Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398898.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2180.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2140
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.12, T:0.31
Warning! 252 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:317 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30--1297 Score: 1330
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 169
20 AGGCGGGCAA
* *
30 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATTCAA-TTAAAATCAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * ** * *
94 AAAATAATTTAAATCGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAAT-GGTTGAATATAAATAAAATTTTTTT
66 -AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCT
*
158 TCCCAATGAATGCCTTTTTTTACACGTTTC-CTGAGGTAGA-AT
128 TCCCAATGAATGCCTTTTTTT-CACGTTTCTC-GAGGTAAACAT
* *
200 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
265 AGAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
66 A-AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * * *
330 TCAATGAATG-GTTTTTTCTGACGTTTCCCGAGGCAAACAT
130 CCAATGAATGCCTTTTTT-TCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
* * * * *
370 TCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTGAAAAAATTCAGCTTAAAATCGATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
435 AAAACAATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGATTATAAATTGACTTTTCTT
66 AAATC-ATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
499 GCGAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGATAGACAT
129 CCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
* ** * * * * * *
541 TCAATTATAGTCTATTGAAATAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTGAAATTAATAATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
606 AAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTGTATTA
66 -AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * *
671 CCAATAAATG-CTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATAT
130 CCAATGAATGCCTT-TTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
* * * *
712 TTAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATATAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * ** *
776 CAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGAAGAAACGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTT
65 TAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
841 GCCAATAAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAAGAT
129 CCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
* * * *
883 TCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATCTAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
948 AAAACCATTTAAAGCCAATACTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTACAAATGGACTTTTTTT
66 -AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
1012 GCCAATTAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAACAT
129 CCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
* ** * * *
1054 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
1119 AAAGCAATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTC
66 AAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * * *
1184 CCAATGAATGCCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTGAACAT
130 CCAATGAATGCCTTTT-TTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
* *
1225 TCAATTATAGTCTGTTTTTATGAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1290 AGAATCAT
66 A-AATCAT
1298 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 158, Indels: 45
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.03
170 192 0.21
171 684 0.75
172 18 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC
CAATGAATGCCTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAT
Found at i:1117 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 30--1293 Score: 1569
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 510
20 AGGCGGGCAA
* * * * *
30 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATTCAA-TTAAAATCAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
* * ** * *
94 AAAATAATTTAAATCGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAAT-GGTTGAATATAAATAAAATTTTTTT
66 AAAATAATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTGAAGGAATAGG-TGAATATAAAT-GGACTTTTAT
* *
158 TCCCAATGAATGCCTTTTT-TTACACGTTTC-CTGAGGTAGAATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
128 TCCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCTC-GAGGTAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* * * *
221 GAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAGAATCATTTAAAGCGAGTAA
191 GAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAGAAACATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
286 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTGA
256 TAAAGCTTTTGAAGAAACAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTCTCAATAAATGCTTTTTTCTGA
* *
351 CGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTGAAAAAATTCAGCTTA
321 CGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATCTGAAAAAATTCAACTTA
** * *
416 AAATCGATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCACGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGAT
386 AAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCACATAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGAC
* * * * * *
481 TATAAATTGACTTTTCTTGCGAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGATAGACAT
451 TACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACAT
** * *
541 TCAATTATAGTCTATTGAAATAAAAAATGTGAAAAA-ATTCAACTTGAAATTAATAATGAGATTA
1 TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
* * *
605 TAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTGTATT
65 TAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTATT
* * *
670 ACCAATAAATG-CTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACT
129 CCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAA-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T
* * *
734 -AAAAATATAGAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTACA-AAACAATTTAAAGCGAGTA
191 GAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAGAAAC-ATTTAAAGCGAGTA
* *
797 ATAAAGTTTTTGAAGAAACGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGC-CAATAAATGCTTTTTTCT
255 ATAAAGCTTTTGAAGAAACAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTT-CTCAATAAATGCTTTTTTC-
* * * * * **
861 TTATGTTTCTCGAGGTAAAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATCT-AAAAATATTCAA
318 TGACGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATCTGAAAAA-ATTCAA
* * * *
925 CTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-CAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATGA
382 CTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAC-ATAATAAGGCCTTTGAAGGAATAA
* * * * *
989 GTGACTACAAATGGACTTTTTTTGCCAATTAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAACAT
446 GAGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACAT
*
1054 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
** * * * * *
1119 AAAGCAATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTC
66 AAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTATTC
* * * * *
1184 CCAATGAATGCCTTTTGCTACATGTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTTATGAA
130 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT-AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAA
* *
1249 AAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAA
194 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAGAA
1294 TCATNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 92, Indels: 37
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 71 0.11
512 204 0.32
513 355 0.55
514 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
AAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTATTCC
CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAGAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAG
CTTTTGAAGAAACAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTCTCAATAAATGCTTTTTTCTGACGTTT
CCCGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATCTGAAAAAATTCAACTTAAAATA
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCACATAATAAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGACTACAA
ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACAT
Done.