Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398934.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2217.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7021
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.13, T:0.34
Warning! 561 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1033 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17--6398 Score: 3729
Period size: 171 Copynumber: 37.5 Consensus size: 170
7 CTTTTCTTGC
* * * * *
17 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-CTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCCGTTTTAATAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * * * * * *******
81 AAATATATAAAAATTTAACTAAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNN
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
*** * * * *
146 NNNTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* ** ** * * ** *
187 AAATGAATACCTATTTTCTTTTTACGTTTTTCGAGGTATACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACT
1 CAATGAATGGCT-TTTTC--TACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T
* * ********** * * *
252 AAACATATAAAACAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGT
62 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
317 AAGGCATTTGAAGTAATAGGTGACTATTAATGGATTTTTTTTCC
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* ** * * * *
361 CAATGAATGGCTTTTTCTACATG-TTTCCTAAGCCAAGCATTCAATTAGAGTCTATTTTTATGAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* ** *********** *
425 AAATGTAAATTAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
490 AGCTTTTGATA-GAATAGGAGGCTGTAAATGAACTTTTCTTGC-
129 GGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * * * ******
532 CAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTNNNNNNN
1 CAATGAATGGCTT-TTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT-TAATAA
*** * * * *
596 NNNTGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCTAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* ********** ** *
661 GGCTTTTGAAGGAATAGNNNNNNNNNNATAAACTTTTCTTGC-
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * * **
703 CAATGAAT-GTTTGTTTGTTCATGTTTCTCAAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAA
1 CAATGAATGGCTT-TTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * * * * *
767 AAATTTAAAAATATTCAACTTAAATTCAATAATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* **********
832 GGCTTTTGAAAGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTTTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
*
874 CAATGAATGGC-TTTTCTACACT-TTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTTA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAA
* * *
937 ACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TCAAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * *
1001 AGGCTTTTGAAGGAATGACTGACAACAAATGGACTTTTCTTAT
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
** * * ** * * **
1044 CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTAT-TTACTTTTTTGACCAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGT-CTGTTTT-AATAA
* * * *
1108 AAATATAAAAATATATTTAACTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
64 AAATATAAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
1173 -AGGATTTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA-TTTTTCTTGT
127 AAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCT
* * * * * * ** * *
1217 TAATAAAT-ACTTTTTTTTCATTGTTTTT-AAAGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAA
* * * * *
1280 AAATATAAAACAATTTAACTTAAAATGAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
1345 GGCATTTGAAGTAATGGGTAACTATTAATGGACTTTTCTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * * *
1387 CAATGAATGACTTTTTCTACATGTTTTCCAAAGTAGGCATTCAATTAGAGTCTATTTTAATTAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAA
* * * *
1452 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGCA-ATTAAAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
65 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* **
1516 GGCTTTTGATA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCT
129 GGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * * ***
1559 -AATGAAT-GTTTTTTTTCACAT-TTCTT-GAGGTACATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCT-ACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* * * * ** *
1619 ATATATAAAAAAATTTAACTTAACATCAATTATTACATTATAAAATAATTTAAAGCGACTAATAA
65 A-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
1684 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * * * * *
1726 AAAT-AATGTG-TTTTTCTATATG-TTTCCTAGGCAGACAGTT-AATTAAAGTCTGTTTTAATGA
1 CAATGAATG-GCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-A
* *
1787 AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATA
63 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
1851 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATGAATGGACTTTTCATGC-
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * ** * * * *
1894 CAATGAATGGCTTTTTTTATATGTTTCTT-GAGACAAGCACTCAATTGTAGTTTGTTTTAATAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT-TTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * * * *
1958 AAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAGGCTACTAATA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
2022 AAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGATTTTTTTTTT
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* ** * * * ** * * *
2065 CAAATAAATGAATTTTCCATAC--G-TTTCCTAAGGCACACAATCAATTATAGTCTGTGTTAACA
1 C-AATGAATGGCTTTTTC-TACATGTTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA
* * * *
2127 AAAA-ATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCGATT-TGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAAT
63 AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
2189 AAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATCAAAT-GA---ATTTTCT
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTTTTCT
* * * *
2229 ---T---T---TTCTTC-AC-TGTTTTT-AAGATAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAA
* * * * * **********
2282 AGTGTACAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATAAG
65 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
2347 GCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTCTTC-
130 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCT
* * * * * * *
2387 CAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCATGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
1 C-AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* * * * **********
2452 AA-ATATAAAAACTTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAA
65 AATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
2516 GGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATTAATAGA-TTTTTCTTGT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCT
*** ** * * ** * *
2558 CAATGAATAATTTTTTCTACA-CATTTCCTGAGCCAGGTATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* * * * ********
2621 AATAT-AAAAAATTCAACTTTAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNNN
65 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * * *
2685 NNTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTCTGC-
130 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCT
* * * * **
2726 CAATGAATGCCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAAGCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
1 CAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * * * *
2791 AAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATGAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
2856 GGCTTTTGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGAC-TTTTTTC-
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * *
2896 CAGATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAA
1 CA-ATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * ********** * * *
2961 AAATGTAAAAACANNNNNNNNNNAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * **
3026 GGATTTTGAAGGAATGGATGACTATGAACAGACTTTTGTTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* ** * ** * *
3069 -AATGAA-AGCTTGTCCCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAA
1 CAATGAATGGCTT-TTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
** *******************************
3132 AAATGCAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
3197 GGCTTTTAAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
** * * * * * * *
3239 TGAGGAATGGTTTTTTCTACATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAATGAAG
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAA
* * * * ***********
3304 AATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGNNNNNNNNNNN
65 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
**** * *
3369 NNNNTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCT
130 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * ** * *
3410 CAATGAAT-GATTTTTTTATATGTTTCTT-AAGACAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTGAATGAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT-TTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * *
3473 AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
3538 GGCTTGTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * ** * *
3580 CAATAAATGGCTTCTTTCTATATGTCTCTT-AAGACAAGCATTCAATTACAGTCTGTTTTAATGA
1 CAATGAATGGCTT-TTTCTACATGT-TTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-A
* * * * *
3644 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACA
63 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * *
3709 AGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * ** *
3752 AAATGAAT-GCTTATTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAA
1 CAATGAATGGCTT-TTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * *
3816 AAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
3881 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * *
3923 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-CTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAATAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATAA
* * *
3987 GAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * *
4051 AGGCTTTTGAAGGAATGACTGACTACAAATGGACTTTTCTTAC-
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * * * ** *
4094 CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGATACACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAA
1 CAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * * * *
4158 AAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAGAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
4223 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTTTTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTTCT
* * * *
4266 CAATAAATGGCTTTTTCTACACT-CTTTTCAAGGCAAGCATTCAATTATAG-CATGTTTTAAGTA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACA-TGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTC-TGTTTTAA-TA
* * * * *
4329 AAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATACT
63 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
4393 AAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGACTGTAAATGGACTTTTCTTAT
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * * * * * * * * **
4437 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTTGACATTGAATTATAATATTTTTTGACCAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATAAA
* * * * * *
4502 AATATGAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAG
65 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
4567 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGC-
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * ** * *
4608 CAATGAAT-GCATTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTCA-ATAAT-AATTATTGTCTGTTTTAACT
1 CAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTT-TTCAAGGT-AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T
* * *
4669 AAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAAT
62 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
4734 AAGGCATTTGAAGTAATGGGTGACTATTAATGGATTTTTTTTCT
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * * * *
4778 CAATGAATGGCTTTTTCTATATG-TTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTAGAGTCTATTTTAATGAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * *
4842 AAATGA-AAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
64 AAAT-ATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
4906 AAGGCTTTTGATA-GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGC-
127 AAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TT-CT
* ** * **
4950 CAATAAAT-GCTTTTT-TACACATTTCTT-GAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT-TTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAA
* * * * * * * *
5012 AAATATAAAAAAATTCAATTTAACATCAATTATCAGAATGTAAAACAATTTAAAGCGACTAACAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
5077 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCT
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * * * * * * * * *
5119 GAATAAATGTG-TTTTTGTATACGTTTTCCAA-ATAGACATTTAATTATAGTTTATTTTAATGAA
1 CAATGAATG-GCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
************ *
5182 AAATAT-AAAAAATTCAANNNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
5246 AGCTTTTGAAGGAATGGGAT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGC-
129 GGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGACTTTT-TTTCT
* * * * * *
5288 CAATGAATGGTTTTTTCTACACG-TTTCCTAAGGCAAG-ATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* * * *******
5351 AA-ATGCAAAACAATTCAACTT-AAATACAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAGGCNNNNNNN
65 AATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*** *
5414 NNNGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-TTTTTCTT-T
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCT
* * * * * * * *
5457 CAAAT-ATATGGGTTTTTTTACATG-TTTCCTGAGGCAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTACA-
1 C-AATGA-ATGGCTTTTTCTACATGTTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA-AT
* * * ********** *
5519 AAAAA-AGT-AAAATATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAA
62 AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
5582 TAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATTAATGGA-TTTTTCTTAT
126 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTCT
* * ** * * **
5627 GAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACATTCTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCAATTTTAATGAA
1 CAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * * * * *
5691 AAATGTACAACAATTC-ACTTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAACA
64 AAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ********** *
5755 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTANNNNNNNNNNTTTCTTC-
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * * * *
5797 CAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCTAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAA
1 C-AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* * ******
5862 AACTATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNN
65 AA-TATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
**** * * *
5926 NNNNTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGT
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* * ** * * ** *
5969 GAATGAAT-GCTTTTGGCTTTATGTTTCTCAAAGTACACATTCAATTATAGTCTGTATTAATGAA
1 CAATGAATGGCTTTT-TCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AA
* * ********** * * *
6033 AAATGTAAAAAAAATCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAAT-A
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
6097 GGCTTCTAAAGGAAAGGGAGACTAAAAAT-GAATTATTCTTTC-
129 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TT-TTTCT
* * * ** * * * * *
6139 AAATAAATGAGATTTTT-TACATGTTTCACAAGGCAAGCATTGAATTATAGTCTATTTTAAGAAA
1 CAATGAATG-GCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAA
* ********** *
6203 AA-ATATAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATA
65 AATATA-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** *
6266 AGGCTTTTCAAAGAATGGGTGATTATAAATAAACTTTTCTTCT
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
* ** ** * * * * ** *
6309 -AATAAATGTTTTTTTCTTTATGTATCTCGAGATACTCATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAA
* *
6373 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATC
65 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
6399 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4788, Mismatches: 1210, Indels: 428
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
152 25 0.01
153 24 0.01
154 21 0.00
155 19 0.00
156 18 0.00
157 1 0.00
158 2 0.00
159 3 0.00
160 1 0.00
162 1 0.00
164 5 0.00
165 1 0.00
167 35 0.01
168 327 0.07
169 580 0.12
170 1099 0.23
171 1792 0.37
172 617 0.13
173 195 0.04
174 22 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCT
Done.