Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397421.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1491.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20952
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.10, T:0.35
Warning! 2187 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:339 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1047 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
* *
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCAATTTTTTT
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * *
65 GACATTTTTAGTTAAAACAGACTCTAATTGATTGTTTACCTTGAGAGATGAAAGAAAAAAGCATT
66 -ACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAAATGAAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
130 TATTGGCAAGAAACGTCTATTTATGGTTTCCTATTCTTTCAA
130 TATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCCTATTCTTTCAA
* * * *
172 AAGTTTTATTACTCACTTTAAATGAG-TTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-ATCAAATTTTTT
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* *
235 ACATTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAA-TAT
66 ACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAAA--TGAAAGAAAAAAGCAT
*
298 TTATTAGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCT-CTCATTCTTTCAA
129 TTATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCCT-ATTCTTTCAA
* * * *
341 AAGCTTTATTACTCGCTTAAAAT-AGTTTTATAAATTCATAATCGATTTTAAGTTCAATTTTTTA
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-
* *
405 TACA----T--TT---------T-T-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCA
65 TACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAAA--TGAAAGAAAAAAGCA
* * * * * * * ****
452 TTCATTGGCAATAAAAATCCATTTATATTCTCCTGTTAGCACAA
128 TTTATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCCTATTCTTTCAA
* * **********
496 AAG-TCTTACTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
1 AAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * ** *
559 T-CATATTTTCAATTAAAACAGACTACAATTGAATATCTACCTCAAGAATCATG-AAGAAAAAAC
65 TACAT-TGTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAA--ATGAAAGAAAAAAG
* * * *
622 CATTTATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCGTTC-ATTCATTCAA
126 CATTTATT-AGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTC-TCCTATTCTTTCAA
* * * ** * * * *
668 AAGCCTTATTAGTCTCTTTAAATG-GTTTCGTTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * *
732 ACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTAACTAGAGAAACAT-AAAGAAAAAAGCAT
66 ACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAG-AA-ATGAAAGAAAAAAGCAT
* * * * * * ****
796 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTNNNN
129 TTATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCCTATTCTTTCAA
****** * * * * *
839 NNNNNNTATTACTCGCATTAAATG-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTT
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTTT
* * * * * * * ** *
903 TTCTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCG-ACCTTGAGAAATGTGTAGAAAAAA-AA
65 TACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATAT-GTACCTTGAGAAATG-AAAGAAAAAAGCA
* * * * * * *
966 TTCATTCGCAAGAAAAATCTATTTATATTCTCCTATTCCTTCAA
128 TTTATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCCTATTCTTTCAA
* ** *
1010 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCA
1 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCA
1048 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 149, Indels: 90
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
153 2 0.00
154 35 0.05
155 77 0.11
156 4 0.01
158 1 0.00
161 2 0.00
165 2 0.00
167 1 0.00
168 4 0.01
169 117 0.17
170 34 0.05
171 234 0.34
172 162 0.24
173 6 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
ACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATGTACCTTGAGAAATGAAAGAAAAAAGCATTT
ATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCTCCTATTCTTTCAA
Found at i:1598 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1175--1961 Score: 640
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
1165 NNNNNNNNNN
* * **
1175 TGAATGTCTACCTCGAGAATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCT-TTTATAG
1 TGAATG-CTACCTCAAGAAT--TGAACAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAG
* * * * * ** **
1239 ACTTCCA-TCCTTTCAAAAGCTTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTTTATAAAATCGTAATTGATT
62 TCTTTCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
* *
1302 TTTAAGTTCAATTT-TTTTCACATTTTTAGTTATAACAGACTATAAT
124 TTTAAGTTCAATTTCTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
1348 TGAAAGCTTGCCTCAAGAATCATGAACAAAAAAGCATTCACTGGTGAGAAGAGTCTATTTATAGT
1 TGAATGC-TACCTCAAGAAT--TGAACAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * *
1413 CTTCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
63 CTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
**********
1478 AGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTNNNNNNNNNNATAAT
128 AGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* *
1520 TGAATGCTACCTCAAGAATTGGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
1 TGAATGCTACCTCAAGAATT-GAACAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
* * * * * ** *
1585 TTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAG
65 TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *
1650 TTCAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAGT
130 TTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
1689 TGAATGTCTACCTCGAGAAATAGAATAAAAAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATGGT
1 TGAATG-CTACCTCAAG-AATTGAACAAAAAAGCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * *
1753 CTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACGTTTTAGATTA-TTTTATTATCTCAAAATTGATTTT
63 CTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * * *
1817 ATGTTCAATTGCTTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAAGT
127 AAGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA-T
* * * * * * *
1861 T-AATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAAAT-TCATTTATAA
1 TGAATG-CTACCTCAAG-AA-TTGAACAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* **
1923 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
62 TCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1962 GATTTTNNNN
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 105, Indels: 33
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 26 0.05
170 202 0.41
171 119 0.24
172 46 0.09
173 98 0.20
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TGAATGCTACCTCAAGAATTGAACAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTT
TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
TCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
Found at i:1921 original size:341 final size:344
Alignment explanation
Indices: 1175--1967 Score: 860
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 344
1165 NNNNNNNNNN
* * * *
1175 TGAATGTCTACCTCGAGAATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGA
1 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGT
*
1240 CTTCCA-TCCTTTCAAAAGCTTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTTTATAAAATCGTAATTGATTT
66 CTTTCATTCC-TTCAAAAGC-TTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAAAATCGTAATTGATTT
* *
1303 TTAAGTTCAATTTTTTTCACATTTTTAGTTATAACAGACTATAATTGAAAGCTTGCCTCAAGAAT
128 TTAAGTTCAATTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCTTACCTCAAGAAT
* * * * * *
1368 CATGAACAAAAAAGCATTCACTGGTGAGAAGAGTCTATTTATAGTCTTCCATTTCTTCAAAAGGC
193 CATGAACAAAAAAGCATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
1433 TTATTGCTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTACATT
258 TTATTACACGCATTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGCTTTTACATT
* **********
1498 TTTGGTTNNNNNNNNNNATAAT
323 TTTGATTAAAACAAACTATAAT
* * * *
1520 TGAATG-CTACCTCAAG-AA-TTGGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATA
1 TGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTC-ATTTATA
* * ** *
1581 GTCTTTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCGTAATTTA-TT
64 GTCTTTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAATCGTAATTGATTT
* * * *
1645 TTAAGTTCAATTTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATG-TCTACCTCGAGAA
128 TTAAGTTCAATTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCT-TACCTCAAGAA
* * * * *
1708 --ATAGAATAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTC-TCTCATTCCTTTAAAA
192 TCAT-GAACAAAAAAGCATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC-CATTCCTTCAAAA
** * * *
1770 GCCTTATTACACGTTTTAGATTA-TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGCTTTTA
255 GCCTTATTACACGCATTA-AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGCTTTTA
1834 CATTTTTGATTAAAACAAACTATAAGT
319 CATTTTTGATTAAAACAAACTATAA-T
* * * *
1861 T-AATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAAATTCATTTATAAT
1 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGT
* * *
1924 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTT
66 CTTTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1968 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 64, Indels: 32
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 116 0.31
341 115 0.31
342 36 0.10
343 79 0.21
344 14 0.04
345 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (344 bp):
TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGT
CTTTCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAAATCGTAATTGATTTTTA
AGTTCAATTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCTTACCTCAAGAATCAT
GAACAAAAAAGCATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACACGCATTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGCTTTTACATTTTT
GATTAAAACAAACTATAAT
Found at i:3279 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2584--5033 Score: 1613
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 170
2574 NNNNNNNNNN
*
2584 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTACCTCAAG-AA-ATGGAAGAAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAA
** * * * **********
2646 GTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTT
65 AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
2711 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGGTCATTTTT
130 T-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTT
* *
2754 TTTTACAATATTT-GTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAA-A-GAAAGAAAAA
1 TTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAA
** ********* **
2816 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
64 AAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * * *
2880 TTTAAATTATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGT
128 TTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-T
* * **
2925 TTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATG-AGTAAAAA
1 TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAA
* * * ** **
2989 AATATTCATTGGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATT
64 AAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
3054 TTAAAAGATTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTCAACTT
129 TT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * *
3097 TTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGACTATATTTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGCAAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAA
* * * * *
3162 AAATT-ATTAGCAAGACAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTG
65 AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3226 TAATCGGTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAATTTTAATTT
130 TAAT-GGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * *
3268 TTTTCACATTTTTGATTAAGACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAATC-TGAAG-AAAAA
1 TTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * * * *
3331 AAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCTC-CTATTCTTTTAAAAGCCCTATCACTCGCT
65 AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
3395 TTAATAGCTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTT
129 TTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* *
3435 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATG-CTACCTCAAG-AA-ATGCAAGAAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAA
** * * * * * * *
3497 GCATTCACTGACAAGAAAAGTCTACTTATAGTGTGC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCT
65 AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
********* *
3561 TTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTG
129 TTAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * * * ** *
3604 TTTAACATTTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGGAAGAGAAA
1 TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAA
** * * * * *
3667 AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAATCCATATTACTCG-T
64 AAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * ** * *
3731 ATTAAATTATTTTATTATCTCAAAATCAATTTTATGGTCAATTTTTT
129 -TT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA---TTT
* * ** * *
3778 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAATAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * *
3843 CATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATTGTCT-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATT
66 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********
3906 TNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTT
130 T--AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TT
* * * * * *
3950 TTTTATATATTTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAAT
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * * * * *
4015 CATTTATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCGCATTTCATCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
66 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
4080 AAATGGTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT
131 -AATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* ********* **
4121 TTTTTCATATTTGTGGTTAAAACA-AGCTATAATT-ANNNNNNNNNNTTGAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTACAT-TTT-TGGTTAAAACAGA-CTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
*** * * * *
4184 AATCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCATTCCTTCAAGAGTCTTATTACTCG
62 AAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
4249 CTTTAAAAGGTATTATTATCTCA-AA---A--TTGA-TT---TTT
127 CTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * * * * ** * * **
4284 TTTTACAATTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * **********
4349 TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
66 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
4414 AAAAGGTTTTATTATTTCAAAATTGATTTTTTGTTTAATTT
131 -AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * * *
4455 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAA
** * * *********
4519 GCATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNN
65 AAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCT
* * *
4584 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTCATTTT
129 TTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * * * * * * **
4626 TTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * ** * *
4691 TATTGATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACGGTCTCTTATTCTTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTT
66 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTT
* * *
4755 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTAAATTT
130 T-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
** * * * * ***
4797 TTTTACATTTTTTTTATTAAAATAGACTATAACTGAATG-CTTTCTTTGGGAAACAT-ATAGAAA
1 TTTTACA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGA-AGAAA
** * * **********
4860 AAGTAATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTANNNNNNNNNNAGCCTTATTACT
62 AAAAAATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
4923 TGCTTTAAATGGTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCATTTT
125 CGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
** * **
4970 TTTTACATTTTTATTTAAGACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
5034 GCATTNNNNN
Statistics
Matches: 1771, Mismatches: 434, Indels: 150
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 100 0.06
162 7 0.00
163 9 0.01
164 3 0.00
165 14 0.01
166 88 0.05
167 36 0.02
168 4 0.00
169 44 0.02
170 124 0.07
171 631 0.36
172 252 0.14
173 361 0.20
174 96 0.05
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
Found at i:6402 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5414--6652 Score: 1170
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 342
5404 NNNNNNNNNN
* * * *
5414 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAGAATTGATTGTTTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * ** * * * *
5479 G-AGAAACATGTTGAAAAAGCCTTTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCTTT
66 GAAGAAACGTATAGAAAAAGCAATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT
* * * * * *
5542 CAAAA-ACCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTAAATATT
130 CAAAAGA-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATAAATATT
* ** * * * * * * *
5606 TTTACACTTTTGGCTAAAACAGACTTGAAAATGATTGCTTGCCTTGGGAGACATGAAGAAAAAGT
194 TTTACATTTTTGATTAAAACAGAC-T-ATAATGAATCCTTGTCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
5671 CTTTCGTTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCT
257 CTTTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
5735 TCAATAGTTTTATAATCTAATA
321 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
5757 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACC-T
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * *
5821 CAAGAAACGT-TAAGAAAAA-CACATTTATTGGTAAAAAAAGTCCA-CTATAGTCATCCATTCCT
66 GAAGAAACGTAT-AGAAAAAGCA-ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCT
* * *
5883 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAT-TT
129 TCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATAAATATT
* * * * * *
5947 CTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACT-TC-A-AGAAACATGAAGAAAA
194 -TTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA-TGAAT-CCT--TGTCTAGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
6009 AGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATATTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CTATATTACTCG
254 AGCCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCG
6073 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
318 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** *
6098 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACCTTTTTTATTAAAACAAACTATGATTGAATACCTGTCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * *
6163 TGAA-AAACGTATAGAAAAAGCAACTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCT
65 TGAAGAAACGTATAGAAAAAGCAATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCT
* ** * * *
6226 TGAAAAGACTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATG-TACAAT-T
129 TCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATA-AATAT
* * * **
6289 TTTTACATTCTTCATTAAAATAGACTATAATCGAATCCTTGTCTAGGGAAACGCGTAA-AAAAAG
193 TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT-GAATCCTTGTCTAGGGAAACATG-AAGAAAAAG
* * * * * *
6353 CCTTTCATTGGGAAAAAAAGTTCATTTATAGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTT
256 CCTTTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
6418 TAAATGGTTTTATAACCTCATA
321 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
6440 ATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT
* * *
6505 T-AAGAAACGTGA-AGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAGCCATTCC
65 TGAAGAAACGT-ATAGAAAAA-GCAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCC
* * * * ** *
6567 TTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTTTGATAAATTG
128 TTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATAAA-TA
*
6632 TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
192 TTTTTACATTTTTGATTAAAA
6653 TAGATTGTAA
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 137, Indels: 63
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 7 0.01
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344 19 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
GAAGAAACGTATAGAAAAAGCAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTC
AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATAAATATTTT
TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATGAATCCTTGTCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTT
CATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATA
Found at i:6666 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5240--6681 Score: 1141
Period size: 172 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
5230 NNNNNNNNNN
* * * ** *
5240 AAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGGTTGTGTAC
1 AAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * ** * * *
5305 TTTGAGAAACATGAATAAAAAAACATTCATTGGTAGTAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTT
65 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* ****************
5370 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNNNNNNN
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * * * * * * *
5412 NNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAGAATTGATTGTTTGCC
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * * * ** *
5477 TTGAGAAACATGTTGAAAAAGCCTTTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCTTT
66 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
5542 CAAAAACCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTTA
130 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * *
5583 TAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACACTTTTGGCTAAAACAGACTTGA-AAATGATTG-CTT
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TT-ATAATTGAATGTC-T
* ** * * * * *
5646 GCCTTGGGAGACATGAAGAAAAAGTCTTTCGTTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCACCCATT
63 ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATT
* * * *
5710 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTCAATAGTTTTATAATCT-A
126 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * **
5754 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTAC
1 A-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * ** * * * *
5819 CTCAAGAAACGTTAAGAAAAACACATTTATTGGTAAAAAAAGTCCA-CTATAGTCATCCATTCCT
65 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
5883 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
5925 AAATTGATTTTAAGCTCAATTTCTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-C
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
5989 TTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATATTCTCCCATTCCT
66 TT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
6054 TCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * ** **
6096 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACCTTTTTTATTAAAACAAACTATGATTGAATACCTGT
1 AAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* *
6161 CTTGAA-AAACGT-ATAGAAAAA-GCAACTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
65 CTT-AAGAAACGTGA-AGAAAAAGGC-ATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * *
6223 TCTTGAAAAGACTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATTATCTCA
126 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
6268 AAATTGATTTTATG-TACAA-TTTTTTACATTCTTCATTAAAATAGACTATAATCGAAT-CCT-T
1 AAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * *
6329 GTCTAGGGAAACGCGTAA-AAAAAGCCTTTCATTGGGAAAAAAAGTTCATTTATAGTAACACATT
65 CT-TA-AGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
6393 CCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
126 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
6438 TAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
1 AAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
6503 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAGCCATTCCT
65 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
6568 TCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * * * * *
6610 AAATTGATTTTTTGATAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATTTCTAC
1 AAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
*
6675 ATTAAGA
65 CTTAAGA
6682 TGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 1027, Mismatches: 208, Indels: 70
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 6 0.01
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171 280 0.27
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:8554 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7986--14851 Score: 3434
Period size: 171 Copynumber: 40.0 Consensus size: 170
7976 ATTCATTAAG
* * * **********
7986 AAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * ** * * *
8051 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAACTTTTTTACAT-TTTTTATT-AAACAGACTATGATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTA-ATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * * * *
8114 A-CACAAGCCTCGAGAAACATGTAG-AAAAAGCCA-TCGTTGAG-
129 ATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GC
* * * * ** * *
8155 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAA-CGATTTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * ** * *
8219 ATTACCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTATATATTAGGTGAAAACAGACTATAATT-A
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * * *
8283 ACTGTCTACTTTGAGAAACGTGAATAAAAAAGTATTCATTGGT
129 A-TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* ** *
8326 AAGAAAATTTTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* ** * * *
8391 TAATCTCATAATTGACATTAAGTTCAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATCGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
8456 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATAGTATTTAATGGT
130 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGC
* * * * * * * * *
8498 AATAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAACGCTTTGTTACCCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
8563 TTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTTACTTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA----TTTTTTAATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAAT
* * *
8628 TGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCATTGGC
126 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * *
8673 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* *
8737 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTCAACT-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-AA-TATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * ***
8801 GAGTGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTAAA
127 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * * * * *
8845 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAACGCTTTGTTACCCACTTTAAATGGTTGTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * **
8910 TTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTCTTACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATA-TTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
8975 ATGTTTACATTAAGAAATAAGAAG-AAAAGGCATTCATTGGC
129 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * *
9016 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCGATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTGAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * *
9080 ATAATCT-TAAA---A--TT-AG------TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
9131 TTGTCTACTTCAAGAAACGA-GAAGAGAAAGGTATTCATTGGT
129 ATGTCTACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * *
9173 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT-ATTCTTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * *
9237 ATACTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTA-ATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
9301 AATGCCTAACTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCACTCATTGGC
128 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * **
9344 AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGTCTTATTATTCTTTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* ** *
9408 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAGGTTTTTGCT-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AA-TTTTTTAATATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
* * **
9472 GAATGTCTACTTCAACAAATGTGAAG-AAAAAGACATTCATTGGC
127 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGC
* * * * * *
9516 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
9581 TAATCTTAAAATTGATTTCAAGTTCAATTGTTTT--TCATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTAAT-ATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * *
9644 AATGTTTACCTCTAGAAATGTAAAG-AAAAAGACATTTATTGAC
128 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGC
* * *
9687 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
9752 TACTCTCAAAATTAATTTTAATTTCAATTTTTT-TTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAA-TG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATA--TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * ** * * **
9815 AAATGTTTACATTGAGATATGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGAT
128 -AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * ** *
9859 AAGAAAAGACCATTTACAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * *
9923 ATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTT--TACTTTTTGGGTTAAAGCAAACTATAAGT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATA-TTTTT--GTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * *
9986 CAATATCTACCTTAGGAAACGTGTAG-AAAAAGCTAGTCATTGAG-
127 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTG-GC
* * * ** * * *
10030 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAATACTTATTCCTCGGTTTAACTAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
10095 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTA-ATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * * *
10159 ATGTCTACCTTGAGAAAC--GAGGAAAAAAAGATATTTATTGGC
129 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAAG-CATTCATTGGC
* *
10201 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC-CTTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * ** *
10265 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATTGTTAA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * **
10330 ATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGAA
129 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * ********** *
10372 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
10437 TAAT-TAAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTG
66 TAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTAATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
** * *
10501 AATGTCTACCTTGAG-AA-ATGAGAAAAAAAAGCATTCATTAGC
128 AATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * *********** * *
10543 AAGAAAA-TACCATTTATAGTCTCTCATTCCATNNNNNNNNNNCTTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * * * * *
10607 CTAATCTTATAATT-AATTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTT-TTAAAGCAAAGTGTAATTGAA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ***********
10670 AGTCTACCTCAAGAAACATTAA-AAAATNNNNNNNNNNGGC
130 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * *
10710 AACAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTGAAATGGCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * ** *
10773 TATTATCACAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
64 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTAATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT
** ** * * *
10838 GAATG-CT-TGTCTTGGAAAACATGTA-AAAAAAGCCATTAATTAAG-
127 GAATGTCTACCTC-AAG-AAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATT-GGC
** * * ** * ** * * * ***
10882 AAGAAAAGTATAATTGA-ATGCTTACATCAAGAAACATAAAGACAAAGGC--ATTCATTGGCAAG
1 AAGAAAAGT-CCATTTATA-G-TCAC-TC---ATTCCT--TCA-AAAGCCTTATT-ACTCGCTTT
*********** ** **
10944 AAA-AGTCCATTTA-CNNNNNNNNNNTCCTTCGAAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAA-ATGGTTT
55 AAATAGT---TTTATAATCTCAAAATTGATT-TTAAG--TTCAATT--T---TTTAATAT--TTT
* *** * * * * * ** * **** * ** * * *
11004 TATTATCTCATAATT-TATTTTAA-GTTTAATCTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTTTAAT
107 TGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCT-A-C-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCAT
11067 TGAATGC
167 TG---GC
* * *** *
11074 TTACCTTAGAAAA---CATGTAGAAAAAGC-CATTCCTTGGGAAGACAAGTCCATT-TATAGCCG
1 --A----AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTT---CA-A-AAG-CC-TTAT-TA--C-
* ** * ** * *
11134 TCCATTCTTTTAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TCATTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
48 T-C--GC-TTTAAATAGTTTTA-TAAT--CTCAAAATTGA-TTT-TAAGTTC--AATT--TTTT-
* * * ** *
11197 AGTTTATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTA
99 A----A-------TA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
**
11262 GAAAAGGGCATTCATTGAG-
152 GAAAAAAGCATTCATTG-GC
* * * *
11281 AAGAAACA-TCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * * * *
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** * ** * * * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * ** * * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * *
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* * * ***
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* * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * *
12009 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTACAAGTCAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTA-ATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * ***
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
****** * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
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* *
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*
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* * * * ****
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****** * ** * *
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Statistics
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**
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* * *
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* * * *
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* * *
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258 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATA
* * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * ** *
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*
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* * * *
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** * * *
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* * *
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* * ** * * * * * * * *
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255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT-C
*
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* ** * * *
10466 TTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAATGAGAA-AAAA
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* * * * * *********** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *********** * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * *
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* * * ** * ** ** * **
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* * * *** * *** * *
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* * * ** * **** * * * * * * *
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* *** * * *
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** * * * * ** * * *
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* * *
11175 TATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTTATTT
310 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * ** * *
11206 TTTTTA-TTTTTT-ATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGTAGAAAAG
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
* * *
11268 GGCATTCATTGAGAAGAAACA-TCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGC
65 GGCATTCATTG-GAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * * *
11332 TTTAAATAGTTTTATTATTTCAAAATTGA-TTTATGTTCAATTGTTTTATATTTGTAGTTAAAAC
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAC
* * * * *
11396 AGACTATAATTGAAAGTTTA-ATTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAAAAG
193 AGACTATAATTGAATGTCTACCTT--AGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * *
11459 TCTATTTGTAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGATTTTATAATCTCA
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * *
11524 TAATTAATTTTAGGTTGAGTT
320 TAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
11545 TTTTTA-TATTTTTAGA-TAAAATAGATAATAATTGAATGT-TCACCTT-AAGAAACGTGAAGAG
1 TTTTTACT-TTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-A-CTTCAAGAAATGTGAAGAA
* * * * *
11606 AAATGTATTTATT----G----G--CA---A-A-T----CATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCG
62 AAAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * *
11652 CTTTAAATAATTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTATTAGTTAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAA
* * * * * ** * *
11716 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGGAGAAAATGGTATTCATTGGCAACAAAA
190 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* * * * *
11781 GTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTACATGATTTTATAATATC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
11846 ATAGTTAATTTTAAGTTGAATT
319 ATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
11868 TTTATATA-TTTTTT-ATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGGAA-AAA-GTGTAG-A
1 TTT-T-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTC--AAGAAATGTGAAGAA
* ** * * * *
11928 AAAGCCATTCATTTTAAAAAAAAATCCATTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
62 AAAGGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
11993 GCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-CATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAA
* * * * * * * * * * *
12057 ACAGACTACAAGTCAATGCCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTGATTGAGAAAAAAAA
191 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAA
* * * * * * * *
12122 GTCTATTTATAGTCTCGCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTGTAATCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
12187 ATAATTGGTTTTTAGTTGAA-T
319 ATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * *
12208 TTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACCGATTGTAATTGAATG-CTTGCCTT-GAGAACATGT---GAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-T-ACTTCAAGAA-ATGTGAAGAA
* * * * **
12267 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAATTTCATTTATACTCTA-TGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
62 AAAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
********** * *
12331 CGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTCTTTAA
125 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAA
* * * * ** *
12394 AACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAGAAGGTATTCATTGGCAAG-AAA
190 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* *
12458 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATACTCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *
12523 AAAATTGATTTTAAGTTTAATTT
319 ATAATTGATTTTAAG-TTAAATT
* * * * * *
12546 TTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACATCAA-CAATCATGAAGAATAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAAT-GTGAAGAAAAA
* * * * * *
12610 GGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
65 GGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
12675 TGAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTCATTAAAAC
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAAC
* * * * * * * * * * *
12740 AGACTAGAATTGAAT-ACTTGCCGTGGAAAACATGTAGAAAAAGCCTTTCATTCAGAAGAAAAGT
193 AGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * *
12804 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
256 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * *
12868 TAATTGATTTTCAGTTGAATG
320 TAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * * * * * *
12889 TTTTTACATTTTT-CTTAAAATAGACTAAAATTGAATTTTTTCATT-AGGAAACGT-ATAGAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCAAGAAATGTGA-AGAAAA
* * * * * *
12951 AGCCTTTCATTGAAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTCAC
64 AGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
13015 TTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTGTTC-TTACAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTCGTTAAAA
* * * * * * * *
13079 CATG-CAATAATTGAGTGTCTACCTTGACAAAAGTGAAGAAAAACACATTTATTGGCTAGAAAAG
192 CA-GACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAG
* ** * * *
13143 TCTATTTACGGTAACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCA
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* *
13208 TAGTTGATTTTAAGTTGAATT
320 TAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * ** * * ** *
13229 GTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGACAATAAGTT-AATGCCTGCCTT-AAGAAACATGTAGAA
1 -TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTCT-ACTTCAAGAAATGTGAAGAA
** * * * * * *
13291 AAAGTTATTAATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCTCCAAAAGACTTATTACTC
62 AAAGGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
13356 GCTTTAAATGGTTTT-TGAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
126 GCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAA
* * * * * * * *
13420 AACAGATTGTAATTGAATG-CTTACCTCAAAAAACGTG-TGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAA
190 AACAGACTATAATTGAATGTC-TACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAA
* * * *
13483 AATTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAA
252 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAA
*
13546 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTT
315 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* ** * * * * *
13572 TTTTTACATTTTTCTTTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAGAAG
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG
* * * * *
13637 GTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTGTTACTCACTT
66 GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
13702 TAAATGATTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACGTTTTTCTTTAAAACA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACA
* * * * ** *
13766 TACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAGAAGGTATTCATT-AGTAAGAAAAGTC
194 GACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * *
13830 CATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATACTCTCAAA
257 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
*
13895 ATTGATTTTAAGTTCAATTT
322 ATTGATTTTAAGTT-AAATT
* * * * * * * ** *
13915 TTTTTACGTTTTTGGTTAAAACATAATGTAATTGAATGTCCACATCAAGAAACATGAAGAAGAAG
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
13980 GCATTAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCCAAAGCTTTATTGCTCGCTT
66 GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
14045 TAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACA
* * * * * * * *
14110 GACTATAATTGAAT-CCTTTCCTTAAGAATCATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTT
194 GACTATAATTGAATGTC-TACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
14174 TATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATACTCTCATA
257 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* *
14239 ATTGATTTTTAGTTTAATTTT
322 ATTGATTTTAAG-TTAA-ATT
** * ***
14260 TTTTTACTTTTTT-AGTTAAAGTAGATTATAATTG-A--TCTACATCAAGAAACACGAAGAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
* * * *
14321 GGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-TAAAGCCTTATTAATCGCT
65 GGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
14385 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAATTTTTTTAACTTTTTTAGTTAAAA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAAAA
* * * * *
14449 CAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGT
192 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT
* * ********** *
14514 CTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAAACTCA
256 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
* *
14578 TAATTGATTTTAGGTTCAATT
320 TAATTGATTTTAAGTTAAATT
* ********** *
14599 TTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATANNNNNNNNNNTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTT-ACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
** * * * * *
14664 GAAATTCATTGGTAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACT
65 GGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-
* * *
14729 TTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTGAATTTCTTTTACATTTTTTGTTAAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTCGTTAAAA
* * * * ****
14794 CATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA-AGTATTCATTGGCAANNNNNN
192 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAA--GAAA
*****************************************************************
14858 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
253 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
***********************
14923 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
318 CATAATTGATTTTAAGTTAAATT
*****************************************************************
14946 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG
************************************ *** *** * * * * *
15011 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATAGTTTTTTAA-TCTCA-TAATTGATTT
66 GCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTT
* * * *** *** * ** * * * **
15074 TAAGTTGAGTTTT-T-TTAT-ATTTTTGAATAAAACAGAT-AA-TAATTGA-ATGTCTACCCTAA
130 TAA-ATG-GTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTCGTTAA
* *** * *** * * * ***
15133 GA-A-AC-ATTAA--GAAAAAC-ACATTTATTGAC---AAG-AAAAGTCTTCTCCCATT-CCTTC
190 AACAGACTA-TAATTGAATGTCTAC-CTTAGAAACGTGAAGAAAAAGACAT-T--CATTGACAAG
* * *** ******** * * *
15187 AAAAG-CCATATTACTCGCTTTAAATGATT--TTNNNNNNNNNNAATTGATT-TTAAGTTT-AAT
250 AAAAGTCCAT-TTA-TAG---TCACCCATTCCTT----CAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAAT
* * **
15247 --TTTTTTAATCT--T-ATTGGTTAAAACAGATTATAATT
305 GATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTA-AG-TTA-AATT
* * ** * * * **
15282 AAATGTTTAC---CTTGA--AAAACATGAAGA-AAATGACAT-TC-A-TTGATAAGAAAAGTCTA
1 ---TTTTTACTTTTTTGATTAAAACA-GATTATAATTGA-ATGTCTACTT--CAAGAAATGTGAA
*** ** * * ***** * * * *** * * * **
15338 TTTATTGTCACTCATTTTTTCAAAAG-CC--TTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAA-TCTNN
59 GAAAAAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC---CCATTCCTTCAAAAGCCTTA
******** * * * * * * * **
15399 NNNNNNNNTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAAG-TGAA--TGCTT
120 TTACTCGCTTTAA-ATG--GTTTTATA-A----TC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** ** * * * * ** *
15461 GC---CTT-G-GGAAAC-GTGTAGAA---AAAGGC-A--TT-CATTC-TGAA-AAAAAGTCCATT
176 ACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAAG-ACATT
* *** * * * ** * * * * *******
15511 TA-TGATC-A-CCCATTCC-TTTGAAAGCGTTA-TTACTCACTTTAAATG-GTT-TTNNNNNNNN
240 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTT-ATA--GTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACT
** * *
15569 NNAATTGA--TT-T-------TAA--G---TT--G--AATTT
299 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * * **
15592 TTTTTA--TTTATGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTATACCTT-TAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
* ********** *
15654 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-C-TGTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNC-A
65 GGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * **
15716 TTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAACCTTTTCTTACATTTTTTATTAA
128 TT-TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTCGTTAA
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15781 AACAGATTATANNNNNNNNNNTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTACTCATTGGCAAAAAAA
190 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* * * * ** * *
15846 GTCCATTTATAGTCTCGCATTCTTTCAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *********
15911 ATAATTCATTTNNNNNNNNNNTT
319 ATAATTGATTT-TAAGTTAAATT
* * * * *
15934 TTTTATA-TTTTTT-ATTAAAACAGA-TAGTAATTGAATGCCT-GTCTCAAAAAACGTG-TGAAA
1 TTTT-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAATGTGAAGAAA
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15994 AAATCATTCATTTAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNN
63 AAGGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
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16059 NNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTGAGGTTAAAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAA
* * *
16124 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAATAAACATGAAGGAAAATG-CATTCATT-AGCAAGAAAA
192 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAA-GAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAA
* * ***********
16187 GT-CAATTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
*
16250 AAAATTGATTTTAAGTTCAAATT
319 ATAATTGATTTTAAGTT-AAATT
* * * * * *
16273 TTTTCACTTTTTTGTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGAT-GAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
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16337 GATATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTAGTACTCGCT
65 GGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * * *
16402 TTAAATGGTTTTATAAGCTCATAGTTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTACATTAAAACT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACA
* * ** *
16466 GACTATAATTGAATG-CTTGCCTAAGAAAACGTGCAA-AAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAG
194 GACTATAATTGAATGTC-TACCTTAG-AAACGTG-AAGAAAAAGACATTCA-TTGACAAGAAAAG
* ** * * **********
16528 TCTATTTATAGTCTTCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCA
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * *
16593 AAATT-ATTTTTACGTTGAATT
320 TAATTGA-TTTTAAGTTAAATT
* * * * * * * *
16614 TTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
16679 GTATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTT
66 GCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
16744 TAAATGGTTTTATAATCTCCACAAATTGATTTTAAG-TGAAATTATTTTTACATTTTTTAGTAAA
130 TAAATGGTTTTATAATCT-CA-AAATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTTACA-TTTTTCGTTAA
* * * **
16808 AATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAATGCTTGCATTCATTGGTAAGA
190 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAA-G---ACATTCATTGACAAGA
* ** *
16873 AAAGTCCA-TTATAGTCATCCATATCCTGAACAAAGCCTTATTACTCACTTTTAAATGGTTTTAT
251 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGATTTTAT
*
16937 AATCTCA-ACATTGATTTTAAGTTCAATT
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* * * *
16965 TTTTGTACCTTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA-TCTCAAGAAAGGTGAAGAGAA
1 TTTT-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAATGTGAAGA-AA
* * * * * * *
17029 AA-GCATTCATTGACAAAAAAAGTCAATTCATAGTCA-CCATTCCCTCAAAAGCCTTATTATTCA
63 AAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
********** * * * * *
17092 CTTTANNNNNNNNNNTAATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTCACTTTTTTAGTTAAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAAA
* * * * * ** * *
17157 ACAAATTATAATTGAATGTCTACGATGAGAAACGTGTAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAGAAG
191 ACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAG
* ********** * *
17222 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCA
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
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320 TAATTGATTTTAAGTTA-AATT
* * * * * * * *
17307 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATGCCTACTTGAGGACATAG-GCAA-AAAA
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* * * *
17435 TTTAAATGGTTGTATAATCTTAAAATT-ATTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GACTAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCG-TTAAA
* * *
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252 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
** * * **
17624 CTTTTAATTAATTTTAAGCTGAGTTTT
316 CTCATAATTGATTTTAAG-TTA-AATT
* * * * *
17651 TTTTTA-TATTTTTAATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-TAGAAATATGAAGAAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGAAGAAAA
* * * * * *
17714 ATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-TTATATTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCAC
64 AGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** ********** * * *
17778 TTTAAATAATTTNNNNNNNNNNAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACCTTTTTAGTTAAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAA
* ********* ** *
17843 CAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAATATGAAGAAAAA-AGCATTCACTGACAAGAAAAG
192 CAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAAAG
* *** * * *
17907 TACATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AAGTTTTATAATCTG
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* *
17971 ATAATTGATTTTTAA-TTCATTT
319 ATAATTGA-TTTTAAGTTAAATT
* *
17993 TTTTTAACATTTTTTG-TTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAATGT-AA-ACA
1 TTTTT-AC-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGAAGA-A
** * *******
18054 AAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNN
62 AAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*********** * * * * *
18119 NNNNNNNNNNNTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAACATTATTGGTTAA
126 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAA
* * * * * * * * *
18184 AACATATTACAATTGAATGCCTACCTCAACAAATGTGAAGAAAATGACATTCATCT-ATAAGAAA
190 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCAT-TGACAAGAAA
* * * *
18248 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGTCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCT
253 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
*
18313 CATAATTGATTTTAAGTTCAATAT
318 CATAATTGATTTTAAGTTAAAT-T
* ** * * * *
18337 GTTTTAAATTGTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATT-GAGAAATGT-AAAAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
* *** **********
18399 AGCATTCATCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGCTT
65 GGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
18464 TAAATGGTTTTACAATATAAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAATTTT-GATTAAAGCA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCG-TTAAAACA
* * * * *
18528 TATTATAATTGAATGTCTACCATGT-GAAACAT-CAGAACAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
194 GACTATAATTGAATGTCTACC-T-TAGAAACGTGAAGAA-AAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * *
18591 CCATTTATAGTCACCCATTCATTAAAAAGTCC-TATTTCTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCA
256 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
*
18655 TAATTAATTTTAAG-TAGAATT
320 TAATTGATTTTAAGTTA-AATT
* * * * *
18676 TTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACT-TGTAGAAAA
1 TTTT-TACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAA-TGTGAAGAAAA
** * * * ** * * * * *
18738 ACCCATTTATTTAGAAAAAAAGTCTGTTTATAATCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
64 AGGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
18803 TTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAA
* * *
18868 CAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAG
192 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAA-GACATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
18932 TCAATTTATCGTCA-CCATTCCTAT-GAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATTAGTTTTATAATCT
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCT
* * *
18994 GAAAATT-ATTTTTAAGTTTAATTT
318 CATAATTGA-TTTTAAG-TTAAATT
* * * * * ** * *
19018 TTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCAAT-GAGAAACATGCAGAGAA
1 TTTTT-ACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCAAGAAATGTGAAGAAAA
* * * * *
19082 AGGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAATCCTTATTACTTGC
64 AGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * *
19147 TTTAAATGGTTTTATAAGCTCTTAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAC
* * * * * * * * *
19211 TA-AATATAATTGAATGCCTGCCTGAGGAATCGTGCAGAATAACACATTTATTTGA-AAGAAAAG
193 -AGACTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA-TTGACAAGAAAAG
* ** * * *
19274 TCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCTAAAA-TCTTATTGCTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCT
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCT
* *
19337 CAAAATTTATTTTAAGTTAAATT
318 CATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
19360 GTTTTACATTTTTTG-TTAAAATA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAA
* * ** * * * **********
19423 AAGTATTCATTATTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTNNNNNNNNNNATTACTCGC
64 AGGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * * *
19488 TTTAAATGGTTTTATAAGCTTATGATTGATTTTAAGTAGCA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAC
* * * * *
19552 TGACTATAATTGAATGGT-T-GCTTGAGGAAACGTGCAGAAAAACACATTTATTCGA-AAGAAAA
193 AGACTATAATTGAAT-GTCTACCTT-A-GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GACAAGAAAA
* * ** * *
19614 GTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
19679 AAAACT-ATTTTCATGTTAAATT
319 ATAATTGATTTT-AAGTTAAATT
* * * * * * * * ** * *
19701 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACATAAAGAAAAAA
1 TTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG
* * ** * * *
19766 CCACTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTTCTTCAAAAG-CTTACTACTCGCTT
66 GCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *********** * ** *
19830 TAAATAGTTTTATAATCTTNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATAAAAACAG
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAG
* * *
19895 ACTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAATAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
195 ACTATAATTGAATGTCTACC-TTAGAAACGTGAAGAAAAA-GACATTCATTGACAAGAAAAGTCC
** * * *
19959 A-TTATAGTCACCCATTCCTTGGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAT-AGTTTTTTAATCTCAAA
258 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATA
*
20022 ATTGATTTTAAGTTCAATT
322 ATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * * *
20041 TCTTTTACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTT-GAGAAATGTAAAGAAAA
1 T-TTTTACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGAAGAAAA
* * ************** * *
20105 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCNNNNNNNNNNNNNNATTTCTTCAAAAGCCTTATGACTCGC
64 AGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * **
20170 TTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT-ACTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTCGTTAA
* * * * * * * * *
20234 AATAAACTATCATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTAAAGAAAAAAATATTCATTGACAATAAAA
190 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* * * * *
20299 GTTCACTTATAGTGACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *
20364 GTAATTGATTTTAAGTTGAATT
319 ATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * * **
20386 TTTTTAAAC-TATTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATATTTATCTT-GAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTT--ACTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTGAAGAAA
* * * * * * ********
20448 AAAGTATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTNNNNNNNN
63 AAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * * * *
20513 NNTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-CGATTTTAAGTT-TAGTTTTTTATATTATTGGTTAAA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAA
* * * * * * * **
20576 ACATATTATAATTTATTTTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAG
191 ACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAG
********** *
20641 TCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTC
255 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCT-
*
20705 CA-AATTGATTTTAAGTTCAATTT
318 CATAATTGATTTTAAGTT-AAATT
* * * * **
20728 TTTTTA-TCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCTAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * * **********
20792 AGAATTCATTAGCAAGAAAAGTTCACTTATAATCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCT
65 GGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * ** * ** * **
20857 TTAAATAGTTTTATAATGTCTGAATTGATTTTAAATAAAATTTTGTTACATTTTTTATTAAAACA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACA
20922 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
194 GACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAC
20952 A
Statistics
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GCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAAATT
Found at i:11761 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 11474--11775 Score: 403
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
11464 TTGTAGTCTC
* * * * *
11474 TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGT
1 TCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGT
* * * * * * *
11539 TGAGTTTTTTTATATTTTTAGATAAAATAGATAATAATTGAATGTTCACCTTAAGAAACGTGAAG
66 TCAATTTTTTTACATTATTAGATAAAACAGATAATAATTAAATGTTCACCTTAAGAAACATGAAG
*
11604 AGAAAT-GTATTTATTGGCAAA
131 AGAAATGGTATTCATTGGCAAA
*
11625 TCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGT
1 TCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGT
* * * *
11690 TCAATTTTTTTAACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-TCTACCTTGAGAAACATGG
66 TCAATTTTTTT-ACATTATTAGATAAAACAGATAATAATTAAATGTTC-ACCTTAAGAAACATGA
11754 AGA-AAATGGTATTCATTGGCAA
129 AGAGAAATGGTATTCATTGGCAA
11776 CAAAAGTCCA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
151 74 0.57
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (152 bp):
TCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGT
TCAATTTTTTTACATTATTAGATAAAACAGATAATAATTAAATGTTCACCTTAAGAAACATGAAG
AGAAATGGTATTCATTGGCAAA
Found at i:14561 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 11626--20840 Score: 3516
Period size: 513 Copynumber: 18.0 Consensus size: 509
11616 ATTGGCAAAT
* * * * *
11626 CATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** *
11691 CAATTTTTTTAACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGGAG
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-GATG-CTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * *
11756 AAAATGGTATTCATTG-GCAACAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCTAAAGCCTTATTA
129 AAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
11820 CTCACTTTACATGATTTTATAATATCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTTA-T
193 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T-TATTTTTTAGT
* * * **
11884 CAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGGAA-AAA-GTGTAG-AAAAGCCATTCATTTTAAA
256 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATC--AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAA
* * * * * *
11946 AAAAAATCCATTTATGGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATA
319 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
12011 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAAGTCAATGC
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* * * * * *
12076 CTT-CCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTGATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCG
448 CTTACCTTAAG-AACATGTAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * * * *
12139 CATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTTAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * ** *
12204 GAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACCGATTGTAATTGAATGCTTGCCTTGAG-AACATG-TG
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGC-TACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * *
12265 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAATTTCATTTATACTCTATGATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
**********
12330 TCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTCT--TTA
194 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTT-TAGTTA
* * * * ** *
12393 AAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAGAAGGTATTCATTGGCAAG-AA
258 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAA
* *
12457 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATACTC
323 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * * *
12521 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAAT-GT
387 TCATAATTGATTTTAAG-TTAA-TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATCCT
* * * * * * *
12585 CTACATCAACAATCATGAAGAATAAGGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
450 -TACCTTAAGAA-CATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * *
12647 AATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * **
12711 TAAATTGTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGACTAGAATTGAATACTTGCCGTGGA-AAACATG
65 TGAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTG-ATGC-TACC-TCAAGAAACATG
* * * *
12774 TAGAAAAAGCCTTTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCC-TA
126 AAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTA
* * * * *
12838 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-
190 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTA
* * * * * * * * * *
12902 CTTAAAATAGACTAAAATTGAATTTTTTCATTAGGAAACGT-ATAGAAAAAGCCTTTCATTGAAA
254 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGAA
* * *
12966 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
318 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
13030 ACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTGTTC-TTACAACATG-CAATAATTGA
383 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT-TTCGTTAAAACA-GACTATAATTGA
* * * * * * * * ** *
13093 GT-GTCTACCTTGACAAAAGTGAAGAAAAA-CACATTTATTGGCTAGAAAAGTCTATTTACGGTA
445 ATCCT-TACCTTAAGAACA-TGTAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
13156 ACC
507 ACC
* * *
13159 CATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
13224 GAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAAGTTAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAG
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA-TTGATG-CTACCTCAAGAAACATGAAG
** * * * * *
13289 AAAAAGTTATTAATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCTCCAAAAGACTTATTAC
129 AAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
13354 TCGCTTTAAATGGTTTT-TGAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
194 TCGCTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTT
* * * * * * *
13418 AAAACAGATTGTAATTGAATG-CTTACCTCAAAAAACGTG-TGAAAAAGCCATTCATTGATAAAA
257 AAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAAG
* * * *
13481 AAAATTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATA
320 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* *
13545 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACATACTATAATTGAATG
384 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-
* * ** * *
13610 CC-TACCTCAAGAA-ATGTGAAGAAGAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
447 CCTTACCTTAAGAACATGT--AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * *
13673 TATTCCTTGAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * *
13738 -AATTTTTTTTACGTTTTTCTTTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAG
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
13802 AAGAAGGTATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTA
129 AAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * *
13866 CTCATTTTAAATGATTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACGTTTTTGGT
193 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-TTTTTTAGT
* * * * * * * * *
13931 TAAAACATAATGTAATTGAATGTCCACATCAAGAAACATGAAGAAGAAGGCATTAATTGGTAAGA
256 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGA
* * * * * *
13996 AAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCCAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATAA
321 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAA
* *
14060 ACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATC
385 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATC
* * *
14125 CTTTCCTTAAGAATCATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTTATTTATGGTCACC
448 CTTACCTTAAGAA-CATGTAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * *
14188 CATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATACTCTCATAATTGATTTTTAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * *
14253 TAATTTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAGTAGATTATAATTGAT-CTACATCAAGAAACACGAAGA
66 GAA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATGCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* *
14317 AAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-TAAAGCCTTATTAAT
130 AAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
14381 CGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAATTTTTTTAACTTTTTTAGT
195 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT-A-TTTTTTAGT
* * * * *
14444 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAATCATTGGCAAGA
256 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGA
* * ********** *
14509 AAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAA
321 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *********
14574 CTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATANNNNNNNNN
386 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATCC
* * * ** * * *
14639 NTACATCAAGAA-ATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACC
449 TTACCTTAAGAACATGT--AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * * *
14701 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * **
14766 TGAATTTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAA
65 TGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATGAA
* * ***************
14831 GAAAAAAGTATTCATT-----G----G--C------A-------A-----NNNNNNNNNNNNNNN
128 GAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*****************************************************************
14867 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
193 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTAGTTA
*****************************************************************
14932 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
258 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAA
************************************************ *
14997 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATAGTTTTTTAATCT
323 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * *
15062 CATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTT-GAATAAAACAGA-TAATAATTGAAT-GT
388 CATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCG-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATCCT
* * * *
15124 CTACCCTAAGAAACAT-TAAGAAAAA-CACATTTATTGACAAGAAAAGTC------T--TCTCC
450 -TACCTTAAG-AACATGT-AGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * **********
15178 CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
15243 TAA-TTTTTTTA-ATCTTATTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAA-AAACATG
66 GAATTTTTTTTACAT-TT-TTAGTTAAAACAGACTATAATT-GATG-CTACC-TCAAGAAACATG
* * * * * * **
15305 AAGAAAATGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTAT
126 AAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ********** * *
15370 TACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCA
191 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TATTTTTTA
* * * * *** * * *
15435 -TTAAAATAGACTATAAGTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTCTGA
254 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGA
** * *
15498 AA-AAAAGTCCATTTAT-GATCACCCATTCCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
317 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
********** * * * *
15561 NNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTATGGTTAAAACA-AATAATAATTG
381 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACT-ATAATTG
* * * *
15624 AAT-GTATACCTTTAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-GTTATAGT
444 AATCCT-TACCTTAAG-AACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
15686 CACC
506 CACC
********** * *
15690 CATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCA-TTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ******** **
15754 TCAACCTTTTCTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATANNNNNNNNNNTACCTTGAGAAACATG
65 TGAA-TTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATA--ATTGATGCTACCTCAAGAAACATG
* * * * * *
15818 AAGAAAAAGGTACTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCGCATTCTTTCAAAAGACTTA
126 AAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *********
15882 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTCATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTT
190 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTT
* * * * ** *
15947 A-TTAAAACAGA-TAGTAATTGAATGCCTGTC-TCAAAAAACGTG-TGAAAAAATCATTCATT-T
253 AGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCT-ACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * ********** *
16007 AGAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTT
316 A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
** ***
16072 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTGAGGTTAAAACAGACTATAATTG
380 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * *
16137 AAT-GTCTACCTTAATAAACATGAAGGAAAATG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTC-AATTATAGT
444 AATCCT-TACCTTAA-GAACATGTA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
16199 CA-C
506 CACC
* *********** *
16202 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
16267 CAAATTTTTTCAC-TTTTTTGTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGAT-GAGAAACGTGA
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTAC-CTCAAGAAACATGA
** * * * * ********** *
16330 AGAAAAAGATATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTAGT
127 AGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
16395 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAGTTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTACAT
192 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTA-GT
* * * * * *
16459 TAAAACTGACTATAATTGAATG-CTTGCCT-AAGAAAACGTGCAA-AAAAACCCATTTATTTGAA
256 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATCAAG-AAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGAA
* ** * * **********
16521 AGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNN
318 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
16586 AATCTCAAAATT-ATTTTTACGTTGAATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
383 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * * * *
16650 TGTTTGCCTCAAGAA-ATGTGAAGAAAAAAG-TATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
446 TCCTTACCTTAAGAACATGT--AG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
*
16713 CA
508 CC
* * * * *
16715 CATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCACAAATTGATTTTAAG
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT-CA-TAATTGATTTTAAG
* * * *
16780 -TGAAATTATTTTTACATTTTTTAGTAAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACAT
64 TTG-AATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACAT
**
16843 GAAGAAAAATGCTTGCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCATC-CATATCCTGAACA
125 GAAGAAAAA-G---GCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCAT-TCCTTCA-A
* * *
16905 AAGCCTTATTACTCACTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ACATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
182 AAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGATTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
16969 GTACCTTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATC-TCAAGAAAGGTGAAGAGAAAAG-
245 -TA-TTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATCAAGAAACGTGAAGA-AAAAGC
* * * * *
17032 CATTCATT-GACAAAAAAAGTCAATTCATAGTCA-CCATTCCCTCAAAAGCCTTATTATTCACTT
306 CATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * * * *
17095 TANNNNNNNNNNTAATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAACA
370 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAAAACA
* * * ** * * ** *
17160 AATTATAATTGAAT-GTCTACGATGAGAAACGTGTAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAGAAGTC
433 GACTATAATTGAATCCT-TACCTTAAG-AACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
17224 CATTTATAGTCACC
496 TATTTATAGTCACC
* ********** * * *
17238 TATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTA
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
17303 GAA--TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTACAATTGAATGCCTACTTGAGGACATAGGCA
66 GAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATG-A
** * * * **********
17365 A-AAAAACTCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCNNNNNNNNNNTTATT
127 AGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
17429 ACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTTAAAATT-ATTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-G
192 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAG
* * * * * ***
17492 ACTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGGAAAAAG-CATTCATTATCA
255 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGAA
* * * *
17556 AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATT-CTTCCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
318 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
** * * * * ** *
17620 TAATCTTTTAATTAATTTTAAGCTGAGTTTTTTTTTATATTTTTAATAAAAACAGACTATAATTG
382 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTA--ATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * *
17685 AAT-GTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAATG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-TTATATT
444 AATCCT-TACCTTAAG-AACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
17747 CACC
506 CACC
* * *********
17751 CATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTNNNNNNNNNNA-AATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ********* *
17815 TCAATTGTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAATATGAA
65 TGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATGAA
* * * * *
17880 GAAAAAAGCATTCACTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
128 GAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
17945 CTCGCTTTAAA-AAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTTAA-TTCATTTTTTTTAACATTTTTT
193 CTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTT---ATTTTTT
* * ** * **
18008 -GTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAATGT-AA-ACAAAATACATTCATTGG
253 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATCAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGG
* * ******************
18069 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTT
316 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
18134 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAACATTATTGGTTAAAACATATTACAATTG
381 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-ACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * ** *
18199 AATGCC-TACCTCAACAA-ATGTGAAGAAAATGACATTCATCT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAG
444 AAT-CCTTACCTTAAGAACATGT--AGAAAAAGCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
18261 TCACC
505 TCACC
* * * *
18266 CATTCCCTCAAAAGTCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * **
18331 CAATATGTTTTA-AATTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAG-AA-ATGTAA
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATG-AA
* * * * * * **********
18393 AAAAAAAGCATTCA-TCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNCCTTATTA
128 GAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
18457 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAATATAAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAATTTT-GAT
193 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAG-T
* * * ** * * * *
18521 TAAAGCATATTATAATTGAATGTCTACCAT-GTGAAACAT-CAGAACAAAGACATTCATTGGCAA
256 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATCAAGAAACGTGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGAAA
* * * * *
18584 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTAAAAAGTCC-TATTTCTCGCTTTAAAT-GATTTTG
319 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA
* * * *
18647 TAATCTCATAATTAATTTTAAG-TAGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
382 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * * * * * * * *
18711 TGTTTGCCTCAAGAAACTTGTAGAAAAACCCATTTATTTAG-AAAAAAAGTCTGTTTATAATCTC
446 TCCTTACCTTAAG-AACATGTAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
*
18775 T
509 C
* * * * *
18776 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** *
18841 AAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAG
66 GAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
18906 AAAAATGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCAATTTATCGTCAC-CATTCCTAT-GAAAGCCTTATT
129 AAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATT
* * * * *
18968 ACTCACTTT-AATTAGTTTTATAATCTGAAAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTTTTTCACTTTTT
192 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-A-TTTTT
* * * * * * * * **
19031 TGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCAAT-GAGAAACATGCAGAGAAAGGTATTCATTGG
252 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-ATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * ** *
19095 CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
316 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
19160 ATAAGCTCTTAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACTA-AATATAATTG
381 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAC-AGACTATAATTG
* * * * * * * * * *
19223 AATGCC-TGCCTGAGGAATCGTGCAGAATAA-CACATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
444 AAT-CCTTACCTTAAGAA-CATGTAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
19286 CTCT
506 CACC
* * * * * *
19290 TATTCCTTCTAAAA-TCTTATTGCTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAG
1 CATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * **
19353 TT-AAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTG
64 TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTG-ATG-CTACCTCAAGAAACATG
* * * * * * **********
19416 AAGAAAAAAGTATTCATT-ATTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTTNNNNNNNNNN
126 AAGAAAAAGGCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
19479 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATGATTGATTTTAAGTAGCATTTTTTACATTTTTC
189 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTT
* * * * * * * *
19544 A-TTAAAACTGACTATAATTGAATGGT-TGCTTGAGGAAACGTGCAGAAAAA-CACATTTATTCG
253 AGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGG
* * ** * *
19606 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
316 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
19671 ATAATCTCAAAACT-ATTTTCATGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATTG
381 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** ** * * ** * *
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* * ** * * *
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*
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* * *
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* * * * * * ** *
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* *
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507 ACC
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*
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* * *
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********* * *
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***
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64 TATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCA-TGACAAGAAAAGT-CATT
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18128 NNTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAACATTATTGGTTAAAACATATTA
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
* * * * * *
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1 AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * *
18364 TAATTGAATGTCTACATTGAGAAATGT-AAAAAAAAAGCATTCATCACAAGAAAAGTCCATTTAT
66 TAATTGAATGTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATGACAAGAAAAGT-CATTTAT
********** *
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* * *
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* * * *
19793 ATGGTCACCCATTTCTTCAAAAG-CTTACTACTCGCTTTAAAT
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
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19835 AGTTTTATAATCTTNNNNNNNNNNTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTA-TAAAAACAGACT
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19898 ATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAATAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT
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19962 ATAGTCACCCATTCCTTGGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAT
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
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20005 AGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTACCTTTTTGGTTAGAACAGATTA
1 AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
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20070 TAATTAAATGTTTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCNNNNN
66 TAATTGAATGTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCA-TGACAAGAAAAGT-CATTTA
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20135 NNNNNNNNNATTTCTTCAAAAGCCTTATGACTCGCTTT-AAA
129 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
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20176 TGATTTTATAATCTCAAAATT-ACTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTA-TTAAAATAA
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20239 ACTATCATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-TAAAGAAAAAAATATTCATTGACAATAAAAGTTC
62 ATTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAA-TATGAAGAAAAAAGCATTCA-TGACAAGAAAAG-TC
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20303 ACTTATAGTGACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTT-AAA
124 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
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20349 TGATTTTATAATCTCG-TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAAACTATTTA-TTAAAATAGA
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20411 CTATAATTGAATATTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAATAAAAGTCCAT
63 TTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCA-TGACAAGAAAAGT-CAT
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20476 TCAGAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAAT
126 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
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20521 GGTTTTATAATCTCATAAACGATTTTAAGTT-TA-GTTTTTTATATTATTGGTTAAAACATATTA
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20584 TAATTTATTTTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAATA-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
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20648 ATAGNNNNNNNNNNCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
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20691 AGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATC-TTTTTGGTTAAAACAGAT
1 AGTTTTATAATCT-GATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGAT
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20754 TATAATTGAATGTTTACATCTAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTTCACT
64 TATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATGA-CAAGAAAAG-TCATT
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20819 TATAATCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT
127 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
* * * *
20863 AGTTTTATAATGTCTG--AATTGATTTTAA-ATAAAATTTTGTTACATTTTTTA-TTAAAACAGA
1 AGTTTTATAA--TCTGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* *
20924 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
63 TTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAA
20951 CA
Statistics
Matches: 4277, Mismatches: 1245, Indels: 427
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 33 0.01
164 58 0.01
165 1 0.00
168 11 0.00
169 311 0.07
170 1099 0.26
171 1348 0.32
172 832 0.19
173 336 0.08
174 67 0.02
175 39 0.01
177 43 0.01
178 58 0.01
179 18 0.00
180 20 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCTTTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATGACAAGAAAAGTCATTTATA
GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
Done.