Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398903.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2184.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3435
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 698 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2080 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2055--2103 Score: 89
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
2045 CTATAAATGG
2055 ACTTTTTTTCTCAATGAATA
1 ACTTTTTTTCTCAATGAATA
*
2075 ACTTTTTTTCTCAATGAATG
1 ACTTTTTTTCTCAATGAATA
2095 ACTTTTTTT
1 ACTTTTTTT
2104 TCACATTTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 28 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (20 bp):
ACTTTTTTTCTCAATGAATA
Found at i:2865 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2124--3435 Score: 999
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 167
2114 AAAAACAGAC
* * * *
2124 ATTCAATTATAGTCTAGTTTAACGAAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
2189 ATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGAATTG-GCA-ACTATGAATAGACTTTT
65 ATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAG-AGACTATAAATA-ACTTTT
* * * * *
2252 CTT-TCCAATGAATGATTTTTTCTGT-ACATTTTTTTGAGGTATAC
126 CTTGT-CAATGAAT-ATTTTTTCT-TCAC-GTTTCTCGAGGTAGAT
*
2296 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
2361 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGCAA-GAATG-GATGACTATAAATGGACTTT
65 ATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTG-AAGGAATGAGA-GACTATAAAT-AACTTT
* **** *
2424 TCTTGTCAATTAATGCCCATTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGAT
125 TCTTGTCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * * * * * *
2468 ATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATGTAAAAAACATTGAACCTAAAATCAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
2533 TATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTGTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA-TATTT
64 TATAAA-ATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATA-ACT-TTT
* * *
2597 -TT-CCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGAT
126 CTTGTCAATGAATA-TTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * * *
2638 TTTCAATTATTGTCTATTTTAACT-AAAAAAGTAAAGCAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
2702 TATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATTAAGTTTTC
64 TATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA-TAACTTTTC
* *
2767 TTGTCAATAAATATTTATTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGAT
127 TTGTCAATGAATATTT-TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * * *
2809 ATTCAACTATAGTCTATTTTAATGAATAATTTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
2874 ATAATGCCT-TTTAAAGCGAGGACTAAGGCTTTTGAAGG-ATTAGATGACTATAAATGGACATTT
65 ATAA--AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAAT-AACTTTT
* * * * * * ** *
2937 CTTGTTAATGAATGTCGTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACA-AA
126 CTTGTCAATGAATAT-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * *
2979 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACT-AGAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCATTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
3043 TATACAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTCATAAATAGACTTTT
64 TATA-AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT-ATAAATA-ACTTTT
* * * *
3108 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTT-TAT-ATGTTTC-CTGAGGCAGA-
126 CTTGTCAATGAAT--ATTTTTTCT-TCACGTTTCTC-GAGGTAGAT
* * * *
3150 AGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAGAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGAT
* * * * * *
3215 TATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGTAGGAAT-AAATAATTATAAATATACTTTT
64 TATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATA-ACTTTT
** *** * * * *
3279 CTTACCAATGAATGCCCTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGAC
126 CTTGTCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * ********** * * * *
3322 ATTCAATTATAATCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATTAATTATGAAATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
3387 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAAT-AGGAGACT
65 ATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACT
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 158, Indels: 109
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 86 0.09
170 162 0.17
171 335 0.36
172 241 0.26
173 101 0.11
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAACTTTTCTTGT
CAATGAATATTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
Found at i:2960 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2124--3435 Score: 1208
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
2114 AAAAACAGAC
* * * * *
2124 ATTCAATTATAGTCTAGTTTAACGAAAAATGTAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAATAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
** * * * * *
2189 ATAA-AATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGAATTGGCA-ACTATGAATAGACTTTT
65 ATAATACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAG-AGACTATAAATAGACATTT
* * *
2252 CTTTCCAATGAATGAT-TTTTTCTGT-ACATTTTTTTGAGGTATACATTCAATTATAGTCTATTT
129 C-TTCCAATGAATG-TCTTTTTCT-TCAC-GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
* *
2315 TAA-TGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
190 TAACT-AAAAATGT-AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCG
** * **
2379 AGTAATAAGGCTTTTTGCAA-GAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGCCC
252 AGTAATAAGGC-TTTTG-AAGGAATGAGA-GACTATAAATTAACTTTTCTTGTCAATAAATGCTT
* *
2442 ATTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGAT
314 ATTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * * * *
2468 ATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATGTAAAAAACATTGAACCTAAAATCAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAATAATGT-AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * * * *
2533 TATAA-ATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTGTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGATATTT
64 TATAATACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGAGACTATAAATAGACATTT
* * ** *
2597 -TTCCAATAAAT-ACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATTTTCAATTATTGTCTATTTTAA
129 CTTCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
* *
2660 CTAAAAAAGTAAAGCAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTA
193 CTAAAAATGTAAA-CAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTA
* * **
2725 ATAAGGCTGTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATTAAGTTTTCTTGTCAATAAATATTTATTTCTT
256 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATTAACTTTTCTTGTCAATAAATGCTTATTTCTT
2790 AACGTTTCTCGAGGTAGAT
321 AACGTTTCTCGAGGTAGAT
* *
2809 ATTCAACTATAGTCTATTTTAATGAATAATTTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAATAATGTA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * *
2874 ATAATGCCT-TTTAAAGCGAGGACTAAGGCTTTTGAAGG-ATTAGATGACTATAAATGGACATTT
65 ATAATACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGA-GACTATAAATAGACATTT
** * * *** ** *
2937 CTTGTTAATGAATGTCGTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACA-AAATTCAATTATAGTCTATTTTAA
129 CTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
* * * * *
3001 CTAGAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCATTTATGAGATTATACAACTATTTAAAGTGAGTA
193 CTAAAAATGTAAACAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAATATTTAAAGCGAGTA
* * * *
3066 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTCATAAA-TAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTT
256 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT-ATAAATTA-ACTTTTCTTGTCAATAAAT-GCTTATTT
* *
3129 -TTATATGTTTC-CTGAGGCAGA-
318 CTTA-ACGTTTCTC-GAGGTAGAT
* * *
3150 AGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAGAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAATAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGAT
* * * * * * * *
3215 TATAAAACC-ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGTAGGAA-TAAATAATTATAAATATACTTT
64 TATAATACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGA-GACTATAAATAGACATT
* * * * * * ***
3278 TCTTACCAATGAATGCCCTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTNNN
128 TCTT-CCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
******* * * * * * *
3343 NNNNNNNATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
192 ACTAAAAATGT-AAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGT
*
3408 AATAAGTCTTTTGAAGGAAT-AGGAGACT
255 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACT
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 144, Indels: 65
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 78 0.10
341 250 0.32
342 244 0.31
343 104 0.13
344 35 0.04
345 76 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAATAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
TAATACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGAGACTATAAATAGACATTTCT
TCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTA
AAAATGTAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATTAACTTTTCTTGTCAATAAATGCTTATTTCTTAACGT
TTCTCGAGGTAGAT
Found at i:3390 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2126--3429 Score: 1332
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 511
2116 AAACAGACAT
*
2126 TCAATTATAGTCTAG-TTTAACGAAAAATGTAGAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGAT
1 TCAATTATAGTCT-GTTTTAATGAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGAT
* * * * * * *
2188 TATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGAATTGGCAACTATGAATAGACTTTTC
64 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TAGAAACTATAAATATACTTTTC
* *
2253 TTTCCAATGAATGATTTTTTCTGTACAT-TTTTTTGAGGTATACATTCAATTATAGTCTATTTTA
128 TTACCAATGAATGATTTTTTCT-T-CATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * *
2317 ATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
191 ATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAACCT-TTTAAAGCGAGT
* * *
2382 AATAAGGCTTTTTGCAA-GAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGCCCATTT
255 AATAAGGC-TTTTG-AAGGAATAGATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCCATTT
*** ** * * * *
2446 CTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATGTAAAAAACATTG
318 CTTCACGTTTCCCAAGACAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATCAATAATGTAAAAAACATTC
*
2511 AACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTGTGAAGGAATG
383 AACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTGTAAAGGAATG
* * **
2576 AGAGACTATAAATAGATATTTTTCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATTT
448 AGAGACTATAAATAGATATTTTTCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGATAG
* * * * *
2640 TCAATTATTGTCTATTTTAACT-AAAAAAGTAAAGCAATTCAACCTAAAATCAATTATG-AGATT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATT
* * * *
2703 ATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-TAAGTTTTC
65 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGAAACTATAAATAT-ACTTTTC
** * * * * * * *
2767 TTGTCAATAAAT-ATTTATTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAACTATAGTCTATTTTAA
128 TTACCAATGAATGATTT-TTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
* * * * * *
2831 TGAATAATTTATAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAATGCCTTTTAAAGCGAGG
192 TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAA-ACCTTTTAAAGCGAGT
* * * * **
2895 ACTAAGGCTTTTGAAGGATTAGATGACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATGAATGTCGTTTTCT
255 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCCATTTCT
* * *
2960 TCATGTTTCCCAAGACA-AAATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CTAGA-AATGTAAAAAA-GTTC
320 TCACGTTTCCCAAGACAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATC-A-ATAATGTAAAAAACATTC
* * * * *
3021 AACCTAAAATCATTTATGAGATTATACAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
383 AACCTAAAATCAATTATAAGATTATA-AATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTGTAAAGGAAT
* * * *
3085 GAGTGACTCATAAATAGACT-TTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTT-TAT-ATGTTTCCTGAGGC
447 GAGAGACT-ATAAATAGA-TATTT-TTC-CAATAAAT-ACTTTTTTCT-TCACGTTTCCTGAGGC
3147 AGA-AG
506 AGATAG
* *
3152 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAGAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAGATTA
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTA
** * * * *
3217 TAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGTAGGAATAAATAATTATAAATATACTTTTCTT
66 TAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGA-AACTATAAATATACTTTTCTT
*** * * *******
3282 ACCAATGAATGCCCTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTNNNNNNN
130 ACCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
*** * * * * *
3347 NNNATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
195 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAACCTTTTAAAGCGAGTAATA
*
3412 AGTCTTTTGAAGGAATAG
259 AGGCTTTTGAAGGAATAG
3430 GAGACT
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 125, Indels: 55
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 65 0.10
511 49 0.08
512 115 0.18
513 279 0.44
514 130 0.20
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGATTA
TAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAACTATAAATATACTTTTCTTA
CCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCCATTTCTTCACGT
TTCCCAAGACAGAAATTCAATTATAATCTATTTTAATCAATAATGTAAAAAACATTCAACCTAAA
ATCAATTATAAGATTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTGTAAAGGAATGAGAGACTA
TAAATAGATATTTTTCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGATAG
Done.