Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398941.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2223.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20139
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.08, T:0.24
Warning! 6803 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:556 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--660 Score: 463
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
* * ** ** * *
1 TCATAATTGATTTTAAG-TAAACTTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGGTT-GCATTGAATGTC
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTT
* ** * * * * *
64 TATCTCTGGGAACATGAAGCTAAAG-TCATTCATTAACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
64 TACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
128 GCTTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATC
127 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
* * * *
171 TCCTAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGTTAAAGCAAATTATAATTAATTAT-TT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAA--ATGTT
********** * * * * *
235 TNNNNNNNNNNACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTAGTTATTGTCACCCATT
64 TACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * ** *
300 TCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
* * ********* * * *
341 TCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT-TTTACATTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTT
* * * * *
406 ACCTCAAGAAATATGTAA-AAAATGTTATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATG
65 ACCTCAAGAAACATG-AAGAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
470 CCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
* * *
512 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTTT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTT
* * * **
577 TCCTTAGGAAACATGAAGAAGAAGGAATTCATTTGGA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
65 ACCTCAAGAAACATGAAGAA-AAGCTATTCA-TT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
640 TCTTTCAAAAGCCTTATTACT
127 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT
661 CACTNNNNNN
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 108, Indels: 29
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.06
170 126 0.34
171 211 0.57
172 8 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTA
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
Found at i:1225 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 927--1913 Score: 859
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
917 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
927 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCGAGAAATGTGAATAACAAA-TCATTCATTGTCTA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA-AAAGACATTCATTGACAA
* ** * * * * * *
991 GAAAAG-TCTATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCGT-GTTGCTCGCTTTTAATGGTTTTA
65 GAAAAGTTC-ATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAG-TACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
1054 TAATCTTGTAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGG
128 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * **
1098 TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTATCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTTTTGACAAG
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
* *
1163 AAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
** * *
1228 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTAG
131 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* ** *
1269 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTC-ATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAC-A
* * * *
1333 A-AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCGAAAGCCTTAGTACTGACTTTAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
1397 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTATATTTTTAT
129 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * * * *
1440 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCTTCGTGAAACATGAATAAAAAGACATTCATT-ATC-T
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAA
* ** * * *
1503 GCAAAAG-TCTATTTATTGTTACCCATAT-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTT
65 G-AAAAGTTC-ATTTATAGTTACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTT
** * *
1566 GCAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTT-G
127 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * *
1610 CTTGAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGTCGTTCATTGACCA
1 -TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CA
* ** * * * * * *
1675 A-AAAAG-TCTATTTAAAGCCATCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTG
64 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
1738 TAATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTT-CATTTTTAG
128 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAG
* *** * * * * * *
1782 TTAAAATAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTC-ATAATACGTGAAGAAAATGACATTTATTGACAA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA-ACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
* * * ** * * *
1846 GAAAACTCCATTTATAATCGCCTATTTCTTCAAAAGCCTTAGTAATCACTTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1911 ATC
130 ATC
1914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 134, Indels: 40
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.02
171 635 0.96
172 15 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
AAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
Found at i:1884 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 927--1913 Score: 996
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 339
917 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
927 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCGAGAAATGTGAATAACAAATCATTCATTGTCTAG
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA-AAGTCATTCATTGACTAA
* * * * * * * *
992 AAAAGTCTATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCGTGTTGCTCGCTTTTAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * *
1057 TCTTGTAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGT
130 TCTCGTAAT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * *
1122 CTATCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTTTTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAT
194 CTGCCTC-GTAAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAT
* * * * *
1187 TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
258 TTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
*
1252 TTGTTTCACATTTTTAG
323 TTATTTCACATTTTTAG
* ** *
1269 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTC-ATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATTGACTA
* * * ** * *
1333 AAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCGAAAGCCTTAGTACTGACTTTAAAT-AGTTTTAT
64 AAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * * *
1397 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTAAAT
128 AATCTCGTAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
1462 GTCTGCTTCGTGAAACATGAATAAAAAGACATTCATT-ATC-TGCAAAAGTCTATTTATTGTTAC
192 GTCTGCCTCGT-AAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTGA-CAAG-AAAAGTCCATTTATAGTTAC
* ** * * * * *
1525 CCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTGCAATCTCGTAATTGATTTTAAGT
254 CCATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
1590 TAAATTATTTTACATTTTT-G
319 TAAATTATTTCACATTTTTAG
* * * * *
1610 CTTGAAACAAATTATAATTGATTGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGTCGTTCATTGACCA
1 -TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAGTCATTCATTGACTA
* * * *
1675 AAAAAGTCTATTTAAAGCCATCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTA
64 AAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
**
1740 ATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGGCTATAATTGAAT
129 ATCTCGTAA-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * ** *
1804 GTTTGCCTCATAATACGTGAAGAAAATGACATTTATTGACAAGAAAACTCCATTTATAATCGCCT
192 GTCTGCCTCGTAA-ACGTGAAGAAAAAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
* * *
1869 ATTTCTTCAAAAGCCTTAGTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATC
256 ATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATC
1914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 119, Indels: 30
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.02
342 489 0.96
343 14 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGTCATTCATTGACTAAA
AAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
CTCGTAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
GCCTCGTAAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTTC
TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTA
TTTCACATTTTTAG
Found at i:1901 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 927--1913 Score: 1191
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 513
917 NNNNNNNNNN
* ** * *
927 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCGAGAAATGTGAATAACAAATCATTCATTGTCTAG
1 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATGAATAACAAAACATTCATTATCTAG
** * * * * *
992 AAAAGTCTATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCCGTGTTGCTCGCTTTTAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCGTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTACAA
* * * *
1057 TCTTGTAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGT
131 TCTCGTAATGGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTCTGCTTAAAACAAATTATAATTGATTGT
* * * ** * **
1122 CTATCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTTTTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCAT
196 CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAAAGCCACCCAT
* *
1187 TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
261 TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA
* * *
1252 TTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTCATGAAACATGAAGAAAA
326 TTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
1317 AGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCGAAAGCCTTAGTACTGAC
391 AGACATTCATTGACTAAAAAACTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTAATCAC
1382 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTATATTTTTAT
456 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTATATTTTTAT
* ** * *
1440 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCTTCGTGAAACATGAATAA-AAAGACATTCATTATCT-
1 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATGAATAACAAA-ACATTCATTATCTA
* * * * * *
1503 GCAAAAGTCTATTTATTGTTACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTGC
65 G-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCGTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTAC
* * *
1568 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGCTTGAAACAAATTATAATTGATT
129 AATCTCGTAATGGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTCTGCTTAAAACAAATTATAATTGATT
* * *
1633 GTTTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAG-TCGTTCATTGACCAA-AAAAG-TCTATTTAAAGCCA
194 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTTC-ATTTAAAGCCA
* * * * * *
1695 TCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTGTAATCTCGTAACTGATTTTAA
256 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAA
** * * * *
1759 GTTGAAGTT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTCAT-AATACGT
320 GTTGAA-TTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAA-ACAT
* * * * *
1822 GAAGAAAATGACATTTATTGAC-AAGAAAACTCCATTTATAATCGCCTATTTCTTCAAAAGCCTT
383 GAAGAAAAAGACATTCATTGACTAA-AAAACTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
*
1886 AGTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATC
447 AGTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATC
1914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 71, Indels: 18
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 12 0.03
513 377 0.96
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (513 bp):
TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATGAATAACAAAACATTCATTATCTAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCGTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTACAA
TCTCGTAATGGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTCTGCTTAAAACAAATTATAATTGATTGT
CTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAAAGCCACCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA
TTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAACATGAAGAAAA
AGACATTCATTGACTAAAAAACTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTAATCAC
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTATATTTTTAT
Found at i:3149 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2759--4284 Score: 1266
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
2749 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
2759 CTTTTAAAGGAATGGATGGCTTTAAATAGACTTTTTTGGTCAATGAACGACTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * *
2824 TCTCGAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTCAGTA-AAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAA
66 TCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-AACAAAAATATAAAA-AAATCAACTTAAAA
* * * * *
2888 TCAATT-TCAAGATTGAAAAAACCGTTTAGAG-CGAGTAATAAGG
129 TCAATTAT-GAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTC-AGTACTAAGG
* * * * * * * *
2931 C-TTTCAAAGATATGGGTAACAATAAATAGACTTTTGC-AGAT-AATGAATGCCTTTTTATTCAT
1 CTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTAG-TCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
* * * * *
2993 GTTTCACGAAGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATATGAAAAAAATCAACCTAA
63 GTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAAATCAACTTAA
3058 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTACTAAGG
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTACTAAGG
* *
3102 CTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCACGT
* * * * * *
3166 TTCAT-G-AGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAA
65 TTC-TCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAAATCAACTTAA
* *
3229 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGG
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTACTAAGG
* * * **
3273 CTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAAAAAAT-ATCTTTTTCTTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGT
* * * * * * *
3337 TTC-CCAAGATAGACAATCAGTTATAATTTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAA
* ** * * * * * *
3401 ATCCATTACAAGATTATAAAACCATTAAAAATGAGCAAC-ACGA
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAG-TACTAAGG
* * *** * * * *
3444 CTTTTAAAGGCATAAATGACTATAAATAGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTATTCACATT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * *
3509 TCTTGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCTACTTAAAAT
66 TCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAA-AATCAACTTAAAAT
* * * *
3574 GAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGCAAC-ACGG
130 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AG-TACTAAGG
* * * *
3615 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTATTCACATT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
* * *
3680 TCTCGAGGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAA
66 TCTCGAAGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAA
* * *
3743 ATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CGAGTAATAAGG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTACTAAGG
* * * * ** *
3786 CTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTGCTTA-TCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGT
* * * * * * * *
3850 TTCCCAAAGGAAACAATCAATTAAAATATGTTTT-AACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAA
* * * * * **
3914 TTAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAAA
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTACTAAGG
* * * * *
3956 CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAGCCAATAAATAACTTTTTCTGT-ACGT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCT-TCACGT
* * *
4020 TTCTCG-AGATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAA
* *
4084 ATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGC-AAGG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTA-CTAAGG
* * * * * *
4127 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTCTTTCTTTACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * * *
4192 TCTCGAGGAAGACATTGAATTATAAGT-TATTCT-AACTGAAAATGTAAATATATTAAACTTAAA
66 TCTCGAAGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAA-AAAATCAACTTAAA
*
4255 ATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAG
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
4285 CGAGTAATAA
Statistics
Matches: 1120, Mismatches: 193, Indels: 84
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 151 0.13
171 842 0.75
172 116 0.10
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
TCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTACTAAGG
Found at i:3479 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2759--4294 Score: 1482
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 341
2749 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2759 CTTTTAAAGGAATGGATGGCTTTAAATAGACTTTTTTGGTCAATGAA-CGACTTTTTCTTCATGT
1 CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGT
* * * *** *
2823 TTC-TCGAGGTAA-ACAATCAATTATAATTTGTTTCAGTAAAAAATGTAAAATA-ATTTAACTTA
65 TTCAT-GAGG-AAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTA
* * * * * ** ** *
2885 AAATCAATT-TCAAGATTGAAAAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATATGGGTA
127 AAATTAATTAT-GAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
* * * * * * * * *
2949 ACAATAAATAGACTTTTGC-AGAT-AATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTCACGA-AGCAGACAT
190 ACTATAAATGGACTTTT-CTTG-TCAATAAAT-ACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGA-TAGACAT
* * * * * *
3011 TTAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATATGAAAAAAA-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
251 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTA
*
3075 TAAAACCATTTAAAGTCAGT-ACTAAGG
315 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC-AAGG
* * * * *
3102 CTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTT
1 CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTT
*
3167 TCATGA-GACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-GAAACAATTCAACTTAAA
66 TCATGAGGA-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAA
* * * * *
3230 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTA
129 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * *
3295 TAAATGAACTTTTCTTGTCAAAAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAGACAATCAGTTA
194 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTA
* * ** **
3360 TAATTTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTACAAGATTATAAAACCA
258 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
3425 TTAAAAATGAGCAACACGA
323 TTTAAAGTGAGTAACAAGG
* ** * * *
3444 CTTTTAAAGGCATAAATGACTATAAATAGACTTTTCTAGACAATGAAT-GACTTTTTATTCACAT
1 CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACGT
* ** * *
3508 TTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCTACTTAAAA
65 TTCATGAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAA
* * * * * *
3573 TGAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAACACGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTAT
130 TTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * *
3638 AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTATTCACATTTCTCGAGGT-GAACATTCAATTA
195 AAATGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-ACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAG-ACATTCAATTA
* * *
3702 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTA
258 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
3767 TTTAAAGCGAGTAATAAGG
323 TTTAAAGTGAGTAACAAGG
* * * *** *
3786 CTTTTGAAA-GAATGGATGACTATAAATGGGCTTTGCTTA-TCAATGAATTCCTTTTTCTTCATG
1 CTTTT-AAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACG
* * * * *
3849 TTTCCCA-AAGGAA-ACAATCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTA
64 TTT--CATGAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTA
* * ** **
3911 AAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATGGGTGAC
127 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* *
3976 TATAAATGGACTTTT-TTAGCCAATAAATAACTTTTTCTGT-ACGTTTCTCGAGATAGACATTTA
192 TATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATAAAT-ACTTTTTCT-TCACGTTTCTCGAGATAGACATTCA
4039 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAA
254 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAA
*
4104 ACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGG
319 ACCATTTAAAGTGAGTAACAAGG
* * * * ** * *
4127 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTCTTTCTTTACGTT
1 CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTT
* * * ** * * *
4192 TC-TCGAGGAAGACATTGAATTATAAGT-TATTCTAACTGAAAATGTAAATATATTAAACTTAAA
66 TCAT-GAGGAAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
4255 ATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAA
129 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
4295 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 975, Mismatches: 185, Indels: 68
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 9 0.01
341 298 0.31
342 537 0.55
343 125 0.13
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTT
TCATGAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAT
TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTGTCAATAAATACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGTGAGTAACAAGG
Found at i:3742 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 2952--4294 Score: 1619
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 509
2942 ATGGGTAACA
* * * * * *
2952 ATAAATAGACTTTTGC-AGATAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTCACGAAGCAGACATTTAAT
1 ATAAATAGACTTTT-CTAGACAATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAAT
* * * * * *
3016 TATAATCTATTTTAAACAAAAATATGAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAC
* *
3081 CATTTAAAGTC-AGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAA
129 CATTTAAAG-CGAGAAC-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAA
* *
3145 TGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCAT-GA-GACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
192 TGAAT-GACTTTTTCTTCACGTTTC-TCGAGGA-AGACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAA
* * * *
3207 AATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAG
253 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
3272 GCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAAAAAATAT-CTTTTTCTTCACG
318 GCTTTTGAAAGAATGGATAACTATAAATGAACTTTGCTTATCAAAAAAT-TCCTTTTTCTTCACG
* * * * *
3336 TTTCCC-AA-GATAGACAATCAGTTATAATTTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
382 TTTCCCAAAGGA-A-ACAATCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTA
* * * **
3399 AAATCCATTACAAGATTATAAAACCATTAAAAATGAGCAACACGACTTTTAAAGGCATAAATGAC
444 AAATCAATTACAAGATTACAAAACCATTAAAAATAAGCAACAAAACTTTTAAAGGCATAAATGAC
3464 T
509 T
* * * *
3465 ATAAATAGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTATTCACATTTCTTGAGGTGGACATTCAATT
1 ATAAATAGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATT
* *
3530 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCTACTTAAAATGAATTATGGGATTATAAAACC
66 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
3595 ATTTAAAGCGAGCAACACGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATG
130 ATTTAAAGCGAG-AACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATG
* * *
3660 AATGACTTTTTATTCACATTTCTCGAGG-TGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG
194 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAG-ACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATG
* * *
3724 TAAAAAAATTCTACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
257 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** ** *
3789 TTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTGCTTATCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCC
322 TTGAAAGAATGGATAACTATAAATGAACTTTGCTTATCAAAAAATTCCTTTTTCTTCACGTTTCC
* *
3854 CAAAGGAAACAATCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
387 CAAAGGAAACAATCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * * * ***
3919 TATGAGATTACAAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAAACTTTTGAAGGCATGGGTGACT
452 TACAAGATTACAAAACCATTAAAAATAAGCAACAAAACTTTTAAAGGCATAAATGACT
* * * * * * *
3977 ATAAATGGACTTTTTTAGCCAATAAATAACTTTTTCTGT-ACGTTTCTCGAGATAGACATTTAAT
1 ATAAATAGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTAT-TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAAT
4041 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
4106 CATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
129 CATTTAAAGCGAG-AACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAAT
* * * * * * *
4171 GAATGTCTCTTTCTTTACGTTTCTCGAGGAAGACATTGAATTATAAGTTATTCTAACTGAAAATG
193 GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAA-TTGTTTTAACTAAAAATG
* * * *
4236 TAAATATATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAA
257 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
4295 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 106, Indels: 32
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 16 0.02
512 329 0.46
513 356 0.50
514 6 0.01
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
ATAAATAGACTTTTCTAGACAATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATT
ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAA
TGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAATTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
AAGAATGGATAACTATAAATGAACTTTGCTTATCAAAAAATTCCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAA
GGAAACAATCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACA
AGATTACAAAACCATTAAAAATAAGCAACAAAACTTTTAAAGGCATAAATGACT
Found at i:6905 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 6625--7140 Score: 484
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 167
6615 NNNNNNNNNN
* * * * *
6625 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATCTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGAATGT
1 TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT-AAATAAATTATAATTGAATGT
* * * * *
6690 CTATCTCTGGGAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGACTAGAAAAGTATATTGATAGTCACCCA
64 CTTTCTC-GAGAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATT-ATAGTCACCCA
* ** *
6754 TACTTTTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAA
126 TTCTTTAAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* *
6796 TCTCCCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAGTAAATTATAATT-AATTAT
1 TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAA-TAAATTATAATTGAA-TGT
* * * * *
6860 TTTTCTCAAGAAGCATGAAGAATAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTAGTTATTGTTACCCAT
64 CTTTCTCGAGAA-CATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCAT
* * * * * *
6925 TCCTTAAAAAG-TCTTATTACTC-GTTTTAATGGCTTTATAA
127 TCTTTAAAAAGCT-TTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * *
6965 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTCGGCTAGAACAACTTATAATTGAATGT
1 TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTA-AATAAATTATAATTGAATGT
* * * * *
7030 CTTCCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGAC-ATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCA
64 CTTTCTCGAG-AACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCA
* * *
7094 TTCTTTCAAAAGCCTTGCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
126 TTCTTTAAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
7136 TCTCA
1 TCTCA
7141 TAATNNNNNN
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 56, Indels: 26
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 44 0.16
170 181 0.66
171 51 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAATAAATTATAATTGAATGTCT
TTCTCGAGAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATTCTT
TAAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
Found at i:11756 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11449--11994 Score: 517
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
11439 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
11449 TCTTGAGGCAGACATTCAATTATACTTTATTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTCACCCTAAAAT
1 TCTTGAGACAAACAATCAATTATAATTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *** *
11514 CAATTATGAGATTACAAAAC-TATTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCTTGGGAATGGGTGACTATA
65 CAATTATGAGATTACAAACCAT-TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTCACTATA
* * *
11578 ACTAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTT
129 AATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
11619 TCTTGAGACAAACAATCAATTATAATTTTCTTTAA-CAAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
1 TCTTGAGACAAACAATCAATTATAATTTT-TTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
11683 TCAATTACGAGATTACAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCATTATA
64 TCAATTATGAGATTACAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTCACTATA
* * * **
11748 AATAGACTTTTC-TAGCCAACGAATGAATTTTTCTTCGCGTT
129 AATAGACTTTTCTTA-TCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * ** * *
11789 CCTAGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
1 TCTTGAGACAAACAATCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
11854 CAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGT-ACTCAGGTTTTTGAAGGAAT-TGACGACTA
65 CAATTATGAGATTACAAA-CCATTTAAAGCGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTC-ACTA
* * *
11917 TAAATGGACTTTTCTTGTCCATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
127 TAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
*** *
11960 TCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATTTTTGTTAA
1 TCTTGAGACAAACAATCAATTATAATTTTT-TTAA
11995 AATAGATTAT
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 62, Indels: 21
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 202 0.67
171 92 0.30
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TCTTGAGACAAACAATCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTACAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTCACTATAAA
TAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
Found at i:12583 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12135--12917 Score: 674
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
12125 GTAACTGAAC
* * * * * * ** * *
12135 GACTTTTTTGGTCAATGAACGACTTTTTGTTCATGTTTCTCGAGGTAAACAATCAATTATAATTT
1 GACTTTTCTAGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACAATCAATTATAATCT
* ** * * * ** *
12200 GTTTCAGGCAAAAATGT-ATAATAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTGCAAAACCATTTAG
66 GTTTTAAACAAAAATATGA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
12264 AG-CGAGGAATAAGGCTTTC-AAAGATATGGGTAACTATAAATA
130 AGTC-AGTAATAAGGCTTTCGAAAGA-ATGGGTAACTATAAATG
* * * *
12306 GACTTTTGC-AGAT-AATGAATGTCTTTTTATTCACGTTTCACGA-AGCAGACATTTAATTATAA
1 GACTTTT-CTAG-TCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGA-CAGACAATCAATTATAA
* * * * * * *
12368 TCTATTTTAAATAAAAATATGAAAAAAATCAACCTAGAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
63 TCTGTTTTAAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTT
* * *
12433 AAAGTCAGTACTAAGGCTTTCGAATGAATGGGTAACTATAAACG
128 AAAGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTAACTATAAATG
* * * * *
12477 GGCTTTTCTAGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCAT-GAGATAGACATTCAATTATAATC
1 GACTTTTCTAGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTC-TCGAGACAGACAATCAATTATAATC
* *
12540 TGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
65 TGTTTTAAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
12605 AGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAATG
130 AGTCAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTAACTATAAATG
* * ** * *
12647 AACTTTTCTTGTCAACAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACAATCAATTATAATTT
1 GACTTTTCTAGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACAATCAATTATAATCT
* * * * * * *
12712 GTTTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTACAAGATTATAAAACCATTAAAA
66 GTTTTAAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * *
12777 G-CGAGCAACACA-GCTTT-TAAAGGCATGAATGACTATAAATA
131 GTC-AGTAATA-AGGCTTTCGAAA-GAATGGGTAACTATAAATG
* * * * *
12818 GACTTTTCTAGACAATGAAT-TACTTTTTATTCACATTTCTCGAGGC-GAACATTCAATTATAAT
1 GACTTTTCTAGTCAATGAATGT-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAG-ACAATCAATTATAAT
* * * *
12881 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAA
64 CTGTTTTAAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAA
12918 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 96, Indels: 34
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 149 0.30
171 342 0.69
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GACTTTTCTAGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACAATCAATTATAATCT
GTTTTAAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTCAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTAACTATAAATG
Found at i:13564 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13272--15148 Score: 1457
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 168
13262 NNNNNNAAGA
* * ** *
13272 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAATAAATTCCTTCTTC
1 AATAAGGCTTTTG-AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC-AATGAATAGCTT-TTT
* * * * * * *
13336 TTCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAA
63 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
13401 CTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGT
127 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
13443 AATAAGACTTTTGAAGACATGGGTTATTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAACTTTTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTTT
* * * *
13508 GCACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACCTAAAATATAAAAAAATTCAAC
65 -CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
13573 TTAAAATGAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
128 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * * *
13614 AGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTCTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAG-CT-TTTT
* * * *
13678 TTCACGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAAGT-TATTTTAACCGAAAATGTAAAAATATTA
63 TTCACGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTC
* *
13741 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGT
125 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
13784 AATAAGAC-TTTGTAAGGAATGGGTGA-TAATAACTAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTT
1 AATAAGGCTTTTG-AA-GAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTT
* * ** * * * * *
13847 CTTCATGTTTCTTAAGAAAAATAATT-AATTATAATTTGCTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTA
63 -TTCACGTTTCTCAAGGTAAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
13911 ACTTAAAATCAATTAGGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGT
126 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * **
13954 AACAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAAT-GACTTTAGC
1 AATAAGGCTTTTG-AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAG-CTTT-TT
* * * * * * *
14018 TTCATG-TTC-CAAGAGATAGACATTCAATTGCT-ACCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAATTT
63 TTCACGTTTCTCAAG-G-TAAACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAAC-TAAAATGTAAAAAAATT
* * ** *
14080 TAACTTAAAATCAATTATAAGACGATAAAACCATTTAAAGTGAGT
124 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *** * * * * *
14125 ACTCAA-GCTTTTAAAGGAATGAGCGACTATAAAAATACTTTTCTTGCCAATAAATACCATTTTC
1 AAT-AAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGC-TTTTT
* ** * ** ** *
14189 TTCACATATTCT-AAGACATACATTCAATTATAGCCTACTTTAACTAAAAATATAAAACAAATT-
63 TTCACGT-TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAA-AAATTC
* * **
14252 AACTTAAAATTAATTATGAGATTAAAAAATAATTTAAAGCGAGT
125 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** *
14296 AATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGG-CTTTTCTCTTCAATGAACAGCTTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAA-GAATGGG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTT
* * * * * *
14359 CTTCATGTTT-TCCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTT
63 -TTCACGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATGTAAAAAAATTC
* * ** * * *
14423 AACTTCAAATCAATTACGAGATCGTAAAATCATTTAGAGCGAGG
125 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * * *
14467 AATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTAACTATAATTGGACTTTTCTAGTAAATGAATATCTTTTTAT
1 AATAAGGCTTTTGAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTT-T
* * * * *
14532 TCACGTTTCACAAAG-CAACATTCAATTATAATCT-TATTTAACTAAAAATATGAAAAAATTCAA
64 TCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
14595 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
127 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
14637 AGTAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAGTAAAT-GCCTGTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATAG-CT-TTT
* * * * * * *
14700 CTTCACTTTTTTCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCA
62 TTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCA
* *
14765 ACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGT
126 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * *
14808 AATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGA-TTTTACTAGTCAATGAATGGCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTAGTCAATGAATAGCTTTTT-
* * * ** * * * *
14872 TTCATGTTTCACGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAACATTCAA
63 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAA
* ** * *
14937 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAAT
127 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * **
14979 AGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTA-CCAACAAAT-GCATTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATAGC-TTTTT
** * * * *
15042 CTTCACGTTTCTCAAGACAAATAATCAATTATAATTTTTTTTAAGC-AGAAATGTAAAAAAATTC
63 -TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTA-AAATGTAAAAAAATTC
** * *
15106 AACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTAAAAGCGAG
125 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
15149 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1361, Mismatches: 279, Indels: 132
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 62 0.05
170 327 0.24
171 932 0.68
172 31 0.02
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTTTC
ACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
Found at i:14407 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 13272--15148 Score: 1698
Period size: 342 Copynumber: 5.5 Consensus size: 340
13262 NNNNNNAAGA
* * ** *
13272 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAAT-AAATTCCTTCTT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAA-GACTTTTT
* * * * * * *
13335 CTTCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCA
64 CTTCATGTTT-CCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
13400 ACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAA-GACATG
128 ACTTAAAATCAATTACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGA-ATG
* * * * * ** *
13464 GGTTATTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAACTTTTT-TTGCACGTTTCTCGAGGTAAAC
192 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTT-CACGTTTCT-AAGACATAC
* * * *
13528 ATTTAATTATAATCTATTTTAACCT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGGGAT
255 ATTCAATTATAATCTACTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
13592 TATAAAACCATTTAAAGTGAGT
319 TATAAAATCATTTAAAGTGAGT
** * ** * * *
13614 AGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTCTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAAGACTTTTTCT
* * * * ** * *
13679 TCACGTTTCTCAAGG-AAGACATTCAATTATAAGTTATTTTAACCGAAAATGTAAAAATATTAAA
66 TCATGTTTC-CAAGGTAA-ACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
13743 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGTAATAAGACTTTGT-AAGGAATGG
129 CTTAAAATCAATTACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-TAAAGGAATGG
* * * * *
13806 GTGA-TAATAACTAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAAAAATA
193 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTC-TAAG--ACATA
* * * * *
13870 -ATT-AATTATAATTTGCTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGAT
254 CATTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
13932 TACAAAA-CTATTTAAAGTGAGT
319 TATAAAATC-ATTTAAAGTGAGT
* * * * * * **
13954 AACAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTTAATGAATGACTTTAGC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAAAGACTTTTTC
* * * ** * * *
14018 TTCATG-TTCCAAGAGATAGACATTCAATTGCT-ACCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAATTTT
65 TTCATGTTTCCAAG-G-TAAACAATCAATT-ATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
** * * *
14081 AACTTAAAATCAATTATAAGACGATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTCAAG-CTTTTAAAGGAAT
127 AACTTAAAATCAATTACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTTAAAGGAAT
* * *** * * * * * *
14145 GAGCGACTATAAAAATACTTTTCTTGCCAATAAATACCATTTTCTTCACATATTCTAAGACATAC
191 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGT-TTCTAAGACATAC
** *
14210 ATTCAATTATAGCCTACTTTAACTAAAAATATAAAACAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGAT
255 ATTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
14274 TAAAAAATAATTTAAAGCGAGT
319 TATAAAATCATTTAAAGTGAGT
*
14296 AATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGG-CTTTTCTCT-TCAATGAACAG-CTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCT-TATCAATGAA-AGACTTT
*
14357 TTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATT
62 TTCTTCATG-TTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * *
14422 TAACTTCAAATCAATTACGAGATCG-TAAAATCATTTAGAGCGAGGAATAAGGCTTTCAAA-GAC
126 CAACTTAAAATCAATTACGAGAT-GATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGA-
* * * * * *
14485 ATGGGTAACTATAATTGGACTTTTCTAGTAAATGAATATCTTTTTATTCACGTTTC-ACAAAGCA
189 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTA-AGA-CA
* *
14549 -ACATTCAATTATAATCTTA-TTTAACTAAAAATATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
252 TACATTCAATTATAATC-TACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
14612 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
316 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGT
* * * * * * *
14637 AGTAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGT-AAATGCCTGTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAA-GACTTTTTC
* * * * *
14701 TTCACTTTTTTCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAA
65 TTCA-TGTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
14766 CTTAAAATCAATTACGAGATTG-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGG
129 CTTAAAATCAATTACGAGA-TGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGG
* * * *
14830 GTGACTACAAATGGA-TTTTACTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-ACGAGACAGAC
193 GTGACTATAAATGGACTTTT-CTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTA--AGACATAC
** * * * * *
14893 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
255 ATTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
14958 ATAAAGTCATTTAAAGTGAAT
320 ATAAAATCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
14979 AGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAA-CAAATG-CATTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAA-GAC-TTTTT
* ** * * *
15042 CTTCACGTTTCTCAAGACAAATAATCAATTATAATTTTTTTTAAGC-AGAAATGTAAAAAAATTC
64 CTTCATGTTTC-CAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
15106 AACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTAAAAGCGAG
127 AACTTAAAATCAATTACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAG
15149 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 203, Indels: 120
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 11 0.01
340 191 0.15
341 452 0.36
342 588 0.46
343 18 0.01
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAAGACTTTTTCT
TCATGTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTACGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTAAGACATACATTCAA
TTATAATCTACTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
TCATTTAAAGTGAGT
Found at i:14622 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 13272--15144 Score: 1773
Period size: 512 Copynumber: 3.7 Consensus size: 508
13262 NNNNNNAAGA
* * * ** *
13272 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATTCCTTCTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTTC-AATGAATAGCTTTTTCT
* ** * * * * *
13337 TCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAAC
64 TCATGTTTCACAAGAAAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * **
13402 TTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGACATGGGT
128 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGT
* * ** * * *
13467 TATTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAACTTTTT-TTGCACGTTTCTCGAGGTA-AACAT
193 AACTATAAATGGACTTTTCTAGTAAATGAATATCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAAG-ACAACAT
* * **
13530 TTAATTATAATC-TATTTTAACCT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGGGATT
256 TCAATTATAATCTTA-TTTAACCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* *
13593 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
320 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTATCAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-GACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *
13658 TGCCAATGAATGTCTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAAGTTATTTTAACC
384 TGCCAATAAATGCCTCTTTCTTCAC-TTTCTCAA-GAAAACATTCAATTAT-AGTTATTTTAACT
* * *
13723 GAAAATGTAAAA-ATATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGT
446 AAAAATGTAAAACAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
13784 AATAAGAC-TTTGTAAGGAATGGGTGA-TAATAACTAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTT
1 AATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACT-ATAAAT-GGCTTTTCTT-TCAATGAATAGCTTTTT
** * * * *
13847 CTTCATGTTTCTTAAGAAAAATAATTAATTATAATTTGCTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAA
62 CTTCATGTTTCACAAGAAAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
13912 CTTAAAATCAATTAGGAGATTACAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAG-CATG
127 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGACATG
* * ** * *
13975 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGA-CTTTAGCTTCATG-TTC-CAAGAGATAG
190 GGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTAAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-AGACA-
* * * * * *
14037 ACATTCAATTGCT-ACCTGT-TTTAA-CAAAAAATTTAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATA
252 ACATTCAATT-ATAATCT-TATTTAACCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA
** * * *
14099 AGACGATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTCAA-GCTTTTAAAGGAATGAGCGACTATAAAAATAC
315 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA-TCAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-GACTATAAATAGAC
* * *
14163 TTTTCTTGCCAATAAATACCAT-TTTCTTCACATATTCT-AAGACATACATTCAATTATAGCCTA
378 TTTTCTTGCCAATAAATGCC-TCTTTCTTCAC-T-TTCTCAAGA-AAACATTCAATTATAG-TTA
* * * **
14226 CTTTAACTAAAAATATAAAACAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTAAAAAATAATTTAAA
438 TTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
14290 GCGAGT
503 GCGAGT
* *
14296 AATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGGCTTTTCTCTTCAATGAACAGCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAAT-GGCTTTTCT-TTCAATGAATAGCTTTTTC
** * *
14360 TTCATGTTTTC-CAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTTA
63 TTCATG-TTTCACAAGAAAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * ** * *
14424 ACTTCAAATCAATTACGAGATCGTAAAATCATTTAGAGCGAGGAATAAGGCTTTCAAAGACATGG
126 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGG
* * *
14489 GTAACTATAATTGGACTTTTCTAGTAAATGAATATCTTTTTATTCACGTTTCACAAAG-CAACAT
191 GTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTAAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGACAACAT
* * *
14553 TCAATTATAATCTTATTTAA-CTAAAAATATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
256 TCAATTATAATCTTATTTAACCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* *
14617 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAGT-AAGGCTTTTGAAGAAAT-AGGTAACTATAAATGGACTTTTC
321 TAAAACCATTTAAAGTGAGTA-TCAAGGCTTTTGAAGGAATGAGG--ACTATAAATAGACTTTTC
** * * * * * *
14680 TTATCAGTAAATGCCTGTTTCTTCACTTTTTTCAAGGTAAACAATCAATTATAATTTATTTTAAC
383 TTGCCAATAAATGCCTCTTTCTTCAC-TTTCTCAA-GAAAACATTCAATTAT-AGTTATTTTAAC
* * * *
14745 TAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGT
445 TAAAAATGTAAAACAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * * *
14808 AATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGATTTTACTAGTCAATGAATGGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTT-CT-TTCAATGAATAGCTTTTTCT
* * * * * * *
14873 TCATGTTTCACGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAACATTCAAC
64 TCATGTTTCACAAGAAAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
14938 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGG
128 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGACATGGG
* *
15002 TAACTATAAATGAACTTTTCT--TACCAA-CAA-ATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACAA
192 TAACTATAAATGGACTTTTCTAGTA--AATGAATAT-C-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGACAA
* * * * * *
15062 -ATAATCAATTATAATTTTTTTTAAGC-AGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAA
253 CAT--TCAATTATAATCTTATTTAACCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAA
* *
15125 GATTATAAAACTATTAAAAG
316 GATTATAAAACCATTTAAAG
15145 CGAGNNNNNN
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 186, Indels: 111
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 16 0.01
511 328 0.29
512 562 0.50
513 200 0.18
514 7 0.01
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (508 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTTCAATGAATAGCTTTTTCTTC
ATGTTTCACAAGAAAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTAAC
TATAAATGGACTTTTCTAGTAAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGACAACATTCAAT
TATAATCTTATTTAACCTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
CCATTTAAAGTGAGTATCAAGGCTTTTGAAGGAATGAGGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
AAATGCCTCTTTCTTCACTTTCTCAAGAAAACATTCAATTATAGTTATTTTAACTAAAAATGTAA
AACAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
Done.