Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398936.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2219.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4428
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.10, T:0.33
Warning! 590 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:661 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1319 Score: 911
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
* **
1 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGG
* ** * * * *
66 C-AGACATTTAGCTATAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTCAACTGAAAATCAATTAT
66 CAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
* ********** *
130 GAGTTTATAAAACAATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAA
130 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
** ** * * * *
172 GGAATAAGTGACTATAAAAAGACTGTTT-TTCTCAATGAAT-GAATTTTTTTACATGTTTTTAAA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTTTGCATGTTTCTCAA
* * * * *
235 GGCAGGCATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATGAATT
64 GGCAAGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
* * ** ** * *
299 TTAAGATTATAAAATTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTTAA
128 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
******************* **
343 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTCTTGA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCA-ATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAA
* * * * *
407 GGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAATTAAACTTAAAACTAATT
64 GGCAAGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
* **********
469 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTTGAA
128 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
* * *
513 GGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTCTTTTGCATGTTTCTCAAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGG
* * * *
578 CAAGCATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATG
66 CAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * * *
643 GGATTATACAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
131 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
* * * * * ** *
684 GGACTAGGTGACTATAAA-GAAACTTTTCTTCTCAATGAATATCTTTTTTTCCGCGTTTCTAAAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAG
* *********** *
748 G-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATNNNNNNNNNNAAAATCAATTA
65 GCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
* * **
812 TAAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCGTTTGAA
129 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
* * * * * *
855 GGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTT-ATCTCAATGAGTAGCTTTTTGTGCATATTTCTTAAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGG
* **
919 CAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAACTAAAAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTAT
66 CAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATTAATTAT
* **********
984 GAGATTGTAAAACAATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNNA
130 GAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
* * * ** *
1026 GGAATAGGTGACTGTAAATGGA-TTTTTTTACTCAATGAATGATTTTTTTTTACATGTTTCTCAA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT-AGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAA
* * * * * * *
1090 GGTAAGCAATCGATTATAATCT-TTTTAACGATAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTA
64 GGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
**************
1154 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNNNNNAA
129 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
*
1197 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGC-TCGTTTCTCATG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCAT-GTTTCTCAAG
* *
1261 GTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 GCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1320 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 250, Indels: 47
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 41 0.05
170 186 0.21
171 508 0.58
172 103 0.12
173 35 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGG
CAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAA
Found at i:1724 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1420--2293 Score: 676
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
1410 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1420 AAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTATAACAGA
1 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGTTAAAACAGA
* * * *
1485 CTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGCAAAAAAAGATATTCATTCAGAAGAAAAGTTTAT
66 CTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTAT
* * ***
1550 TTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNN
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTT
****** * * *
1591 NNNNNNTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCAATTTTTGTTAAAATAGA
1 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGTTAAAACAGA
* * *
1656 CTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACATGCAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCTAT
66 CTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTAT
* * *
1721 TTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTT
********** *
1762 ANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTAAC-ATTTTTGGTTAAAACAG
1 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTT-GTTAAAACAG
* *
1825 A-TAATAATTGAATGTTTA-C--AAGAAACATG-AAAAAAAGAC-ATTCATTG-GCCAGAAAAGT
65 ACT-ATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAG-CTATTCATTGAG-AAGAAAAGT
* ********** *
1883 CCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTTAAAAGCCTTATTACTCGATTT
126 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTT
* * * * * * * * *
1928 AAATTACTTTATAATCTCAAAATTCATTTTGAGTTAAATTTTTTCA-AATTTATAGTTCAAATAG
1 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTT-TTGTTAAAACAG
* * * * *
1992 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAACATGTAAAAAAA-TTCATTCATTGAGAA-AAACAGTC
65 ACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAGAAA-AGTC
* ****
2055 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCNNNNN
127 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTT
***** * * * * *
2099 NNNNNATTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTGTCAAAACAGA
1 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGTTAAAACAGA
* * *
2164 CTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTAC-A
66 CTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT-CTA
* * *
2228 TTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTG
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTT
*
2270 AAATTGTTTTATAATCTCATAATT
1 AAATTATTTTATAATCTCATAATT
2294 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 140, Indels: 46
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 78 0.14
167 41 0.08
168 3 0.01
169 8 0.01
170 41 0.08
171 357 0.66
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTT
Found at i:2997 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2681--3426 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
2671 NNNNNNNNNN
* *
2681 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
* * * *
2746 CTTATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTATGCTTAAAATAGACTATAATTGAATGCT
66 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGCTTAAAAAAGACTATAACTGAATGCT
* * *
2811 TGTCTTCAGAAACATGTAAAAAAA-TTCATTCATTGAGAAA-A
131 TGTCTTCACAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGA-AAAGA
* * *******
2852 AAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTNNNNNNN
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
*** *
2917 NNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTTG-TTAAAAAAGACTATAACTGAATG-
66 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TATGCTTAAAAAAGACTATAACTGAATGC
*
2980 TT-TACATTGACAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAAAAGA
130 TTGT-C-TTCACAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAAAAGA
* * * * * * *
3023 AAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAATATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
* * ********** * * *
3088 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTNNNNNNNNNNGACAATAATTGAATGT
66 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTATGCTTAAAAAAGACTATAACTGAATGC
** * * ** * *
3153 TTACCTTGAGAAACATTAAAAAAAAAGC-ATTCATTTATAAGA
130 TTGTCTTCACAAACA-TGCAAAAAAAGCTATTCATTGAAAAGA
* * **********
3195 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATTGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
* * * * *
3260 CCTAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTT-AAAAAGACTATAA-TCGAATGC
66 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGCTTAAAAAAGACTATAACT-GAATGC
* * * *** *
3323 TT-ACCTCA-AAAAATGTGTAAAAA-CTCATTCATTGAGCAA-A
130 TTGTCTTCACAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGA-AAAGA
* * * * *
3363 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCGTTCAGAATCCTTAATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
3427 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 116, Indels: 32
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 6 0.01
168 45 0.10
169 21 0.05
170 20 0.05
171 219 0.49
172 119 0.27
173 13 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGCTTAAAAAAGACTATAACTGAATGCT
TGTCTTCACAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAAAAGA
Found at i:4224 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4048--4428 Score: 437
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
4038 NNNNNNNNNN
* * * *
4048 TTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTT-TTC-TTTTATAGTTAAA
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATT-TTTGTACATTTTATA-TGAAA
* * * * *
4111 ACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTTA-AAACATGTAAAAAAA-TTCATTCATTGAGAAAAGAA
63 ACAGACTATAATTAAATACCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCT-ACTCATTGAGAAAAAAA
* * * * *
4174 GTCTATTTAGAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTAGTCAC
127 ATCTATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
* * * *
4218 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTAAATTTTTGTACATTTTTTATGAAAAT
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTGTACATTTTATATGAAAAC
* ** *
4283 AGACTATAATTTAATACCTGTCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAAATC
65 AGACTATAATTAAATACCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAAATC
* ** **
4348 TATTTACAATCACTCATTCCTTCAAACGCCTTATTACTCGT
130 TATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
4389 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
1 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 29, Indels: 11
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 65 0.37
171 105 0.60
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTGTACATTTTATATGAAAACA
GACTATAATTAAATACCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAAATCT
ATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
Done.