Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398895.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2177.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4259
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 257 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:300 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7--1664 Score: 1678
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
1 AGGTAA
* * * *
7 ACAGTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAAGTGTAATAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAG
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
71 ATTGTAAAA-TCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCA
64 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * *
134 TTTCCTA-CAAATGAATGACTTTGCCTTCATGTTTCATAAGACAA
127 TTTCTTATC-AATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGCAG
* * * *
178 ACAATCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
243 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGA-TAATAAATGGGCTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACT-ATAAATGGGCTTT
*
307 TCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGCA-
129 TCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGCAG
* * * * *
348 AGTAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAG
1 A-CAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
413 GTTGTAAAAGC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTAACTATAAATGGGCTT
64 ATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTT
* * * *
477 TTCTTATTAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTTTTAAGGTAG
128 TTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATG-TTTCTAAGGCAG
* * * * *
520 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATATATAAAAATTCATCCTAAAATCAATTGTGAGG
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* *** * * *
584 TTGTAAAA-TCATTTAAAATAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
65 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTT
*
648 TCTTATCAATC-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
129 TCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCT-AAGGCAG
* * * * *
689 ACAGTAAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCTATCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
** * *
754 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTGTAAAGCTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * ** ** * *
819 C-TAGTAAATGAATGATTTTTTGTTCGTGTTTCTCAAGGTAG
130 CTTA-TCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCT-AAGGCAG
* * * * * *
860 ACAATCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTCATATCAATTATGAGA
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
925 TTACAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
** * * * * * *
990 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCCTTTTTTCTAAGACAG
130 CTTATCAATCAATGGCTTTTCCTT-CATGTTTCTAAGGCAG
* * * * *
1031 ACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAA-CTAGAAATTAATTATGAG
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTA-AAATCAATTATGAG
* * * * **
1095 ATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGCAACTATAAATGGGCTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGGCTT
* * * ** * * *
1159 TTCTT-GCAAATGAATGG-GTTTCTCTTCACATTTCCCAAGGTAA
128 TTCTTATC-AATCAATGGCTTTTC-CTTCATGTTT-CTAAGGCAG
** * *
1202 ACAACCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTGAA-CTAAAATCAATTATGAGA
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* *
1266 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
* *
1331 CTTATCAATCCATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGACAG
130 CTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCT-AAGGCAG
* * * * *
1372 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATATATAAAAATTTATCCTAAAATCAATTATGAG-
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1436 GTAGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTT
65 TTA-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * *
1501 TCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTAACGTTTCTTATGGTAG
129 TCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGCAG
* ** *
1543 ATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCATTCTAAAATCAATTATGAGG
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1608 TTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAAT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAAT
1665 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1244, Mismatches: 202, Indels: 82
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 47 0.04
170 343 0.28
171 819 0.66
172 31 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC
TTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTAAGGCAG
Found at i:1317 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1--1664 Score: 1995
Period size: 512 Copynumber: 3.3 Consensus size: 508
* * * * *
1 AGGTAAACAGTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAAGTGTAATAAAATTCAT-CTTAAAATCAA
1 AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCATAC-TAAAATCAA
* * *
64 TTATGAGATTGTAAAATCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
129 GGGCATTTCCTACAAATGAATGACTTTGC-CTTCATGTTTCATAAGACAAACAATCAATTACAAT
129 GGGCTTTTCTTACAAATGAATGGCTTT-CTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTATAAT
*
193 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
193 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTTAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
*
258 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGA-TAATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATG
256 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGAGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATG
* * *
322 GCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGCA-AGTAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATA
320 GCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAGA-CAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATA
*
386 AAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA
384 AAAATTCATCCTAAAATCAATTATGA-GTTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
451 AGGTATGTGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTATTAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTTTTA
447 AGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTC-CGTTTTTTA
* * *
514 AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATATATAAAAATTCATCCTAAAATCAATT
1 AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATACTAAAATCAATT
* * * *** *
578 GTGAGGTTGTAAAATCATTTAAAATAAGTAATAAGTCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATG
66 ATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
642 GGCTTTTCTTATC-AAT-CATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTAAATTATAATC
130 GGCTTTTCTTA-CAAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTATAATC
* * *
705 TGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCTATCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
194 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATT-TAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * *
770 AGCGAGTTGTAAAGCTTTTG-AAGATATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TAGTAAATGAATG
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-TATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-TCAATCAATG
** ** * * * * * * *
833 ATTTTTTGTTCGTGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAAATGTA-AG
320 GCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATA-
* * * * * * *
897 AAAATTCAACTTCATATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTTGA
384 AAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAG-TTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * ** * * * *
962 GGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCCTTTTTTCTA
447 AGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCCGTTTTT-TA
** * * * *
1025 AGACAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTA-ACTAGAAATTAAT
1 AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATACTA-AAATCAAT
* * **
1089 TATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGCAACTATAAATG
65 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
* * ** * * * *
1154 GGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTCTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACAACCAATTATAATTT
130 GGCTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTATAATCT
*
1219 GTTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTGAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
195 GTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTTAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* *
1284 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCCATGGCTT
259 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTT
* * *
1349 TTCCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATATATAAAAAT
324 TTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATAAAAAT
* * * *
1414 TTATCCTAAAATCAATTATGAGGTAGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTA
389 TCATCCTAAAATCAATTATGAGTTA-TAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* *
1479 TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTAACGTTTCTTA
452 TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTT-CCGTTTTTTA
* * * * *
1537 TGGTAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCATTCTAAAATCAATT
1 AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATACTAAAATCAATT
* * *
1602 ATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
66 ATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
1665 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 170, Indels: 55
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 13 0.01
511 311 0.33
512 523 0.55
513 107 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATACTAAAATCAATT
ATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
GCTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACAATCAATTATAATCTG
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTT
CCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATAAAAATTC
ATCCTAAAATCAATTATGAGTTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAG
TGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCCGTTTTTTA
Found at i:1318 original size:682 final size:680
Alignment explanation
Indices: 7--1664 Score: 1896
Period size: 682 Copynumber: 2.4 Consensus size: 680
1 AGGTAA
* * * *
7 ACAGTCAATTATAGTATGTTTTA-ACAAAAAGTGTAATAAAATTC-ATCTTAAAATCAATTATGA
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAA-TGTAAAAAAATTCTATC-TAAAATCAATTATGA
* * * * * *
70 GATTGTAAAA-TCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGC
64 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAA-GATATGAGTGACTATAAATGGGC
* * * ** * *
133 ATTTCCTACAAATGAATGACTTTGCCTTCATGTTTCATAAGACAAACAATCAATTACAATCTGTT
127 -TTTTCTATAAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTT
* * * *
198 TTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
190 TTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * *
263 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGA-TAATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTT
254 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATAAATGGACCTTTCTTACCAATCAATGCCTTT
* * * * * * *
327 TCCTTCACGTTTCTTAAGGCAAGTAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTATAAAAATT
318 TCCTTCACGTTTCTTAAGACAAGCAGTCAATTATAATACGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
392 CATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
383 CATACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT
* * ** * *** *
457 GTGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTATTAATCAATGGCTTTTCCTTCACGTTTTTTAAGGTAGAC
448 GGGCAACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGTAAAC
** * * * * *
522 AGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATATAAAAATTCATCCTAAAATCAATTGTGAGGTTG
513 AACCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATATAAAAATTCATACTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
587 TAAAATCATTTAAAATAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
578 TAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* *
652 ATCAAT-CATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
643 ATCAATCCATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGACAG
* *
689 ACAGTAAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCTATCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCTATCTAAAATCAATTATGAGA
** * *
754 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTGTAAAGCTTTTGAAGATATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGATATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
* ** * * *
819 CTAGTAAATGAATGATTTTTTGTTCGTGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTTTTTTAA
131 CTA-TAAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
884 CCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTCATATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAACAAGTA
194 CCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
949 ATAAGACTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
258 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATCAATGCCTTTTCCTT
* * * * *
1014 C-CTTTTTTCTAAGAC-AGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTA-
323 CACGTTTCT-TAAGACAAG-CAGTCAATTATAATACGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAT
* *
1076 ACTAGAAATTAATTATGAGATTAT-AAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T
386 ACTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAAG-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TAT
* * *
1139 GGGCAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGG-GTTTCTCTTCACATTTCCCAAGGTAAA
448 GGGCAACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATCAATGGCTTTTC-CTTCACATTTCCCAAGGTAAA
* * *
1203 CAACCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAGAAATTGA-ACTAAAATCAATTATGAGA
512 CAACCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATATAA-AAATTCATACTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1266 TTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
575 TTATAAAATC-ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
1330 TCTTATCAATCCATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGACAG
639 TCTTATCAATCCATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGACAG
* * *
1372 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATATATAAAAATT-TATCCTAAAATCAATTATGAG
1 ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCTAT-CTAAAATCAATTATGAG
* * *
1436 -GTAGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTT
65 ATTA-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGATATGAGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * * * *
1500 TTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTAACGTTTCTTATGGTAGATAGTCAATTATAATCTGTTTT
129 TTC-TATAAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
1565 AACCAAAAATGTAAAACAATTC-A-TTCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGTG
192 AACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTC--AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* **
1628 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
254 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
1665 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 133, Indels: 49
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 31 0.04
682 492 0.60
683 292 0.36
684 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (680 bp):
ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCTATCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGATATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT
CTATAAATGAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACC
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATCAATGCCTTTTCCTTCAC
GTTTCTTAAGACAAGCAGTCAATTATAATACGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATACTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGCAACT
ATAAATGGGCTTTTCTTACAAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCCCAAGGTAAACAACCAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAATATATAAAAATTCATACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
TTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCC
ATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGACAG
Found at i:2078 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1768--3789 Score: 1464
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 169
1758 NNNNNNNTAA
* * * *
1768 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTT-CATAGTTTTGGTT
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT--TTTTGGTT
* * * * * ** * *
1832 AAAACAAATTATAATTTATTGGCTATCTTAAGAAATGTGAACAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAA
* **
1897 AAGCCCATTTATAGTCACTCATGTCTTGAAAAGTTTTATTAC
128 AAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
1939 TTGCTTTACATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAGGTTGAATTCTTTTAGATATTTAGTTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * *
2004 AAACATATTATAATTGATTGTTTACCTCAAGGAACGTGAAAAAAAACCCATTC-TTATGCAAGAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATT-TGCAAGAA
* * *
2068 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG-AAAGTCTTATTAC
128 AAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
2110 TCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTAATTTTAGGATGATTTTTTTAACATTTTTGGTTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTA
* * * * * * * *
2175 AAACATATTATAATTGATTGCCTACCTTAAGAAACATGCAGAAAAAGCTATTGA-TTGATAAGAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAA
* ** *
2239 AAGCCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
2281 TCGCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGACTTTAGGATGAATTTTTGTATATTTTTGGCTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTA
* * * * * **
2346 AAATC-GATTATAATTGACTGTCTGCGTTGAGAAACATGAAGAAAATTCCATTCA-TTGACAAGA
65 AAA-CAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGA
* * * *
2409 AAAGCCCATTTATAGTTACTCATGCCATCAAAAGCCTTTTTAC
127 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
2452 TCACTTTAAGTAGTTTTATAATCGCATAACTGATATTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * ** *
2517 AAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAATAAAAAA-TTATTCATTTGCTAGAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-AGAAACATGAA-AAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAA
* *
2581 AAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTAC
128 AAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTAC
* *
2623 TCGATTTCAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTT
1 TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
2687 -AAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCATGAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-T-AAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGA
* * *
2750 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGTCTTCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * * * *
2793 TCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCAGTTTAGGTAGAATTTTTTTTCTTTTTTGATTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * *
2858 AAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCAGC-GAGAAACAT-AAAGAAAAAGTCATTCATTTGTAAGA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCT--ACCTAAGAAACATGAAA-AAAAAGCCATTCATTTGCAAGA
* * * *
2921 AAAACCAATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCG-AAAGCCCTATTAC
127 AAAGCCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
2964 TCACTTTTAATTGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTCCATTTTTTGTTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTA
* * * * * * * ***
3029 AAAGAGATTATAAATAAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAA
** * * * *
3094 AGTGCATTTATAGTCAC-CTAAGCTTTCG-GAAGCCTTCTTAC
129 AGCCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTT-GAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3135 TCGTTTTAAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTTCATTTTTGATT
1 TCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTT
* * * * ** * * *
3200 AAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAATCAAAAGTCATCCATTAGTG-TA-
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATT--TGCAAG
* * * *
3263 AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGACTTATTAC
126 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
3307 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATATTTTTAG
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTT-TACATTTTTGG
* * * ** ** * * *
3372 TTACAACAGATTATAATTTAAAGTCCGCCTTGGAAAAAAT-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
62 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATGAAA-AAAAAGCCATTCATTTGCAA
** * * * * *
3436 GAAAAGTTCATTTATAATCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAA
125 GAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
3481 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTTTCATATTTTTGGTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-ACATTTTTGGTT
* * * * * * *
3546 AAAACAAATTATAATTTATTGGCTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGA
* * *
3610 AAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTGAAAAG-TTTGATTAC
127 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTT-ATTAC
* * * * * * *
3653 TTGCTTTACATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTCGAATTCTTTTAGATATTTGGTTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * * *
3718 AAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTCAGGAAACGTGAAAACAAACCCATTCATATGCAAGAAA
65 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAA
3783 AGCCCAT
129 AGCCCAT
3790 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 320, Indels: 132
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 152 0.10
171 877 0.60
172 286 0.20
173 25 0.02
174 118 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAG
CCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTAC
Found at i:2412 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1771--3734 Score: 1635
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 340
1761 NNNNTAATCG
* * *
1771 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTT-CATAGTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACAT--TTTTGGTTAAA
* * * * ** * *
1835 ACAAATTATAATTTATTGGCTATCTTAAGAAATGTGAACAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAA
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGA-TAAGAAAA
* * ** * * *
1899 GCCCATTTATAGTCACTCATGTCTTGAAAAGTTTTATTACTTGCTTTACATAGTTTTATAATCTC
128 GCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
1964 ATAACTGATTTGAGGTTGAATTCTTTTAGATATTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTAC
193 ATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
** * * * * * *
2029 CTCAAGGAACGTGAAAAAAAACCCATTCTTATG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
257 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* *
2093 TTCGAAAGTCTTATTACTCA
321 TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
2113 CTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTAATTTTAGGATGATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
2178 CATATTATAATTGATTGCCTACCTTAAGAAACATGCAGAAAAAGCTATTGATTGATAAGAAAAGC
65 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGC
* ** * *
2243 CCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATATCAT
130 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
2308 AATTGACTTTAGGATGAATTTTTGTATATTTTTGGCTAAAATC-GATTATAATTGACTGTCTGCG
195 AACTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTGCC
** * * * * *
2372 TTGAGAAACATGAAGAAAATTCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACTCATGCCAT
258 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
*
2437 CAAAAGCCTTTTTACTCA
323 CAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
2455 CTTTAAGTAGTTTTATAATCGCATAACTGATATTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * ** *
2520 CAGATTACAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACATGAATAAAAAATTATTCATTTGCT-AGAAAA
65 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAACAAAAAGCTATTCA-TTGATAAGAAAA
* * * * * *
2583 GCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGCTTTTATAATCTC
128 GCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
2648 ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTTTGC
193 ATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
2712 CATGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGTC
257 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCC
2776 TTCAAAAGCCTTATTACTCA
321 TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
2796 CTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCAGTTTAGGTAGAATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * **** * *
2861 CAGATTGTAATTGAATGTTTGCAGCGAGAAACATAAAGAAAAAG-TCATTCATTTG-TAAGAAAA
65 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAACAAAAAGCT-ATTCA-TTGATAAGAAAA
* * * * * * * * *
2924 ACCAATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATAT
128 GCCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * * * *
2988 CATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTCCATTTTTTGTTAAAAGAGATTATAAATAAATATCTG
192 CATAACTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * *
3053 CCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCTAAGC
256 CCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
* ** * *
3117 TTTCGGAAGCCTTCTTACTCG
320 CTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ** * *
3138 TTTTAAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGATTAA
1 CTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * *
3202 AATATATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAATC-AAAAG-TCATCCATT-AGTGTA-
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-CAAAAAGCT-ATTCATTGA-T-AAG
* * * ** * *
3263 AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
124 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3328 TCTTATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTTAA
189 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA---TTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
3393 AGTCCGCCTTG-GAAAAAATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCAC
250 TGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * *
3457 TCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCG
314 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
3484 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTTTCATATTTTTGGTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
3549 ACAAATTATAATTTATTGGCTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAG
* * * * * * *
3614 TCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTGAAAAG-TTTGATTACTTGCTTTACATAGTTTTATAATCTC
129 CCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
3678 ATAACTGATTTTAGGTCGAATTCTTTTAGATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
193 ATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
3735 TTGTTTACCT
Statistics
Matches: 1296, Mismatches: 283, Indels: 85
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.01
341 276 0.21
342 534 0.41
343 198 0.15
344 20 0.02
345 35 0.03
346 224 0.17
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGCC
CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCA
Found at i:2934 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 1874--3744 Score: 1567
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 503
1864 AAATGTGAAC
* * * * *
1874 AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGTCTTGAAAAG-TTTTATTA
1 AAAAAGTCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTT-TTA
** * * * *
1938 CTTGCTTTACATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAGGTTGAATTCTTTTAGATATTTAGTT
65 CTCACTTTA-ATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * *
2003 AAAACATATTATAATTGATTGTTTACCTCAAGG-AACGTGAAAAAAAACCCATTC-TTATGCAAG
128 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT--AGGAAACATGAAAAAAAA-CCATTCATT-TGCTAG
* * * *
2066 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTACA
189 AAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGCTTTTATA
* * * * * * *
2130 ACCTCATAATTAATTTTAGGATG-ATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGATT
253 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * *
2194 GCCTACCTTAAGAAACATGCAGAAAAAGCTATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
316 GTCTACCTTAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCA
* * * * *
2259 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTGACTTTAGG-AT
378 ATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAGGTA-
* * * * *
2323 GAATTTTTGTATATTTTTGGCTAAAATCGATTATAATTGACTGTCTGCGTTGAGAAACATGAAG
441 GAATTTTT-TTTATTTTTGACTAAAATCGATTATAATTGAATGTCTGCGTCGAGAAACATAAAG
* * *
2387 -AAAATTCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACTCATGCCATCAAAAGCCTTTTT
1 AAAAAGT-CATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTT
* * * *
2450 ACTCACTTTAAGTAGTTTTATAATCGCATAACTGATATTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGT
64 ACTCACTTTAA-TAGTTTTATAATCTCATAACTGAT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* **
2515 TAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATGAATAAAAAATTATTCATTTGCTAGA
127 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTA-GGAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTTGCTAGA
* *
2580 AAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGCTTTTATAAT
190 AAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGCTTTTATAAT
*
2645 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTTT
255 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* *
2710 GCCATGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGT
320 ACC-TTAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGT
* *
2775 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCAGTTTAGGTAGAATT
382 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAGGTAGAATT
* * * *
2840 TTTTTTCTTTTTTGATTAAAA-CAGATTGTAATTGAATGTTTGCAG-CGAGAAACATAAAG
446 TTTTTT-ATTTTTGACTAAAATC-GATTATAATTGAATGTCTGC-GTCGAGAAACATAAAG
* * * * * * *
2899 AAAAAGTCATTCATTTGTAAGAAAAACCAATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCGAAAGCCCTATTA
1 AAAAAGTCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTA
* * * * *
2963 CTCACTTTTAATTGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTCCATTTTTTGTT
65 CTCAC-TTTAATAGTTTTATAATCTCATAACTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * * **
3028 AAAAGAGATTATAAATAAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTAATAAGA
128 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTTGCT-AGA
* * * * * **
3092 AAAG-TGCATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGGAAGCCTTCTTACTCGTTTTAAATTATTTTTATA
190 AAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAA-TGCTTTTATA
* * * *
3156 ATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTTCATTTTTGATTAAA-ATATATTATAATTAAAT
253 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACA-A-ATTATAATTGAAT
* ** * * * *
3220 GTCTACCTTAGGAAACATGAATCAAAAGTCATCCATTAGTGTAAAAAGTCCACTTATAGTCACTC
316 GTCTACCTTA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
* ** * * * *
3285 AA-GCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTGAAGTT
377 AATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-AGGTA
* * * * * * * * *
3349 GAATTTTTTTTATATATTTTTAGTTACAA-CAGATTATAATTTAAAGTCCGCCTTG-GAAAAAAT
441 GAA-TTTTTTT-TAT-TTTTGA-CTAAAATC-GATTATAATTGAATGTCTGCGTCGAG-AAACAT
3412 AAAG
500 AAAG
* * ** * * * * *
3416 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAA
1 AAAAAGTCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTAC
* * * * * * * *
3481 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGACTTTTTTTCATATTTTTGGTA
66 TCACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATAACTGATT-TAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTT
* * * ** * * * * *
3546 AAAACAAATTATAATTTATTGGCTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGA
128 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAG-GAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTTG-CTAGA
* * * * * * *
3610 AAAG-TCCATTTGTAGTCACTCATGCCTT-GAAAAG-TTTGATTACTTGCTTTACATAG-TTTTA
190 AAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG-AAAGCCTT-ATTACTCGATTTAAAT-GCTTTTA
* * * * *
3671 TAATCTCATAACTGATTTTAGGTCGAAT-TCTTTTAGATATTTGGTTAAA-ATAGATTATAATTG
251 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAACA-A-ATTATAATTG
* *
3734 ATTGTTTACCT
313 AATGTCTACCT
3745 CAGGAAACGT
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 202, Indels: 94
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.01
512 358 0.32
513 304 0.27
514 129 0.12
515 13 0.01
516 16 0.01
517 189 0.17
518 90 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
AAAAAGTCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTAC
TCACTTTAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAACATGAAAAAAAACCATTCATTTGCTAGAAAAGCT
CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTA
AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAGGTAGAATTTTTTTTATTT
TTGACTAAAATCGATTATAATTGAATGTCTGCGTCGAGAAACATAAAG
Done.