Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398933.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2217.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 2065 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4329 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4038--4529 Score: 450
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 172
4028 NNNNNNNTTT
* * * * * *
4038 TTTTACAT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-GCCTCTAGAAACGTGTAGAGAAA
1 TTTTAC-TGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTTAATG-TTCACCTCAAGAAAAGTGAAGA-AAA
* * * ** ** * ** *
4101 GC-TATTTATTTAAAAGAAAAATTTATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGT
63 ACACATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGT
* * * *
4165 GTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-G
128 GTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTAG
* * ** *
4209 TTTTACAT-TTTTCATTGAAATAGACTATAA-TTGATG-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTAC-TGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTTAATGTTC-ACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAA
* * * * *
4271 CACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGTCTTATTACTCA-C
64 CACATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGT
* *
4335 GTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTAT
128 GTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTAG
* * * **
4380 TTTTACTGTTTTTATTAAAATAGATTATAATTTAATGTTCACCTCAAGAAAAGTTAAGAAAAAGG
1 TTTTACTGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTTAATGTTCACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAACA
* * *
4445 CATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAG-CAACCCA-TTCTTTCAAAA-CCTTATTGCTCGCT
66 CATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTC-TCCCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTAG-T
4507 -TTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 GTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
4530 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 48, Indels: 24
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.02
170 103 0.39
171 92 0.35
172 59 0.23
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTTACTGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTTAATGTTCACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAACA
CATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGTGTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTAG
Found at i:4524 original size:171 final size:171
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Indices: 4038--4529 Score: 464
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4028 NNNNNNNTTT
* * * * * *
4038 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTCTAGAAACGTGTAGAGAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATT-AATGTC-TACCTCAAGAAAAGTGAAGA-AAAA
* * ** ** * * * * *
4102 C-TATTTATTTAAAAGAAAAATTTATTTATAGTCTCTCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTAG-
63 CACATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
4164 TGTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTG
128 T-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTG
* * ** *
4209 TTTTACATTTTTCATTGAAATAGACTATAATTGATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACAC
1 TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAACAC
* * * * * * *
4274 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCTCCCATTTCTTT-AAAAGTCTTATTACTCACGTT
66 ATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
4338 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTAT
131 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATT-G
* * *
4380 TTTTAC-TGTTTTTATTAAAATAGATTATAATTTAATGT-TCACCTCAAGAAAAGTTAAGAAAAA
1 TTTTACAT-TTTTCATTAAAATAGACTATAA-TTAATGTCT-ACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAA
** *
4443 GGCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAG-CAACCCA-TTCTTTCAAAA-CCTTATTGCTCG
63 CACATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
4505 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
4530 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 48, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 98 0.37
171 101 0.38
172 60 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAACAC
ATTCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTG
Found at i:4813 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 4609--4924 Score: 307
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
4599 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4609 AAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTC-TCATTACT
1 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATTCCTTCAAAA-ACATCACTACT
* * * * **
4673 CGCTGTAAAT-GATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTCCA-CTTTTAGTT
65 CACTATAAATAG-TTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTAAATCTTTTA-TT
*
4736 AAAATAGACTATAATTGAACATCTACCCTAANNNNNNNNNNGAAA
127 AAAACAGACTATAATTGAACATCTACCCTAA----------GAAA
* *
4781 AAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAACATTACTACTC
1 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAACATCACTACTC
* * * *
4845 ACTATAAATAGTTTTATAGTTTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTTTATTAAAA
66 ACTATAAATAGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATCTTTTATTAAAA
4910 CAGACTATAATTGAA
131 CAGACTATAATTGAA
4925 TGCCTGCCTC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.20
171 93 0.76
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAACATCACTACTC
ACTATAAATAGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATCTTTTATTAAAA
CAGACTATAATTGAACATCTACCCTAAGAAA
Found at i:5562 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5117--6251 Score: 1020
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
5107 ATAGTTACCT
* * *
5117 ATTCTTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATTG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * **
5181 -AATTTTTTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-ATTACCTCTAGAAAA-GT
65 GAA---TTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA-C-CTAGAAAACGT
* * * * *
5243 GAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCTAGACAAGTCTATTTATAGTAACCC
124 GAA-AAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * ** *
5291 ATTCTTTCAAAA-CCTTATTATTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-T
* * ***
5355 -ATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACGCTAGAAAACGTGTGG
65 GAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTAC-CTAGAAAACGTGAAA
* * *
5418 AAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCC
128 AAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * *
5461 ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
5526 AATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACGTCAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTAGA-AAACGTGAA-AA
* * **
5591 AAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTTTC
129 AAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* ** * ** * *
5632 ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCA-TGTTTCATGGTTTTATAATCTTGTAATTAATTTTAGGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
* * * * * *
5696 TCAATTCTTTTACATTATTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCA-AGAAACGCGA
64 TGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCT-AGA-AAACGTGA
* * * *
5759 AGAAAAGGATATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTC
126 AAAAAAAG-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
5803 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
5867 GAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATAGAATACCTACCTTAGGAAATGT-ATA
65 GAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-TAGAAAACGTGA-A
* * * * *
5930 GAGAAAGTCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
127 AAAAAAG-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * * *
5974 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-TCTTAAAT-AGTTTTATATTCTCATAAATGATTTTGAGT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
6037 TAAATTTTTTTGCATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGCATGTTTATCGT-GAGAAACGTGA
64 TGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA-CCTAGA-AAACGTG-
*
6100 AAAAAAAAGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC
125 AAAAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * *
6145 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAATT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
6209 GAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGC
65 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
6252 TTGTCTCGAG
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 129, Indels: 78
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 193 0.24
171 440 0.55
172 92 0.12
173 45 0.06
174 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTAGAAAACGTGAAAAAA
AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
Found at i:5826 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5062--6249 Score: 1227
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 337
5052 GTCTACCTTG
* * * * * * * *
5062 AGAAACGTGAAGAGAAACACATTCATTAGTAAGCAAAGTCCACTAATAGTTAC-CTATTCTTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCA
* *
5126 AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTT
*
5190 GTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATAT-TACCTCTAGAAAAGTGAAGAAAAAAG
127 -TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCT-TAGAAAAGT-AAGAAAAAA-
* * ** * * *
5254 GCATTCATTGGCTAGACAAGTCTATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA-CCTTATTATTC--GC
188 GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATG-
* * * * * *
5316 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCTATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAAT
251 TTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAC
* * *
5381 AGACTATAATTGAATGCCTACGCT
314 AGACTATAATTGAATGTCTACTCA
** * * * * *
5405 AGAAAACGTGTGGAAAAAGCCATTCATT-GATAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
1 AG-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* * * *
5469 AAAAGCCTCATTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * ** *
5533 TTACACTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACGTCAAGAAAAAAGCA
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTT-AGAAAAGT-AAGAAAAAAGCA
* * * *
5598 TTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATGTTTC
191 TTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGTTTA
** * * * *
5663 ATGGTTTTATAATCTTGTAATTAATTTTAGGTTTCAATTCTTTTACATTATTTGTTAAAACAGAT
255 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTT-AATTTTTTTACATT-TTTATTAAAACAGAC
5728 TATAATTGAATGTCTACTTCA
318 TATAATTGAATGTCTAC-TCA
* * *
5749 AGAAACGCGAAGAAAAGGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
*
5813 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
5878 CATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATAGAATACCTACCTTAGGAAATGTATAG-AGAAAGTCAT
131 CATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTA-GAAAAGTA-AGAAAAAAG-CAT
* * * * * * *
5941 TTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTATCTTAAA
192 TCA-TTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGTTTAA
* * * * *
6006 TAGTTTTATATTCTCATAAATGATTTT-GAGTTAAATTTTTTTGCATTTTTTATTAAAACAGACT
256 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTTAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACT
* * *
6070 ATAATTGCATGTTTA-TCGTG
319 ATAATTGAATGTCTACTC--A
* * *
6090 AGAAACGTGAA-AAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * *
6154 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAATTGAA-TTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
6218 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
130 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
6250 GCTTGTCTCG
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 109, Indels: 58
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 6 0.01
341 183 0.26
342 334 0.47
343 78 0.11
344 102 0.14
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAAGTAAGAAAAAAGCATTCAT
TGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGTTTAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACTCA
Found at i:6032 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 5117--6250 Score: 1327
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 509
5107 ATAGTTACCT
* * * * * * *
5117 ATTCTTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-
1 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAATTC
* * * *
5181 AATTTTTTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTACCTCTAGAAAAGTGAA
66 AA----TTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTACCTCAAGAAAAGCGAA
* * * * *
5246 GAAAAAAGGCATTCATTGGCTAGACAAGTCTATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAACCTTATTA
125 G-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAACCTTATTA
* * * *
5311 TTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCTATTTTTTTTACATTTTTCATT
189 CTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCTAATTTTTTTACATTTTTCATT
* * * * *
5376 AAAATAGACTATAATTGAATGCCTACGCTAGAAAACGTGTGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
254 AAAACAGACTATAATAGAATACCTACGCTAGAAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
* * * *
5441 AGGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATC
319 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCATCTTAAATGATTTTATAATC
* * * * *
5506 TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-CTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAACGTC
384 TCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAACGTC
* * *
5570 TACCTTGAGAAACGTCAAGAAAAAAGCATTCATT-GCCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTTTC
448 TACCGTGAGAAACGTCAAAAAAAAAGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTCTC
** * *** * **
5632 ATTCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCA-TGTTTCATGGTTTTATAATCTTGTAATTAATTTTAGGT
1 ATTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCACT-TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTTA-AA
* *
5695 TTCAATTCTTTTACATTATTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGCGAA
63 TTCAATT-TTTTACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAAAGCGAA
* * *
5760 G-AAAAGGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
125 GAAAAAGG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATT
* *
5823 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTCA
188 ACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCT-AATTTTTTTACATTTTTCA
* * * * *
5887 TTAAAACAGACTATAATAGAATACCTAC-CTTAGGAAATGTATAGAGAAAGTCATTTATTTGA-A
252 TTAAAACAGACTATAATAGAATACCTACGC-TAGAAAACGTATAGAAAAAGCCATTCA-TTGATA
* * * *
5950 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTATCTTAAAT-AGTTTTA
315 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCATCTTAAATGA-TTTTA
* * * * *
6014 TATTCTCATAAATGATTTTGAGTTAAATTTTTTTGCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGCA
379 TAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
6079 TGTTTATCGTGAGAAACGTGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT
444 CGTCTACCGTGAGAAACGTCAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTCT
6144 C
509 C
* *
6145 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAATTG
1 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAATTC
6210 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 AATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
6251 CTTGTCTCGA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 78, Indels: 40
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 34 0.07
512 38 0.07
513 367 0.70
514 33 0.06
515 47 0.09
516 2 0.00
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (509 bp):
ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAATTC
AATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTACCTCAAGAAAAGCGAAGAAAAA
GGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTT
TAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
ACTATAATAGAATACCTACGCTAGAAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCATCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAA
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCGTGA
GAAACGTCAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTCTC
Found at i:7300 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6814--10700 Score: 2927
Period size: 170 Copynumber: 22.8 Consensus size: 170
6804 GAATTGGTTG
* * *
6814 CTATAAAT-GAACTTTTCTTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGGT-GAACAT
1 CTATAAATAG-ACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTCT-GAGGTAG-ACAT
* * * * * * * *
6875 TTAATTACAATCTATTTTAATGAAAACA-CTAAAAACAATTTAACATAAAATCAATTATGAAATT
61 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAA-ATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
6939 ATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGAGA
124 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* *
6986 CTATAAA-AGGA-GTTTCTTACC-AATGAAT-GCTTTTTTCTTTACA--TTTCTCAAGGTAGACA
1 CTATAAATA-GACTTTTCTT-CCAAATGAATGGC-TTTTTC--TACATGTTTCT-GAGGTAGACA
* * * *
7045 -TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTG
60 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
7108 TAAAACCATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGAGA
125 TAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * * *
7154 CTATAAATGGACTTTTCTTCCAAAT-AGATGGCTTTCTCTACATGTTTCATGAGGCAGGCATTTA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGA-ATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTCA
* * *
7218 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
7282 ACTATTTACAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTA-A
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-AGA
* ** *
7324 CTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAATACACATTC
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATTC
* * *
7387 AATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAAT-AAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * **
7451 AAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAA-GAATGTGTTA
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGAGA
*** * ** * *
7495 CTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCCACATGTTTCCCATTGTTGGA-ATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTGA--GGTAGACATTCA
* * *
7559 ATTATAGTTTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAA-T-AACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
7622 ACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAA-GAATGGGTTG-
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAG-AGA
* * * * *
7662 CTACAAATAGATTTTTCTTGCC-AATGACTGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGGT-GAACATT
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTCT-GAGGTAG-ACATT
* * * *
7724 CAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATAGTAAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
62 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT-GTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
7788 TAAAACTATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGAGA
125 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
*** * ** * *
7834 CTATAAA-AGGACTTTTCTTATTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACA-TC
1 CTATAAATA-GACTTTTCTTCCAAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATTC
* * *
7896 AATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
7961 AACCATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGAGAGG
128 AACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * * * * *
8004 CTATAAATAGA-TTTTCTTTCAAATAAATGGCTTTCTCTACACGTTTCTTAAG-ACAACCATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTGAGGTA-GA-CATTCA
* * * *
8067 ATTATAGTCTGTTTGAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
8132 ACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAA-GAATGGGTGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * * * *
8173 CTACAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCATGAGATACACATTT
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTC
* * * * * *
8236 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATTATTTATGAGAATATAA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
8301 AACCATTT-AAGACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGAGAGA
128 AACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * ** * **
8344 CTATAAATAGATTTTTCTTCCAAATAAATAGCTTTCTT-TACATGTTTCCCAAGGCAGGTATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTT-TTCTACATGTTT-CTGAGGTAGACATTCA
* * *
8408 ATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
8473 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * ** * * ** *
8515 CTAT-AATGGACTTTTCTTGCTCATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAA
* * ********** * * * *
8579 TTATAATCTATTNNNNNNNNNNATGTAAAAGAATTTGAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
65 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
8644 ACTATTTAACA-CGAGTAATAAAGCTTTTGAAA-GAATG-GAAGA
129 ACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAG-AGA
* * *********
8686 CTATAAATAGACTTTTCTTAGC-AATGAAT-GCTTTTTTCTTCATNNNNNNNNNNGTAGACATTC
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGC-TTTTTCTACAT-GTTTCTGAGGTAGACATTC
* ** * * *
8749 AATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ********** * * *
8814 AATCANNNNNNNNNNGTAATGAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-GAGA
* ** * * * * ** *
8857 CTATAAATAGACTTTTTTTTTATTAATAAATGGCTTTTTCTATACGTTTCCTAACATAGGCATTC
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCA--AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT-CTGAGGTAGACATTC
*
8922 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAACAAAA-TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ********** * *
8986 AAGCCATTTAAAGNNNNNNNNNNGG-TTTTGAAA-GAATGGGTTG-
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAG-AGA
** * * * *
9029 CTATAAATAGACTTTTCTAGCTAGTGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTAGAGGTA-ACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTCT-GAGGTAGACATTCA
* * * * * *
9092 ATTATAATCTATTTTACCT-AAAAATATAAAAAAAAGATT-AACTTAAAATCAATTTTCAGATTA
64 ATTATAGTCTGTTTTA-ATGAAAAATGT--AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
9155 TAAAACCCTTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTCGAAA-GAATGAGTGA
125 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAATGAGAGA
* * * * * * * *
9201 CTATAAATGGACTTTGCTTACTAATGAATGTG-TTTCTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATG-GCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTCA
* * * * *
9265 ATTATTGTATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATAATGAGATTATA
64 ATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
9329 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGAGA
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* *** * * * *
9373 CTATAAATGGACTTTTCTTGGGTAA-GAATGGCTTTTTCTACTTGTTTCTCAAGGTAGGCATCCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATTCA
*
9437 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
9501 AACCATTTCAGGCTACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * * * * * *
9544 CTATAAATGGA-TTTCTTTTTCAAATAAATGAGTTTTTTAC-ACAT-TTCCTGAGGCACG-CAAT
1 CTATAAATAGACTTT-TCTTCCAAATGAATG-GCTTTTT-CTACATGTTTCTGAGGTA-GACATT
* * ** * *
9605 CAATTATAGTCTATGTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
62 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** *
9669 AAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTATTGAAA-GAAT-AG-GTAA
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTAAAGGAATGAGAG--A
* * * * * * *
9713 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTG-TTTCTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATG-GCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTCA
* ** ***
9777 ATTATTA-TATG-TTTACACCAAAAATGTAAAATAAATTGGGCTTAAAATCAATTATGAGA-T-T
64 ATTA-TAGTCTGTTTTA-ATGAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
9838 AAAACCAGTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGAGAGA
126 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * * * * *
9883 CTATCAATAGACTTTTCTTCAAAAT-AA-GTGCGTTTTTTTACATGTTTCCTAAGGTAAATATTT
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATG-GC-TTTTTCTACATGTTT-CTGAGGTAGACATTC
* * * * *
9946 AATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATAT-AAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATGAGATTATAA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
10009 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * *** * * **
10052 CTATAGATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGACA-AGCATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGA-CATTCA
*
10116 ATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAA
* * * * *
10180 AACCATTTAAGGCTACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATA
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * * * * *
10223 CTATAAATTGATTTTTCTTTCAAATAAATGG-GTTTTCTACACGTTTCTCGAGGCACG-CATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTA-GACATTCA
* * * * * *
10286 ATTATTA-TTTATTTTAA-CAATAAATGT-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATA
64 ATTA-TAGTCTGTTTTAATGAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
10348 AAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGA
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* *** * * * *
10392 CTATAAATAGACTTTTTTTACC-AATGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTACACATTCA
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTCA
* * *
10456 ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAATAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
10521 ACTATTTAAAACGTGTAATAAGGTTTTTGAGGGAATGAGAGA
129 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * *
10563 CTATAAATAG-CTTTTTCTTCCAAA-GAACTGG-ATTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAGATATTT
1 CTATAAATAGAC-TTTTCTTCCAAATGAA-TGGCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATTC
** * * * *
10625 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTACAA
63 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
10689 AACCATTTAAAG
128 AACCATTTAAAG
10701 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2968, Mismatches: 579, Indels: 339
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 9 0.00
167 106 0.04
168 116 0.04
169 484 0.16
170 899 0.30
171 826 0.28
172 395 0.13
173 126 0.04
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTGAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
Found at i:11246 original size:171 final size:157
Alignment explanation
Indices: 11052--11381 Score: 283
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
11042 NNNNNNNATT
* * **
11052 ATAAAATCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGAGACTAT-AGATGGAC-TTTT
1 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATGA-ACAGACTTTTT
* * ** *
11115 CTT-CCAAATTG-ATGGCTTTCTCTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
65 CTTACC-AA-CGAATGCCTTTCTCTACACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
11178 AATAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAA
128 AATAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAA
* * *
11208 NNNNNNNNNNNNNNNATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
1 ---------------ATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACT
* * *
11272 ATGAACAGACTTTTTTTTACCAACGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
50 ATGAACAGACTTTTTCTTACCAACGAATGCCTTTCTCTACACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
* * * *
11337 TATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAA
115 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAA
11380 AT
1 AT
11382 CAATTNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 19, Indels: 24
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
157 2 0.01
170 1 0.01
171 49 0.36
172 81 0.60
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (157 bp):
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATGAACAGACTTTTTC
TTACCAACGAATGCCTTTCTCTACACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
AAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAA
Done.