Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398874.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2156.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6026
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 857 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:550 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--898 Score: 680
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
* * * *
1 AAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * * * **
66 ATCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTATTATAT-TTTTAGGTAAAAAAAATTATATTTGATTTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTAT-TTACATGTTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGG
* ** * *
130 TTATCTCAAA-AAACATGAAGAAAAAGCCTGTGATTGGCAAGA
130 CTGCCT-AAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
* *
172 AAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAATA-CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAA-AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** *
235 GTCTCCTAATTGATTTTTAGCTAAATTATTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTACATG-TTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** *
300 GTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGA
128 GGCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
* * * *
344 AAAGTCCATTTAAAGTCGCCCATGCCTTGGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
409 CTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACATCG-TTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATT-TACAT-GTTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
** ** * *
472 GC-GACCT-TGGTAAATGTGAAGGAAAAGCCTTTTATTGGCAAGA
129 GCTG-CCTAAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
* * * *
515 AAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCATCATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
580 GTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTACAACA-ACTTATAATTGCATA
66 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTATTTACATGTTTGAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATG
* * * * * *
643 TCTGACTTAAA-AAACATGGAGCAAAAG-CTATTCGTTGG-AGCGA
129 GCTG-CCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCA-AGA
* * ** * * * *
686 AAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTC-TTATTTCTTGCTTTAAATAGTGTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
750 TTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT-TCTT-TATGTTTTCGA-TTAAAATAGATTATAATTGAA
65 TCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTAT-TTACATG-TTT-GAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** ** ** *
812 TGTCTATCTTGAGAATAC-TGAAGAAAAAGCCAATCATTAGCAAGA
127 TGGCTGCCTAAAGAA-ACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
* * * *
857 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTAGAAAGCATTATTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTA
899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 123, Indels: 60
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 21 0.04
171 397 0.69
172 148 0.26
173 3 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTACATGTTTGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGGC
TGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
Found at i:892 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 145--898 Score: 805
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
135 TCAAAAAACA
* * *
145 TGAAGAAAAAGCCTGTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAATA-CAT
1 TGAAGAAAAAGCCTATCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCAT
* * * * * *
209 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAGTCTCCTAATTGATTTTTAGCTAAATTATTTTTATGTTT
64 TATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTATTTTTATATTT
*
274 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGG
129 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGG
* * * * *
339 CAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCGCCCATGCCTTGGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
194 CAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTGTT
* *
404 ATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACATCGTTGATTAAAACATATTATAATTGA
259 ATAATCTTATAATCGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACATCGTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
*
469 ATGGCGACCTTGGTAAATG
324 ATGGCGACCTTGGTAAATC
* * * * * *
488 TGAAGGAAAAGCCTTTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCATC
1 TGAAGAAAAAGCCTATCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
* * *
553 ATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATT-TTTTTATATTTT
65 ATTACTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTATTTTTATATTTT
* * * * * * * *
617 TGGTTACAACA-ACTTATAATTGCATATCTGACTTAAA-AAACATGGAG-CAAAAGCTATTCGTT
130 TAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATATCTG-CCTAAAGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATT
* * * * * * *
679 GG-AGCGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTC-TTATTTCTTGCTTTAAATAG
192 GGCA-AGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTGAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAG
* ** *
742 TGTTATAAT-TTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-T-TTCTTTAT-GTTTTCGATTAAAATAGATT
255 TGTTATAATCTT-ATAATCGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACATCG--TT-GATTAAAACAGATT
* * *
803 ATAATTGAATGTCTATCTT-G-AGAATAC
316 ATAATTGAATGGCGACCTTGGTA-AAT-C
* * * *
830 TGAAGAAAAAGCCAATCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTAGAAAGCATT
1 TGAAGAAAAAGCCTATCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
895 ATTA
65 ATTA
899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 58, Indels: 27
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 7 0.02
341 17 0.05
342 210 0.62
343 105 0.31
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TGAAGAAAAAGCCTATCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTA
TTACTCGCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTATTTTTATATTTTT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTGAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTGTTAT
AATCTTATAATCGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACATCGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
GGCGACCTTGGTAAATC
Found at i:1632 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1162--3184 Score: 1762
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
1152 NNNNNNNNNN
* * * *
1162 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAACCAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * * * * *
1227 TTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAATATATTAACAG
65 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAG
* * * * *
1292 TCACCCATGCTTTTGAAAGCATTATTACACGTTTTAAATAG
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
1333 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTCAATTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAAATTATA
* *
1398 ATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATA
64 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATA
* * * *
1463 ATCACTCATACATTCGAAAGCATTATTA-TACGCTTTAAATGG
129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACT-CGCTTTAAATGG
* *
1505 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * * * *
1570 TTGAATATTTGTCTTGAGAAACGTCAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATTG
65 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAG
* * * *
1635 TCACCCATACCATT-GAATGCATTATTAGTCACTTTAAATGG
130 TCACCCATGCC-TTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * ** *
1676 TTTTGTAGTCTCCTAATTGATTTTTAGTAGAATTTTTTTATGCTTTT-AGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAAATTATA
* * * * * * ** * * *
1740 ATTGAATATCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGA
64 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATA
* *
1805 GTCACTCATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *** *
1847 TTTTATAATCTTAGAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACACCGTTGATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * ** ** * *
1912 TTGAATGTCTACCTTGTTAAATGTGAAGGA-GAAGCC-TTCCATTATCAA-AAACAGTACATTTA
65 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAA-GATAAAGCCATT-CATTAGCAAGAAA-AGTACATTTA
** * *
1974 TAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCATCATTACTCGCTTTAAACGG
127 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * ** *
2018 TTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTGCAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * * * * * * *** * * * * ** *
2082 ATTGCATATCTGACTTAAAAAACATAAAGCA-AAAGCGGCTC-TTTGGAGTGAAAATTTTATCTA
64 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-ATAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTACATTTA
* * * *
2145 CAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
127 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * * * *
2189 TGTTATAATTTCATAATCGATTTCAAGTTGAATTTCTTTATGTTTTCGGTTAAAACAGATTACAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* ** *
2254 TTGAATGTCTATCTTGAGAATAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTAT
65 TTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTAC-ATTTAT
* * * *
2317 AGTCACCTATTCCTTAGAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATGG
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** * *
2360 TTTTATAATCTCATGATTGATTTTAGGTTTAA-TTTTTTATGTTTAGGGTTACAACAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * * * *
2424 ATGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTCGGAAGAAAAGTGCATTTATAG
65 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAG
* * * **
2489 TCACACATGCCTTCGAAAGCATTATTAATGGCTTTAAATAA
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
2530 TTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGACTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAAT
*** * *
2595 TGAATGTTTTTTTTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATAG
66 TGAATG-TTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAG
* *
2660 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAG
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * ****
2701 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAA-TTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTGAAGTTGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * ** ** * * * *
2765 ATTAAATGTCTGCCTCAAGGGACATGAAGGA-AAAACCATTCATTCGGAAGAAAAGTCCATTTAT
64 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAA-GATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTAT
* *
2829 AGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTCTTACTCGCTTTAAATGG
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * ** *
2872 TTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * * * * * *
2937 TTCATTGTTTGCGTCAT-A-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTTTGC--CTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTAT
* * *
3000 AGTAATCCATGCCTTCGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * **
3043 TTTTGTAGTCTCCTAATTGAATTTT-ATTTAAATTTTTTTACATTTTTCG-TT-AAATTAATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAAATTAT
* * * * ** * * * *
3105 AATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAATAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAATGTCCATTTAT
63 AATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTAT
3170 AGTCACCCATGCCTT
128 AGTCACCCATGCCTT
3185 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1491, Mismatches: 319, Indels: 85
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.00
170 262 0.18
171 1005 0.67
172 216 0.14
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAAT
TGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGT
CACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:1898 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1162--3184 Score: 1956
Period size: 342 Copynumber: 5.9 Consensus size: 340
1152 NNNNNNNNNN
* * * *
1162 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTAAACCAAACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * * *
1226 ATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAA-TATATTAAC
64 ATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAA-AAAAAGTACATTTAT
* * * * * *
1290 AGTCACCCATGCTTTTGAAAGCATTATTACACGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
1355 TTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTCAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAA
193 TTTAGTAGAATTTTTTTATGTTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAA
* * * * * * *
1420 CATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAATCACTCATACATTCGAAAGCA
257 CATGAAGAAAAAACCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCA
1485 TTATTA-TACGCTTTAAATGG
321 TTATTACT-CGCTTTAAATGG
* *
1505 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * *
1569 ATTGAATATTTGTCTTGAGAAACGTCAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATT
64 ATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATA
* * * * * * *
1634 GTCACCCATACCATT-GAATGCATTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCCTAATTGATT
129 GTCACCCATGCC-TTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
1698 TTTAGTAGAATTTTTTTATGCTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAAC
193 TTTAGTAGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAC
* * * *
1763 ATAAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATCCCTTCGAAAGCAT
258 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCAT
1828 TATTACTCGCTTTAAATGG
322 TATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *** *
1847 TTTTATAATCTTAGAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACACCGTTGATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* ** ** * * * *
1912 TTGAATGTCTACCTTGTTAAATGTGAAGGA-GAAGCC-TTCCATTATCAAAAACAGTACATTTAT
65 TTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAA-GATAAAGCCATT-CATTAGCAAAAAAAGTACATTTAT
** * * *
1975 AGTCACCCATGCCTTTAAAAGCATCATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATATCATAATTGATT
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * * *
2040 TTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTGCAACAGATTATAATTGCATATCTGACTTA-AAAAA
193 TTTAGTAGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAA
* * * *** * * * ** * * * *
2104 CATAAAGCAAAAGCGGCTCTTTGGAGTGAAAATTTTATCTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
257 CATGAAGAAAAAACCATTCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCA
2169 TTATTACTCGCTTTAAATGG
321 TTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * * *
2189 TGTTATAATTTCATAATCGATTTCAAGTTGAATTTCTTTATGTTTTCGGTTAAAACAGATTACAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * *
2254 TTGAATGTCTATCTTGAGAATAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTAT
65 TTGAATGTTTGTCTTGAGAA-ACGTGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTAC-ATTTAT
* * * * *
2317 AGTCACCTATTCCTTAGAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGA-T
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** *** * * * * *
2381 TTTAGGTTTAA-TTTTTTATGTTTAGGGTTACAACAAATTATAAATGAATGTTTACCTCGAGAAA
193 TTTA-GTAGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAA
* * * *
2445 CATGAAGATAAAGCCATTCATTCGGAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCA
257 CATGAAGAAAAAACCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCA
* * **
2510 TTATTAATGGCTTTAAATAA
321 TTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
2530 TTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGACTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAAT
* * * * * *
2595 TGAATGTTTTTTTTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATAG
66 TGAATG-TTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATAG
* * *
2660 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *** * * **
2725 TAATTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTGAAGTTGATTATAATTAAATGTCTGCCTCA-AGGGACA
195 TAGTAGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACA
* * *
2789 TGAAGGAAAAACCATTCATTCGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATT
259 TGAAGAAAAAACCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATT
*
2854 CTTACTCGCTTTAAATGG
323 ATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** *
2872 TTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * * * * * * * *
2937 TTCATTGTTTGCGTCAT-A-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTTT--GTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTAT
* * * * * * *
3000 AGTAATCCATGCCTTCGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCCTAATTGAAT
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * ** *
3065 TTTATTTA-AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAATTA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAA
193 TTTA-GTAGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAA
* * * *
3128 CATGAATAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
257 CATGAAGAAAAAACCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
3185 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1382, Mismatches: 268, Indels: 62
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 35 0.03
341 322 0.23
342 794 0.57
343 227 0.16
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAAT
TGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATAGT
CACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT
AGTAGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATG
AAGAAAAAACCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATT
ACTCGCTTTAAATGG
Found at i:2706 original size:683 final size:670
Alignment explanation
Indices: 1162--3184 Score: 2110
Period size: 683 Copynumber: 3.0 Consensus size: 670
1152 NNNNNNNNNN
* *
1162 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTAAACCAAACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
* * * * * *
1226 ATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGATAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAATATATTAACA
64 ATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATA
* * *
1291 GTCACCCATGCTTTTGAAAGCATTATTACACGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
129 GTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
1356 TAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTCAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAC
194 TAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTT-AGTT-GAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC
* * *
1421 ATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAATCACTCATA-CATTCGAAAGCA
257 ATGAAGA-AAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCATTCGAAAGCA
*
1485 TTATTA-TACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACAT
320 TTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATAT
* * * * * *
1548 TTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATATTTGTCTTGAGAAACGTCAAGATAAAGCCATTCATT
382 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-GTT-TCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
1613 AGCAAAAAAAGTACATTTATTGTCACCCATACCATTGAATGCATTATTAGTCACTTTAAATGGTT
445 AGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCA-CCATACC-TTGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
** *
1678 TTGTAGTCTCCTAATTGATTTTTAGTAGAATTTTTTTATGCTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
507 TTGTAGTCTCCTAATTGA-TTTTAGTTTAATTTTTTTATG--TTTAGTT-AAACAAATTATAATT
* * *
1743 GAATATCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTC
568 GAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **
1808 ACTCATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
632 ACACATGCCTTCGAAAGCATTATTAATCGCTTTAAATAA
* * * * *** * *
1847 TTTTATAATCTTAGAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTCTACACCGTTGATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
* * ** * * *
1912 TTGAATGTCTACCTTGTTAAATGTGAAGGA-GAAGCC-TTCCATTAT-CAA-AAACAGTACATTT
65 TTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAA-GATAAAGCCATT-CATT-TGCAAGAAA-AGTATATTT
* * * ** *
1973 ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCATCATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATATCATAATTGA
126 ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
2038 TTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTGCAACAGATTATAATTGCATATCTGACTTAAAAA
191 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTG-AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* *** * * * ** * * *
2103 ACATAAAGCAAAAGCGGCTC-TTTGGAGTGAAAATTTTATCTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
255 ACATGAAG-AAAAGCCATTCATTAGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAG
* * * * * *
2167 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATTTCATAATCGATTTCAAGTTGAATTTCTTTATGT
318 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATAT
* * *
2232 TTTCGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTATCTTGAGAATAC-TGAAGAAAAAGCCATTCAT
382 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT-T-TCTTGAGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
2296 TAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTAGAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATGGT
444 TAGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACC-ATACCTT-GAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
2361 TTTATAATCTCATGATTGATTTTAGGTTTAA-TTTTTTATGTTTAGGGTTACAACAAATTATAAA
506 TTTGTAGTCTCCTAATTGATTTTA-GTTTAATTTTTTTATGTTTA--GTTA-AACAAATTATAAT
* * * ** *
2425 TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTCGGAAGAAAAGTGCATTTATAGT
567 TGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
2490 CACACATGCCTTCGAAAGCATTATTAATGGCTTTAAATAA
631 CACACATGCCTTCGAAAGCATTATTAATCGCTTTAAATAA
* * * *
2530 TTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGACTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
* * *
2595 TGAATGTTTTTTTTTGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATAG
66 TGAATG-TTTATCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATAG
* *
2660 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
130 TCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
* ** * **
2725 TAA-TTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTGAAGTTGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGGGACA
194 TAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTGAA-CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA
* * * * *
2789 TGAAGGAAAAACCATTCATTCGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATT
258 TGAA-GAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCATT
* * * *
2854 CTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTT
322 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT
* * * * * * * * * *
2919 GGGTAAAACAAATTATATTTCATTGTTTGCGTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTGATTGGCA
386 GGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT-CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
* *
2984 AGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCATGCCTTCGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGT
449 AGAAAAGT-CATTTATAGTCA-CCATACCTT-GAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGT
* * **
3049 AGTCTCCTAATTGAATTTTA-TTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAATTAATTATAATTGAAT
511 AGTCTCCTAATTG-ATTTTAGTTT-AATTTTTTT--ATGTTTAGTTAAACAAATTATAATTGAAT
* * * *
3113 GTCTGCCTAGAGAAACATGAATAAAAAATCATTCATTGGGAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCC
572 GTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC
3178 ATGCCTT
636 ATGCCTT
3185 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1083, Mismatches: 212, Indels: 88
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 5 0.00
682 44 0.04
683 572 0.53
684 281 0.26
685 172 0.16
686 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (670 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
TGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGATAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATAGT
CACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
AGAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCATTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTA
AAACAAATTATAATTGAATGTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG
TCATTTATAGTCACCATACCTTGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCCTAA
TTGATTTTAGTTTAATTTTTTTATGTTTAGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAA
ACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCA
TTATTAATCGCTTTAAATAA
Found at i:3799 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3617--4464 Score: 527
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
3607 NNNNNNNNNN
* ** * * *
3617 ATAATTTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTATGTTTTCGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
*
3682 TGTCTGTCCTAAGAATAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCAC
66 TATCTGTCCTAAGAATAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCAC
* * *
3746 CTATACCTTAGAAAGAATTATTACACACTTTAAATGATTTT
130 CTATGCCTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAAT-ATTTT
* * * ** *
3787 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATATTTTATGTTTAGGGTTAAAACTA-ATTATAAATAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATGTTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTAA
* * * ** * * *
3851 ATAT-T-TACCTCGAGAATTGTGAAGGTAAAGCCAATCATTAGGAAGAAAAGTGCATTTATAGTT
65 ATATCTGT-CCT-AAGAATAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTACATTTATAGTC
* * ******
3914 ACAC-ATGTCTTCGAAAGCATTATTACACGCTTTAAANNNNNNN
128 AC-CTATGCCTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAA-TATTTT
*** * * ** * **
3957 NNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATCG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-ATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * *
4022 AATATTTTTCTTGAGAA-ACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTC
64 AATATCTGTCCTAAGAATAGA-GAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTACATTTATAGTC
* *******
4086 ACCTATGCCTTCGAAAGCATTATTACACGCTTTAANNNNNNNN
128 ACCTATGCCTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAA-ATATTTT
** * **
4129 NNAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAGTAGATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
4194 ATGTCTG-CCTTAAGGACCAT-GA-AGGAAAAA-CTATTCATTGGGAAGAGAAGTCCATTTATAG
65 ATATCTGTCC-TAA-GA--ATAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTACATTTATAG
* * * **
4255 TCACCCATGCTTTCGAAAGTATTATTATTCACTTTAAATAGTTTT
126 TCACCTATGCCTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAATA-TTTT
* * * * * * * * *
4300 ATAATGTCAAAATTGATTTGAAGCTAAATTATTTTATATTTTTGAG-TAAAACAAATTATATTTC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATGTTTTTG-GTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * * * * **
4364 ATTGTCTG-CCTCATAAAACATGAAGGAAAAGCCTTTGATT-GGCAAGACAAGCCCATTTATAGT
64 AATATCTGTCCTAAGAATAGA-GAAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTACATTTATAGT
* * *
4427 CACAC-ATGCCTTCGAATGCATTATTACTCGCTTTAAAT
127 CAC-CTATGCCTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAAT
4465 GGTTTTGTAG
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 124, Indels: 57
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 5 0.01
170 161 0.31
171 204 0.39
172 146 0.28
173 3 0.01
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
TATCTGTCCTAAGAATAGAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACC
TATGCCTTCGAAAGCATTATTACACACTTTAAATATTTT
Found at i:5911 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5713--6026 Score: 317
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
5703 ATAATGTCAA
* *
5713 AATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATATTTCATTGTCTGCCT
1 AATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTGCCT
* * * * * *
5778 CATA-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTT
66 -AGAGAAACATGAA-AAAAAACCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTT
*
5842 CGAATGCATTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTGTAGTCTCCT
129 CGAAAGCATTATTACTCGCT----------TTGTAGTCTCCT
* * * * ** *
5884 AATTGAATTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATTAATTATAATTGAATGTCTGCC
1 AATT-AATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTGCC
* * * *
5948 TAGAGAAACATGAAAAAAAATCATTCATAGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTG
65 TAGAGAAACATGAAAAAAAACCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTC
6013 GAAAGCATTATTAC
130 GAAAGCATTATTAC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 20, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 57 0.47
171 58 0.48
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
AATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTGCCT
AGAGAAACATGAAAAAAAACCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCG
AAAGCATTATTACTCGCTTTGTAGTCTCCT
Done.