Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397422.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5186.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1557 characters in sequence are not A, C, G, or T
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* * *
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* **
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** *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * *
1161 CAATTATAGTCTGTTTTGACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
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* **
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* * * * * * *
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* * * * * *
1397 AAACCATTTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTTAAAAGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
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* ** *
1462 CAAT-AATGCCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTAGATATT
131 TAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * *
1502 CAATTATATTCAGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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1 CAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
1737 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAACGAACTTTT-TTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * **
1801 CTCAAAGAATGGCTTTGTT-TACACGTTTCTCAAGACA-AGCATT
130 CT-AATGAAT-GCTTT-TTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA-CATT
** * *
1844 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
1909 AAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGTCTTATGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
1973 TCAATGAATGCCTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTGATATT
131 T-AATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* ** * * * * *
2014 CATTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAGCTTGAAATCAATTTTAAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *** * *
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* * *
2143 CCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
130 CTAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
** * * * * *
2185 TGATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAGACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
2250 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTTTAAATG
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* * *
2315 GACTTTT-TTAGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATT
119 GACTTTTCTT-GCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** *** * * *
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65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
2497 CCAATGAATGTGTTTTTCTTCACCTTTCTC-ATGGTAGACATT
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* * * * * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * *
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* * * *
2667 TCAATGAATGACTTTTT-TACATGTTTCTCGAGGCAGGCATT
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** *
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2837 GAATGAATGCTTTTTCTTCCCGTTTCTTGAGG-ATGACATT
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2877 CTATTATCGTCTTTTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATG
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
2942 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTGTAAATGGACATTTCTT-C
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* * ** *
3006 TCAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATT
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* * * * * *
3048 CAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAACTATGATATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
3113 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GCATAACTATAAATGGACTTTTCTTG
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* * *
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130 CTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
3284 AAAACCATTTAACA-TGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTA-ACTAT-AATGAACTTTTCT
65 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-C-TTTTGAA-GGAATGGGAGACT--ATAAATGGACTTT
* * * * **
3513 T-TT--T-A--CA--C-ATTTC-TCGA-G---GT--AGGCATTCAATT
125 TCTTGCTAATGAATGCTTTTTCTTC-ACGTTTCTCGAGGTAGAC-ATT
* * * * * * ** ** * *** * *
3545 ATAATT-T-GT-T-TTAATGAA--AAACAT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GA-T
1 -CAATTATAGTCTGTT--TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATT-ATGAGA
**** * * * * *
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* * * * * *
3663 TTCTTGCTAATAAATACTTTTTTCTTTACATTTCTTGGGGCT-GACATT
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** *
3711 CAATTATA-TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAAGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * * * *
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66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** **
3838 CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATGTT
131 TAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
3879 CAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** *
3943 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGGCTATAAATGGA-TATTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT-TTTCTT
* * * * *
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* *
4050 CAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
4115 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GCATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * *
4179 CTAATGAATGCCTTTTTCTTCACACTTCTTGAGGTACACATT
130 CTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
4221 CAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * *
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* * *
4350 GCCAATGAATATGC-TTTTCTTCACGTTTCT-GAAGGCAAACATT
129 GCTAATG-A-ATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGGTAGACATT
* * * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** *
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* *** ** * *
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* * ***
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* * * ** * * *
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* ** * *
4735 TAATTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAGTGT-AAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
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** *
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** * * *** ** ** *
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* * * * * ******
5084 AAATGGATA-T-T-TCTT-GCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCA
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** ** * ** **
5144 ATTAT-AG-TCTATTTTAACCA---AAA---ATGTAA-AAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGA
52 ATTATGAGAT-TA-TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT----TT-GAAGGAA-TGGGA
* ** * ***** * ** ** **
5200 GATTATAAA---ACTATTTGAAGCGAGC-AAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATA
108 GACTATAAATGGACT-TTT----CTTGCTAATGAATGCTTTT-TCTTCA--CGTTTCTCGAGGTA
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165 GACATT
*** ** *** * ** * * * * * *
5265 TTCTTGCCA-AGGAATCCCTTTTCTTTCACACTTCTCGAGGTAAACATTCAA-TTATATTCTATT
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* * ** ** * * * * *** **
5328 TTGTCTAAAAATGT-TAAAAAAATTGAATCAAA-ATA-TAATTATGAGATTGTAAAACCAT-TCA
55 ATG-----AGAT-TATAAAACCATT---T-AAAGCGAGTAA-TAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGA
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5389 AAGCGAGTAATAAGG-GTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACATTTTTCTCAATGAATGA
108 GA-CTA-TAA-ATGGACTTTT------CTTGCT-A--ATGAAT-G-C--TTTT-TC--T---TCA
* * **
5453 CTTTTTCTACATATTTCCCATAGCAAGCATT
151 C-GTTTCT-C-GA-----GGTAG--A-CATT
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5484 CAATTATAGTTTATTTTTGCTGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTTAAATCAAATATGAGATTA
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* * * *
5549 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTT
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* * * * *
5614 TGC-ATTGAATGCATTTTTTTTCAAGTTTTTCGAGGTAGGCATT
128 TGCTAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * ** * *
5657 CAATTATTGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
5722 AAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGC
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5787 CAATGAATGATTGTTTCTTTATGTTACTCAAGGCT-GACATT
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* * * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
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5892 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTATTAGAAATGGACTTTT-TT-C
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* * ** *
5955 TCAATGAATGGCTTTTTCTACAGGTTTCTTAAGGTAGGCATT
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** * * * * *
5997 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATTCAACTTAGAATCAATTTTCAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
6062 AAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTACAAATGGACTTTT-TT-C
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6125 TCAATGAATAGCTTTTTCTCCACGTTTC-CTAAGGTAGGTATT
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* * ** * * * *
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* *
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* * * * *
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1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
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* * * *
7021 CAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTATGAGATTGT
1 CAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
7085 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGAGTGACTACAAATGGACTTTTTTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGAGACTATAAATGGAC--TTTTC
* * * * * * * *
7149 TTCCCAATGAACGATTTTTTCTACATGTTTC-CAAAGGTAGGCATT
127 TTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATT
** *
7194 CAATTATCA-TCTGTTTTAATAAAAAAT-TATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
1 CAATTAT-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
7257 ATAAAGTC-TTTGAATGCG-GTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
63 ATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC
*
7320 TTGCCAATG
127 TTGCTAATG
7329 NNNNNNNNNN
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AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
TAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATT
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468 NNNNNNNNNN
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
1355 AAAAGTGAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAACAA
195 AAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAA
* * * *
1420 GGCTTTTAAAAGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATGCCTTTTTCTTCACA
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* *
1484 CTTCTCGAGGTAGATATT
324 TTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * *
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* * * *
1567 TAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-GTGGGCGACTAT-AATGGACTTTTCTT
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* * ** ** * *
1630 GCCAATGAAAGTGTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTGAACC
129 GCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-C
* * * * * * * *
1694 AAAAAAATGAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTTTGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
192 TAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT
* * * * * * * *
1759 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAACGAACTTTT-TTTCTCAAAGAATGGCTTTGTT-TA
257 AAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTT-TTCTT
* **
1822 CACGTTTCTCAAGACA-AGCATT
320 CACGTTTCTCGAGGTAGA-CATT
** * *
1844 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
1909 AAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGTCTTATGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** ** * * * *
1974 CAATGAATG-CCTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTGATATTCATTTATAGTCTGTTTTAA-TAAA
131 CAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
* * * * * *
2037 AAATGTAAAAACATTCAGCTTGAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAA
196 AAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAA
* * * * * * *
2102 AGTTTTTGAAGGAATAAC-AGACTATAAATGTA-TATTTCTTACCAACGAATGCTTTTTTCTTCA
259 GGCTTTTGAAGGAAT-GCGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
*
2165 CGTTTCTCAAGGTAGACATT
322 CGTTTCTCGAGGTAGACATT
** * * * * *
2185 TGATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAGACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
2250 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTTTAAATG
66 AAACCATTTAAAGC----------G--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATG
* *** ** * *
2315 GACTTTT-TTAGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATT
119 GACTTTTCTT-GCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * *
2379 TGTTTTGACTAAAAATGTAATAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTA
183 TGTTTTAACTAAAAA-ATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *** * *
2444 ACG-TAAGTAATAACTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
246 AAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
** *
2507 TGTTTTTCTTCACCTTTCTC-ATGGTAGACATT
310 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAGACATT
* * * * * * * *
2539 CATTTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTCAGATCAATTATGGGATTGTA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * *
2604 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTCACTACAAATAGACTTTT-TT-C
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * * * * *
2667 TCAATGAATGACTTTTT-TACATGTTTCTCGAGGCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-TGA
131 -CAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-A
* * * * * *
2730 AAAATGTAAAAACATTCGACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
194 AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATA
** * * *
2795 AAACTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATG-CTTTTTCTTCCC
258 AGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
*
2858 GTTTCTTGAGG-ATGACATT
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* * * ** * * * *
2877 CTATTATCGTCTTTTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATG
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
2942 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTGTAAATGGACATTTCTT-C
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * *
3006 TCAATGAAT-TCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCA
131 -CAATGAATGT-GTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
* * * * *
3070 AAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAACTATGATATTATAAAACCATTTAAAG-TAAGTAAT
194 AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAAT
* * * * * *
3134 AAGGCTTTTGAAAGAATGCATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGAATGCCTTTTTCTTCA
257 AAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* *
3199 CATCTCTCGAGGTAGACATT
322 CGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * *
3219 CAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
3284 AAAACCATTTAACA-TGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTA-ACTAT-AATGAACTTTTCT
65 AAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-AGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
3346 CGTCATTTAATTTGTTATTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-T
128 TGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* * *
3410 CAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTATG-G----------GA--T-----T-GT-
193 -AAAAA-AT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTA
* * * * *
3455 A-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATGAATGGACTTTT-TT-CTCAATAAATGACTTTTT-T
255 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCT
* *
3516 TACACATTTCTCGAGGTAGGCATT
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* * ** ** * *
3540 CAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
3605 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGATGACTATAAATAGACCTTTCTTG
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ** *
3669 CTAATAAATACT-TTTTTCTTTACATTTCTTGGGGCT-GACATTCAATTATA-TCTGTTTTAA-T
130 CCAATGAAT-GTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* ** * * *
3730 AAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATTATTCAAAACGAGTAA
193 AAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
* * * * * *
3794 TAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACT-TAAATAGACTTTTCGTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
256 TAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** **
3858 ACGTTTCTTAAGGTAGATGTT
321 ACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
3879 CAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** *
3943 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGGCTATAAATGGA-TATTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT-TTTCTT
** *
4007 GCCAATGAATGT-TGTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T
129 GCCAATGAATGTGT-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* * * *
4070 CAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
193 -AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAA
* * *
4135 TAAGGCTTTTGAAGGAATGCATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTC
256 TAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * *
4200 ACACTTCTTGAGGTACACATT
321 ACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
4221 CAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * *
4286 TACAACAATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTT
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
4350 GCCAATGAATATGCTTTTCTTCACGTTTC-TGAAGGCAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACC
129 GCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* * * * *
4414 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
193 AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT
* * * ** * * *
4479 AAGACTTTTGAAGGAATGAGGGACTGCAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAC
257 AAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTC
* *
4543 ACGTTTC-CTAAGGGA-AGCATT
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* *** ** * *
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* * ***
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* *** * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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259 GGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* *
4886 CTTCTCAAGGTAGACATT
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* * * * *
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1 CAATTATAGTCT-GTTTTAACCAAAAATG-TAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GAT
* * *
4967 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAGGGAATGGGTA-ACTAT-AATGGACTTT
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AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
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AAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
TCTCGAGGTAGACATT
Found at i:5049 original size:65 final size:68
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4955 CAATTATAGG
* * *
4965 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAGGGAATGGGTA-ACTAT-AATGGACTT
1 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGG-AGACTATAAATGGACTT
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65 TATT
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5091 TATTTCTTGC
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ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTT
ATT
Found at i:5246 original size:236 final size:237
Alignment explanation
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4794 TTATAAAACC
* * *
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* * * *
4869 ATGCCTTTTCCTTTACACTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATACTTCGTTTTGACCAATAATGCA
66 ATGCCTTTTCCTTCACACTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATACTTCATTTTAACCAAAAATGCA
* *
4934 AAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTT
131 AAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGACTT
*
4999 TTGAGGGAATGGGTAACTATAATGGACTTTATTATTATAAAT
196 TTGAAGGAATGGGTAACTATAATGGACTTTATTATTATAAAT
*
5041 ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGA-GACTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAA
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATA-CATGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAA
* * * * *
5104 TGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATA-GTCTATTTTAACCAAAA
63 TGAATGCCTTTTCCTTCACACTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATACTTC-ATTTTAACCAAAA
* * *
5167 ATG-TAAAAA-ACTTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGCAATA
126 ATGCAAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAG-GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATA
*
5229 AGGCTTTTGAAGGAATGGGT
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5249 GGCTATAAAT
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ATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATACATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGCCTTTTCCTTCACACTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATACTTCATTTTAACCAAAAATGCA
AAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGACTT
TTGAAGGAATGGGTAACTATAATGGACTTTATTATTATAAAT
Found at i:6025 original size:170 final size:170
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5031 TATTATAAAT
* * * *
5041 ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAAT
** * * *
5105 GAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAT
65 GAATGC-TTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * *
5169 GTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
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* * * * * *
5212 ATTTGAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGAATTTTCTTGCCAAGG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *** * * * * *
5277 AATCCCTTTTCTTTCACACTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATATTCTATTTT-GTCTAAAAATG
66 AATGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAAT-
* * * * * *
5341 TTAAAAAAATTGAA-TCAAAATATAATTATGAGATTGTAAAACC
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * *
5384 ATTCAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACATTT-TT-CTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT
* * * ** * * ** *
5447 GAATGACTTTTTCTACATATTTCCCATAGCAAG-CATTCAATTATAGTTTATTTTTGCTGAAAAA
65 GAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTTAATCAAAAA
* * * *
5511 TGTAAAAAAAATTCAACTTTAAATCAAATATGAGATTATAAAACC
127 TAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * *
5556 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTTG-CATT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAAT
* * * * * * * * *
5620 GAATGCATTTTTTTTCAAGTTTTTCGAGGTAGGCATTCAATTATTGTCTATTTTAATAAAAAATG
65 GAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATA
* *
5685 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT
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* * *
5727 ATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
5792 AATGATTGTTTCTTTATGTTACTCAAGGCT-GACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATC-AAAATA
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* *
5855 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * *
5897 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTATTAGAAATGGACTTTT-TT-CTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT
* * * * *
5960 GAATGGCTTTTTCTACAGGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATA
65 GAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATA
* * * *
6025 TAAAAACATTCAACTTAGAATCAATTTTCAGATTATAAAACT
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * *
6067 ATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTACAAATGGACTTTT-TT-CTCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT
* * ** * *
6130 GAATAGCTTTTTCTCCACGTTTC-CTAAGGTAGGTATTCAATTATGGTCTGTTTTAATGAAAAAT
65 GAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * **
6194 GTAATAACATTCAACCAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * ** * * * **
6237 ATGTAAAGCGAGTAACAAGGCCGTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
6302 AATACCTTTTGCTTCATGTTTCACGAGGCTA-ACATTTAATTATAGTATGTTTTACAT-AAAAAT
66 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATCAAAAAT
* * *
6365 GTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC
128 ATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * ** * * *
6409 ATATAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTGAAGGAATAAGAGACTATATATGGA-TATTTTTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAAT
* ** * * * *
6473 GAATGCTTTATTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAATATG
65 GAATGCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATA
* * * *
6538 TAACAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* ** * * *
6580 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** *
6645 AATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CTAAAAA-A
66 AATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATA
* *
6708 TAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
6750 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGCGTGATTATAAATAGAATTTTCTTGCTAGTG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* *** * * * * * *
6815 AATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTGACCAAAAATAA
66 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATAT
*
6880 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * *
6921 ATTTAACA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AATGAACTTTTCTTACCAAT
1 ATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* *
6984 GAATATG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAA
65 G-A-ATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATCAAAAA
* * * *
7047 -AGTAAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTATGAGATTGTAAAACC
127 TA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * *
7091 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGAGTGACTACAAATGGACTTTTTTTTTCCCA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCA
* * * * *
7155 ATGAACGATTTTTTCTACATGTTTC-CAAAGGTAGGCATTCAATTATCA-TCTGTTTTAATAAAA
63 ATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAATCAAA
* **
7218 AATTATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGTC
125 AA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * *
7265 -TTTGAATGCG-GTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
1 ATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
7328 G
65 G
7329 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
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AATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
Found at i:6730 original size:513 final size:508
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Period size: 512 Copynumber: 13.3 Consensus size: 508
468 NNNNNNNNNN
* * * *
478 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAACAAA-TTCAATTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAA-ATAAA-AAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
** * * * * * ** * * * *
542 AAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAATGGAAGACAATAAATGGACTTTTCTCG
63 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTG
* * *** * * * * * *
607 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAA
128 CCAATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTAA
* * * * * * *
672 AACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTCATAA
192 AAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
736 TGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTATACG
257 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTT-TTCTCAATGAATG-CTTTTTCTACATG
* * * * * * * *
801 TTTCCTGAGGTAAGCATTCAGTTATAGTTTGTTTTAACCAAAACTGTCAAAAAATTTAACTTAAA
320 TTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
866 ATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGGCTG
385 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * * *
931 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTT-TACATGTTTCTTAAGGTAAGCATT
450 TAAATGGACATTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* * * *
990 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAATATAAAAAAAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTAC
1 CAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAAT-AAAAAACTTCAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTAT
* * * ** ** * * * *
1054 AAAACTATGT-AAGGGTAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATAAGAGACTGTAAATGGACTTTTCTT
63 AAAACCATGTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTT
* * ** * *
1118 -CCAAGTAAATGA-CTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGAC
127 GCCAA-TGAAT-ACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTAA-CATTCAATTATAGTCTATTTTGAC
** * * * * *
1181 CGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAGCAAGTAA
189 TAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
1246 TAAGGCTTTTAAAGGAGT-AGGAGACTATAAATGGACATTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCT
254 TAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGA-ATTT-TTTCTCAATGAATGC-TTTTTCT
* * ** * * * * * * *
1309 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAACTAAAAAAGTGAAAAACTTCAAC
315 ACATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
1374 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTTAAAAGAAT-GCG
380 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-G
* * ** * **
1438 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATGCCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTAGATATT
444 TGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* * ** * * *
1502 CAATTATATTCAGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 CAATTATAGTCTGTTTT-AATAAAAA---ATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * ** * * *
1567 TAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GGTGGGCGACTAT-AATGGACTTTTCTT
62 TAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTT
** * * * * *
1630 GCCAATGAA-AGTGTTTTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTA-TCT-GTTTGAA
127 GCCAATGAATA-CCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTA-ACATTCAATTA-TAGTCTATTTTG-A
* ** * * * * * * *
1692 CCAAAAAAATGAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTTTGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTA
188 CTAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
1757 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAA-CGAACTTTTTTTCTCAAAGAATGGCTTTGTT-
253 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAA--TTTTTTCTCAATGAAT-GCTTT-TTC
* * ** * ** *
1820 TACACGTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAA
314 TACATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* ** * * *
1885 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGTCTTATGAAGGAATGGG
379 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * * * * * **
1950 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGC-CTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTGATATT
444 TGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* * * * *
2014 CATTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAGCTTGAAATCAATTTTAAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * * **** * *
2079 AAACTATTTAAAGCTAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAATAACAGACTATAAAT-GTATATTTCTTA
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAAT-TTTCTTG
* * * ** * ** * * * *
2143 CCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTGATTGTAGTCTGTTTTAACCAA
128 CCAATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTAA
* * * * * *
2208 AAATATGAAAGACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
192 AAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC---------
* * * * * *
2273 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTTTAAATGGACTTTTTTAGCT-AATGAATAC
248 -G--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTTTT--CTCAATGAAT-G
* ** * * * * * *
2337 CTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAATAA
307 CTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AA
* * * * * ***
2402 AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAACGTAAGTAATAACTTTTTTGAA
371 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
2467 GGAATGGGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-TGTTTTTCTTCACCTTTC-TCAT
436 GGAATAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTTGA-
*
2529 GGTAGACATT
499 GGTAGGCATT
* * * * * * * * * *
2539 CATTTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTCAGATCAATTATGGGATTGTA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAA-ATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
2604 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTCACTACAAATAGACTTTT-TT-C
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGC
* *** * * * * *
2667 TCAATGAATGA-CTTTTT-TACATGTTTCTCGAGGCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTT-AATG
129 -CAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTGACT-
* *
2729 AAAAATGTAAAAACATTCG-ACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
190 AAAAATGTAAAAAAATT-GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * *
2793 TAAAACTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-GAATGAATGCTTTTTCTTC
254 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTT-TT-CTCAATGAATGCTTTTTCTAC
** * * * * * ** * *
2856 CCGTTTCTTGAGG-ATGACATTCTATTATCGTCTTTTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATCAACT
317 ATGTTTCTTAAGGTA-GGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * *
2920 TAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATAGGAG
381 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
* * * * * *
2985 ACTGTAAATGGACATTTCTT-CTCAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATT
446 ACTATAAATGGACATTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* ** * * * * *
3048 CAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAACTATGATATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTA-ATAAAAA-ATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* ** ** * * *
3113 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGCATAACTATAAATGGACTTTTCTTG
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTG
* * * * * *
3177 CTAGTGAATGCCTTTTTCTTCACA-TCTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACAA
128 CCAATGAATACCTTTTTCTTCACACT-TCTCGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTA
*
3241 AAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAACA-TGAGTAA
191 AAAATGTAAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAA
* * * * * * *
3305 TAAGACTTTTGAAGAAATGGGTA-ACTAT-AAT-GAACTTTTCTCGTCATTTAATTTG-TTATTC
254 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGAA-TTTTTTC-TCAATGAA--TGCTTTTTC
* * * * * * *
3366 TTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTCA
314 TACATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * *
3431 ACTTCAGATCAATTATG-G----------GA-TT-------GT-A-AAGGCTTTTGAAGGAATGG
378 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* * * * * * *
3475 GTCACTATGAATGGAC-TTT-TTTCTCAATAAATGACTTTTTT-TACACATTTCTCGAGGTAGGC
443 GTGACTATAAATGGACATTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGC
3537 ATT
506 ATT
* *
3540 CAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAACAT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAA-ATAAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * **
3604 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGATGACTATAAATAGACCTTTCTT
63 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTT
* * * * * * * * * *
3668 GCTAATAAATACTTTTTTCTTTACATTTCTTGGGGCTGACATTCAATTATA-TCTGTTTT-AATA
127 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGG-TAACATTCAATTATAGTCTATTTTGACT-
** ** * *
3731 AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATTATTCAAAACGAGTAAT
190 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * **
3795 AAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACT-TAAATAGACTTTTCGTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTT
255 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTT--TTCTCAATGAATG-CTTTTTCTAC
* *** * * *
3858 ACGTTTCTTAAGGTAGATGTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAAAC-
317 ATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-CAACT
* * *
3922 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAG
381 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT--AGG
* * * *
3987 -G-CTATAAATGGATATTTCTTGCCAATGAATG-TTGTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACAT
444 TGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCAT
4049 T
508 T
* *
4050 CAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAA-ATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * ** * *
4115 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGC
* * * * * *
4180 TAATGAATGCCTTTTTCTTCACACTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAA
129 CAATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTAAA
* * * *
4245 AATGTAAAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATACAACAATTTAACGTGAGTAATA
193 AATGT-AAA-AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * *
4310 AGGCTTTCAAAGAAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATATGC-TTTTCTTC
256 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTT-TT-CTCAATG-A-ATGCTTTTTCTAC
* * * ** * *
4372 ACGTTTCTGAAGGCAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
317 ATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
4437 CAGATCAATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGG-G
382 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTG
** * * * * * * *
4501 ACTGCAAATGGAC-TTTTTTTCTCAATGAATGGC-TTTTTCTACACGTTTCCTAAGGGAAGCATT
446 ACTATAAATGGACATTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* * * * * *
4564 CAATTATAGTCTATTTTATTGAAAAATGTAAAAGCATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * *
4629 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAT--ATGACTATAAATGGACTTTTCTT
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-G-AAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTT
* * * * * * * * *
4692 GCCAATAAATACCTTTTTCTTCATATTTCTTGGGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAAGTA
127 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGT-AACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTA
* * * *
4757 AAAGTGT-AAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
191 AAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
4821 A-GCTTTTGAAGGAAT-ACATGACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTCCTTTA
256 AGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATGGAATTTT-TTCTCAATGAATG-CTTTT--TCTA
* * * * * * * *
4884 CA--CTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATACT-TCGTTTTGACCAATAATGCAAAAAAGAATTGA
316 CATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCT-GTTTTAACCAAAAATG-TAAAAA-AATTCA
* * * * *
4946 ACTTAAAATCAATTAT-AGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAGGGAATG
378 ACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * *** * * *** * *
5010 GGTAACTAT-AATGGAC-TTTATT-ATTATAAAT-ATTTAAAGCAAGTAAT-AAGACTT-TTGAA
442 GGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCTTT-TTTC---T--TCACG-TTTCTTG-A
5069 GGAATAGGAGACTATAAAT
499 GG--TA-G-G-C-AT---T
* * * ** **** * * * *
5088 GGATATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGACATTCAA-TTATAGT
1 -CA-A----TT----AT-AGT-CTGTTTTAAT-A-A-AAAAT-AA-AAAAC-TTCAACTTAAAAT
* * * * * * **
5152 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
48 CAATTTT-----GAGAT-TATAAAAC--C-A-TGT-AAAGC------GAG-TAATAAGGCT-TTT
** * *
5216 GAAGCGAGCAATAAG-G-CTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGAATTTTCTTGCCAAGGAA
94 GAA--GA--AATGGGTGAC-TAT--A--AA--------------TAGAATTTTCTTGCCAATGAA
* * *
5279 T-CCCTTTTCTTTCACACTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATATTCTATTTTGTCTAAAAATGTT
136 TACCTTTTTC-TTCACACTTCTCGAGGT-AACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTAAAAATG-T
* * * * * *
5343 AAAAAAATTGAA-TCAAAATATAATTATGAGATTGTAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGGTT
198 AAAAAAATTGAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
5407 TTGAAAGAATGGGTA-ACTATAAATGGACA-TTTTTCTCAATGAATGACTTTTTCTACATATTTC
262 TTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGA-ATTTTTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTTC
** * * * * ** * *
5470 CCATA-GCAAGCATTCAATTATAGTTTATTTTTGCTGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTTAAA
324 TTA-AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
5534 TCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT
386 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
* * * *
5599 AAGTGGACTTTTCTTTG-CATTGAATGCATTTTTT-TTCAAGTTT-TTCGAGGTAGGCATT
451 AAATGGACATTTC-TTGCCAATGAATGC-TTTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAGGCATT
* * * *
5657 CAATTATTGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAA--TAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * *
5722 AAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTG
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATA-GAATTTTCTTG
* ** * * * * *
5786 CCAATGAATGA--TTGTTTCTTTA-TGTTACTCAAGGCTGACATTCAATTATAGTTTGTTTT-AA
128 CCAATGAAT-ACCTT-TTTCTTCACACTT-CTCGAGG-TAACATTCAATTATAGTCTATTTTGAC
* * * * *
5847 TCAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
189 TAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * *
5912 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTATTAGAAATGGACTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACA
254 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTTTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACA
* ** * *
5977 GGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATTCAACTTA
318 TGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** * *
6042 GAATCAATTTTCAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAT
383 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * * * * *
6107 TACAAATGGAC-TTT-TTTCTCAATGAATAGC-TTTTTCTCCACGTTTCCTAAGGTAGGTATT
448 TATAAATGGACATTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* * * * **
6167 CAATTATGGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAATAACATTCAACCAAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* ** * * * *
6232 AAACCATGTAAAGCGAGTAACAAGGCCGTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
64 AAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGC
** * *** * * * *
6297 CAACAAATACCTTTTGCTTCATGTTTCACGAGGCTAACATTTAATTATAGTATGTTTT-ACATAA
129 CAATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGG-TAACATTCAATTATAGTCTATTTTGAC-TAA
* * * *
6361 AAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATA
192 AAATGTAAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
6426 AAGCTGTTGAAGGAATAAGAGACTATATATGGATATTTTTTGC-CAATGAATGCTTTATTCTTCA
256 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-ATTTTTT-CTCAATGAATGCTTT-TTCTACA
* * * * * * * *
6490 CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAATATGTAACAAACTTTAACTTA
318 TGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
6555 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGAC
383 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * *
6620 TATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
448 TATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
* *
6681 CAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * *
6746 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGCGTGATTATAAATAGAATTTTCTTGCT
65 AACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCC
* * *
6811 AGTGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTGACCAAAA
130 AATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTAAAA
** *
6876 ATAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAACA-TGAGTAATAAG
194 ATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAG
* *
6940 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AAT-GAACTTTTCTTAC-CAATGAATATG-TTTTTCTTCA
258 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAA-TTTT-TT-CTCAATG-A-ATGCTTTTTCTACA
* *
7001 TGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
318 TGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
7065 CAGATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-G-ATATGAGT
382 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-G-GT
* * * * * * * * ***
7128 GACTACAAATGGACTTTTTTTTTCCCAATGAACGATTTTTTCTACATGTTTCCAAAGGTAGGCAT
445 GACTATAAATGGAC--ATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCAT
7193 T
508 T
*
7194 CAATTATCA-TCTGTTTTAATAAAAAATTATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 CAATTAT-AGTCTGTTTTAATAAAAAA-TA-AAAAA-CTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
** * * * * *
7258 TAAAGTC-TTTGAATGCG-GTAATTAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
62 TAAAACCATGT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCT
7321 TGCCAATG
126 TGCCAATG
7329 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5057, Mismatches: 954, Indels: 654
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
487 2 0.00
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Consensus pattern (508 bp):
CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCA
ATGAATACCTTTTTCTTCACACTTCTCGAGGTAACATTCAATTATAGTCTATTTTGACTAAAAAT
GTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTTTTCTCAATGAATGCTTTTTCTACATGTTTCTT
AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATG
GACATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATT
Found at i:8005 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7709--8015 Score: 368
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
7699 NNNNNNTTTC
* * *
7709 TCAATGAATGACTTTTTCTATATGTTTCTTGAGACAGTCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAA
1 TCAATGAATGACTTTTTCTATATGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAA
** * **********
7774 AATTGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAACAAGTAATAAG
66 AAAAGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTAATAAAACCATTAAAACAAGTAATAAG
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131 GCTTTTGAAAGAATGGTGACTATTAAAGGACTTTTCTTG
* * * *
7878 TCAATGAATG-CTTGTTTCTTTATGTTTCTCGAGGCTGACATTCAATTAT-GTCTGTTTTAATCA
1 TCAATGAATGACTT-TTTCTATATGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCA
* *
7941 AAAAAGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTAAGAGGTT-ATAAAACCATTCAAAACGAGTAAT
65 AAAAAGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTAATAAAACCATT-AAAACAAGTAAT
8005 AAGGCTTTTGA
128 AAGGCTTTTGA
8016 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
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169 86 0.75
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Consensus pattern (169 bp):
TCAATGAATGACTTTTTCTATATGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAA
AAAAGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTAATAAAACCATTAAAACAAGTAATAAG
GCTTTTGAAAGAATGGTGACTATTAAAGGACTTTTCTTG
Found at i:8861 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 8232--8838 Score: 704
Period size: 331 Copynumber: 1.8 Consensus size: 331
8222 NNNNNNNNNN
*
8232 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATGAGAAACTATAAATGAATATTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTAAAGGAATGAGAAACTATAAATGAATATTT
*
8297 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAA
* * * ********** *
8362 ACAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCAAGTA
131 ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
8427 ATAAGGCTTTTGAAGGAATACGTTACTATAAATGGATTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTT
196 ATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACTACAAATGGATTTTTTTTGCTAATCAATGCCTTTTTC-T
* * *
8492 TACACTTCTTGATGTACACATATAATTATAATCTGTTTTGACCCAAAATTGAACTTAAAATTAAT
260 TACACTTCCTGAGGAACACATATAATTATAATCTGTTTTGACCCAAAATTGAACTTAAAATTAAT
8557 TTTGAGA
325 TTTGAGA
* * * ** * *
8564 TTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGCCTTCTGAAGGAAT-AGGTGATTAT-AATGGACT-T
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTAAAGGAATGA-GAAACTATAAAT-GAATAT
* * ** * * *
8626 TTCTTGCCAATGAAT-GTGTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTT
64 TTCTTGCCAATGAATACT-TTTTTCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATGATCTGTTT
* * * *
8690 TAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAGATCAATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCGA
128 TAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAA
* *
8755 GTAGTAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACTACAAATGGATTTTTTTT-CTGAATCAATGGCTTTT
193 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACTACAAATGGATTTTTTTTGCT-AATCAATGCCTTTT
8819 TC-TACACGTTTCCTGAGGAA
257 TCTTACAC--TTCCTGAGGAA
8839 GGAATTCAAT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 45, Indels: 13
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 5 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTAAAGGAATGAGAAACTATAAATGAATATTT
CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAA
ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACTACAAATGGATTTTTTTTGCTAATCAATGCCTTTTTCTT
ACACTTCCTGAGGAACACATATAATTATAATCTGTTTTGACCCAAAATTGAACTTAAAATTAATT
TTGAGA
Found at i:9842 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9263--10025 Score: 838
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
9253 NNNNNNNNNN
** * * * * *
9263 TCTATTTTAATCAAAATATAAAAAACTACAACTTAACATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTA
1 TCTATTTTAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * *
9328 AAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-ATACTTTTCTTGCCAATGAATG
66 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGAAT-
* * *** *
9392 CCTTTTCCTTCACACTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAC
129 ACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* ** * * *
9433 TATATTTTGACTAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATTGTAAAACTATT
1 TCTATTTT-AAGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * ** *
9498 TAAAGCGAGAAATAAGGGTTTTGAAGGAATGTGTAACTAT-AATGGGCTTTT-TTCTCAATGAAC
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAA-
* * * * *
9561 AACTTTTTCTACATGTTTCCCAAAGCA-AGCATTCAATTATAG
128 TACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAG
* * * * * *
9603 TTTATTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAATATAAAATTATAAAACCATT
1 TCTA-TTTTAA-GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
*
9668 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT
*
9733 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTG
129 A-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
9775 TCTATTTTAAGAAAAAATGTGAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTATTT
1 TCTATTTTAAG-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * *
9840 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAAAGGACTTTTCTTGGCAATGAATA
65 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATA
* *
9905 CTTGTTTCTT--TGCATTTCTCAAGATTGACATTCAATTATAG
130 CTT-TTTCTTCATG--TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * * *
9946 TCTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAGA-TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
1 TCTATTTTAA-GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
10010 AAAGCGAGTAATAAGG
65 AAAGCGAGTAATAAGG
10026 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 79, Indels: 32
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 176 0.35
171 201 0.40
172 117 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TCTATTTTAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAC
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
Found at i:11113 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10183--12889 Score: 1884
Period size: 344 Copynumber: 7.9 Consensus size: 341
10173 TTCTTGAGGT
* * *
10183 AGACATTTAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *** * *
10248 GATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATAATAGACTATTAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTT
* * * * * * *
10313 TTCTTTCAAATAAATAGATTTTT-TTACAAGTTTCCCT-AGGCAAG-C-GTTCATGTA-AAGTCT
131 TTCTTTC-AATGAATAGCTTTTTCTT-CATGTTT-CTTGAGGTAAGACATTTAAT-TATAA-TCT
* * *
10373 GTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTA
191 GTTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAA-TTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTA
* * ** * ** * *
10436 AAGCTAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAAT-GAAATTTTCTTGCCAATGAGT-
254 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-TAAATAAATA
* * * *
10498 GGCTTTTT-TTTAAC-TTATCTTGAGGTA
317 GG-TTTTTCTATCACGTT-TC-TCAAG-A
* * * * * * *
10525 A-ACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAGTGTAAAACAAATTGAACTTAAAA-CTGATTTT
1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC-AATTAT
* *
10588 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACA-TCTTTTAAAAGAAT-GGATGACTATAAA-AG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTAAAGGAATGGGA-GACTATAAATA-
* * * * **
10650 GACTTTGCTGATCAATGAAT-GTGTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGT-AGACATTCAATTATTG
126 GACTTTTCT-TTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAAGACATTTAATTATAA
* * * * *
10712 TCTGTTTTAGA-CAAAAATGTAGAACAATTTGAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGTCAT
188 TCTGTTTTA-ATCAAAAAAGTA-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * * *
10776 TTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTTGAAGGAGTGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTGAATAA
251 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-TAAATAA
* *
10841 ATATGTTTTTCTAT-ACGTTTCCCAAGA
314 ATAGGTTTTTCTATCACGTTTCTCAAGA
* *
10868 CA-AGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAACAATTAT
1 -AGA-CATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
10931 GAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGAGACTATAAATAGA
* * * * * *
10996 CTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCCTCACGTTTCTCGATG-AAGACATTTAATTATAATTTG
128 CTTTTCTT-TCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAATTATAATCTG
* * *
11060 TTTTAATAAAAAAAGTAAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
192 TTTTAATCAAAAAAGTAAAAAA-ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * * * * * **
11125 GCGAGTAACATGGCTTTTGAAGAAACGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTTGCCAATAAATACT
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTT--AAATAAATAGG
* * * *
11189 TTTTTCT-TCACATTTCTTGAGGT
319 TTTTTCTATCACGTTTC-TCAAGA
* * * * * * * * *
11212 AGACATTCATTTGTAATCTGTTGTAATAAAAAATGTAAATAAAAATTGAACATAAAATCAATTTT
1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
11277 GGGATAATAAAATGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGATTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGAC
* * * * *
11342 TTTTCTTGTCAATAAATA-CATTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTG
129 TTTTCTT-TCAATGAATAGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAATTATAATCTG
* * * ** *
11405 TGTTAA-CTAAAAAGTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAATTATTTAAA
192 TTTTAATCAAAAAAG-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * * * *
11469 GTGACTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGACTATTAATAGATTTTTCTTTCAAATAAAT-GAG
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTT-AAATAAATAG-G
*
11533 TTTTTTTA-CACGTTTCTCAAGGCA
319 TTTTTCTATCACGTTTCTCAA-G-A
** * * * * * *
11557 AG-CA-TTCGTGTACAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCACTTATG
1 AGACATTTAAT-TATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** *
11620 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAAGGGAGAC-ATAAATAGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACT
* * * * * *
11684 TTTCTTGCAATTGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTTTTGAGGT-AGACATTCAATTATAGTTTGTT
130 TTTCTTTCAA-TGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAATTATAATCTGTT
* * * *
11747 TTAA-CTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
194 TTAATC-AAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
* * * * * * ** * *
11811 GAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGAAGACCACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-TAAATAAATAG-GTT
* *
11875 TCTCT-TCACGTTTCTCAATGT
321 TTTCTATCACGTTTCTCAA-GA
* * * * * * *
11896 AGACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTACGA
1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** *
11961 GATTAAAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAAAGACTATAAATAGATTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGA-CT
* *
12026 TTTTTTGTCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAA-ACATTTAATTATAATCTGT
130 TTTCTT-TCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAATTATAATCTGT
** * * * * *
12089 TTTAGCCGAAAAAGTTAAAAATATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATGATAAAGAT-ATTTAAA
193 TTTAATCAAAAAAG-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ATCATTTAAA
* ** ** *
12153 GCGAGTAACATCGCTTTTGAAGGAATATGAGACTATTAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATAGGT
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTT-AAATAAATAGGT
* * *** *
12218 TTTTCTA-CATGTTTTTTTTGT
320 TTTTCTATCACGTTTCTCAAGA
** * * ** * * * *
12239 AGACA-TTCGTGTACAGTCTGTTTTAACCAAATCTATAAAAAACTTTAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTTAAT-TATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** ** *
12303 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTCCGAAA-GAACAGGTGA-TCATAAATAGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTAAAGGAATGGGAGACT-ATAAATAGA
* * * * *
12366 CTTTTCTTCCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAA-ATATTTAATTATAGTCT
128 CTTTTCTT-TCAATGAATAGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAATTATAATC-
* * * * * * * *
12429 TTTTTTTAA--AAAAAATATAAATAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGGGATAATAAAATGAT
190 -TGTTTTAATCAAAAAA-GT-AA-AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * * * *
12492 TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAGTGA
251 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTA--AATAA
* * * *
12556 AT--GTTTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGT
314 ATAGGTTTTTCT-ATCACGTTTCTC-AAGA
** * * ** * * *
12584 AGACATTTACCTATAATCTATTTTAGCCAAAGAAAT-TAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTT
1 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATC-AA-AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * ** * *
12648 TGATATGATAAAGCCATTAAAAGCGGGTAATATGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATTAATGGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGA
* * ** * * ** * ** * *
12713 CTTTTCTTCCAAATAAAT-GGGTTTTCTACATGTTTGTCAAGGT-AGGCA-TTCGTGTACAGTCT
128 CTTTTCTTTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAAT-TATAATCT
* * * ** *
12775 ATTTTAA-CAAAAAA-TATATAAAACTTCATTTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA-CTATTT
191 GTTTTAATCAAAAAAGTA-A-AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTT
*
12837 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGAC-ATAAATAGACTTTTCTT
253 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
12890 ACAAATAGAA
Statistics
Matches: 1878, Mismatches: 388, Indels: 197
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 240 0.13
341 79 0.04
342 283 0.15
343 420 0.22
344 475 0.25
345 197 0.10
346 98 0.05
347 82 0.04
348 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTT
TTCTTTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAGACATTTAATTATAATCTGTTTT
AATCAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTAAATAAATAGGTTTTTCT
ATCACGTTTCTCAAGA
Found at i:11160 original size:516 final size:510
Alignment explanation
Indices: 10179--12889 Score: 2213
Period size: 516 Copynumber: 5.3 Consensus size: 510
10169 ATGATTCTTG
* *
10179 AGGTAGACATTTAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** * *
10244 ATAAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTT-AAGGAATAATAGACTATTAATG
65 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATA
* * * * * * *
10308 GACTTTTCTT-TCAAATAAATA-GATTTTT-TTACAAGTTTCCCTAGGCAAGC-GTTCATGTAAA
130 GACTTTTCTTCTC-AATAAATACG-TTTTTCTT-CACGTTTCTC-AAGAAAGCATTTAAT-TATA
* * *
10369 GTCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
190 GTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTAT
** * * **
10433 TTAAAGCT-AGTAATAAGG-TTTTGAAA-GAATGGGTTACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATG
254 TTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
* * ** * * * * * * **
10495 AGTGGCTTTTTTTTAAC-TTATCTTGAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAGT
317 AATGTCTTTTTCCTCACGTT-TCTCGATGTAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAA
* *
10558 GTAAAACAA-ATTGAACTTAAAA-CTGATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACA
381 GTAAAA-AACATTGAACTTAAAATC-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-A-ACA
* * *
10621 T--CTTTT-AAAAGAATG-GATGACTATAAAAGGACTTTGCTGATCAATGAATGTGTTTTTCTTC
442 TGGCTTTTGAAGA-AATGAGA-GACTATAAAA-GACTTTTCT--TCAATAAATGTGTTTTTCTTC
10682 ATGTTTCTCT
502 ATGTTT-TCT
* * * * *
10692 AGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAGACAAAAATGTAGAACAATTTGAACTTAAAATAAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
10757 TATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTTGAAGGAGTGGGAGACTATAAAT
64 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAAT
* * *
10822 AGACTTTTCTTCTGAATAAATATGTTTTTCTAT-ACGTTTCCCAAGACAAGCATTTAATTATAGT
129 AGACTTTTCTTCTCAATAAATACGTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGA-AAGCATTTAATTATAGT
* * *
10886 CTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTAAAAAACCATTTA
192 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTA
*
10950 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATA
257 AAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG
*
11015 TCTTTTTCCTCACGTTTCTCGATG-AAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAAGTAAA
321 TCTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGTAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAA
11079 AAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTTTG
386 AAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTTTG
* * * * **
11144 AAGAAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATAAATACT-TTTTTCTTCA-CATTTCTT
451 AAGAAATGAGAGACTATAAA-AGACTTTTCTT--CAATAAAT-GTGTTTTTCTTCATGTTTTC-T
* * * * * * *
11207 GAGGTAGACATTCATTTGTAATCTGTTGTAATAAAAAATGTAAATAAAAATTGAACATAAAATCA
1 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
11272 ATTTTGGGATAATAAAATGATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGCGATTATAA
62 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAA
* * * * * *
11336 ATAGACTTTTCTTGTCAATAAATACATTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAA-CATTCAATTATA
127 ATAGACTTTTCTTCTCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAG-AAAGCATTTAATTATA
* * ** * *
11400 GTCTGTGTTAACTAAAAA-GTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAATTAT
190 GTCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTAT
* * * * * * * *
11464 TTAAAGTGACTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGACTATTAATAGATTTTTCTT-TCAAATAA
254 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGA
** * * * * ** * * *
11528 ATGAGTTTTT-TTACACGTTTCTCAAGGCAAG-CA-TTCGTGTACAGTTTGTTTTAATAAAAAAT
318 ATGTCTTTTTCCT-CACGTTTCTCGATGTAAGACATTTAAT-TATAATCTGTTTTAATAAAAAA-
* * * * *
11590 A-TAAAAAAC-TTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
380 AGTAAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACATGG
* * *
11653 CTTTCGAAGGAAA-GGGAGAC-ATAAATAGACTTTTCTTGCAATTGAATGCT-TTTTT-TTCATG
445 CTTTTGAA-GAAATGAGAGACTATAAA-AGACTTTTCTT-CAA-TAAATG-TGTTTTTCTTCATG
*
11714 TTTTTT
505 TTTTCT
* *
11720 GAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 -AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
11785 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTTGAAGGAATAGAAGACCACAAAT
64 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAAT
* * * * * *
11849 GGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTCAATG-TAGACATTTAATTATAG
129 AGACTTTTCTT-CTCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GAAAG-CATTTAATTATAG
* * * * * * *
11912 TCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTACGAGATTAAAAAACTATTT
191 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTT
* * ** * * * *
11977 AAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAAAGACTATAAATAGATTTTTTTTTGTCAATGAAT
256 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATCAATGAAT
* * * **** *
12042 GTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAA-ACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCGAAAAAGTTA
320 GTCTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGTAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAA
* * * * *
12106 AAAATATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATGATAAAGA-TATTTAAAGCGAGTAACATCGCTTT
385 AAAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTT
* * *
12170 TGAAGGAAT-ATGAGACTATTAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATAG-GTTTTTCTACATGTTTT
449 TGAAGAAATGA-GAGACTA-TAAAAGACTTTTC-TTC-AATAAAT-GTGTTTTTCTTCATGTTTT
*
12233 TT
509 CT
** * * * * * *
12235 TTGTAGACATTC-GTGTACAGTCTGTTTTAAC-CAAATCTATAAAAAACTTTAACTTAAAATTAA
1 AGGTAGACATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* ** * * *
12298 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-ATTCCGAAAGAACAGGTGA-TCATAA
63 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACT-ATAA
* * * * * * *
12361 ATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAAA-TATTTAATTATA
127 ATAGACTTTTCTTCTCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-G-AAAGCATTTAATTATA
* * * * * *
12425 GTCTTTTTTTTAA-AAAAAATATAAATAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGGGA-TAATAAAA
190 GTC--TGTTTTAACAAAAAATGT-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAA-AAAA
* * * * *
12488 -TGATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
250 CT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
* * ** * ** *
12552 GTGAATGTTTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGT-AGACATTTACCTATAATCTATTTTAGCCAAAG
314 ATGAATGTCTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGTAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAA
* * * * * * * * *
12616 AAATTAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTTTGATATGATAAAGCCATTAAAAGCGGGTAATAT
378 AAAGTAAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAT
* * * ** * *
12681 GGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATTAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATG-GGTTTTCTACATG
443 GGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTA-TAAAAGACTTTTCTT-C-AATAAATGTGTTTTTCTTCATG
*
12745 TTTGTCA
505 TTT-TCT
* * * * * * * **
12752 AGGTAGGCATTC-GTGTACAGTCTATTTTAACAAAAAATATATAAAACTTCATTTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
12816 TACGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGAGAC-ATAAA
64 TATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAA
12878 TAGACTTTTCTT
128 TAGACTTTTCTT
12890 ACAAATAGAA
Statistics
Matches: 1788, Mismatches: 318, Indels: 181
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 2 0.00
511 206 0.12
512 66 0.04
513 148 0.08
514 309 0.17
515 189 0.11
516 477 0.27
517 378 0.21
518 6 0.00
519 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAG
ACTTTTCTTCTCAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAAGCATTTAATTATAGTCTGT
TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTT
TTCCTCACGTTTCTCGATGTAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAACA
TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTTTGAAGAA
ATGAGAGACTATAAAAGACTTTTCTTCAATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTTCT
Found at i:12369 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10127--12895 Score: 1738
Period size: 171 Copynumber: 16.2 Consensus size: 169
10117 NNNNNNNNNT
* * * * * * *
10127 GACTATAAACAGAAC-TTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTT-TCCCATGATTCTTGAGGTAGACAT
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCT-TCATGTTTCTTAATGTAGACA-
* * * *
10189 TTAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
63 TTCATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * **
10254 AAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATAATA
127 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * *
10297 GACTATTAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATAGA-TTTTT-TTACAAGTTTCCCT-AGGCA-AGC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAAT-GACTTTTTCTT-CATGTTT-CTTAATGTAGA-C
* * *
10358 GTTCATGTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
62 ATTCAT-TATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
10422 TATAAAA-CTATTTAAAGCTAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGT
124 TATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * * * * * *
10467 TACTATAAAT-GAAATTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTTTTTTAACT-TATCTTGAGGTAAACAT
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAATGTAGACAT
* * * * * * * *
10530 TCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAGTGTAAAACAAATTGAACTTAAAA-CTGATTTTGAGATT
64 TC-ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATT
* * * * *
10594 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACA-TCTTTTAAAAGAAT-GGA
125 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * ** *
10638 TGACTATAAA-AGGACTTTGCTGATC-AATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGAC
1 -GACTATAAATA-GACTTTTCT-TTCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAATGTAGAC
* * * * *
10700 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAGA-CAAAAATGTAGAACAATTTGAACTTAAAATAAATTATGAGA
62 ATTC-ATTATAGTCTGTTTTA-ACCAAAAATATA-AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
10764 TTATAAAGTCATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTTGAAGGAGTGGGA
123 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGA
* * * * ** *
10812 GACTATAAATAGACTTTTC-TTCTGAATAAAT-ATGTTTTTCTAT-ACGTTTCCCAA-G-ACAAG
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTC-AAATGAATGA-CTTTTTCT-TCATGTTTCTTAATGTA-GA-
* ** * *
10872 CATTTAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATT
61 CA-TTCATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
10937 AAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGGAATGGGA
125 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATAGGA
* * * ** *
10983 GACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAT-ATCTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGAAGACAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTT-TCAAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACA-
* * * * * * *
11046 TTAATTATAATTTGTTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
63 TTCATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA-T-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
11110 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTTTGAA-GAA-ACGAGT
125 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-G-GA
* * ** * *
11155 GACTATAAATAGACTTTT-TTTGCCAATAAAT-ACTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTT-CAAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACAT
* * * ** * * * * * *
11218 TCATTTGTAATCTGTTGTAATAAAAAATGTAAATAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGGGATA
64 TCA-TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA--TATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
11283 ATAAAATGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGC
125 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * *
11328 GATTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATAAAT-ACATTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTT-TCAAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACAT
* * **
11391 TCAATTATAGTCTGTGTTAACTAAAAAGT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTA
64 TC-ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
11455 TAAAATTATTTAAAGTGACTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGA
126 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * *
11499 GACTATTAATAGATTTTTCTTTCAAATAAATGAGTTTTT-TTACACGTTTCTCAAGGCA-AGCAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTT-CATGTTTCTTAATGTAGA-CAT
* * * ** *
11562 TCGTGTACAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTAT
64 TCAT-TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
11627 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA-AGGGA
127 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-GGA
* * * * * *
11670 GAC-ATAAATAGACTTTTCTTGCAATTGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * *
11733 AATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 -ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
11798 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGAA
129 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * * *
11839 GACCACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACA-TT
* * * * * * * *
11904 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTACGAGATTA-AA
65 CATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * * *
11968 AAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAAT-GAAA
129 AATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GA
* * * * *
12010 GACTATAAATAGATTTTTTTTTGTC-AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAAACAT
1 GACTATAAATAGA-CTTTTCTT-TCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACA-
* * * * * * *
12074 TTAATTATAATCTGTTTTAGCCGAAAAAGT-TAAAAATATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATG
63 TTCATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAAA-TATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** *
12138 ATAAAGAT-ATTTAAAGCGAGTAACATCGCTTTTGAAGGAATATGA
125 ATAAA-ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * **
12183 GACTATTAATAGACTTTTCTTTCAAATAAAT-AGGTTTTTCTACATGTTT-TTTTTGTAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATT
* * ** * *
12246 CGTGTACAGTCTGTTTTAACCAAATCTATAAAAAACTTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
65 CAT-TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * *
12311 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTCCGAAAGAACAGGT
128 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * *
12353 GA-TCATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAAATAT
1 GACT-ATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACA-
* * * * * * *
12416 TTAATTATAGTCTTTTTTTTAA-AAAAAATATAAATAAAAATTAAACATAAAATCAATTTTGGGA
63 TTCATTATAGTC--TGTTTTAACCAAAAATAT--A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
12480 TAATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GTGA
123 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GA
* * * * ** * * ** *
12527 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGAATGTTTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGTAGACATTT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * * * * * * * * *
12592 ACCTATAATCTATTTTAGCCAAAGAAATTAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTTTGATATGAT
66 A-TTATAGTCTGTTTTAACC-AA-AAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * *
12657 AAAGCCATTAAAAGCGGGTAATATGGCTTTTAAAGGAATAAGA
127 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * ** * * * * *
12700 GACTATTAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATG-GGTTTTCTACATGTTTGTCAAGGTAGGCATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTC
* * * * * ** *
12764 GTGTACAGTCTATTTTAACAAAAAATATATAAAACTTCATTTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
66 AT-TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
12829 AA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGA
129 AATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
*
12870 GAC-ATAAATAGACTTTTCTTACAAAT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAAT
12896 AGAAATGTCA
Statistics
Matches: 2063, Mismatches: 410, Indels: 253
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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175 12 0.01
176 2 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTC
ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
Found at i:13547 original size:343 final size:344
Alignment explanation
Indices: 12908--14940 Score: 1632
Period size: 343 Copynumber: 5.9 Consensus size: 344
12898 AAATGTCAAC
* * * *
12908 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAATACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTTAA
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* * ** * * * *
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** * * *
13036 GC-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
130 GCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
13100 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-AGGAGACTATAAATAG
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* * * * * *
13164 ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCT
258 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
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322 GTTTTAGCCAAAAAA-TATAAAAA
* * * * * *
13251 AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTGATAAAGCCATTTAAAGTCAGTAATATGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
13316 AGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTATTCAAAATAAATGTGTTTTTCTACATGTTTC-CTGAG
66 AGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAG
* *
13380 GCAAG-CATTTAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
130 GCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
13444 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
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* *
13508 ATTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
259 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
13573 TTTAACCAAAAGTGCAAAAAAAAATA
324 TTTAGCCAAAA----AATATAAAA-A
** * * *
13599 AAATAAAACTTAAAACCGATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT-AGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
13663 AGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTGCTT-ACCAATGAATGTGTTTTTCTTTACGTTTCTCGA-
66 AGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCA-CAATAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAG
** * ** *
13726 GTTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
130 GCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
13790 ATGAGATTATTAAGCAATTTAAA-CTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGTG
193 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATA
* * * * * * * * *
13854 GACTTTTCTT-CTGAATAAATATGTTTTTCTACA-TGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGT
257 GACTTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * * *
13917 TTTTTTTA-ACAAAAAATGT--AAA
320 CTGTTTTAGCCAAAAAATATAAAAA
* * *
13939 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** ** * * *
14004 AGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAACGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAT
66 AGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTT-CACAATAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAG
* ** * * * * ** * * *
14068 G-TAGACATTTTATTATAATATGTTTAAACTAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTTAAATCAATTT
130 GCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *** * * *
14132 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATATCACTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATAGA
194 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
** ** * * ** * **
14197 CTTTTCTTGTAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGTCATTCAATTATAGTCCAT
259 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
14262 TTTAAG--AAAAAATATAAATAA
324 TTT-AGCCAAAAAATATAAA-AA
* * * * ** *
14283 AAATTGAACATAAAATC-ATATTTGGGATAATAAAATGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAAT-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * ** * *
14347 AGGAAT-AGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGTATTTTTCTTCACGCTTCTCGA
65 AAGAATGA-GAGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
*
14411 GGTAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATG--AAAAATTCAACTTAAAATCAAT
129 GGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
14473 TATGAGATTATAAAACGATTTAAATCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAGT-AGGAGACTATAAAT
192 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAAT
* * * * **********
14537 GGACTTTTTTTGCCAATGAATAGT-TTTTTCTACA-TGTTTC-CTAAGGTAAGCANNNNNNNNNN
256 AGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACT-TTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATA
* *** * *
14599 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAA
318 ATCTGTTTTAGCCAAAAA-ATATAAAAA
* * * * *
14627 AAATT-AACTT-TAATACAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTTTG
1 AAATTCAACTTAAAAT-CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
14689 -AAGATATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTACTA-AATAAATG-GCTTTTTCTACACATTT-T
64 AAAGA-ATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTC-ACAATAAATGTG-TTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * **********
14750 CCTAGG-TAGACATTCAATTATTGTCTGCTTTAANNNNNNNNNNAAAAAAATTCAACTTAAAATC
126 -CGAGGCAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
14814 AATTATAAGGTTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-AGGAGACTATA
189 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATA
* * * * *
14878 AATAGACTTTTCTTGGCAATGAAT-ACTTTTTTCTTTA-TGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTA
253 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
14941 CGGTTTGTTT
Statistics
Matches: 1345, Mismatches: 283, Indels: 123
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 47 0.03
341 217 0.16
342 15 0.01
343 459 0.34
344 315 0.23
345 10 0.01
346 11 0.01
347 93 0.07
348 174 0.13
349 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (344 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
AGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCACAATAAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
CAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
TAGCCAAAAAATATAAAAA
Found at i:13926 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12908--14975 Score: 1636
Period size: 170 Copynumber: 12.0 Consensus size: 171
12898 AAATGTCAAC
* * * * *
12908 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAATACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * *
12973 GGAATGAGAGGCTAGAAATGAACTTTTCTTGTCAATTAATGT-TTTTTTTTCACGTTTCTTGATG
66 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
*
13037 CAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAT-TATAAAA
131 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTA-AAAA
* *
13078 AAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
13142 AGAAAT-AGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCT-TTTTTCCTCACGTTTCTC
65 AGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-TGTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * *
13204 GATGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAAAGTTAAAAA
127 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATG-TAAAAA
* * * * * * * *
13251 AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTGATAAAGCCATTTAAAGTCAGTAATATGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * * *
13316 AGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTATTCAAAATAAATGTGTTTTTCTACATGTTTC-CTGAG
66 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAG
* * * **
13380 GCA-AGCATTTAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGT--AAA
130 GTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAAAA
13421 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGC-TTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTG-
* * * *
13484 AAGGAATGAGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACTTTTCTCG
64 AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCG
* * *
13548 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAGTGCAAAAAA
128 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-TG-TAAAAA
* * * *
13594 AAATAAAATAAAACTTAAAACCGATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT-AGGCTT
1 AAAT----T-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
13658 TTGAAAGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTGCTTAC-CAATGAATGTGTTTTTCTTTACGTTTC
61 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTC
* *
13722 TCGAGTTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
125 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
* * * * *
13769 AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAGCAATTTAAACTGAGTAATATGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * *
13834 GGAATGAGAGACTATAAGTGGACTTTTCTTCTGAATAAATATGTTTTTCTACATGTTTCCCAAGG
66 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
* * * * * *
13899 CAAACATTTAATTATAGTTTTTTTTAACAAAAAATGT--AAA
131 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAA
*
13939 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAATGCTTTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * ** * *
14003 AAGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAACGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGA
65 AGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
* ** * * * * *
14067 TGTAGACATTTTATTATAATATGTTTAAACTAAAAAGTAAAAA
129 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
* * * * * ***
14110 AAATTAAACTTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATATCACTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *** * **
14175 GGAACGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGG
66 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
* ** ** *
14240 TAGTCATTCAATTATAGTCCATTTTAAGAAAAAATATAAATAA
131 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAATGTAAA-AA
* * * * ** * *
14283 AAATTGAACATAAAATCATATT-TGGGATAATAAAATGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * * *
14347 AGGAAT-AGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGTATTTTTCTTCACGCTTCTCGA
65 AGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
* * * **
14411 GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATATGAA
129 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
* * *
14453 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAA-TCGAGTAATAAGACTTTTAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-GAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
14517 AGGAGT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGC-CAATGAATAGT-TTTTTCTACATGTTTC-C
65 AGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT-GTGTTTTTCTTCACGTTTCTC
* ********** **
14578 TAAGGTA-AGCANNNNNNNNNNGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAA
127 -GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CCAAAATGT--AAAAA
* * * *
14627 AAATT-AACTT-TAATACAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTTTG
1 AAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-ACTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
14689 AA-GATATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTACTAAATAAATG-GCTTTTTCTACACATTT-TC
64 AAGGA-ATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTG-TTTTTCTTCACGTTTCT-
* * * **********
14751 CTAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGCTTTAANNNNNNNNNNAAAA
126 CGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
* * * * *
14797 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * * * *
14862 AGAAT-AGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATACT-TTTTTCTTTATGTTTCTCAA
66 GGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
* ** *
14925 GGTAGATATTCAATTACGGTTTGTTTTAACCAAAAGTGT-AAAA
129 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-TGTAAAAA
14968 AAATTCAA
1 AAATTCAA
14976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1502, Mismatches: 323, Indels: 145
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.01
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178 46 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAA
Found at i:14813 original size:514 final size:506
Alignment explanation
Indices: 12908--14959 Score: 1757
Period size: 514 Copynumber: 4.0 Consensus size: 506
12898 AAATGTCAAC
* * * *
12908 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAATACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTAAA
* * * * * * * * *
12973 GGAATGAGAGGCTAGAAATGAACTTTTCTTGTCAATTAATGTTTTTTTTTCACGTTTCTTGATG-
65 GGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTCTCATGTTTCTCGAGGT
* * ** * * * * *
13037 CAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAT-T-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTA
128 AAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAAAATT-AACTTTAAACCAATTT
* * *
13100 TGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATA
191 TGAGATTATAAAATC-ATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * **
13163 GACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCCTCACGTTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAAT
253 GACTTTTC-TACTAAATGAATGGC-TTTTTCTTCACATTTC-CTAGGTAGACATTCAATTATTGT
* * * *
13226 CTGTTTTAGCCAAAAAAGT-TAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTGATAAAGCCAT
315 CTGTTTTA---AAAAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG-GGTTATAAAACCAT
* * * * **
13290 TTAAAGTCAGTAATATGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTATTCAAAATAAA
376 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAA
* * * *
13355 TGTGTTTTTCTACATGTTTC-CTGAGGCAAGCATTTAATTATAGTATGTTTTAA-TAAAAA-ATG
441 TGTGTTTTTCTACATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATG
13417 TAAA
505 --AA
*
13421 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTAAA
* *
13486 GGAATGAGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAG
65 GGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-TTTTTC-TCA-TGTTTCTCGAG
* * * * * *
13550 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAGTGCAAAAAAAAATAAAATAAAACTTAAAAC
126 GTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATG---TAAAAAA-AAAAT-TAACTTTAAAC
* * * *
13615 CGATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT-AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACGATA
185 CAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAATGGGTGACTATA
* * * * * *
13679 AATGGACTTTGCTTAC-CAATGAATGTG-TTTTTCTTTACGTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTA
249 AATGGACTTTTC-TACTAAATGAATG-GCTTTTTCTTCACATTTC-CTAGGTAGACATTCAATTA
** * * * * * *
13742 TTGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAGCAA
311 TTGTCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG-GGTTATAAAACCA
* * * * * *
13807 TTTAAACTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGTGGACTTTTCTTCTGAATAA
375 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAA
* * * * * * *
13872 ATATGTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTTTTTTTTAACAAAAAATGTA
440 ATGTGTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATG
13937 AA
505 AA
13939 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTT-AA
* * * *
14004 A-GAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCCTCATGTTTCTCGAT
64 AGGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG--TTTTTTCTCATGTTTCTCGAG
** * * *
14068 GT-AGACATTTTATTATAATATGTTTAAACTAAAAA-GT--AAAAAAAATTAAACTTTAAATCAA
126 GTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAAAATT-AACTTTAAACCAA
*** *
14129 TTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAG-TGAGTAATATCACTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAA
188 TTTTGAGATTATAAAATCATTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGACTATAAA
* ** ** * * *
14193 TAGACTTTTCTTGTAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGTCATTCAATTATAGT
251 TGGACTTTTCTACTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCT-AGGTAGACATTCAATTATTGT
** * * **
14258 CCATTTTAAGAAAAAATATAAATAAAAATTGAACATAAAATCATATT-TGGGATAATAAAATGAT
315 CTGTTTTAA-AAAAAATATAAA-AAAAATTGAACTTAAAATCA-ATTATGGG-TTATAAAACCAT
* * * * *
14322 TTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAA
376 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGA-GAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAA
* * * * * * *
14386 ATGTATTTTTCTTCACGCTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATG
440 ATGTGTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATG
14451 AA
505 AA
* *
14453 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAATCGAGTAATAAGACTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTAAA
* * *
14518 GGAGTAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTACATGTTTC-CTAAG
65 GGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTTCT-CATGTTTCTC-GAG
***********
14582 GTAAGCANNNNNNNNNNGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAAAATTAACTTTAATA-CAAT
126 GTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAAAATTAACTTTAA-ACCAAT
* * * *
14646 TATGAGATTACAAAATCATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGAGAGACTATAAAT
189 TTTGAGATTATAAAATCATTTAA-GCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-ATGGGTGACTATAAAT
* *
14710 GGACTTTTCTACTAAATAAATGGCTTTTTCTACACATTTTCCTAGGTAGACATTCAATTATTGTC
252 GGACTTTTCTACTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCTAGGTAGACATTCAATTATTGTC
* ********** * * *
14775 TGCTTTAANNNNNNNNNNAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCTTTTAA
316 TGTTTTAAAAAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT-GGGTTATAAAACCATTTAA
* ** * *
14840 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-AGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATAC
380 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGA-GAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAAT-G
** * * * ** *
14904 T-TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTACGGTTTGTTTTAACCAAAA
443 TGTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAA
14960 GTGTAAAAAA
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 222, Indels: 113
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 47 0.04
512 82 0.07
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515 23 0.02
516 114 0.09
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521 44 0.03
522 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTAAAG
GAATGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTCTCATGTTTCTCGAGGTAAG
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAAAATTAACTTTAAACCAATTTTGAGA
TTATAAAATCATTTAAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TACTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAA
AAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATGTGTTTTTCTACAT
GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATATGAA
Found at i:16408 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15945--17097 Score: 1180
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
15935 AAGACAGGCT
* * * * *
15945 TTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTT-AAATACAATTATGAGCT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGAT
* * * * *
16009 TATAAAACCATTTAAGGCT-AATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
* * *
16073 CTT-CCAAAT-AAGTGAATTTTTCTACATGTTTCATAAGGTA-AGCA
128 CTTGCC-AATGAA-TGAATTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CA
* * * * * *
16117 TTCAATTACAGTTTGTTTTAA-CAAAAA-ATATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGTTTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
16180 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
*** * *
16245 GCCAATGAATTTTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTACACG
131 GCCAATGAATGAATTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * * *
16286 TTCAATTGTAGTATGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAATTTATAATCAATTTTGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * *
16351 TAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTATTAATGAACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
16416 TCAAATAAATGGAATTTTTTACACGTTTCTTAAGGTAGGCA
131 GCCAATGAAT-GAATTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * * * *
16457 TTC-GTATACAGCCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAAACTTAAAATTAATTATAAGATT
1 TTCAAT-TATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
16521 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGGC-ATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* *
16585 TG-CAATTGAATG-CTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
130 TGCCAA-TGAATGAATTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * *
16625 TTCAATTATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
16690 TAACACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** *
16755 ACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACA
131 GCCAATGAATGAATTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * * *
16796 TTTAATTATAGTCTATTTTAATCAAAACTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
16861 TAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * *
16926 GCCAATGAATGCCTTTTTATAACGTTTCTTGATGTAGACA
131 GCCAATGAATGAATTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * *
16966 TTTAATTATAATCTG-TTTAAGTCAAAAAAAGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TAGAG
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAAATA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAG
* * * * * * *
17029 ATGATAAAGCCATTTAAAGTGAGCAATATGGCTTTTGAGGGATTGAGAGACTATAAATGGACTTT
62 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTT
17094 TCTT
127 TCTT
17098 TCGAATAAAT
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 143, Indels: 38
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 114 0.14
169 156 0.19
170 80 0.10
171 361 0.44
172 108 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGAATTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
Found at i:17711 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17212--20804 Score: 2946
Period size: 171 Copynumber: 21.1 Consensus size: 169
17202 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * *
17212 CTTTTAAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGGCTCGTTCTACACATT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
** * * * * *
17277 TCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGATAAAAAATTTTAAAAAAATCAACTT-AAAT
66 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAAT
*
17341 ACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCT-AGTAATAAGG
129 -CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG
* * * ** * *
17383 CTTTTGAAGGAATAAGAGATTATAAATAGACTTTTC-TTCCAAAT-AAGTGAATTTTTCTACATG
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAA-TGGTTTTTTCTTCACG
** * * * * * * * *
17446 TTTCCCGAGGTAGGCATTCAATGACAATTTGCTTTAACAAAAA-ATGTAAAAATTCAACTTAAAA
64 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
17510 TCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATATGG
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
17552 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-TTTTTTTCTTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * *
17616 TCTTGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAATTTATAAT
66 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * *
17681 CAATTATAAAATTATAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGG
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * ** * *
17722 CTTTTGAAGAAAT-AGGAGACTATTAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGATTTTCTACATGT
1 CTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* * * * ** ** *
17786 TTCTTGAGGCA-AGCAATC-GTGTACAACCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAA
65 TTCTTGAGGTAGA-CATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAA
* * *
17849 ATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * *
17892 CTTCCGAAGGAATAAGAGAC-ATAAATGGACTTTTC-TTGCAATTGAATGCTTTTTT-TTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA-TGAATGGTTTTTTCTTCACGT
** * * * *
17954 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAA
65 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAA
* * * * *
18019 TCAATTATAAAATTATAACACTATTTAAAGCGAGTAATAA-G
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
18060 ATTTTCAAAGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
18125 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
66 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
18190 CAGTTATGAGTTTACAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGG
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG
* * * * * *
18231 CTTTTGAAGGAATGTGAGACTACAAATGGCCTTTT-TTTGTCAATGAATGCCTTTTTT-TT-ATG
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATGAATG-GTTTTTTCTTCACG
* * * * * *
18293 TTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCA-AAAAAGT-TAAAAAAACTGAACTT
64 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA---ATAAAAA-TAT-AAAAAATTCAACTT
* * * * *
18356 AAAATCAATTTTGAGATGATAAAGCCATTTAAAGTGAGCAATATGG
124 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
18402 CTTTAG-AGGAAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCGAATAAAT-GTGTTTTGCTACACG
1 CTTTTGAAGG-AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCACG
* * **
18465 TTTCATGA-GTCA-AGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAATTCAACTTAA
64 TTTCTTGAGGT-AGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
* *
18528 AATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
126 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
18572 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAGGGCTCTTTCTACACATT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
18637 TCTTAAGGCAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTGATAAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTT-AAA
66 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAA-TAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
18701 TAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCT-AGTAGTAAGG
128 T-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG
* * * * * ** *
18744 CTTCTAAAGAAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTC-TTCCAAAT-AAGTGAATTTTTCTACACG
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAA-TGGTTTTTTCTTCACG
* * * * * *
18807 TTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGGTTTAACAAAAA-ATGTAAAAATTCAACTTAAAA
64 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
18871 TCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAATGTTAGTAATATGA
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * **
18913 CTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* * * *
18977 TTCTTGAGGTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAATTTATAA
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* * *
19042 TAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTCAGTAATAAGG
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* * * * * ** *
19084 CTTTTGAAGAAAT-AGGAGTCTATTAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGATTTTCTACACGT
1 CTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* * * ** * * *
19148 TTCCTGAGGCAGGCATT-TGTGTACAGCCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAA
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* * *
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* * * * *
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1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA-TGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTC-CAATGAATG-GTTTTTTCTTCACG
* * * * * *
19657 TTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAA-AGTTAAAAAAATTGAACTTA
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* * * * *
19721 AAATCAATTTTGAGATGATAAAGCCATTTAAAGTGAGCAATATGG
125 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * ** * * *
19766 CTTTTG-AGGAAATAAGAGACTATAAATTGACTTTTCTTTTGAATAAAT-GTGTTTTGCTACACG
1 CTTTTGAAGG-AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCACG
* * * * *
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* *
19893 ATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
19936 CTTTTGAAGGAATGAGAAACTACAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAGGGTTCTTTCTACACTTT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
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* *
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127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG
* * * * * ** * *
20108 CTTTCGAAGGAATGAAAGATTATAAATAGCCTTTTC-TTCCAAAT-AAGTGAATTTTTCTACACA
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAA-TGGTTTTTTCTTCACG
*** * * * * *
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* * * *
20233 ATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATATGG
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * **
20276 CTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTT
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * *
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66 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAAT
*
20406 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
20447 CTTTTGAAGAAATAAGAGACTATTAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGAG-ATTTTCTAT-ACG
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-GTTTTTTCT-TCACG
** * * * *
20510 TTTCTTGAGACAGGCATTC-GTGTAT-GGCATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTTGAACTTA
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* * * * *
20573 AAGTTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
125 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* *
20618 CTTTTGAAAGAATAAGAGAC-ATAAATGGACTTTTCTTGT--AATTGAATGGTTTTTT-TTCACG
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAA-TGAATGGTTTTTTCTTCACG
** * * * * *
20679 TTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTAAAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAA
64 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * * *
20744 ATCAATTA-AAAATTATAACAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGA
127 ATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * *
20786 TTTTTCAAGGAATGGGAGA
1 CTTTTGAAGGAATGAGAGA
20805 TT
Statistics
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TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
Found at i:19121 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 15894--20806 Score: 4810
Period size: 682 Copynumber: 7.2 Consensus size: 677
15884 NNNNNNNNNN
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1 GACTTTTCTTG-CAATGAA-GGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
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* *
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* * *** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
16576 GACTTTTCTTGCAATTGAATGCT-TTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
16960 TAGACATTTAATTATAATCTG-TTTAAGTCAAAAAA-AGTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
382 TACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAA-T-AAAAAATA--TAAAAAAATTCAATTTATAATCAAT
* * * * ** * *
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* * *
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506 TGGACTTTTCTTTCAAATAAATGTGATTTT-CTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAATTATAG
** * ******************************** *
17150 TATGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAA-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
570 CCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAACT---TGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCA
* * **** *
17214 TTTAAA--GA--AATGAGAGAC-TAT--A--AATG-GACTTTTC----
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* * * * *
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1 GACTTTTCTTGCAATGAA-GGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
*
17306 TTTTGATAAAAAATTTTAAAAAAA-TCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAT
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* *
17370 GCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAGTGAAT
127 GCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAGTGAAT
* ** * * *
17435 TTTTCTACATGTTTCCCGAGGTAGGCATTCAATGACAATTTGCTTTAACAAAAAATGTAAAAATT
192 TTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATT
*
17500 CAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATATGGCTTTTGAAGGAAT
257 CAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAAT
* * **
17565 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-TTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACAC
322 GGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACAC
* * * *
17629 ATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAATTTATAATCAATTATAAAATT
387 ATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTATAATCAATTATGAGATT
* *
17694 ATAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATTAATGGACTTTTCT
452 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATTAATGGACTTTTCT
* * * * ** * *
17759 TTCAAATAAATGGGATTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAAGCA-ATCGTGTACAACCTGTTTTAAC
517 TTCAAATAAATGTGATTTTCTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAAT-TATAGCCTGTTTTAAC
* *
17823 -CAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
581 GAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
** *
17887 TAAGGCTTCCGAAGGAATAAGAGACATAAATG
646 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACATAAATG
* * * * * *
17919 GACTTTTCTTGCAATTGAATGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
1 GACTTTTCTTGCAA-TGAAGGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
17984 TTTTAGCTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAACACTATTTAAAG
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* * *
18049 CGAGTAATAA-GATTTTCAAA-GAATGAGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCC-AATGAA-TG
128 CTAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGAGATTATAAATAG-ACTTTTCTT-CCAAAT-AAGTG
** * * * * * * * *
18109 TTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAACTGTAAAA
189 AATTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGTTTTAACAAAAAATGT--AA
* * * * * * *
18174 AAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGTTTACAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGA
252 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATATGGCTTTTGA
* * * * * * * * *
18238 AGGAATGTGAGACTACAAATGGCCTTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTTT-TTTATGTTTCTCGAT
316 AGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * ** * * * *
18302 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAAAGT-TAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATT
381 GTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTA-ATAAAAAA-TATAAAAAAATTCAATTTATAATCAATT
* * * * * * * *
18366 TTGAGATGATAAAGCCATTTAAAGTGAGCAATATGGCTTTAGAGGAAAT-GAGAGACTATAAATG
444 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAG-GAGACTATTAATG
* * * *
18430 GATTTTTCTTTCGAATAAATGTG-TTTTGCTACACGTTTCATGAGTCAAGCATTTAATTATAGTC
508 GACTTTTCTTTCAAATAAATGTGATTTT-CTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAATTATAGCC
* ** * * **
18494 TGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAA
572 TGTTTTAACGAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
*
18558 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
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* * * *
18600 GACTTTTCTTGCTAATGAAGGGCTCTTTCTACACATTTCTTAAGGCAGACATTCAGTTATAGTCT
1 GACTTTTCTTGC-AATGAA-GGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
18665 GTTTTGATAAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAATAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
64 GTTTTGAT-AAAAA-TTTAAAAAAATTCAACTTAAA-ACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
18730 GGCTAGTAGTAAGGCTTCTAAAGAAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAGTGAA
126 AGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAGTGAA
*
18795 TTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGGTTTAACAAAAAATGTAAAAAT
191 TTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAT
* * *
18860 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAATGTTAGTAATATGACTTTTGAAGGAA
256 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAA
* *
18925 TGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACA
321 TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACA
* *
18990 CATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAATTTATAATAAATTATGAGAT
386 CATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTATAATCAATTATGAGAT
* * *
19055 TATAAAATCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGTCTATTAATGGACTTTTC
451 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATTAATGGACTTTTC
* * * * *
19120 TTTCAAATAAATGGGATTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAGGCATTT-GTGTACAGCCTGTTTTAA
516 TTTCAAATAAATGTGATTTTCTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAAT-TATAGCCTGTTTTAA
*
19184 -TAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
580 CGAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * *
19248 CTAAGGCTTTCGAAAGAATGAGAGACATAAATG
645 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACATAAATG
* * ** * *
19281 GACTTTTCTTGCAATTGAATGGCT-TTTTTTCAGGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTAAAATCT
1 GACTTTTCTTGCAA-TGAA-GGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
19345 GTTTTAGCTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTATTTAAA
64 GTTTT-GATAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * * * * *
19410 GCGAGTAATAAGATTTTTCAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACATTTCTTGCC-AATGAA-TGC
127 GCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAAT-AAGTGA
* * * * * * * * *
19473 CTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATACAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAA
190 ATTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGTTTTAACAAAAAATGT--AAA
* * * * * * * * *
19538 AATTTAACTGAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
253 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAG
* * * * *
19603 GAATGGGAGACTATAAATGAACTTTT-TTTCTCAATGAAAGCCTTTTT-TCTCACGTTTCTCGAT
318 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTTGAG
* * * * * * * *
19666 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAAAGT-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
381 GTACACATTCAATTGTAGTCTGTTTTA-ATAAAAAA-TATAAAAAAATTCAATTTATAATCAATT
* * * * * * * * *
19730 TTGAGATGATAAAGCCATTTAAAGTGAGCAATATGGCTTTTGAGGAAATAAGAGACTATAAATTG
444 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATTAATGG
** *
19795 ACTTTTCTTTTGAATAAATGTG-TTTTGCTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCT
509 ACTTTTCTTTCAAATAAATGTGATTTT-CTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAATTATAGCCT
* * * * * *
19859 GTTTTAAGGAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAA
573 GTTTTAACGAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
19923 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTACAAATG
638 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAC-ATAAATG
* * * * * *
19964 GACTTTTCTTTCCAATGAAGGGTTCTTTCTACACTTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTC-TTGCAATGAA-GGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
20029 GTTTTGATGAAAAATTTAAAAAAAATTCAACTTAAATATAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAA
64 GTTTTGAT-AAAAATTT-AAAAAAATTCAACTTAAA-ACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
20094 GGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAAAGATTATAAATAGCCTTTTCTTCCAAATAAGTGAA
126 AGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAGTGAA
* *** * * * * *
20159 TTTTTCTACACATTTCCCAAGATAAGCATTCAA-TACAATTTGTTTTAACAAAAAGTATAAAAAT
191 TTTTTCTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAT
*
20223 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAA
256 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
20288 TGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACA
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* * * ** * *
20353 CTTTCAATTGTAGTGTATTTTAATTGAAAATATAAAATAATTTAATTTATAATCAATTATGAGAT
386 CATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTATAATCAATTATGAGAT
* *
20418 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTATTAATGGACTTTTC
451 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATTAATGGACTTTTC
* * * * * ** * *
20483 TTTCAAATAAATGAGATTTTCTATACGTTTCTTGAGACAGGCA-TTCGTGTATGGCATGTTTTAA
516 TTTCAAATAAATGTGATTTTCTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAAT-TATAGCCTGTTTTAA
* * * *
20547 CTAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAGTTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
580 CGAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* *
20612 ATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGAGACATAAATG
645 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACATAAATG
* * * * * * *
20645 GACTTTTCTTGTAATTGAATGG-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTAAAATCT
1 GACTTTTCTTGCAA-TGAA-GGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
20709 GTTTTAGCTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTA-AAAATTATAACAA-TATTTAA
64 GTTTT-GATAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAA
* ** * *
20772 AGCGAGTAATAAGATTTTTCAAGGAATGGGAGATT
126 AGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATT
Statistics
Matches: 3382, Mismatches: 721, Indels: 260
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
659 7 0.00
661 19 0.01
662 123 0.04
663 23 0.01
664 132 0.04
665 16 0.00
666 174 0.05
667 13 0.00
668 3 0.00
675 3 0.00
676 4 0.00
677 93 0.03
678 140 0.04
679 438 0.13
680 381 0.11
681 508 0.15
682 894 0.26
683 138 0.04
684 163 0.05
685 109 0.03
686 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (677 bp):
GACTTTTCTTGCAATGAAGGCTCTTTCTACACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTGATAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTA
GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAGTGAATTTTT
CTACACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTACAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGA
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTC
AATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTATAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATTAATGGACTTTTCTTTCA
AATAAATGTGATTTTCTACACGTTTCATGAGGCAAGCATTTAATTATAGCCTGTTTTAACGAAAA
ATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGAGAGACATAAATG
Done.