Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397416.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_917.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21402
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Warning! 563 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:612 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 94--3730 Score: 2853
Period size: 171 Copynumber: 21.3 Consensus size: 171
84 ATTTGAAAAT
* * * * * * *
94 AAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATGACCCGCTTTAAATAGTTTTATAGT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
********** * * * * * *
159 CTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTCAAACAAACTATAATTGAATGCC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** ** * ** * *
224 TGTCTTGAGAAACAT-ATATAAAAACCCATTCATAT-GAAAAA
131 TACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCAT-TGGCAAGA
* * * * ***
265 AAAGTCCATCTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATNNN
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
******* * * **
330 NNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACCATAATTGAATGT-
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * *
394 TCACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCATGA
131 T-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * **
436 AAAGTCTATTTATAGCCACTCAATCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
501 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** *
566 CCATATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGA
130 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
608 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
673 CTTAAAATTGATTGT-AGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
737 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *
780 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
845 CTCATAATTGATTTGAATTTCAAATTTTTGTACA-TTTTTGCTTAAAACAGATTATAGTTGAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
909 TCTACCTCAAGAAACATG-AGAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
952 AATGTCCATTTATAGTCAC-CAATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
1016 TCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGCATTCTTTGCTT-AAACAGATTACAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
1080 TCTACTTCGAGAAATATGAAGAACAAGTCATTCATTGAG-AAAA
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGA
* * * * * *
1123 AAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTGTAAATGG-TTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
1187 CCCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA---TTT-TT------G----TAATTGAATATC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * *
1238 TATATCAAGAAACATGAAGAACATGGCATTCATTGACAAGA
131 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
1279 AAAGTCCACTTATAGT-ATCTCATTCCTTTAAAAGCGC-TGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * ** *
1342 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTATTTTTGCATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTGAATA
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * ** * * * *
1407 CCTACATTGAGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTTATTTGAAAGA
129 TCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * **
1450 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
1515 TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTCT-TTAAAATAGACTATAATTGAATG-
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * * **
1578 CTTGCTTTGAGAAATATGTAGAAAAACCCATTCATTTGG-AAGA
130 C-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGA
* * * * *
1621 AAAGTCCGTTTATAGTCTC-CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTACAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
1685 TCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTATTT--ATGTTTTGGCTT-AAACAGATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * ** *
1747 GTATGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTTGGTAAGA
128 GTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGA
* * * *
1793 AAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
1858 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAAATTATAATTCAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
1923 TACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGGCAATAATTAGTAAGA
131 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
1964 AAAGTCAATTTATAATCAAC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATGTTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * *
2028 TCTTAAAATTAATTTTCAGTTGAATTCTTTGCACATTTTTTGTTACAACAGATTATGATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * *
2093 TCTACCACAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGA
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
2136 AAATTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
2201 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACAAACTA-AATTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** **
2264 CTACCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAGTTAATACTCATCT-GCAAGA
130 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GCAT--TCAT-TGGCAAGA
* * * * * * * *
2308 AAAGTTCATTTATAGTTAGC-AATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCGATTTAAATGGTTTCATTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * * *
2372 TCTTAAAATTAATTTTAAGTTGAAGGTTTTTATA-TTTTTGATTACAAAAAG-CTATAATGGAAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTA-AAACAGATTATAATTGAAT
*** * * * * ** * * *
2435 GTCTACCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGGTAACCATTAGTATGA
128 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * ** * * * *
2479 AAAGTCTATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
2544 CTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
*
2609 -TCACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
130 CT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
********************** **
2651 AAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTTT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
2716 CTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
2781 CTACAATGAA-AAATATGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGA
130 CTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
2823 CAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
********** ** * *
2888 CTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTCCATTAAAACAAACTATAATTGAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
2953 TTTGCCTCAAGAAACAGGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-A
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGA
********* * * * * * *
2995 AANNNNNNNNNNATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTGTATATAGTTTTGTA
1 AA-AGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3059 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * ** * *
3124 TCTATCTTAAGAAAGGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAAGA
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * ** *
3167 AAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTAGTCATTTTAAATGGTTTTCTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3232 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGCTT-AAATAGATTATAATTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
3296 CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAGA
130 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
3338 AAAATCCATTGATAGTCTC-CTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * ** * * *
3402 TGTCATAATTTATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGC
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
3467 CTACCAT-GAGAAATAT-ATAGAAAAAGCCATTTATTTGAAATA
130 CTACC-TCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** *
3509 AAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3574 CTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
3639 TACCTTAA-AAA-AAGTAAAAAGAAAAGCATTCATTGGCAAGA
131 TACCTCAAGAAACATG-AAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
3680 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
3731 TGTAACAGCC
Statistics
Matches: 2771, Mismatches: 602, Indels: 186
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
156 85 0.03
157 35 0.01
160 3 0.00
161 2 0.00
165 2 0.00
167 3 0.00
169 8 0.00
170 123 0.04
171 1266 0.46
172 1041 0.38
173 194 0.07
174 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
Found at i:1066 original size:515 final size:507
Alignment explanation
Indices: 13--3730 Score: 2904
Period size: 515 Copynumber: 7.3 Consensus size: 507
3 AGGTTAAATG
* * * * *
13 TTTTTACATTTTTCATTACAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTT-GGAAA-ATGTATA-AAGA
1 TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATATG-A-AGAA-A
** * * * * * * *
75 AATCCATTCATTTG-AAAATAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATGACCC
62 AAGGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ********** * *
139 GCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTCAA
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTT-AA
* * * ** ** * ** * *
204 ACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTTGAGAAACAT-ATATAAAAACCCATTCATAT-GAAAAAAA
189 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCAT-TGGCAAGAAA
* * * *****
267 AGTCCATCTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATNNNNN
252 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
***** * * *
332 NNNNNTTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACCATAATTGAATGT-TC
317 CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-
* * * * * *
396 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAATC
380 ACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTC
* * * * *
461 CTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
443 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
526 TGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCATATCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 T-TTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATATGAAGAAAAA
* * * *
591 GGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACT
64 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
656 TTAAATGGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTGT-AGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTT-GTT-AAA
* *
720 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
190 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
785 CCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
255 CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * *
850 AATTGATTTGAATTTCAAATTTTTGTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACC
320 AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT-TACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
915 TCAAGAAACATGAGAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCAATTTCTT
383 TCAAGAAACATGA-AGAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTT
* * *
980 CAAAAGTCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATT
446 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
1042 TTTTTGCATTCTTTGCTT-AAACAGATTACAATTGAATGTCTA-CTTCGAGAAATATGAAGAACA
1 TTTTTACATT-TTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-AAGAAATATGAAGAAAA
* * * * * *
1105 AGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCG
63 AGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
1169 CTGTAAATGG-TTTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTT-TT-----
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAACA
* ** * * *
1225 G----TAATTGAATATCTATATCAAGAAACATGAAGAACATGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
192 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
1286 ACTTATAGT-ATCTCATTCCTTTAAAAGCGC-TGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAT
257 ATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * ** *
1349 AATTCATTTTAAGTTGAGTATTTTTGCATTTTT-CATTAAAACAAACAATAATTGAATACCTACA
320 AATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * *
1413 TTGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
383 TCAAGAAACATG-AAGAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTT
* * * *
1478 CAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
446 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
1540 TTTTTATATTTTTCTTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CT-TGCTTTGAGAAATATGTAGAAAA
1 TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-C-TTAAGAAATATGAAGAAAA
** * * * *
1603 ACCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
63 AGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** *
1667 CTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTATTTATGTTTTGGCTTAAAC
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAC
* * * ** *
1732 AGATTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTTGGTAAGAAAAG
191 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAG
* * *
1797 TCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
254 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
1862 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAAATTATAATTCAATGTCTACC
319 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
1927 TCAAGAAACATGAAGAGAAAGGCAATAATTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAATCAACCATTCCTT
383 TCAAGAAACATGAAGA-AAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTT
* * * * * * *
1992 TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGAT-GTTTTTATAATCTTAAAATTAATTTTCAGTTGAATT
446 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * ** *
2054 CTTTGCACATTTTTTGTTACAACAGATTATGATTGAATGTCTACCACAAGAAATGTGAAGAAAAA
1 -TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATATGAAGAAAAA
* * * *
2119 GGTATTCATTGGTAAGAAAATTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
64 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
2184 TAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAAC
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATT-TTTGTT-AAAC
* * * ** **
2248 AAACTA-AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAGTTAATACTCATCT-GCAAGAAA
191 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GCAT--TCAT-TGGCAAGAAA
* * * * * * * * *
2310 AGTTCATTTATAGTTAGC-AATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCGATTTAAATGGTTTCATTATC
252 AGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ** * * * *
2374 TTAAAATTAATTTTAAGTTGAAGGTTTTTATATTTTTGATTACAAAAAG-CTATAATGGAATGTC
316 TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGCTTA-AAACAGACTATAATTGAATGTC
*** * * * ** * * * * **
2438 TACCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGGTAACCATTAGTATGAAAAGTCTATTTATGGTCACTCAAG
379 TACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATT
* * * * * * *
2503 CCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTGATAATTGATTTTAAGTTAAAT
442 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
2568 TT
506 TT
* * * *
2570 TTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TCACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATCTTAAGAAATATGAAGAAAAA
**********************
2634 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCT
64 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * *
2699 TTAAATGGTTTTATTTTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GTT-AAAC
* * * * * * *
2764 ATATTATAATTGAATGTCTACAATGAA-AAATATGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGACAAGT
191 AGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ***
2828 CCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNN
255 CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
******* * * * * *
2893 NNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTCCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGC
320 AATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * ********** *
2958 CTCAAGAAACAGGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAA-AANNNNNNNNNNATAGTCTCCTATTCC
382 CTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTG-GAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCC
* * * * *
3022 TTCAAAAGCCCTATTACTCGCTGTATATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
444 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** *
3086 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAAGGTGAAGAAAAAA
1 TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATATGAAGAAAAAG
* * * * * * **
3151 GCATTCATTGGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTAGTCATTT
65 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
3216 TAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGCTTAAATAG
130 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-G-TTAAACAG
* * * * *
3281 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATCCA
193 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
3346 TTGATAGTCTC-CTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAA
258 TTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
3410 TTTATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTT-CATTTAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCAT
322 TTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-T
* * * * * * **
3474 -GAGAAATAT-ATAGAAAAAGCCATTTATTTGAAATAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTT
384 CAAGAAACATGA-AG-AAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTT
*
3537 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATT
446 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
3599 TTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-AAA-AAGTAAAAAGAA
1 TTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATATG-AAGAA-AA
* * * * * *
3662 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCTTTATTACTCAC
63 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
3727 TTTA
128 TTTA
3731 TGTAACAGCC
Statistics
Matches: 2524, Mismatches: 581, Indels: 200
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
497 8 0.00
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518 10 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
Found at i:1802 original size:841 final size:843
Alignment explanation
Indices: 401--3713 Score: 2024
Period size: 858 Copynumber: 3.9 Consensus size: 843
391 TGTTCACCTT
* * * *
401 AAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAATCCTTCA
1 AAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACTCAATCCTTCA
* *
466 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTT
66 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATATGTTT
* ** * ** * * *
531 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCATATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
131 TACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGACCACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* *
596 TCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
196 TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
661 TGGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTGTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
261 TAGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTGTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGACT
**
726 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
326 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* *
791 ATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
391 ATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATAGA
* * * *
856 TTTGAATTTCAAATTTTTGTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGA
456 TTTGAAGTTCAAATTTTTGTACATTTTGGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGA
* *** * * *
921 AACATGAGAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCAATTTCTTCAAAAG
521 AACATGAGAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCAATTCCTTCAAAAG
* * * *
986 TCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGCAT
586 ACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
1051 TCTTT-GCTTAAACAGATTACAATTGAATGTCTACTTCGAGAAATATGAAGAACAAGTCATTCAT
651 T-TTTGGCTTAAACAAATTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAACAAGTCATTCAT
1115 TGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTGTAAATGGT
715 TGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTGTAAATGGT
1180 TTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTAATTGAATATCTATATC
780 TTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTAATTGAATATCTATATC
* * *
1244 AAGAAACATGAAG-AACATGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAG-TATCTCATTCCTT
1 AAGAAACATGAAGAAAAAT-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCA-CTCAATCCTT
* * * * * * * *
1307 TAAAAGCGC-TGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTAT-
64 CAAAAGC-CATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATATG
* * **
1370 TTTTGCATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTGAAT-ACCTACATTGAGAAACATGTAA-AAAAA
128 TTTTACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGACC-ACATCAAGAAACATG-AAGAAAAA
* * * * * * *
1433 GCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCT
191 GCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * **
1498 TTAAATATTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATGT-TTT-TATATTTTTCTTTAA
256 TTAAATAGTTTTAAAATCTT-AAAATTGATTGT-AGTTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTAGTTAA
* * ** * *
1559 AATAGACTATAATTGAATG-CTTGCTTTGAGAAATATGTAGAAAAACCCATTCATTTGG-AAGAA
318 AATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA-TTGGTAAGAA
* * * * * *
1622 AAGTCCGTTTATAGTCTC-CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTACAAT
381 AAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAAT
* * **
1686 CTCATAATAGATTTTAAGTT-GAATTTATT-TATGTTTTGGCTT-AAACAGATTATAATTGAATG
445 CTCATAATAGATTTGAAGTTCAAATTT-TTGTACATTTTGGCTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
1748 TATGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
509 TATACCTCAAGAAACATG-AGAAAAAAAACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
*
1813 CATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
572 AATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
1878 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAAATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
637 GAATTTTTTTACATTTTTGGCTTAAACAAATTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * * * * * *
1943 GA-AAGGCAATAATT-AGTAAGAAAAGTCAATTTATAATCAACCATTCCTTT-AAAAGCCTTATT
702 -ACAAGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATT-CTTTCAAAAGTCTTACT
* * * * ** * * * * **
2005 ACTCACTTTAGATGTTTTTATAATCTTAAAATTAATTTTCAGTTGAATTCTTTGCACATTTTTTG
764 ACTCGCTGTAAATG-GTTTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA---TTT-
* *
2070 TTACAACAGATTATGATTGAATGTCTACCA-C
823 TT------G--TA--ATTGAATATCTA-TATC
** * * ** * * * * * *
2101 AAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAATTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 AAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACTCAATCCTTCA
* * * ** * * *
2166 AAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGAT-TTTT
66 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCA-ATATGTT
* * * * * * * * ** *
2229 TTATATTGTTT-GTTAAAACAAACTA-AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAGTT
130 TTACATT-TTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGACCACATCAAGAAACATGAAGAAAAAG-C
* * * * * * ** *
2291 AATACTCATCT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAGCAATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCGA
193 CAT--TCAT-TAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTC-A
* * ** * * * *
2355 -TTTAAATGGTTTCATTATCTTAAAATTAATTTTAAG-TTGAAGGT-TTT-TATATTTTT-GATT
254 CTTTAAATAGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTGT-AGTTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAG-TT
* * *** * * * *** ** * *
2415 ACAAAAAG-CTATAATGGAATGTCTACCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGGTAACCATTAGTATGA
316 A-AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGA
* * ** * * * ** * * *
2479 AAAGTCTATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAA
380 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAAT
* * * * *
2544 CTGATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTTACACTTTTGG-TTAAAACAGATAATAATTGAAT
445 CTCATAATAGATTTGAAGTTCAAA-TTTTTGTACA-TTTTGGCTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * *****
2607 GT-TCACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATANNNNN
508 GTAT-ACCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC
***************** * ** * *
2670 NNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTTTCTCAAAATTGATTTTATGT
571 CAATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
2735 TCAATTGTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACAATGAA-AAATATG
636 TGAATT-TTTTTACATTTTTGGCTT-AAACAAATTACAATTCAATGTCTAC-CTCAAGAAACATG
* * * * * * * * * *
2798 AAGAAAAAGGCATTTATTTG-CAAGACAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTT
698 AAGAACAAGTCATTCA-TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTA
* * * ***********
2862 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTT
762 CTACTCGCTGTAAATGG-TTTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT
* * * *
2927 CCATTAAAACAAACTAT-AATTGAATGTTTGCCTC
825 ---GT------AA-T-TGAA-T--ATCTAT--ATC
* * * ********* *
2961 AAGAAACAGGTAGAAAAA-GCCATTCATTGAGAA-AAANNNNNNNNNNATAGTCTC-CT-ATTCC
1 AAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGACAAGAAA-AGTCCACTTATAG-C-CACTCAATCC
* * * * * * * * * *
3022 TTCAAAAGCCCTATTACTCGCTGTATATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
62 TTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATAT
* * * * * **
3087 -TTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATC-TTAAGAAAGGTGAAGAAAA
127 GTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACAATAATTAAATGACCA-CATCAAGAAACATGAAG-AAA
* * * ** * *
3149 AAG-CATTCATTGGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTAGTCA
189 AAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ** * * * * * * *
3213 TTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATT-TTTCTATATTTTTGGCTT-
254 CTTTAAATAGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTGT-AGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TTA
* * * ** *
3275 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAA
317 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAA
* * * ** * * * ** *
3340 AATCCATTGATAGTCTC-CTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATG
382 AGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATC
** * * * * * * *
3404 TCATAATTTATTTTAGGTT-GAATGTTTT-TATATTTT-TCATTTAAACAGACTATAATTGAATG
446 TCATAATAGATTTGAAGTTCAAAT-TTTTGTACATTTTGGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
** * * * ** * * * * * * **
3466 CCTACCAT-GAGAAATAT-ATAGAAAAAGCCATTTATTTGAAATAAAAGTCTATTTATAGTCTTT
509 TATACC-TCAAGAAACATGAGA-AAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTC-AC
* *
3529 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAG
571 CAATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
3592 TTGAATTTTTTTACATTTATGG-TTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-AAAAAGT
635 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTTAAACA-A-ATTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACA-T
* * * * *
3654 AAAAAGAA-AAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAG
697 --GAAGAACAAGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAG
3714 CTTTATTACT
Statistics
Matches: 1940, Mismatches: 416, Indels: 214
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
839 34 0.02
840 34 0.02
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862 2 0.00
863 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (843 bp):
AAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACTCAATCCTTCA
AAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATATGTTT
TACATTTTTCATTAAAACAAACAATAATTAAATGACCACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTGTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATAGA
TTTGAAGTTCAAATTTTTGTACATTTTGGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGA
AACATGAGAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCAATTCCTTCAAAAG
ACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGCTTAAACAAATTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAACAAGTCATTCATT
GAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTGTAAATGGTT
TATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTAATTGAATATCTATATC
Found at i:12223 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12166--12226 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 22
12156 AAAAACAAAA
*
12166 GAAGAAGAAGAAAGAAAGGATG
1 GAAGAAGAAAAAAGAAAGGATG
**
12188 G-AG-AGAAAGGGAGAAAGGA-G
1 GAAGAAGAAA-AAAGAAAGGATG
12208 GAAGAAGAAAAAAGAAAGG
1 GAAGAAGAAAAAAGAAAGG
12227 GAGGGTTCGG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 7
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.19
21 19 0.61
22 6 0.19
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.39, T:0.02
Consensus pattern (22 bp):
GAAGAAGAAAAAAGAAAGGATG
Found at i:13542 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13504--13559 Score: 60
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
13494 ACGTGGCTGG
13504 GGCCATAGTTTGTGATTACGTGGCAA
1 GGCCATAGTTTGTGA-TACGTGGCAA
* * *
13530 GGCCATGAG-TTGTTATATGTGGCTA
1 GGCCAT-AGTTTGTGATACGTGGCAA
13555 GGCCA
1 GGCCA
13560 CGCGATCGCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 13 0.50
26 11 0.42
27 2 0.08
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.32, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
GGCCATAGTTTGTGATACGTGGCAA
Found at i:15172 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14911--15881 Score: 580
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
14901 TTATAGTTTG
* * * * ** * * *
14911 TACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTATCTCGTGAAATAT-AAAAAGAAAGGT
1 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCT-TACCTCGAGAAACGTGAAGAA-AAACGC
* * * *
14974 ATTTATTGGAAAAAAAACTCCCTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
64 ATTTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * *****
15039 AATGGTTTTACGATCTTATAATTGATTTTAAGTT-GANNNNNN
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTT
**** *
15081 NNNNTTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTT-CCTC-AGGAAACGT-ATAGAAAAACT
1 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-CTTACCTCGA-GAAACGTGA-AGAAAAACG
* * *
15143 CATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
63 CATTTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
15208 AAACGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGGATTTTT
128 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT
* * * * *
15251 TACATTTTTGGTTAGAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCAC
1 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCAT
* * * * *
15316 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAACCTTAATTACTCACTTTT
66 TTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGC-TTT
* * **
15380 CAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
128 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT
* * * * *
15423 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATA--TTGAGAAACGT-ACAGAAAAAGG
1 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-CT-TACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAACG
* * ********** * *
15485 TATTCATT-GACAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCAC-CTATT-CTATCAAAAGCCTTATCACTTGC
63 CATTTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
15547 TTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTT
125 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATT-TTT
********** * * * * *
15594 GTACATTTTNNNNNNNNNNAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAA-GA
1 -TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCT-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACG-
* * * **********
15657 CATTTATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTT
63 CATTTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * **
15721 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATAAATTTTTT
127 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTT
* * * * *
15766 TACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGT--CTCGAGAAACATGTAG-AAAACCC
1 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-CT-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGC
* * * * *
15828 ATTCATAT-GAAA-AAAATGTCCATTTACAGTCTCTCATTCATACAAAAGCCTTAT
64 ATTTAT-TGGAAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
15882 ATGAGATTAT
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 155, Indels: 64
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 294 0.48
171 71 0.12
172 231 0.38
173 9 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCAT
TTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT
Found at i:16297 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15909--16729 Score: 432
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
15899 TAATTAATTT
* * * * *
15909 TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTCGGAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGTTTTT
1 TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* ***********
15974 ATAATCTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACANNNNNNNNNNGA
66 ATAATCTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTA-ATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAA
* * ** *
16039 ATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGA
130 ATGTCTACATGAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
* *
16080 TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
16145 ATAATCTTATAATTGACTTT-AACTTGAATTTTTTT-ATTTTTGGTTAAATCATATTATAATTAA
66 ATAATCTTATAATTGA-TTTGAAATTGAATTTTTTTAATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAA
*
16208 ATGTCTACATCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
130 ATGTCTACAT-GAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
* * * * * * ** *
16249 TGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGCAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTN
1 TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-
********* * ** * *
16313 NNNNNNNNNATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTCTTTATTAAAACAGATTATAATT
65 TATAATCTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTA-ATTT-TTGATTAAAACATATTATAATT
* * * * * * * *** * *
16378 GAATGTCTTCCTTAAGAAATGTGAAAAAAAATATATTCACTGA
128 AAATGTCTACATGAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
* * * * ** * * **********
16421 CAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCTTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTT
1 TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
16486 ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTATCAGAATAGATTATAATTA
66 ATAATCTTATAATTGA-TTTGAAATTGAA-TTTTTTTAATTTTTGATTAAAACATATTATAATTA
* * * * * **
16550 ATTTTTTAC-CGTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTCG
129 AATGTCTACATG-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
* * * * * ********** **
16592 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTNNNNNNNNNNTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
16657 ATAATCCTATAATTGATTTTG-AATTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
66 ATAATCTTATAATTGA-TTTGAAATTGAATTTTTTTA-ATTTTTGATTAAAACATATTATAATTA
16721 AATGTCTAC
129 AATGTCTAC
16730 CTCAGAAAAT
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 151, Indels: 28
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.02
169 113 0.23
170 7 0.01
171 230 0.47
172 111 0.23
173 14 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTAATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAA
TGTCTACATGAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAA
Found at i:16658 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 16481--16795 Score: 305
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
16471 NNNNNNNNNN
* * * *
16481 GTTTTATAAT-CTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTATCAGAATAGATTA
1 GTTTTATAATCCT-ATAATTGACTTTGAA-TTGAATGTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGATTA
* * * *
16544 TAATT-AATTTTTTACCGTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATT
64 TAATTGAA-TGTCTACC-TAAGAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATT
*
16607 TATAGTTACCCATGCCTNNNNNNNNNNTATTACTTGCTTTAAATG
127 TATAGTCACCCATGCCT----------TATTACTTGCTTTAAATG
* *
16652 GTTTTATAATCCTATAATTGATTTTGAATTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCCTATAATTGACTTTGAATTGAATGTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGATTATA
* * * * * * *
16717 ATTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTGTAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATA
*
16782 GTCACCTATGCCTT
131 GTCACCCATGCCTT
16796 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 19, Indels: 18
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 3 0.02
171 111 0.92
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
GTTTTATAATCCTATAATTGACTTTGAATTGAATGTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
Found at i:17290 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16975--17502 Score: 425
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
16965 NNNNNNNNNN
* * * * *
16975 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATT-TCTTTTCATTGTA
1 TTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTAT-TTTTCATT-TA
* * * * * * * * *
17039 -G-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAA--CATGAAGAA-AAAACCATTCATT
64 TGATGAAAAAAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGC-T-AAGAACAAGA-TATTCATT
* * * *
17099 CGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCTATGCCATTAAAAGCCTTA
126 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTAAAAGCCTTA
* * * * *
17145 TTACTCGCCTTGAATGGTTTTATAATCCCAT-ATCT-ATTTTTAAGTTGAATTGTTTTAT-ATTT
1 TTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCCCATAAT-TGA-CTTTAAGTTGAATTATTTT-TCATTT
* * * ** * * * **
17207 TTTATTAAAGTAGACTATAATTGAATGTTTACCATGGA-AAATG-TATAGGAA-AAGATATTCAT
63 ATGATGAAAAAAAACTATAATTAAATGTCTACC-TCAACAAATGCTA-A-GAACAAGATATTCAT
* * *
17269 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTGTGCCTGCAAAAGCCTTA
125 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT-TAAAAGCCTTA
* * *
17316 TTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTATG
1 TTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTATG
* * *
17381 GTGAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGCTAAGAACAAGCTATTCATTGGCT-
66 ATGAAAAAAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGCTAAGAACAAGATATTCATTGG-TA
* *
17445 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-AAAAGCCTTA
*
17487 TTACTCACTTTAAATG
1 TTACTCACCTTAAATG
17503 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 47, Indels: 39
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 56 0.19
171 217 0.75
172 14 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTATG
ATGAAAAAAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGCTAAGAACAAGATATTCATTGGTAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTAAAAGCCTTA
Found at i:18731 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18461--19276 Score: 673
Period size: 170 Copynumber: 4.8 Consensus size: 169
18451 GATTCATTAG
* * * *
18461 CACCTATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTG
1 CACCTA-ACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT-TT
* * * *
18525 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTACTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGT
64 AAGTTGAATTTTTTTTC-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGT
* * *
18589 GAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
128 GAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* **********
18631 CACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGACTTTA
1 CACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTA
* * * * * * *
18696 AGTAGATTTTTTTTTCTTTTTGATT-GAATCAGATTATAAATAAATATCTACCTC-GAGAAACTT
65 AGTTGAATTTTTTTTCTTTTT-ATTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGT
* * **
18759 TAAGAAAAAG-TCATTCATT-ATTGAGAAAAGTCCATTTATTCT
128 GAAGAAAAAGAT-ATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
18801 CACCCATA-CTTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 CACCTA-ACCCTTTAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
18864 CATGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTATTAAAATAGATTGTAATTTAATGTCTACCTTC--AGAAA
64 -AAGTTGAATTTTTT-T-TCTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAGAAA
* *
18926 CGTGCAG-AAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
125 CGTGAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
18970 CATCT-ACGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTT
1 CACCTAAC-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
* * * *
19034 AAGTTGAATTGTTTTTCTATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACT-GGAGAAATG
64 AAGTTGAATTTTTTTTCT-TTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACG
* * * * * *
19098 TGTAGAGAAAGATATTCGTTGTTAAGAACAGTCTATTTATAGT
127 TGAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * **
19141 CACCTATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTTTCTTT
1 CACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAA-TTGATTT
* * * * *
19205 AAGCT-AATTTTTTTTATTTTTGGTT-AAATCAGATTATAAAT-AAGTGTCCA-C-CATGAGAAA
64 AAGTTGAATTTTTTTTCTTTTT-ATTAAAAT-AGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCA-GAGAAA
*
19265 TGTGAAGAAAAA
125 CGTGAAGAAAAA
19277 ACTAATCATT
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 96, Indels: 69
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 10 0.02
169 146 0.28
170 256 0.50
171 99 0.19
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAA
GTTGAATTTTTTTTCTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAGAAACGTGAA
GAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
Found at i:19157 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 18461--19198 Score: 823
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
18451 GATTCATTAG
* * * * *
18461 CACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTGA
1 CACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATCTCA
*
18526 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTACTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
66 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
* *
18591 AGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATT
131 AGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATT
********** * * *
18656 ACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGATTTTTTTTTCTTTTTGATT
196 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTAGAATTGTTTTTCTTTTTGATT
* * *
18721 GAATCAGATTATAAATAAATATCTACCTCGAGAAACTTTAAGAAAAAGTCATTCATTATTGAGAA
261 AAATCAGATTATAAATAAATATCTAACTCGAGAAACTTTAAGAAAAAGTCATTCATTATTAAGAA
*
18786 AAGTCCATTTATTCT
326 AAGTCCATTTATACT
* * *
18801 CACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 CACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATCT
* * * * * *
18864 CATGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTGTAATTTAATGTCTACCTTCA-GAAAC
64 CAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAAC
* * * *
18927 GTGCAG-AAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCT-ACGCCTTTAAAAGCC
127 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAC-CCTTTAAAAGCC
* *
18990 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCTATT
191 TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTAGAATTGTTTTTCT-TT
* * * * *
19055 TT-AGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTAACTGGAGAAA-TGTGT-AGAGAAAGAT-ATTC
255 TTGA-TT-AAATCAGATTATAAATAAATATCTAACTCGAGAAACT-T-TAAGAAAAAG-TCATTC
* * * * *
19115 GTTGTTAAGAACAGTCTATTTATAGT
315 ATTATTAAGAAAAGTCCATTTATACT
* * *
19141 CACCTATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 CACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
19199 TTCTTTAAGC
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 54, Indels: 26
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 103 0.31
340 211 0.64
341 15 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
CACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATCTCA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
AGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAACCCTTTAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTAGAATTGTTTTTCTTTTTGATT
AAATCAGATTATAAATAAATATCTAACTCGAGAAACTTTAAGAAAAAGTCATTCATTATTAAGAA
AAGTCCATTTATACT
Found at i:19615 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19353--20000 Score: 632
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
19343 TTTTTATATT
* *
19353 TTTTA-TTAAAATA-ACTTATAATTGAATGT-TCACCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGATATTCA
1 TTTTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCG
* * ********** *
19415 TTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATANNNNNNNNNNCCTTATTACTCACTTTAAATGG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGG
*
19480 TTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAG
129 TTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGAATTGTTTTTCAG
*
19522 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGT
* * *
19586 TGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
19651 TTTATAATCTCATAATTTACTTGAAGTTGAATTTTTTTTTAG
130 TTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGAATTGTTTTTCAG
* *
19693 TATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTT
1 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTT
* * * * * * * *
19758 GGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCTATGCGTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGATT
66 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
19823 TTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAA-TGTTTTTTA-
131 TTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGAATTGTTTTTCAG
* * ** * * * * **
19862 TTTGTGGTT-AAATCAGATTATAGA-TAAATGTCTACCACGAAAAAGGTGAAGAACGAA-CCATT
1 TTT-TAGTTAAAAT-AGATTATA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGCAGAA-AAAGATATT
* *** * * * * * ** *
19924 CATTGTTGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATT
62 CGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGGAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT
*
19989 GTTTTTATAATC
127 GGTTTTATAATC
20001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 62, Indels: 19
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.03
170 206 0.51
171 186 0.46
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGAATTGTTTTTCAG
Found at i:19728 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19462--19860 Score: 640
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
19452 NNNNNNCCTT
* * * *
19462 ATTACTCACTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAGTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAGTATT
*
19526 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGC
66 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCT-AGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGC
*
19590 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTC
130 AAGAAAAGTGCACTTATAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTC
* *
19632 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTGAAGTTGAATTTTTTTTTAGTATT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAGTATT
*
19697 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGCA
66 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGCA
* * *
19762 AGAAAAGTTCACTTATAGTCACCTATGCGTTTGGAAGCCTT
131 AGAAAAGTGCACTTATAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTC
* * *
19803 ATTACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAATGTTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAATTTTTTTT
19861 ATTTGTGGTT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 16, Indels: 3
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.10
171 189 0.90
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAGTATT
AGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGCA
AGAAAAGTGCACTTATAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTC
Found at i:19986 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 19333--20000 Score: 753
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 341
19323 NATTGATTTC
* * *
19333 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAACTTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTATATGTATTATTAAAATAACTTATAATTGAATATTCACCTTGAGAAACAT
* * **********
19398 GCAGAAAAAGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATANNNNNNNNNNCCTTA
66 GCAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATACGTTTGGAAGCCTTA
* *
19463 TTACTCACTTTAAATGGTTTTTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAGTTTTAG
131 TTACTCACTTCAAATGATTTTTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAGTTTTAG
* * * * * *
19528 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAG
196 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCACAGAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
* * * *
19593 AAAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
261 AAAAGTGCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
19658 TCTCATAATTTACTTG
326 TCTCATAATTTACTTG
*
19674 AAGTTGAATTTTTTTTTA-GTATTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATA-TCTACCTTGAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTATATGTATTA-TTAAAATA-ACTTATAATTGAATATTC-ACCTTGAGAAA
* * * * *
19736 CGTGCAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCTATGCGTTTGGAAGCC
63 CATGCAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATACGTTTGGAAGCC
* * *
19801 TTATTACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTCATAATTTACTTTAAGTTGAA-TGTTTTTTA-TT
128 TTATTACTCACTTCAAATGATTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAGTT
* * * *
19864 TGTGGTT-AAATCAGATTATAGA-TAAATGTCTACCAC-GAAAAAGGTGAAGAACGAA-CCATTC
192 T-TAGTTAAAAT-AGATTATA-ATTAAATGTCTACCACAG-AAAACGTGAAGAA-AAAGACATTC
*** * * *
19925 ATTGTTGAGAAAAGT-CTATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATT
252 ATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAAT
*
19989 GTTTTTATAATC
316 GGTTTTATAATC
20001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 47, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 15 0.06
341 225 0.83
342 30 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAGTTGAATTTTTTTATATGTATTATTAAAATAACTTATAATTGAATATTCACCTTGAGAAACAT
GCAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATACGTTTGGAAGCCTTA
TTACTCACTTCAAATGATTTTTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAGTTTTAG
TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCACAGAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
AAAAGTGCATTTATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTTACTTG
Found at i:20856 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20107--21399 Score: 773
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
20097 NTCATTGGCA
* * * * * *
20107 AGAAAAGTCAATTTATAGTCATCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAACGGTTTCAT
1 AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
20172 AATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTA-TTAAATCATATTCTAATTGAA
66 AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAAA
* * * ** * * * *
20235 TGTTTGCCTTGGGAAGCGTG-A-AAAAAAGTTATTCACTAG-G
130 TGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCA-TTGTG
* * * ********* *
20275 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTT-TANNNNNNNNNNTATTCGCTTTAAATGGTTTT
1 -AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
20339 ATATTCTCACAATTGACTTTAAGCTGAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAA
64 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAA
* * **
20404 ATATGTACCTC-AAGAAACGTG-A-AAAAAAGCCATTCATTGGTG
129 ATGTCTACCTCGAA-AAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATT-GTG
* * * * *
20446 AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATACCTTCGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
20511 AATCTCATAATTGATTTTATGCTGAATTATTTTTTATTTTTTTA-TTAAAAT-AGATTATAATTG
66 AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCA--TTTTTAGTT-AAATCAGATTATAATTA
* *
20574 AATGT-TCACCTCGAGAAAA-GTGCAGAAAAAGAT-ATTCATT-TG
128 AATGTCT-ACCTCGA-AAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATTGTG
** * * * **********
20616 CAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTT
1 --AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
20681 ATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTAAATT-TTTTTTATTTTCAGTTAAATCATATTATAATTAA
64 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAA
* * *
20745 GTGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAAATCATGCATTAGTG
129 ATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATT-GTG
* * * * *
20789 AGAAAAGTCCATTTATACTCCCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
20854 AATGTCATAATTGAGTTTATGTTGAATTGTTTTTCATCTTTTA-TTAAAAT-AGATTATAATTAA
66 AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCAT-TTTTAGTT-AAATCAGATTATAATTAA
* * ** * * * *
20917 ATGTCTAACTCGAGAAACAAGAAG-AACAAGTTATTCACTGAT-
129 ATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATTG-TG
* * * * * *
20959 AGGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCTTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 A-GAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * **
21024 CAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTATCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGA
65 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTT-TCATTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAA
* * * * **
21088 ATGCCTACAGT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTAGCT-
129 ATGTCTAC-CTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATT-G-TG
********* * * ** *
21131 AGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTACGTGATTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTAT-ACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ********
21195 TAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTT-ATATTTNNNNNNNNNNT-AGATTATAATT
65 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCAT-TTT--TAGTTAAATCAGATTATAATT
* *
21257 AAATGTTTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTG-G
127 AAATGTCTACCTCGAA-AAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATTGTG
* * * * * *
21300 CAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCTATGTCTT-TAGAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTT
1 --AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
21364 TATAATCTCATAATTCA-TTTGAAGTTGAATT-TTTTT
63 TATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTATTTTT
21400 ACA
Statistics
Matches: 863, Mismatches: 214, Indels: 92
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 95 0.11
170 187 0.22
171 424 0.49
172 140 0.16
173 16 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTTTAGTTAAATCAGATTATAATTAAAT
GTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATTGTG
Found at i:21144 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 20325--21399 Score: 981
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 341
20315 NNNNTATTCG
* * *
20325 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCACAATTGACTTTAAGCTGAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAT
* * * *
20390 CAGATTATAATTAAATATGTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGT
65 CAGATTATAA-TAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGT
* *
20454 CCATTTATACTCACCTATACCTTCGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCAT
129 CCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCAT
* * * * *
20519 AATTGATTTTATGCTGAATTATTTTTTATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCACC
194 AATTGAGTTTATGCTGAATTATTTTTCATTCTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTCAAC
* * * ** * *
20584 TCGAGAAAAGTGCAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTT
259 TCGAGAAAAGAGAAGAAAAAGATATTCATCTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTT
*
20649 CGAAAGCCTTATTACTCA
324 CAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * * * *
20667 CTNNNNNNNNNNTTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTCAGTTAAATC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAATC
* * * * ** *
20732 ATATTATAATTAAGTGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAAATCATGCATTAGTGAGAAAAGT
66 AGATTATAA-TAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGT
* * *
20797 CCATTTATACTCCCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATGTCAT
129 CCATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCAT
* *
20862 AATTGAGTTTATGTTGAATTGTTTTTCA-TCTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATG-TCTAA
194 AATTGAGTTTATGCTGAATTATTTTTCATTCTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTC-AA
* *
20925 CTCGAGAAACA-AGAAGAACAAGTTATTCA-CTG-ATAGGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATG
258 CTCGAGAAA-AGAGAAGAAAAAGATATTCATCTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATG
* *
20987 CTTTCAAAAGCTTTATTACTCA
320 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
21009 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAT
* * * *
21074 CAGATTATAATGGAATGCCTACAGT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCT-AGAAAA
65 CAGATTATAAT-AAATGTCTAC-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TGAGAAAA
********* * ** ** * *
21137 GTCCATTTATNNNNNNNNNNT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTACGTGATTTTATAATCC
127 GTCCATTTAT-ACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCT
* * * * *********
21201 CATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTT-ATAT-TTNNNNNNNNNNTAGATTATAATTAAATGT
191 CATAATTGAGTTTATGCTGAATTATTTTTCAT-TCTT-TTATTAAAATAGATTATAATTAAATGT
* * * * * * * *
21263 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT-TGGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCTA
254 TCAACTCGAGAAAAGAGAAGAAAAAGATATTCATCT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTA
* * * * *
21327 TGTCTTTAGAAGCCTTATTACACG
318 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
21351 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCA-TTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT
21400 ACA
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 129, Indels: 41
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 64 0.11
342 364 0.62
343 152 0.26
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAATC
AGATTATAATAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGTCC
ATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAA
TTGAGTTTATGCTGAATTATTTTTCATTCTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTCAACTC
GAGAAAAGAGAAGAAAAAGATATTCATCTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCA
Done.