Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398911.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2192.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2431
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.24
Warning! 954 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:373 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1159 Score: 938
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
* * * * * *
1 TTCCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGACTTGAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *** * *
66 ATTTTTTTTGTAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAAGGTTTACCTCCTGAAACGTGAAG-A
66 ATTTTTTTAG-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
* ** * *
130 AAAAGATATTCACCGGCACA-AAAAGT-TCATTTATAGTC-GTCCA
130 AAAAG-CATTCATTGACA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT-CA
* * *
173 TTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * *
238 ATGTTTTTAGATTTTTATTTAAAATAGACTATTATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATAAAGAAA
66 ATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAA
* *
303 AAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTA
131 AAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
** ** * * *
344 TTTTTTTGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTG
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * ** * *
408 AATTTTTTTTTATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
65 AATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
* * *
473 ACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTA
130 AAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-A
* *
515 TGT--TTGCAAAAGCCTT-TCAACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
1 T-TCCTT-CAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
576 TTGAATGTTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGTA
62 TTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AA
** * * *
641 A-AAAAATTCATTCATTTA-AAGAAAAAGTGTATTTATAGTCACCCA
126 AGAAAAAAGCATTCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
686 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATTATTCTATAATATAATAATTGATTTTAAG-TAA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
750 ATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAA-A
66 A-TTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGA
* * * *
814 AACAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTC-TTCTA
129 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-A
* * * * * * * *
857 TTCCTTCAGAACCCTTTTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * **
922 ATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTTGAGAAATGCAT--AG-
66 ATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA--CATAAAGA
* * *
984 AAAAAGACATTTATTTG-CAAGTAAAGTCTATTTATAATCACTCA
129 AAAAAG-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * ** * * * * *
1028 TTCTTTAAAAAGCCACACTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTCACGTTG-
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * *
1092 ATTATTTTT-GCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGCACATCTACCTTAAGAAATATGAAGA
66 ATT-TTTTTAG-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGA
1156 AAAA
129 AAAA
1160 GACATNNNNN
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 164, Indels: 64
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 25 0.03
171 663 0.84
172 98 0.12
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAA
AAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
Found at i:655 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1157 Score: 1045
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 340
* * * *
1 TTCCTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATAGACTTGAAGTTG
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTG
* * * * * * **
65 AATTTTTTTTGTAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAAGGTTTACCTCCTGAAACGTGAAGA
65 AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
* ** * *
130 AA-AAGATATTCACCGGCACAAAAAGTTCATTTATAGTCGTCC-ATTCCTTCGAAAG-CTTTATT
130 AACAAG-CATTCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCTATT-CTTCAAAAGCCTTTA--
* * **
192 ACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTAGATTTTTAT
189 ACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGG
* * *
256 TTAAAATAGACTATTATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAG
253 TTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGA-AAG
* **
321 -AAAAGTCTATTTATAGTCTCTTA
317 AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
** ** *
344 TTTTTTTGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGA
* *
409 ATTTTTTTT-TATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
66 ATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
*
473 ACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGT-TTGCAAAAGCCTTTCAACT
131 ACAAGCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTAT-TCTT-CAAAAGCCTTT-AACT
* *
537 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTAACATTTTTGGTTAA
192 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** *
602 AATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGTAA-AAAAATTCATTCATTTAAAGAAAA
257 AATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAGAAAA
*
666 AGTGTATTTATAGTCACCCA
321 AGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * * * * * *
686 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATTATTCTATAATATAATAATTGATTTTAAG-TAA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGA
* * * * * * *
750 ATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAA-AAACATGAAAA
66 ATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACGTGAAGA
* * * * * *
814 AACAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAGAACCCTTTTTACT
130 AACAAGCATTCATTGGC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT-CTTCAAAAGCC-TTTAACT
* * * * * * * *
879 CGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTATATTATTGGTTAA
192 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * ** * *
944 AACATATTATAATTGAATGTCTGGCTTGAGAAATGCAT--AG-AAAAAGACATTTATTTGCAAG-
257 AATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAA--CATAAAGAAAAAAG-CATTCA-TTGAAAGA
* * *
1005 TAAAGTCTATTTATAATCACTCA
318 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * ** * * * * *
1028 TTCTTTAAAAAGCCACACTACTCGCTTT-AAATAATTTTATAATCTAATAATTG-ATTTCACGTT
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAATTT-AAGTT
* ** * * ** * **
1091 G-ATTATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGCACATCTACCTTAAGAAATATGAAG
64 GAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
1155 AAA
129 AAA
1158 AAGACATNNN
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 124, Indels: 53
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 35 0.05
342 533 0.80
343 89 0.13
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGA
ATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
ACAAGCATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTCAAAAGCCTTTAACTCGCT
TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
GACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAGAAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCCA
Found at i:1053 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 149--1141 Score: 1153
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 512
139 TCACCGGCAC
** * *
149 AAAAAGTTCATTTATAGTCGTCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATA
* * * * * * * *
214 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTAGATTTTTATTTAAAATAGACTATTATTGAATG
66 ATATAATAATTCATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
279 TGTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTA
131 TCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCTCTTA
* ** * * * * *
344 TTTTTTTGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGA
196 TTCTTCAGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCA
* * *
409 ATTTTTTTTTATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
261 ATTTTTTTATATTATTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAA
* * ***
474 CAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTTTGCAAAAGCCTTTCAACTCG
325 CAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGTTTGAAAAAGCCACACAACTCG
** * * *
539 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTAACATTTTTGGTTAAAA
390 CTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTCAAATTGAATATTTTAACATTTTTGGTTAAAA
* *
604 TAGACTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGTAAAAAAATTCATTCATTTAAAG
455 CAGACTATAATTGAACATCTACCTTGGGAAACGTGTAAAAAAATTCATTCATTTAAAG
* *
662 AAAAAGTGT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGC-TTATTACTTGCTTTAAATTATTCTA
1 AAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTA
* * * *
725 TAATATAATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
64 TAATATAATAATTCATTTTAAGTTAAA-TGTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* *
789 ATGTCTATCTTGAAAAACATGAAA-AAACAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCT
128 ATGTCTACCTTGAAAAACAT-AAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCT
* * *
853 -TCTATTCCTTCAG-AACCCTTTTTACTCGCTTT-AAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
192 CT-TATT-CTTCAGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGAATTT
* * * * ** **
915 AGGTTCAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTTGAGAAA-TG
254 AAGTTCAATTTTTTTATATTATTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTG
* * * * *
979 CATAGAAA-AAGACATTTATTTGCAAGTAAAGTCTATTTATAATCA-CTCAT-TCTTTAAAAAGC
319 -A-AGAAACAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCT-ATGT-TTGAAAAAGC
* ** * **
1041 CACACTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTCACGTTGATTATTTTTGCATT
379 CACACAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTCAAATTGAATATTTTAACATT
* *
1106 TTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGCACATCTACCTT
444 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAACATCTACCTT
1142 AAGAAATATG
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 71, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.01
512 14 0.04
513 372 0.94
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (512 bp):
AAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATA
ATATAATAATTCATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
TCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCTCTTA
TTCTTCAGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCA
ATTTTTTTATATTATTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTGAAGAAAC
AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGTTTGAAAAAGCCACACAACTCGC
TTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTCAAATTGAATATTTTAACATTTTTGGTTAAAAC
AGACTATAATTGAACATCTACCTTGGGAAACGTGTAAAAAAATTCATTCATTTAAAG
Done.