Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397419.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1555.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21229
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.26
Warning! 5895 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 63--2777 Score: 2591
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 171
53 AGATAAATAA
* * * * *
63 TCAATTATAATTTGCTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
128 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTA
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * * *
192 GTCAAAGAATGACTTTTTCTTCATGTTCCCAGAGAG-AGATAT
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCAGAG-GCAGACAT
* * * *
234 TCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * * *
299 AAAAGCATTTAAAGTAAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
* * * * * *
364 TCAATAAATGTCATTTTCTTCACGTATTTCA-AAGCAGATAT
131 TCAATGAATGACTTTTTCTTCACGT-TCTCAGAGGCAGACAT
** * * * * *
405 TCAATTATAGCCTATTTTAACTAAAAATGCAAAACAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
470 AAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAACGATTTTGAAGGAATGGGT-AGCTATAAATAGACTTTTCT
66 AAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCT
* * ** * * *
533 CA-TCAATAAATGACTTTTTTTTCACGTT-TCCCTAGGTAAACAA
129 -AGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCT-CAGAGGCAGACAT
* * * *
576 TCAATTATAATTTGTTTCAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTG
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
640 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTA
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * *
705 GTCAATGAATGACTTTTTCATCACGTT-TCACTAAGCAGACAT
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCA-GAGGCAGACAT
* * *
747 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
812 AAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
* * * * * * *
877 -CTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTTCA-AGGAAAATAA
131 TC-AATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTCTCAGAGGCAGACAT
* * * * *
918 TCAATTATAATTTGTTTTTACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * *
983 AAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATACGTAACTATAAATGGACTTTTCT-T
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
* * **
1047 TCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTCCCAGAGATAGACAT
131 T-CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCAGAGGCAGACAT
* *
1089 TCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * * *
1153 TAAAACTATTTAAAGTGAGTACCAAGGATTTTGAAGGAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * * * * * * * *
1218 GCCAATAAATGCCATTTTCTTCATGTATTTC-GAGGTAAATAT
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGT-TCTCAGAGGCAGACAT
** * * *
1260 TCAATTATAGCCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
1325 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGGCTTTAAATAGACTTTTCTCG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
* * * *
1390 TCAATGAATTG-CTCTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAAACAA
131 TCAATGAA-TGACTTTTTCTTCACG-TTCTCAGAGGCAGACAT
* * * * **
1431 TCAATTATAATTTGTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTGC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
1496 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAGGGCATGGGTGATTATATATAGACTTTTCTA
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * * * * *
1560 GTCAATGAATGGCTTTTTATTAATGTT-TCAGGTGGCAAACAT
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCA-GAGGCAGACAT
* * * * * * * *
1602 TCAATTATAATCTGTTTTAGCCAACAATGT-GAAATATTCCA-TCAAAAATCAACTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
1665 TAAAACCATTGAAAGTC-AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAATCACTATAAATAGA-TATTTC
65 TAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTC
* * * ** *
1728 TTACT-AATGAATGACTTTTTCTACACGTCCT-AGAGATAGACTT
128 -TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCAGAGGCAGACAT
*
1771 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
1836 AAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTTGACTATAAGTAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
* * * * * * *
1901 CCAATGAA-CAGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGTAGACAA
131 TCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTCTCAGAGGCAGACAT
* * * * * * *
1942 TCAATCATAATTTGTTTTATA-AAAAAATGCAAGAAAATTGAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * *
2006 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACAATAAATAGACTTTTTTA
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
*
2071 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT-TCACGAGGTAGACAT
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCA-GAGGCAGACAT
* * *
2113 TCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGAGAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
2177 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAGTAAAGCTTTTTAAGGAATGGGTAACCATATAT-GAACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * * * * *
2241 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAAACAA
128 TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTCTCAGAGGCAGACAT
* * * * * * *
2285 TCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * ** *
2350 CAAACCATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTCTGAAGGTATCAGTAACTATAAAT-GCACTTTTCTA
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTA
* * *
2414 GTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTT-TCACGAGGCAGACAT
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCA-GAGGCAGACAT
* * * * *
2456 TCAATTTTAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
2521 AAAACCAGTTGAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
* * * * * *
2586 TCAATAAATGCCATTTTCTTTACGTACTCTA-AGGCAAACAT
131 TCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTC-AGAGGCAGACAT
* * * *
2627 TCAATTAT-AGCTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTA
1 TCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * *
2691 CAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTACGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTA
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* *
2756 GTCAATGAGTGGCTTTTTCTTC
130 GTCAATGAATGACTTTTTCTTC
2778 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2076, Mismatches: 410, Indels: 116
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 43 0.02
170 207 0.10
171 1662 0.80
172 156 0.08
173 6 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAG
TCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCAGAGGCAGACAT
Found at i:8668 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8173--9902 Score: 1077
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
8163 NNNNNNNNNN
* * * * *
8173 AAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTATT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
8237 CACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCATG-AA-ATGTAAAGAAAAAGGC
66 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAA-AAAAA-TC
* * * * *
8300 ATTTATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATTGTTACCCATTCCTTC
128 ATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *********** * * *
8343 AAAACCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT
* * * * * * ** * * * * ***
8408 TTACATTTTT-GATTAGAACAAACTATAATTGAATTTTTGTCTCAAGCAACGTGATGAAAAAGNN
65 TTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AAAAAAATC
******** * * * *
8472 NNNNNNNNG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTT
128 ATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * * *
8514 AAAAGCCTTACTACTCATTTTAAAT-ATGTTTATATTCTCATAAATGATTTTTAGTTGAATATTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
8578 TTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGCATGTTTACCTTAAAAAACATGAGAAAAAAATCA
65 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AAAAAAATCA
** * * *
8643 TTCATGGGGACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTCCTTC
129 TTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
8685 AAAAG-CTTCATTA-TACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTG
1 AAAAGCCTT-ATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-
* * * * **
8748 TTTTACCTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGTAAAAAAAAAAA
63 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC--ATGAAAAAAAA
* * * * * ** ** *
8813 CCATTCACTGACT-AGAAATGTCCACCTATAGTCAATCATACCTTC
126 TCATTCA-TTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
8858 GAAAGCGTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTT-ATTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** * *
8922 TATATTTTTCGTTAACACA-ATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGAATAAAAAGA-CA
66 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAA-ATCA
** *
8985 TTCAACAGTAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACACATTCCTTC
129 TTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * *
9026 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTGTACAAT-TGCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * ** ** * * ** **
9090 TTACAATTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGAT-TGTCTCCAGAAGCATCAAGTAAAGCCA
65 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAATCA
* *
9154 TTCATTGACT-AGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
129 TTCATT-AGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** ** * * * *
9196 AAAAGCCTCGTTACTCACTTTAAATAATTTTATATTCTTATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTATT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * **
9261 TACACTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAGTGTCGACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAGGT-A
66 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA--AAAAAATCA
* * * * * * * *
9325 GTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCTTTT
129 TTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *** * * *
9367 AAATGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
9432 TACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAACTGAATGTCTGCCTTCAA-AAAAAT-AAAAAAAAGGCA
66 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAAAAAAA-TCA
* * * *
9495 TCCATTAGTAAG-AAAGTTCATTTATAGTCACCCGTGCCTTT
129 TTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * *
9536 GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * * *
9601 TGTA-A-TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGTAGAAAAAGCT
65 T-TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAATC-
* * * * * * *
9664 ACTCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCTTTC
128 ATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * ** * *
9707 AAAGGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGCATAAT-TGCATAATTGATATTAAGTTGAATATTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** **
9771 TTACATTTTTAGTTAAAATA-ACTTATAATTGAATGTCTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGAT
65 TTACATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAA-AT
* *
9835 -ATTCATTGACTAA-AAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTTCTTC
127 CATTCATT-AGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* **
9878 TAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
9903 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 322, Indels: 101
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 72 0.06
169 173 0.15
170 296 0.25
171 444 0.37
172 102 0.09
173 89 0.07
174 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAATCATT
CATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
Found at i:9466 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 8491--9902 Score: 1125
Period size: 511 Copynumber: 2.8 Consensus size: 509
8481 AAGAAAAATC
* * * * * * * * *
8491 CATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATATGTT-TATATTCTCAT
1 CATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTGTACAATCTCA-
* * * * * * * *
8555 AAA-TGATTTTTAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGCATGTTTAC
64 AAATTGATTTTAAGTTAAAT-TGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
** * * ** * * ** * * * *
8618 CTTAAAAAACAT-GAGAAAAAAATCATTCATGGGGACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTCC
128 CTCCAGAAACATCAAG-AAAAAGCCACTCATTGACAGGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCC
* ** ** * *
8682 TTCAAAAGCTTCATTA-TACACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTTGAAT
192 TTCAAAAGCCTCATTACT-CACTTTAAATAATTGCATAAT-TGCATAATTGATATTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * *
8745 TTGTTTTAC-CTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTCAGGAAACGTAAAAAA
255 AT-TTTTACAC-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGA-GAAACATGAAGAA
* * * * * * * ** ** ** * *
8808 AAAAACCATTCACTGACTAGAAATGTCCACCTATAGTCAATCATACCTTCGAAAGCGTTATTACT
317 AAAGA-TAGTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
8873 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTATTTTTTTTATATTTTTCGTTAAC
381 TGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAATTTGTTTACATTTTTCGTTAAA
* * * * * * ** * *
8938 ACAATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGAATAAAAAGACATTCAACAGTAAGAAAAG-
446 AAAACTATAACTGAATGTCTACATTCAAAAAAAT-AAAAAAAAGACATCCAACAGTAAG-AAAGT
9002 T
509 T
* * *
9003 CATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTGTACAAT-TGCAT
1 CATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTACAATCT-CAA
* * * ** **
9067 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGAT-TGTC
65 AATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-TCTACC
* * * * * *
9131 TCCAGAAGCATCAAG-TAAAGCCATTCATTGACTA-GAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATTCC
129 TCCAGAAACATCAAGAAAAAGCCACTCATTGAC-AGGAAAAGTTC-ACTTATAATCACCCATTCC
* ** * *
9193 TTCAAAAGCCTCGTTACTCACTTTAAATAATTTTAT-ATT-CTTATAATTGGTTTTAAGTTGAAT
192 TTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAATTGCATAATTGC--ATAATTGATATTAAGTTGAAT
* * * *
9256 -TTATTTACACTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAGTGTC-GACCTTGAGAAACATGAAGGAA
255 ATT-TTTACACTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTG-CATTGAGAAACATGAAGAAA
* * * *
9319 AAGGTAGTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCA-TTCTTTTAAATGCCTTATTACTT
318 AAGATAGTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAA-GCCTTATTACTT
* * *
9383 GTTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAA
382 GCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTACATTTTTCGTTAAA
* * * **
9448 AAAGACTATAACTGAATGTCTGCCTTCAAAAAAATAAAAAAAAGGCATCCATTAGTAAGAAAGTT
446 AAA-ACTATAACTGAATGTCTACATTCAAAAAAATAAAAAAAAGACATCCAACAGTAAGAAAGTT
* * ** * * * *
9513 CATTTATAGTCACCCGTGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTACAATCTCAAA
** * *
9578 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTGTAATTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT
66 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC
* ** * * *
9643 CAGAAACGTGTAGAAAAAGCTACTCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCTTTCA
131 CAGAAACATCAAGAAAAAGCCACTCATTGACAGGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCCTTCA
* * * * **
9708 AAGGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGCATAATTGCATAATTGATATTAAGTTGAATATTTTT
196 AAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAATTGCATAATTGCATAATTGATATTAAGTTGAATATTTTT
* * * * ** *
9773 ACATTTTTAGTTAAAATAACTTATAATTGAATGTCTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATT
261 ACACTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAGT
* *
9838 CATTGACTAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
326 CATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
9903 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 158, Indels: 59
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 6 0.01
509 78 0.11
510 204 0.29
511 300 0.42
512 121 0.17
513 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
CATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTACAATCTCAAA
ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC
CAGAAACATCAAGAAAAAGCCACTCATTGACAGGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAATTGCATAATTGCATAATTGATATTAAGTTGAATATTTTT
ACACTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAGT
CATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
AGTTTTAAAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAATTTGTTTACATTTTTCGTTAAAAAAACTATAA
CTGAATGTCTACATTCAAAAAAATAAAAAAAAGACATCCAACAGTAAGAAAGTT
Found at i:9569 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 8491--9810 Score: 1084
Period size: 340 Copynumber: 3.9 Consensus size: 335
8481 AAGAAAAATC
* * * ** * * * * *
8491 CATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAAT-ATGTTTATATTCTCAT
1 CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTTAT
* * * * * * * *
8555 AAATGATTTTTAGTTGAATATTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGCATGTTTACCT
65 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-A-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * * * * *
8620 TAAAAAACATG-AGAAAAAAATCATTCATGGGGACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATTCCTT
127 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ACTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAATCACCCATTCTTT
* * *
8684 CAAAAG-CTTCATTA-TACACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTTGAATT
190 CAAAAGCCTT-ATTACT-TACTTTAAATGGTTGTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
8746 TGTTTTACCTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAGGAAACGTAAA-AAAA
252 TG-TTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCA--AAA---AAATAAAA
* *
8809 AAAA-CCATTCACTGACTAGAAATGTC
311 AAAAGCCATTCA-TTACTAGAAA-GTT
** * * *
8835 CACCTATAGTCAATCATACCTTCGAAAGCGTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
* * * * **
8900 ACTGATTTTAAGTTATTTTTTTTATATTTTTCGTTAACAC-AATTATAATTGAATGTCTATATTG
66 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTA-A-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *** * * * *
8964 AGAAACGTGAATAAAAAGACATTCAACAGTAAGAAAAGTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAA
129 AGAAACGTGAAGAAAAAGATACTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAA
* * * * * *
9029 AGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTGTACAATTGCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC
194 AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC
* * * ** * * * ** * **
9094 AATTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGAT-TGTCTCCAGAAGCATCAAGTAAAGCCATTCA
259 ATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-TCTGCCTTCAAAAAAATAAAAAAAAGCCATTCA
9158 TTGACTAGAAAAG-T
323 TT-ACTAG-AAAGTT
* * ** ** *
9172 CTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCGTTACTCACTTTAAATAATTTTATATTCTTAT
1 C-ATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
* * * * *
9237 AATTGGTTTTAAGTTGAATTTATTTACACTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAGTGTCGACCT
65 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-A-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
9302 TGAGAAACATGAAGGAAAAGGTAGTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCTTTT
127 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATACTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAATCACCCATTCTTTC
* ** * * *
9367 AAATGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTAAAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
191 AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
* * * *
9431 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAACTGAATGTCTGCCTTCAAAAAAATAAAAAAAAGGCAT
255 TTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCAAAAAAATAAAAAAAAGCCAT
* *
9496 CCATTAGTAAGAAAGTT
320 TCATTACT-AGAAAGTT
* * * * * * * *
9513 CATTTATAGTCACCCGTGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
*
9578 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTGTAATTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT
66 ATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTT-TAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
9643 CAGAAACGTGTAGAAAAAGCTACTCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCTTTCA
128 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATACTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAATCACCCATTCTTTCA
* * * *
9708 AAGGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGCATAATTGCATAATTGATATTAAGTTGAATATT-TT
192 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTT
9772 TACATTTTTAGTTAAAATA-ACTTATAATTGAATGTCTGC
256 TACATTTTTAGTTAAAATAGAC-TATAATTGAATGTCTGC
9811 ATTGGGAAAT
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 172, Indels: 54
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 7 0.01
338 77 0.10
339 28 0.04
340 324 0.42
341 210 0.27
342 45 0.06
343 26 0.03
344 60 0.08
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
AAACGTGAAGAAAAAGATACTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAG
CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAT
TTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCAAAAAAATAAAAAAAAGCCATTCATTA
CTAGAAAGTT
Found at i:10713 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10390--10721 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
10380 NNNNNNNNAG
* * * * *
10390 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTC
1 TTGATTTTAAGTTAAATTATTTTCACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTC
* * * * * *
10455 TGGGAAGATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAATATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
66 TGGAAAGATGAAGAAAAAGCCACTCATTACTAAGAAATATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
10520 AAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
131 AAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
* * * * *
10562 TTGATTTTAGGTTAAATT-TTTTCACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCT-
1 TTGATTTTAAGTTAAATTATTTTCACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTC
*
10625 TGTGAAACG-TGAAGAAAAAGCCACTCATTGACT-AGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATACC
66 TG-GAAA-GATGAAGAAAAAGCCACTCATT-ACTAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCCATACC
** * *
10687 TTTGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTA
127 TTCAAAAACCTTACTACTCA-CTTTAAATGGTTTTA
10722 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 21, Indels: 11
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 111 0.83
172 19 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTGATTTTAAGTTAAATTATTTTCACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTC
TGGAAAGATGAAGAAAAAGCCACTCATTACTAAGAAATATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
AAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
Found at i:12831 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12226--13355 Score: 913
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
12216 NNNNNNNNNC
* * * * ** * *
12226 ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATAGTCTCTTAA
1 ATTTATAGTCACCTAT-TCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
12291 TTGATTTTAAGTT-AATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGCCT
65 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCT
**
12354 C-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTATA-AAAAGTCT
127 CAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCT
* * * * * * * *
12397 ATTTATAAT-AACTCATTCCTCCAAAAGCATTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTA
1 ATTTATAGTCACCT-ATTCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * * *
12461 ATTCAATTTAAGTTGAATTGCTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTC
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* ** * * * * *
12526 AGGCAATGTAAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
128 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * * * *
12568 ATTTGTGGTCACCCATTCCTTCCG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATT-CTT-CGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
12631 ATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTC
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * *
12696 AGGAAACATGAAGAAAAAG-TATTTTATTGACTAA-AAAAGCCC
128 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGAC-AAGAAAAGTCT
* *
12738 ATTTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAA
1 ATTTATAGTCACCTAT-TCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * **
12803 TTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTACATTTTTTTATAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTT
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
* * ** *
12868 GAAAACGTGAAGAAAAAGCTGTTCATTGGCAAGAAAAGTCT
129 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * * *
12909 ACTTATAGTCACCTATTCCTTC-AAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATT-CTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
**
12973 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTC
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * * * *
13038 TGG-GACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAAGAAATGTCT
128 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * * *
13079 ATTTATAGTTA-TTCATTCCTTCGAAAGCCTTACTACT-GACTTTAAATCGTTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACCT-ATT-CTTCGAAAACCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *** * *
13142 AGTTGATTTT-TGGTGAAATGTTTTCACATTGTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
63 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* ** * * *
13206 ACCTGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATTGACTATAAAAGTCT
126 TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * ** *
13250 ATATATAGTCACCTATGCCCTT-GAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCGTA
1 ATTTATAGTCACCTAT--TCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
13314 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACA
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACA
13356 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 171, Indels: 68
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 275 0.36
171 451 0.60
172 19 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACCTATTCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT
Found at i:13150 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 12228--13355 Score: 1040
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 335
12218 NNNNNNNCAT
* * * * *
12228 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTA-TTTTATAGTCTCTTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
12292 TGATTTTAAGTT-AATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGCCTC
65 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTC
* * *
12355 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT-ATAAAAAGTCTATTTATAATAACTCATTCCTCC
128 G-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GTCA-AAAAAGTCTATTTATAGTAA-TCATTCCTTC
* * * * * * * * *
12419 AAAAGCATTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCAATTTAAGTTGAA-TTGCT
189 GAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCT
* * * * * * * *
12483 TCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAGGCAATGTAAACAAAAAGGCA
254 T-ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC-TGAAACGTGAACAAAAA-GCA
*
12548 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
315 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * ** * *
12569 TTTGTGGTCACCCATTCCTTCCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAAT
1 -TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
12633 TCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCA
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-
* * * * * *
12697 GGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTTTATTGACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATGT-CTTC
128 GGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TTCATTGTC-AAAAAAGTCTATTTATAGTAATC-AT-TCCTTC
* * *
12760 GAAAACCTTATTACTTG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTCAATTTTC
189 GAAAGCCTTATTAC-TGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTC
* * * * * *
12824 TTACATTTTTTTATAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCTG
253 TTACATTTTTGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTG-AAACGTGAACAAAAAGC-A
12889 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
315 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * * *
12910 CTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAAT
1 -TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* **
12975 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTG
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-G
* * * *
13040 G-GACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAAGAAATGTCTATTTATAGTTATTCATTCCTTCGAA
129 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAA-AAAAGTCTATTTATAG-TAATCATTCCTTCGAA
* * * ** * *
13104 AGCCTTACTACTGACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTTGGTGAAATGTTT-TCA
192 AGCCTTATTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTCTTA
* * * * * * *
13168 CATTGTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCACCTGAAACATGAATAAAAAGCCATTC
256 CATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCTGAAACGTGAACAAAAAG-CATTC
* * *
13233 ATTGACTATAAAAGTCTA
318 ATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * * * * ** *
13251 TATATAGTCACCTATGCCCTTGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCGTAA
1 T-TATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
13315 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACA
64 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
13356 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 117, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.02
341 487 0.76
342 141 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGA
AACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAAAAAAGTCTATTTATAGTAATCATTCCTTCGAAAGCC
TTATTACTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTT
TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGAAACGTGAACAAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTA
Found at i:13189 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 12225--13357 Score: 1313
Period size: 512 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
12215 NNNNNNNNNN
* * * * ** * *
12225 CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATAGTCTCTTA
1 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTA
* *
12290 ATTGATTTTAAGTTAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTTTGCCTC
66 ATTGATTTTAAGTTAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTC
* *
12355 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTATAAAAAGTCTATTTATAATAACTCATTCCTCCA
130 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATAAAAAGTCTACTTATAATAACTCATTCCTCCA
* *
12420 AAAGCATTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCAATTTAAGTTGAATTGCTTC
195 AAAGCATTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCAATTTAAGTTGAATTGCTTC
*
12485 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAGGCAATGTAAACAAAAAGGCATT
260 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAGGCAACGTAAACAAAAAGGCATT
* * *
12550 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCACCCATTCCTTCCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
325 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCGAAGCCTTACTACTTGCTTTAAAT
* * *
12615 GATTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTACA
390 GATTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGGTGAATATTTTTACATTGTTCACTAAAATAGATTACA
* * *
12680 ATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-TATTTTATTGACTAAAAAAGCC
455 ATTGAATGTTTGCCACAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGACTAAAAAAGCC
* *
12737 CATTTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTA
1 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTA
* * * * *
12802 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTACATTTTT-TTATAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCT
66 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGT-TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCC-
* * ** * *
12866 TTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCTGTTCATTGGCA-AGAAAAGTCTACTTATAGTCAC-CTATTCC
128 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATA-AAAAGTCTACTTATAATAACTC-ATTCC
* * * * *
12928 TTCAAAAGGC-TTATT-GCTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
191 TCCAAAA-GCATTATTAG-TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCAATTTAAGTTGAAT
** * * * * * * *
12991 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-TCTCTGG-GACGTGAAGAAAA
254 TGCTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTC-AGTCTCAGGCAACGTAAACAAAA
* * * * * **
13054 AGTCATTCATTGTCAAGAAATGTCTATTTATAGTTATTCATTCCTT-CGAAAGCCTTACTAC-TG
318 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCG-AAGCCTTACTACTTG
* * * * **
13117 ACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTT-TGGTGAA-ATGTTTTCACATTGTTGGCTA
382 -CTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGGTGAATAT-TTTT-ACATTGTTCACTA
* ** * *
13180 AAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCACCTGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATTGACTATAAA
443 AAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCACAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAA
*
13245 AGTC
508 AGCC
* * * ** *
13249 TATATATAGTCACCTATGCCCTT-GAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCGT
1 CATTTATAGTCACCTATG-CCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCT
* *
13313 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACAAA
65 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAA
13358 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 83, Indels: 32
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 78 0.15
512 424 0.81
513 14 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTA
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCG
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATAAAAAGTCTACTTATAATAACTCATTCCTCCAA
AAGCATTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCAATTTAAGTTGAATTGCTTCA
CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAGGCAACGTAAACAAAAAGGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCGAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATG
ATTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGGTGAATATTTTTACATTGTTCACTAAAATAGATTACAA
TTGAATGTTTGCCACAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGCC
Found at i:16175 original size:171 final size:171
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15864 NNNNNNNNNN
* * * * ** * **
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * *
15939 TGACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTCT-AAGAAATAAACA
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* * **
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* * * * * *
16045 CTTAAAATCAATTACGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCATTTGAAAGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * **
16110 TGAATATAAATGGATTTTTTTTGCCAATGACTACCTTTGCCTTCATGTTTCTCAAGGTCAACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCAACATT
* * *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * ** **
16280 GTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTATGGA-GAAAATCA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCAA-CA
* * * *
16344 TTCTATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
16387 CCTAAAATCAATTATGCA-ATTATACAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
1 CTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * ** **
16451 GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTACTATTGAATGTCTTTTTATTCACATTTCTCAATAT-AGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCA-ACA
* * * *
16514 TTCAATTATAATATGTGTTAACCAAAAATAT-TAAAAAAA-T-GA
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* * * * *
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGG
* * * * * * * * * * *
16620 TTGACTATAAGTGGACATTTCTAGTCAGTGAATG-GTTTTTTTTCACGTTTC-CTGAGGTAAACA
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* * * *
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * *
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** *
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* * ** * * * *
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGG
* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
17072 CTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTTTGAAGAAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * ** * * * **
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* * *
17200 TTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT-GAAAAATTCAA
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* * * * * *
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1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * ** ** * * *
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* * * * * * *
17369 ATTTAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAGTTTAAAAAAACTAAA
128 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
** ** * * * *
17413 CTTAAAATCAATTACCAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGCG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* ** * * * * * * * *
17478 TGAATATGTATGGGA-TTTTCTTACCAATAAACGGCTCTTTCTTCATGTTTCCCTAGGTGAACAT
66 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCAACAT
* *
17542 TCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAA
130 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * ** * *
17584 CCTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTCTCAAAAGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * *
17649 TGACTATAAATGGGA-TTTTGTCGCCAATGAACGGCTCTTTCTTTATGTTTC-CTTAGGTGAACA
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* *
17712 TTCAATCATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
** * * * *
17755 CCGAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTC-TTTCAA-AAACTTG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA--TG
* * * ** ** *
17818 TGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAAT-CACTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGT-AGA
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* * *
17881 TATTCAATTACAATCAATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAA
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* * *
17926 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *** ** * * * *
17991 TGGCTATATATGAACTTTTCTAATCAATGAATGGTTTTTTCTTTACGTTTCCCAAGGTGAACATT
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* * * * *
18056 CAACTCTAAGT-TGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
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* * * * **
18097 CTTAAAATCAATTATGCGATGATACAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAC
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
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* * * *
18224 ATTCAATTAT-ATGT-TGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAA
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* * *******************************
18268 TTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
*** * ** *
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* * * * *
18397 TCAATTATAATTTATTTTTACCAAAAATATAAACAAATTCAA
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* * *********** **
18439 CTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTNNNNNNNNNNGTAAGGCTTTTGAAGGAATACG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * ** ** * *
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66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-CA-ACA
*
18567 TTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAATGTAAGAAAATTCAA
129 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
********** * * ** * *
18609 CTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACCAATGCTTTTGAAGGAATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
** * * * * * *
18674 CAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGTCATTTTCTTCATGTATT-TCGAGG-CAAATA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT-TTCTCAAGGTC-AACA
** * *
18737 TTCAATTATAGCCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAA
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* * * * * *
18780 CTTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGAATGGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * ** * * *
18845 TG-CTCTAAATAGACTTTTCTCGTCAATGAACTG-CTCTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACAA
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* * * ** *
18908 TCAATTATAATTTGTTTCAACTTAAAATGTAAAAAAAATTTAA
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* ** * *
18951 CTTAAAATCAATTACGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAGGGCA-GA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATG-
* * * * * * * *
19014 GGTGACTATATATAGACTTTTCTAGACAATGAATGGCTTTTTATTCATG-TT-TCAGGTGATAAA
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* * * * * *
19077 CATTCAATTATAATCTTTTTTAGCCAACAATGTGAAAAAATTCCA
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** * * * *
19122 CCAAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AATAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * ** * *
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* * * *
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127 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
19291 CTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAATCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
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* * * * * *
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* * * * * *
19462 CTAAAAATCAATTAGGAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGG-TTTTCGAA-GACATA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA-ATG
* * * ** * * *
19525 GGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTAGTCAATAAATTACTTTTTCTTTATGTTTCCCGAGG-CAAA
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* * *
19588 CATTCAATTGTAATCTATCTTAATC-AAAAATGTAAAAATATTCAA
127 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * ** *
19633 CTTAAAATGAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCGGAAGAAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * ** * * *
19698 TGACTACAAATGGACTTTTCTCGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TGCCT-GA-GACTGAC
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGTC-AAC
* * * * * * ** *
19760 ATTCTAGTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAGCAGTTCAA
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* * * * * * ** * *
19804 CTTAAATTGAACTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGACTAATAATACTTTTGGAGGAATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
19869 TTATTATAAATGGACTTTT-TATACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCA-ACA
* * * * * *
19932 TTCAATTAT-AGCTTAATTTGACCAAAAATATAAAACAATT-AA
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* * * * * * *
19974 CTTAAAATCAATTAAGAGACTATAAAACAATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
** * * * **
20039 TGACTATAAAT-GATCTTTTCTTGGTAATGAAT-CACTTTTTCTTTACGTTTTTTGA-G-CAGAC
66 TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCA-AC
** * * *
20100 ATTCAATTATAGGCTATTTTAACTAAAGATGTAAAAATATTCAA
128 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
20144 CTTAAAATCGATTATTAGATTACAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * *
20209 TGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCATTGAAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
20241 AGCTTTTAAA
Statistics
Matches: 3258, Mismatches: 803, Indels: 271
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.00
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174 40 0.01
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TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCAACATT
CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:20341 original size:116 final size:116
Alignment explanation
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20121 ACTAAAGATG
* * ** * *
20131 TAAAAATATTCAACTTAAAATCGATTATTAGATTACAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTT
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* * *
20196 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCATTGAATAGCTTT
66 TCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATAGCTTT
***
20247 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGGCTT
** *
20312 TCGAAAGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 TCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
20346 AGTCAATGAA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 15, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
116 84 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (116 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGGCTT
TCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATAGCTTT
Found at i:20638 original size:172 final size:167
Alignment explanation
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20238 AATAGCTTTT
*
20248 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
* *
20313 CGAAAGCG-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTC-TCA-TATTCT
66 C-AAAG-GATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTAGTCAATGAATGA-TTTTTCTTCAGT-TTC-
* * * *
20375 AAGAGATAAACATCAA-TATAATTGTTTTAACAAAAAAAAT-
126 AAGAGGTAAACATCAATTATAATTATTTTAACCAAAAATATA
* * *
20415 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
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* * *
20480 CAAAGGTATGGGTAACAATAAATGGACTTTTTTAGTCAATCAATGATTTTTCCTTCACGTTTCAC
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* *
20545 GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
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* * * *
20587 AAAAAAAGTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGGTTT
1 AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
*** * * * *
20651 TTTTAGGAATGGGTAACTATATATGAACTTTTCTT-G-CAAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTT
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** *
20714 CTTGAGGCAAACAATCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATAT-
125 CAAGAGGTAAAC-ATCAATTATAA-TTATTTTAACCAAAAATATA
*
20758 AAAACAATTCAACTTAAAA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAA
20777 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 40, Indels: 30
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 9 0.03
167 97 0.32
168 12 0.04
169 7 0.02
170 7 0.02
171 31 0.10
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173 9 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
CAAAGGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTAGTCAATGAATGATTTTTCTTCAGTTTCAAGAG
GTAAACATCAATTATAATTATTTTAACCAAAAATATA
Done.