Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398945.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2227.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9697
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 1475 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1598 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 1384--1707 Score: 418
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
1374 TTATTCCTTG
* ** * * *
1384 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAATTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAACATTTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
1449 CGGATAATAATTAAATGT-CTTCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAATAAAGACCATAT
66 CAGAGAATAATTAAATGTCCGTCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATAT
1513 ATAGTC-ACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCA
130 ATAGTCAACC-ATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCA
* * * *
1548 CTTTAAACGTTTTTATTATCTCATAACTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAACATTTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * *
1613 TAGAGAATAATTAAATGTCCGTCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTA
66 CAGAGAATAATTAAATGTCCGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATATA
* *
1678 TAGTCAACCGTGCCTTCAAAAGCCTTATTA
131 TAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCATTATTA
1708 CTTGNNNNNN
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 22, Indels: 4
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
164 127 0.93
165 9 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (164 bp):
CTTTAAACATTTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGAGAATAATTAAATGTCCGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATATA
TAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCA
Found at i:1899 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1076--2906 Score: 1073
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 170
1066 NNNNNNNNNN
* * *
1076 TTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTATGAGAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAA
* * * * *
1140 CATGAAGAAAGAGATATCCATTGGTAAG-AAA-TCCATTTATAGCCACCCAT-ACCTTCGAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGC
* ********** *
1202 CTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTAATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
1245 TTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTT--ATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * **********
1309 TGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGC
* * * * *
1373 CTTATTCCTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAGTTAATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
1416 TTAATTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTAAATGTCTTCTTTGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* ** * * * * *
1481 GTGAAGAAAAAG--AT--ATT--CAA-TAAAGACCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCAT
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCT
* * *** * *
1539 TATTATTCACTTTAAACGTTTTTATTATCTCATAACTGATT
130 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ** * ***
1580 TGAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGAGAATAATTAAATGTCCGTCTT-AGGAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAA
** ** * * * *
1643 ATATGAAGAAAAAGATAT-C-----CAA-AAAAGACCATTTATAGTCAACCGTGCCTTCAAAAGC
63 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGC
* ********** *
1701 CTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTTATAATTGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
1744 TTTAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTATTAAAACATATTATAATTTAATATCTACCTCGAGAAACA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * *
1809 TGAAAAAAAAAGATATCCACTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCT
66 TG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCT
* *
1874 TATTACCCGCCTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
130 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
************ * *
1915 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTNNNNNNNNNNNNNA-TATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTT-TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * *
1979 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAATAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATGACTTCGAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGC
** * *
2043 CTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCACAATTAATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* *********** * *
2086 TTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTNNNNNNNNNNATTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * *
2151 GTGAAAAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCC
*** * *
2215 TTATTACTTATTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
********* * * * *
2257 TNNNNNNNNNNTTTTTTAAATTTTTT-ATTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTATCTTGAGAAA
1 T-TAAGTTAAATTTTTT-TATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
********** * * *
2321 CGTGAAGAAAAAGATANNNNNNNNNNAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCA-CACCTTCAAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGC
* * * * *
2385 CTTATTAGTTGCTTTAAATATTTTTATGATCTCATAATTAATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
2428 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * * *
2493 GTGAA-AAAAATATATCCATTGGGAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCC
* * * * *
2556 TTATTACTCACTATAAATATTTTTATAATCTTAAAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* ********** * * *
2598 TTAAGTTGAATATTTNNNNNNNNNNGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAA
1 TTAAGTTAAAT-TTTTTTATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAA
* * * *
2662 CGAGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGC
64 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGC
* * * * * *
2726 CTCATTACTCGCTTTAAATATTTTTTTAATCACAGAATTAATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * ** *
2769 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACTAGATAATAATTGAATCTCTACCAAGACAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTGATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * *
2833 CGTGAAGCAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
64 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAG-C
2898 CTT-TTACTC
128 CTTATTACTC
2907 ATTGTAAATG
Statistics
Matches: 1293, Mismatches: 327, Indels: 82
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 34 0.03
164 202 0.16
165 4 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
169 77 0.06
170 175 0.14
171 748 0.58
172 45 0.03
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:2329 original size:342 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1076--3205 Score: 998
Period size: 342 Copynumber: 6.3 Consensus size: 331
1066 NNNNNNNNNN
* * * * *
1076 TTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTATGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
* * * *
1141 ATGAAGAAAGAGATATCCATTGGTAAG-AAA-TCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCT
66 GTGAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCT
** * * * * * *
1204 TATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNA-ATCTCATAATTAAT-TTTAAGTTGA-ATTTTTTTAAAT
130 TATTACTCACTATAA----------ATAT-T-TTTA-TAATCTTAAAATTGATTTTTTTTTAAAT
* * * * ** *
1266 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATT
182 TTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* ********** * * * ** *
1331 GACAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAAATATTT
247 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATT
* *
1396 TTATAATCTCATAGTTAATT
312 TTATAATCTCACAATTAATT
* * * * * ** * **
1416 TTAATTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTAAATGTCTTCTTTGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
* * * * * * *
1481 GTGAAGAAAAAG--AT--ATT--CAA-TAAAGACCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCAT
66 GTGAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCT
* * ** * * *
1539 TATTATTCACTTTAAACGTTTTTATTATCTCATAACTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACA-TTT
130 TATTACTCACTATAAATATTTTTATAATCT--TAA---AATTG--ATT---TTTTTTTAAATTTT
* ** * * *** * *
1603 TTAGTTAAAATAGAGAATAATTAAATGTCCGTCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGATAT-C-----
185 TTA-TTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * *** ************
1662 CAA-AAAAGACCATTTATAGTCAACCGTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTT
249 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTT
* * *
1726 ATAATCTTATAATTGATT
314 ATAATCTCACAATTAATT
* * * * * * *
1744 TTTAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAACATATTATAATTTAATATCTACC-TCGAGAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCAT-GAGAAA
* * * * * **
1807 CATGAAAAAAAAAGATATCCACTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGA-CTTTGAAAG
65 CGTG--AAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT-ACCTTCAAAAG
* * * * * ***
1871 CCTTATTACCCGCCT-TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
127 CCTTATTACTC-ACTATAAATATTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTTTTTTAAA--TTTTT-TA
******* * *
1935 TTTTNNNNNNNNNNNNNA-TATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
188 --TT------AAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
1999 TTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATA
245 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-CACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
2063 ATTTTATAATCTCACAATTAATT
309 ATTTTATAATCTCACAATTAATT
* *********** *
2086 TTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTNNNNNNNNNNATTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
* * * *
2151 GTGAAAAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
66 GTG-AAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCT
* * * *
2216 TATTACTTATTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTAAATTT
130 TATTACTCACTATAAAT-ATTTTTATAATCTTAAAATTGATTT----------TTTTTTAAATTT
* * * * ********
2280 TTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATANNNNNNNN
184 TTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
** * * ** *
2345 NNAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATATTTTT
249 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTT
* *
2410 ATGATCTCATAATTAATT
314 ATAATCTCACAATTAATT
* * *
2428 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
* * * * *
2493 GTGAAAAAAATATATCCATTGGGAGGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
66 GTGAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
** * **
2558 ATTACTCACTATAAATATTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTNNNNNNNNNN
131 ATTACTCACTATAAATATTTTTATAATCTTAAAATTGATTTT-TTTTTAA-ATTT--------TT
* * * * * * * *
2623 GATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGA-GAAGAAAAATATATCCATTGGT
186 TATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
* * * * * * *
2687 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATATTTTTT
250 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTA
* *
2752 TAATCACAGAATTAATT
315 TAATCTCACAATTAATT
* * * * * * *
2769 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACTAGATAATAATTGAATCTCTACCAAGACAAAC
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
* * * * * *
2834 GTGAAGCAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCC
66 GTGAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAG-CC
* * * * * *
2899 TT-TTACTCATTGTAAATGA--TTT-TGA-GTT--AA---A--TTTTTTTATATTTTGTATTAAA
129 TTATTACTCACTATAAAT-ATTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTTTTTTAAATTTTTTATTAAA
* * * * * * * **
2952 ACAAATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAGGATATTCATTATCAAGAAAAG
193 ACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
** * * * * * ** * *
3017 T-TCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTCTAAATGTTTTTATAATTTT
258 TCT-ATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTC
*
3081 ATAATTAATT
322 ACAATTAATT
* * * *
3091 TTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-ATTAAAACATATAATAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAA
1 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCAT-GAGAAA
* * * * * * *
3154 CTTGAAGAAAATGATATTCATTGGTAAGAGAATTCTATTTATAGCCACCCAT
65 CGTGAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT
3206 GTCTNNNNNN
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 355, Indels: 183
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
321 71 0.05
322 139 0.10
323 3 0.00
324 3 0.00
325 8 0.01
326 4 0.00
327 36 0.03
328 78 0.06
329 11 0.01
330 12 0.01
331 5 0.00
332 8 0.01
333 5 0.00
334 15 0.01
335 173 0.13
336 7 0.01
337 2 0.00
338 2 0.00
339 2 0.00
340 66 0.05
341 272 0.20
342 376 0.28
343 39 0.03
344 1 0.00
347 2 0.00
349 2 0.00
350 5 0.00
352 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCATGAGAAAC
GTGAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTATAAATATTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACA
GATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCACAA
TTAATT
Found at i:4007 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3708--4126 Score: 556
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
3698 NNNNNNNNTA
* * *
3708 AAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * **
3773 AAAGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTAGAAATTGACTTTTTTTACTAATGGATATCTTTTTCTTTT
66 AAAGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTAA
* *
3838 CATTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATTATATATTTTAACT
131 CATTTCTCAGGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-T
*
3879 AAAAATATAAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATAA-CATTTAAAGCAAGTA
1 AAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AATCATTTAAAGCGAGTA
* *
3943 AAAAAGCTTTCGAAGGTA-AGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATATCTTTTTC
64 ATAAAGCTTTCGAAGGTATAGG-TGACTAGAAATGGACTTTTCTTACT-AATGGATATCTTTTTC
* * * * * *
4006 TTAACGTTTCTCATGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTCAT
127 TTAACATTTCTCAGGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * * *
4050 AAAAATTATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
*
4115 TAAGGCTTTCGA
65 TAAAGCTTTCGA
4127 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 25, Indels: 12
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 75 0.35
172 138 0.64
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
AAAGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTAA
CATTTCTCAGGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
Found at i:4611 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4264--5536 Score: 1204
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
4254 NNNNNNNNNN
* * * * *
4264 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACTTTTAAGGCG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* ** * * * * * *
4329 AGTAATAATGCTTTTAAAAGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCGATTGATATCTTTT
65 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * **********
4394 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACANNNNNNNNNNATCTATT
130 TCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
* * *
4435 TTAATAAAAAATATAAAAAAGATGAACTT-AAAGCTAATTATGCAG-TTATAAAATCATTTAAAG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATCAACTTAAAATC-AATTATG-AGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * * * * * * *
4498 CGAGTGATAAGACTTACGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCCCAATGGATATGTT
63 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* * * * **
4563 TTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAAAATTCAATTATTATCTGGT
128 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
4606 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGC
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGC
* * * * *
4670 GAGTAATAAGAC-TTCTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTATTGGCTATCTT
64 GAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* *
4734 TTTCTTC-TCGTTTCTTGAGGCAGACATTAAATTATTATCTATT
128 TTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
* * * *
4777 TTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAATTATTTAAAGCG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * * * *
4842 AGTAATAAGGCTTTCGAAGATATTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAAATATTTT
65 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* *** * * * *
4907 TCTTC-TCATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTACCTATT
130 TCTTCAT-GTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
* * * *
4948 TTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGT
1 TTAATAAAAAATGTAAAAA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGC
* * * * * *
5012 GAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGGATAGATGATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
64 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * * * * * *
5077 TACATCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTT
129 TTCTTCATGTTTCTT-GAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
* * * * *
5119 TTAATAAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATCAAAGCATTTAAAACG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAAT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * * *
5184 AGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGGATAT-TTTT
65 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * * * **
5248 TTTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTGAATTATAATCTACA
130 TCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
* * * * * *
5289 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCTATTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCA
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * *
5354 AGTTATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTAT--CAATGGATATCTT
65 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGGATATCTT
* ** * * *
5417 TCTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTAAATTATAATTTGTT
128 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
* * *
5460 TTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATAATTTAAAGTG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
5523 AGTAATAAGGCTTT
65 AGTAATAAGGCTTT
5537 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 163, Indels: 46
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.03
170 189 0.21
171 680 0.74
172 23 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
CTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTATT
Found at i:4909 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4264--5536 Score: 1357
Period size: 342 Copynumber: 3.7 Consensus size: 340
4254 NNNNNNNNNN
* *
4264 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACT-TTTAAGGC
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA-TATTTAAAGC
* * * * * * *
4328 GAGTAATAATGCTTTTAAAAGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCGATT-GATATCTT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTATTGGATATCTT
**********
4392 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACANNNNNNNNNNATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGA
129 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAA-A
* * * * *
4457 -TGAACTT-AAAGCTAATTATGCAG-TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGACTTACGAAC
193 TTCAACTTAAAATC-AATTATG-AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-
* * *
4519 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCCCAATGGATATGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGC
255 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGC
* **
4584 AAAAATTCAATTATTATCTGGT
319 AAACATTCAATTATTATCTACT
*
4606 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
* * * *
4671 AGTAATAAGACTTCTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTATTGGCTATCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTATTGGATATCTTTT
* * * * *
4736 TCTTC-TCGTTTCTTGAGGCAGACATTAAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATT
131 TCTTCAT-GTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * *
4800 CAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATAT
195 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CAT
* * * * * *** *
4865 TGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAAATATTTTTCTTC-TCATTTCCCAAGGCAGA
259 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-TTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGCAAA
* *
4929 CATTCAATTATTACCTATT
322 CATTCAATTATTATCTACT
* * *
4948 TTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTG
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
* * * * * * * * *
5013 AGTAAAAAGGCTTTCGAAGGGATAGATGATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTATTGGATATCTTTT
* * * * * * *
5078 ACATCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATG
131 TCTTCATGTTTCTT-GAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * * * *
5142 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATCAAAGCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
195 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCAT
* * * * *
5207 GGGTGGCTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGGATATTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAAACA
259 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACA
* * *
5272 TTGAATTATAATCTACA
324 TTCAATTATTATCTACT
* * * * * *
5289 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCTATTTAAAATTAATTATGAGGTTAT-AAAATCATTTAAAGC
1 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGC
* * * *
5353 AAGTTATAAGGCTTTTGAAGGTATCGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTAT-C-AATGGATATCT
65 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCTATTGGATATCT
* ** * * * *
5416 TTCTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTAAATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAA
128 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * *
5480 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
5537 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 146, Indels: 35
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 24 0.03
340 44 0.06
341 172 0.22
342 522 0.68
343 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTATTGGATATCTTTT
TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATT
CAATTATTATCTACT
Found at i:6428 original size:343 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5962--6593 Score: 730
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
5952 TTTTTTTACA
* * * *
5962 TTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAATGCGAAGAAAAAGATATCCCTT
1 TTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAAT-CGAAGAAAAAGATAACCATT
* * * * *
6027 GACAGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATT
65 GACAGAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAATT
* * * * *
6092 TTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTAATATTTTTTATTAATATAGATTATAAT
130 TTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAA-TATTTTAACATTTTTCATTAAAATAGATAATAAT
6157 TAAATGTTTACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAATATATCCATTGCCAAGAAAAGTACATTTATAG
194 TAAATGTTTACCTCAAGAAACGA-GAAGAAAAATATATCCATTGCCAAGAAAAGTACATTTATAG
* * * *
6221 CCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATATTTTGATAATCTTATAATTGATTTT
258 CCACCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATATTTTGATAATCTTATAATTGATTTT
6286 AAGTTGAAT
323 AAGTTGAAT
* * * *
6295 TTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACAT-GAGGTAAA
1 TTTTT----------ATTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACC-TCAAAAA-ATCGAAGAAAA
* * * *
6359 AGATAACCATTGGCA-AGAAAAGTGCATTTATAATCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTA
54 AGATAACCATTGACAGA-AAAAGTGCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
6423 CTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCACATTTTTCATTAAAA
118 CTTTAAACAATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATATTTTAACATTTTTCATTAAAA
* * *** *
6488 TAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGAGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGT
183 TAGATAATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAATATATCCATTGCCAAGAAAAGT
* * *
6553 CCATTTATAGTCACTAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
248 ACATTTATAGCCACCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
6594 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 41, Indels: 19
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 5 0.02
342 109 0.45
343 123 0.50
344 5 0.02
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATCGAAGAAAAAGATAACCATTG
ACAGAAAAAGTGCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAATTT
TATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATATTTTAACATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTA
AATGTTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAATATATCCATTGCCAAGAAAAGTACATTTATAGCCA
CCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATATTTTGATAATCTTATAATTGATTTTAAG
TTGAAT
Found at i:6487 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5640--7506 Score: 1232
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 170
5630 NNNNNNNNNN
* * * * *
5640 TTATAATTTAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCA
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
5704 TTTATAGTCACCAATGCTTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTTATAATCTTATAA
65 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-ATTTTATAATCTCATAA
*** * *
5768 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATC-TTTTTGGGAAAACATA
129 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTATTAAAATAGA
* * * * * * * * * *
5809 TAATAATTCAATGTTTACCTCGAGAAACGT-AACAAAAATGATATCAATTAGTAAGAAAAGTCTA
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ************************
5873 TTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
* *
5937 NGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAAA
130 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGA
* * * * *
5978 TTATAATTAAATGTTTACC-TCAAGAA-ATGCGAAGAAAAAGATATCCCTTGAC-AGAAAAAGTT
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACAT--GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTC
* * * ** *
6040 CATTTATAGTCACCGATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAACCTCATA
63 CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATA
* * * *
6105 ATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTAATATTTTTTATTAATATAGA
128 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTTTATTAAAATAGA
* * * *
6150 TTATAATTAAATGTTTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAATATATCCATTGCCAAGAAAAGTACA
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
6214 TTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAAT-ATTTTGATAATCTTATAA
65 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT-ATAATCTCATAA
*********
6278 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATAGA
129 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTATTAAAATAGA
* * * * *
6321 TTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGAGGTAAAAGATAACCATTGGCAAGAAAAGTGCAT
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** *
6386 TTATAATCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTACTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* *
6451 GATTTTAAGTTGAATATTTTCACATTTTTCATTAAAATAGA
131 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGA
* * * ** *
6492 TAATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGA-GAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** *********** *
6556 TTTATAGTCACTAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCANNNNNNNNNNTTATAATCACATAAT
65 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
*
6621 TGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGA
130 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGA
* * * * ** * * * *
6663 TAATAGTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGACCAT
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
6728 TTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTAATAATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
*********
6793 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAATAGA
131 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTATTAAAATAGA
* * * * * * * * *
6834 TAATAATTGAATGTCTGCC-CGAGGAAACGA-GAAGAAAAGGATATCCATTGGTAAGAGAAGTCC
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGA-AAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ********** *
6897 ATTTATAGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAACCTCATAA
64 ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
* * * **
6962 TTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACCAGA
129 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGA
* * * * * * *
7005 TAATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAATATGAAGAAAAACATATCCATTGAG-AGGAAAAGTCC
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTCC
* ** * * * * *
7068 ATTTACAGTCACCCATACGGTCGTAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCGCATAA
64 ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
* * * *
7133 TT-AGCTTTAAGTTTAATTTTTTTATATATTTTATTAAAAGAGA
129 TTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAATAGA
* * * ** * * **********
7176 TTATACTTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCNNNNNNNNNNAAAGTCCAT
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
7241 TTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* * *
7306 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTTATTAAAATAGA
131 GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTTTATTAAAATAGA
* * ** * * * * *
7348 TTATAACTAAATGTTTACCTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATGCATTAGCAAGAACAGTCTAT
1 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
7413 TTATAGTCACCGATACCTTCGAAATCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATATAATAATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* * *
7478 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
131 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
7507 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1304, Mismatches: 355, Indels: 77
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 28 0.02
169 159 0.12
170 38 0.03
171 784 0.60
172 287 0.22
173 5 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGA
Found at i:8675 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7913--9091 Score: 1166
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
7903 NNNNNNNNNN
* *
7913 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTCAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTATTAAAACAGA
* *
7978 TTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
** * * * *
8042 TTTATAGTAACCATTACCTTTGAAAGCCTTTTTAGTCGCTTTAAATG-TTATTATAATCTCATAA
131 TTTATAGCCACCA-TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATT-TTATAATCTCATAA
* ********* * * * * * *
8106 TTGA-TTTTANNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTAATAATTGAATGTCTGCCTCA
194 TTAATTTTTA-GTTAAATTTTTTAAATTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * *
8170 AGAAATGAGAAGCAAAAGATATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATACCTTCGA
257 AGAAAT-ATAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCGA
*********
8235 AAG-CCTNNNNNNNNNNTTT
320 AAGTCCT-ATTACTCGCTTT
* *
8254 AAATGATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TGTTTTATTAAATCAG
1 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGT-TTTTATTAAAACAG
* * * *
8318 ATTATAATTAAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGTAGAAAAAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * *
8382 ATTTCTAGTCACCGATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAAGATTTCATAATCTCATAA
130 ATTTATAGCCACC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAA
* *
8447 TTAATTTTTAGTTGAATTTTTTAAAAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
194 TTAATTTTTAGTTAAATTTTTT-AAA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * *
8512 AGAAATATAAAAAGAAATATATCCATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-CCGTTCG
257 AGAAATATAAGAA-AAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACC-TTCG
* *
8576 AAAGTCCTGTTACTTGCTTT
319 AAAGTCCTATTACTCGCTTT
* * * *
8596 AAAT-ATTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
1 AAATGATT-TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTATTAAAACAG
* * * * * *
8659 ATAATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTTAAGAAAAATATATCCATTGATAA-AAAAGTCT
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * *
8722 ATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATA-ATTTTATAACCTCATA
130 ATTTATAGCCAC-CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATA
* * * * * *
8786 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATTTTTACCTT
193 ATTAATTTTTAGTTAAATTTT-TTA-AATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
8851 GAGAAACGT-TAAGAAAAAGATAT-CAGCTGGCAGGAACAGTCCATTTATAATCACCGATACCTT
256 GAGAAA--TATAAGAAAAAGATATCCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTT
*
8914 CGAAAGTCTTATTACTCGCTTT
317 CGAAAGTCCTATTACTCGCTTT
* * * * * * * **
8936 AAATGATTTTATAATCTCATACTTTATTTTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTTATTAACATGGA
1 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTATTAAAACAGA
* * *
9000 TTATAATTGAATGTTTA-CTATGAGAAACGTGAAGAAAGAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
*
9064 TTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCC
131 TTTATAGCCA-CCATACCTTCGAAAGCC
9092 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (338 bp):
AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTATTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
TTTATAGCCACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATT
AATTTTTAGTTAAATTTTTTAAATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
ATATAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCGAAAGTCC
TATTACTCGCTTT
Found at i:9026 original size:170 final size:169
Alignment explanation
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7903 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7913 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTCAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * *
7978 TTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
8043 TTATAGTAACCATTACCTTTGAAAGCCTTTTTAGTCGCTTT
130 TTATAGTCACCA-TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ********** ** *
8084 AAATG-TTATTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTACATTTTTGGTTAAAATAGG
1 AAATGATT-TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * ** * ** * * * *
8148 TAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGAGAAGCAAAAGATATCCATTAGTAAAAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* **********
8213 TTCTAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNNTTT
130 TTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
8254 AAATGATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTTATT-AAATCAG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-AG
* *
8318 ATTATAATTAAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGT-AGAAAAAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTC
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* *
8381 CATTTCTAGTCACCGATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTT
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* * * * * *
8425 AAAAGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTAAAAGTTTTTATTAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * ** *
8490 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA--TATAAAAAGAAATATATCCATTACCAAGAAAAGTCT
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* *
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* * * *
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1 AAATGATT-TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATAG
* ** * ** *
8659 ATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTTAAGAAAAATATATCCATTGATAA-AAAAGTCTA
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* * *
8723 TTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTT
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* * * *
8765 AAATAATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * * * *
8830 TTATAATTAAATTTTTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGATAT-CAGCTGGCAGGAACAGTCCA
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
8894 TTTATAATCACCGATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
8936 AAATGATTTTATAATCTCATACTTTATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTTATTAACATGGAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
* * * *
9001 TATAATTGAATGTTTA-CTATGAGAAACGTGAAGAAAGAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
9065 TTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCC
130 TTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCC
9092 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 162, Indels: 63
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 82 0.10
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172 12 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:9514 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 9237--9552 Score: 429
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
9227 NNNNNNNNNN
** * * *
9237 TATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
1 TATTTTTATAATCTCATAACGAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAGAA
*** *
9302 TAATTAAATATCTTTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTC-A
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*
9366 CTTATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCCTTTAAA
131 C-CATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCCTTTAAA
* * * **
9400 TATTTTTATTATCTCATAACGGATTTTAAATTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGAGAA
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* * *
9465 TAATTGAATATCCGCCTTTAGAAACATGAAGAACAAA-ATATCGAAAAAAGACCATTTATAGTCA
66 TAATTAAATATCCGCCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCA
*
9529 ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
130 ACCATGCCTTCAAAAGCATTATTA
9553 CTTGNNNNNN
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 19, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 127 0.96
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Consensus pattern (163 bp):
TATTTTTATAATCTCATAACGAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAGAA
TAATTAAATATCCGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCAA
CCATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCCTTTAAA
Done.