Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398880.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2162.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13119
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.11, T:0.33
Warning! 2132 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:836 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 274--5041 Score: 3244
Period size: 171 Copynumber: 28.0 Consensus size: 169
264 NNNNNACTCC
* * * ** *
274 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATT-TGTTTACGTTTTT-TTCTAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCT-TTTATATTTTTGAT-TAA
* * * * * ** *
337 AACAGCTTATAATTGAATGTTTACCTTCA-AAAACATGAA-AAAAGAGTCAAGCATTGGCAAGAA
63 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGTAAGAA
* * * * *
400 AAGTTCATTTGTAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTG
126 AAGTCCATTTATAGTCACCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * *** *
445 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTGTTTTACCCTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * *
510 TATACTATAATTAAATGTCTA-CTTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAA
* ** * **
573 GT-TAGTTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
128 GTCCA-TTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* ********** *
616 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATT-TTTTATATTTGTGATTCAAA
1 CTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATT-AAA
* * * * * *
680 A-AAAATATAGTTGAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
** * *
744 TATATTTATAGTCACCCATTCTTCCAAAAGCCTTATTACTTG
129 TCCATTTATAGTCACCAATTCTT-CGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * *
786 CTTTAAGTGGCTTATAAACTCATAATCGCTTGTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT-AGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGA-TTAAAA
* * * * * * * * * *
850 TAGCTTATAATTGAATATTTTCCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * *
915 CCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAGTCTTATTATTTG
130 CCATTTATAGTCA-CCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
**
956 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC-TTTGCATTTTT-AGTTAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGA-TTAAA
* * * * * *
1019 ATAGACTATAATTGGATGTCTGCCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* *
1083 GTCCATTTATAGTCGCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
128 GTCCATTTATAGTCACCAATT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * *
1126 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGGATTCTTTTATAGTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * ** * *
1191 CAGCTTATAATTGAATGTTTGTCTCTA-AAAACGTG-AGAAAAAAGGCCATTCATCT-GT-CGAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAG-AAAAA-GCCATTCAT-TGGTAAGAA
* * *
1252 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTA-TTCA
126 AAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTT-G
* * * *
1297 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTT-AGTTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * ** * ** * * *
1361 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAGCCATGAAGAAAAAGCTGTTAATTGATAGGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
* * *
1426 TCCATTTATAGTAACCCAATCCTTCAAAAG-CTGTATTACTTG
129 TCCATTTATAGTCA-CCAATTCTTCGAAAGCCT-TATTACTTG
* * * * * * *
1468 CTTTAAACGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTTTAAATTTTT-AGTTA
1 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTCTTTTATATTTTTGA-TTA
* * * ** * * * * **
1532 AAACATATTATATTTCAATGTCTGTCTCATGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
62 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* * * * * * *
1597 GGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
127 AGTCCATTTATAGTCACCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * *
1641 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATAT-TTTTATATTTTTCATTCAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGATTAAA
** * * * * * *
1705 TTATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGT-AGAGGAAAAGCCATCCATTAGG-AA-AAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAA
* * * **
1767 AGGTCTATTTATAGTCACTTAAGCTT-TT-AAAAGCCTTATTACTCA
127 A-GTCCATTTATAGTCAC-CAA--TTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * *
1812 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * ** ** * *
1876 CAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAA-AAACGA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-
* *
1940 TGCATTTATAGTCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTG
129 TCCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * ** *
1982 CTTTATATGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * ** * * * *
2047 TATACTATAATTAAATGTCTA-CTCCCGGAAACGTGAAGCAAAATCTATCCATTGGTAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
** ** * *
2111 TCTGTTTATAGTCACTCAAACCATT-GAAAGACTTATTACTCG
129 TCCATTTATAGTCAC-CAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * *
2153 TTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAA-TGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * *
2217 CAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAGGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* ** *
2281 GCATTTATAGTCACTTATTCTTTCGAAAGCCCTATTACTTG
130 CCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
** * * * ** *
2322 CTTTATGTGATTTTATTAA-ATCAAAATCAATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATG-GTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
2386 ATATATTATAATTAAATATCTA-CTTCAAGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* * *
2450 GTCCATTTATAGTCACTCAAATCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * *
2493 CTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTGTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * *
2557 CAGATTATATTTAAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAACTATGCATTGGCAAGAAAGGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
*
2622 GCATTTATAGTCACCAATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTG
130 CCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
** * * *
2663 -TCTTATGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTCATTAAA
1 CT-TTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * * * * * * * * *
2727 ATAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTCGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTTATCGGCAAAAAAAT
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * *
2792 TTCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
129 TCCATTTATAGTCA-CCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * *
2834 CTTTAAATAGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTATATTTTTCATTCAA
1 CTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGATT-AA
* * * * * ** * * * * * *
2898 AA-ATACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGGATAAGCCATCCGTTGGAAAGAAAC
63 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* **
2962 GTCTC-TTTATAGTCACTCAAGTT-TTTGAAAGCCTTATTACTCA
128 GTC-CATTTATAGTCAC-CAA-TTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* *
3005 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * *** * * *
3068 -AAATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATAATTCATTGGCAAGTAAGGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * *
3132 GCATTTATAATTACCAATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTTG
130 CCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
** * * * ** * * *
3173 CTTTATTTGATTTTATAAACACATAATCAATTTTAAGTTGAATACTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * * *
3238 TATACTATAATTAAATGTCTA-CTTCAGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
** ** * *
3302 TCTGTTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTCATTACTTG
129 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * * * *
3344 CTTTCAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTCAAGTTAAATT-TTTTACATTTGTGGTTAAAA
1 CTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * ** * *
3408 CAGATTATATTTGAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAGGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* *
3473 GCATTTATAGTCACCAATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTAC
130 CCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTT-G
** *
3515 CTTT-TGTGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * * * * * * *
3579 TAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTCGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTTATCGGCAAAAAAAAT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
** * * * * *
3644 TTATTTATAGCCATCC-ATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCG
130 CCATTTATAGTCA-CCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * *
3685 TTTTAAATTGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGAGTTCTTTGCAT-TTTTATGAGTTA
1 CTTTAAA-TGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TATATTTT-TGA-TTA
* * *
3749 AAACAGATTATAGTTG---G---A-C-----AAA---G-A-AAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAA
62 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* * * * ** * *
3796 AGTGCATTTATAATCACCTATTCTTCCGAAAACCTTAACAATTA
127 AGTCCATTTATAGTCACCAATTCTT-CGAAAGCCTTATTACTTG
* ** * * *
3840 CTTTATGTAAT--TTTATAAACTCATAATCAATTTTCAGTTGAACTCTTTTTTGCATTTTTGATT
1 CTTTA---AATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT--ATTTTTGATT
* * * * *
3903 AAAATATG-CTATAATTAAATGTCTA-CTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAG
61 AAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
** ** * *
3966 AAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
124 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * *
4013 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAA-TGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * *** ** *
4078 CAGATTATATTTGAATGTCTACCATAAGAAATAAGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCGAGAAAGGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* *
4142 GCATTTATAGTCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTG
130 CCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
** * * ** *
4183 CTTTATGTGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTG-TTAAA
1 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
4247 ATATACTATAATTAAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* * **
4311 GTCTATTTATAGTGACTCAAACTT-TT-GAAAGCCTTATTACACG
128 GTCCATTTATAGTCAC-C-AA-TTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * *
4354 TTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATGGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * * *
4418 ACCA-ATTATATTTGAATGTCCACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAT
64 A-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* * * *
4482 GTGCATTTATAGTCACCCATTCTTTTGAAACCCTTATTACTTG
128 GTCCATTTATAGTCACCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTG
* ** * * * *
4525 CCTTATGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTTAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * * * *
4590 TAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTCGAAAATGTGAAG-AAAAGTCATTCATCGGTAAGAAAATT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * * **
4654 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTTTTACTCA
130 CCATTTATAGTCACCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * * *
4695 CTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * ** * *
4760 TATATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGGAAACTTGAACCAAAAGTCA-TCAATTGGTCA-AAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAA
* ** **
4822 GTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
128 GTCCATTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
** * * * * * *
4865 CTGAAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTT-AGACTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
4929 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAACCATAAAGAAAAAGCCATTAATTGGTAGGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
* **
4994 TCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
129 TCCATTTATAGTCAC-CAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
5036 CTTTAA
1 CTTTAA
5042 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3612, Mismatches: 810, Indels: 350
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 6 0.00
155 82 0.02
156 9 0.00
157 6 0.00
158 4 0.00
161 5 0.00
166 3 0.00
167 10 0.00
168 118 0.03
169 151 0.04
170 1281 0.35
171 1602 0.44
172 96 0.03
173 230 0.06
174 9 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
Found at i:1309 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 269--5041 Score: 3376
Period size: 341 Copynumber: 14.0 Consensus size: 339
259 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
269 ACTCCCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTGTTTACGTTTTT-TT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTAGT
* * * **
333 CTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACCTTCAA-AAACATGAA-AAAAGAGTCAAGCATTGGCA
65 -TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAA-AGTCATTCATTGGCA
* * * * *
396 AGAAAAGTTCATTTGTAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTAT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *** * *
461 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTGTTTTACCCTTTTGGTTAAAATATAC-TATAATTAAA
192 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GCTTATAATTGAA
* * * * * *
525 TGTCT-ACTTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGT-TAGTTTATAGTC
256 TGTCTGCCTTCA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGC--GAAAAGTCCA-TTTATAGTC
*
587 ACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATT
316 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * ********** *
611 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTATATTTGT-GAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAG-T
* * * * * ** **
675 TCAAAA-AAAATATAGTTGAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAG
65 T-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
** * * * *
739 AAAAGTATATTTATAGTCACCCATT-CTTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGG-CTTATA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTT-CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
802 AACTCATAATCGCTTGTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATA
193 ATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATG
* * ** * * * *
867 TTTTCCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCA-TCC
258 TCTGCCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-C
* * *
931 ATGCCTTCGAAAGTCTTATT
320 AAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * **
951 ATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGCATTTTTAGTT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTT
* * * * * * *
1016 AAAATAGACTATAATTGGATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
*
1081 AAGTCCATTTATAGTCGCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
131 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
1146 TCATAATCGATTTTAAGTTGGATTCTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTT
196 TCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTCT
* *
1211 GTC-TCTAAAAACGTG-AGAAAAAAGGCCATTCATCTGTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
261 GCCTTC-AAAAACGTGAAG-AAAAA-GCCATTCAT-TGGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
*
1274 GTCTTTGAAAGCCTTATT
322 GCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * *
1292 ATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTT-AGTTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTATA-TTTTTA
* * ** * * * **
1356 -TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAGCCATGAAGAAAAAG-CTGTTAATTGATA
63 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCA
* * * * * * *
1419 GGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAATCCTTCAAAAG-CTGTATTACTTGCTTTAAACGATTTTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * ** * *
1483 TAATGTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTC
191 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA--ATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTG
* * * * * * *
1548 AATGTCTGTC-TCATGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGCC
254 AATGTCTGCCTTCA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--GAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** *
1612 ACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATT
316 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* *
1636 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATATTTTTATATTTTTCA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTT-AG
* ** * * * * * *
1700 TTCAATTATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGT-AGAGGAAAAGCCATCCATTAGG-A
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGTCATTCATT-GGCA
* * ** * ** **
1763 A-AAAAGGTCTATTTATAGTCACTTAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
127 AGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * *
1827 TAATCTCATAA-CTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGA
191 TAATCTCATAATC-GATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGA
* *** ** ** * *
1890 ATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAAAACGATGCATTTATAGTCAC
255 ATGTCTGCCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCGAAAA-G-TCCATTTATAGTCAC
* **
1955 -CTATTCTTTCGAAAGCCTTATT
318 TCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATT
* * * * ** *
1977 ACTTGCTTTATATGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGT
* * * * *** * * *
2042 TAAAATATACTATAATTAAATGTCTA-CTCCCGGAAACGTGAAGCAAAA-TCTATCCATTGGTAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAA
** ** * * * * *
2105 GAAAAGTCTGTTTATAGTCA-CTCAAACCATT-GAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATTGCTTTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2168 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAA
191 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAA
* * * * *
2232 TGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAGGTGCATTTATAGTCAC
256 TGTCTGCCTTCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** *
2295 T-TATTCTTTCGAAAGCCCTATT
318 TCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATT
* ** * * * ** *
2317 ACTTGCTTTATGTGATTTTATTAA-ATCAAAATCAATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTT-G
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAG
* * * * * * * * *
2380 ATTAAAATATATTATAATTAAATATCTA-CTTCAAGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTA
64 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * *
2444 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAT-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTG
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
2508 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATATTTAAA
191 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAA
* * * * * * * *
2572 TATCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAACTATGCATTGGCAAGAAAGGTGCATTTATAGTCAC
256 TGTCTGCCTTCA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
**
2636 -CAATTCTTTCGAAAGCCTTATT
318 TCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATT
* ** * *
2658 ACTTG-TCTTATGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTCA
1 ACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT-A
* * * * * * * *
2722 -TTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTT-CGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTTATCGGCA
63 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * * * * *
2785 AAAAAATTTCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * **
2849 TGATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTATATTTTTCATTCAAAAATA-C-TATAATT
191 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGGTT--AAAATAGCTTATAATT
** * * * * * *
2911 GAATGTCTGCC-TCAAGAAATATGAAGGATAAGCCATCCGTTGGAAAGAAACGTCTC-TTTATAG
253 GAATGTCTGCCTTCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CGAAAAGTC-CATTTATAG
**
2974 TCACTCAAGTTTTTGAAAGCCTTATT
314 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * *
3000 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATATTTTTGGTT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTT
* * * * * * *
3064 AAAA-AAATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATAATTCATTGGCAAGTA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * * ** * *
3128 AGGTGCATTTATAATTACCAATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATTTGATTTTATAAAC
131 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
3193 ACATAATCAATTTTAAGTTGAATACTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAC-TATAATTAAATGTC
196 TCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GCTTATAATTGAATGTC
* * * * * * **
3257 T-ACTTCAGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAA
260 TGCCTTCA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* *
3321 ACCTTTGAAAGCCTCATT
322 GCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * * * * * *
3339 ACTTGCTTTCAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTGTGGTT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTT
* * * *
3404 AAAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * ** *
3469 AGGTGCATTTATAGTCACCAATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTACCTTT-TGTGGTTTTATAAA
131 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
3533 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAATAGCTTATAATTGAATGTT
195 CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTC
* * * * * * * ** * *
3598 TGCCTTCGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTTATCGGCAAAAAAAATTTATTTATAGCCA-TCCAT
260 TGCCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--GAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAA
*
3662 GCCTTTGAAAGTCTTATT
322 GCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * * *
3680 ACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTTAAGTTGAGTTCTTTGCAT-TTTTATG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TATATTTT-T-
* *
3744 AGTTAAAACAGATTATAGTTG---G---A-C-----AAA---G-A-AAAAACT-ATTCATTGGCA
62 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
* * * ** * * ** **
3791 AGAAAAGTGCATTTATAATCACCTATT-CTTCCGAAAACCTTAACAATTACTTTATGTAATTTTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTT-CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
3855 TAAACTCATAATCAATTTTCAGTTGAACTCTTTTTTGCATTTTTGATTAAAATATGC-TATAATT
191 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT--ATTTTTGGTTAAAATA-GCTTATAATT
* * * * * * **
3919 AAATGTCT-ACTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGT
253 GAATGTCTGCCTTCA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CGAAAAGTCCATTTATAGT
*
3983 CACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATT
315 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * *
4008 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGT
* * *** * *
4073 TAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCATAAGAAATAAGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCGAGA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGA
* * * ** * *
4137 AAGGTGCATTTATAGTCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATGTGATTTTATAAA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
4202 CTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAC-TATAATTAAATGT
195 CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GCTTATAATTGAATGT
* * * * *
4266 CT-ACTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACTCA
259 CTGCCTTCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
4330 AACTTTTGAAAGCCTTATT
321 AGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * * *
4349 ACACGTTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATGGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTAG
* * * **
4413 TTAAAACCA-ATTATATTTGAATGTCCACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
64 TTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
* * * * * * * **
4477 GAAATGTGCATTTATAGTCACCCATTCTTTTGAAACCCTTATTACTTGCCTTATGTGGTTTTATA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
4542 AACTCATAATCGATTTTAAGTTTAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATG
193 ATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
4607 TTTGCCTTCGAAAATGTGAAG-AAAAGTCATTCATCGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCA
258 TCTGCCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
4671 TGCCTTTGAAAGTCTTTTT
321 AGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * * *
4690 ACTCACTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATTTTTCA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT-AG
* * * * * **
4754 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGGAAACTTGAACCAAAAGTCA-TCAATTGGTC
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGG-C
* ** ** ** *
4817 -A-AAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGAAAATGATTTT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** * **
4879 ATAATCTTATAATTGATTTT-AGACTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTG
190 ATAATCTCATAATCGATTTTAAG-TTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTG
* * * * * *
4943 AATGTCTGCCTT-AAGAACCATAAAGAAAAAGCCATTAATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTT
254 AATGTCTGCCTTCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG--CGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
5007 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
316 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
*
5031 ACTTGCTTTAA
1 ACTCGCTTTAA
5042 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3599, Mismatches: 671, Indels: 323
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 6 0.00
326 106 0.03
327 13 0.00
328 132 0.04
329 7 0.00
332 4 0.00
333 1 0.00
337 7 0.00
338 7 0.00
339 253 0.07
340 715 0.20
341 1454 0.40
342 473 0.13
343 143 0.04
344 270 0.08
345 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTCT
GCCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
TTGAAAGCCTTATT
Found at i:5712 original size:148 final size:138
Alignment explanation
Indices: 5441--5727 Score: 355
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
5431 NNNNNNTACT
*
5441 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTTTCATTAAAGTA
1 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTTTCATTAAAGTA
* * * *
5506 TACTATAATTAAATGTCTACTTCAGAAAATGTGAGGTATAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCT
66 TAATATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAGGTATAAGCCATCCATTAGGAAGAAAAGTCT
5571 ATTTATAG
131 ATTTATAG
* *
5579 TNNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTT
1 T----------TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTTT
* *
5644 CATTCAAA-TATAATTTAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGG-ATAAGCCATCCATTA
56 CATT-AAAGTATAATATAATTAAATGTCTACCTCAGA-AAACGTG-AGGTATAAGCCATCCATTA
5706 GGAAGAAAAGTCTATTTATAG
118 GGAAGAAAAGTCTATTTATAG
5727 T
1 T
5728 CACTCAAGCT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 9, Indels: 16
0.84 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
138 1 0.01
147 1 0.01
148 119 0.94
149 6 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (138 bp):
TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTCATATTTTTCATTAAAGTA
TAATATAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAGGTATAAGCCATCCATTAGGAAGAAAAGTCT
ATTTATAG
Found at i:6499 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6173--6499 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
6163 TTTAAATGGT
* * *
6173 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTATATTTATGGTTAAACAAGATTATATT
1 TTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTATATTTATGGTTAAACAAGATTATAAT
* * *
6238 TGAATATTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAGGTGCATTTATAGT
66 TGAATATTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAGATGCATTTATAAT
*
6303 CACTCATTCTTGCGAAAGCCTTATTAGTTACCTTATGTGGC
131 CACTCATCCTTGCGAAAGCCTTATTAGTTACCTTATGTGGC
* * *
6344 TTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTA-TTTTATATTTTTGGTTCAAA-TAGCTTATA
1 TTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TAGTTTTATATTTATGGTT-AAACAAGATTATA
* * * * *
6407 ATTGAATATTTGCCTTTGAAAATGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA-ATTCTATTTA
64 ATTGAATATTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAGATGC-ATTTA
*
6470 TAATCA-TCCATGCCTT-CGAAAGTCTTATTA
127 TAATCACT-CAT-CCTTGCGAAAGCCTTATTA
6500 CTCGCTTTAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 16, Indels: 12
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.07
171 117 0.87
172 8 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTATATTTATGGTTAAACAAGATTATAAT
TGAATATTTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAGATGCATTTATAAT
CACTCATCCTTGCGAAAGCCTTATTAGTTACCTTATGTGGC
Found at i:6971 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6817--9113 Score: 622
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 169
6807 NNNNNNNNNN
* * *
6817 ATGATTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTCAAATATATT
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATATT
6882 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTA
66 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCA-TTAGAAGAAAAGTCTATTTA
6947 TAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
130 TAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
*********** * * * *
6987 ATGATTTTATAATCTCATAACNNNNNNNNNNTTG-ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATT
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATATT
* * * * * * * *
7051 A-AATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
66 ATAA-TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CTATCCATTAG-AAGAAAAGTCTATT
** * *
7115 TATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
128 TATAGTCACTC-AAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * *
7157 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCA-TTCAAATATAT
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTCAAATATAT
*
7221 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAACTATCCATTAGGAAGAAAAGTCTGTT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAACTATCCATTA-GAAGAAAAGTCTATT
* ********** *
7286 TATAGTCACTCAAGCTTTTGANNNNNNNNNNACTCACTTTAA
128 TATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * * * *
7328 AT-AGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAACAAAT
1 ATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATAT
* *** * * * * *
7391 TA-AATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAGGTGC-A
65 TATAA-TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAACTATCCATTAG-AAGAAAAGT-CTA
* ** ** *******
7454 -TT-TAGCCAC-CTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNN
126 TTTATAGTCACTC-AAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
**** * ** * * *
7496 NNNNTTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATAC
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTCAAATATAT
* ** * * * * * *
7560 TATAATTAAATGTCTA-CTTTAGAAA-ATGTGAGGCATAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTTA
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA--TGAAG-AAAAACTATCCATTAG-AAGAAAAGTCTA
* * * ********************
7623 TTTATAGTCACTTAAACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA
126 TTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * * *
7667 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTGTGGTT-AAACAAGAT
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAA-TATAT
* * * * * * * ****** *
7730 TATATTTGAATATTTACTTTAGGAAACGTGAAGAAAAA--ATCNNNNNNNNNNAAGAAAGGTGC-
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATC----CATTAGAAGAAAAGT-CT
** ** * * *
7792 ATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTAGTTACCTTAT
125 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* ** * * * * ** *
7837 GTGGCTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGCTC
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATATT
* * * ** * * * *
7902 ATAATTGAATGTTTGCCTTCGA-AAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTAGTAA-AAAAATTTCAT
66 ATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-CTATCCATTAG-AAGAAAAGTCT-AT
* * ** * **********
7965 TTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGTCTTATNNNNNNNNNNAA
127 TTATAGTCACT-CAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* ** * * * *
8008 AT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTGCATCTTTAGTTAAAACAGAT
1 ATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATAT
* * * * ** * * ** * *
8071 TATAATTGGATATCTGCTTTGAGAAACGTGAAG-AAAATTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACT-ATCCATTAG-AAGAAAAGTCTATT
* ** * ** * **
8135 TATAGTCACTTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACGTGTTTTAA
128 TATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * * * **
8177 ATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTATATTTTTGGTT-ACAACAGCT
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCA-AATATAT
* ** ** * * * *
8240 TATAATTGAATGTTTGTCTCTAA-AAATGTGAGAAAAAAAACCATTCATCT-GTAAGAAAAGTCC
65 TATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACAT--GAAGAAAAACTATCCAT-TAG-AAGAAAAGTCT
* * * **********************
8303 ATTTATAGTCGCTCATGCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA
125 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * *
8348 ATTG-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCGTTCAAATATAT
1 A-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATAT
* * * * * *
8412 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTTGGAAGAAAAGTCTGTT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAACTATCCA-TTAGAAGAAAAGTCTATT
********** * *
8477 TATAGTCACTCAAGCTTNNNNNNNNNNTATTACTCATTTTAA
128 TATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * * * * *
8519 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAATT
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATATT
* * * * * * * *
8584 ATATTTTAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGGTGC-AT
66 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACT-ATCCATTAG-AAGAAAA-GT-CTAT
* * ** * * *
8648 TGATAGTCAC-CTAATCTTTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAT
127 TTATAGTCACTC-AAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* * * ** * * * * ***
8691 GTGATTTTATAAACTCACAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATATNNN
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATATT
******* * * * * * * * * *
8756 NNNNNNNAATGTCTACTTCAGGAAACGTGAGGTAAAAGTCATCCATTGGTACGAAAAGTCTGTTT
66 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACT-ATCCATTAG-AAGAAAAGTCTATTT
* * * *
8821 ATAG-CACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
129 ATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
*********** * * * * *
8861 ATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTGT-GATTAAAACAGAA
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTCAAATATAT
* * * * * *
8924 TATATTTGAATATCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAGGTGC-G
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACATGAAG-AAAAACTATCCATTAG-AAGAAAAGT-CTA
* ** ** * *
8987 TTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTT-GTCTTAT
126 TTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACT-TTAA
* * * * * *
9031 GTGATTTTATAAACTCATAATCGATTTTAACTTGAATTCTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGT-T
1 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATA-TAT
*
9095 TATAATTGAATGTTTACCT
65 TATAATTGAATGTCTACCT
9114 TTGAAAATGT
Statistics
Matches: 1511, Mismatches: 534, Indels: 163
0.68 0.24 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 56 0.04
169 303 0.20
170 427 0.28
171 530 0.35
172 186 0.12
173 2 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATATATT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTAGAAGAAAAGTCTATTTAT
AGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
Found at i:7293 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6817--7300 Score: 532
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
6807 NNNNNNNNNN
** * *
6817 ATGATTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTCAAATATATT
1 ATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTATTCAAATATATT
6882 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTTA-GAAGAAAAGTCTATTT
64 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCA-TTAGGAAGAAAAGTCTATTT
* *
6946 ATAGTCA-CTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
128 ATAGTCACCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
* *********** * * *
6987 ATGATTTTATAATCTCATAACNNNNNNNNNNTTG-ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATT
1 ATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTA-TTCAAATATATT
* * * * * * *
7051 A-AATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCAT
64 ATAA-TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CTATCCATTAGG-AAGAAAAGTCTAT
**
7114 TTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
126 TTATAGTCACCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
*
7157 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCATTCAAATATATT
1 ATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTT-ATTCAAATATATT
*
7222 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAACTATCCATTAGGAAGAAAAGTCTGTTT
64 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAACTATCCATTAGGAAGAAAAGTCTATTT
7287 ATAGTCA-CTCAAGC
128 ATAGTCACCTCAAGC
7301 TTTTGANNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 54, Indels: 27
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 13 0.05
169 46 0.19
170 97 0.39
171 74 0.30
172 16 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTATTCAAATATATTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
Found at i:7391 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6833--7576 Score: 907
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 338
6823 TTATATTCTT
**
6833 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
6898 CTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTT
66 CTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTT
* **********
6963 TAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACNNNNNNNNNNTTGATTTTTT
131 TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTT
* * * *
7028 AATATTTTTAGTTAAAACAAATTAAATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGATGAAAAAGCCAT
196 AATATTTTTAGTTAAAACAAATTAAATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCAT
* *
7093 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
261 TCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TT-TAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
*
7158 TGGTTTTATAACCTC
324 TGGTTTTATAAACTC
*
7173 ATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
*
7238 CTCAAGAAACATGAAGGAAAAACTATCCA-TTAGGAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCT
66 CTCAAGAAACATGAA-GAAAAACTATCCATTTA-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCT
* **********
7302 TTTGANNNNNNNNNNACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTT
129 TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTT
* * * *
7366 TTTAATATTTTTTGTTAAAACAAATTAAATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAAC
193 TTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTAAATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAAC
* * * * *******
7431 CATTCATTAGCAAGAAAGGTGCATTTAGCCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNN
258 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
****
7496 NNNNTTTTATAAACTC
323 ATGGTTTTATAAACTC
** * * * *
7512 ATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATACTATAATTAAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
7577 TTTAGAAAAT
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 59, Indels: 7
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 99 0.29
340 83 0.24
341 160 0.47
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
CTCAAGAAACATGAAGAAAAACTATCCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTT
TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTT
AATATTTTTAGTTAAAACAAATTAAATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCAT
TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG
GTTTTATAAACTC
Found at i:7988 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 6642--8318 Score: 506
Period size: 170 Copynumber: 9.9 Consensus size: 167
6632 NNTACTTGCT
* * * **
6642 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAGTAG
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
* * ** * *
6707 CTTATAATTGATTGTTTG-TCTCTGAAAACGTGGGAA-AAAAAGCCATTCATCT-GTAAGAAAAG
66 CTTATAATTGAATGTTTGCT-TC-GAAAA--TGTGAAGAAAAATTCATTCAT-TAGCAAAAAAAG
* ****
6769 TCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTANNNNNN
126 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA--GTTC
**** * * * * * * *
6813 NNNNATGATTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTCAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
** * * * * ** * * *
6878 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACT-ATCCATTTAG-AAGAAAAGTC
65 GCTTATAATTGAATGTTTGCTTCGA-AAATGTGAAGAAAAATTCATTCA-TTAGCAAAAAAAGTC
* ** * ** *
6941 TATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTAC
128 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAGTT-C
* *********
6982 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAA-CNNNNNNNNNNTTG-ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAA
1 -TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC-GATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAA
** ** * * * * ** * *
7045 CAAATTA-AATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
63 CAGCTTATAA-TTGAATGT-TTGCTTCGAAAATGTGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAG
* *
7109 TCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAC
126 TCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTAGTT-C
* * *
7152 TTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCA-TTCAAA
1 -TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTT-AGTTAAAA
* ** * * * * ** * * * *
7216 TATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAACT-ATCCATTAGGAAGAAAAG
63 CAGCTTATAATTGAATGTTTGCTTCGA-AAATGTGAA-GAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAG
** ** * * ********** * *
7280 TCTGTTTATAGTCACTCAAGCTTTTGANNNNNNNNNNACTCAC
126 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAGT-TC
* *
7323 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-CTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAA
1 -TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC-GATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAA
** * * * * * ** * *
7386 CAAATTA-AATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAGG
63 CAGCTTATAA-TTGAATGTTT-GCTTCGAAAATGTGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAG
* * * * *
7450 TGCA-TT-TAGCCAC-CTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGNN
126 TCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTAGTT--C
******** * * * *
7492 NNNNNNNNTTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAC
* * * * * * * * ** * * * *
7556 ATAC-TATAATTAAATGTCTACTTTAGAAAATGTGAGGCATAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT
64 A-GCTTATAATTGAATGTTTGC-TTCGAAAATGTGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAGT
** * ** ******************
7620 TTATTTATAGTCACTTAAACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
127 CCATTTATAGTCACTCATTCC-TT-CGAAAGCCTTATTAGTTC
* * * *
7663 NTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTGTGGTT-AAACAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC-A
* * * * * * * * ********** * * *
7727 GATTATATTTGAATATTTACTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAATCNNNNNNNNNNAAGAAAGGTGC
65 GCTTATAATTGAATGTTTGC-TTCGAAAATGTGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAGTCC
*
7792 ATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTAGTTACC
129 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAGTT--C
** * * *
7833 TTATGTGGCTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACA
* * * *
7898 GCTCATAATTGAATGTTTGCCTTCGAAAATGTGAAGAAAAAGTT-ATTCATTAGTAAAAAAATTT
65 GCTTATAATTGAATGTTTG-CTTCGAAAATGTGAAGAAAAA-TTCATTCATTAGCAAAAAAAGTC
* * ******
7962 CATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGTCTTATNNNNNNNN
128 CATTTATAGTCACT-CATTCCTTCGAAAGCCTTAT--TAGTTC
** * * * ** *
8004 NNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGCATCTTTAGTTAAAACAG
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
8069 ATTATAATTGGATATCTGCTTTGAGAAACGTGAAG-AAAATTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
66 CTTATAATTGAATGTTTGCTTCGA-AAATGTGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
* *
8133 TTTATAGTCACTTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACGTGTT
130 TTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA-GT-TC
* * *
8173 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGGATTTTTTATATTTTTGGTTACAACAG
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
* * ** * *
8238 CTTATAATTGAATGTTTG-TCTCTAAAAATGTGAGAAAAAAAACCATTCATCT-GTAAGAAAAGT
66 CTTATAATTGAATGTTTGCT-TC-GAAAATGTGA-AGAAAAATTCATTCAT-TAGCAAAAAAAGT
*
8301 CCATTTATAGTCGCTCAT
127 CCATTTATAGTCACTCAT
8319 GCCTNNNNNN
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 376, Indels: 134
0.68 0.24 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 54 0.05
169 250 0.24
170 358 0.34
171 338 0.32
172 62 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
CTTATAATTGAATGTTTGCTTCGAAAATGTGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTC
Found at i:8017 original size:341 final size:328
Alignment explanation
Indices: 7664--8276 Score: 689
Period size: 340 Copynumber: 1.8 Consensus size: 328
7654 NNNNNNNNNN
* * * *
7664 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTGTGGTT-AAACAA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTACATCTT-TAGTTAAAAC-A
* * ********** * *
7727 GATTATATTTGAATATTTACTTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAATCNNNNNNNNNNAAGAAAGGTG
64 GATTATAATTGAATATCTACTTTGA-GAAACGTGAAG-AAAAATCATTTATTGGCAAGAAAAGTC
* **
7791 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTA-GT-TACCTTATGTGGCTTTATAAACTCA
127 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACGTGT--CTTAAATGGCTTTATAAACTCA
*
7854 TAATCGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGCTCATAATTGAATGTTTGCC
190 TAATCGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTCATAATTGAATGTTTGCC
*
7919 T-TCGAAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTAGTAAAAAAATTTCATTTATAGTCATCCATGCCT
254 TCT-AAAAATGTG-AGAAAAAGTTATTCATTAGTAAAAAAATTTCATTTATAGTCATCCATGCCT
7983 TCGAAAGTCTTA
317 TCGAAAGTCTTA
*
7995 TNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGCATCTTTAG
1 T----------AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTACATCTTTAG
* * *
8060 TTAAAACAGATTATAATTGGATATCTGCTTTGAGAAACGTGAAGAAAATTCATTTATTGGCAAGA
56 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAATCATTTATTGGCAAGA
* * * *
8125 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACGTGTTTTAAATGGTTTTATAAT
121 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACGTGTCTTAAATGGCTTTATAAA
* * * *
8190 CTCATAATCGATTTTAAGTTGGATTTTTTATATTTTTGGTTACAACAGCTTATAATTGAATGTTT
186 CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTCATAATTGAATGTTT
*
8255 GTCTCTAAAAATGTGAGAAAAA
251 GCCTCTAAAAATGTGAGAAAAA
8277 AAACCATTCA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 36, Indels: 25
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
338 7 0.03
339 47 0.20
340 86 0.37
341 81 0.35
342 8 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (328 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTACATCTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATATCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAATCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACGTGTCTTAAATGGCTTTATAAACTCATAATCG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTCATAATTGAATGTTTGCCTCTAAAA
ATGTGAGAAAAAGTTATTCATTAGTAAAAAAATTTCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGTC
TTA
Found at i:11495 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10598--12015 Score: 1301
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 341
10588 TTATAATTGG
* * * * * *
10598 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATGTATAATCACCTATTCTTTCGAAAGCTT
1 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCT
*
10663 TATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCCTAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTGTTACATT
66 TATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTC-TT-TTACATT
* * *
10728 TTTGATTAAAATATACTATAATTAAATGTCTACTTCAAGAAACCTGAAGGAAAAGCCA-TCTATT
129 TTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAA-GAAAAGCCATTC-ATT
* * * *
10792 GGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAACCTTT-GAAAGCTTTATTACTCGCTTAAAATTGT
192 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAA-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* ** *
10856 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGCTTTTTTATGTTTTAGGTTAAAACAGATTATATT
256 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATT
*
10921 TGAATGTCTACCTTAAGAAAC
321 TGAATGTCTATCTTAAGAAAC
* * * * * *
10942 AAGAAGAAAAATA--TTTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATTACCTATTCTTTCGAAAACC
1 ATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCC
* * * * * * *
11005 TTATTACTTATTTTACGTGATTTTGTAAACTTATAATCAATTTTAAGCTGATTTTTTTTACATTT
65 TTATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTT
* * * *
11070 TTGGTTAAAATATACTATAATT-ATATGCCTACTTCAGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
130 TTGGTTAAAATATACTATAATTGA-ATGTCTACTTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTG
* ** * * *
11134 GCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAACTTTTAAAAGCGTTATTACACGTTTTAAATGGTTT
193 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
11199 TAGAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTG
258 TAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTG
11264 AATGTCTATCTTAAGAAAC
323 AATGTCTATCTTAAGAAAC
* * * * * *
11283 ATGAAGCAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGGTGCGTTTATAGTTACCCATTCTTTTGAAACCCT
1 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCT
* * * * * *
11348 TATTACTTGCCTTATGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGT
66 TATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
* * * * *
11413 TGGTT-AAATA-ACTTATAATTGAATGTTTGCCTTCAA-AAAAATGAAGAAAAGGTCATTCATCG
131 TGGTTAAAATATAC-TATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTG
** * * * ** *
11475 TTAAG-AAACTTTCATTTATAGTCACCCACGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-CTT
193 GCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * *
11538 TTGGTAATCTCATAACTGATTTTATGTTGAATTATTTTTTATTTTTTA--TTAAAATATATAATA
257 TTAG-AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATA
* * *
11601 ATTAAATGTCTA-CTTAGGAAAAC
319 TTTGAATGTCTATCTTAAG-AAAC
* ** * * * ** * *
11624 TTGAA-ACAAAAGTCA-TCAGTTGTTC--GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
1 ATGAAGA-AAAAACCATTCA-TTG-GCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAG
* ** * * * ** * *
11685 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT-AGATAGAATTATTTTACA
63 CCTTATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAG-TTGAATTCTTTTACA
* * * * * * * * *
11749 TTTTTTAG-TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAACCATAAAGAAAAAGCCATTAA
127 -TTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCA
* * * * * * *
11813 TTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTAAC-CCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
190 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * ** * *
11877 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTGAACTTAAAGCATATTATA
254 GTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATA
* * ***
11942 TTTCAATGTATATCTCGTGAAAC
319 TTTGAATGTCTATCTTAAGAAAC
* * *
11965 ATGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAGGTACATTTATAGTCACCCAT
1 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCAT
12016 ACCTTTAAAA
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 171, Indels: 72
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 13 0.01
340 116 0.13
341 470 0.54
342 155 0.18
343 103 0.12
344 10 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCT
TATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
TGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAG
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTGAAT
GTCTATCTTAAGAAAC
Found at i:11974 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10598--12014 Score: 967
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
10588 TTATAATTGG
* * * * * * * *
10598 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATGTATAATCA-CCTATTCTTTCGAAAGCT
1 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGCC
** ** * * * **
10662 TTATTACTTACTTTATGTGATTTTATAAACTCCTAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTGTTACAT
66 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTA-AT
* * * * *
10727 TTTTGATTAAAATATACTATAATTAAATGTCTACTTCAAGAAAC
128 TTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * ** * **
10771 CTGAAGGAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAACCTTT-GAAAGC
1 ATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGC
* * * *
10834 TTTATTACTCGCTTAAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGCTTTTTT-ATG
65 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAAT-
* * * *
10897 TTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
128 TTTTA-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * * * *
10942 AAGAAGAAAAA--TATTTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATTA-CCTATTCTTTCGAAAAC
1 ATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGC
*** ** * * * * ** * *
11004 CTTATTACTTATTTTACGTGATTTTGTAAACTTATAATCAATTTTAAGCTGATTTTTTTTACATT
65 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATT
** * * * * *
11069 TTTGGTTAAAATATACTATAATT-ATATGCCTACTTCAGGAAAC
129 TTTAATTAAAACATATTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * ** * * ** *
11112 TTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAA-ACTTTTAAAAGCG
1 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGCC
* * * * *
11176 TTATTACACGTTTTAAATGGTTTTAGAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATATT
66 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAT-TT
* * * * *
11240 TTAGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAAC
130 TTA-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * * *
11283 ATGAAGCAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAGGTGCGTTTATAGTTACCC-ATTCTTTTGAAACC
1 ATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGC
* * ** * * *
11346 CTTATTACTTGCCTTATGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATT
65 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATT
* ** * * * *
11411 GTTGGTTAAATA-A-CTTATAATTGAATGTTTGCCTTCAA-AAAA
129 TTTAATTAAA-ACATATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAAC
* * * * ** * *
11453 ATGAAGAAAAGGTCATTCATCGTTAAGAAACTTTCATTTATAGTCACCCACG-CTTTCGAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGCC
* * * * *
11517 TTATTACTCGCTTTAAAT-CTTTTGGTAATCTCATAACTGATTTTATGTTGAATTATTTTTTATT
66 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAATT
* * * * * *
11581 TTTTATTAAAATATATAATAATTAAATGTCTA-CTTAGGAAAAC
129 TTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAAC
* * ** * * *
11624 TTGAA-ACAAAAGTCA-TCAGTT-GTTCGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCAAAAG
1 ATGAAGA-AAAAGCCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAG
* * * *
11685 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT-AGATAGAATTATTTTACA
64 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA-A
* * * * *
11749 TTTTTTAGTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAACC
127 TTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * *
11794 ATAAAGAAAAAGCCATTAATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAAGTC-TTCGAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGCC
* * *
11858 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTT
66 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTT
* * * * * * **
11923 GAACTTAAAGCATATTATATTTCAATGTATATCTCGTGAAAC
131 TAA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * *
11965 ATGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAGGTACATTTATAGTCACCCA
1 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
12015 TACCTTTAAA
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 254, Indels: 90
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 28 0.03
170 353 0.37
171 452 0.48
172 24 0.03
173 83 0.09
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTCGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTT
TAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
Found at i:12915 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 12619--13116 Score: 495
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 166
12609 TTTAAATACC
* * * * *
12619 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATATTTATGGTTAAACAAGATTATATTT
1 TTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAA-AAGATTATAATT
* * *
12684 GAATATCTACCTTAGAAAATGTGAACAAAAAACCATTCATT-GACAAGAAAGGTGCATTTATAGT
65 GAATATCTGCCTTTGAAAATGTGAA-GAAAAACCATTCATTAGA-AA-AAA-GTGCATTTATAGT
* * *
12748 CACCTATTTTTTTGAAAGACTTATTACTTACCTTATATGGT
126 CACCTATTCTTTCGAAAGACTTATTACTTACCTTATAAGGT
* *
12789 TTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAA-AGATTATAAT
* * * * *
12854 TGAATGTTTGCCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGTAGAAAAATTTCATTTATAGT
64 TGAATATCTGCCTTTGAAAATGTGAAGAAAAA-CCATTCATTAG-A-AAAAAGTGCATTTATAGT
* * * * ** *
12919 CATCC-ATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTATAAGGT
126 CA-CCTATTCTTTCGAAAGACTTATTACTTACCTTATAAGGT
* * * *
12960 TTTATAATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATCTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAA-TCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AGATTATAAT
* * * *
13024 T-AGATCTCTGCC-TTGAGAAATATAAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAGGTGCATTTATAG
64 TGA-ATATCTGCCTTTGA-AAATGTGAAGAAAAACCATTCATTAG-AA-AAAAGTGCATTTATAG
13087 TCACCTATTCTTTCGAAA-ACCTTATTACTT
125 TCACCTATTCTTTCGAAAGA-CTTATTACTT
13117 GCT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 47, Indels: 25
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 50 0.19
170 81 0.30
171 124 0.46
172 8 0.03
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
TTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAGATTATAATTG
AATATCTGCCTTTGAAAATGTGAAGAAAAACCATTCATTAGAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCT
ATTCTTTCGAAAGACTTATTACTTACCTTATAAGGT
Done.