Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397417.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2594.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 3275 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:324 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7--1848 Score: 1329
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1 TAAGCA
* * * * * *
7 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT-GACTTTTGCTTCA-TATTTCTTGAGGAAGACATT
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACT-TTTCTTGATGTAGACATT
* * * * * * *
70 CAATTATAATATATTTT-A-ATAAAAACTATAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAAATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
133 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGAATGAGTA
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTG
* * * *
177 ACTATAGATGGAGTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTTCCT-ATGCAGACATTC
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* * * * *
241 AAATATTATTTTTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
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* * * * **
306 ACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAA-GACTTAAACG
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* * * * * *
348 ACTAT-GAATGGACTTTTGTTGA-TAATGGAT-GACTTTTT-TCTCACGTTTCTAGAGGTAGACA
1 ACTATAG-ATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATAG-CTTTTTCT-TCACTTTTCTTGATGTAGACA
* * * * * * * *
409 TTCAATTATAATATATTTTACCAAAAAATA-TGAAAAAGTTCATCTTAAAATTAATTATGAGATT
62 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
473 AT-AAAGTCATGTAAATC-AGGTAATAAGGCTTTCGAATGCAT-AGGTG
126 ATAAAACT-ATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAACGCATGA-GTG
* * * * ** *
519 ACTATAGATGCACTTTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTTCTTTCCCTTTT-TGGGGGTAGACCTTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTC-TTCACTTTTCTTGATGTAGACATTC
* * ** * * *
582 TAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAACAATTCAGCTTAAAATCGATTATGATG-TTATA
65 AAATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATA
* * *
646 AAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACACATGACTG
129 AAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTG
** * * * * *
689 ACTATAGACAGACTTTTCATATCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGATATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACTTTTCTTGATGTAGACATTC
* * * * * *
753 AAATAGTATCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAA-T-AAATATAAAATCAATTAAGAGATTATA
65 AAATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
816 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCA-CAGCTG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAACGCATGAG-TG
* * ** * * * *
860 ACTATAGATGCACCTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTT-TTGAGGCAAACATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTC-ACTTTTCTTGATGTAGACATTC
* * * *
924 TAATATTATCTGTTTT-A-AAAAATA-TAAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AAATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
986 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTG
** * * * * *
1029 ACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGATGTAGACATTCA
* * * * * *
1094 AATATTATCTGTTTTAACCATAAATGT-AAAAAATTCAA-TACAAAATCAATTAAGAGATTATAA
66 AATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
1157 AACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTCGAACGCAT-AGGTG
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAACGCATGA-GTG
* * * * ** * * * *
1200 ACTATGGATGCACCTTTGTTGGCAATGAATAGCTTTTTCGTCTAGTTTT-TTGACGTAAACATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTC-ACTTTTCTTGATGTAGACATTC
* * * * *
1264 TAATACTATCTGTTTTAA-AAAATATA-TAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AAATATTATCTATTTTAACAAAA-AAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
1327 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAACGCATGGGTG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTG
** ** * * * *
1370 ACTATAGATAAACTTTTCTTACCAATGAACGGCTTTTTCTTTATATTTTCCT-ATGTAGACATTT
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-CTTTTCTTGATGTAGACATTC
* * * * *
1434 AAACATTATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAACATCAATTATTAGATTATAA
65 AAATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * **
1499 AACCAGTTAAAGTC-AGTAATAAAGCTTAC-AAAGACTTAAACG
130 AACTATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATGAGTG
* ** * * * * * *
1541 ACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTC-
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGATGTAGACATTCA
* * **********
1605 AAT-TTAAT-TCATTTTAATAAAAAATA-TAAAAAAATTTAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTAT
66 AATATT-ATCT-ATTTTAACAAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** *
1667 AAAACTATTTAAATTGAGTAATAA-GCTTTTCGAATGCATGAGTG
128 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAACGCATGAGTG
* *** * *** *
1711 ACTATAGATGGACATTTCTTGGGAATGAATAGTTTTTTCTTCA-TGTTTCCCCATGCAGACATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACT-TTTCTTGATGTAGACATTC
* * * * * * *
1775 AAATATTATATATTTTGATC-AAGAAGGTTAAAAAATTCAACCTAATATCAATTATGAGATTATA
65 AAATATTATCTATTTT-AACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1839 AAACTATTTA
129 AAACTATTTA
1849 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1297, Mismatches: 306, Indels: 137
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.01
169 87 0.07
170 538 0.41
171 631 0.49
172 29 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGATGTAGACATTCA
AATATTATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTG
Found at i:1008 original size:340 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 5.4 Consensus size: 340
1 TAAGCA
* * * * * ** * * *
7 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGAAGACATTCA
1 ACTATAGATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* * * * * * *
72 ATTATAATATATTTTAA-TAAAAACTATAAAACATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATATTATCTATTTTAACCAAAAA-TGTAAAA-AATTAAATATAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * * **
135 AACTATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TTCCGAAGGAAT-GAGTAACTATAGATGGAGTTTTCTTA
129 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCATAG-GTGACTATAGATGCACCTTTCTTA
* * * * * * * * *
198 CCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTTCCT-ATGCAGACATTCAAATATTATTTTTTTTAATAA
193 CCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTT-TTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTGTTTTAA-AA
* * * *
262 AAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAACCTATTTAAAGCGAGTAATA
256 AAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
327 AGGCTCTCGAAGACTTAAAC-G
320 AGGCTTTCGAACACAT-GACTG
* * * * *
348 ACTAT-GAATGGACTTTTGTTGAT-AATGGATGACTTTTT-TCTCACGTTTC-TAGAGGTAGACA
1 ACTATAG-ATAGACTTTTCTT-ATCAATGAATGTCTTTTTCT-TCACGTTTCTTA-ATGTAGACA
* * * * * * * *
409 TTCAATTATAATATATTTT-ACCAAAAAATATGAAAAAGTT-CATCTTAAAATTAATTATGAGAT
62 TTCAAATATTATCTATTTTAACC-AAAAATGT-AAAAAATTAAAT-ATAAAATCAATTATGAGAT
** * * * *
472 TATAAAGTCATGTAAATCAGGTAATAAGGC-TTTCGAATGCATAGGTGACTATAGATGCACTTTT
124 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCATAGGTGACTATAGATGCACCTTT
* * * * * *
536 CTTACCAATGAAT-GCCTTTTCTT-TCCCTTTTTGGGGGTAGACCTTCTAATATTATCTGTTTTA
189 CTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCT-CCTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTGTTTT-
* * * * *
599 ACAAAAAATTTAAAACAATTCAGCTTAAAATCGATTATGATG-TTATAAAA-TCATTTAAAACGA
252 A-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGA
662 GTAATAAGGCTTTCGAACACATGACTG
314 GTAATAAGGCTTTCGAACACATGACTG
* * *
689 ACTATAGACAGACTTTTCATATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* * * *
754 AATAGTATCTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATAAATATAAAATCAATTAAGAGATTATAAAA
66 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * **
819 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCACAGCTGACTATAGATGCACCTTTCTTGGCA
131 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCATAGGTGACTATAGATGCACCTTTCTTACCA
884 ATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTGTTTT-AAAAAATA
196 ATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTGTTTTAAAAAAATA
*
948 TAAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
261 TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* **
1013 TTCGAACGCATGGGTG
325 TTCGAACACATGACTG
* * * * *
1029 ACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* * * * *
1094 AATATTATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAATTCAATACAAAATCAATTAAGAGATTATAAAA
66 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * **
1159 CTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTCGAACGCATAGGTGACTATGGATGCACCTTTGTTGGCA
131 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCATAGGTGACTATAGATGCACCTTTCTTACCA
* ** * * *
1224 ATGAATAGCTTTTTCGTCTAGTTTTTTGACGTAAACATTCTAATACTATCTGTTTTAAAAAATAT
196 ATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTGTTTTAAAAAA-AT
* * *
1289 ATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCT
260 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* **
1354 TTCGAACGCATGGGTG
325 TTCGAACACATGACTG
* * * * * ** * *
1370 ACTATAGATAAACTTTTCTTACCAATGAACGGCTTTTTCTTTATATTTTCCT-ATGTAGACATTT
1 ACTATAGATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * * * *
1434 AAACATTATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAACAATTCAACT-TAACATCAATTATTAGATTATA
65 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATT-AAATATAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *** * * *
1498 AAACCAGTTAAAGTC-AGTAATAAAGC-TTAC-AAAGACTTAAACGACTATAAATGGACTTTTCT
128 AAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTCGAATG-CATAGGTGACTATAGATGCACCTTTCT
** * * * * * * * *
1560 CGCCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTC-AAT-TTAATTCAT-TTTAA
191 TACCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATT-A-TC-TGTTTTA
* ********** **
1622 TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTA
253 -AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
** *
1687 ATAA-GCTTTTCGAATGCATGAGTG
317 ATAAGGC-TTTCGAACACATGACTG
* * *** * *** *
1711 ACTATAGATGGACATTTCTTGGGAATGAATAGT-TTTTTCTTCATGTTTCCCCATGCAGACATTC
1 ACTATAGATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * * * * * ** *
1775 AAATATTATATATTTTGATCAAGAAGGTTAAAAAATTCAACCTAATATCAATTATGAGATTATAA
65 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTAAATATAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
1840 AACTATTTA
129 AACCATTTA
1849 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 220, Indels: 90
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 16 0.01
340 358 0.29
341 641 0.52
342 215 0.17
343 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ACTATAGATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCATAGGTGACTATAGATGCACCTTTCTTACCA
ATGAATAGCTTTTTCTTCTCCTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTGTTTTAAAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAACACATGACTG
Found at i:4870 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4605--7096 Score: 1669
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 169
4595 TTTCTTAAGA
* * * *
4605 TAGACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAAAATTATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATA
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * *
4669 AAATTATAAAACCATTTAAA-ATATGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGAC
* * *
4733 TTCTCTTACCAATAGATAACTTTTCCTTCACGTTTTCCAAGG
129 TTTTCTTACCAAT-GATAACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * *
4775 TAGACTTTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAATCTATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
4840 AGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAA-TGACTATAGATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC-TTAAGTGACTATAAATGGAC
** * * * ** *
4903 TTTTCTTAATAATTAATAGCTTTTTCTTCAC-ATTTCTTAATG
129 TTTTCTTACCAA-TGATAACTTTTTCTTCACGTTTTC-CGAGG
* * * * *
4945 TAGACATTCAA--ATATTATCAGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTATAATAT-A-TTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
5008 TGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAGAA-GG
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATA-AATGG
*** * ** * **
5072 ACTTTTCTTGGTAATAAATGGC-TTTTCTTCACG-TTTCCTAAAA
127 ACTTTTCTTACCAAT-GATAACTTTTTCTTCACGTTTTCC-GAGG
* * * * * * * *
5115 TAGATATTCAAATATTATCTGTTTTGACAAAAAATATAAAAAATTCAA-TATAAAACCAATTAAG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATG
* ** ** * **
5179 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAACTCTTTCGAAGACTTAAGCAACAATAAATACACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACT
* * *
5244 TTTC-TAGCCAAATCGATAACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGG
130 TTTCTTA-CC-AAT-GATAACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * *
5286 TAGACATTTAATTGTAACATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
5350 AGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGTTTTCAAAGACTTAAGCT-ACTTTAAATAGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAG-TGACTATAAATGGAC
* * * *
5414 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTACTTCATG-TTTCTTGAGG
129 TTTTCTTACCAATG-ATAACTTTTTCTTCACGTTTTC-CGAGG
* * *
5456 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
5521 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTAACTATAGATGGAGT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGACT
** ** * * *
5585 TTTCTTGTCAATGA-ATGGTTGTTTCTTCACGTTTCCCTATG
130 TTTCTTACCAATGATA-ACTT-TTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * * * * * * *
5626 AAGACATTCAAATATTATTTGTTTTAACAAAAAA-AGTAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATA-T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** *
5690 GAGATTAT-AAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAACGACTATGAATGGA
64 GAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA
**
5754 CTTTTCTTGA-CAATGGATAACTTTTGTC-TCACG-TTTCTAAAGG
128 CTTTTCTT-ACCAAT-GATAACTTTT-TCTTCACGTTTTC-CGAGG
* *
5797 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTTCATCTTAAAATTAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
**** * * * ** * *
5862 AGATTATAATGTTATGTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGAATA-TATGGGTGACTATAGATGCAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT-TAAGTGACTATAAATGGAC
** ** * * ** *
5926 TTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCCCCTTTTTGGAGA
129 -TTTTCTTACCAATG-ATAACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * * * * * *
5968 TAGACCTTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * * *
6033 ATG-TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACACATGACTAACTACAGACGGAC
65 A-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGAC
*** ** * * *
6097 TTTTCTTGGTAATGAATGTCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGATG
129 TTTTCTTACCAATG-ATAACTTTTTCTTCACGTTTTC-CGAGG
* * * * * * *
6139 TAGATATTTAA--ATAGTATTTGCTTTAACCATAAATGTAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTATAATATAT--TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA
* ** * * *
6201 AGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATG-CATAGGTGACTATAGATG
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATG
* * ** * * * *
6265 CACCTTTCTTGGCAATGAATAGCTTTTTCTTCTCTTTTTTCGAGG
126 GACTTTTCTTACCAATG-ATAACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * * * * *
6310 CAAACATTCTAA-TATTATCTGTTTTAA-AAAATATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTC-AATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** *
6373 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATG-CATGGGTGACTATAGATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGA
* * * *
6437 CTTTTCTTGCCAATGA-ACGGCTTTTTCTTCA--TATTTCGCTATG
128 CTTTTCTTACCAATGATA--ACTTTTTCTTCACGT-TTTC-CGAGG
* ** * * * * * *
6480 TAGACATTTAAACATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGTA-AAACAATTCCACTTAACATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
6544 TAGATTATAAAACCAATGAAAGTC-AGTAATAAGGCTTACGAAGACTTAAGCGACTATAAATGTA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA
** * *
6608 CTTTTCTCGCCAATGGATAACTTTTGT-TTCATG-TTTCTTGAGG
128 CTTTTCTTACCAAT-GATAACTTTT-TCTTCACGTTTTC-CGAGG
* * *
6651 CAGACATTCAATTATAAT-TCATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * ** *
6714 AGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTTCAAATG-CATGGGTGACTATAGATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
6778 TTTTCATACGAATGACT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCCCCATG
129 TTTTCTTACCAATGA-TAAC-TTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * * * ** * *
6820 TAGACATTCAAATATTATATATTTTGATCCAGAAGGTA-AAAAAATTTAA-TCTAATATCAATTA
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTT-A-ACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA
* * ** * * *
6883 TGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAAACTTAAGTGACTATAAATAGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
6948 CTTTTCTTACCAATGGTTGACTTTTGCCTAATGTTTTCTGAGG
128 CTTTTCTTACCAAT-GATAACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
* * * *
6991 CAGATATTCAATTATAATACATTTTAAC-AAAAATATAAAAAATTTCAA-TTGAAAATAAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTT-AAAATCAATTAT
* * *
7054 GAGATTGTAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
7097 GCATTGGTGA
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Consensus pattern (169 bp):
TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTACCAATGATAACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG
Found at i:5003 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4605--7096 Score: 1617
Period size: 341 Copynumber: 7.3 Consensus size: 340
4595 TTTCTTAAGA
* * * * * * *
4605 TAGACATTCAATTATAAT-A-TATTTAATAAAAATTATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAT
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* * **
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65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAA
* *
4732 CTTCTCTTACCAATAGATAACTTTTCCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACTTTCAATTATAATATA
129 CTTTTCTTACCAATAGATAACTTTT-CTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATA
* * *
4796 TTTTAACAAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCACTTAAAG
192 TTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * *
4861 CGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAGATGGACTTTTCTTAAT-AATTAATAGCT
256 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAATGACTATAGATGCACTTTTCTT-ATCAATGAATAGCT
* *
4924 TTTTCTTCACATTTCTTAATG
320 TTTTCTTCACGTTTCCTAATG
* * * *
4945 TAGACATTCAAATATTATCAGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAAATATTATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * ** *
5010 AGATTAGAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAGAA-GGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATA-AATGAAC
*** * ** ** * * * * *
5074 TTTTCTTGGTAATAAATGGCTTTTCTTCACGTTTC-CTAAAATAGATATTCAAATATTATCTGTT
130 TTTTCTTACCAATAGATAACTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
* * *
5138 TTGACAAAAAATATAAAAAATTCAA-TATAAAACCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
194 TTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
** * * * * * *
5202 AGTAATAACTCTTTCGAAGAC-TTAA-GCAACAATAAATACACTTTTC-TAGCCAAATCG-ATAA
258 AGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAATG--ACTATAGATGCACTTTTCTTA-TC-AAT-GAATAG
* * *
5263 CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGG
318 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAATG
* * * *
5286 TAGACATT-TAAT-TGTAACATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 TAGACATTCAAATAT-TATCA-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
5348 TGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGTTTTCAAAGACTTAAGCTACTTTAAAT-AG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGA-
* * **
5412 ACTTTTCTTACCAAT-GAATGACTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATAT
128 ACTTTTCTTACCAATAG-ATAACTTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT
* * *
5476 ATTTTAATAAAAAATATAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAA
191 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAA
* * * * * * *
5540 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTAACTATAGATGGAGTTTTCTTGTCAATGAAT-GG
255 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGAATGACTATAGATGCACTTTTCTTATCAATGAATAGC
5603 TTGTTTCTTCACGTTTCCCT-ATG
319 TT-TTTCTTCACGTTT-CCTAATG
* ** * * * *
5626 AAGACATTCAAATATTATTTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTATG
1 TAGACATTCAAATATTATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
5691 AGATTAT-AAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAACGACTATGAATGGAC
66 AGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAAC
* * *
5755 TTTTCTTGA-CAATGGATAACTTTTGTCTCACGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAATATAT
130 TTTTCTT-ACCAATAGATAACTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATAT
* * ** * *
5819 TTTAACAAAAAATATAAAAAATTTCATCTTAAAATTAATTATGAGATTATAATGTTATGTAAAGC
193 TTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
* * * ** * *
5884 GGGTAATAAGGCTTTCGAATATATGGGTGACTATAGATGCACTTTTTCTTGTCAATGAATGGC-T
257 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAATGACTATAGATGCAC-TTTTCTTATCAATGAATAGCTT
* * * *
5948 TTTCTTCCCCTTT-TTGGA-G
321 TTTCTTCACGTTTCCT-AATG
* * * * *
5967 ATAGACCTTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTAT
1 -TAGACATTCAAATATTATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * * *
6032 GATG-TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAACACATGA-CTAACTACAGACGG
65 GA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC-GACTATAAATGA
*** ** * ** * * * *
6095 ACTTTTCTTGGTAAT-GAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGATATTTAA--ATAGTAT
128 ACTTTTCTTACCAATAG-ATAAC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * * *
6157 TTGCTTTAACCATAAATGTAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATAATTTA
191 AT--TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * **
6221 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATG-CAT-AGGTGACTATAGATGCACCTTTCTTGGCAATGAA
253 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAA-GACATGA-ATGACTATAGATGCACTTTTCTTATCAATGAA
* ** * *
6284 TAGCTTTTTCTTCTC-TTTTTTCGAGG
315 TAGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AATG
* * * * * * *
6310 CAAACATTCTAATATTATCTGTTTTAA-AAAATATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAAATATTATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * *
6374 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATG-CATGGGTGACTATAGATGGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATGAAC
* * ** * * * * ** * * *
6438 TTTTCTTGCCAAT-GA-ACGGCTTTTTCTTCATATTTCGCTATGTAGACATTTAAACATTATCTG
130 TTTTCTTACCAATAGATA--AC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * * *
6501 TTTTAACCAAAAAAGTA-AAACAATTCCACTTAACATCAATTATTAGATTATAAAACCAATGAAA
192 TTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * * * *** * *
6565 GTC-AGTAATAAGGCTTACGAAGAC-TTAAGCGACTATAAATGTACTTTTCTCGCCAATGGATAA
255 G-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAA-TGACTATAGATGCACTTTTCTTATCAATGAATAG
* * * *
6628 CTTTTGT-TTCATGTTTCTTGAGG
318 CTTTT-TCTTCACGTTTCCTAATG
* * * *
6651 CAGACATTCAATTATAATTCA-TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAAATATTA-TCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * ** * * *
6713 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTTCAAATG-CATGGGTGACTATAGATGGA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATGAA
* * * * * * * *
6777 CTTTTCATACGAAT-GACT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCCCCATGTAGACATTCAAATATTATAT
129 CTTTTCTTACCAATAGA-TAAC--TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATAT
* * ** * * * *
6840 ATTTTGATCCAGAAGGTA-AAAAAATTTAA-TCTAATATCAATTATGATATTATAAAACCATTTA
191 ATTTT-A-ACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* ** * * * * * *
6903 AAGTGAGTAATAAGAATTTTGAAAAC-TTAAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATG-GT
253 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAA-TGACTATAGAT-GCACTTTTCTTATCAATGAAT
* * * * * * * *
6965 TGACTTTTGCCTAATGTTTTCTGAGG
316 AG-CTTTTTCTTCACGTTTCCTAATG
* * * * * * *
6991 CAGATATTCAATTATAATACA-TTTTAAC-AAAAATATAAAAAATTTCAA-TTGAAAATAAATTA
1 TAGACATTCAAATATTAT-CAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTA
* * *
7053 TGAGATTGTAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
7097 GCATTGGTGA
Statistics
Matches: 1724, Mismatches: 335, Indels: 186
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TAGACATTCAAATATTATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACT
TTTCTTACCAATAGATAACTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT
AACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGACATGAATGACTATAGATGCACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCT
TCACGTTTCCTAATG
Found at i:8653 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8439--9912 Score: 903
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 169
8429 TCCCAAGGTT
* * * * *
8439 GACATTCAATTATAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
8504 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAATGCATGAGTAACTATAGATGGACTTC
66 ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATAAGTGACTATAGATGGACTTT
*
8569 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCCATGTA
129 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCGATGTA
* * * * * * *
8610 GACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTTTGAG
1 GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * ** * *
8675 ATTATATAACCATTTAAAGCGGGTTGTAAGGGCTTTCGAAGACTTAAACGACTATAAATAGACTT
66 ATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAG-CATAAGTGACTATAGATGGACTT
* * * * * * *
8740 TTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCTGA-GACA
128 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCGATG-TA
* ** * * * *
8782 AACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAACTTAAAATCATTTATGA
1 GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
8847 GATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAGACTTAAGTGACTGTAAATGGACT
65 GATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAG-CATAAGTGACTATAGATGGACT
* * * * * * *
8911 TTTCTT-TCCAAT-AGATAG-TTTTGCTTTAAGTTTACGGAGGTA
127 TTTCTTGT-CAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCGATGTA
* * * * ** * * *
8953 AATATTTAATTACAATATATTTTAACAAAAAAT-TTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAG
1 GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
9017 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATGGGTGACTATGGATGAACTTT
66 ATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATAAGTGACTATAGATGGACTTT
* * * * *
9082 TCTT-ACTAATGAATGGC-TTTTGTTCACGTTTCCCAATGTA
129 TCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCGATGTA
* ** * * * *
9122 AACATAT-AAATATTACCTATTTTAATC-AAACATGTAAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTAT
1 GACAT-TCAAATATTATATATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
9185 GAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGT-AGATGACTACAAATTGA
63 GAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATAAG-TGACTATAGATGGA
* * * * *
9249 CTTTTCTTGTGAATGAATAG-TTTGTTCTTCATATTTCCCTATGTA
125 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTTCCGATGTA
* * * * * * *
9294 GACATTTAAA-ATCATCTATTTTGACCAAAACGATA-AAAAAAATTCAAGTTAAAATGAATTATG
1 GACATTCAAATATTATATATTTT-AACAAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
9357 AAATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAG-ACTAACGTGACTAT-GAATGGA
64 AGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCA-TAA-GTGACTATAG-ATGGA
* * * ** * * * * *
9420 CTTTTCTTGCCGATTAATGAATTTTGCCTCACG-TTTCCTGAGGGA
125 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-GATGTA
* * * * * *
9465 GACATT-GAATTTTAATATATTTTCATAGAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 GACATTCAAATATT-ATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
9529 AGATTATAAAATTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATGAGTGACTATAGATGTG-C
64 AGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATAAGTGACTATAGATG-GAC
* * **
9593 TTTTCTTGTCGATGAATGGTTTTTTTCTTCA-CATTTCTCGATGTA
126 TTTTCTTGTCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTTC-CGATGTA
* * * * * * * * * * * * *
9638 CACGTTCAAATATTTTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAACAAAATTAAATTTAAAATTAATTATGAA
1 GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * *
9703 ATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTTAAACGACTAGAAATGGACTTT
66 ATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CATAAGTGACTATAGATGGACTTT
** * * * * *
9768 TCTTACCAATGGATGTAC-TTTGCTTCA--TATTCCTTGA-GACA
129 TCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTCC--GATG-TA
* * * * * * *
9809 GACATTTAATTATAATATA-TTTAATAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTATGAG
1 GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
9873 ATTATAAAACCATTTAAA-ATATGTAATAAGACTTTCGAAG
66 ATTATAAAA-CATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAG
9913 ACTTAGGCGA
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 243, Indels: 111
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 119 0.12
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GACATTCAAATATTATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATAAGTGACTATAGATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCGATGTA
Found at i:8828 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8440--9997 Score: 911
Period size: 172 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
8430 CCCAAGGTTG
* * *
8440 ACATTCAATTATAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
8505 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAATG-CATGAGTAACTATAGATGGACTTC
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
8569 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCCATGTAG
130 TCTT-TCAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCCGA-GTAA
* * * * * * * * *
8611 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTTTGAGA
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* * ** ** *
8676 TTATATAACCATTTAAAGCGGGTTGTAAGGGCTTTCGAAGACTTAAACGACTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
* *
8741 TCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCTGAGACAA
130 TCTT-TCAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCCGAG-TAA
* * * *
8783 ACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAACTTAAAATCATTTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
8848 ATTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAGACTTAAGTGACTGTAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
8912 TTCTTTCCAATAGAT-AGTTTTGCTT-TAAGTTTACGGAGGTAA
129 TTCTTT-CAATGGATGACTTTTGCTTCT-TGTTTTCCGA-GTAA
* * * * * *
8954 ATATTTAATTACAATATATTTTAACAAAAAAT-TTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** ** *
9018 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-A-ACGTATGGGTGACTATGGATGAACTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC-T-TAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * *
9081 TTCTTACTAATGAATGGCTTTTG-TTCACGTTTCCCAATGTAA
129 TTCTTTC-AATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCCGA-GTAA
* * ** * * * *
9123 ACATAT-AAATATTACCTATTTTAATC-AAACATGTAAAAAAAAGTCAACTTAAAATGAATTATG
1 ACAT-TCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
9186 AGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGT-AGATGACTACAAATTGAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
9250 TTTTCTTGTGAATGAAT-AGTTTGTTCTTCATATTTCCCTATGTAG
127 TTTTCTT-TCAATGGATGACTTT-TGCTTCTTGTTTTCCGA-GTAA
* * * * * * * *
9295 ACATTTAA-AATCATCTATTTTGACCAAAACGATA-AAAAAAATTCAAGTTAAAATGAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
9358 AATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAGAC-TAACGTGACTATGAATGGACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAA-GTGACTATAAATGGACT
* * ** * * ** * *
9422 TTTCTTGCCGATTAATGAATTTTGCCTCACG-TTTCCTGAGGGAG
128 TTTCTT-TCAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCC-GA-GTAA
* * * * * *
9466 ACATTGAATTTTAATATATTTTCATAGAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * *
9531 ATTATAAAATTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACG-CATGAGTGACTATAGATGTG-CT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATG-GACT
* * * * ** *
9594 TTTCTTGTCGATGAATG-GTTTT-TTTCTTCACATTTCTCGATGTAC
128 TTTCTT-TCAATGGATGACTTTTGCTTCTT--GTTTTC-CGA-GTAA
* * ** * * * * * * * * * *
9639 ACGTTCAAATATTTTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAACAAAATTAAATTTAAAATTAATTATGAAA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** *
9704 TTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTTAAACGACTAGAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
9769 CTTACCAATGGATGTAC-TTTGCTTC--ATATTCCTTGAG-ACA
131 CTT-TCAATGGATG-ACTTTTGCTTCTTGTTTTCC--GAGTA-A
* * * * *
9809 GACATTTAATTATAATATA-TTTAATAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTATGAG
1 -ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * *
9873 ATTATAAAACCATTTAAA-ATATGTAATAAGACTTTCGAAGACTTAGGCGACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * * *
9937 CTCTTACCAATGGAT-ATCTTTTCCTTCACGTTTTTCAAGGTAG
129 TTCTT-TCAATGGATGA-CTTTTGCTTCTTGTTTTCCGA-GTAA
*
9980 ACTTTCAATTATAATATA
1 ACATTCAATTATAATATA
9998 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1068, Mismatches: 261, Indels: 117
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTTCAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTTCCGAGTAA
Found at i:10507 original size:169 final size:171
Alignment explanation
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10177 NNNNNNNNNN
* * * *
10187 TGACTATAGATGGACTTTTCTTAATAATTAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTATTGTAGATATT
1 TGACTATAGAAGGACTTTTCTTAATAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAATGTAGATATT
* * * * ** *
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*
10317 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
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** * *
10358 TGACTATAGAAGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGATATT
1 TGACTATAGAAGGACTTTTCTTAATAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAATGTAGATATT
**
10422 CAAACATTATCTGTTTT-GACAAAAAATATAAAA-AATTCAA-TATAAAACCAATTAAGAGA-TT
66 CAAACATTATCAATTTTAG-CAAAAAATATAAAACAATTCAACTA-AAAACCAATTAAGA-ATTT
* * **
10483 ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAATTCTTTCAAAG
128 AGAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
10520 ACTTAAGCAA
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TGACTATAGAAGGACTTTTCTTAATAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAATGTAGATATT
CAAACATTATCAATTTTAGCAAAAAATATAAAACAATTCAACTAAAAACCAATTAAGAATTTAGA
AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAG
Found at i:11550 original size:170 final size:168
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Period size: 171 Copynumber: 17.0 Consensus size: 168
10994 NNNNNNNNNN
* * * * *
11004 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGAATGGGTAACAATAGATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * ** * * *
11069 GAGTTTTCTTGTCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCT-ATGAAGACATTCAAATATTATT
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* * *
11133 TGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
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* * * ****
11175 TATGAGATTATAAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAA-GACTTAAACGACTAT-GAA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATGGGTGACTATAG-A
* * * * * * ** * * *
11238 TAGACTTTTCTTGACAATGGATGACTTTTGTCTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTTAATTATAAT
64 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT-TCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTAT
* * * ** * *
11303 ATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCTTCTTTAAATTAAT
127 CTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * * *
11346 TATGAGATTATAAAGTTATGTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTCGAATACATGGGTGACTACAGATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * * * *
11411 CACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTCTTCCCCTTTTTGGAGGTAGACCTTCAAATATTATCTG
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTTT-GAGGTAGACATTCAAATATTATCTG
* *
11476 TTTTAATAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCGAT
130 TTTTAATAAAAAA-TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** ** * * *
11516 TATGATG-TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACACATGACTAACTACAGAC
1 TATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGAT
* * * * * * *
11580 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAAGTTTCATGATGTAGATATTCAAATAGTATC
65 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* ** *
11645 TGCTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAA-TATAAAATCAAT
128 TGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAAT
* * ***
11686 TAAGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTCGAATGCACAAGTGACTATAGA
1 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAATGCATGGGTGACTATAGA
* * * ** * * * * * *
11750 TGCACCTTTCTTGGCAATGAATATCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTA
64 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCAC--GTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTA
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126 TCTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
11857 TATGAGATTATAAAA-TCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATTGGTGACTATAGAT
1 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGAT
* * * ** * *
11921 GTACTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAAATATTATC
65 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * *
11986 TGTTTTAACT-ATAAATGT--AAAAATGCAA--TACATAATTAAT
128 TGTTTTAA-TAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTA-A-AATCAAT
* * * *
12026 TAAGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAACGTC-TAGGTGACTATAGA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAATG-CATGGGTGACTATAGA
* * * ** * * ** *
12090 TGCACCTTTCTTGGCAATGAATACCTTTTTCGTCTCA-TTTTTTGAGGTAAACATTTTAACATTA
64 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTC-T-TCACGTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTA
*
12154 TCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
126 TCTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
12197 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTGTAAATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* ** * * * * *
12262 GACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTCTTCATATTTCCCT-ATGTAGAAATTTAAACATTATC
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTT--TTGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * * *
12326 TGTTTTAACCAAAAAAGTAAAATAATTCAACTTAACATCAAT
128 TGTTTTAA-TAAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** ** *
12368 TATTAGATTATAAAACCAATTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTAC-AAAG-ATTTAAGCCACTATAA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCA--TGGGTGACTATAG
** * ** * * * *
12430 ATGGACTTTTCTCACCAATGGATAACTTTTGTTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAA
63 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTA
*
12495 T-TCATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAAT
126 TCT-GTTTTAATAAAAAAT-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
12539 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAGATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * * ** * * * * *
12604 GACTTTTCATGCGAATGACTAGTTTTTTCTTCATGTTTCCTCATGTAGACATTCAAATATTATAT
66 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTATCT
* * ** ** * * *
12669 ATTTTGATCAAGGAGGTAAAAAAATTTAACCTAATATCAAT
129 GTTTTAAT-AAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * ** *
12710 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGAATTTTGAA-GACTTAAGTGACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATGGGTGACTATAGAT
* * * * * * * * * * *
12774 GGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCCTAATGTTTTCTGAAGCAGATATTCAATTATAATA
65 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTTT-TGAGGTAGACATTCAAATATTAT-
* * ********** * *
12839 C-ATTTTAACANNNNNNNNNNAAATTTCAA-TTGAAAATAAAT
127 CTGTTTTAATAAAAAATTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
** * * * *
12880 TATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGATTATAGATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * * * * *
12945 GACTTTTCTTCCCAATGAATAGCTTTGTCTCCATGGTTTTCGAGGAAGACATTCAAATATTATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCA-CGTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCT
* *
13010 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAATCAAT
129 GTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
13051 TATGACATTATAAAACTATTTAAATCGAGCAATAAGGCTTTGGAATGCGTGGGTGGCTATAAATA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * * * *********
13116 CACCTTTT-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCTCATTTTTAGAGGTAAACATTCANNNNNNNNN
66 GA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTTT-GAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * *
13180 NGTTTTAATGAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
128 TGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
13222 TATGAGATTGT-AAAGTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAATGCATGGGTGAGTATAGATA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * ********* ** *
13286 GA-TATTTCTTGCCAGTGAAAGGCTATTTCNNNNNNNNNNTCAAGGTAAACATTCAAATATTATC
66 GACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTC-TTCACGTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATC
* * * * *
13350 TATTTGAATAAAAAATTAAAAAAAATTTGAACTTAAAGTCAGT
128 TGTTTTAATAAAAAATT-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * *
13393 TTTTAGATTATAAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAGATG
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * * * * * * * *
13458 CACTTTTCTTGCCACTAAATAGCTGTTTATTCTCGTTTTTTGAGTTAAAAACTT-AAATATTATC
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTCTTCACG-TTTTTGAGGTAGACA-TTCAAATATTATC
* * *
13522 TGTATTGATAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTTAAATCAAT
128 TGTTTTAATAAAAAAT-TAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * * **
13565 TATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGACTTTTGAACGCATGAGTAACTATAGACA
1 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
* * ** * * * * * * *
13630 GACTTTTGTTGCCAATAAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAAACAATCAAACATTATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATTATCT
* * *
13695 GTTTTAACCAAAAAGTT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
129 GTTTTAA-TAAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** ********** * *
13735 TACAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTC-ATATGCATAGGTGACTATCGA
1 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-ATGCATGGGTGACTATAGA
* * * **
13798 TGGACTTTTCTTAG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGATAGACATTCTTATATTA
64 TGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGC-TTTTCTTCAC-GTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTA
* * * *
13862 TTTGTTTCAAAAAAAAATGT-AAAAAATTCTACTTAAAAT
126 TCTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
13901 TATAGATAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
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TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATG
GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGT
TTTAATAAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Found at i:11668 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11007--14067 Score: 1754
Period size: 341 Copynumber: 9.0 Consensus size: 340
10997 NNNNNNNTAT
* * * ** * * *
11007 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCGAAGGA-ATGGGTAACAATAGATGG
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAA-TACATAAGTGACTATAGATGC
** ** ** * * * * * *
11070 AGTTTTCTTGTCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCT-ATGAAGACATTCAAATATTATTT
65 ACCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTT-TTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCT
** * *
11134 GTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAACCTATTTAAA
129 GTTTTAA-AAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * ** * * * *
11199 GCGAGTAATAAGGCGTTCGAA-GACTTAAACGACTAT-GAATAGACTTTTCTTGACAATGGATGA
193 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATGAGTGACTATAG-ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGT
* * * * * * * ** *
11262 CTTTTGTC-TCATGTTT-CTAAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAA
256 CTTTT-TCTTCAAGTTTCCT-AATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
11325 AAAGTTCTTCTTTAAATTAATTAT
319 AAA-TTCTAC-TTAAATCAATTAA
*** * * * ** *
11349 GAGATTATAAAGTTATGTAAAGTGGGTAATAAGGC-TTTCGAATACATGGGTGACTACAGATGCA
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATGCA
* ** * * * *
11413 CTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCTTCCCCTTTTTGGAGGTAGACCTTCAAATATTATCTGT
66 CCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTGT
* *
11477 TTTAATAAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGATG-TTATAAAACTATTTAAAG
131 TTTAA-AAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAG
* ** * * * *
11541 CGAGTAATAAGGCTTTCAAACACATGACTAACTACAGACGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTT
194 CGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTT
* * * * *
11606 TTTCTTCAAGTTTCATGATGTAGATATTCAAATAGTATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAATT
259 TTTCTTCAAGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATT
*
11671 -TAATATAAAATCAATTAA
324 CTACT-T-AAATCAATTAA
* * * *
11689 GAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTCGAATGCACAAGTGACTATAGATGCA
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATGCA
** * * ** * *
11754 CCTTTCTTGGCAATGAATATCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTGAGGCAAACATTCTAATATTATCTG
66 CCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTC-CCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTG
* *
11819 TTTT-AAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAC
130 TTTTAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG
* * *
11882 CGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATTG-GTGACTATAGATGTACTTTTCTTGTCAATAAATATCT
194 CGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCA-TGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCT
* * * *
11946 TTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTATAAATGT-AAAAAT
258 TTTTCTTCAAGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAT
* * *
12010 GCAATACAT-AATTAATTAA
323 TC--TACTTAAATCAATTAA
* * *
12029 GAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAACGT-C-TAGGTGACTATAGATG
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAA--TACATAAGTGACTATAGATG
** * * * * * ** *
12092 CACCTTTCTTGGCAATGAATACCTTTTTCGTCTCATTTTTTGAGGTAAACATTTTAACATTATCT
64 CACCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCT
* *
12157 GTTTTAAAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
129 GTTTTAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * *
12222 CGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTT
194 CGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTT
* * * *
12287 TTTCTTCATA-TTTCCCT-ATGTAGAAATTTAAACATTATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAATA
259 TTTCTTCA-AGTTT-CCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-A
* *
12350 ATTCAACTTAACATCAATTAT
321 ATTCTACTTAA-ATCAATTAA
* * * * ** ** *
12371 TAGATTATAAAACCAA-TTAAAGTC-AGTAATAAGGC-TTACAAAGATTTAAGCCACTATAAATG
1 GAGATTATAAAA-CAATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATG
* * * * * * * * *
12433 GACTTTTCTCACCAATGGATAACTTTTGT-TTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAAT-
64 CACCTTTCTTACCAATGAATAACTTTT-TCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATC
* *
12496 TCATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
128 T-GTTTTAA-AAAAAAT-TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * *
12560 AAAGTGAGTAATAAGCCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCATG-CGAATGACT
190 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTC-AATGAAT
* * * * * * ** *
12624 AGT-TTTTTCTTCATGTTTCCTCATGTAGACATTCAAATATTATATATTTTGATCAAGGAGGTAA
254 -GTCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT-A
* *
12688 AAAAATT-TAACCTAATATCAATTAT
317 AAAAATTCT-ACTTAA-ATCAATTAA
* * ** * * * *
12713 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGAATTTT-GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATGCA
* * * * ** * * * *
12777 CTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGC--CTAATGTTTTCTGAAGCAGATATTCAATTATAATAC
66 CCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCAT-TTTT-TGAGGCAGACATTCAAATATTAT-C
* * ********** * * **
12840 -ATTTTAACANNNNNNNNNNAAATTTCAA-TTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAA
128 TGTTTTAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * **
12903 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGATTATAGATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAG
192 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCA-TGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-G
* * * * * * * **
12967 -CTTTGTCTCCATGGTTTTC-GAGGAAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
255 TCTTTTTCTTCA-AGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
*
13030 AAGATT-TAACTTAAAATCAATTAT
319 AA-ATTCT-ACTT-AAATCAATTAA
* * * * * * * ** * * *
13054 GACATTATAAAACTATTTAAATCGAGCAATAAGGC-TTTGGAATGCGTGGGTGGCTATAAATACA
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATGCA
* * ** * * * * **********
13118 CCTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCTCATTTTTAGAGGTAAACATTCANNNNNNNNNNGT
66 CCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTGT
* * * * *
13183 TTTAATGAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT-AAAGTATTTAAAGC
131 TTTAA-AAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * * * * * *
13247 GAGTAATAACGCTTTTGAATGCATGGGTGAGTATAGATAGA-TATTTCTTGCCAGTGAAAGGCTA
195 GAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACT-TTTCTTGTCAATGAATGTCTT
******** * * * * **
13311 TTTCNNNNNNNNNNT-C-AAGGTAAACATTCAAATATTATCTATTTGAATAAAAAAT-TAAAAAA
259 TTTC--TTCAAGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAA
* **
13373 AATT-TGAACTTAAAGTCAGTTTT
320 AATTCT--ACTTAAA-TCAATTAA
* ** * * * **
13396 TAGATTATAAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAATGCATGGGTGACTATAGATGCA
1 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATGCA
* * * * * * * * * ** * *
13460 CTTTTCTTGCCACTAAATAGCTGTTTATTCTCGTTTTTTGAGTTAAAAACTT-AAATATTATCTG
66 CCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACA-TTCAAATATTATCTG
* * * * * *
13524 TATTGATAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTTAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAA
130 T-TTTAAAAAAAATTTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * ** * * * *
13589 GCGAGTTATAAGACTTTTGAACGCATGAGTAACTATAGACAGACTTTTGTTGCCAATAAATGTTT
193 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCT
* * * *
13654 TTTTCTTCATGTTTCCTAATGTAAACAATCAAACATTATCTGTTTTAACCAAAAA-GTTAAAAAA
258 TTTTCTTCAAGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAA
13718 TT-TAACTTAAAATCAATTACA
322 TTCT-ACTT-AAATCAATTA-A
********** * * *
13739 -AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCNNNNNNNNNNGC-TTTC-ATATGCATAGGTGACTATCGATG
1 GAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGA-ATACATAAGTGACTATAGATG
* * * ** * ** ** *
13800 GACTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCTCATTTTTTGAGATAGACATTCTTATATTATTT
64 CACCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCT
* * * * * * * * ****
13865 GTTTCAAAAAAAAATGT-AAAAAATTCTACTTAAAAT-TATAGATAAGATTATAGAACCATNNNN
129 GTTT-TAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACTATTTAA
****** * * * * * * * *
13928 NNNNNNTAAGAAGCCTTTCGACTGCATGAGTGACTGTCGATGGACTTTTCATGCCAATGAATGAC
192 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTC
* * * * *
13993 TTTTTCTTCATGTTATCC-CATATAGACATGT-AAATATTATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAA
257 TTTTTCTTCAAGTT-TCCTAATGTAGACAT-TCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
14056 CAATTCAACTTA
320 -AATTCTACTTA
14068 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATACATAAGTGACTATAGATGCA
CCTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCTTCCCATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTGT
TTTAAAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTT
TCTTCAAGTTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCT
ACTTAAATCAATTAA
Found at i:13535 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13340--13649 Score: 385
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
13330 GTAAACATTC
* * * *
13340 AAATATTATCTATTTGAATAAAAAAT-TAAAAAAAATTTGAAC-TTAAAGTCAGTTTTTAGATTA
1 AAATATTATCTATTTGAATAAAAAATATAAAAAAAA-TTCAACTTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
13403 TAAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAGA-TGCACTTTTCT
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAACGCATGAGTAACTATAGACAG-ACTTTTCT
*
13467 TGCCACTAAATAGCTGTTTATTCTCGTTTTTTGAGTTAAAAACTT
128 TGCCAATAAATAGCTGTTTATTCTCGTTTTTTGAGTTAAAAACTT
* * *
13512 AAATATTATCTGTATTG-ATAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTTAAATCAATTATGATATTAT
1 AAATATTATCTAT-TTGAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
13576 AAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGACTTTTGAACGCATGAGTAACTATAGACAGACTTTTGTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAACGCATGAGTAACTATAGACAGACTTTTCTTG
13641 CCAATAAAT
130 CCAATAAAT
13650 GTTTTTTTCT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
172 98 0.85
173 17 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAATATTATCTATTTGAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAACGCATGAGTAACTATAGACAGACTTTTCTTGC
CAATAAATAGCTGTTTATTCTCGTTTTTTGAGTTAAAAACTT
Found at i:14995 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
14778 AATTACAATA
* * * *
14788 TATTTTAACAAAAAATTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * ** *
14853 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATGGGTGACTATGGATGAACTTTTCTTAATAATGAATGGC
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACGAATGAATGGT
* *
14918 TT-TTCTTCACATTTCCCAATGTAGACATACAAATATTACC
131 TTCTTCTTCACATTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATC
* * * * *
14958 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTACGAGATTAAAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* *
15023 AGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCGTA--GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACGAATGAAT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAA--CGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACGAATGAAT
* * * * * *
15085 AGTTTGTTCTTCATATTTCCCTATGTAGACATTTAAATATCATC
128 GGTTTCTTCTTCACATTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATC
* * * *
15129 TATTTTGACCAAAACGAT-AAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-TCATT
1 TATTTTAACCAAAA--ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT
* ** * * *
15192 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ACTAACGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCGATTG
63 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTA-T-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACGAATG
* * * ** * * * * *
15255 -ATGAATTT-TGCTTCACGTTTCCTGAGGGAGACATT-GAATTTTAATA
125 AATG-GTTTCTTCTTCACATTTCCCAATGTAGACATTCAAATATT-ATC
* * * *
15301 TATTTTCA-TAGAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 TATTTTAACCA-AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * * *
15365 GAAGAGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAGATGTACTTTTCTTGTCG-ATGAA
64 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACGAATGAA
** *
15428 TGGTTTTCTTCTTCACATTTCTTAATGTAGACGTTCAAATATTATC
127 TGG-TTTCTTCTTCACATTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATC
* ** * * * * * *
15474 TGTTTTAGTCAAAAATGTAACAAAATTAAATTTAAAATTAATTATGATATTACAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
*
15539 AGCGAGTAACAAGGCTTT
66 AGCGAGTAATAAGGCTTT
15557 CAAAGACTTA
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 93, Indels: 52
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
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174 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACGAATGAATGGT
TTCTTCTTCACATTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATC
Found at i:15511 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 14968--15762 Score: 883
Period size: 344 Copynumber: 2.3 Consensus size: 342
14958 TGTTTTAACC
* * * *
14968 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTACGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * *
15033 AAGGTTTTCGAAGGCGTAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACGAATGAATAGTTTGTTCTTCA
66 AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACGAATGAATAGTTTCTTCTTCA
* * * *
15098 TATTTCCCTATGTAGACATTTAAATATCATCTATTTTGACCAAAACGATAAAAAAAATTCAAGTT
131 CATTTCCCTATGTAGACATTCAAATATCATCTATTTTGACAAAAACGATAAAAAAAATTAAAGTT
* * *
15163 AAAATCAATTATGAAATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC-T-AACG
196 AAAATCAATTATGAAATTACAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTTAAAC-
* * * * * **
15225 TGACTATG-AATGGACTTTTCTTGCCGATTGATGAATTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGGAGACAT
259 -GACTA-GAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGAACTTTGCTTCACATTTCCTGAGACAGACAT
* *
15289 TGAATTTTAATATATTTTCATA
322 TGAATTATAATATA-TTTAATA
* *
15311 GAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* * * * * *
15376 TAAGGCTTTCTAAGGCAT-GAGTGACTATAGATGTACTTTTCTTGTCG-ATGAATGGTTTTCTTC
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTACAAATGGACTTTTCTT-ACGAATGAATAG-TTTCTTC
* * * * * * *
15439 TTCACATTT-CTTAATGTAGACGTTCAAATATTATCTGTTTTAGTCAAAAATG-T-AACAAAATT
127 TTCACATTTCCCT-ATGTAGACATTCAAATATCATCTATTTT-GACAAAAACGATAAAAAAAATT
* * *
15501 AAATTTAAAATTAATTATGATATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTT
190 AAAGTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTT
* * * *
15566 AAACGACTAGAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGTACTTTGCTTCATATTTCTTGAGACAGAC
255 AAACGACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGAACTTTGCTTCACATTTCCTGAGACAGAC
*
15631 ATTTAATTATAATATATTTAATA
320 ATTGAATTATAATATATTTAATA
* * * *
15654 AAAAATATAAAAATATCTC-ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ATATGTA
1 AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA-GTA
* * * * * * *
15717 ATAAAGCTTTCGAAGACTTAGGCGACTATAAATGAACTTCTCTTAC
64 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTAC
15763 CATGGATATC
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 61, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.01
342 79 0.21
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346 10 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACGAATGAATAGTTTCTTCTTCA
CATTTCCCTATGTAGACATTCAAATATCATCTATTTTGACAAAAACGATAAAAAAAATTAAAGTT
AAAATCAATTATGAAATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACTTAAACGA
CTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGAACTTTGCTTCACATTTCCTGAGACAGACATTGAA
TTATAATATATTTAATA
Found at i:15588 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14798--15734 Score: 629
Period size: 172 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
14788 TATTTTAACA
* * * * * *
14798 AAAAAT-TTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* **** * * * ** *
14862 TAAGGCTTTTGAACGTA-TGGGTGACTATG-GATGAACTTTTCTTAATAATGAATGGCTTTTCTT
66 TAAGGCTTTCGAA-G-ACTAAACGACTA-GAAATGGACTTTTCTTGACGATGAATGGTTTTTCTT
* * * * **
14925 CACATTTCCCAATGTAGACATACAAATATTACCTGTTTTAACC
128 CACATTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGTC
* * * *
14968 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTACGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *** * *
15032 TAAGGTTTTCGAAGGCGTAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT-ACGAATGAATAGTTTGTTCTT
66 TAAGGCTTTCGAAGAC-TAAACGACTAGAAATGGACTTTTCTTGACG-ATGAATGGTTT-TTCTT
* * * *
15096 CATATTTCCCT-ATGTAGACATTTAAATATCATCTATTTT-GAC
128 CACATTT-CCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGTC
* * * * * *
15138 CAAAACGATAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATG-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
15203 ATAAGGCTTTCGAAGACT-AACGTGACTATG-AATGGACTTTTCTTGCCGATTG-ATGAATTTTG
65 ATAAGGCTTTCGAAGACTAAAC--GACTA-GAAATGGACTTTTCTTGACGA-TGAATG-GTTTTT
* * * * * * *
15265 CTTCACGTTTCCTGAGGGAGACATT-GAATTTTAATATATTTTCA-T-
125 CTTCACATTTCCTAATGTAGACATTCAAATATT-ATCTATTTT-AGTC
* *
15310 AGAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTA
1 A-AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * * * *
15375 ATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAGATGTACTTTTCTTGTCGATGAATGGTTTTCTTCT
65 ATAAGGCTTTCGAAGAC-TAAACGACTAGAAATGGACTTTTCTTGACGATGAATGG-TTT-TTCT
* * *
15440 TCACATTTCTTAATGTAGACGTTCAAATATTATCTGTTTTAGTC
127 TCACATTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGTC
* * * * * *
15484 AAAAATGT-AACAAAATTAAATTTAAAATTAATTATGATATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
15548 CAAGGCTTTCAAAGACTTAAACGACTAGAAATTGACTTTTCTT-ACCAATGGAT-GTACTTTGCT
66 TAAGGCTTTCGAAGAC-TAAACGACTAGAAATGGACTTTTCTTGA-CGATGAATGGT--TTTTCT
* * * * * * * * * *
15611 TCATATTTCTTGA-GACAGACATTTAATTATAATATA-TTTAATA
127 TCACATTTCCTAATG-TAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGTC
* * * **
15654 AAAAATAT-AAAAATATCTC-ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ATATGT
1 AAAAATGTAAAAAAAAT-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GT
*
15716 AATAAAGCTTTCGAAGACT
64 AATAAGGCTTTCGAAGACT
15735 TAGGCGACTA
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 128, Indels: 71
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 174 0.29
171 76 0.13
172 295 0.49
173 48 0.08
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGACTAAACGACTAGAAATGGACTTTTCTTGACGATGAATGGTTTTTCTTCAC
ATTTCCTAATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGTC
Found at i:18750 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17779--21314 Score: 2122
Period size: 171 Copynumber: 20.8 Consensus size: 169
17769 NNNNNGACTA
* * * * * * *
17779 ACTACAGACGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* * * *
17844 AATAGTATC-TTCTTTAACCATAAATGTAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTAAGAGATTATAA
66 AATATTATCAGT-TTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
17907 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCACAAGTG
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAAGCATAAGTG
* * * * * * *
17950 ACTATAGATGCACCTTTCTTGGCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCTCCTTT-TTCAAGGCAAACATT
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AATGTAGACATT
* * * * *
18013 CTAATATTATCTGTTTTAA-AAAAATATAAAAAAATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAA
64 CAAATATTATCAGTTTTAACAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * **
18077 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAACGCATGGGTG
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* *** * * *
18119 ACTATAGATGGACCTTTATTAAAAAAAT-AAT-AGCTTTTTCTTCACATTTCTTGACGTAGACAT
1 ACTATAGATGGACCTTTCTT--GCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACAT
*
18182 TCAAATATTATCAGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
63 TCAAATATTATCAGTTTTAACAAAAA-TGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
18247 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATTAGTG
126 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* * * * **
18291 AATATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TATTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGATGTTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
** * * *
18355 AAATATTATTTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTAAGAGATTATAAA
65 AAATATTATCAGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * **
18420 ATCATTTAAAGCTAGTAATAATTCTTT-GGAAGACTTAAACG
129 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* ** * * * * * ** *
18461 A-TAATAAATAAACTTTTCTAGCTAATCG-ATAACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATT
1 ACT-ATAGATGGACCTTTCTTGCCAAT-GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATT
* * * * * *
18524 CAATTACAATAT-ATTTTTTA-AAAAA-GTAAAAAAGTACAACTTAAAATCTATTATGAGATTAT
64 CAA--ATATTATCAGTTTTAACAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** **
18586 AAAATCACTTAAAATC-AGTAGCAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
126 AAAATCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* *** * * * * *
18630 ACTATAGATGGACCTTTATTAAAAAAT-AATGACTTTTTCTTCACATTTTTTGACGTAAACATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTT-GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
*
18694 AAATATTATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
65 AAATATTATCAGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
18759 AATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTA
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
** * * *
18800 ACTATAGAAAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
** * * ***
18865 AATATTAT-TTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAACTGATTATAAAA
66 AATATTATCAGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * **
18929 TCATTTAAAGCGAGTAATAACTCTTTCG-AAGACTTAAACG
130 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * ** * ** * * * * *
18969 ACAATAAATAAACTTTTCCAGCCAATCG-ATAACTTTTGCTTC-CATTTCTCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAAT-GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * * * * * *
19032 AATTACAATAT-A-TTTTAAAAAAAATAATAAAAAAGTT-AATTTAAAATTAATTATGAGACTAT
65 AA--ATATTATCAGTTTTAACAAAAAT-GTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * **
19094 AAAA-CTATTTAAATCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTG
126 AAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* * * * ** *
19138 ATTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGA-TTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
** * * * * * *
19202 AAATATTATTTGTTTTAGCCAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATTAGAGTATAAA
65 AAATATTATCAGTTTTAACAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
19267 AGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGACTTAAGCG
129 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* ** ** * ** * * * ** ** * * *
19308 ACTATAAATAAATTTTTTTTTTCAAAGGATGACTTTTGCTTCATATTTCTCGAGGTAAACTTTCA
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* * * **
19373 ATTATAATAT-A-TTTTAACAAAAAATATAAAACAGTTCAGTTTAAAATCAATTATGAG-TCTAT
66 A--ATATTATCAGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TAT
* **
19435 AAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATTGGTG
126 AAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* * * * *
19479 ACTATAGATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTTTTCTCGTTTCCTAATGTAGACATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGC-CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * *
19543 AAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAA
65 AAATATTATCAGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
19608 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTG-TAGACTTAAGCG
129 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * * * * * *
19649 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA-TTTTTCCTTCATGTTTC-T-A-GGACAAATGT
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCACGTTTCTTAATGTAGACA--T
* * * *
19710 TCAATTA-TAACATATTTTAACTTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
63 TCAAATATTATCA-GTTTTAAC--AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
19774 ATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTT-TAAAGACTTAAGCG
124 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * ** * * * * * ** ** * * *
19820 ACTGTAAATGGATTTTTCTTACTATTGGATAACTTTTGATTCTTGTTTCCTGA-GATAGTCATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATG-TAGACATTC
* * * * *
19884 AATTATATTAT-A-TTTTAACAAAAAATATTATAAAATTTAACTTAATATCAATTATGATATTAT
65 AA--ATATTATCAGTTTTAAC-AAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
19947 AAAACCATTTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTCG-AAGACTTAAATG
126 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * *** * * * * ** * * *
19991 ACTATAAATGGACTTTTCTTAATAAT-AGATAACTTTTGCCTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * * * *
20055 AATTATAATAT-A-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAAT
65 AA--ATATTATCAGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
20118 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACA-CATAGGTG
126 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGCATAAGTG
* * * * ** *
20162 ACTGTAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAATATTT-TCTAAT-TTGTACATT
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-TAATGTAG-ACATT
* * * *
20225 TAAATATTATCTA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTAT
64 CAAATATTATC-AGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * **
20289 AAAATTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACTTAAGCA
126 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * * * * * * * *
20333 AATATAAATGGACTTTTCTTGCCCATCG-ATAACTTTTGCATCACGTTTCTCAA-GTCAGACTTT
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAAT-GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGT-AGACATT
* * **
20396 CAATTATATTAT-A-TCTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAA--ATATTATCAGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * **
20459 AAAA-CGATTAAAAGTGAGTGATAACACTTTTGAATA-CATCGGTG
126 AAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGCATAAGTG
* * * * * * * ** *
20503 ACTATAGACGGACTTTTCTTGTCAGTGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTCGATGTAGAGATTCA
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* ** * * * *
20568 AATATTATCTA-TTTTAGCCCTAAATGTAAGGAAATTTAACTTAAAATGAATTGTGAGATTATAA
66 AATATTATC-AGTTTTA-ACAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * **
20632 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAGGTATGGGTG
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* * ** * * *
20673 ACAATAGATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGACTTTTTCTTCATAGTTAC-CAATGTAGACATTC
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAATGTAGACATTC
** * * * *
20737 AAATATTATTTGTTTTGATCAAAAAGGTGAAAAACTTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AAATATTATCAGTTTT-AACAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
20802 AATCATTTAAAGTGAGCAATACGGCTTT-TAAAGACTTAAGCG
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * * ** *** * * * * * * * * *
20844 AGTATAAATAGAGTTTTCTTAAGAAT-AGATGACTTTTGCCTCATGTTTGTTGAGGCATACATTT
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTC
** * * * * *
20908 AGTTATAATAAATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGATTA-A
65 AAATATTATCAGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
20972 CAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACTTAAGCG
127 -AAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATAAGTG
* * * ** * * * * * * * *
21016 AATATAAATGCAGTTTTCTTGCCAATGGATAACATTTTCTTTAAGTTTCTTGAGGCAGACATTCA
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
* *
21081 ATTATAATAT-A-TTTTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 A--ATATTATCAGTTTTAACA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
21144 AAA-CTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTG
127 AAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
* * * *
21187 ACTATAGATGGACTTTTTTTGTCAATGAAT-A--TTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCA
1 ACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCA
*
21249 AATATTATCTA-TTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATATTATC-AGTTTTAAC-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
21313 AA
128 AA
21315 CTATTTA
Statistics
Matches: 2621, Mismatches: 606, Indels: 279
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.00
167 14 0.01
168 186 0.07
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175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
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AATATTATCAGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTG
Found at i:19498 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 17779--21314 Score: 2530
Period size: 341 Copynumber: 10.4 Consensus size: 340
17769 NNNNNGACTA
* * * ** * * *
17779 ACTACAGACGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCA
* * * *
17844 AATAGTATCT-TCTTTAACCATAAATGTAAAAAATTCAA-TATAAAATCAATTAAGAGATTATAA
66 AATATTATCTAT-TTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
17907 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAATGCAC--AAGTGACTATAGATGCACCTTTCTT
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAA-G-ACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * * * * * * *
17970 GGCAATGAATATCTTTTTCTTC-TCCTTTTTCAAGGCAAACATTCTAA-TATTATCTGTTTT-A-
190 GCCAATGGATAACTTTTGCTTCAT-ATTTCTCAAGGTAAACATTC-AATTATAATATATTTTAAC
* * *
18031 AAAAAATATAAAAAAATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
253 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * *
18096 TAAGGCCTTCGAACGCATGGGTG
318 TAAGGCTTTCGAAAGCATTGGTG
* * *** * * * * * *
18119 ACTATAGATGGACCTTTATTAAAAAAAT-AATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGACGTAGACATT
1 ACTATAGATGGACTTTTCTT--GCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATT
* *
18183 CAAATATTATC-AGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAAATATTATCTA-TTTTAACAAAAA-TGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
18247 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTA-TT-AGTGAATATAGAA-GGACTTTTC
126 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ACTTAAGCGACTATA-AATGAACTTTTC
* ** * * ** * * * *
18309 TTGCCAATGAATGATA-TTTT-CTTCACGTTTC-CTAATGTAGATGTTCAAATATTATTTGTTTT
188 TTGCCAATGGAT-A-ACTTTTGCTTCATATTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * *
18371 GATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTAAGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCT
250 -AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCG
** * ***
18433 AGTAATAATTCTTT-GGAAG-ACTTAAACG
313 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCA-TT-GGTG
* ** * * * * * *
18461 A-TAATAAATAAACTTTTCTAGCTAATCG-AT-AACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAT
1 ACT-ATAGATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACAT
* ** * * ** *
18523 TCAATTACAATATATTTTTTA-AAAAA-GTAAAAAAGTACAACTTAAAATCTATTATGAGATTAT
63 TCAAATATTATCTA-TTTTAACAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * ** * * * * *
18586 AAAATCACTTAAAATC-AGTAGCAAGGCTTTCGAA-AGCATGGGTGACTATAGATGGACCTTTAT
126 AAAATCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCT
*** * * * * * ** * *
18649 TAAAAAAT-AATGACTTTTTCTTCACATTTTTTGACGTAAACATTCAA--ATATTATCAGTTTTA
189 T-GCCAATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATAT-A-TTTTA
* * * * *
18711 ACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGT
251 ACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* *
18776 AATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGTA
316 AATAAGGCTTTCGAAAGCATTGGTG
** * * *
18800 ACTATAGAAAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGATATTCA
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCA
* * * * ***
18865 AATATTAT-TTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAACTGATTATAAAA
66 AATATTATCTATTTT-AACAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * **
18929 TCATTTAAAGCGAGTAATAACTCTTTCGAAGACTTAAACGACAATAAATAAACTTTTCCAGCCAA
130 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
* * * *
18994 TCGATAACTTTTGCTTC-CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTACAATATATTTTAA-AAAAAAT
195 TGGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * * * * *
19057 AATAAAAAAGTT-AATTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGTC
260 -ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
19121 TTTTGAAGGAATGGGTG
324 TTTCGAAAGCATTGGTG
* * * * * *
19138 ATTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCA
* * * * * * *
19203 AATATTATTTGTTTTAGCCAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATTAGAGTATAAAA
66 AATATTATCTATTTTAACAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * **
19268 GCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGACTTAAGCGACTATAAATAAATTTTTTTTTTCAA
130 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
* * * *
19333 AGGATGACTTTTGCTTCATATTTCTCGAGGTAAACTTTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
195 TGGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * ** *
19398 ATAAAACAGTTCAGTTTAAAATCAATTATGAG-TCTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGC
260 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
19462 TTTCGAAAGCATTGGTG
324 TTTCGAAAGCATTGGTG
* * *
19479 ACTATAGATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTTTTCTCGTTTCCTAATGTAGACATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTC
* * * *
19543 AAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAA
65 AAATATTATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
19608 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGTAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
129 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * * * * ** * *
19673 ATGGATGATTTTTCCTTCATGTTTCT--AGGACAAATGTTCAATTATAACATATTTTAACTTAAA
194 ATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGG-TAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAA
* * * * *
19736 AATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAG
257 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
19801 GCTTT-TAAAG-ACTTAAGCG
322 GCTTTCGAAAGCA-TT-GGTG
* * * * * * * * ** ** * *
19820 ACTGTAAATGGATTTTTCTTACTATTGGAT-AACTTTTGATTCTTGTTTCCTGA-GATAGTCATT
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCTAATG-TAGACATT
* * * *
19883 CAATTATATTA--TATTTTAACAAAAAATATTATAAAATTTAACTTAATATCAATTATGATATTA
64 CAA--ATATTATCTATTTTAAC-AAAAAT-GTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
19946 TAAAACCATTTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
125 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTT
*** * * * * * * *
20011 AATAATAGATAACTTTTGCCTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAA
190 GCCAATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAA
* * *
20076 AAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
255 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
*
20141 AGGCTTTCGAACA-CATAGGTG
320 AGGCTTTCGAA-AGCATTGGTG
* * * ** * * *
20162 ACTGTAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTAATATTTTCTAAT-TTGTACATTT
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAG-ACATTC
* * * *
20226 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
65 AAATATTATCTATTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
20291 AATTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAAATATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
* * * ** * * * * *
20356 CATCGATAACTTTTGCATCACGTTTCTCAA-GTCAGACTTTCAATTATATTATATCTTAATAAAA
193 AATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGT-AAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
* * * * *
20420 AATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTAAAAGTGAGTGATAAC
257 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
20484 ACTTTTGAATA-CATCGGTG
322 GCTTTCGAA-AGCATTGGTG
* * * * * * * *
20503 ACTATAGACGGACTTTTCTTGTCAGTGAATGGCTTTTTTTTCACATTT-CTCGATGTAGAGATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCT-AATGTAGACATTC
* ** * * *
20567 AAATATTATCTATTTTAGCCCTAAATGTAAGGAAATTTAACTTAAAATGAATTGTGAGATTATAA
65 AAATATTATCTATTTTA-ACAAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * * * * *
20632 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAG-GTATGGGTGACAATAGATGGACTTTTCTTGT
128 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT-TAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * * *
20695 AAATGAATGACTTTTTCTTCATAGTTAC-CAATGTAGACATTCAAATATTATTTGTTTTGATC-A
192 CAATGGATAACTTTTGCTTCATA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTT-AACAA
** * * * * *
20758 AAAAGGTGAAAAACTTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGCAAT
255 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
20822 ACGGCTTT-TAAAG-ACTTAAGCG
319 AAGGCTTTCGAAAGCA-TT-GGTG
* * * * *** * * * ** * * * *
20844 AGTATAAATAGAGTTTTCTTAAGAAT-AGAT-GACTTTTGCCTCATGTTTGTTGAGGCATACATT
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGA-TTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATT
* ** * ** *
20907 TAGTTATAATAAATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGATTA-
64 CAAATATTATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
20971 ACAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCGAATATAAATGCAGTTTTCT
126 A-AAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCT
* ** * *
21035 TGCCAATGGATAACATTTT-CTTTA-AGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
189 TGCCAATGGATAAC-TTTTGCTTCATA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * *
21098 TAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATA
252 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * *
21163 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTG
317 ATAAGGCTTTCGAAAGCATTGGTG
* *
21187 ACTATAGATGGACTTTTTTTGTCAATGAAT--A-TTTTCTTCACGTTT-CTCAATGTAGACATTC
1 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCT-AATGTAGACATTC
*
21248 AAATATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AAATATTATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
21313 AA
128 AA
21315 CTATTTA
Statistics
Matches: 2509, Mismatches: 566, Indels: 243
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 71 0.03
338 128 0.05
339 366 0.15
340 317 0.13
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342 566 0.23
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344 15 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACATTCA
AATATTATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
GGATAACTTTTGCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAAAGCATTGGTG
Done.