Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398885.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2167.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7079
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 1120 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1736 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 730--1737 Score: 803
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
720 ATAGTCACCT
* * *
730 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTGTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTA
* * * * *
795 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-TCGACTTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCAT
65 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTG-CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACT-AT
* * * ***
858 TCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAATCACGT--ATTTTTTGAA
128 TCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAC-TCAAGCCTTTG-A
* * * * ** * * *
901 AAGCATTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTTCTTTTAGGTTGAATTTCTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * *** ** * *
966 ATTTTT-AGTTAAATCAGATTAT-AGTCAA-CCATGCCTTGAGAAATATG-AGAAAAAGCCATTC
66 ATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTC
* * *
1027 ATTAACAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-TCCATAG-CTTTGA
130 ATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACT-CA-AGCCTTTGA
** * * * *
1068 AAGTTTTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A
* * * * * ** *
1133 CAGTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGACTATTTGGGTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCAT
65 CATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACT-AT
* * * * * * * *
1196 TAAAT-GATAAGAAAAG-CACATTTATATTTGCCCT-TA-CCTTCGA
128 TCATTAG-CAAGAAAAGTC-CAATTATA-GT-CACTCAAGCCTTTGA
* * * *
1239 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * * *
1304 TATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTG-GAAAACATGAAGAAAAACCTATT
65 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAACTATT
* * * * *
1368 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTGA
129 CATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* ** * * * *
1410 GAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * * *
1475 CATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAACCCATTC
65 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTC
* * * *
1540 A-TAGGAAAGGAAA-TCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTGA
130 ATTA-GCAAGAAAAGT-CCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * *
1581 GAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATATTAAGTTGAATTGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * *
1646 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTC
65 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTC
* *
1711 ATTAGCACGAAAAGTCTAATTATAGTC
130 ATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTC
1738 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 139, Indels: 64
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
167 82 0.12
168 39 0.06
169 10 0.02
170 46 0.07
171 468 0.70
172 18 0.03
173 1 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCA
TTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
Found at i:1736 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 730--1737 Score: 981
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 337
720 ATAGTCACCT
* * * ** * * *
730 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTGTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTATATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * *
795 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-TCGACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATT
66 CATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATT
* * * ** * * *
859 CATTGGTAAGAAAAGT-CCAATTATAATCACGTATTTTTTGAAAAGCATTACTACTCACTTTAAA
130 CATAGGAAAGAAAA-TCCCATTTATAATCAC-TA--CCTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** * *
923 TAGTTTTATAATATCATAATTTCTTTTAGGTTGAATTTCTTATA-TTTTTAGTTAAATCAGATTA
190 TAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTA
* * *** * * * * * *
987 T-AGTCAA-CCATGCCTTGAGAAATATG-AGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAATCCATTTA
254 TAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
1049 TAGTCATCCATAGCTTTGA
319 TAGTCACCCATAGCTTTGA
** * * * * *
1068 AAGTTTTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTATATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * **
1133 CAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGACTATTTGGGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATT-
66 CATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
* * * * * * *
1197 AAATGATAAGAAAAGCACATTTATATTTGCCCTTACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
131 ATAGGA-AAGAAAATCCCATTTATA-AT-CAC-TACCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ** *
1262 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAT
191 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * *
1327 AATTAAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
255 AATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
1392 AGTTACCCA-AGCCTTTGA
320 AGTCACCCATAG-CTTTGA
* * *
1410 GAGCCTTATTACTCATTTTA-AGTGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTATA-TAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* **
1474 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAACCCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATT
* * *
1539 CATAGGAAAGGAAATCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
130 CATAGGAAAGAAAATCCCATTTATAATCACT--A-CCT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
1604 AGTTTTATAACCTCATAATTAATATTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
191 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * *
1669 AATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTAGCACGAAAAGTCTAATTAT
255 AATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1734 AGTC
320 AGTC
1738 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 113, Indels: 34
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 170 0.32
339 25 0.05
340 14 0.03
341 19 0.04
342 303 0.56
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTATATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
ATAGGAAAGAAAATCCCATTTATAATCACTACCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAA
ATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATAGCTTTGA
Found at i:2357 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2077--3704 Score: 1386
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 169
2067 ACTAAAATAT
* * * * * * *
2077 ATTATGATTAAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGTAAAAGCCA-TCTATTGACATGAAAAATCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCC
* *** * * *
2141 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAA
64 ATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
2206 TTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
129 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * *
2248 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGGCATGAAAAGTTCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
2313 CTTATAGCCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
65 TTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
2378 TGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTGACTAAAACAG
130 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * ** * *
2419 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAAAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCC
* * * * * *
2483 ATCTATAGTCAC-CAATTCCCTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATC
64 ATTTATAGTCACTCAA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
2547 ATTAACTTTAAATCGATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT
128 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * *
2590 AATATAATTGACTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** *
2655 TTTATAGTCAAC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
65 TTTATAGTC-ACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
2719 TTGATTTTACA-TT-AAGTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAGCAG
129 TTGATTTTA-AGTTGAA--TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAG
** * * * * * *
2761 ATTGCAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATT-AGCAAGAATAGCCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCC
* * *
2825 ATTTATAGTTGC-CT-AAACCTTTAAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
64 ATTTATAG-T-CACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
2888 AATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTATTTTTTTAATTAAAATAT
127 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * * *
2930 ATTATAATTAAATGT-TCGCCTTGGGAAATGTTAAGCAAAAA-CCATCCATTGATATGCAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCT-ACCTT-GGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
2993 CATTTATAGTCA-TGCAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACCCAT
63 CATTTATAGTCACT-CAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
3057 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
127 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * *
3101 ATTATAATAGAATGTTTCCCTTGAGAAACATAAAGAGAAA-CCTATTCATTGACAAGAGAAA-CC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGACAAGA-AAAGTC
* * * ** *
3164 CATTTATAGTCAC-CTAAGA-CTTCGAAAGCGTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
63 CATTTATAGTCACTC-AA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
3227 TAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAT
126 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* * * * *
3270 ATTATAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGA-AAGAAGAGCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATT-GACAAGAAAAGTC
* * * * * *
3333 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTCATGATCTCATA
63 CATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
3398 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAT-TTTTTTAGTT-AAATAG
128 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAG
* * ** * *
3440 ATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAACCCATTCATT-AGCAAGAAAAG-C
1 ATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * * *
3503 TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAACCTCAT
63 -CATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
3567 AATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAG
127 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * *
3610 ATTAGAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTTAAGAAAATGCCATTCACTAACATGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
3675 TTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTT
65 TTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTT
3705 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1182, Mismatches: 217, Indels: 118
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 9 0.01
169 309 0.26
170 132 0.11
171 705 0.60
172 24 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
Found at i:3116 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2139--3704 Score: 1551
Period size: 340 Copynumber: 4.6 Consensus size: 340
2129 CATGAAAAAT
*** * *
2139 CCATTTATAGTCA-CTCAAG-CCTTTGGAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATC
1 CCATTTATAGTCACCT-AAGACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
2202 ATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTA
65 ATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-A
* ** * * * *
2266 CCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGGCATGAAAAGTTCACTTATAGCCACTCAAACC
128 CCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAACCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC
* * * *
2331 TTCGAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTC
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * * **
2396 TTTTATATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGG
256 TTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACC
* *
2461 CATTCATTAGCAAAAAAAGT
321 CATTCATTAGCAAGAAAAGC
* ** * * *
2481 CCATCTATAGTCACC-AATTCCCTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCTAAGACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
2545 TCATTAACTTTAAATCGATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATATAATTGACTG-TCTAC
66 TAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-AC
* * * * * *
2609 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAAC-CATACC
129 CTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAACC
**
2673 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TT-AAGT
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA--
* * ** * *
2736 TTTTTTACATTTTTTG-TTAAAGCAGATTGCAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTAAAGAAAA
254 TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAA
*
2800 ACCCATTCATTAGCAAGAATAGC
318 ACCCATTCATTAGCAAGAAAAGC
** * *
2823 CCATTTATAGTTGCCTAA-ACCTTTAAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCTAAGACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * * *
2887 TAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTATTTTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTTCGCCT
66 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTCACCT
* * * * * *
2951 TGGGAAATGTTAAGCAAAAACCATCCATTGATATGCAAAGTCCATTTATAGTCA-TGCAAACCTT
131 TAGGAAACGTGAAG-AAAAACCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAACCTT
* * * * *
3015 CAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACCCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
194 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * * * *
3080 TTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATAGAATGTTTCCCTTGAGAAACATAAAGAGAAACCTA
258 TTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCA
3145 TTCATT-GACAAGAGAAA-C
323 TTCATTAG-CAAGA-AAAGC
* * ** *
3163 CCATTTATAGTCACCTAAGA-CTTCGAAAG-CGTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTC
1 CCATTTATAGTCACCTAAGACCTTCAAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
3226 ATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTAT-GC
65 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TCAC
* * * * *
3289 CTCAGGAAACGTGAAGAAAAACTCATTCATTGGA-AAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCC
129 CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAC-CATTCATT-GACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC
* * * * * *
3353 TTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTCATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * ** * *
3418 TTTTAT-TTTTTTAGTT-AAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAA
256 TTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAA
3481 CCCATTCATTAGCAAGAAAAGC
319 CCCATTCATTAGCAAGAAAAGC
* * * *
3503 TCATTTATAGTCACCCAAG-CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAACCTCA
1 CCATTTATAGTCACCTAAGACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
3566 TAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTTTACC
66 TAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTCACC
* * * * * * *
3630 TTGGGAAACGTTAAGAAAATGCCATTCACTAACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTT
130 TTAGGAAACGTGAAGAAAA-ACCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTT
*
3695 CGAAAGCCTT
194 CAAAAGCCTT
3705 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 175, Indels: 78
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 10 0.01
339 86 0.09
340 540 0.53
341 39 0.04
342 322 0.32
343 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
CCATTTATAGTCACCTAAGACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTCACCT
TAGGAAACGTGAAGAAAAACCATTCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTC
ATTAGCAAGAAAAGC
Found at i:3219 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 2169--3684 Score: 1493
Period size: 511 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
2159 CTTTGGAAGT
* ** * * *
2169 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-T
* * * * * * * * * * ** *
2234 TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTG
64 TTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATTA
* * * ** * * ** * * * *
2299 GCATGAAAAGTTCACTTATAGCCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTT
129 GAAAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
2364 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTGACTAAAACAGATTATAATTG
194 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATTTTTTTAATTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * *
2429 AATG-TCTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTC
258 AATGTTC-GCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
2493 ACCAATTCCCTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATCATTAACTTTAA
322 ACCAA-ACCTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACCCATAATTGA-TTTAA
* * * * * * * * *
2558 ATCGATTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATATAATTGACTGTCTACCTTAAGAAACATGA
384 GTTGAATATTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAA
* * * *
2623 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCATACCTTCAAAAGC
448 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAACCATAACTTCAAAAGC
* * *
2682 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTAAGTTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTAA-ATTTTTTACA-
* * * * *
2746 TTTTTGTTAAAGCAGATTGCAATTGAATGTTTAT-CTTGA-GAAACGTAAAGAAAAACCCATTCA
63 TTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATG--TATGCCTCAGGAAACGTAAAGAAAAACCCATTCA
* * *
2809 TTAGCAAGAATAGCCCATTTATAGTTGC-CT-AAACCTTTAAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAAT
126 TTAGAAAGAAGAGCCCATTTATAG-T-CACTCAAACCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
2872 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTATTTTTTTAATTAAAATATATTATA
189 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATTTTTTTAATTAAAATAGATTATA
* * * * *
2936 ATTAAATGTTCGCCTTGGGAAATGTTAAGCAAAAA-CCATCCATT-G-ATATGCAAAGTCCATTT
254 ATTGAATGTTCGCCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAACCCATTCATTAGCA-A-GAAAAGTCCATTT
*
2998 ATAGTCATGCAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACCCATAATTGA
316 ATAGTCA-CCAAACCTTCAAAAA-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACCCATAATTGA
* * * * *
3063 TTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATAGAATGTTTCCCTTGAGAA
379 -TTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
* *
3128 ACATAAAGAGAAA-CCTATTCATTGACAAGAGAAA-CCCATTTATAGTC-ACC-TAAGACTTCGA
442 ACATAAAGAAAAAGCC-ATTCATTGACAAGA-AAAGCCCATTTATAGTCAACCAT-A-ACTTCAA
3189 AAGC
503 AAGC
* * * * *
3193 GTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTT
* * * * *
3258 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAACTCATTCATTGGA
66 TGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATTAGA
* * *
3323 AAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTCA
131 AAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
3388 TGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATTTTTTTAGTT-AAATAGATAATAATTGAA
196 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATTTTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
** ** * *
3452 TGTTTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCA
260 TGTTCGCCTTGAGAAATGTG-AAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA
* * * *
3516 CCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTAT-AACCTCATAATTGATTTAAG
323 -CCAAACCTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACC-CATAATTGATTTAAG
* * * * *
3579 TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTTAA
385 TTGAATATTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAA
* * * * *
3644 GAAAATGCCATTCACTAACATGAAAAGTCCATTTATAGTCA
449 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
3685 CTCAAGCTTT
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 140, Indels: 73
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
507 4 0.00
508 9 0.01
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510 78 0.09
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512 21 0.03
513 169 0.20
514 6 0.01
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTT
TGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTATGCCTCAGGAAACGTAAAGAAAAACCCATTCATTAGA
AAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATTTTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTTCGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
AACCTTCAAAAACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACCCATAATTGATTTAAGTTGAAT
ATTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG
CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAACCATAACTTCAAAAGC
Found at i:4745 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4456--4794 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
4446 NNNNNNAATC
* * * * *
4456 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGAGTGATTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAAGTGACTATAA
** * * * ** * *
4521 GTGAAACTTTTATACTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTTAAATGTAGACATTCAATTATAA
66 ACGAAACTTGTATACTAATGAATGACTTTTGCCTCACATTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAA
*
4586 TATATTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAAAT
131 TATATTTTAA-CAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAAAT
4626 AATTATGAGATTATAAAATCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAAGTGACTATA
* ** ** * * *
4691 AACG-AACTTGTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCCTCACATTTCTCAGGGTAGACATTCAATTAT
65 AACGAAACTTGTATACT-AATGAATGACTTTTGCCTCACATTTCTAAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
4755 AATTTCTTTTAACCAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAA
129 AATATATTTTAACAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAA
4795 TCAATNNNNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 27, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 38 0.27
171 101 0.73
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAAGTGACTATAA
ACGAAACTTGTATACTAATGAATGACTTTTGCCTCACATTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAA
TATATTTTAACAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAAAT
Found at i:6068 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 5405--7079 Score: 1323
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 336
5395 NNNNNNNAAT
* * * *
5405 GTAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGGTTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGCAACAACG-C
1 GTAAAAAA--TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAA-GAC
* * * * * * *
5468 TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TCTCTTGTCAATGAACAGGTTTTTCTTTACGTT
62 TTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGACTGT-TCTAGCCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTT
* *
5532 TCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAA
125 TCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAA-ATTCAACTTAAAA
* * ** * * *
5597 TCAATTATGAG-TTGACAAAATCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGTGTCATT
188 TCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATT
* * * * *
5660 ATAAATGGA-TTTTGCATATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGAT-GAACATTTAA
251 ATAAATGGACTTTT-CATATCAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG-ACATTCAA
5723 TTATAATATATTTTAATCAAAAAA
314 TTATAATATATTTTAAT-AAAAAA
*
5747 GTAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
1 GTAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
* * * * *
5812 TGAAGGCTCGGGCGACTATAAATGGCCTGTTCTAGCCAATGAATGGGTTTTTTCTTTATGTTTTT
65 CGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGACTGTTCTAGCCAATGAAT-GG-TTTTTCTTCATGTTTCT
** * * * *
5877 CAAGAAAAACATTCAATTGCAATCTGCTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTT-AACGTAAAATCA
128 CAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
* * *
5941 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTGTT-GAAGGCAT-AGGTGATTATA
191 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGA-GTGATTATA
* * * * * * *
6004 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTAT
254 AATGGACTTTTCATATCAATGAATG-CTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * *
6068 ATTCTGTTTTAACCAAAAAT
318 AATATATTTTAA-TAAAAAA
* * * * * *
6088 GTAAAGATAATAGACTTAAAGTCAATGATGAGTTTACAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGTCT
1 GTAAA-A-AATA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACT
** * * * * **
6153 TTTTAGGGAATT-GGC-TC-ATAAATGGACTGTTTTTA-CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT
63 TTCGAAGG-CTTGGGCGACTATAAATGGACTG-TTCTAGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTT
* ** * * *
6214 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AGTCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAA
125 TCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAA
* * * * *
6278 TCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTATTATGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
188 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTAT
* * * * * * * *
6343 AAGTTGACTTTTCATACCTATGGATGAC-TTTTGCTTCACGTTTCCTAAGATAAACTTTCAATTA
253 AAATGGACTTTTCATATCAATGAATG-CTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
*
6407 TAATATATCTTAATAAAAAA
317 TAATATATTTTAATAAAAAA
* * * **
6427 TGTAAAACAATTTAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAATCAATTTAAAACGAGTAATAA-A
1 -GTAAAA-AA--TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGA
* * ** * * * * ** * ** *
6491 GCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATAAATGACTTTTCGTCATGTT
61 -CTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGACTGTTCTAGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTT
* * *
6556 TCTCAA-AACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAATAATTCAACTTTATAT
125 TCTCAAGAA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
6620 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTT-G
189 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TTAT
* * * * * *
6684 AAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGTTTTTGTTTCACGTTT-CTCAGGTTAGACATTAAATCA
253 AAATGGACTTTTCATATCAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTA
6748 TAATATATTTTAATAAATAAA
317 TAATATATTTTAATAAA-AAA
* * * * ** *
6769 GTAAAAAATACTGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTCAAAACGAGTAATAAGGCTT
1 GTAAAAAATA--ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTT
*** * * * * * * *
6834 TCGAAGGCTTGAATGACTATAAGTTGACTTTTCATA-TCAATAGATTGCTTTTGCTTCATGTTTC
64 TCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGACTGTTC-TAGCCAAT-GAATGGTTTTTCTTCATGTTTC
** * * * * * * * * *
6898 TCAAGGTAGATATTCAATCATATTATATTCTAATCAAAAAAT-TAAAACAATACAACTTAAAATC
127 TCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
6962 AATTATGATATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAC
190 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAA
* * * *
7027 GTGGACTTTTAATATCAAT-AGATAGC-TTTTCCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGAC
255 ATGGACTTTTCATATCAATGA-AT-GCTTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGAC
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 211, Indels: 107
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 71 0.07
340 271 0.25
341 494 0.46
342 154 0.14
343 76 0.07
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
GTAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTC
GAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGACTGTTCTAGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
GAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGAC
TTTTCATATCAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
TTAATAAAAAA
Found at i:6835 original size:511 final size:503
Alignment explanation
Indices: 5402--7073 Score: 1565
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 503
5392 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5402 AATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATGAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAACAAC
1 AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * * ** * *
5466 GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGTCAATGAACA-GGTTTTTCTTTACG
66 GCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-AA-ATGACTTTTCTTCATG
* *
5530 TTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTA
129 TTTCTCAA-GACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTT
* * * * *
5594 AAATCAATTATGAGTTGACAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGTGTCAT
192 AAATCAATTATGAGTT-ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTG-GT-AC
* * * *
5659 TATAAATGGA-TTTTGCATATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCCAAG-ATGAACATTTA
254 T-TAAATGGACTTTT-CATATCAATGAATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCAGGTA-G-ACATTAA
*
5722 ATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAATCAAT-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
315 ATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAT-ACTCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * * *
5786 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTCGGGCGACTATAAATGGCCTGTTC-TAGCCA
379 CTA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTTGACTTTTCATA-CCA
* * * * * * * ** * * *
5850 ATGAATGGGTTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGAAAAACATTCAATTGCAATCT-GCTTTAACAAAA
442 ATGGAT--GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAAACTTTCAATTATAATATATC-TTAATAAAA
* * * *
5914 AATGTAAAAAAACTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
5978 GGCTGTT-GAAGGCATAGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
65 GGCT-TTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGAC-TTTTCTTCAT
* * * * * *
6042 GTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAGATAA-T-AGAC-T
128 GTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-ATAATTCA-ACTT
* * ** * * *
6104 TAAAGTCAATGATGAGTTTACAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTTTAGGGAATTGGCT
191 TAAA-TCAATTATGAG-TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-ATTGG-T
* * * ** * * *
6169 -CATAAATGGACTGTTT-TTACCAATGAATACCTTTTT-CTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
252 ACTTAAATGGACT-TTTCATATCAATGAAT-GGTTTTTGCTTCACGTTTCTC-AGGTAGACATTA
* * * *
6231 AATTATAATATGTTTTAGTCAAAAATA-TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
314 AATTATAATATATTTTAATCAAAAA-AGTAAAA-AATAC-TCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
6295 AAACCACTTAAAGCGAGTATTATGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTTGACTTTTCATAC
376 AAACTA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTTGACTTTTCATAC
* *
6360 CTATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGATAAACTTTCAATTATAATATATCTTAATAAA
440 CAATGGATG-CTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGATAAACTTTCAATTATAATATATCTTAATAAA
6424 A
503 A
* * *
6425 AATGTAAAACAATTTAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAATCAATTTAAAACGAGTAATAA
1 AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
6490 AGCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATAAATGACTTTTCGTCATGT
65 GGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTCTTCATGT
* * *
6555 TTCTCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAATAATTCAACTTTATA
130 TTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAA
* * * *
6619 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTTG
195 TCAATTATGAG-TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTG-GT-ACTT-
* * *
6684 AAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGTTTTTGTTTCACGTTTCTCAGGTTAGACATTAAATCAT
256 AAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCAGG-TAGACATTAAATTAT
* *
6749 AATATATTTTAAT-AAATAAAGTAAAAAATACTGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAT
320 AATATATTTTAATCAAA-AAAGTAAAAAATACT-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * *
6813 TCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAGTTGACTTTTCATATCAATAGA
383 T-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTTGACTTTTCATACCAATGGA
* * * *
6878 TTGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-TATTCAATCATATTATAT-TCTAATCAAAA
447 -TGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAAACT-TTCAATTATAATATATCT-TAAT-AAAA
** * *
6937 AAT-TAAAACAATACAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAG
1 AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** ** * *
7001 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATACGTGGACTTTTAATATCAATAGAT-AGCTTTTCCTTCATG
66 GCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGA-CTTTT-CTTCATG
7065 TTTCTCAAG
129 TTTCTCAAG
7074 GTAGAC
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 174, Indels: 97
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 9 0.01
510 174 0.19
511 347 0.37
512 264 0.28
513 140 0.15
514 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
AATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTCTTCATGTT
TCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAAT
CAATTATGAGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGTACTTAAATG
GACTTTTCATATCAATGAATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCAGGTAGACATTAAATTATAATATA
TTTTAATCAAAAAAGTAAAAAATACTCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTTGACTTTTCATACCAATGGATGCTTTTGC
TTCATGTTTCTCAAGATAAACTTTCAATTATAATATATCTTAATAAAA
Found at i:7074 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5406--7079 Score: 1113
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 170
5396 NNNNNNAATG
* * * * * * * *
5406 TAAAA-AATTTAACTTAAAATGAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAACAACGCTT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * * * * *
5470 TCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGTCAAT-GAACAGGTTTTTCTTTACGTTTC
66 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAG-A-TGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * *
5534 TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAAT
129 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* * * *
5575 GTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TTGACAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGG
1 -TAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * * * * *
5639 CTTTTGAAGGTTTGTGTCATTATAAATGGA-TTTTGCATATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGT
63 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-CATATCAATAGAT-GCTTTTGCTTCATGT
* * * *
5703 TTCCCAAGAT-GAACATTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAG
126 TTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
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5748 TAAAA-AA-TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGACT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTCAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * * * * * * * * *
5810 TTTGAAGGCTCGGGCGACTATAAATGGCCTGTTC-TAGCCAAT-GAATGGGTTTTTTCTTTATGT
65 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATA-TCAATAG-AT--GCTTTTGCTTCATGT
* ** * ** * **
5873 TTTTCAAGAAAAACATTCAATTGCAATCTGCTTTAA-CAAAAAAT
126 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* * * *
5917 GTAAAAAAACTT-AACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 -TAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTCAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
5980 CTGTT-GAAGGCAT-AGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAT-GAATGACTTTTTCTTCAT
63 CT-TTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAG-ATG-CTTTTGCTTCAT
* * * * * * *
6042 GTTTCTTAAGGCAGACAGTCAATTATATTCTGTTTTAA-CCAAAAAT
124 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* * * * * * **
6088 GTAAAGATAA-T-AGACTTAAAGTCAATGATGAGTTTACAAAA-CTATTTAAAGTAAGTAATAAG
1 -TAAA-ACAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTCAAAGCGAGTAATAAG
* ** * * * * * * *
6150 TCTTT-TTAGG---GAATTGGCTCATAAATGGACTGTTT-TTACCAAT-GAATACCTTTTTCTTC
62 GCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACT-ATAAGTGGACT-TTTCATATCAATAG-AT-GCTTTTGCTTC
* * *
6209 ATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGTC-AAAAAT
122 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* * * *
6257 ATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTT-AAAGCGAGTATTATGGC
1 -TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA-TTCAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
6321 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTTGACTTTTCATACCTATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT
64 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAGATG-CTTTTGCTTCATGTTT
* * * *
6386 C-CTAAGATAAACTTTCAATTATAATATATCTTAAT-AAAAAAT
128 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* * * * * *
6428 GTAAAACAATTTAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAATCAATTTAAAACGAGTAATAAAGC
1 -TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTCAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** * * * *
6493 TTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATAAATGACTTTT-CGTCATGTTT
64 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAGATG-CTTTTGCTTCATGTTT
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6557 CTCAAAACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAA-
128 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* * * * *
6598 TATAAATAATTCAACTTTATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 TA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
6663 TTCAAAAGCTTGAGTGACT-TGAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGTTTTTGTTTCACGTTT
65 TTCAAAGGCTTGAGTGACTAT-AAGTGGACTTTTCATATCAATAGAT-GCTTTTGCTTCATGTTT
* * *
6727 CTC-AGGTTAGACATTAAATCATAATATATTTTAAT-AAATAAAG
128 CTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA-AAAT
* ** * *
6770 TAAAA-AATACTGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTCAAAACGAGTAATAAGGCT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
6833 TTCGAAGGCTTGAATGACTATAAGTTGACTTTTCATATCAATAGATTGCTTTTGCTTCATGTTTC
65 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAGA-TGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * *
6898 TCAAGGTAGATATTCAATCATATTATATTCTAATCAAAAAAT
129 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
* *
6940 TAAAACAATACAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
7005 TCAAAGGCTTGAGTGACTATACGTGGACTTTTAATATCAATAGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCT
66 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAGAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCT
7070 CAAGGTAGAC
130 CAAGGTAGAC
Statistics
Matches: 1208, Mismatches: 232, Indels: 127
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 261 0.22
170 280 0.23
171 377 0.31
172 267 0.22
173 12 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCATATCAATAGATGCTTTTGCTTCATGTTTCTC
AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAT
Done.