Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397418.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_453.1, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1202 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1012 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 419--1958 Score: 1119
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409 ATCCCCAACA
* * ** * *
419 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * ** ** ** * * * *
484 GTTAAATTTTGTAACCTTTTTGGTTAAAACAGAAAATAATTCAAT-TCCTACATCGGGAAAGGTG
66 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGT-CTACCTTGGGAAACGTG
**** *
548 AAGAAAATGGTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
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** ** * * * * * * *
590 ACTTAAGCCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTGA
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * * *
655 GTTGAATGTTTTTT-TATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTA-CTAAGGGAAACGA
66 GTTGAAT-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGT
* * * ** * *
718 GAAGCAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTCCATCTATAGTC
128 GAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * *
761 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAACATGGTTTTATTATAATCTTATAATTAATT
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGG--TT-TTATAATCTCATAATTAATT
* **
825 TTAAGTTGACA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATATTGAATGTCTACCTTTAGAAAC
62 TTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * * * *
889 ATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTACATTTATAGTT
126 GTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
934 GCCCATTCGTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATC-CAATAATTAATTTTA
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTAATTTTA
** * * * *
998 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAGCATG
65 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATA-TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG
* * *
1063 AAG-AAAAACCATTTACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
129 AAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * ** *
1104 ACCCAGTCCATT-AAAAACCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCATTCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * ** * * * * * *
1168 AGTTAAAGTTTTTTACGTTTTTCATTGAAATATATTATAATTAAATATCTACCTAGGGAAACGTG
65 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG
** * * * * *
1233 AA-ACAAAAGGCATCCATTGATACGAAAAGTCAATTTATAGTT
129 AAGA-AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * * * * ** *
1275 ACTCAAGCATTTGAAAG-CTGTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATCGATTTTG
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* ** * * * * * * *
1339 AGTTGAAGTTTTTTGCATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTAGGAAAACTTG
65 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG
* * ** * *
1404 AAGCAAAAGCCA-TCAATTCCTATGAAAAGTCCATCTATAGTC
129 AAGAAAAAACCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
1446 ACTCAATCCATCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * ** * *
1511 GTTCAATTTTTTTATCTTTTT-AGTTCAAACAGATTATATTGAATGTCTAAATTGGGAAATGTAA
66 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGATTATATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGA
* * *
1575 AGACAAAACCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
130 AGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** ** **********
1616 ATCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAA
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * *
1681 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATATTTGATTGTTTACCTTGGGAAATGTGA
66 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATA-TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGA
*** * * *
1746 AGAAAAAGTAATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
130 AGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
1787 ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAA-TAGATTTTA
1 ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTA
* * * * * * * * * *
1851 AGCTGATTTTTTTTGTA-TTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATCTCTACATAGGGAAACATG
65 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * *
1915 AAGCAAAAGCCATCCCTTGGCATGAGAAGTTCATTTATAGTC
129 AAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1957 AC
1 AC
1959 TCAAACCTNN
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 265, Indels: 61
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 395 0.37
171 537 0.50
172 6 0.01
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174 52 0.05
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA
GAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
Found at i:1952 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 419--1962 Score: 1073
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 339
409 ATCCCCAACA
* * * ** *
419 ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA
1 ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
**** ** * * ** * * *
484 GTTAAATTTTGTAACCTTTTTGGTTAAAACAGAAAATAATTCAAT-TCCTACATCGGGAAAGGTG
66 GTT-AATTTT-TTTTGTTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATAT-CTACATAGGGAAACGTG
** * ** * * * * *
548 AAG-AAAATGGTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGTCT-C
128 AAGCAAAA-GCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAG-CTGT
* * * * *
611 ATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTT-TATTTT
191 ATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTT
* * * ** * ** * * *
675 TCATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTA-CTAAGGGAAACGAGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG
255 TCATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCT-TGGGAAA-TTGAAGAAAAAGCCATTCACTAG
* *
738 ACACGAAAAGTCCATCTATAGTC
318 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * * *
761 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAACATGGTTTTATTATAATCTTATAATTAATT
1 ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAA-ATGG--TT-TTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * ***
825 TTAAGTTGACATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTTTAGAAAC
62 TTAAGTT-A-ATTTTTTTTGTTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATAGGGAAAC
* * ** * * * * ** * ** *
889 ATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTACATTTATAGTTGCCCATTCGTTCGAAAGCCT
125 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAG-CT
** **
954 -TATTACTCATTTTAAATAG-TTTTATAATC-CAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
189 GTATTACTCGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTC-ATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
** * *
1016 TTTTGGTTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAGCA-TGAAGAAAAA-CCATTTAC
252 TTTTCATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAA--ATTGAAGAAAAAGCCATTCAC
* * *
1079 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
315 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
1104 ACCCAGTCCATT-AAAAACCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCA-TCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * *
1168 AGTTAAAGTTTTTTACGTTTTTCATTGAAATATATTATAATTAAATATCTACCTAGGGAAACGTG
65 AGTT-AA-TTTTTTTTGTTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATAGGGAAACGTG
* * * * *
1233 AAACAAAAGGCATCCATTGATACGAAAAG-TCAATTTATAGTTACTCAAGCATTTGAAAGCTGTA
128 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCTGTA
* * * * ** *
1297 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATCGATTTTGAGTTGAAGTTTTTTGCATTTTTT
192 TTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTC
* * * * * * * * * **
1362 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTAGGAAAACTTGAAGCAAAAGCCA-TCAATTCCTA
257 ATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAA-TTGAAGAAAAAGCCATTCACTAGC-A
* *
1426 TGAAAAGTCCATCTATAGTC
320 AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
1446 ACTCAAT-CCATCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 AC-CCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
1510 AGTTCAATTTTTTTATCTTTTT-AGTTCAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTAAATTGGGAAATGT
65 AGTT-AATTTTTTT-TGTTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATAGGGAAACGT
* ** * ** *
1573 AAAGACAAAA-CCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCGAAAGCCT
127 GAAG-CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT-CAAGCATTCGAAAG-CT
* **********
1636 -TATTACTCGTTTTAAAA-AGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTATATT
189 GTATTACTCGCTTTAAAAGA-TTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* **
1699 TTTCATTAAAACAGATTATATTTGATTGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGTAATTCACTA
253 TTTCATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAAT-TGAAGAAAAAGCCATTCACTA
1764 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
317 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
1787 ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATAGATTTTAA
1 ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
1852 GCTGATTTTTTTTGTATTTTCATTAAAATATACTATAATTGAATCTCTACATAGGGAAACATGAA
66 GTTAATTTTTTTTGT-TTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATAGGGAAACGTGAA
* ** * *
1917 GCAAAAGCCATCCCTTGGCATGAGAAGTTCATTTATAGTCACTCAA
130 GCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA
1963 ACCTNNNNNN
Statistics
Matches: 932, Mismatches: 227, Indels: 87
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 87 0.09
341 444 0.48
342 132 0.14
343 53 0.06
344 154 0.17
345 52 0.06
346 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTAATTTTTTTTGTTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATAGGGAAACGTGAAG
CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCTGTATTAC
TCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTA
AAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATTGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTC
Found at i:2831 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2475--6179 Score: 2439
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2465 ATTCCCTAGT
* * ** * *
2475 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCT-TGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * *
2539 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGCT-TTTTTCATGAAACTATATTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * *
2603 ATG-CTCACCTAGGAAAATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGC
131 ATGTCT-ACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * * * * * *
2645 ATGAAAAATTCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGTCTTATTACTCAG-TTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2709 ATAACCTTACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAT-ACTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * *
2773 ATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAACTATTTATTGGT
131 ATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* **
2815 AAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
2878 TATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
* * * * *
2943 AATGTCT-TCTTTAGAAAATGTGAAGCAAAAG-TCA-TCTATTGCC
130 AATGTCTACCTTGA-AAAATATGAAGAAAAAGCT-ATTC-ATTGGC
* * * * * * ** * *
2986 AAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCCAGCTTTTGATAGCCTTATTACT-TGCCCTAAACGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * **
3050 ATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTGTCACA-TTTTTAGTTAAAACAGAAAATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTG
* * * * * * * * *
3114 AAAGCCTACCTAGGAAAACATAAAGAAAAAGGTATTCCTTGAC
130 AATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* *
3157 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCATTCGAAAGCC-TATTACTC-GTTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
3219 TATAATCTCATAATTGATATTGAGTTAAATTTTTTTGTATTTTTTATTACAGTATATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
* * ** * * * * * *
3284 AATGTCTGCCTAGGGATATGTGAAGCAACAGCCATCCATTGGC
130 AATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * *
3327 ATGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAGCCCTCGAAAGTCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
** * * * *
3391 AT-ATCTCACCATTGCTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAATTAT-ATTCA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
** ** ** *
3454 ATGTCTACCTTGGGAAACGTGCGGTAAAAA--TGATTCATTGGT
131 ATGTCTACCTTGAAAAATATGAAG-AAAAAGCT-ATTCATTGGC
* ** * ** * * *
3496 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTTA-TTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * *
3560 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAAGAGATTATATTTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* ** * *
3624 ATGTTTACCTTGGGAAATATGTAA-AAAAAACTATTCATTGAC
131 ATGTCTACCTTGAAAAATATG-AAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * ** * * *
3666 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCCCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACT-TGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
3730 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTGCATTCTTCATT-AAATATACTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * *
3794 ATATCTGCCTAGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
131 ATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* ** * * *
3836 ACGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTCGAAAGTCTTACTACTC--CATTTAAATTGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGC-TTTAAATGGTTT
* * *
3899 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAAT
* * * *
3962 TGAATGTCCACC-TGAACAAACT-TGAAGGAAAAG-TAACTCCTTGGC
128 TGAATGTCTACCTTGAA-AAA-TATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGC
*
4007 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTC-G-TTCTAAATGGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCAGCTT-TAAATGGTT
* * * * * * * *
4069 TTATAATCCCATAATTAATTTTGAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATTAGAAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
* * * * *
4134 TGAACGTCTACCTCT-AGAACAT-TGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGC
128 TGAATGTCTACCT-TGA-AAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * * * *
4179 AAGAAAAGTACATTTATAGTTA-TCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACT-TGCTTTGAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTT
* ********** * * * * * *
4242 TATAATGTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
* * * * * **
4307 AATATCTATC-TCATTAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGAT
130 AATGTCTACCTTGA-AAAATATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGC
* ** * * * * * **
4350 AAGAAAGGTTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGTTTTAAATGATTNN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
******** * * * *
4414 NNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTCT-TACTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTG
* * * * * ****
4477 AATGTCTA-CTTCAAGAAATGTAAAGCAAAAGCCA-TCGACCAAC
130 AATGTCTACCTTGAA-AAATATGAAGAAAAAGCTATTC-ATTGGC
* * * * * * *
4520 AAGAGAAGTTCATTTATATTCATTCCAGCCTTCAAAAGCCCTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * ***
4584 ATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTAAAAATGGCTTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * **
4649 TTGTTTACCTCTG--AAACATGAAGAGAAAGCCATTTATTGAT
131 ATGTCTACCT-TGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * * * * *
4690 AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTTG-AAGCCTTATTATTC-GATTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* * *
4753 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAAT
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA---TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
* * * * * * * * *
4818 TGAATGTCT-GCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCTGTCCATTAGT
128 TGAATGTCTACCTTGA-AAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
** * * **
4863 AAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCA-CTTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
** * *
4927 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
* * * * *
4991 AATGTCGGTA--GTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTGGT
130 AATGTC--TACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * *
5034 AAGAAAAGTCCATTTATA-TCCAC-CAAAGCCTTCTAAAGCCTTATTAGT-TGCTTTAAATGGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTT
* * *
5096 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
* * * * * *
5161 GAATGTCTA-CTTCAGAAAACATGAAGTAAAGGCCA-TCTATTGAC
129 GAATGTCTACCTTGA-AAAATATGAAGAAAAAGCTATTC-ATTGGC
* * * *
5205 AAGAAAAGTCCACTTGTAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-G-TTTGAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTT-AAATGGTTT
* * * * * * * *
5268 TATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTATTATATTTTTCATTAAAATAAATTATATTTC
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
* * ** * *
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130 AATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGA-AAAAGCTATTCATTGGC
* * * *
5376 AAGAAAAATACATTTATAG----TC-A-CC--C---A---TTATTA--CATGCTTTAAGTAGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-GCTTTAAATGGTTT
* ** * * * * *
5425 TATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGA-TAAAACA-ACTTATAAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAATATA-TTATAAT
* * * * * ** *
5488 TGAATATTTACCTTCAAGAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCAGT
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* * * * *
5533 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTTCT-TGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
5597 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTT-T-TTTTTTATTAAAATAAATTGTAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * **
5656 ATGTCTGCC-TCAAGAAACATAAATAAAAAGCTATTCATTGAT
131 ATGTCTACCTTGAA-AAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * * ** * *
5698 ATA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-TCTTCAAAAGTGTTATTACTC-GTTTTAAATAGTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTT
* ** * * *
5760 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGGATTTTTTT-TGTATTTTT-TTAAAATATACTGTAAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAATATATTATAAT
* * * * *
5823 TGAATGTCTACCTAGGAAAATGTGAAGCAAAAG-TCATCCATTGGC
128 TGAATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGC
* *
5868 ACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTGAAATGGTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
5931 TATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATATTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTA-AAAT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATT
* * ** ** * * *
5994 GAATGTTTATCTTGGGAAACGTGAATAAAAAACTATTCATTGGT
129 GAATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * ** * ** * **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * * *
6101 TTGTAATCTCATAATTTAATTTAAGTTGAATTGTTTTATTTTTTTTGTTAAAACATATTATATTT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
*
6166 GAATGTTTACCTTG
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Statistics
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ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
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Found at i:3077 original size:341 final size:342
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * ** *
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195 TCCAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * **
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260 TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAG
*
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325 -AAAAAGCT-ATTCATTGGC
* * * ** * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGC-TTTAAATGGTTT
* * * * * *
3899 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTG
** * * * * * * *
3964 AATGTCCACCTGA-ACAAACT-TGAAGGAAAAG-TAACTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
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* * * * * *
4026 TCACTCAAGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATT
191 TCACTCCAGCTTTCGA-AAGCCTTATTACTTGCTT-TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
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254 TTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAA
* * *
4152 ACATTGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGC
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* * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
* ********** * * * * *
4243 ATAATGTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTGA
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* * * ** * **
4308 ATATCTATCTCATTA-AACA--TGAAGAAAAAGTCAT-TCATTGATAAGAAAGGTTTATTTATAG
130 ATGTCT-TCT--TTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * **********
4369 TCACT-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATAATTGATTT
191 TCACTCCA-GCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
4433 TAAGTTGAA-TTGTCT-TACTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAA-
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* * ****
4494 ATGTAAAGCAAAAGCCA-TCGACCAAC
319 ATG--AAGAAAAAGCTATTC-ATTGGC
* * * * * *
4520 AAGAGAAGTTCATTTATATTCATTCC-A-GCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA--CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
** * * * * *
4583 TATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTAAAAATGGCTTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** *
4648 ATTGT-TTACCTCT-GAAACA--TGAAGAGAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAT
129 AATGTCTT--CTTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
4709 TCAC-CCATGCCTTT-G-AAGCCTTATTA-TTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
191 TCACTCCA-G-CTTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
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253 TTTAAGTTGAA---TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-
* ** * * * * *
4834 GAAATGTGAAGCAAAAGCTGTCCATTAGT
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** * * * **
4863 AAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCA-CTTTAAATAATTTT
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* * *
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65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * *
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130 ATGTC-TTCTTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-
* * * * * *
5054 CAC-CAAAGCCTTCTAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT
192 CACTC-CAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
5118 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGAAAACA
256 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACA
* * * *
5182 TGAAGTAAAGGCCA-TCTATTGAC
320 TGAAGAAAAAGCTATTC-ATTGGC
* * * * * *
5205 AAGAAAAGTCCACTTGTAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTT-AAATGGTTTT
* * * * * * *
5269 ATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTATTATATTTTTCATTAAAATAAATTATATTTCA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *
5334 ATATCTACTTTGGGAAATGTGAAGAGAAAA-CCAT-TCATTGGCAAGAAAAATACATTTATAGTC
130 ATGTCTTCTTTAGAAAATGTGAAGA-AAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **
5397 A---C--C---C---A---TTATTACATGCTTTAAGT-AGTTTTATAAACTCATAATCAATTTTA
193 ACTCCAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
5447 AGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGA-TAAAACA-ACTTATAATTGAATATTTACCTTCAAGAACA
257 AGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAATATA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACA
** *
5510 TGAAGAAAAAGCTATTCATCAGT
320 TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
* * * * *
5533 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
5598 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTT-T-TTTTT-ATTAAAATAAATTGTAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** * * * ** *
5657 TGTCTGCCTCAAGAAACA--TAAATAAAAAGCTAT-TCATTGATATA-AAAAGTCTATTTATAGT
131 TGTCT-TCTTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
** * ** * *
5718 CAC-CCATATCTTCAAAAGTGTTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
192 CACTCCAGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
5781 TGAGTTGGATTTTTTT-TGTATTTTT-TTAAAATATACTGTAATTGAATGTCTACCTAGGAAAAT
255 TAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC
* * *
5844 GTGAAGCAAAAG-TCATCCATTGGC
319 ATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGC
* *
5868 ACA-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CTGAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTGAAATGGTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTT
* * * *
5930 TTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTA-AAAT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * * * * *
5994 GAATGT-TTATCTTGGGAAACGTGAATAAAAAACTAT-TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTGATAG
128 GAATGTCTTCT-TTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *** * * * *
6057 TCAC-CTATTCTTTCGAAAAGTGTTATTACTCATTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTTAAT
191 TCACTCCA-GCTTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
6121 TTAAGTTGAATTGTTTTATTTTTTTTGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTTG
254 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTG
6180 GGCAACGTGA
Statistics
Matches: 2635, Mismatches: 587, Indels: 284
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
321 4 0.00
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Consensus pattern (342 bp):
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CCAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGA
AAAAGCTATTCATTGGC
Found at i:4792 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 2475--6177 Score: 2213
Period size: 513 Copynumber: 7.3 Consensus size: 506
2465 ATTCCCTAGT
* * * * * * *
2475 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATATTCATCCA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** ** * * *
2540 TAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGCT-TTTTTCATGAAACTATATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** * * * * * *
2604 TG-CTCACCTAGGAAA-ATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAATTCATTTATAGTCA
130 TGTCT-ACCTCTGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * ** * * * * *
2667 CTTAAGTCTTCAAAAGTCTTATTACTCAG-TTTAAAT-AGTTTTATAACCTTACAATTGATTTTA
192 CCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
2730 AGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAT-ACTGAATGTCTACCTTGAAAAATAT
255 AGTTGAACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTAG-AAAACAT
* * * * * * ** *
2793 GAAGAAAAAACTATTTATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGCCTT
319 GAAGCAAAAGC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGTCTT
* * * * * *
2857 ATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTT
382 ATTACTCA-ATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTA-CTTT
* * * * * * *
2920 TTTGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTTCTTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGTC-ATCTATTG
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*
2984 CC
505 GC
* ** * ** * * ** * *
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1 AAGAAAAGTTCATTTATATTCA-TCCAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * **
3051 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTGTCACATTTTTAGTTAAAACAGAAAATAATTGAA
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* * ** * ** *
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130 TGTCTACCTCTG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * *
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194 CAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * * * * * * **
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* * ** * * * *
3308 GCAACAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAGCCCTCGAAAGTCTTATTA
322 GCAAAAG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTA
* * ** * * *
3373 CTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCACCATTGCTTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTGT
386 CTCAATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTA-CTTTTTAGT
* * ** * ** * * *
3436 TAAAATAAATTAT-ATTCAATGTCTACCTTGGGAAACGTGCGGTAAAAATG-ATTCATTGGT
449 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAA-TTGAAG-AAAAA-GCAATCACTGGC
* * * * ** *** *
3496 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTTATTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATATTCATCCA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
3561 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAAGAGATTATATTTGAA
65 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
3625 TGTTTACCT-TGGGAAATATGTAA-AAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCC
130 TGTCTACCTCT--GAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * * *
3688 CCCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
192 CCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
3753 TTGAAC-TTTTTTGCATTCTTCATT-AAATATACTATAATTGAATATCTGCCTAGGAAAACATGA
257 TTGAACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTA-GAAAACATGA
* ** * * ** *
3816 AGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTCGAAAGTCTTACT
321 AGCAAAAG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATT
* *
3881 ACTCCATTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTAG
385 ACTCAATTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAC-TTTTTAG
* * * * *
3945 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCCACCTGAACAAACTTGAAGGAAAAGTAACTC-CTTGGC
448 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAA-TTGAAGAAAAAGCAA-TCAC-TGGC
* * *
4007 AAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTTC-ATTTATATTCA-TCCAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTT
* * ** * * *
4070 TATAATCCCATAATTAATTTTGAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATTAGAATT
63 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATT
* * *
4135 GAACGTCTACCTCT-AGAACATTGAAGAAAAAGCCATTCGTT-AGCAAGAAAAGTACATTTATAG
127 GAATGTCTACCTCTGA-AACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** * * * *
4198 TTATCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTT
189 TCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
********** * * * **
4263 -NNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTGAATATCTATCTCATTAAACA
254 AAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCT-AGAAAACA
* * * * * *
4327 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAGGTTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT
318 TGAAGCAAAAG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTT
*** ********** *
4392 ATTACTTGTTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTG-AATTGTCTTACTTTTT
382 ATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACTTTTT
* * * * ***
4456 AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTAAAGCAAAAGCCATCGACCAAC
446 AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAAT-TGAAGAAAAAGCAATC-ACTGGC
* *
4520 AAGAGAAGTTCATTTATATTCATTCCAGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATATTCA-TCCAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
4585 TAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTAAAAATGGCTTATAATTGAT
65 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * *
4650 TGTTTACCTCTGAAACATGAAGAGAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCC
130 TGTCTACCTCTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
4715 ATGCCTTTG-AAGCCTTATTA-TTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
195 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * **
4778 AAACTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAATGTG
259 GAAC--TTTTTTTACATTTTTCATTAAAATA-GACTATAATTGAATATCTAC-CTAGAAAACATG
* *
4842 AAGCAAAAGC-TGTCCATT-AGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTCTT
320 AAGCAAAAGCAT-T-CATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTT
* * *
4905 ATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTT
382 ATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTA-CTTTTT
* * * * * * * * * *
4970 GGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCGGTA-GTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTGGT
446 AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC--TACCTAAGAAA-TTGAAGAAAAAGC-AATCACTGGC
* * * * *
5034 AAGAAAAGTCCATTTATATCCA-CCAAAGCCTTCTAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTTCATTTATATTCATCC--AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
5098 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * *
5162 AATGTCTACTTCAGAAAACATGAAGTAAAGGCCA-TCTATTGACAAGAAAAGTCCACTTGTAGTC
128 AATGTCTACCTCTG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * *
5226 ACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
191 ACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * * **
5290 GGTTGAA-TTTTATTATATTTTTCATTAAAATAAATTATATTTCAATATCTACTTTGGGAAATGT
255 AGTTGAACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTAC-CTAGAAAACAT
* * ** *
5354 GAAGAGAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATAC-ATTTATAG----TC-A-CC--C---A---TT
319 GAAG-CAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTT
* * **
5404 ATTACATGC--TTTAAGT-AGTTTTATAAACTCATAATCAATTTTAAGTTG-AATTCTTTTACAT
382 ATTAC-T-CAATTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTAC-T
* * * * * *
5465 TTTTGGATAAAACA-ACTTATAATTGAATATTTACCTTCAAGAACA-TGAAGAAAAAGCTATTCA
442 TTTTAGTTAAAATATA-TTATAATTGAATGTCTACC-T-AAGAA-ATTGAAGAAAAAGC-AATCA
* *
5528 -TCAGT
502 CT-GGC
* * * * * *
5533 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTTCATTTATATTCATCCA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5598 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTT-T-TTTTTTATTAAAATAAATTGTAATTGAA
65 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
5657 TGTCTGCCTCAAGAAACATAAATAAAAAGCTATTCATTGATATA-AAAAGTCTATTTATAGTCAC
130 TGTCTACCTC-TGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** ** * * *
5721 CCATA-TCTTCAAAAGTGTTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA
193 CCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * * **
5784 GTTGGATTTTTTTTGTATTTTT--TTAAAATATACTGTAATTGAATGTCTACCTAGGAAAATGTG
256 GTTGAACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTA-GAAAACATG
* ** * * *
5847 AAGCAAAAGTCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGAAAGCCTTA
320 AAGCAAAAG-CATTCATTGATA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTA
* * * *
5911 TTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATATTTTTATA-TTTTT
383 TTACTCAATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTT-TACTTTTT
* * * * ** * * * * * *
5975 AGTTAAAATAGATTA-AAATGAATGTTTATCTTGGGAAACGTGAATAAAAAACTATTCATTGGT
446 AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CCTAAGAAA-TTGAAGAAAAAGC-AATCACTGGC
* * * * ** ** **
6038 AAGAAAAG-TCTATTGATAGTCA-CCTATTCTTTCGAAAAGTGTTATTACTCATTTTAAATAATT
1 AAGAAAAGTTC-ATTTATATTCATCC-A-GCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
6101 TTGTAATCTCATAATTTAA-TTTAAGTTGAATTGTTTTATTTTTTTTGTTAAAACATATTATATT
62 TTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAAT
*
6165 TGAATGTTTACCT
126 TGAATGTCTACCT
6178 TGGGCAACGT
Statistics
Matches: 2516, Mismatches: 531, Indels: 289
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Matches are distributed among these distances:
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AAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCAA
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACTTTTTAGTTAAAATA
TATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAATTGAAGAAAAAGCAATCACTGGC
Found at i:7046 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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6632 CATTGGCACG
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * * *
6983 AAAGTGCATTTATAATCACCTATTCTTTTGAATGCCTTACTACCTGCTTTAAGTGTTTTTATAAA
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* * * * * *
7048 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTTGGATAAAACAGCTTATAATTGAATGTT
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* *
7113 TGCCTCTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
128 TGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* *
7154 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
7219 CTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * **
7284 G-CATCGAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATCGGCAAGA
129 GCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * * * *
7324 AAAGTCAATTTATATTCACCCATTTCTTTGGAAGCCTTATTACCTTCTTTAAATGGTTTTAAAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
7389 CTTATAATTGTTTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTCATAATTGAATG-
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATGT
* * * * * *
7452 CTTGCCTCT-GGAAACAT-AAAAAAAAACCATTTATTGACAAAA
127 C-TGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * *
7494 AAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-CTCCTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTGCT--TTAAATGGTTTTATAA
* *
7558 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGT
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* * * * * *
7623 TTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCATCGATATGA
127 CTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * *
7665 AAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
7730 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATG-
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATGT
* * * *
7793 CTTGCCTCCA--AAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGAGCAAGA
127 C-TGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGA
* ** *
7836 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGT-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCCTAAATGATTTTATAA
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
7900 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATATG-TTATAATGGAATG
63 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATG
* * * * * * ***
7964 CCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATTT
126 TCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * ** * * *
8007 AAAGTCTGTTTATAGTGACTCAAGCCTTCGAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
8072 CTCATAATTGATTTAAAATTAAATTTTTTCATAGTTTTGGTTACAAGAGATTATAATTGAATGTC
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* *
8137 TG-C-TACGAGAAACATGAAG--AGAGCCATTCATT-AGTAAGA
128 TGCCTTA-G-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGA
** * * * *
8176 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTGATAAT
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
8241 CTTATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTATATTTTTTTA-TTAAAATATG-TTATAA-GGAAT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA--TTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAAT
* ** * *
8302 GTCTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAA-A
125 GTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * * *
8345 AACAGTCTGTTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AA-AGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
8410 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-T-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
63 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * ** * *
8473 CTGTCATAAGAAACGTGAA-AAAAAATCATTCATTGGTAAAA
127 CTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* ** *
8514 AAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCT-CTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATT-A-CTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
8578 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTAAATG
63 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
8642 TTTG-CTTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGA
126 TCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* ** * * * *
8685 AAAGTCCATTTGTAGTCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTTTTACT-CATTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * *
8749 TCTCGTAATTGATATTT-AGTTGAATTGTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACGGATTATATTTGAAC
63 TCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTA-GTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * ** *
8812 ATCTACCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAACCATTCATTGGCATGA
125 GTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* ** * * * ** *
8856 AAAGTACATTTATATTTGCCCATTCCTTTGAAATCCTTATTACCTACTTTAGGTGGTTTTATAAA
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
8921 CTCATAATCGATTTTAAGTAGAATTCATTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
8986 TGCCTCTA-AAAATGTGAGGAAGAAGCCATTCA-TCATGAGA
128 TGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * * *
9026 AAGGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
9091 CTTAGAAATGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTGTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGT
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* * * *
9155 CTG-CTTCGAGAAACGT-ACCG--CAA--C---CATTGGTAAGA
127 CTGCCTTAG-GAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * ** * * * *
9190 AAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
9255 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAATATATTATAATTGAATGT
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** * * * * **
9319 -TTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGA
127 CTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * *
9361 AAAGTCCATTTGTAGTCACTCGA-GCCTTTCG-AAGCCTTATTACT-CATTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAGT-CATTTATAGTCAC-CCATTCC-TTCGAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
9423 AATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAGTTTTAGTTAAACTAGATTATATTTGAAT
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* * * **
9488 GTCTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGA
125 GTCTGCCTTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * *
9532 AAAGTGTATTTATAGTCACCCGTTCCTT-TAAAGTCCTTATTACCTGCTTTAAGTGGTTTTATAA
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAG-CCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *** * * * *
9596 ACTCATAACCCATTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATAT
63 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * ** ** * *
9661 TTGCCTCTA-AAAATATGAAGAAAAAGGTATTCA-TCATAAGG
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* * * * ** * *
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1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATA-A
* * * * *
9766 TCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTCTTTGTACTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATG
63 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * *
9830 TTTGCATT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGA
126 TCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* *
9873 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTCTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTATATGGTTTTATAA
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCT-TCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *** * *
9937 T-TCCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAACCCTAAGCCCAAAACCCT
63 TCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAA--AT-AGATTATAA--TT
* * * * * * * * * * *
10001 AAACTCTTTACCTAAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACACA-A
121 GAA-TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA-AGA
* ** * * ** * *
10050 AAATTTTTTTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
1 AAA-GTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
10115 ATCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTCTTAAATTTTTTGTTCAAATAGATTATAATTAAATATC
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * ** * * * * **
10180 TACCTTAAGAACCAAGAAGAAAACGCTAATAATTG-GCAGAA
128 TGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-A
** * * * **
10221 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTTGCCTTAAATATTTTTATAAT
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
10286 GTCATAATTGATTTTAGGTTGGAATGTTTTACATATTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGCC
64 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
10351 TGTCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-GACTCATT-AGTAAGA
128 TGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGA
* * * * *
10391 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
10456 CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTT-GTTTAAAATAAATTATAATTAAATGA
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
10520 CT-ACTTCAAGAAACGCGAAGCAAAAA-CCATCCATT-AGGAAGA
127 CTGCCTT-AGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGA-TAAGA
* * * * * **
10562 CAAGTCGTTTTATAGTCACACATGCCTTCCAAAGAATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
10627 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT-GTATTACAATTGAATGT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGT
** * * * ** *
10691 CT-TTTTGGAGAAACGTGAAGCCAAAA-CCATCCATCAAGAAGA
127 CTGCCTTAG-GAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGATAAGA
* * ** * * *
10733 AAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * **
10798 CTCATAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTCACATTTTT-GTTTAAAACGGATTATAATTGAATGT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
10862 TTGCTTTGGGAAACATGAGGAGAAAGTCACTCATTG-TCAAGA
127 CTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT-AAGA
* * * *
10904 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGGCCTT-GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAGT-CATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * *
10968 TCTGC-TAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTT-GATTAAAACAAATTATAATTAAAT
63 TCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
** * * ** * *
11031 GTCT-AATTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGC
125 GTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
*
11075 AAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
1 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTT
11124 CTGAAAACAT
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
AAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC
CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
Found at i:7271 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6642--11123 Score: 3285
Period size: 341 Copynumber: 13.1 Consensus size: 340
6632 CATTGGCACG
* ** * * * *
6642 AAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
6706 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATAT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGT-ATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * ** * * ** * * *
6769 TTTACCTTGGGAAACGTGAACAAAAAATCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTA
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* * *
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* * **
6897 AAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGA
256 GAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
*
6962 AAAAACCATTCATTGACAAGA
320 AAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * * *
6983 AAAGTGC-ATTTATAATCACCTATTCTTTTGAATGCCTTACTACCTGCTTTAAGTGTTTTTATAA
1 AAAGT-CTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
7047 ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTTGGATAAAACAGCTTATAATTGAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
*
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* * *
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193 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** * * * *
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258 ATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAA
* *
7305 AAGCCATTCATCGGCAAGA
322 AAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * * * *
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1 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
7389 CTTATAATTGTTTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTCATAATTGAATG-
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
7452 CTTGCCTCT-GGAAACAT-AAAAAAAAACCATTTATTGACAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCT
129 C-TGCCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
7515 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
192 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
7579 GAATTTCTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
256 GAATTT-TTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * *
7644 AAATGCCATTCATCGATATGA
320 AAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * *
7665 AAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
7730 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATG-
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGT
** * *
7793 CTTGCCTCCA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
129 C-TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * * ** *
7857 ATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
192 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
7922 AATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATATG-TTATAATGGAATGCCTGCTTTAGGAAACATGAAGC
257 AA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* ***
7986 AAAAGCCATCCATTGACATTT
320 AAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * ** * * *
8007 AAAGTCTGTTTATAGTGA-CTCAAGCCTTCGAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
8071 TCTCATAATTGATTTAAAATTAAATT-TTTTCATAGTTTTGGTTACAAGAGATTATAATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
8135 TCTG-C-TACGAGAAACATGAAG--AGAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
128 TCTGCCTTA--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
8195 CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTTATAATTGATTTT-AG
190 CCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** *
8258 TTAAATTGTTTTATATTTTTTTA-TTAAAATATG-TTATAA-GGAATGTCTACCTCGGGAAACGT
254 TTGAATT-TTTTATA--TTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * *
8320 GAAGCAAAAGCCATCCATTGATAA-A
315 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * *
8345 AACAGTCTGTTTATAGTCA-CTCAATCCTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AA-AGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
8409 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-T-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATG
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * ** * * * *
8472 TCTGTCATAAGAAACGTGAA-AAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTA
128 TCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
8536 -AGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT
193 TA-CCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * *
8599 GAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTAAATGT-TTGCTTTGAAAAACATGAA
256 GAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAA
* * *
8662 GCAAAAGCCATCCATTGATAAGA
318 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * * *
8685 AAAGTCCATTTGTAGTCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTTTTACT-CATTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * **
8749 TCTCGTAATTGATATTT-AGTTGAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACGGATTATATTTGAACA
64 TCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** ** * * ** * * * **
8813 TCTACCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAACCATTCATTGGCATGAAAAGTACATTTATATTTGCCCA
128 TCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * ** * * *
8878 TTCCTTTGAAATCCTTATTACCTACTTTAGGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTAGA
193 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** *
8943 ATTCATTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCTA-AAAATGTGAGGAA
258 ATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAA
* * **
9007 GAAGCCATTCA-TCATGAGA
321 AAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * *
9026 AAGGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
9091 CTTAGAAATGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTACATTTGTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATG
65 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATG
* * * * * ** *
9154 TCTG-CTTCGAGAAACGT-ACCG--CAA--C---CATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACT
128 TCTGCCTT-AAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
9210 CA-AGCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
191 CATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
9274 TGAATTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAGGAAACATGA
255 TGAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGA
* * * *
9337 AGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGA
317 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * *
9361 AAAGTCCATTTGTAGTCACTCGA-GCCTTTCG-AAGCCTTATTACT-CATTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCC-TTCGAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
9423 AATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAGTTTTAGTT-AAACTAGATTATATTTGAA
62 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAA
* * * ** **
9487 TGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCAC
126 TGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * ***
9551 CCGTTCCTT-TAAAGTCCTTATTACCTGCTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAACCCATTTTAAG
190 CCATACCTTCGAAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
9615 TTGAATGCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATATTTGCCTCTA-AAAATATGA
254 TTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGA
** * * *
9679 AGAAAAAGGTATTCA-TCATAAGG
317 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * ** * *
9702 AAAGTCAATCTATAGTCAGCC-ATGCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-AT
1 AAAGTCTATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATA-
* * * *
9765 ATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTCTTTGTA-CTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAA
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
9828 TGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
126 TGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
9893 CAT-TCTCTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTATATGGTTTTATAAT-TCCATAATCGATTTTAAG
191 CATACCT-TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAG
* * * *** * * * * * * *
9956 TTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAACCCTAAGCCCAAAACCCTAAACTCTTTACCTAAGAAAA
254 TTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAA--AT-AGATTATAA--TTGAA-TGTCTACCTTAGGAAA
* * *
10021 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACACA-A
312 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGA
* * * * ** * *
10050 AAATTTTTTTTATTGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
10114 TATCATAATTAATTTTAAGTTGAATGT-TCTTAAATTTTTTGTTCAAATAGATTATAATTAAATA
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * **
10178 TCTACCTTAAGAACCAAGAAGAAAACGCTAATAATTG-GCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
128 TCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * ** * *
10242 A-AGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTTGCCTTAAATATTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTT
192 ATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** *
10306 GGAATGTTTTACATATTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTGTCAT-GAGAAACATGAAG
256 -GAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAG
* * *
10370 AAAAAG-GACTCATT-AGTAAGA
319 AAAAAGCCATTCATTGA-CAAGA
* * * * * *
10391 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
10456 CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTAAAATAAATTATAATTAAATGAC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* ** * * * ** *
10521 T-ACTTCAAGAAACGCGAAGCAAAAA-CCATCCATT-AGGAAGACAAGTCGTTTTATAGTCACAC
130 TGCCTT-AAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** *
10583 ATGCCTTCCAAAGAATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
192 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** * *
10648 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT-GTATTACAATTGAATGTCT-TTTTGGAGAAACGTGAAG
257 AA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAG
* * ** *
10711 CCAAAA-CCATCCATCAAGAAGA
319 -AAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* ** * * *
10733 AAAGTCTATTTATATTCA-CTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
10797 TCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTCACATTTTTGTTTAAAACGGATTATAATTGAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * * * * *
10862 TTGCTTTGGGAAACATGAGGAGAAAGTCACTCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
129 CTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
10926 TGGCCTT-GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTGC-TAATTGATTTGAAGTT
193 T-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * *
10989 GAATTTCTTTGCATTTTT-GATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTA-ATTTGAGAAACATGAA
256 GAATTT-TTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAA
* * *
11052 GAAAAAGCCATTCATTGGCATGC
318 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* *
11075 AAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGCTT
11124 CTGAAAACAT
Statistics
Matches: 3309, Mismatches: 668, Indels: 327
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 4 0.00
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Consensus pattern (340 bp):
AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
GCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGACAAGA
Found at i:10680 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10637--10681 Score: 54
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10627 CTCATAATTG
* * *
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1 A
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Statistics
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
7093 ACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCTAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
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* * *
7154 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
7218 TCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
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** * * * * * * *
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192 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
7411 ATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAACTCATAATTGAATG-CTTGCCTCT-GGAAACAT-AAAA
256 ATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTC-T-ACT-TAAGAAACGTGAAGA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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444 AAAAT-GATTATAATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCAT-GAGAAGA
* * **
7665 AAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
7730 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGC
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* * * *
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* * * ** *
7858 TGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
191 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * * * * *
7923 ATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATATGTTATAATGGAATGCCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAA
256 ATTTTTTTATAT-TTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAAACGTGAAGAAA
* * ** * * * * *
7988 AAGCCATCCATT-GACATTTAAAGTC-TGTTTATAGTGACTCAAGCCTTCGAAGGCTTTATTACT
319 AAACCATTCATTGGA-A-GAAAAGTCGTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * * * * *
8051 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTAAATTTTTTCATAGTTTTGGTTAC
381 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA-
* * * *
8116 AAGA-GATTATAATTGAATGTCTGCTACGAGAAACATGAAG-AGAGCCATTCATTAGTAAGA
445 AA-ATGATTATAATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATGAG-AAGA
* * *
8176 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTGATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
8241 CTTATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTATATTTTTTTA-TTAAAATATG-TTATAA-GGAAT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA--TTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
8302 GTCTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-ATAAAAACAGTCTGTTTATAGTCACT
128 GTTTGCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGCA-AGAAA-AGTCTATTTATAGTCAC-
* * * *
8366 CAAT-CCTTCAAAAGCCATATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
188 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
8429 TTGAATTGTTTTT-T-TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCATAAGAAACGTGAA
252 TTGAATT-TTTTTATATTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACGTGAA
* * * *
8492 -AAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTC-TATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
315 GAAAAAACCATTCATTGG-AAGAAAAGTCGTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
8555 AATCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-G
378 ACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * * * * *
8618 ATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCTTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAA
442 -TTAAAAT-GATTATAATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCA-TGAGAA
8683 GA
503 GA
* ** * ** * ***
8685 AAAGTCCATTTGTAGTCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * *
8749 TCTCGTAATTGATATTT-AGTTGAATTGTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACGGATTATATTTGAAC
65 TCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * * ** * * * * **
8812 ATCTACCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAACCATTCATTGGCATGAAAAGTAC-ATTTATATTTGCC
128 GT-TTGCATGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACC
* * * ** * *
8876 CATTCCTTTGAAATCCTTATTAC-CTACTTTAGGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGT
189 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * ** * * * *
8940 AGAATTCATTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCTAA-AAATGTGAG
253 TGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-ACT-TAAGAAACGTGAA
* * * *
9004 GAAGAAGCCATTCATCAT-G-AGAAAGGTC-TATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTAT
315 GAAAAAACCATTCAT--TGGAAGAAAAGTCGTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * * * * *
9066 TACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTGTGG
377 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * * *
9131 TTAAAAT-ATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGT-ACCG-CAA-CCA-T--TG-GTAA
442 TTAAAATGA--TTATAATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATGA-AGAAAAGCCATTCATGAG-AA
9188 GA
503 GA
** * * * *
9190 AAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
9255 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAATATATTATAATTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
9319 TTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCGA
130 TTGCATGA-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCA
* * *
9384 -GCCTTTCG-AAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTG
191 TGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
9447 AATTGTTTTATAGTTTTAGTTAAACTAGATTATATTTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGA
255 AATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTAAG-AAACGTGAAGA
* * *
9511 AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT-GTATTTATAGTCACCCGTTCCTT-TAAAGTCCTTATTA
317 AAAAACCATTCATTGG-AAGAAAAGTCGTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTA
* * * *** ** *
9574 CCTGCTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAACCCATTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTAGTT
379 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
* * * * * * ** * * *
9639 AAAATAGCTTATAATTGAATATTTGCCTCTAAAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATCATAAGG
444 AAAAT-GATTATAATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATGAGAAGA
* * * * ** **
9702 AAAGTCAATCTATAGTCAGCCATGCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-ATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA-A
* * * *
9766 TCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTCTTTGTAC-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
*
9829 GTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
128 GTTTGCA-TGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * *
9894 AT-TCTCTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTATATGGTTTTATAAT-TCCATAATCGATTTTAAGT
190 ATGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGT
* * * *** * * * * * *
9957 TGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAACCCTAAGCCCAAAACCCTAAACTCTTTACCTAAGAAAAC
253 TGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAA--ATAA-ATTATAA--TTGAA-TGTCTACTTAAG-AAAC
* * * * * * * ** * * * *
10022 ATGAAGCAAAAGCCATCCATT-AACACAAAAATTTTTTTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCA
310 GTGAAGAAAAAACCATTCATTGGA-AGAAAAGTCGTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
10086 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTATCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTCTTAAATTT
373 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * ** * * * * * *
10151 TTTGTTCAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTT-AAGAACCAAGAAGAAAACGCTAATAATTG
438 TTAGTTAAAAT-GATTATAATTGAATGT-TTGCTTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCA-TG
*
10215 -GCAGAA
499 AGAAG-A
* * * *
10221 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTTGCCTTAAATATTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
10286 GTCATAATTGATTTTAGGTTGGAA-TGTTTTACATATTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
10350 CTGTCATGAGAAACATGAAGAAAAAGGACTCATTAGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATA
130 TTG-CATGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
* * *
10415 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
193 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
10480 TTTTTTTTATTTTTGTTTAAAATAAATTATAATTAAATGACTACTTCAAGAAACGCGAAGCAAAA
258 TTTTTTATATTTTTG-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACTT-AAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * **
10545 ACCATCCATTAGGAAGACAAGTCGT-TTTATAGTCACACATGCCTTCCAAAGAATTATTACTTGC
321 ACCATTCATT-GGAAGAAAAGTCGTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
* *
10609 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
384 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * *
10674 GTATTACAATTGAATGTCTT-TTTGGAGAAACGTGAAGCCAAAA-CCATCCATCAAGAAGA
449 G-ATTATAATTGAATGT-TTGCTTCGAGAAACATGAAG--AAAAGCCATTCAT-GAGAAGA
* * * * *
10733 AAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTA-TTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
10797 TCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTCACATTTTT-GTTTAAAACGGATTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
10861 TTTGCTTTGGGAAACATGAGGAGAAAGTCACTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
129 TTTGC-ATGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * *
10926 TGGCCTT-GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTGC-TAATTGATTTGAAGTT
191 T-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * *
10989 GAATTTCTTTGCATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTAATTTGAGAAACATGAAGA
254 GAATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACGTGAAGA
* * * * *
11054 AAAAGCCATTCATTGGCATGCAAAGTC-TATTTATATTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC
317 AAAAACCATTCATTGG-AAGAAAAGTCGTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
*** ** * * * *
11118 TTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGC-CATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCC
380 TTGCTT-T-AAATGGTT--TTATAATCTCA-T-AAT--T--G---A-T---TTTA-AGTTGA---
*** * * * * *
11181 ACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
424 A-TTTTTTTATA---TT-TT--TAG--TT-AA-AA-TG----AT-T-ATAATTGAATGT---TTG
* * * **** * ** * *
11246 ATTTTGTTTATATTTTTTATTAAAA--CATATTAT-A-ATTG-
468 -CTTCG---AGAAACATGAAGAAAAGCCAT-TCATGAGA-AGA
* ** * * ***
11284 AATGTCTGTCATAAGAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AAAGTC---CAT-TTATA-GT-CA-CCCAAGCC-TTC---------AAAAG-CC--TTAT--T-A
* * ** * ** * * * *
11349 CTAAAGCCTTCAAA-AGCCTTATTAGTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
43 CT--TG-CTTTAAATAGTTTTA-TAATC-TCAT-AATTGATTT-TAA-GTT-GAATTG-TTTT-A
* * * * * *
11413 GTTCAATTTTTTTTGTATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACAAG
97 ---C-A----TTTT-TA-----G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-ATGAGAAACATG
* * * * * * * *
11478 AAGCAAAGGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTA
146 AAGAAAAAG-CATTC-ATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
11542 TTAGTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTATACTTTTG
208 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * * ** * *
11607 ATTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTACATTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGCAA
273 -TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGG-AA
* * * *
11672 GAAAAGT-GCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTAT
335 GAAAAGTCGTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
11736 AAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGCTTATAATTGATT
399 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-TGATTATAATTGAAT
* * * *
11801 GTTTACCTCTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGA
463 GTTTGCTTC-GAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCA-TGAGAAGA
* ** *
11844 AAAGTCCATTTATAATCA-CCAATGCCTTCGGAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * *
11908 TCACATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATG
* * * * * * **
11972 TTTGCTTCAACAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
129 TTTGCAT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
** * * * * * * **
12037 AACTTTCGAAAGCATTATCAGTCGC-TTAATTTGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTG
191 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** * *
12101 AATCTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGCA
255 AATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAAACGTGAAGAA
** * * * * * *
12166 AAGGCCATCCATTGGCAAGAAAGGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACT
318 AAAACCATTCATTGG-AAGAAAAGTCGTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
12230 CGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTAGTTTTGGTTAA
381 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
** * * ** * * *
12295 GCTAGATTATATTTGAATGTCTAT-CTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCGTTAGTAAAA
446 AAT-GATTATAATTGAATGT-T-TGCTTCGAGAAACATGAAG--AAAAGCCATTCATGAG-AAGA
* * *** * ** * * * * * *
12358 AAAGTGCATTTATAATCACCCGTTCTTTTGATATCCTTATTGCCTACTTTAAGGT-GTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA-ATAGTTTTATAA
* * * * *
12422 ACTCATAATCGATTTTAAGTTTAATTCTTTTACATTGTTAGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATG
* * * * * ** *
12486 TTTGCCTCTAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTATAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
129 TTTGCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
** * *
12551 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAA
192 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** *
12616 TTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTTTTGAGAAACGTG-AGAAAA
257 TTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACGTGAAGAAAA
*** * *
12680 AGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTTG
320 AACCATTCATTGG-AAGAAAAGTCGTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * *
12744 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAA
383 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT--AA
* * *
12809 AAT-CTTATAATTGAATGTTTGCCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
446 AATGATTATAATTGAATGTTTG-CTTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCA
12860 CCAACACTGA
Statistics
Matches: 4450, Mismatches: 944, Indels: 625
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
503 1 0.00
504 13 0.00
505 237 0.05
506 128 0.03
507 142 0.03
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522 1 0.00
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524 1 0.00
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599 232 0.05
600 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (504 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TGCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTATATTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCAT
TCATTGGAAGAAAAGTCGTATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATGATTATA
ATTGAATGTTTGCTTCGAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATGAGAAGA
Found at i:11193 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 11043--11203 Score: 234
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
11033 CTAATTTGAG
* * * **
11043 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGCAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAA
11108 GCCTTATTACTTGCTTCTGA
66 GCCTTATTACTTGCTTCTGA
* * *
11128 AAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAA
11192 AGCCTTATTACT
65 AGCCTTATTACT
11204 CGCCTTAAAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 66 0.99
86 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (85 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTTGCTTCTGA
Found at i:11367 original size:256 final size:256
Alignment explanation
Indices: 10901--11372 Score: 599
Period size: 256 Copynumber: 1.8 Consensus size: 256
10891 CTCATTGTCA
* * * * ** * *
10901 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGGCCTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTGTAT
*
10966 AATCTGCTAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAAT
66 AATCTGCTAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAAT
* * *** * * *
11031 GTCTAATTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGCAAAGTCTATTTATATTCACCC
131 GTCTAATATAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
** *
11096 ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTG
196 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTG
11157 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-CGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTGTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTGTA
* * * * * * *
11221 TAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
65 TAATCTGC-TAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAA
* ** * *
11285 ATGTCT-GTCATAAGAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
129 ATGTCTAAT-ATAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
11349 CTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
193 CCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
11373 GTCTTTTTAA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 33, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
255 5 0.03
256 175 0.97
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (256 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTGTAT
AATCTGCTAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAAT
GTCTAATATAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTG
Found at i:11710 original size:599 final size:597
Alignment explanation
Indices: 10570--11722 Score: 1430
Period size: 599 Copynumber: 1.9 Consensus size: 597
10560 GACAAGTCGT
* * * ** *
10570 TTTATAGTCACACATGCCTTCCAAAGAATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACACACGCCTTCCAAAGAATTATTACTCGCCTTAAATAATTGTATAATCTCATAAT
** ** *
10635 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATGTATTACAATTGAATGTCTTTTTGGA
66 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTTCATGAA
* * * *
10700 GAAACGTGAAGCCAAAACCATCCATCAAGAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAA
131 GAAACGTGAAGCCAAAACCATCCATCAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAA
* * *
10765 ACCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTCAC
196 ACCCTTATTAGTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTCAC
* * * ** * *
10830 ATTTTTGTTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAGGAGAAAGTCACTCA
261 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACA-GAGAAGAAAGCCACTCA
* * *
10895 TTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGGCCTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
325 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATAGCCTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
10960 TTTTGTAATCTGCTAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTTGATTAAAACAAATTATAA
390 TTTTATAATCTGCTAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTACACTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * * *
11025 TTAAATGTCTAATTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGCAAAGTCTATTTATAT
455 TTAAATGTCTAATTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
*
11090 TCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGG
520 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGG
11155 TGAGAAAAGTCCA
585 TGAGAAAAGTCCA
* ** **
11168 TTTATAGTCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTGTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACACACGCCTTCCAAAGAATTATTACTCGCCTTAAATAATTGTATAATCTCATAAT
* * *
11233 TGATTTTAAGTT-GATTTTGTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCAT
66 TGATTTTAAGTTAAATTTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCT-TCAT
* * * **
11296 -AAGAAATGTGAAG-GAAAAGCCATTCAT-TGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCT
128 GAAGAAACGTGAAGCCAAAA-CCATCCATCAAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCT
* *** * *
11358 TCAAAAGCCTTATTAGTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
191 TCAAAACCCTTATTAGTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTG
*** * *
11423 TTTTGTATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACA-AGAAGCAAAGG
255 TTTCACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACAGAGAAG-AAA-G
* *
11487 CCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA-CTCA-AGCCTTTGAAAGCTTTATTAGTCA
318 CCACTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATAGCC-TTGAAAGCTTTATTACTCA
* * * * * *
11549 TTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTATACTTTTGATTAAA
380 CTTTAAATGGTTTTATAATCTGC-TAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTACACTTTTGATTAAA
* * * * *
11613 ACAAATTATATTTGAATGTTTACA-TTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAA
444 ACAAATTATAATTAAATGTCTA-ATTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAA
11677 GTGC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
508 GT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
11723 TAAGTGGTTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 73, Indels: 27
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
597 14 0.03
598 202 0.43
599 250 0.53
600 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (597 bp):
TTTATAGTCACACACGCCTTCCAAAGAATTATTACTCGCCTTAAATAATTGTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTTCATGAA
GAAACGTGAAGCCAAAACCATCCATCAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAA
ACCCTTATTAGTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTCAC
ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACAGAGAAGAAAGCCACTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATAGCCTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTGCTAATTGATTTGAAGTTGAATTTCTTTACACTTTTGATTAAAACAAATTATAAT
TAAATGTCTAATTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
GAGAAAAGTCCA
Found at i:11733 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11135--12859 Score: 1589
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 171
11125 TGAAAACATT
** * *
11135 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** * * *
11200 TACTCGCCTTAAATAATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTGTTTATATTTTTT
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTG
* * * * *
11264 ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCATAAGAAATGTG
130 ATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
* * * ** * *
11306 AAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * **
11371 TAGTCTT--TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGTATTTT
66 TA--CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * **
11434 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACAAG
128 TGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
* * * * * * *
11478 AAGCAAAGGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTA
1 AAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *** * * * *
11542 TTAGTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTATACTTTTG
65 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
11607 ATTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTACATTGGGAAACATG
130 ATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
* * * * *
11649 AAGAAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
11714 TACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTCA
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
** * *
11778 GTTAAAACAGCTTATAATTGATTGTTTACCTCTGA-AAACGTG
131 -TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACGTG
* * * * *
11820 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCGGAAGTCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
11884 TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGG
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * * * *
11949 TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTG-CTTCAACAAACATG
131 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACGTG
* * ** ** * *
11990 AAGCAAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCATTA
1 AAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * ** *
12054 TCAGTCGC-TTAATTTGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTT
65 TTACTTGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
* * * *
12118 TG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATG
128 TGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
* * * * * * * *
12161 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * ** * *
12226 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTAGTTTTGG
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * * * **
12291 TT-AAGCTAGATTATATTTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTG
131 TTAAAAC-ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
** * * * * * * * * * * * *
12332 AAGAAAAAAATCATTCGTTAGTAAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCGTTCTTTTGATATCCTTA
1 AAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * * * *
12397 TTGCCTACTTT-AAGGTGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTTAATTCTTTTACATTGTT
65 TTACTTGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* *
12461 -AGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGTTTGCCTCT-AAAAACGTA
129 GA-TTAAAACATA-TTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACGTG
** * *
12504 AAGAAAAAGCCATTCATT-ATAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
12568 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTCTTTACATTTTTGG
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * **
12633 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTTTTGAGAAACGTG
131 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
** * * * *
12674 -AGAAAAAGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
12738 TACTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGG
66 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* *
12803 TTAAAAAATCTTATAATTGAATGTTTGCCTTTGA-AAACGTG
131 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACGTG
12844 AAGAAAAAGCCATTCA
1 AAGAAAAAGCCATTCA
12860 CCAACACTGA
Statistics
Matches: 1255, Mismatches: 264, Indels: 70
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 19 0.02
170 389 0.31
171 569 0.45
172 267 0.21
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
Found at i:12467 original size:684 final size:678
Alignment explanation
Indices: 6619--12839 Score: 3489
Period size: 683 Copynumber: 9.0 Consensus size: 678
6609 ATTGAATGCA
* * * *
6619 AAGCAAA-GTCATCCATTGGCACG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTAT
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
6682 TACTCACTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATAT-TTTTATA-TTTTT
66 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATACTTTTG
* * * * * * * *
6745 AGTTAAAACAGATTGTA-TTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAACAAAAAATCATTCATT-G-A
130 A-TTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCA
* * * * * * *
6807 TAAGAAAAGT-CTATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCATTTTAAATAGTT
194 -AA-AAAAGTGC-ATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCT-ACTTTAAGTGGTT
* * * * * * *
6870 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATAT
255 TTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACATTTTCAGTTAAAACA-ACTTATAA
* * * * * * *
6933 TTGAATGTCTACCT-TAGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATA
318 TTGAATGTTTACCTCT-GAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * * * *
6997 ATCACCTATTCTTTTGAATGCCTTACTACCTGCTTTAAGT-GTTTTTATAAACTCATAATTGATT
381 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
7061 TTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTTGGATAAAACA-GCTTATAATTGAATGTTTGCCTCTAAGAA
445 TTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTGAATGTTTG-CT-TAAGAA
* ** ** * **
7125 A-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCGAAAGC
506 ACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGC
* * * * *
7189 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
570 CTTATTAGTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
* * * * * **
7254 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCATCGAGAAACGTG
634 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAAAAACAAG
** * * * * * * *** *
7299 AAAAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCAATTTATATTCACCCATTTCTTTGGAAGCCTTAT
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
7364 TAC-CTTCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAATTGTTTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTTTTG
66 TACTCAT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTG
* * * * * * * *
7428 GTTAAAACAACTCATAATTGAATG-CTTGCCTCTG-GAAACAT-AAAAAAAAACCATTTATT-GA
130 ATTAAAACAAATTATATTTGAATGTC-TACAT-TGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAG-
* * * ** * *
7489 CAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CCTTAAATGGTTT
192 CAAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAGTGGTTT
* * * * * *
7553 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTGT--ATTTTTAGTTAAAATAGA-TTACAA
256 TATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTCTTT-TACATTTTCAGTTAAAACA-ACTTATAA
* * * * * * *
7615 TTGAATGTTTGCCTC-AAGAAACGTGAAGAAAATGCCATTCATCGATATGAAAAGTCTATTTATA
318 TTGAATGTTTACCTCTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
7679 TTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTT
381 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * ** *
7744 TAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAACTTATAATTGAATGCTTGCCTCCA-AAACA
446 TAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACG
* ** **
7808 TGAAGAAAAAGCCATTTATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTT-GAAAGCC
509 TGAAGAAAAA-CCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AACTTTCGAAAGCC
* * * * *
7872 TTATTACTCGCCCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT
571 TTATTAGTCG-CTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * ** * *
7937 TTAGTTAAAATATGTTATAATGGAATGCCTGCTTT-AGGAAACATG
634 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAAACAAG
* * *** ** * * * *
7982 AAGCAAAAGCCATCCATTGACATTTAAAGTCTGTTTATAGTGACTCAAGCCTTCGAAGGCTTTAT
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
8047 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTAAATT-TTTTCATAGTTTTG
66 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ATACTTTTG
* * * * * * * * * *
8111 GTTACAAGAGATTATAATTGAATGTCTGC-TACGAGAAACATGAAG--AGAGCCATTCATTAGTA
130 ATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACAT-TGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCA
* * * ** * * * * *
8173 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-GTCGCTTTAAATAGTTTGA
194 AAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCT-ACTTTAAGTGGTTTTA
* * * * * * * * ** *
8237 TAATCTTATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTATATTTTTTTA-TTAAAATATGTTATAA-GG
258 TAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA--TTTTCAGTTAAAACAACTTATAATTG
* * * * * * **
8299 AATGTCTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAA-AAACAGTCTGTTTATAGTC
321 AATGTTTACCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAA-AGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
8363 ACTCAAT-CCTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTA
384 AC-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
8427 AGTTGAATTGTTTTT---TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCATAAGAAACGT
448 AGTT-AATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACGT
* * * * * * * * *
8489 GAAAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
510 GAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCCTTAT
* * *
8554 TAATCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTG
575 TAGTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTG
* *
8618 ATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCTTTGAAAAACATG
638 -TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAAAAACAAG
* ** * * * *
8660 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTTT
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
8725 TACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATATTT-AGTTGAATTGTTTTACA-TTTTA
66 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTT-
* ** ** * * ** * *
8788 GGTTAAAACGGATTATATTTGAACATCTACCTTGGGAAATGTGTAGAAAAAACCATTCATTGGCA
129 GATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCA
** * * ** ** * *
8853 TGAAAAGTACATTTATATTTGCCCATTCCTTTGAAATCCTTATTACCTACTTTAGGTGGTTTTAT
194 AAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAGTGGTTTTAT
* * * * *
8918 AAACTCATAATCGATTTTAAGTAGAATTCATTTATATTTTTAGTTAAAACAGCTTATAATTGAAT
259 AAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTCAGTTAAAACAACTTATAATTGAAT
* * * * * * ** * * *
8983 GTTTGCCTCTAAAAATGTGAGGAAGAAGCCATTCATCATGAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCA
324 GTTTACCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
9048 TGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAGAAATGATTTTAAGTTAA
389 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
* * * * * *
9113 AATTTTTTACATTTGTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGT-ACCG--
453 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATGTTTGCTT-AAGAAACGTGA-AGAA
* * ** * * * * *
9175 CAA-C---CATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTAGTCG
516 AAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCCTTATTAGTCG
* *
9236 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAG-TAAA
581 C-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTT-GTTAAA
* * * *
9300 ATATATTATAATTGAATGTTTAC-TTCAGGAAACATG
643 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAAACAAG
* *
9336 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCGAGCCTTTCG-AAGCCTTA
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTA
* * *
9400 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAGTTTT-
65 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTG
* * *
9464 AGTT-AAACTAGATTATATTTGAATGTCTACCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGG
130 A-TTAAAAC-AAATTATATTTGAATGTCTACATTGAG-AAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAG
* * * * * *
9527 CAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCGTTCCTT-TAAAGTCCTTATTACCTGCTTTAAGTGGTTT
192 CAAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACCTACTTTAAGTGGTTT
* * * * * *
9591 TATAAACTCATAACCCATTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGCTTATAATTG
256 TATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTCAGTTAAAACAACTTATAATTG
* * * ** * ** ** * * * *
9656 AATATTTGCCTCTAAAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATCATAAGGAAAGTCAATCTATAGTCAG
321 AATGTTTACCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** ** * *
9721 CCATGCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-ATATCTCATAATTAATTTTAAA
386 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
9785 TTGAATTTCTTTGTAC-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACATG
450 TT-AATTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATGTTTGC-TTAAGAAACGTG
** * ** ** *
9848 AAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTCTCGAAAGCCTTAT
511 AAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * * *
9913 TACTTACTTTATATGGTTTTATAAT-TCCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTG
575 TAGTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTT
* ** * * * * * * * *
9977 GTTAAACCCTA-AGCCCAAAACCCTAAACTCTTTAC-CTAAGAAAACATG
637 GTTAAA--ATATA--TTATAA--TTGAA-TGTTTGCTTTGA-AAAACAAG
* ** * *** * * *
10025 AAGCAAAAGCCATCCATTAACACA-AAAATTTTTTTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTA
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
** * * * * *
10089 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTATCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TGTTCTTAAATTTTT
65 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-TTATA-CTTT
* * * * * * * * * * ** * * * *
10153 TG-TTCAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAACCAAGAAGAAAACGCTAATAATTGGC
128 TGATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGC
* * * ** * * * * * * **
10217 AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTTGCCTTAAATATTTTTA
193 AAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAGTGGTTTTA
** * * * * *
10282 TAATGTCATAATTGATTTTAGGTTGGAA-TGTTTTACATATTT-AGCTAAAATAGA-TTATAATT
258 TAAACTCATAATCGATTTTAAGTT-GAATTCTTTTACAT-TTTCAGTTAAAACA-ACTTATAATT
** * * * * * * *
10344 GAATGCCT--GTCATGAGAAACATGAAGAAAAAG-GACTCATTAGTAAGAAAAGTCTACTTATAG
320 GAATGTTTACCTC-TGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * *
10406 TCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
382 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * ** * ** * *
10471 AAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTAAAATAAATTATAATTAAATGACTACTTCAAGAAACGC
447 AAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATGTTTGCTT-AAGAAACGT
* * ** ** ** * * **
10536 GAAGCAAAAACCATCCATTAGG-AAGACAAGTCGTTTTATAGTCACACATGCCTTCCAAAGAATT
510 GAAG-AAAAACCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCCTT
* * * *
10600 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
573 ATTAGTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT
* * * * **
10665 AGTTAAAATGTATTACAATTGAATGTCTT--TTTGGAGAAACGTG
636 TGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTT-GAAAAACAAG
* ** * * ** *
10708 AAGCCAAA-ACCATCCATCAAG-AAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTT
1 AAG-CAAAGGCCATCCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * * * *
10771 ATTA-TTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTCACATTTT
64 ATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTT
* ** * * * * * * * ** *
10835 TGTTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAGGAGAAAGTCACTCATT-GT
128 TGATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAG-
* * * * * * * * *
10899 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGGCCTT-GAAAGCTTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTT
192 CAAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACCT-ACTTTAAGTGGTT
* * * * * * *
10962 TTGTAATCTGC-TAATTGATTTGAAGTTGAATT-TCTTTGCATTTT-TGATTAAAACAAATTATA
255 TTATAAACT-CATAATCGATTTTAAGTTGAATTCT-TTTACATTTTCAG-TTAAAACAACTTATA
* * * * * * * * * *
11024 ATTAAATGTCTA-ATTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGCAAAGTCTATTTAT
317 ATTGAATGTTTACCTCTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ** * *
11088 ATTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCTGAAA-ACATTAAGAAAAAGC-CATTCA
380 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT-T-AAATA-GTT--TTATAATCTCA-T-A
* * * *** * *
11151 TTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATA-
438 AT--T--G---A-T---TTTA-AGTTA---A---TTTTTTTA-CATT-TT--T-G-GTTAAA-AC
* * **** * * *
11215 ATTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTG-TTTATATTTTTTATTAAAACATATTAT
478 A-TG-----T-T-ATAATTG-----AA--TG--TTTGCTTAAGAAACGTGA--AGAA-A-A--AC
* * * * ** *** * * * **
11279 AATTGAATGTCTGTCATAAGAAATGTGAAGGAAAAGCCA-TT-CA-TTGGTAAAAAAAGTCCATT
520 CATT-CA--T-TGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTT--T--CGAAAG-CC-TT
* ** * * * * * ** * * *
11341 -TATAGTCAC-TAAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTTTTTAA-AT-AGTTTTATA-ATCTTA
573 AT-TAGTCGCTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-
* * * ** * * * * *
11400 TAATTGATTTTAAGT-TCAATTTTTTTTGTATTTTTG-ATT-AAAATATATTAT
634 T--TTG--TTAAAATAT--ATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAAAA-ACA--AG
*** * * * * * *
11451 AATTGAATGTC-TGCTTTGAAAAACAAGAAGCAAAGGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTG
1 AAGCAAAGGCCATCCATTG----GC---AAG--AA----A---------------AGTCCATTTA
* * *
11515 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTAGTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTAT
38 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
11580 TTTAAGTTGATTTTTTTTATACTTTTGATTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTACATTGGGAAA
103 TTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTGATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACATTGAGAAA
* * * *
11645 CATGAAGAAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
168 CATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
11710 TTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTT
233 TTATTACCTACTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTT
* * *
11775 TCAGTTAAAACAGCTTATAATTGATTGTTTACCTCTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGT
298 TCAGTTAAAACAACTTATAATTGAATGTTTACCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGT
* * * *
11840 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCGGAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
363 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
11905 TAATCACATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
428 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAA
* * * *
11970 TGTTTGCTTCAACAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
492 TGTTTGCTT-AAGAAACGTGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
12035 TAAACTTTCGAAAGCATTATCAGTCGCTTAATTTGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTT
555 TAAACTTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTAA-ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT
** *
12100 GAATCTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATG
619 GAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAAAAACAAG
* *
12161 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
12226 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTAGTTTTGG
66 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTGA
* * * * * *
12291 TT-AAGCTAGATTATATTTGAATGTCTATC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCGTTAGT
131 TTAAAAC-AAATTATATTTGAATGTCTA-CATTGAGAAACATGAAG-AAAAAACCATTCATTAGC
* * ** * * *
12354 AAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCGTTCTTTTGATATCCTTATTGCCTACTTTAAG-GTGTTTT
193 AAAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAGTG-GTTTT
*
12418 ATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTTAATTCTTTTACATTGTT-AGTTAAAACAACTTATAATTG
257 ATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATT-TTCAGTTAAAACAACTTATAATTG
* * * * *
12482 AATGTTTGCCTCTAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTATAAGCAAAGTCTATTTATAGTCAC
321 AATGTTTACCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
12547 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAAT
386 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
12612 TGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTTTGTTTTGAGAAACGTG-A
451 T-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTGAATGTTTG-CTTAAGAAACGTGAA
** * * **
12675 GAAAAAGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTA
513 GAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
12740 CTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTT
577 GTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTT
* *
12805 AAAAAATCTTATAATTGAATGTTTGCCTTTGAAAA
640 AAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTGAAAA
12840 CGTGAAGAAA
Statistics
Matches: 4319, Mismatches: 928, Indels: 584
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
675 15 0.00
676 531 0.12
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750 1 0.00
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771 10 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
AAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATACTTTTGA
TTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAA
AAAAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTAAGTGGTTTTATAA
ACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTCAGTTAAAACAACTTATAATTGAATGT
TTACCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTGAATGTTTGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAACC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTAA
ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTA
TAATTGAATGTTTGCTTTGAAAAACAAG
Found at i:15336 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14661--16448 Score: 1432
Period size: 170 Copynumber: 10.5 Consensus size: 170
14651 AGGTGCTACA
* * * * *
14661 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTTGCTGTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCC-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * * *
14726 TGTCATAGTTGATTGTAAATTGATTTTTTTCTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTCAAAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-GAAT
* * *** ** * *
14790 GTATGCTTTGGGAAATGTGAAG-AAAAGCCACTCATT-GCTACG
128 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAG
* * * * * * *
14832 AAAAGTCCATTCACAATCACCCATGCCTTC-AAAGGTCGTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-GCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
** * * * * * *
14896 ATCTTGTAATTGATTTTAAATTAAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTTAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * **
14961 GTTTTCTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCGATCCATTAACAAG
128 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * ***
15004 AAAAGT-TGATTTAGAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTATTTTAAAT-AGTTTTAT
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCAC-CCAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* ** * * *
15067 AATCTAATAATCAATTTTAACTTAAATTTTTTTAC-TTTTTGGGTTAAAACAAATCATAATTGAA
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * ** **
15131 TGTATGTCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAG
127 TGTCTG-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
15175 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCTAGTCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAG
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCC-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
15240 TGTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACCTTTTTGGTTAACACAAATTATATTTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* ** *
15304 CTGCCTCATGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAG
130 CTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * **
15345 AAAGGCCTATTTATAGTTACCCATACCTTCTAAAACCTTGTTACTTACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
15410 TCTCATAATTAATTTTAAGTCT-TATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA-AAGATTCTAATTGAAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-ATTATAATTGAAT
* * * * * *
15472 GTTTGCTTCAGGAAATATGAAGAGAAAGTCATTCATTGGCAAG
128 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
15515 CAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCCTT-GAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-AGTTTTAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-G-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * * ** *
15578 AATCTCATAATCGGTTTCAAGTTGAATTCTTTTACATGTTTCATTAAAACAACTTATAATTGAAT
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
*
15643 G-CTTGCCTCCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
128 GTC-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
15686 -AAAGTCTA-TTATAGT-AGCCCATACCCTT-GAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCA-CCC--AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * **
15747 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTCACATGTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAAT
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* *
15812 G-CTTGCCTC-TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAG
128 GTC-TGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
15855 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCCCCTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
15920 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
15985 CT-ACTTAAGACACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGGAAG
130 CTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
16025 AAAAGTTTGTTTATAGTCAGTCAAACTTTTGAAAGTCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCAGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
16089 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * *
16154 TCTACCTCAAGCAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
129 TCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
16196 AAAAGTCTATTTATAATCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCA-TTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-ATTTTATA
** ** * *
16260 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTGTATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* *** * * * * *
16324 TCT-ACTTTGGAAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAG
129 TCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * ** *
16366 AAAAGTCCATTTGTAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
16431 TCTTACAACTGATTTTAA
65 TCTCATAATTGATTTTAA
16449 TCTTACAACT
Statistics
Matches: 1320, Mismatches: 250, Indels: 95
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 151 0.11
170 558 0.42
171 508 0.38
172 95 0.07
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
Found at i:16399 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14661--16448 Score: 1501
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 338
14651 AGGTGCTACA
* ** * *
14661 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-ACTTATTACTTGCTGTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCA-TTATTACTTACTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * *
14725 ATGTCATAGTTGATTGTAAATTGATTTTTTTCTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTCAAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-GAA
*** * * * * * *
14789 TGTATGCTTTGGGAAATGTGAAG-AAAAGCCACTCATTG-CTACGAAAAGTCCATTCACAATCAC
127 TGTATGCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * * ** *
14852 CCATGCCTTC-AAAGGTCGTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAA
190 CCATACCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
14916 TTAAATTATTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTTAATGTTTTC-TTCAAGAAACAT
253 TT-GATT-TTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTCGA-AAACGT
* **
14979 GAAGCAAAAGCGATCCATTAACAAG
314 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
** * ** * *
15004 AAAAGTTGATTTAGAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTATTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGA-TTTTATA
* ** * * * *
15068 ATCTAATAATCAATTTTAACTTAAATTTTTT-TACTTTTTGGGTTAAAACAAATCATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * *
15132 GTATGTCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
128 GTATG-CTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
15195 CCTAGTCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTGTCATAATTGATTTTAAGT
191 CATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * * *
15260 TAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAACACAAATTATATTTGAATGTCTGC-CTC-ATGAAATGTGAA
254 TGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTCGA--AAACGTGAA
* * *
15323 GAAAAAACCATTCATTGGCAAG
317 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
15345 -AAAGGCCTATTTATAGTTACCCATA-CCTTCT-AAAACCTTGTTACTTACTTTAAATGATTTTA
1 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCA-AGCCTT-TGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGATTTTA
* * * * *
15407 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTCT-TATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATTCTAATTGAA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
15471 TGTTTGCTTCAGGAAATATGAAGAGAAAGTCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACT
127 TGTATGCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-
* * * * * *
15536 CATGCCCTT-GAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGGTTTCAAGT
191 CAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
15600 TGAATTCTTTTACATGTTTCATTAAAACA-ACTTATAATTGAATG-CTTGC-CTCCAGAAACATG
254 TG-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATA-TTATAATTGAATGTC-TACTTTCGA-AAACGTG
* *
15662 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
315 AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * *
15686 -AAAGTCTA-TTATAGT-AGCCCATA-CCCTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCA-AGCCTTTGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGATTTTAT
* * * * *
15747 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTCACATGTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
15812 GCT-TGCCTC-TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
128 G-TATGCTTCAAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
** * * * *
15875 CCATGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCCCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
190 CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** *
15940 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAAG-ACACGTGAAG
254 TG-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTCGAAAACGTGAAG
*
16004 CAAAAGCCATCCATTGGGAAG
318 CAAAAGCCATCCATTGGCAAG
*** * * * **
16025 AAAAGTTTGTTTATAGTCAGTCAAACTTTTGAAAGTCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CATTATTACTTACTTTAAATGATTTTATA
* *
16089 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
16154 TCTACCTCAAGCAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACACA
129 TATGCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA
*
16219 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-ATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** * *
16284 TTTTTTTGTATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACGTTAAGCAAA
257 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTCGAAAACGTGAAGCAAA
*
16349 AGCCATCCATTAGCAAG
322 AGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
16366 AAAAGTCCATTTGTAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAA
* * *
16431 TCTTACAACTGATTTTAA
66 TCTCATAATTGATTTTAA
16449 TCTTACAACT
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 214, Indels: 106
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 101 0.09
340 351 0.30
341 511 0.43
342 59 0.05
343 149 0.13
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTA
TGCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATAC
CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
TTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTCGAAAACGTGAAGCAAAAGCC
ATCCATTGGCAAG
Found at i:17080 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16512--17758 Score: 1029
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
16502 AAGAAGGCTG
* * * * * *
16512 CATTTATAGTTACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAGTGGTTTTATAAACTCATA
1 CATTTATAGTCACCTATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
16577 ATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * *
16642 TGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATCA-AAAGAAAATTT
130 TGAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
* * *
16682 CATTTACAGTCACCCATGTCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCTAT-TCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
16746 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TCTTTACCTTTTCAGTT-GAACAGATTATAATTGGATGTCTACC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTCT-TTTACATTTT-TGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACC
** * *
16809 TAAG-AAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTC
128 TTTGAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAG-CAAGAAAAGTT
* * * * * *
16851 CATTTACATTCA-CTCATTCCTTCG-AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
1 CATTTATAGTCACCT-ATT-CTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
16914 TAATCGATTTTAAATT-AATTCTTTTACATATTTTGTTAAAAGAGTTTATAATTGAATGTTTTCC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACC
** * *
16978 TTTGAAAATGTGAAAAAAAAGCCAATCATTAGCAAGAAAAGTT
128 TTTGAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
* * * ** *
17021 TATTTATAGTCACCTATGTC-TAGAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGCATTTATAATCTAAT
1 CATTTATAGTCACCTAT-TCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * ** *
17085 AATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACCT
** * *
17149 TTGGAAAACATGAAGCAAAGGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTC
129 TT-GAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
* * ** * * *
17192 CATTTGTAGTCACTTAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT
1 CATTTATAGTCACCT-ATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
17256 AATTGATTTTAAGTTGACTTGTTTTATATTTTTGATTCAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * *
17321 TGGGAAACATGAAGAAAAAA-TCATTTATTTGCAAGAAAGGTG
129 TTGAAAACATGAA-AAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
* * * * * * *
17363 CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAACTAGTTTTAAAAACTCATA
1 CATTTATAGTCACCTATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
17428 ATCGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACACATTTTATTAAAACAGCCTATAATTGAATGTTTGCCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * *
17493 TGAAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTT
130 TGAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
* * *
17534 CATTTATAGTCA-CTCATACATTCAAAAGCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCT-ATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * *
17597 AATTGATTTTAAGTTGAATATC--TTAGCATTTTTCATTAAAATATATTATAGTTGAGTTTTTTC
65 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTA-CATTTTT-GTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTAC
*** ** * *
17660 CAAGGAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGCACA-AAAAGTT
127 CTTTGAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCA-AGAAAAGTT
* ** * * * **
17704 TATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
1 CATTTATAGTCACCT-ATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
17759 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 177, Indels: 63
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 37 0.04
169 135 0.16
170 316 0.36
171 366 0.42
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CATTTATAGTCACCTATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTACCTTT
GAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTT
Found at i:17730 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 16532--17758 Score: 1198
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 337
16522 TACCTATTCT
* * * *
16532 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAGTGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTC
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTC
* * * *
16597 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCT-GAAAACATGAAGAAAAAG
66 -TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * *
16661 TCATTCATCA-AAAGAAAA-TTTCATTTACAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
129 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTTT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
16724 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAC-CTTTTCAGTTGAACA
193 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACACTTTT-A-TTAAACA
* * * * *
16788 GATTATAATTGGATGTCTACCTAAG-AAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
255 GATTATAATTGAATGTCT-CCTATGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
16852 ATTTACATTCACTCATTCC
319 ATTTATAGTCACTCATACC
* * * * *
16871 TTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCGATTTTAAATT-AATTC
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTC
* * * ** *
16935 TTTTACATATTTTG-TTAAAAGAGTTTATAATTGAATGTTTTCCTTTGAAAATGTGAAAAAAAAG
66 -TTTACAT-TTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * ** *
16999 CCAATCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGTCTAGAAAAGCCTCATTACTCGCTT
129 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * * *
17064 TAAATGCATTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTCAAATAT
194 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA-CTTTTATT-AAACAG
* * * * *
17129 ATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACATGAAGCAAAGGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
256 ATTATAATTGAATGTCTCCTAT-GAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
17194 TTTGTAGTCACTTA-AGCC
320 TTTATAGTCACTCATA-CC
** * * * * *
17212 TTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGACTTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * * * **
17277 TTTTATATTTTTGATTCAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAT
65 CTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGC
* * * ** * * *
17342 CATTTATTTGCAAGAAAGGTGCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
130 CATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
17407 AACTAGTTTTAAAAACTCATAATCGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACACATTTTATTAAAACAGC
195 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACAC-TTTTATT-AAACAGA
* * * * * * *
17472 CTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTTCAT
257 TTATAATTGAATGTCT-CCTATGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
17537 TTATAGTCACTCATACA
321 TTATAGTCACTCATACC
*
17554 TTCAAAAGCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * * ** *
17618 C-TTAGCATTTTTCATTAAAATATATTATAGTTGAGTTTTTTCCAAGGAAAACATGAAGTAAAAG
65 CTTTA-CATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * **
17682 CCATCCATTAGCACA-AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTACT
129 CCATTCATTAGCA-AGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
17746 TTAAATGGTTTTA
193 TTAAATGGTTTTA
17759 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 150, Indels: 38
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 62 0.09
339 145 0.20
340 28 0.04
341 260 0.36
342 218 0.30
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTC
TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCC
ATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACACTTTTATTAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTCCTATGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATACC
Found at i:18554 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18224--21301 Score: 1898
Period size: 171 Copynumber: 17.9 Consensus size: 171
18214 NNNNNNNNNN
* * * *
18224 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
** * * * * *
18289 TACATTTTCAGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-TAGAACAATAAAGAAAAAGCCA
64 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAAC-ATGAAGAAAAAGCCA
** * * * * *
18353 TTTGTTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
** * ** * * *
18397 AAGTTTTTTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
18462 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAACCAATC
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * *
18527 ATTAGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGA
* * *
18568 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * *
18633 CATTTTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATCTCTGCTTCAAAAAACGTGAGGCAAAAGCCATCC
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
**** * * *
18698 ACCAACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCGAGCATTCGA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * *
18739 AAGCCTCATTACTCGCTTTACAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * ** * * *
18803 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAACGTCTACTTTAGGAATCTTGAAGCAAAAGCCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
18868 TATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * * *
18910 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTAATAATCTCATAATTGATTTT-CGATTAAAGTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT
* * * * * * * * *
18974 ACTTTTTTGGTTAAAACAAATTGTGATTGAATGTTCGCTTCATGAAACATGATA-AAAAGGCCAT
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGA-AGAAAAAGCCAT
* *
19038 TCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * *
19081 AAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAA--G-TTTT-AGCTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT
* * * * * **** * * * *
19142 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGCTTGCTTTGGGAAACGTGAACAAAAAGTCACT
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * ** *
19207 CATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATATTTTCTTAAGCCTTCGA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * *
19249 AATG-CTTATTACTCGCTTTAAA-ATTTTTTATAATCTCCTAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * *
19312 TACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-AAAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
64 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATA-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** *
19376 TTCATT-GCTACGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGA
128 TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * *
19420 AAGCCATATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* * * *
19485 -TATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTT-CCT--TGAGAACCATGAA-ATGAAAGC
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCAT-A-AAACATGAAGA-AAAAGC
* * ** *
19545 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * *
19591 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCCCATAATTAATTTTAAG-CGCAATCTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTT
* * * * * * * *
19655 TACATTTTTGGTAAAAATAGATCATAATTCAATGTCTACCT-TTAGAACTATGAAGAAAAAGCTA
64 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAAC-ATGAAGAAAAAGCCA
** * * * *
19719 TTTGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC-CAAAGCCTTTGA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGA
* * *
19763 AAGCCTTTTTACGT-ACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * *
19826 ACATTATTT-GTTAAACTAAATTATATTTTAATGTTTGCCTTATGAAACGTAAAGCAAAAGCCAT
65 ACATT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** *
19890 CCATTTGCAAG-AAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
*
19932 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** *
19996 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTA-AGAAATGTGAAGAAAAAGTCAT
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCATA-AAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** * * *
20059 TCATTGGCATGAACAGTTGATTTATAATCACCCAAGCCTT-TA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
*
20101 GAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-C-CATAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 -AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT--AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * ** * * * * *
20164 TAACATTTTTTATCAAAATATTTTATAATTGAAATGTCTGCTTCA-AGAAACAGGAAGCAAAGGC
63 TTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG-AATGTTTGCCTCATA-AAACATGAAGAAAAAGC
* * * * *
20228 CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAGGCCTTTGA
126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * *
20274 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTATTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* **********************************
20339 TATTTTTGGTTAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 CATTTTTGGTTAAAAT---------------AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATG
*********** * * * *
20404 NNNNNNNNNNNA-TCTATTAGCAAGAAAAGTCTGA-TTATAGTCACTCACGCATTCGA
116 AAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * *
20460 AAGCCTTATTACAC-ATATTAAATAGCTTTATAATCTAATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTGTT
1 AAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTT
** * * * **** * * *
20523 TATTTTTTTGGCTAATATAGATTGTAATTGAATGTTCATTTTAGAAAACGTGAAG-AAAAGTCCA
64 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAG-CCA
* ** *
20587 TTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGA
** * * *** *
20631 AAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAGAAAATTTAAGTTGAA-TTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
20695 TATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTAAAG-AAAAGCCACTT
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCA-TT
* *
20759 -ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * *
20800 AAGCCTTATTACGCACTTTAAA-AGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * *********** *
20864 ACATTTCTCATTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGCC-CAGGNNNNNNNNNNGCAAAAGCCAT
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-TAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * **
20928 CCATT-GCTACGAAAAGTCCTTTTATAGTTGCTCAAGCCTTCGA
129 TCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * * * *
20971 AAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGAA-CTAAAAATTCATTTTGACTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * *
21035 ACATTTTTAGTTAAAAAAGACTCTAATTGAATGTTTGCTTTAGAAAACATGAAGAGAAAGTCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
21100 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATACCCTT-GA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGA
* * * * ***********
21142 AAGCCTTTTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *** * * * * *
21207 CA-TTTTGATT-AAATATATTATAATTGAATGTCAACTTCGA-GAAACATGAAGCAAAGGCCATC
66 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-ATAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
21269 CATTGGTAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACTCA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
Statistics
Matches: 2227, Mismatches: 585, Indels: 190
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 157 0.07
169 273 0.12
170 223 0.10
171 1139 0.51
172 272 0.12
173 56 0.03
174 3 0.00
185 2 0.00
186 98 0.04
187 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
Found at i:20880 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20562--20897 Score: 426
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
20552 GAATGTTCAT
* **
20562 TTTAGAAAACGTGAAGAAAAGTCCATTCATTGGCAACAAAAGTTTATTTATAGTCATCCAAGCCT
1 TTTAGAAAACGTAAAGAAAAGTCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCT
*** * * *
20627 TCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAGAAAATTTAAGTTGAATTTT
66 TCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAGAAAATTTAAGTTAAATTTT
* * * *
20692 TTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGC
131 TTACATTTTCAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGC
* * *
20732 TTTAGAAAACGTAAAGAAAAG-CCACTT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCC
1 TTTAGAAAACGTAAAGAAAAGTCCA-TTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCC
* * ** *
20795 TTCGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAAGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT
65 TTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAGAAAATTTAAGTTAAA-TT
*
20860 TTTTACATTTCTCA-TTAAAATATACTATAATTGAATGT
129 TTTTACATTT-TCAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
20898 TTGCCCAGGN
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 22, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 85 0.60
170 54 0.38
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTAGAAAACGTAAAGAAAAGTCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCT
TCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAGAAAATTTAAGTTAAATTTT
TTACATTTTCAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGC
Done.