A-CTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAA
*
4106 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ** * * * * * * * *
4149 AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTATAAATC-ATAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAAT
* * * * *** * * *
4213 GGCTTTTTCTTCTCGTATCTTGACATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAA
65 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
4278 ATAATTCAGCCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * ** * * * *
4320 AAAACTAGCAGTAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACAATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAAT
* * * *
4384 GATTTTTTCTTCACGTTTCCTTAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
65 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
** *
4449 GCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * * * * * *
4491 AAAACAAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTA-ATATTAAACTTTT-TCAGTCAATAAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-AATAGACTTTTCTTA-CCAATGAA
* ** * * * *
4554 TAACTTTTTCTTCATATTTTCC-AAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTA
64 TGACTTTTTCTTCA-CGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTA
*
4618 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * ** * * *
4662 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCTATGAAT-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
* ** * * ** * *
4726 AGCTTTTTC-TCATGTTTTTTGAGGCAGATATTTAATTAT-ATCCGGTTTTAACCAACAATGTAA
66 A-CTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
4789 AAACATTTAACTTAAAATC-ATATATGAGATTACAAAA-TCATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACT-ATTT
* * * * *
4832 AAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACTAATCAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
4897 GC---TTCTTCACGTTTCC-CATGGCAGACAATCAATTCTAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTAA
66 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTGA-GGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAA
* *
4957 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGACTATAAAACTATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * * *
5000 AAAACAAGTAATAAGGC-TTCGAGGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAAT
* * * * * *
5063 GGC-TTTTCTTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATACG
65 GACTTTTTC-TTCACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT--G
* * *
5125 -ATAAAAATT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
126 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * *
5169 AAA-CTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTGTAAATAAACTTTTCTTACCAATGAAT
1 AAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * * ** * * * *
5233 GCCTTTTACTTCACATTTCCT-AGGACTGACAACCTATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
65 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGG-CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
5297 AAAAATTTAACTTAAACTGAATTATGAGGTTATA
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
5331 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1494, Mismatches: 314, Indels: 114
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 41 0.03
168 150 0.10
169 137 0.09
170 312 0.21
171 702 0.47
172 25 0.02
173 123 0.08
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
ACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
Found at i:4726 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 3295--5330 Score: 2014
Period size: 683 Copynumber: 3.0 Consensus size: 673
3285 NNNNNNNNNN
* * *
3295 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
** * * * * * *
3359 ATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGCAAACAATCAATTAAAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAA
64 ATCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATTCAATT-ATATCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAA
* * * *
3424 AAAATTCAATTTCAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
* * * * * * *
3489 AGGAATGGGCGACTATAAGTAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAG
192 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAATC-ATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATGA-
* * * * * * * * * *
3554 GTGGACAATCAATTGTAATTTATTTTAACTAAAACTGCAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTAA
255 CTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCACCT-AAAATCAATTAC
* *
3619 GAGATTATAAAACTATTTAAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGA
319 GAGATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGA
* ** * * *
3683 CTTTTCTTA-CCTGTGAATGGCTTTTTT-TTCACGTTTTTTAAGACAAACATTCAATTATAGTTT
383 CTTTTC-TAGTCAATGAAT-G-TTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGACAAACATTCAATTATAATAT
* * * * *
3746 GTTTTAGCCAAAAGTGTAAAAAGAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTA
444 GTTTTAACAAAAAATGT--AAAG-AA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * * * *
3811 AAGGGAGTAAAAATGCTTTTGAAGGAATAAGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAACA
505 AAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAG-TGACTA-ATATAAACTTTTTTAGCCAATGAATA
* * * * * * * *
3875 GCTTTTTCTTTAT-TTTTCTCGAGGCAAACAATCAATTCTAATATGTTTTAATAAAAAATATAAA
568 ACTTTTTCTTCATATTTTC-CAAGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* *
3939 AAAATTTAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAATCATTT
632 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
* * ** * * * * * *
3981 AAAGCGAGT-A-ACGATTTTTGAAGTAATGGATGCCTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* **
4044 TCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAA
65 TCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAA-TGTAAAAA
* * **
4109 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAG
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* * * * * * * *
4174 GCATGAGTGACTATAAATGGACATTTATAAATCATAAATGGCTTTTTCTTCTCGTATCTTGACAT
194 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-AATCATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATGAC-T
* * * * *
4239 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAATAATTCAGCCTAAAATCAATTACGA
257 AGACAATCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA-CCTAAAATCAATTACGA
* * * * * * *
4304 GATTATAAAACCATTTAAAACTAGCAGTAAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACAATAAATAGACTT
321 GATTATAAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACTT
4369 TTCTAGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCTTAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTT
386 TTCTAGTCAATGAATG-TTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * *
4434 AACTAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAACAAG
449 AACAAAAAATGTAAAG-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
* * * * * *
4499 CAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTAATATTAAACTTTTTCAGTCAATAAATAACTTTTTC
512 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTAATA-TAAACTTTTTTAGCCAATGAATAACTTTTTC
* *
4564 TTCATATTTTCCAAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA
576 TTCATATTTTCCAAGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA
4629 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTT
641 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTT
* * * *
4662 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCTATGAATA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * *
4727 GCTTTTTC-TCATGTTTTTTGAGGCAGATATTTAATTATATCCGGTTTTAACCAACAATGTAAAA
65 TCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATTCAATTATAT-CTGTTTTAACCAA-AATGTAAAA
* * * *
4791 ACATTTAACTTAAAATC-ATATATGAGATTACAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTG
128 AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTACAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTG
* * * *
4854 AAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACTAATCAATGGC---TTCTTCACGTTTCCCAT
191 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAATCATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTT--CAT
* * *
4916 GGC-AGACAATCAATTCTAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
253 GACTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-ACCTAAAATCAAT
* * * * *
4979 TACGAGACTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGC-TTCGAGGGCATGGGTGAGTATAAATG
316 TACGAGATTATAAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATG
** * * * *
5043 GACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
381 GACTTTTCTAGTCAATGAATGTTTTTTC-TTCACGTTTCT-TAGACAAACATTCAATTATAATAT
*
5108 GTTTTAA-AAAAAATACGATAAA-AATTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-A
444 GTTTTAACAAAAAAT--G-TAAAGAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
5170 AACTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTGTAA-ATAAACTTTTCTTA-CCAATGAAT
506 AAC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGAC--TAATATAAACTTTT-TTAGCCAATGAAT
** * * * * * * * *
5233 GCCTTTTACTTCACA-TTTCCTAGGACTGACAACCTATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
567 AACTTTTTCTTCATATTTTCC-AAGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAA
* * *
5297 AAAAATTTAACTTAAACTGAATTATGAGGTTATA
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5331 NNNNNNNNNN
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TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAATCATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATGACTAGAC
AATCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCACCTAAAATCAATTACGAGATTA
TAAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTA
GTCAATGAATGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA
AATGTAAAGAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGAATGAGTGACTAATATAAACTTTTTTAGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTT
CCAAGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAATCATTT
Found at i:10250 original size:170 final size:169
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9733 NNNNNNNNNN
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9743 TCAACTTAAAATCAATTACGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAGGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
* * * ********** * * * *
9808 TGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTNNNNNNNNNNGTTTCTCAAGGCAAA
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* * *
9873 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATACG-ATAAAAAT
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT--GTAAAAAAAT
* * * * *
9915 T-AACCTT-CAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAA-CTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGG
1 TCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
** * ** * * * ** * *
9977 AATAAGTCACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-CATTTCCTAAG-A
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* * *
10040 CTGAC-TATCTATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
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* ** * * ***
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* * *
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* *
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* * * * *
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1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-
* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
** * * * *
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66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT--CAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCT-AG-GTA
* * * *
10553 -CCATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAACAAT
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* * *
10595 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
* * * * * * * * * * *
10660 TGGGTGGCTATATATAGACTTTTTTTGCTAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAAGCAGA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCTAGGTAGA
* * * ** * *
10725 CAATCAATTTTAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * *
10766 TCAACTTATAATCAATTACGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
* * * * *
10830 TTGGTGGCTATAAATGGA-TTTTTCTAGTCAATGAATGGCATTTTCTTTATGGTTTT-TAAG-AC
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-T--TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCTAGGTA-
* * * * *
10892 AATCATTCAATTAT-ATTTGTTTTAACTAAAAATATCAAACAAT
127 GA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * *
10935 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAGAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
* * * *
11000 TGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTTTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAG
66 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTTT--TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCTAGGTAG
*
11064 ACATTCAATTGTAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAT
128 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
11105 TTAACTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
*
11170 TTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTTCATGTTTTT-TAAGGTA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT--CAATGAATGGCTTTTTCTTT-ATGTTTTTCT-AGGTA
* * *
11233 GACATTCAAGTATAA-CATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATT
127 GACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAA-T
* * * ** *
11278 TTACCTTAAAATTAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-
* * ** * * * * * * * * *
11342 TTGGGTGATTATAAATGGACTTTCTAGTCAATAAATGATCTCTTTCTTCA--TATCTCCAAGCAG
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTTTCAATGAATG-GCTTTTTCTTTATGTTTTTCTAGGTAG
* **
11405 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGCGAAAAAAT
128 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
11446 TTAACCTT-AAATCAATTATGAGA-TCT-AAACC-GTTAAAG-TAGTAGTAAGGCTTTTGAATGA
1 TCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
* * * * * * * * *
11506 AT-TGT-TCTATTAAATGGACTTTTCTTACCTATGAATGGCTTTCTCTTTACGTTTTT-GAAGCA
65 ATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCTAGGTA
* **
11568 GAAATTCAATTATAGCCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-
127 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * **********
11610 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTG-AAGAC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-
* * *
11674 ATGGGTGACTATAAATAGG--TTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTT-TTTCACG-TTTTCAGAG
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* * * *
11735 GTGGACATCCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
124 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
11781 TCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAATAACGC-CTTAAAAGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GA
* * * ** * **
11844 ATGGGTGACTACAAATGGAGTTTTCTTACCAACAAATGTCTTTTT-TTTCA--CATTTCTAGAGA
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ATGTTTTTCTAG-G-
* * ** * * **
11906 TTGACATTCTACCATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGCAAT
125 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
11951 TCAACTTAAAATGAATT-TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTT-AAAGGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GA
* * * *
12014 GTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTGCCAATGAATGG-TCTTTTCTTT-TCGTTTTTCAAGGT
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT--CAATGAATGGCT-TTTTCTTTAT-GTTTTTCTAGGT
* * * * * *
12076 AAAAATGCAATTAT-AGCTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
126 AGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
12120 TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTG-AAG--
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
** * * * * * * * *
12182 -GTATAAGTATAAATAGACTTTTCTAGTT-AA-GAAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAAGT
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTT-T--TTCAATG-AATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCT-AGGT
* *
12243 AGACATTCAATAATAATCTGTTTTAACTAAAACTGTAAAAAAAT
126 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* *
12287 TCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-A
* * * * * * * * *
12351 ATTGGTGATTATAAATCGACTTTTCTTGCCTATGAAT-GATTTTTTTTTCACT-TTCTTT-GAGA
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTT-A-TGTT-TTTCTAGG
** * * * *
12413 TAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAGAATGTAAAACAAT
125 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
12458 TTAAGC-TAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTCAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-AAAGG
1 TCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-G
* * * * *
12521 AATGGGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCATG--TTCCTGAGG
64 AATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCT-AGG
* * * * * * *
12583 CAAACAATCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-
125 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
** * * * *
12627 TCAACTCCATATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAATGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
* * ** ** ** * * *
12692 TAGGTAACTAT-AATAAACTTTTCATACCAATGAA-CACTTTTTTCTTCATATTTTT-TAAG-AC
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTT--TTTCAATGAATGGC-TTTTTCTTTATGTTTTTCTAGGTA-
** * * *
12753 TGGTATTCAATTATAATATGTCTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
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*
12797 TTAACTTAAAATCAAT
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12813 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:10604 original size:340 final size:337
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9735 NNNNNNNNTC
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9745 AACTTAAAATCAATTACGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAGGGCATG
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* * * *
9875 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATACGATAAAAATT-AACCTT-CAATCAATTATGAGAT
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* * * ** * *
9938 TATAAAACCATTTGAA-CTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTCACTATAAATAAACTTTT
192 TATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTC-AAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * *
10002 CTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGACTGAC-TATCTATTATAGTCTGTTTT
255 C-TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTT-CTAAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTT
*
10065 AACAAAAAATGTAAAAAAATTT
317 AAC-CAAAATGTAAAAAAATTT
** * * * * *
10087 AACTTAAGCTGAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAATTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
10152 AGTGACTATAAATGGACTTCTT-TT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCT-AG-GTAA
66 GGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT-TGAGACT-A
* * * *
10213 AAATTCAATTATAGCTTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGA
128 ACATTCAATTATA-CTTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
10278 TTATACAACCATTTGAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAGGTGACTATAAGTGGACTTTT
191 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * *
10343 CCAGTCAATGAATGACTTTTTCTAT-ATATTTACTGAGGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTA
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* *
10407 ACCAAAATATAAAAAAGTTT
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* * *
10427 AACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
** * * * *
10491 GGTGACTATAAATAAACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTTTTGAGACTACCA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTAACA
10556 TTCAATTATAGCTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
131 TTCAATTATA-CTTGTTTTAACT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
10620 ACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATATATAGACTTTTTT
193 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * **
10685 TG-CTAATGGAT-AGCTTTTTCTTCACGT-TTTCCAAAGCAGACAATCAATTTTAATATACTTTA
257 AGTC-AATGAATGA-CTTTTTCTTCA--TATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
10747 ACCAAAAATGTAAAAACATTC
318 ACC-AAAATGTAAAAAAATTT
* * * * * * *
10768 AACTTATAATCAATTACGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCATT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * *
10832 GGTGGCTATAAATGGATTTTTCTAGTCAATGAATGGCATTTTCTTTATGGTTTTTAAGAC-AATC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTAA-C
* *
10896 ATTCAATTATATTTGTTTTAACTAAAAATATCAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 ATTCAATTATACTTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
10961 CAAAACTATTTAGAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTTT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCT
* * * * **
11025 AGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAATA
257 AGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
11090 AAAATGTAAAAAAATTT
321 AAAATGTAAAAAAATTT
* * * * * *
11107 AACTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
11172 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTTTTAAG-GTAGAC
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTA-AC
* * * * * * * **
11236 ATTCAAGTATAACATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTTTACCTTAAAATTAATTACAAGA
130 ATTCAATTAT-ACTTGTTTTAA-CTAAAAA-TATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
11301 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGGGTGATTATAAATGGAC-TTT
191 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * *
11365 CTAGTCAATAAATGATCTCTTTCTTCATATCTCCAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
255 CTAGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* **
11429 CAAAAATGCGAAAAAATTT
319 CCAAAATGTAAAAAAATTT
* * * *
11448 AACCTT-AAATCAATTATGAGA-TCT-AAACC-GTTAAAGT-AGTAGTAAGGCTTTTGAATGAAT
1 AA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * *
11508 -TGT-TCTATTAAATGGACTTTTCTTACCTATGAATGGCTTTCTCTTTACG-TTTTTGA-AGC-A
65 GGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGA-CTA
* * * * *
11568 GAAATTCAATTATAGCCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAGA
128 -ACATTCAATTATA-CTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ********** ** **
11633 TTACAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGGTTTTT
191 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** *
11698 CTAGTCAATGAATGACTTTTTTTTCACGT-TTTC-AGAGGTGGACATCCAATTATAATCTGTTTT
255 CTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCA--TATTTCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
11761 AACCAAAAATATAAAAAAATTC
317 AACC-AAAATGTAAAAAAATTT
* * * **
11783 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAGTAATAACGCCTTAAAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * ** * * ** * * * *
11847 GGTGACTACAAATGGAGTTTTCTTACCAACAAATGTCTTTTTTTTCACATTTCTAGAGATTGACA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTAACA
* ** * * *
11912 TTCTACCATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGCAATTCAACTTAAAATGAATT-TGAGATTA
131 TTCAATTATACT-TGTTTTAACTAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
11976 TAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGGAGTGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTTT
194 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * * * * * * * * *
12040 GCCAATGAATGGTCTTTTCTTTTCGTTTTTC-AAGGTAAAAATGCAATTAT-AGCTTGTTTTAAC
258 GTCAATGAAT-GACTTTT-TCTTCATATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAC
* *
12103 CAAAAATATAAAAAAATTC
320 C-AAAATGTAAAAAAATTT
* * *
12122 AACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG--T-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * ** * * ** * *
12184 -ATAAGTATAAATAGACTTTTCTAGTTAA-GAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAAGTAGA
66 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTA-A
* * * * *
12246 CATTCAATAATAATCTGTTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
129 CATTCAATTATACT-TGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
12311 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATTGGTGATTATAAATCGACTTTTC
192 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * * * ** ** *
12376 TTGCCTATGAATGATTTTTTTTTCACT-TTCTTTGAGATAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAG
256 TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TATT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
12440 CCAAGAATGTAAAACAATTT
319 CCAA-AATGTAAAAAAATTT
* * * * *
12460 AAGC-TAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTCAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
1 AA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * ** * *
12524 GGGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCATG-TTCCTGAGGCAAA
65 GGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTAA
* * * * * ** * *
12587 CAATCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTCCATATCAATTAAGAGATT
129 CATTCAATTATACT-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
12652 ATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAATGAATAGGTAACTAT-AATAAACTTTTCA
193 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-
* * * * * ** * *
12716 TA-CCAATGAA-CACTTTTTTCTTCATATTTTTTAAGACTGGTATTCAATTATAATATGTCTTAA
256 TAGTCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATA-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
12779 CTAAAAATATAAAAAAATTT
319 C-CAAAATGTAAAAAAATTT
12799 AACTTAAAATCAAT
1 AACTTAAAATCAAT
12813 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2166, Mismatches: 460, Indels: 203
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 70 0.03
333 28 0.01
334 36 0.02
335 62 0.03
336 131 0.06
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338 138 0.06
339 337 0.16
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342 168 0.08
343 82 0.04
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGACTAACA
TTCAATTATACTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTC
AATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAT
GTAAAAAAATTT
Found at i:13290 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12996--14164 Score: 833
Period size: 170 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
12986 NNNNNNNNNN
* * * * *
12996 TCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-TTCAAG-ACAGACATTCAATTAT-A-CTTATT
1 TCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTA-A-ACATTCAATTATAATCTT-TT
* * *
13057 TTAACTAACAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAAC-CATTTAAAGC
63 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACTCATTTAAAGC
* * * * * *
13121 GAGTAATAGGGCTTGTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGGCTTT
127 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
13166 TCTAGTCAAT-ATTCAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAAACATTTAATTGTAATCTTTTTT
1 TCTAGTCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTT
*
13230 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATATGATTATAAAACTC-TTTAAAGCGA
65 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA-GATTATAAAACTCATTTAAAGCGA
* *
13294 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGGCTATAAATAGACTTTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTT
* * * * * * * * * *
13338 TTTA-CCAATGAATGGCTTTTTGTTTATGTGTTTC-AAGGTAAATATTCAAGTAT-ATCTTGTTT
1 TCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT-TTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTT
* * * * * * *
13400 AACCAAAAAAGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAACTACGAGATTATAAAAC-CATTTAAAACGA
65 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGA
* ** ** * * *
13464 GTAATAAGACTTTCAAAGGTTTAGGTGACTATAAATAAATTTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * * * *
13507 TCTAGGCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGCTTCTCT-AGATAGATATTTAATTATTACCTATTT
1 TCTAGTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTT
* * * * * * **
13570 TAACCAAACATGTGAAAAAAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATATAAATT
64 TAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACTCATTTAAAGC
* * * * *
13634 GAGCAGTAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTTT
127 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * ** * * * * ** * *
13679 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTTTTGAAGCAGACATTCAACTATAGCCTATGTTA
1 TCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTA
* * *
13744 AC-AAAAATTGTAAAACAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAA-TCATTTAAAGCG
66 ACTAAAAA-TGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAACTCATTTAAAGCG
* *** *
13807 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAACAAGTGGCTATAAATAGACTTT
128 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * * *
13851 TCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATATTTCCTGAGG-CAGCAATCATTTATAATATGTTTT
1 TCTAGTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTT
* * * * * * **
13914 AACTAAACATATAAAACAATTCAATTTAAAATCAATAACGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTAA
65 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGA
* * *** *
13978 ATAATAAGGCTTTCGAAGTCGTGGGTGACTATAAATGGAC-TT
129 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* ** *
14020 TCTTAGTCAATGAAT-GATTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGT-CGCATTTAATTATAAT-TTTT
1 TC-TAGTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTT
* * *
14081 TCTAACTAAAAATGTAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTAT-GTAATTATAAAACT-ACTTAAA
63 T-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAG--ATTATAAAACTCATTTAAA
* *
14144 GTGAGTAAGAAGGCTTTTGAA
125 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
14165 AGAAGGTAAA
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 182, Indels: 72
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 20 0.03
170 335 0.43
171 204 0.26
172 194 0.25
173 27 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTA
ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
Found at i:13691 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13002--13877 Score: 384
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 172
12992 NNNNTCTAGT
* * * ** * * *
13002 CAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-TTCAAGACAGACATTCAATTATA-CTTATTTTAACTAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTAGAAG-CAGACATTCAACTATAGCCTATGTTAAC-AA
* * * * * * *
13065 CAA-TGTAAAA-AAA-TTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
64 AAATTGTAAAACAAAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATATAAAGCGAGCAA
** * * *** * * * * *
13127 TAGGGCTTGTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTAGT
128 TAAAGCTTTTGAAGGAACAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * ** * *
13172 CAAT-ATTCAGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTAAACATTTAATTGTAATCTTTTTTAACTA
1 CAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAAGCAGACATTCAACTATAGCCTATGTTAAC-A
* * * *
13235 AAAA-TGTAAAA-AAA-TTCAACTTAAAATGAATTAT-ATGATTATAAAACTC-TTTAAAGCGAG
63 AAAATTGTAAAACAAAGTT-AACCTAAAATCAATTATGA-GATTA-AAAAATCATATAAAGCGAG
* * *** * * *
13295 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGGCTATAAATAGACTTTTTTTAC
125 CAATAAAGCTTTTGAAGGAACAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
13343 CAATGAATGGCTTTTTGTTTATGTGTT-TCA-AGGTAAATATTCAAGTATA-TCT-TGTTTAACC
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCACGT-TTCT-AGAAGCAGACATTCAACTATAGCCTATG-TTAA-C
* * * * * * * * * *
13404 AAAAA-AGT-AAA-AAAGTTCAACTTAAAATTAACTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGT
62 AAAAATTGTAAAACAAAGTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATATAAAGCGAGC
** *** * * * * *
13466 AAT-AAGACTTTCAAAGGTTTAGGTGACTATAAATAAATTTTTCTAGG
126 AATAAAG-CTTTTGAAGGAACAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * *
13513 CAATGAATGTCTTTTTCTTCACGCTTCTCTAG-A-TAGATATTTAATTATTA-CCTATTTTAACC
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TT-TCTAGAAGCAGACATTCAACTA-TAGCCTATGTTAA-C
* * **
13575 AAACA-TGTGAAA-AAAGTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATCATATAAATTGAGC
62 AAAAATTGTAAAACAAAGTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAATCATATAAAGCGAGC
* * * *
13638 AGTAAGGCTTTTGAA-GAA-ATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
126 AATAAAGCTTTTGAAGGAACA-AG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
** * * * *
13685 CAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTTTTGAAGCAGACATTCAACTATAGCCTATGTTAACAAAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTAGAAGCAGACATTCAACTATAGCCTATGTTAACAAAA
* * * * * *
13750 ATTGTAAAACAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
66 ATTGTAAAACAAAGTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATATAAAGCGAGCAATAA
* *
13815 AGCTTTTGAAGGAACAAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGT
131 AGCTTTTGAAGGAACAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
13857 CAATGAATGACTTTTTCTTCA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCA
13878 TATTTCCTGA
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 125, Indels: 66
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.03
170 145 0.27
171 181 0.33
172 172 0.31
173 33 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTAGAAGCAGACATTCAACTATAGCCTATGTTAACAAAA
ATTGTAAAACAAAGTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATATAAAGCGAGCAATAA
AGCTTTTGAAGGAACAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
Found at i:14470 original size:163 final size:165
Alignment explanation
Indices: 14168--17326 Score: 1267
Period size: 171 Copynumber: 18.7 Consensus size: 165
14158 TTTTGAAAGA
14168 AGGTAAACATTCAATTGA-AATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
1 AGGTAAACATTCAATT-ATAATATGTTTTAAT--AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
* * * * * *
14232 TATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAGTA
62 TATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAATG
* *
14297 GACTTTTTTTGCCAATGAACCTCTTTTTCTTCATGTTTCTTG
125 GAC-TTTTTTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* *
14339 AGGTAAACAATCAATTATAATATGTTTTAATAAAATATAAAACAATTCAGC-T-AAAT-AATTAA
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATGAATT-A
*
14401 TGA-A-TAT-AACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGCATATAAATGGA
64 TGAGAGTATAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTG-ATATAAATGGA
* ** * *
14463 CTTTTTTGCCTATGAATGACTTTTTCTTTATATTTTTTG
127 CTTTTTTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * * * * * *
14502 AGATAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTACAAAAAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATGAATTA
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTA-ATAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATGAATTA
* * * * *
14567 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAACGCTTTGGAAGGAATGGGTGAATACAAATGGA
64 TGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-ATATAAATGGA
* * * *** *
14632 GTTTTCT-CATCAATAAATGTCTTTTTCTTCACATTT-TTAG
127 CTTTTTTGC--CAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTT-G
* * * * * ** *
14672 AGACT-GACATTCTATTATAGTTTGTTTT--T---A-ACCAAAAA-T----GTAAAA--AATTAT
1 AG-GTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAT
* * ** * * *
14723 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGAC
65 GAGAGTATAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAATGGA-
* * * * * * *
14788 CATTTTTGCTAGTGAAACGCTTTTTCTTTCCGTTTTTCATTG
127 CTTTTTTGCCAATGAACCACTTTTTC-TT-CATATTTC-TTG
* * * *
14830 CA---AAA-ATTTAATTGTAGCT-TGTTTTAACCAAAATGCA-AAAAAATTCAACTTAAAATCG-
1 -AGGTAAACATTCAATTATA-ATATGTTTTAA-TAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAAT-GA
* * * * * * *
14888 ATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
60 ATTATGAGAGTA-TAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GATATAAA
* * ** * * * **
14953 TTGG-CTTTTCTAGTCAATGAATGACCTTTTCTTAATGTTT-TCCA
123 -TGGACTTTT-TTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCT-TG
* * * * * * *
14997 AGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATGAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
* * * *
15062 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-A-G----T------ATGGGTGCCTATAAATGA
63 ATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-ATATAAATGG
** * ** * * *
15115 ACCTTTTTTGTTACTGAA-TTCTTCTTT-TTTATGTTTCTCG
126 A-CTTTTTTGCCAATGAACCACTT-TTTCTTCATATTTCTTG
* * * *
15155 AGGTAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
* * * * * * * *
15220 TTGAGACTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACGATAAATAG
63 ATGAGAGTATAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAATGG
* ** *** * * *
15285 AGTTTTTTTGTAAATGAATGGC-TTTTCTTCACATTCCTTA
126 A-CTTTTTTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
** * * * * * *
15325 AGACAGACAATCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAAT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T-AAAATAT--AAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
* * * *
15390 TACGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAAAT
62 TATGAGAGTATAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGA-TATAAAT
* * * * * **
15454 GGA-TATTTCTAGTCAATG-ACTAACTTTTTCTTCATGTTTATCA
124 GGACT-TTT-TTGCCAATGAAC-CACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * * * * *
15497 AGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
* * * * ** *
15562 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATAGGCAGCTATAAATGG
63 ATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGATATAAATGG
* * * *
15627 AC--TTTT--C-AT--A--TCTTTTTCTTTATGTTT-TTA
126 ACTTTTTTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
** *** * * *
15657 AGACAGAA-ATTCAATTATAGCCTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAAAATTGAACTTAAAATC
1 AGGTA-AACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T-AAAA--T-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATG
* * * * * *
15721 AATTATGATATTACAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGG-TTTTCGAA-GACATGGGTGACTAT
59 AATTATGAGAGTA-TAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA-ATGGGTGA-TAT
* * * ** ** ***
15784 AAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCCA
120 AAATGGACTTTT-TTGCCAATGAA-CCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * * * * *
15831 AGGTAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAGAATGAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATGAATT
* * ** ** *
15896 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTAGGTGACTATAAATGG
63 ATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAATGG
* ** *** * **
15961 ACTTTTCTAGTTAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-
126 ACTTTT-TTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCT-TG
* * * * * * *
16002 AGGTAGACATTCAATAATAATCTGCTTTAACTAAAAATTTGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T-AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
* * *
16067 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGG
63 ATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAATGG
* ** * * * ** *
16132 ACTTTTCTTACCTGTGAA-TAGGTTTTTCTTTACGTTT-TTCA
126 ACTTTT-TTGCCAATGAACCA-CTTTTTCTTCATATTTCTT-G
* * * ** * * * *
16173 AAGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA-TAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTA
* * * * * * * * *
16238 TGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGA
64 TGAGAGTA-TAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GATATAAATGGA
* * * * * *
16303 CTTTTCTTACCAGTGAACAACTTTTTCTTCATGTTTCCTA
127 CTTTT-TTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * * * *
16343 AGGT-AGCAATCATTTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAACTCAACTTAAAATCAA-
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T-AAAATAT-AAAA-AATTCAACTTAAAATGAAT
** * * ** * *** *
16406 TAACAGGATTATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCGTGGGTAACTATAAAT
62 TATGA-GAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAAT
* *** * ** **
16471 GAACTTTTCTAATCAATTAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCT-
124 GGACTTTT-TTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCT-TG
** * * * * * * *
16514 AGGCT--GTATTCAGTTATAATTTGTTCTAACCGAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAGTCAAT
1 AGG-TAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATGAAT
* * * * *
16577 TATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAGAAGGCTTTTGATA-GAATGAGTGACTATAAA
62 TATG-AGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGA-TATAAA
* * ** *
16640 TGGACTTTTCTTG-CAATGAATTC-TTTTTTCTTCACGTTTCTAG
123 TGGACTTTT-TTGCCAATGAA-CCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * *
16683 AGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAATCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAT--AAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATGAATT
* ** * * * *
16748 ATGAGAGTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAGTGG
63 ATGAGAGTA-TAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAATGG
* * ** * *
16813 ACTTTTTTTGTCAATCAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCT-
126 AC-TTTTTTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCT-TG
* * * * * * * * *
16854 AAGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA--TAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
* * **
16919 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT
62 TATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTG-ATATAAAT
* *** * *
16984 GGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTTTTG
124 GGACTTTT-TTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * *
17027 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATGAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTT-A-ATAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATGAATT
* * ** * ** *
17092 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAACAC-TTTGAAAGGAATGGGTGAATACAAATG
63 ATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTG-ATATAAATG
* * * * * * *
17156 GAGTTTTCTCGTCAATAAATGC-CTTTTTCTTCATATTTGTTA
125 GACTTTT-TTGCCAATGAA-CCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
* * * * * * *
17198 AGACT-GACGTTCTATTATACTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAAATGAA
1 AG-GTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T-AAAATAT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATGAA
* * * ** * *
17262 CTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTCTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
61 TTATGAGAGTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TATAAAT
17327 TGACCANNNN
Statistics
Matches: 2333, Mismatches: 472, Indels: 365
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
154 5 0.00
155 78 0.03
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (165 bp):
AGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATG
AGAGTATAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATATAAATGGACTTT
TTTGCCAATGAACCACTTTTTCTTCATATTTCTTG
Found at i:15085 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14717--17326 Score: 2117
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 171
14707 AAATGTAAAA
* * * * * *
14717 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * ** * * *
14782 ATGGACCATTTT-T-G-CTAGTGAAACG-CTTTTTCTTTC-CGTTTTTCATTGCAAAAATTTAAT
66 ATGGA-C-TTTTCTAGTC-AATG-AATGACTTTTTC-TTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAAT
* * *
14842 TGT-AGCTTGTTTTAACC-AAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATC
126 TATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
14887 GATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
14952 ATTGG-CTTTTCTAGTCAATGAATGACCTTTTCTTAATGTTTTCCAAGGCAAATATTCAATTATA
66 A-TGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * *
15016 ATCTGTTTAAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATG
130 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
15058 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-A-G---T-------ATGGGTGCCTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * *
15111 ATGAACCTTTT-TTGTTACTGAAT-TCTTCTTT-TTTATG-TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
66 ATGGA-CTTTTCTAGTCAATGAATGACTT-TTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
15172 AAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATC
128 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * * * *
15216 AATTTTGAGACTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACGATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * ** * *
15281 ATAGAGTTTTTTTGTAAATGAATGGC-TTTTCTTCA--CATTCCTTAAGACAGACAATCAATTAT
66 ATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCC--AAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * * *
15343 AGTTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATT
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
15387 AATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGGTGACTATA
* * *
15451 AATGGA-TATTTCTAGTCAATGACTAACTTTTTCTTCATGTTTAT-CAAGGTAGACATTCAATTA
65 AATGGACT-TTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTA
* * *
15514 TAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATA
128 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
15558 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGAATAGG-CAGCTAT
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATGGGTGA-CTAT
* * * *
15621 AAATGGAC--TT-T--TC-AT--AT--CTTTTTCTTTATGTTTT-TAAGACAGAAATTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAT
** ** *
15675 AGCCTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAAAATTGAACTTAAAATC
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
15721 AATTATGATATTACAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTCGAA-GACATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGGTGACTATA
* * * * *
15785 AATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATCCAATTAT
65 AATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAT
* * *
15849 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAGAATG
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** *
15892 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTAGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
15957 ATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGTCTTTTTCTTTACG-TTTCTCTAGGTAGACATTCAATAATA
66 ATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
16021 ATCTGCTTTAACTAAAAATTTGAAAAAATTCAACCTAAAATC
130 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
16063 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* ** * * * * *
16128 ATGGACTTTTCTTA-CCTGTGAAT-AGGTTTTTCTTTACGTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTAT
66 ATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * *
16191 AACCTATTTTAA-CAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATC
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
16233 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAATAGGTGGCTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * ** * * *
16298 ATAGACTTTTCTTA-CCAGTGAACAACTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAG-CAATCATTTAT
66 ATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTAT
* * * *
16360 AATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAACTCAACTTAAAATC
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATC
** ** * *** *
16404 AA-TAACAGGATTATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCGTGGGTAACTATA
1 AATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * *
16468 AATGAACTTTTCTAATCAATTAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCTCTAGGCTG-TATTCAGTTAT
65 AATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
16531 AATTTGTTCTAACCGAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAGTC
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
16574 AATTATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAGAAGGCTTTTGATA-GAATGAGTGACTAT
1 AATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGAATGGGTGACTAT
* * * * *
16637 AAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-TCTTTTTTCTTCACG-TTTCTAGAGGCAAACATTCAATT
64 AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTTCCA-AGGCAGACATTCAATT
* * * * *
16699 AAAATATGTTTTAATCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATG
127 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * ** *
16744 AATTATGAGAGTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * * *
16809 GTGGACTTTTTTTGTCAATCAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCTAA-GTAGACAATCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* *
16873 ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATC
130 ATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
16916 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * *** *
16981 AATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * *
17046 ATATGTTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATG
130 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** * *
17088 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAACACTTT-GAAAGGAATGGGTGAATACA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * * * *
17152 AATGGAGTTTTCTCGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTGT-TAAGACTGACGTTCTATTAT
65 AATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * *
17216 ACTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAAATG
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATC
* * *
17260 AACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTCTT-GAAGGAATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGAATGGGTGACTATA
17324 AAT
65 AAT
17327 TGACCANNNN
Statistics
Matches: 1966, Mismatches: 383, Indels: 180
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.00
158 93 0.05
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160 40 0.02
161 15 0.01
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163 70 0.04
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165 4 0.00
166 4 0.00
168 9 0.00
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:16556 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14167--17326 Score: 2473
Period size: 341 Copynumber: 9.4 Consensus size: 341
14157 CTTTTGAAAG
* * * * *
14167 AAGGTAAACATTCAATTGA-AATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAA
1 AAGGTAGACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
14231 TTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAGT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * ** * * *
14296 AGACTTTTTTTGCCAATGAACCTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAATA
130 GGACTTTTCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATTATAATA
* * *
14361 TGTTTTAA-T-AAAATATAAAACAATTCAGC-T-AAAT-AATTAATGA-A-TAT--AACTATTTA
194 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACTATTTA
** * * * *
14417 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTG-CATATAAATGGACTTTT-TTGCCTATGAAT
258 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT
* ** * *
14480 GACTTTTTCTTTATATTTTTT
321 GACTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * *
14501 GAGATAGACTTTCAATTATAATCTGTTTT-ACAAAAAATGTAAAAAACA-TCAACTTAAAATGAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
14564 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACTAACGCTTTGGAAGGAATGGGTGAATACAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * ** * * * *
14629 GGAGTTTTC-TCATCAATAAATGTCTTTTTCTTCACATTT-TTAGAGACT-GACATTCTATTATA
130 GGACTTTTCTTC--CAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AG-GTAGACAATCAATTATA
* * *
14691 GTTTGTTTTTAACCAAAAATG---------------TAAAA--AATTATGAGATTATAAAA-TCA
191 ATATG-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-A
* * * * * *
14738 TTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACCATTTT-T-G-CTAG
254 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-C-TTTTCTAGTC-AA
* *
14800 TGAAACG-CTTTTTCTTTC-CGTTTTTC
316 TG-AATGACTTTTTC-TTCACGTTTCTC
** * * * * * * * *
14826 ATTGCAAAAATTTAATTGT-AGCTTGTTTTAACC-AAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCGA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
14889 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA-
* * * * * * *
14954 TGG-CTTTTCTAGT-CAATGAATGACCTTTTCTTAATGTTTTCC-AAGGCAAATATTCAATTATA
129 TGGACTTTTCT--TCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGACAATCAATTATA
* * * * * * *
15016 ATCTGTTTAAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATT
191 ATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * * *
15081 TAAAGTGAGTAAT-A-G---T-------ATGGGTGCCTATAAATGAACCTTTT-TTGTTACTGAA
256 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTAGTCAATGAA
* * *
15133 T-TCTTCTTT-TTTATGTTTCTC
320 TGACTT-TTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *
15154 GAGGTAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
15219 TTTGAGACTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACGATAAATA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATG
* * ** * ** ** * *
15284 GAGTTTTTTTGTAAATGAATGGC-TTTTCTTCA-CATTCCTTAAGACAGACAATCAATTATAGTT
131 GACTTTTCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCC-TAAGGTAGACAATCAATTATAATA
* * * *
15347 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAA-TCATTT
194 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT
* *
15411 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAAATGGA-TATTTCTAGTCAATGAC
257 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTAGTCAATGAA
* * *
15474 TAACTTTTTCTTCATGTTTATC
320 TGACTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * *
15496 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
15561 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATAGG-CAGCTATAAAT
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA-CTATAAAT
* * ** ***
15625 GGAC--TT-TT-C-AT--A--TCTTTTTCTTTATGTTT-TTAAGACAGA-AATTCAATTATAGCC
130 GGACTTTTCTTCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAA-TCAATTATAATA
* * * * *
15679 TGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGATATTACAAAACCATT
194 TGTTTTAACTAAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * *
15744 TAAAGCGTGTAATAAGGTTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAA
256 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAA
*
15808 TGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCC
320 T-GACTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
15830 AAGGTAGACATCCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAGAATGAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** **
15895 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTAGGTGACTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATG
* * * * *
15960 GACTTTTCTAGT-TAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATAATAAT
131 GACTTTTCT--TCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACAATCAATTATAAT
* * * * *
16023 CTGCTTTAACTAAAAATTTGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
193 ATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * **
16088 AAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTA-CCTGTGAAT-
258 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATG
* * *
16151 AGGTTTTTCTTTACGTTTTTC
322 A-CTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * *
16172 AAAGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAA-CAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
16236 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAATAGGTGGCTATAAATA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATG
* *** *
16301 GACTTTTCTTACCAGTGAACAACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAG-CAATCATTTATAATAT
131 GACTTTTCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATTATAATAT
* * ** *
16365 GTTTTAACTAAAAATATAAAAACAACTCAACTTAAAATCAA-TAACAGGATTATAAAAGTATTTA
195 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTA
* *** * * * *
16429 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCGTGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTAATCAATTAATGA
258 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGA
16494 CTTTTTCTTCACGTTTCTC
323 CTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * * * * *
16513 TAGGCT-G-TATTCAGTTATAATTTGTTCTAACCGAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAGTCAA
1 AAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
16576 TTATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAGAAGGCTTTTGATA-GAAT-GAGTGACTATA
65 TTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATAG-GTGACTATA
* * * * * *
16638 AATGGACTTTTCTTGCAATGAAT-TCTTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTAA
127 AATGGACTTTTCTTCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGTAGACAATCAATTAT
* * * *
16701 AATATGTTTTAA-TCAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAGTACAAAACTA
190 AATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * ** * * * * *
16765 TTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATCA
254 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGA
* *
16830 ATGATTTTTTCTTCATGTTTCTC
319 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * *
16853 TAA-GTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
1 -AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
16917 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAA
64 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAA
* * * * ** * *
16982 ATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
128 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATTATAA
* * * *
17047 TATGTTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTT
192 TATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * ** * * * * *
17112 AAAGCAAGTACTAACACTTT-GAAAGGAATGGGTGAATACAAATGGAGTTTTCTCGTCAATAAAT
257 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT
* ** * *
17176 GCCTTTTTCTTCATATTTGTT
321 GACTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * *
17197 AAGACT-GACGTTCTATTATACTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTCAACTTAAAATGA
1 AAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
* * * * *
17261 ACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTCTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
17326 T
129 T
17327 TGACCANNNN
Statistics
Matches: 2258, Mismatches: 429, Indels: 269
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
321 4 0.00
322 6 0.00
323 6 0.00
324 44 0.02
325 170 0.08
326 23 0.01
327 3 0.00
328 80 0.04
329 170 0.08
330 1 0.00
331 4 0.00
332 39 0.02
333 139 0.06
334 258 0.11
335 3 0.00
336 10 0.00
337 1 0.00
339 16 0.01
340 188 0.08
341 425 0.19
342 307 0.14
343 71 0.03
344 256 0.11
345 32 0.01
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATTATAATATG
TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTT
TTTCTTCACGTTTCTC
Done.