Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398913.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2194.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 992
Length: 1654
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Warning! 30 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:342 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1646 Score: 1386
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
* * * * *
1 TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTATTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
** * *
66 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-AAGCAAAAAG
65 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATGGCAAG--AAAAG
* *
130 TCTATTTATAG-CACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * ** *
172 CTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGCAAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* ** **
237 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTTATGGACAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATGG-CAAGAAAAGTC
*
302 CATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
343 TTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGATTTTAATTTG-AGTTTTTTATATTTTTGGTT-AAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * * *
406 AGGTTATAATTGATTGTATACCT-AGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGA
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TGGCAAGAAAAGT
* * * * *
470 CTATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGC
129 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
512 -TTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAAATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * ** * * **
576 ATATAATAATTGAATGTCTGTCTC-GAGAAGTATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
640 CTATTCATAGTCAC-CTATGCCTTTGAGAGCCTTATTACTTGC
129 CCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * **
682 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTT-GAAAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAA
* * ** * *
746 TAGGTTATTATTGAATGT-TAGCCAT-AGGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAA
65 TAGATTATAATTGAATGTCT-GCC-TCAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATCCA-TGGCAAGAAA
** * * * **
808 AGTCCATACATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCGC
126 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
853 TTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * * * * *
917 ATG-TTATAACTAAATGTTTACCT-ATAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTG-ATAAAAAAG
66 A-GATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATGGCA-AGAAAAG
*
979 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCC---TTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
*
1019 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATT-AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
1083 ATAGATTTTAACTT-AATGTCTACTTTA-GAAGACATGAAGAAAAAGTCATCTATTGGCAAGAAA
64 ATAGATTATAA-TTGAATGTCTGCCTCAGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TGGCAAGAAA
* *
1146 AGTCCATTTATAG-CACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
126 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
1190 CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * *
1255 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGTAAA-AGTGAAGAAAAATCCATCTATGGGGAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATCCAT-GGCAAGAAAAGT
* **
1319 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCNN
129 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
******** * *
1361 NNNNNNNNGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * **********
1426 CAGA-TATAATT-AAGTGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAANNNNNNNNNNATTGGCAAGAAAAG
65 TAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TGGCAAGAAAAG
* * * * * *
1489 TCCATTTATACTTACCCATGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
********** * *
1532 TTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* *
1597 AGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAAC--GCAAGCAAAAGCCATCCAT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATCCAT
1647 TGAAATAA
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 236, Indels: 96
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 41 0.03
167 6 0.01
168 113 0.09
169 169 0.14
170 349 0.29
171 476 0.40
172 38 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:988 original size:510 final size:502
Alignment explanation
Indices: 1--1358 Score: 1556
Period size: 510 Copynumber: 2.7 Consensus size: 502
* * *
1 TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTATTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * * * *
66 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGCAAAAAGT
65 TAGATTATAATTGAATGTCTGACTCA-GAAGTATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAAG--AAAAGT
* * *
131 CTATTTATAGCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTAAAATCTCATA
127 CTATTTATAGCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
196 ATTGAATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGCAAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTC
192 ATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GAAAAAACAGATTATATTTGAATGT-TGCCTC
* * *
261 AGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTTA-TGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTC
255 AGGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * * **
325 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGATTTTAATTTGAGTTTTTT
319 GAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAAAAATTGATTTTAAGTAAAGTTTTTT
* * * * *
390 ATATTTTTGGTTAAACAGGTTATAATTGATTGTATACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC
384 ACATTTTTGGTTAAACAGGTTATAACTAAATGTATACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCC
* * * *
455 ATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGC
449 ATTGACAAGAAAAGACCATTTATAATCACTCAAGCCTTC-AAAAGCC---TTACTCGC
* **
512 -TTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTAAATATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * *
575 TATATAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAGTATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGT
65 TAGATTATAATTGAATGTCTGACTC-AGAAGTATGAAGAAAAAGTCATTCATTG--AAGAAAAGT
* * * * * * *
640 CTATTCATAGTCAC-CTATGCCTTTGAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA
127 CTATTTATAG-CACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
704 TAATTG-ATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTTGAAAAAATAGGTTAT-TATTGAATGTTAG
190 TAATTGAATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGAAAAAACAGATTATAT-TTGAATGTT-G
* * * * ** * *
767 CCAT-AGGAAATGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATACATAGCCACTCATG
251 CC-TCAGGAAAAGTGAAGA-AAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
830 CCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTAAATT
314 CCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAAAAATTGATTTTAAGTAAAGT
* * * * * * *
895 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTTATAACTAAATGTTTACCTATAGAAACATGAAGCAAAAG
379 TTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGGTTATAACTAAATGTATACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAG
* * * *
960 CTATCCATTGATAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTCGC
443 CCATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTCGC
* *
1019 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * *
1084 TAGATTTTAACTT-AATGTCT-ACTTTAGAAGACATGAAGAAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAA
65 TAGATTATAA-TTGAATGTCTGAC-TCAGAAG-TATGAAGAAAAAGTCATTC-ATT-G-AAGAAA
* * *
1146 AGTCCATTTATAGCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTC
124 AGTCTATTTATAGCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTC
1211 ATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTG
189 ATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAA--AAAACAGATTATATTTGAATG-TTG
* * * *
1275 CCTCAGTAAAAGTGAAGAAAAATCCATCTATGGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
251 CCTCAGGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
1340 TTCGAAAGTCTTATTACTC
316 TTCGAAAGTCTTATTACTC
1359 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 109, Indels: 63
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
507 11 0.02
508 196 0.28
509 171 0.24
510 270 0.38
511 58 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTCTGACTCAGAAGTATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAAGAAAAGTCTAT
TTATAGCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
AATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAAAAAACAGATTATATTTGAATGTTGCCTCAGGAAA
AGTGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAAAAATTGATTTTAAGTAAAGTTTTTTACATTTT
TGGTTAAACAGGTTATAACTAAATGTATACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGACA
AGAAAAGACCATTTATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTCGC
Done.