Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397424.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1363.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20694
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 2152 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:299 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--642 Score: 742
Period size: 173 Copynumber: 3.7 Consensus size: 172
* * * *
1 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCATTTTTCTTCACCTTTCTCA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* *
66 AGGTTAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT--ACAAAGCATTCAAATTAAAATC
66 AGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAA--ATTCAACTTAAAATC
* * *
128 AATTTTGATATTATAAAAGCATTTAATGCGAGTAATAATACTTTTG
128 AATTTTGACATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTA
* * * * **
174 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCATTGAATGCCTTTTTTCTTCATGTTTCTTG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
*
239 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTGAACTTAAAATCAAT
66 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
304 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTTC
131 TTTGACATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTA
* ** * * *
347 AAGGAATGGATGACTATAAATAAACTTTTTTTGCAAATGAATGCC-TTTTTCTTTACGTTTCTCA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * * *
411 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATCAAAAAT-AAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
66 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * **
475 TATGGCATTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
131 TTTGACATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTA
* * * * * * *
518 AAGGTACGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTGGCTAATGAATG--TTTTTTCTTCACGTCTCTCG
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * *
581 AGGTAGAGATTCAATTCTATTCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAA-AAAATTCAAGTTAAAATCA
66 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCA
643 TTTAAAGCGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 66, Indels: 15
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 66 0.17
171 92 0.23
172 53 0.13
173 181 0.46
175 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TTTGACATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTA
Found at i:937 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 635--4906 Score: 3429
Period size: 171 Copynumber: 25.0 Consensus size: 170
625 AAATTCAAGT
* * * ** ** * * *
635 TAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
700 ACCAATTAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAATC
66 GCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
764 AAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTA
130 AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* *
806 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * * * * *
871 GCTAAGGAATGTTTTTTTCTTCATGTCTCTTGAGGTAGAGATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
** * * * * *
936 AAAATGTAAAAAAATTCTGCTTCAAGTTAATTATTAGTTTA
131 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** ** ** * * *
977 TAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTCACTATAAATAGACTTTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * ** * * *** * * *
1042 GCCAATGTTTGGCTTTCGCTTTATGTTCCCCGAGGCAGACATTCAGTTCTAGCAT-T-TTTTAAC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA--ATCTGTTTTAAC
* * *
1105 CAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTTAGATTA
129 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
1148 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** **
1213 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCAAAGGA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
1278 AAAATGTAAAAACAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATTA
131 AAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * *
1320 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAATTATAAATAGACTTTTCTA
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
1385 GTCAATGGATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * *
1450 AAAATGCAAACAACTTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTA
131 AAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
1491 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T
* * * * * * * * * ** *
1556 T-CCAATGGATGACTTTTACCTCACG-TTCTCCAAGGCAGACATTTAGTTATAGCCTTTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
1619 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATGACATTA
129 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
1662 TAAAACCATTCAGAGGGAGTAACT-AGGCTTTTGTAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
1725 TTGTCAATGAATACCTTTTT-TTCATGTCTCTTAATGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT
64 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
1789 CAAAAATTTGCAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTA
129 CAAAAA--TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
1833 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * * *
1898 GCCAATGAATGTCATTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
*
1963 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTA
131 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
2003 TAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATAGA-ATTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** **
2066 TACCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAGCATAGCCTGTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
** * *
2130 CAAAAATGTAAAAAATAAAAAACTTAAAATCAATTAAG-GCCTTA
129 CAAAAATGTAAAAAAT--TCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* * * * * * *
2174 TAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAGGGTATGACTGCCTATAAATGGGCTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
2239 GCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-ATCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
2303 AAAAGTGCAAGAGAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
131 AAAA-TGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
2345 TAAAACCTTTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATG-GAAGACTATAAATGGATTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
2409 TCCCAATAAATGACTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCGATTGTAGTCTGTTTTGAT
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
2473 GAAAAATGTAAGAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
129 CAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
2516 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAATGACAATAAATGAACTTTTGTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
2581 GCTAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTCCAA-GTAGACACTCAATTATAGTTTGTTTTAACC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
2645 GAAAATATAAACAAATTTAACTT-AAATCAATTATTAGTTTA
130 AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *** * *
2686 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCGT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * **
2751 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTGT-A---GCCTT--CC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
** * *
2809 AAAAATACAAAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATGACATTA
130 AAAAAT--GTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * ** *
2852 CAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * * * *
2917 GCCAATGAATGCTTTTTGTCTTCACATTTCTCAAGGTAAATATTCAATTATAACCTATTTCAGA-
66 GCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-AC
* *
2981 -AAAAATTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
129 CAAAAA-TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
3024 TAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGGGACTATAAATGGACTTTCCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * ** *
3089 GTTAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTCACC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* *
3153 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATTAGATTA
130 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*** * * ** *
3195 TAAAAAGTTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG-GTAGACTATAAACAGA-TTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
3258 TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTATGTTTTAA
65 TGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * *
3322 TGAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
128 CCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
3366 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAACGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
3431 GCCAATGAATACGTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAATCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
*********** *
3496 AAAATACNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGACATTA
131 AAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * *
3537 TAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTAAAGGTCTGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* **** * * *
3602 GCTAATGAATATGATTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTT--CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
3665 CAAAAATGTAAAAATATTCCACCTAAAAGCAATTATGAGATTA
129 CAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
3708 TAAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATTG-GAGACAATAAATGGACTTTGT-
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTT-TC
* * ** * * *
3771 TTCCCAATGAATAG-CTTTTTCTACACATTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTA
64 TTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
3834 ACAAAAAATATAAAACAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATAA
127 ACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * ** * *
3880 TAAAATCATATAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTAACTATAAATAAACCTTTCTA
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * * *
3945 GCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCA
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
**********
4010 AAAATGTAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTA
131 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
4051 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA-GAATGAGGGACTAT-AATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * * * * * *
4113 -CCAAATGAATGATTTTTTCTACAGGTTTCCTAAGCTA-AGTAGTCAATTATAGTCTCTTTAAAT
66 GCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
4176 GAAAAAAGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
129 CAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * *
4220 TAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATAGACTTTT-TC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-
* ** ** ** * * *
4284 TGCTAATGAATGCAATTTTCTTCACATTTCTCGAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * * *
4349 AAAAATATGCAAGAATTCAAATTAAAATTAATTTTGATATTA
130 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
4391 TAAAACCATTTAAGGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGACTGACTGTAAATGGACTGTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *
4456 CCCAATGATTAACTTTTCCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* ** *
4520 AAAAATGTACAAAGAATTTAGTTTAAAATCAATTTTGAGATTA
130 AAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
4563 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGTGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCT
* * ** *
4627 TACCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAATCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
4692 AAAAATATATGAAGAATTCAA-TCTAAAATCAATTTTGAGATTT
130 AAAAATGTA--AAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
4735 TAAATCCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** * *
4800 ACTAATGAATACCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT-TGGTTTTAACC
66 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACC
4864 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
4906 T
1 T
4907 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3245, Mismatches: 754, Indels: 204
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 7 0.00
165 4 0.00
166 92 0.03
167 26 0.01
168 66 0.02
169 133 0.04
170 258 0.08
171 1791 0.55
172 850 0.26
173 18 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:6201 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5303--7909 Score: 2005
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 170
5293 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
5303 TTTTAAAGGAATGAGTGACTACAACTAGATTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTAC-TTG
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTT-
* * * * *
5367 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAAT
64 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
* * * *
5432 CAATTATTA-ATT-TAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGG
129 CAATTATGAGATTAT-AAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** * * * * *
5474 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGGATGGC-TTTTGCCTCGCG-T
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * ** * *
5537 AC-CAGAAGCAAACATTTAGTTATAATTTTTTTTAACTGAAAATATAAAAAAAATT-AATCTAAA
64 TCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAA
* * * * * *
5600 ATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAACAAGGC
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** * *
5644 TTTTGATGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTC--CACATTT
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * * * *
5707 CTCAATGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTATCTAAAAATGTACAAAGAATTGAAATTAAAA-
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAATTTAAAAT
* * * * * *
5771 CTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGACAAGGC
129 C-AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
5814 TTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACCTT
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTT
** * * *
5878 TCTTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAATATAAAAT
64 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
* * *
5942 CATTTATGAGATTAT-AAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGTC
129 CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
5983 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * *
6048 CTCAAGGTAGACTTTTAATAATAATATATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC
* *
6113 AATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGCAATAAGGC
130 AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
6154 TTTTGAAGGAATAGGCGACTATAAATAAACTTTTCTTATCGATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * * * * *
6219 CTCTAGATAAACATTCAAGTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCAATGTAAAATC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC
* *** * *
6284 AATTAAG-GCCA-TATAAAAGAATTTAAAGCAAGTAATAAGGA
130 AATTATGAG--ATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * **
6325 TTTTGAAGGTATGGTTGGCTAGAAATGAGA-TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATTTT
1 TTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
6389 TATCTAGGTAGAC-TT-AGATTTTCTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAGAATTCAATCTAA
64 TCTCAAGGTAGACATTCA-A--TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAA
*
6452 AATCAATTATGCA-ATTATAAAACTTTTTAAAGCCG-GTAATAAGGC
126 AATCAATTATG-AGATTATAAAACCTTTTAAAG-CGAGTAATAAGGC
* ** * * * * * * *
6497 TTTTGAAGAAATAGAAGACTATAAATAAACTTTTTTTTCAAATAAATGATTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* * * ** ** * * *
6562 TTCAAGGCA-AGTATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAT
65 CTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
*
6626 CAATTATGAGTTTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
129 CAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
6668 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTT-TTCATGTT
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTTCTTCACGTT
* ** * * * * * * *
6732 TTTTTAGGTAAACACTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAGAAAAAA-TCAACTTCAAA
64 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAATTTAAAA
* **
6796 TCAATTATG-GCATTATAAAA-TTATTTAAAATGAGTAATAAGGC
128 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
6839 TTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTTCTTTATGTTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
** * ** * * *
6904 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC
* * * * * *
6969 AATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGCC
130 AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** * * * * * * *
7010 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCAAATGGATGGC-TTTTGCCTCACATT
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTT
* * * * * ** * *
7074 CCCCAATGTAGACATTCAGTTATAACCT-TTTTAACCGGAAATG-AAAAAGAATTAAACTTAAAA
64 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAA
* * * * * *
7137 TCAATTATGACATTATAAAACCGTTCAAAGCAAGTAATTAGGT
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** *
7180 TTTTGTAGGAATAGTTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTT-TTTACGTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTTCTTCACGTT
** * * * ** * *
7244 TCTTGATGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTAAATAAAAAATGTACAAAAATTCAAATTAAAA
64 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * *
7309 TCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTACAGTGAGTAAAAAGGC
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
7352 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATG-TTTTTT-TTCACATTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
** ** * * **********
7415 CTTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAANNNNNNNNNNAAATC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC
* *
7479 ACTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGTC
130 AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
7520 TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTATTACCAATGAATCCTTTTTT-TTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* ** ** * *
7583 CTCAAGATAGACATTCAAGCATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAACTTAAAA
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * *
7648 TCAATTAAG-GCATTATAAAACCATTTCAAGCTAGTAATAAGGC
128 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * * * *
7691 TTTTGAGGGTATGGTTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATTAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* * *
7756 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTT-ACCTAAAAATGTAAGAGAATTCAATTTAAAAT
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
* * ** *
7820 CAATTATAAGATTATAAAACCTTTTACAGTAAGTAGTAAGGC
129 CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
7862 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATG
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG
7910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1938, Mismatches: 427, Indels: 142
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 15 0.01
168 119 0.06
169 173 0.09
170 442 0.23
171 836 0.43
172 300 0.15
173 52 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC
TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
Found at i:6625 original size:514 final size:506
Alignment explanation
Indices: 5303--7909 Score: 1700
Period size: 511 Copynumber: 5.1 Consensus size: 506
5293 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5303 TTTTAAAGGAATGAGTGACTACAACT-AGATTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTA-CTT
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTT
* ** * * * *
5366 GTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTTAACT-TAAA
65 -TATTGAGGTAGA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAA-TATAAA
* * * * * ** ** * *
5430 ATCAATTATTA-ATTTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAAG-GCTTGAGTGAC
126 ATCAATTATGAGA-TTATAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGA-AGAC
* * * ** ** * * * * * * *
5493 TATAAATAGACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTGCCTCGC-GTAC-CAGAAGCAAACATTT-A
188 TATAAATAAACTTTTCTTACAAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCA-AGGCAGAC-TTTCA
* * * * * * *
5555 GTTATAATTTTTTTTAACTG-AAAATATAAAAAAAATTAATC-TAAAATCAATTTTGACATTATA
251 ATAATAATATATTTTAA-TGAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * ** *
5618 AAACCATTTAAAGCAAGCAACAAGGCTTTTGATGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
314 AAA-CTTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTAT
* ** * * * * *
5683 CAATGAAT-ACTTTTTTCCACATTTCTCAATGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTATCTAAAA
378 CAATGAATGCCTTTTTTTTACGTTTCTCTA-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * ** * * *
5747 ATGTACAAAGAATTGAAATTAAAA-CTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGACAA
442 ATATA-AAAAAAAT-CAATTAAAATC-AATTATGGCATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAA
5811 GGC
504 GGC
* * * * *
5814 TTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTAGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACCTT
1 TTTTGAAGGAATG-GTGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTT
* *
5878 TCTTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAATATAAAATC
65 TATTGAGGTAGA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATATAAAATC
* * * * **
5943 ATTTATGAGATTATAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
129 AATTATGAGATTATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGAAGACTATAAA
** * * * * *
6008 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACTTTTAATAATAAT
194 TAAACTTTTCTTACAAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACTTTCAATAATAAT
** * * * *
6073 ATATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTA
259 ATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTTTTA
* *
6138 AAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGCGACTATAAATAAACTTTTCTTATCGATGAATG
323 AAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATG
*
6202 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGATAAACATTCAAGTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
387 CCTTTTT-TTTACGTTTCTCTAG-TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * ** *
6267 AAAATCAATGTAAAATCAATTAAGGCCA-TATAAAAGAATTTAAAGCAAGTAATAAGGA
450 AAAATCAAT-TAAAATCAATTATGG-CATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * **
6325 TTTTGAAGGTATGGTTGGCTAGAAATGAGA-TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATTTT
1 TTTTGAAGGAATGG-TGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTT
* * * *
6389 TATCT-AGGTAG-ACTTAGATTTTCTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAGAATTCAATCTAA
65 TAT-TGAGGTAGAACTCA-A--TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAATATAA
*
6452 AATCAATTATGCA-ATTATAAAACTTTTTAAAGCCG-GTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGAAGA
125 AATCAATTATG-AGATTAT-AAACCTTTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGAAGA
* * ** * *
6515 CTATAAATAAACTTTTTTTTCAAATAAATGATTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCA-AGTATTCA
187 CTATAAATAAACTTTTCTTACAAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACT-TTCA
* ** * * *
6579 ATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAA
251 ATAATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
6644 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCA
316 ACT-TTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCA
* * * *
6709 ATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTTTTTAGGTAAACACTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAA
380 ATGAATGCCTTTTTTTT-ACGTTTCTCTA-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAA
* * ** *
6773 ATATAGAAAAAATCAACTTCAAATCAATTATGGCATTATAAAATTATTTAAAATGAGTAATAAGG
442 ATATAAAAAAAATCAA-TTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
6838 C
506 C
* * * **
6839 TTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTTCTTTATGTT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTT
* * * ** *
6903 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATATAAATAAATTCAACT-TAAAA
65 TATTGAGGTAGA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAA-TATAAAA
* * * * * * ** ** * *
6967 TCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTCAAAG-GCTTGAGTGACTA
127 TCAATTATGAGATTAT-AAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGA-AGACTA
* * * ** ** * * * * * * * * *
7031 TAAATAGACTTTTCATGCAAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTCCCCAATGTAGACATTCAGTTA
190 TAAATAAACTTTTCTTACAAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACTTTCAATAA
** * * * *
7096 TAACCT-TTTTAACCG-GAAATGA-AAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
255 TAATATATTTTAA-TGAAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-
* * * * * * * ** *
7158 CGTTCAAAGCAAGTAATTAGGTTTTTGTAGGAAT-AGTTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAA
317 CTTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAA
* * * * * *
7222 TGAATGTCTTTTTTTTTACGTTTCT-TGATGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTAAATAAAAA
381 TGAATG-CCTTTTTTTTACGTTTCTCT-A-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAA
* * * * * * *
7286 ATGTACAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTACAGTGAGTAAAAAG
442 ATATAAAAAAAATC-AATTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG
7350 GC
505 GC
* * * * *
7352 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTTTTACCAATGAATG-TTTTTT-TTCACATT
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTT
* ** * * * **********
7414 TCTTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAATC
65 TATTGAGGTAGA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATATAAAATC
* * * **
7479 ACTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATA
129 AATTATGAGATTAT-AAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATAGAAGACTATA
* * * * ** ** ** * **
7543 AATAGAC-TTTATTACCAATGAATCCTTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAAGCATA
192 AATAAACTTTTCTTACAAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACTTTCAATAATA
*** * ** * * * *
7606 GCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTAAG-GCATTATAAAACC
257 ATATATTTTAATGAAAAA--TATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAA-C
* * * * * * * *** *
7670 ATTTCAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAGGGTATG-GTTGGCTATAAATGGGCTTTTCTT-GCTAA
318 TTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATAAACTTTTCTTATC-AA
* * * * * * *
7733 TTAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTACCTAAAAA
381 TGAATGCCTTTTTT-TT-ACGTTTCTCTA-GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA
* * * * * ** * * *
7797 TGTAAGAGAATTCAATTTAAAATCAATTATAAG-ATTATAAAACCTTTTACAGTAAGTAGTAAGG
443 TATAAAAAAAATCAA-TTAAAATCAATTAT-GGCATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
7861 C
506 C
* * *
7862 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATG-GACTTTTCTTCCCAATGAATG
1 TTTTGAAGGAAT-GGTGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
7910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1684, Mismatches: 340, Indels: 145
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 26 0.02
509 111 0.07
510 308 0.18
511 373 0.22
512 221 0.13
513 275 0.16
514 360 0.21
515 7 0.00
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
TTTTGAAGGAATGGTGACTACAAATGAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTTT
ATTGAGGTAGAACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATATAAAATCAA
TTATGAGATTATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGAAGACTATAAATA
AACTTTTCTTACAAATAAATGATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACTTTCAATAATAATAT
ATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTAAAG
CGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTT
TTTTTTACGTTTCTCTAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATC
AATTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
Found at i:9329 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 8785--15596 Score: 1546
Period size: 343 Copynumber: 19.8 Consensus size: 339
8775 NNNNNNNNCA
* * * *
8785 GACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATG-AATGACTTTTTCTACATGTTTCTCT-AGGT-AAGA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGC-CAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCT-TAAGGTAAACA
* * * * ** * * * *
8846 TTCAATTATAGTTTTTTTTAATGAAAAAT-AAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTT
64 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * * *
8910 ATAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACCTTTCT
128 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGCTTTTT-AAGGAATGGGAGACAATAAATGGA-CTTTTT
* ** * * * *
8975 TGCCCATGAATGTATTTTTTTTTTCACGTTT-CTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTTTTTTTAA
191 TTCAAATGAATG-A-TTTTTTCTACACGTTTCCT-GAGGCAAGCATTCAATTATA-TTTTTTTAA
* * * * *
9039 TCAAAAATATCAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGATATTATATAATCATTTAAAGCGAGTA
252 TCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
*
9104 ATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGT
317 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
9127 GACTATAAACAAAGTTTTCTTGCCAATGAACATGATTTTCTTC-ACAT-TTTC-TAAGG-AAGAC
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAA-ATGATTTT-TTCTACATGTTGCTTAAGGTAA-AC
* **********
9188 ATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGT-AAAAATATTCANNNNNNNNNNAATTATGAGAT
63 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
9252 TATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTTT
127 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG-CTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTTT
* ** * *
9317 TTCTTAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTGAA-
191 TTC-AAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTAT-AT-TTTTTTAAT
* * * * * * * * * *
9381 CAAAAAATGTAAAACAAACTGAACTAAAAATTAATTTTGACATAATAAAACCATATAAAGTGAGT
253 C-AAAAATATAAAA-AAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
*
9446 AATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT
316 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
9470 AACTATAAATAGACCTTCCTAGCCAATG-AATGCTTTTTTCTTCATGTTGCTTAAGGTAAACATT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACATT
* *
9534 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
9599 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTCTTCTTCC
131 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACT-TTTTTTC
* * * * * *
9664 AAATGAATGATTTTTTCTACATGTTTCCTAAGCCAGGCAATCAATTATATTCTGTTTTAATGAAA
194 AAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATATT-T-TTTTAATCAAA
* *
9729 AA-AGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAAT
257 AATA-T-AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
9792 AACGATTTTAAAGGGATTGGT
319 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * *
9813 GACTGTAAATGAACTTTTTTTGCCAATG-AATGTAATGTTTTTC-ACAT-TT-CTTGAGGTTGAA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATG--AT-TTTTTCTACATGTTGCTTAAGG-TAAA
* * * * * * * *
9874 -ATTCGATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAT
62 CATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT--AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * **
9937 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTAT
125 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACT-T
* * * *** * * * * *
10002 TCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGG-TAGACATTAAATTATAATCTGTTT
188 TTTTTCAAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTC-CTGAGGCAAG-CATTCAATTAT-AT-TTTTT
* ** * * * * * * *
10064 TAA-CTAAAAATGTACAAAGTATTTAGCTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
249 TAATC-AAAAATATA-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGC
* *
10128 GAGTAACAAGGC-TTTGAAAGGAATGCGT
312 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGT
* * * * * * * * * * ** *
10156 GACTATAAATGAGCTTTTTTTACTAATG-ACT-ACCTTTTTCTTCACGTTTC-TCGGGCTAGACA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGA-TTTTTTCTACATGTTGCTTAAGG-TAAACA
* * * *
10218 TTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGA
64 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
10281 TTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTT
126 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACT-TT
* * * ** ** * * **
10346 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGG-TTGACATTCNNNNNNNNNNNNNNNNN
189 TTTTCAAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAG-CATTC-----------------
*********************************************************
10410 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
236 --------AATTATATTTTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACA
******************* * * *
10475 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTCGACGGAATGAGT
293 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * *
10522 AACTATAAATAGACCTTTCTAGCCAATG-AATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT-AACATT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACATT
* * *
10585 CAATTATGATCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
66 CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * * *
10649 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTCTTCTTCC
131 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACT-TTTTTTC
* * * * * * * *
10714 AAATGAATGGTTTTTTCTACATGTTTCTTAAGCCAGGCAGTCAATTATATTCTGTTTTAATGAAA
194 AAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATATT-T-TTTTAATCAAA
* * *
10779 AA-AGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATA
257 AATA-TAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
* **
10842 AGGATTTTGAAGGAATTAGT
320 AGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * **
10862 GACTGTAAATGAACTTTT-TCTGCCAATG-AATGTAATTTTTT-TCACAT-TT-CTTGAGGTTGA
1 GACTATAAATAAACTTTTCT-TGCCAATGAAATG--ATTTTTTCT-ACATGTTGCTTAAGGTAAA
* * * * * *
10922 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAT
62 CATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT--AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGA-
* * * **
10986 G-TTATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACT
124 GATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACT
* * * * ** * ** * *
11049 GTTCTTGCCAATGATTCCTTTTTAT-T-CATGTTTCTCT-A-GTTAGACATTAAATTATAATCTG
187 -TTTTTTCAAATGAATGATTTTT-TCTACACGTTTC-CTGAGGCAAG-CATTCAATTAT-AT-TT
* * * * * * * * *
11110 TTTTAACCAAAAATGTACAAATAATTTAGCTTAAAATTAATTTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
246 TTTTAATCAAAAATATA-AAAAAAATTAACTTAAAATCAA-TTATGACATTATAAAATCATTTAA
* * * *
11175 AGTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATGCGT
309 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * * * *
11206 GACTATAAATGAGCTTCTT-TTACTAATG-AAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACA
1 GACTATAAATAAACTT-TTCTTGCCAATGAAATGA-TTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACA
* * * * *
11268 TTCAATTATAACCTGTTTTATCCAAAAATGGACAAAGAA-TTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGA
64 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
11331 TTATAAATCCGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTGTT
126 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACT-TT
* * * ** ** * * ** **
11396 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGG-TTGACATTCAATTATAATCAGTTTTA
189 TTTTCAAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTAT-AT-TTTTTTA
* * * * *
11460 A-CTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGA
251 ATC-AAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGA
*
11523 GTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGT
314 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * * *
11549 GTCTATAAATAGACTTTTCTTACTAAT-TAAT-ATCCTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGACA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGAT-TTTTTCTACATGTTGCTT-AAGGTAAACA
* * *
11611 TTCAATTAT-A--T-TT-TAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTAAAATCACTTTTGAGAT
64 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
11670 TATAAAACCGTATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTC
127 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGA-CTTTT
* * ** * * * * * * *
11735 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG-TAGACATTTAATTATAAACTGTTTTAA
190 TTTCAAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTAT--ATTTTTTTAA
* * * * * * * * *
11799 -CTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAG
252 TC-AAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
* * * *
11863 TAACAAAGCTTTTAAAGGAATGGTT
315 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** * * * * * * **
11888 GACTACAAATGGACTTTTCTTACCAACG-AATGCCTTTTTCTTTACTTG-T-CTCAAGGTCGACA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATG-ATTTTT-TCTACATGTTGCTTAAGGTAAACA
* * * * ** * *
11950 TTCAGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAA-TTCAACTTAAAGGCAATTATTAGTTT
64 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAA-AAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * *
12014 ATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAATAAAGGTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
128 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAAT-AAGCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTT-
* * * * * ** * * * **
12078 ATACCAATGGATGGCTTTTGCCT-CAC-ATTCCAGAAGC-AGACATTCAGGTATAACCTTTTTTT
190 TTTCAAATGAAT-GATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTAT-A--TTTTTTT
* * ** * * * * *
12140 AA-CTGAAAATATAAAAAAAATCAAAATAAAATTAACTATTACATTATAAAACCATTTAAAGTGA
250 AATC-AAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGA
* ********** *
12204 GCAANNNNNNNNNNGAAAGAATGGGT
314 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** ** * *
12230 GACTATAAATAGAA--TTTCTT-CTCAATG-AATTTTTTTTTC-ACAT-TT-CTCGATGTAGACA
1 GACTATAAATA-AACTTTTCTTGC-CAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACA
* * *
12288 TTCAATTATAGTCTGTTTCATAA--AAAAATGTACAAAGAATTT-AAATTAAAA-CTAATTTTGA
64 TTCAATTATAATCTG-TTC-TAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTCAACTTAAAATC-AATTATGA
* * * * ** * * *
12349 TATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTT
124 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG-CTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTT
*********** * ** ** * * * * *
12414 TTCTANNNNNNNNNNGCTCGTTTCTTTACCTTTCTTGAGG-TAGACAATCAATTATAATCTATTT
188 TT-TTTCAAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTAT-AT-TTTTT
* ** * ** * * *
12478 TAA-CCAAAAT-TGTAAAACATTCAACTTAAAATCGCTTATGAGATTATAAAA-CTTTTTAAAGT
249 TAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATC-ATTTAAAGC
* *
12540 GAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGAT
312 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
********** * * * * ** *
12568 GANNNNNNNNNNACTTTTCTTACTAATG-AAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACTT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGA-TTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACAT
* * * ** * *
12631 TCAATAATAATCTATT-TGAACCAAACATGTAAAAAAAATAAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAATCTGTTCT-AACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
12695 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTT-TT
* * * * * * * * ** * * * ***
12760 GTC-GATAAAT-ACCTTTTTCTTA-ATGTTTCTTAAAGTAGATAATT-AAGTATGGTCTGTTNNN
192 -TCAAATGAATGA-TTTTTTC-TACACGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTAT-AT-TTTTTTA
******* * * * * ** *
12821 NNNNNNNATAT-AAAAAAATCAACGTAAAATCAATTAGGGCCCTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
251 ATCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * *
12885 AATAAGGCTTTTGATGGTATGGTT
316 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** *** * * * ** * * ** *
12909 GGTTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATG-AATGCTTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACATT
* * * * * * ********** *
12973 CAATTTTAATCTATTTTAACTATAAATGTAAGAGAA-NNNNNNNNNNAATCAATTATGTGATTAT
66 CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAA-AAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * ** *
13037 AAAACCTTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGAAGAGTATAAATGAACTTTTTTTT
130 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGAC-TTTTTTT
* * * * * * *
13102 CCAATGAATGACTTTTTT-TGCATGTTT-CTCAAGGTAAGCATTCAAATAT-TGTCTGTTTTATT
193 CAAATGAATGA-TTTTTTCTACACGTTTCCT-GAGGCAAGCATTCAATTATAT-T-T-TTTTAAT
* * * **
13164 GAAAAATGT-ATAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGT
253 CAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGT
** *******
13227 AATAACACTTTTGAAGGNNNNNNN
316 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*** * * ** * * * * *
13251 NNNTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG-AATGCCTTTTTCTTCATATCT-CTTGAGGTAGAGAT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCTACATGT-TGCTTAAGGTAAACAT
* * * * * * * *
13314 TCAATTCTAGTTTGTT-TGAATCAAAAGTCTTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTT
65 TCAATTATAATCTGTTCT-AACCAAAAAT-GTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** ** * *
13377 ATAAAATCATTTAAAGCA-AGTAA-AGGCTCTTTCCGAAGGCCTTTGAGTCGCTATAAATAGTGA
128 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGCT-TTT--TAAGGAATGGGAG--ACAATAAAT-G-GA
* * ** * * * ** * * *
13440 CTTTTCGTTGCCAAT-AAGCTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGC-AGATATTCAATTATGGC
185 CTTTT--TTTCAAATGAA--TGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTAT--A
* * * * * * *
13503 CTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAATCATTT
243 TTTTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTT
* * *
13567 AAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
307 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*** ** * *** * * ** ** **
13600 G-CTATAAACGGACTTCACTTGTCAATGAAAACCTTTTTTTTCACAT-TTCCAAAACTTGATATT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCT-ACATGTTGCTTAAGGT-A-AAC
** * * * *
13663 ATTCAATTATAATCTGTTCTAAGAAAAAATATAAAAAA-TTAAAATTAAAATCAATTATAAGATT
63 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
13727 ATAAAACTATTCAAAGTA-AGTAACAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTT
128 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTTT
* * * * * * ** * * * *
13791 TGGCCAATGATTGCCTTTTTT-TTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
191 T-TCAAATGAATG-ATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATA-T-TTTTTTAA
* * * * * *
13855 -CTAAAAATGT-AAACAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATTAGC-TTACAAAACCATTTAAAGCA
252 TC-AAAAATATAAAAAAAATT-AACTT-AAAATCAATTATGA-CATTATAAAATCATTTAAAGCG
* ** *
13916 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
313 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * ** * * *
13943 GACTATAAATGGAA-TTTTCGTGCTAATG-GATGGCTTTTGCCT-CACGTT-CTCCAAGGCT-GA
1 GACTATAAAT-AAACTTTTCTTGCCAATGAAAT-GATTTTTTCTACATGTTGCT-TAAGG-TAAA
* * * * *
14003 CATTCAATTAT-AGC-CTT-T---GAAAAATGCAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATG-GC
62 CATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTC-AACTTAAAATCAATTATGAG-
* * * * * ** * *
14060 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGAGTATTAAT-GCCTTT
125 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
14124 TGTTGCCAATGAATGCTTTTTGTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTT
189 T-TTTCAAATGAATGATTTTT-TCTACACGTTTCCT-GAGGCAAGCATTCAATTAT-AT-TTTTT
* ** * * * * *
14188 CAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCG
249 TAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCG
* *
14253 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGG
313 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** * * * *** *
14280 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATG-AAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGTAAGCAT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGA-TTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACAT
* * * * * * * *
14343 TCAGTTATAATCTGTTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTTAGATTGT
65 TCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAA---TT--A-TG-
* * * * ** ** * *
14408 AAAAAGTTTTAAAGCTAGTTTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAACGTGG-GACTATAAA
123 --AGA-TTATAAAACCA--TTTAAAGAGAGTAAT-AAGCTTTTTAAGGAATG-GGAGACAATAAA
* * * * * *
14472 TAGACTTTTTTTCTTAATGAATGGCTTTTTT-TACACTTTTCTTGAGGTAAGCATTCAATTATAG
181 TGGACTTTTTTTC-AAATGAAT-GATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATA-
* * * * * ** *
14536 TCTGTTTTAATGAAAAATA-CAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGTTTATAAAACCATT
243 T-TTTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATT
*
14600 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGT
306 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * **
14634 GACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-AATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGTCA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGAT-TTTTTCTACATGTTGCTT-AAGGTAAACA
* * * * *
14696 TTCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
64 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * *
14761 TAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
129 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGAC-TTTTTT
* * * * * * ** * * * *
14826 TACCAATGAATGCCTTTTGTCTTCACATTT-CTCATGTTATGCATTCAATTATAATCTGTTTCAG
192 T-CAAATGAATG-ATTTTTTCTACACGTTTCCTGA-GGCAAGCATTCAATTAT-AT-TTTTTTAA
* * * ** *
14890 CCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGGGATTATAAAA-CTATTTAAATCGAG
252 TCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAG
*
14953 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
315 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** * * * * * ** **
14978 AACTATAATTGGACTTTTCGTACCAACG-AATG-TCTTTTTCTTCAAG-TGTCTCGAGGTAGGCA
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGAT-TTTTTCTACATGTTG-CTTAAGGTAAACA
* * * * *
15040 TTAAATTATAATTTGCCTTC--ACAAAAAATAT-AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA
64 TTCAATTATAATCTG--TTCTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
15102 TTATAAAAACTTTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAGGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTT
126 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG-CTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGA-CTTT
** ** * * * * * *
15167 TCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGACAGGCATTCAATTATAGTATATTTTA
189 T-TTTCAAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATA-T-TTTTTTA
* * * * ** * *
15232 ATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGGAAACCATTTAAAACGAGT
251 ATCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
*
15297 AATAACGCTTTTGAAGGAATGGGT
316 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** * * * ** *
15321 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACG-AATG-TTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTCAACATT
1 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACATT
* * ** * *
15384 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAATCTGTACAAAGAA-TTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTA
66 CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
15448 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTT-TT
* * * * * * * *
15513 CCAAATGAATTG-CTTTTTATACACATTT-TTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTCAAT
192 TCAAATGAA-TGATTTTTTCTACACGTTTCCT-GAGGCAAGCATTCAATTATA-T-TTTTTTAAT
* * *
15576 GAAAAATGTAAAAAAATTTAA
253 CAAAAATATAAAAAAAATTAA
15597 TCTATAGTCG
Statistics
Matches: 4875, Mismatches: 1270, Indels: 650
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
334 6 0.00
335 31 0.01
336 113 0.02
337 121 0.02
338 268 0.05
339 224 0.05
340 125 0.03
341 436 0.09
342 593 0.12
343 1404 0.29
344 717 0.15
345 81 0.02
346 16 0.00
347 12 0.00
348 36 0.01
349 116 0.02
350 55 0.01
351 29 0.01
352 5 0.00
353 9 0.00
354 165 0.03
355 77 0.02
356 17 0.00
357 7 0.00
362 5 0.00
363 111 0.02
364 9 0.00
365 23 0.00
366 58 0.01
367 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAATGATTTTTTCTACATGTTGCTTAAGGTAAACATT
CAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGCTTTTTAAGGAATGGGAGACAATAAATGGACTTTTTTTCAA
ATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATATTTTTTTAATCAAAAATA
TAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGT
Found at i:9635 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8379--10369 Score: 1381
Period size: 172 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
8369 NNNNNNNNNN
* * * *
8379 AAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGAATGGATGA-
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * *
8443 TGATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTGTCTTCATATTTCTGAAAGTAAACATTCA
66 T-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
* ** * *
8508 ATTATAA-CATGTTTCAGTCAAAACTGTTAAAAAAACTCAACTTA
129 ATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTA
* ********** * * *
8552 AAATCAACTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAGGG-GA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGA
** * **
8616 CTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TAGAGGTAGGCATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAAACATTCA
* * *
8680 ATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *** * *********************
8723 AAATCAATTATTAGATTATAAAAAGTTTTAAAGCTAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
8788 TATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGAC-TTTTTCTACATGTTTCTCT-AGGT-AAGATTC
66 TATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTC
* * * ** *
8849 AATTATAGTTTTTTTTAATGAAAAAT-AAAAACAAATTCAACTTA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * ********** *
8893 AAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * * **
8958 AATAAATAGACCTTTCTTGCCCATGAATGTATTTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG--CTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
* * * * * *
9023 ATTATAGT-TTTTTTAATCAAAAATATCAAAAAATTTAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
9065 AAATCAAATATGATATTATATAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
*** * * *
9130 TATAAACAAAGTTTTCTTGCCAATGAACATGATTTTCTTC-ACAT-TTTC-TAAGG-AAGACATT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-ATGCTTTT-TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAA-ACATT
* * * *****
9191 CAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTCANNNNN
127 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
***** * * * * *
9236 NNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGAGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * * * *
9301 AATAAATGGACTTTT-TTTCTTAATGAATGGC-TTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAAGCATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
* * * * *
9364 ATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAACAAACTGAACTAA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * * * * * * *
9408 AAATTAATTTTGACATAATAAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTAAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * *
9473 TATAAATAGACCTTCCTAGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTGCTTAAGGTAAACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAT
*
9538 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
9579 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** ** *
9644 TATAAATGGACTCTTCTT-CCAAATGAATGATTTTTTCTACATGTTTCCTAAGCCAGGCAATCAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAA
* ** *
9708 TTATATTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAAATT-AACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTA
** * * * * * *
9751 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTTAAAGGGATTGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** * *
9816 TGTAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATG-TAATGTTT-TTCACATTTCTTGAGGTTGAA-ATTC
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT--TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-TAAACATTC
* * * * * *
9878 GATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
9923 AAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * *
9988 TGTAAATGGACTATTCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTAAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAA
* ** * *
10051 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGTATTTAGCTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * * * *
10094 AAATCTATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGC-TTTGAAAGGAATGCGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGA
* * * * * * * ** *
10158 CTATAAAT-GAGCTTTTTTTACTAATGACTACCTTTTTCTTCACGTTTC-TCGGGCTAGACATTC
65 CTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-TAAACATTC
* * *
10221 AATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAC-TA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTA
* * * * *
10266 AAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
10331 TATAAATGGACTGTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
10370 GACATTTCTT
Statistics
Matches: 1395, Mismatches: 372, Indels: 103
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 14 0.01
170 129 0.09
171 492 0.35
172 630 0.45
173 121 0.09
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:10392 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8379--15540 Score: 3134
Period size: 171 Copynumber: 41.6 Consensus size: 172
8369 NNNNNNNNNN
* * * * * *
8379 AAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGAATGGATGA-
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * *
8443 TGATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTGTCTTCATATTTC-TGAAAGTAAACATTC
66 T-ATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACATTTCTTG-AGGTAGACATTC
* ** * * *
8507 AATTATAA-CATGTTTCAGTCAAAACTGTTA-AAAAAACTCAACTTA
128 AATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATG-TACAAAGAATTCAACTTA
* * ********** ** * *
8552 AAATCAACTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAGGG-GA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGA
* *** ** * *
8616 CTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGGCATTCAA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * *
8681 TTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACCTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
*** *********************
8723 AAATCAATTATT-AGATTATAAAAAGTTTTAAAGCT-AGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAG
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * ** *
8786 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTACATGTTTCTCT-AGGTA-AGATT
64 ACTATAAATGGACTCTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGTAGACATT
* * * ** * *
8848 CAATTATAGTTTTTTTTAATGAAAAA--TAAAAACAAATTCAACTTA
127 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-GAATTCAACTTA
* * * ********** *
8893 AAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** * * * *
8958 AATAAATAGAC-CTTTCTTGCCCATGAATGTATTTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTC
66 TATAAATGGACTC-TTCTTACCAATGAATG--CCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTC
* * * * * *
9022 AATTATAGT-TTTTTTAATCAAAAATAT-CAAAAAATTTAACTTA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * * * *
9065 AAATCAAATATGATATTATATAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
*** * * * * * *
9130 TATAAACAAAGTTTTCTTGCCAATGAACATG--ATTTTCTTCACATTT-TCTAAGGAAGACATTC
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATG-A-ATGCCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGTAGACATTC
* * *****
9192 AATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAA-ATATTCANNNNN
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGA-ATTCAACTTA
***** * * * * * *
9236 NNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGAGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * * * *
9301 AATAAATGGACT-TTTTTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCA-AGCATTCA
66 TATAAATGGACTCTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGA-CATTCA
* * * * * *
9364 ATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATGTA-AAACAAACTGAACTAA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-GAATTCAACTTA
* * * * * *
9408 AAATTAATTTTGACATAATAAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTAAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * ** * * *
9473 TATAAATAGAC-CTTCCTAGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTGCTTAAGGTAAACATTCAA
66 TATAAATGGACTCTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
9537 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTCAACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAACTTA
* * *
9579 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
** * ** * * ** * *
9644 TATAAATGGACTCTTCTT-CCAAATGAATGATTTTTTCTACATGTTTCCTAAGCCAGGCAATCAA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* ** * * *
9708 TTATATTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAAATT-AACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-ACAAAGAATTCAACTTA
* ** ** * * * * *
9751 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTTAAAGGGATTGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * ** * * * *
9816 TGTAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGTAATGTTT-TTCACATTTCTTGAGGTTGAAATTCGA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATG-CCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * *
9880 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * *
9923 AAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** *
9988 TGTAAATGGACTATTCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTAAA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGTAGACATTCAA
* * * *
10051 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGTATTTAGCTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * *
10094 AAATCTATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGC-TTTGAAAGGAATGCGTGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGA
* * * * * * *
10158 CTATAAAT-GAGCTTTTTTTACTAATGACTACCTTTTTCTTCACGTTTCTCG-GGCTAGACATTC
65 CTATAAATGGA-CTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG-TAGACATTC
* *
10221 AATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAC-TA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTC-AACTTA
* * *
10266 AAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
10331 TATAAATGGACTGTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGGTTGACATTCNNN
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTC---
*********************************************
10396 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 ---AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
************************************************* * **
10444 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG-AGTAATAAG-G-C
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* ** * * *** * * * * *** *
10506 TTTCGACGGA--ATGAGTAACTATAAATAGACCTTTCTAGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAAT-G-CCTTT-T--TC--T---T-CACATTTCTTGA-G-
* * ** * * * * *** * ** ** * *
10569 TTCTTGA-GGTAACATTCA-ATTATGATCTGT-TTTAACCAAAATGTAAAAAATTTCAACTTA
118 --GTAGACATTCA-ATT-ATAATCTG-T-TTTAACCAA-AAATGTACAAAGAATTC-AACTTA
* **
10629 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
** * ** * ** * *
10693 CTATAAATGGACTCTTCTT-CCAAATGAATGGTTTTTTCTACATGTTTCTTAAGCCAGGCAGTCA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
* ** * * *
10757 ATTATATTCTGTTTTAATGAAAAAAGTA-AAAAAATTTAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* ** ** * **
10800 AAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATTAGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** *
10865 TGTAAATGAACT-TTTTCTGCCAATGAATGTAATTTTT-TTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCA
66 TATAAATGGACTCTTCT-TACCAATGAATG-CCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * *
10928 ATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* *
10972 AAATCAATTTTGATG-TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * ** * *
11036 CTGTAAATGGACTGTTCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTATTCATGTTTCTCT-AGTTAGACATTAA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGTAGACATTCA
* * *
11099 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAATAATTTAGCTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * *
11143 AAATTAATTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATGCGTGA
1 AAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * ** *
11208 CTATAAAT-GAGCTTCTT-TTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTC
65 CTATAAATGGA-C-TCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTC
* * *
11271 AATTATAACCTGTTTTATCCAAAAATGGACAAAGAATTCAAAC-TA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTC-AACTTA
* * *
11316 AAATCAATTTTGAGATTATAAATCCGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * *
11381 TATAAATAGACTGTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGGTTGACATTCAAT
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * *
11446 TATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * *
11487 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGTC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * ** *
11552 TATAAATAGACTTTTCTTACTAATTAATATCC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
*
11616 TTAT-A----TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * * *
11654 AAATCACTTTTGAGATTATAAAACCGTATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* *
11719 TATAAATGGAC-CTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAA
66 TATAAATGGACTC-TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * *
11783 TTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * *
11826 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTAAAGGAATGGTTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** * *
11891 TACAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGCCTTTTTCTTTAC-TTGTCTCAAGGTCGACATTCAG
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATT-TCTTGAGGTAGACATTCAA
* *
11955 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTA-AACA-AATTCAACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAA-AGAATTCAACTTA
** * * ** ** *
11997 AAGGCAATTATT-AGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTTGAAGGCTTGAGTG
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * ** * *
12060 ACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCCTCACA-TTCCAGAAGCAGACATTCA
64 ACTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
** * * ** * * * **
12124 GGTATAACCTTTTTTTAACTGAAAATATA-AAAAAAATCAAAATA
129 ATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * ********** *
12168 AAATTAACTATT-ACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAANNNNNNNNNNGAAAGAATGGGTGA
1 AAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * *
12232 CTATAAATAGAAT-TTCTT-CTCAATGAAT---TTTTTTTTCACATTTCTCGATGTAGACATTCA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * *
12292 ATTATAGTCTGTTTCATAA--AAAAATGTACAAAGAATTTAAATTA
129 ATTATAATCTGTTT--TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * **
12336 AAA-CTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGA
1 AAATC-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * ********* * * * *
12400 CTATAAATAGACTTTTC-TANNNNNNNNNNG-CTCGTTTCTTTACCTTTCTTGAGGTAGACAATC
65 CTATAAATGGACTCTTCTTA-CCAATGAATGCCT-TTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTC
* * *
12463 AATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTA-AAA-CATTCAACTTA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
** * ** * * *
12506 AAATCGCTTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGATGAN
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
********* * * * * ** *** * *
12571 NNNNNNNNNACTTTTCTTACTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAAT
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * * *
12636 AATAATCTATTTGAACCAAACATGTA-AAAAAAATAAATTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * *
12677 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* ** * * * * ** * * *
12742 TATAAATGGACTTTTCTTGTCGATAAATACCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAAGTAGATAATT-AA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGA-CATTCAA
* ** ********** * * *
12806 GTATGGTCTGTTNNNNNNNNNNATATA-AAA-AAATCAACGTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * ** * * * * *
12847 AAATCAA-TTAGGGCCCTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGGTTGG
1 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * ** * * * *
12911 TTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCAA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * * * *********
12976 TTTTAATCTATTTTAACTATAAATGTA-AGAGAANNNNNNNNN
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * * * ** *
13018 NAATCAATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGAAGAG
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * ** **
13083 TATAAATGAACTTTTTTTTCCAATGAATGACTTTTT-TTGCATGTTTCTCAAGGTA-AGCATTCA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACATTTCTTGAGGTAGA-CATTCA
* ** *** * *
13146 AATATTGTCTGTTTTATTGAAAAATGTATAAA-AATTGAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * ** **********
13189 AAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACACTTTTGAAGGNNNNNNNNNN
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * * *
13254 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATCTCTTGAGGTAGAGATTCAAT
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
13319 TCTAGTTTGTTTGAATCAAAAGTCTTA-AAA-AATTCAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTACAAAGAATTCAACTTA
* * ** **
13360 AAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAGT-A-AAGGCTCTTTCCGAAGGCCTTTG
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTT--GAAGG--AATG
* * * * * ** *** *
13422 AGTCG-CTATAAATAGTGACTTTTCGTTGCCAAT-AAGCTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATG
60 GGT-GACTATAAAT-G-GACTCTTC-TTACCAATGAA--TGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG
* * *** *
13485 CAGATATTCAATTATGGCCTTTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AAGTTCAACTTA
119 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAACTTA
* * * *
13538 AAATCAATTTTTAGATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG-C
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * ** ** * *** ** * *
13602 TATAAACGGACT-TCACTTGTCAATGAAAACCTTTTTTTTCACATTTCCAAAACTTGATATTATT
66 TATAAATGGACTCT-TCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-CTTGAGGT-AGA-CATT
* ** * * *
13666 CAATTATAATCTGTTCTAAGAAAAAATATA-AAA-AATTAAAATTA
127 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * * * *
13710 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTCAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * * ** * * *
13775 TATAAATAGACT-TTTTTGGCCAATGATTGCCTTTTTTTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAA
66 TATAAATGGACTCTTCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* *
13839 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AACA-AATTCAA-TTAA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAA-AGAATTCAACTT-A
* * ** * ** *
13881 AAATCAATTATT-AGCTTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * * * * * **
13945 CTATAAATGGAATTTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGCCTCAC-GTTCTCCAAGGCT-GACATTC
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGG-TAGACATTC
* * * * *
14008 AATTAT-AGC--CTTT---GAAAAATGCA-AAAAAATTCAAAC-TA
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTC-AACTTA
* * * *
14046 AAATCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * * * ** *
14110 GTATTAAT-GCCTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTGTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * * *
14174 ATTATAATCTATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * ** * *
14218 AAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGGGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *** * ** ** *
14283 TATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGTA-AGCATTCAG
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGA-CATTCAA
* * * * *
14347 TTATAATCTGTTTTTACTAAAAATATA-AAAAAATTGAACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * * *
14389 AAATTAATTTTTAGATTGTAAAAAGTTTTAAAGCTAGTTTTAAAGCT-AGTAATAAAGCTTTCGA
1 AAATCAA-TTTT-GA--G-----A-TTATAAAACCA--TTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * *
14453 AGGAACGTGG-GACTATAAATAGACT-TTTTTTCTTAATGAATGGCTTTTT-TTACACTTTTCTT
53 AGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTCTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CACATTTCTT
* ** *
14515 GAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA--TACAAAACAATTCAACTTA
115 GAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAC-AAAGAATTCAACTTA
* * * * *
14572 AAATCAATTATCAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** * *
14637 TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGTCATTCAAT
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * *
14702 TATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * *
14743 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * *
14807 CTATAAATGAACTTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTGTCTTCACATTTC-TCATGTTATG-CAT
65 CTATAAATGGAC-TCTTCTTACCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACATTTCTTGA-GGTA-GACAT
* * *
14870 TCAATTATAATCTGTTTCAGCCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
126 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * * *
14916 AAATCAACTATGGGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * * * *
14980 CTATAATTGGACTTTTCGTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCA-AGTGTCTCGAGGTAGGCATTAA
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGTAGACATTCA
* ** * * *
15044 ATTATAATTTGCCTTCACAAAAAATATA-AAA-ATATTCAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGA-ATTCAACTTA
* * * * * * *
15087 AAATCAATTATT-AGATTATAAAAACTTTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAGGGAATGAGAGA
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * * ** * ** *
15151 CTATAAATGGATTTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGACAGGCATTCA
65 CTATAAATGGA-CTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * ** * *
15216 ATTATAGTATATTTTAATGAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* ** ** * *
15259 AAATCAATTATGAGATTAGGAAACCATTTAAAACGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGGC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** *
15324 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATG-TTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTCA-ACATTCAA
66 TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGT-AGACATTCAA
* **
15387 TTATAATCTGTTTTAACTAAATCTGTACAAAGAATTCAACTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
* * * * *
15430 AAATTAATTATT-AGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGA
1 AAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * *
15494 CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATTG-CTTTTTATACACATTT
65 CTATAAATGGACTCTTCTTACC-AATGAA-TGCCTTTTTCTTCACATTT
15541 TTCAAGGCAA
Statistics
Matches: 5218, Mismatches: 1512, Indels: 519
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 23 0.00
165 92 0.02
166 27 0.01
167 146 0.03
168 93 0.02
169 25 0.00
170 518 0.10
171 1902 0.36
172 1562 0.30
173 439 0.08
174 33 0.01
175 28 0.01
176 15 0.00
177 26 0.00
178 87 0.02
179 14 0.00
180 8 0.00
181 11 0.00
182 9 0.00
183 115 0.02
184 9 0.00
185 4 0.00
186 7 0.00
187 2 0.00
188 14 0.00
189 2 0.00
190 7 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
TATAAATGGACTCTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
Found at i:11217 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 10493--15593 Score: 2964
Period size: 343 Copynumber: 14.9 Consensus size: 343
10483 NNNNNNNNNN
* * * *
10493 TGAGTAATAAGGCTTTCGACGGAATGAGTAACTATAAAT-AGACCTTTCTAGCCAATGAATG--C
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTA-CCAATGAATGTAC
* *
10555 TTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-ACATTCAATTATGATCTGTTTTAACC-AAAATGT--AAA
64 -TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAA
* * *
10616 AAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTG
128 GAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTTG
* ** * ** * ** *
10680 AAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTCTTCTT-CCAAATGAATGGTTTTTTCTACATGTTTCTTA
191 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTG
** * * * * *
10744 AGCCAGGCAGTCAATTATATTCTGTTTTAA-TGAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
255 AGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
**
10808 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
319 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * * *
10833 CAAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATTAGTGACTGTAAATGAACTTTTTCTGCCAATGAATGTAAT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTACCAATGAATGTACT
** * *
10898 TTTT-TTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGA
65 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAGA
*
10962 ATTCAAATTAAAATCAATTTTGATG-TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
130 ATTCAAATTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
* * * **
11026 GAATGGGTGACTGTAAATGGACTGTTCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTATTCATGTTTCTCT-AGT
194 GAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGT
* * * * * * *
11089 TAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAATAATTTAGCTTAAAATTAATTTT
258 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTA
11154 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG
321 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
11177 TGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATGCGTGACTATAAATGAGCTTCTTTTACTAATGAA--TACC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTT-TTCTACCAATGAATGTA-C
* * * *
11240 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTATCCAAAAATG-GACAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTG-CAAA
* * *
11304 GAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCGTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAA
128 GAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * *
11369 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTGTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGG
193 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGA-G
*
11434 TT-GACATTCAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
257 TTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
11498 GAGATTATAAAACCTTTTAAAG
322 GAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
11520 TGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGTCTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAATTAATAT-C
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
* * *
11583 CTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAA-T-T-A--TATTTTAACCAAAAATGTACAAAG
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAG
* * * * *
11643 AATTCAAATTAAAATCACTTTTGAGATTATAAAACCGTATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAA
129 AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
*
11708 GAATGGGTGACTATAAATGGACCT-TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG
194 GAATGGGTGACTATAAATGGA-CTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGT
* * * * *
11772 TAGACATTTAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTT
258 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
11837 GAGATTATAAAACCAGTTAAAG
322 GAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
11859 TGAGTAACAAAGCTTTTAAAGGAATG-GTTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATG-CC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
* * ** * * *
11922 TTTTTCTTTACT-TGTCTCAAGGTCGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT--AAA
64 TTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAA
* * ** * * ** *
11984 CAAATTCAACTTAAAGGCAATTATT-AGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTT
128 -GAATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-CAAGGCTTTT
** * * * * * * * * **
12047 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCCTCACA-TTCCAG
190 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTG
* ** * * * * * ** *
12111 AAG-CAGACATTCAGGTATAACCTTTTTTTAACTGAAAATATAAAAAAAATCAAAATAAAATTAA
255 -AGTTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
12175 CTATTACATTATAAAACCATTTAAAG
318 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ********** * * *
12201 TGAGCAANNNNNNNNNNGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAA--TTTCTTCTCAATGAAT-T--
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTAC-CAATGAATGTAC
** * * * * *
12261 TTTTT-TTCACATTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCATAA--AAAAATGTACAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT--TAACCAAAAATGTGCAA
* * * *
12323 AGAATTTAAATTAAAA-CTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTA
127 AGAATTCAAATTAAAATC-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTG
** * * *********** * * *
12387 AAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTANNNNNNNNNNG-CTCGTTTCTTTACCTTTCTTG
191 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCACATTTCTTG
* * * * * * **
12451 AGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGT-AAAACATTCAACTTAAAATCGCTT
255 AGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
**
12515 ATGAGATTATAAAACTTTTTAAAG
320 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ********** *
12539 TGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATG-GATGANNNNNNNNNNACTTTTCTTACTAATGAA--TAC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
*** * * * * * *
12601 TTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAATAATAATCTATTTGAACCAAACATGT-AAAA
64 -TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAA
* * * * * *
12665 AAAAT-AAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
128 GAATTCAAA-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGA
* * * * * * * * ** *
12729 ACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATAAATACCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAA
192 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTT-GA
* * ** ********** * *
12794 G-TAGATAATT-AAGTATGGTCTGTTNNNNNNNNNNATATAAAAAAA-TCAACGTAAAATCAATT
256 GTTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* **
12856 A-GGGCCCTATAAAACCATTTAAAG
320 ATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** ** * **
12880 CGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATG-GTTGGTTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATG--C
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGAACTTTT-CTACCAATGAATGTAC
* * * * * *
12942 TTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACTATAAATGT--AAG
64 -TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAA-
********** * * * * *
13005 AGAANNNNNNNNNNAATCAATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGA
127 AGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGA
* ** * * * * * * ** **
13070 AGAAATGGAAGAGTATAAATGAACTTTTTTTTCCAATGAATGACTTTTT-TTGCATGTTTCTCAA
192 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACATTTCTTGA
* * ** * * *
13134 GGTA-AGCATTCAAATATTGTCTGTTTT-ATTGAAAAATGTATAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
256 GTTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
13197 TATGAGTTTATAAAACTATTTAAAG
319 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** ********** * * *
13222 CGAGTAATAACACTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
* * * * * * * * * * * * *
13285 TTTTTCTTCATATCTCTTGAGGTAGAGATTCAATTCTAGTTTGTTTGAATCAAAAGTCT-TAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAG
* * * **
13349 AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAGT-A-AAGGCTCTTTCC
129 AATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCT-TTT--
** * * * * *
13411 GAAGGCCTTTGAGTCG-CTATAAATAGTGACTTTTCGTTGCCAAT-AAGCTGGCTTTTGCTTCAT
190 GAAGG--AATGGGT-GACTATAAAT-G-GACTGTTC-TTGCCAATGAA--TGCCTTTTTCTTCAC
* ** * * * *** * * *
13474 GTTTC-CCAATGCAGATATTCAATTATGGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTA
247 ATTTCTTGAGT-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
13538 AAATCAATTTTTAGATTATAAAATCATTTAAAG
311 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** ** *
13571 TGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG-CTATAAACGGACTTCACTTGTCAATGAA--AACC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC-TACCAATGAATGTA-C
* ** *** ** * * * * ** *
13633 TTTTTTTTCACATTTCCAAAACTTGATATTATTCAATTATAATCTGTTCTAAGAAAAAATAT--A
64 TTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGT-AGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCA
* * * * * * *
13696 AAAAATTAAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTCAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTG
126 AAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTG
* * * * * ** * *
13761 AAGAAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTTTGGCCAATGATTGCCTTTTTTTTCATGTTTTTTA
191 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTG
* * * *
13825 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAA-TTAAAAATCAAT
255 AGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
* * *
13889 TATTAGCTTACAAAACCATTTAAAG
319 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * ** * * * *
13914 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAA-TTTTCGTGCTAATGGATG-GC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
* * * ** * * *
13977 TTTTGCCTCACG-TTCTCCAAGGCT-GACATTCAATTAT-AGC--CTTT---GAAAAA--TGCAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGC-A
* * * * * *
14032 AAAAATTCAAACTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT
126 AAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT
* * * * * * * * *
14096 GAAAGAATGGGTGAGTATTAAT-GCCTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTGTCTTCACGTTTCTC
190 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACATTTCTT
* * * * * * *
14160 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
254 GAGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
14225 CTATGAGATTATAAAACCATTTAAAC
318 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * ***
14251 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGGGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTTAATGAA--TAC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTC-TACCAATGAATGTA-
** * * * * * *
14313 CTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGTA-AGCATTCAGTTATAATCTGTTTTTACTAAAAATAT-AAA
63 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAA
* * * * * * *
14376 AAAATTGAACTTAAAATTAATTTTTAGATTGTAAAAAGTTTTAAAGCTAGTTTTAAAGCT-AGTA
127 AGAATTCAAATTAAAATCAA-TTTT-GA--G-----A-TTATAAAACCA--TTTAAAG-TGAGTA
* * * * * * * * *
14440 ATAAAGCTTTCGAAGGAACGTGG-GACTATAAATAGACT-TTTTTTCTTAATGAATGGCTTTTT-
179 ACAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTC
* * * ** *
14502 TTACACTTTTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATACAAAACAATT
242 TT-CACATTTCTTGAGTTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATT
* *
14565 CAACTTAAAATCAATTATCAGTTTATAAAACCATTTAAAG
304 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
14605 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGT-C
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
* * * * * * *
14668 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGTCATTCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAG
* * * *
14732 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAAGCTTTTGAA
129 AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
14796 AGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTGTCTTCACATTTC-TCA
193 GGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCACATTTCTTGA
* * * *
14860 TGTTATG-CATTCAATTATAATCTGTTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAC
256 -GTTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
14924 TATGGGATTATAAAACTATTTAAA-
319 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
14948 TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAATTGGACTTTTCGTACCAACGAATGT-C
1 T-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC-TACCAATGAATGTAC
* * * * * * *** * * * *
15012 TTTTTCTTCAAGTGTCTCGAGGTAGGCATTAAATTATAATTTGCCTTCACAAAAAATAT--AAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAG
* * * * * *
15075 ATATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAAACTTTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGA
129 A-ATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGA
* * * * * * * * * ** *
15139 GGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAA
192 AGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGA
** * * * * *
15204 GACAGGCATTCAATTATAGTATATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
256 GTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** *
15268 ATGAGATTAGGAAACCATTTAAAA
320 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
15292 CGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGT--T
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC-TACCAATGAATGTACT
* * * ** *
15355 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTCA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAATCTGTACAAAG
65 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAG
* * * * *
15419 AATTCAACTTAAAATTAATTATT-AGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 AATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
15483 GGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATTG-CTTTTTATACACATTT-TTCA
193 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCC-AATGAA-TGCCTTTTTCTTCACATTTCTT-G
** * * *
15545 AGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTCAA-TGAAAAATGTAAAAAAATT
255 AGTTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATT
15594 TAATCTATAG
Statistics
Matches: 3712, Mismatches: 846, Indels: 404
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
335 25 0.01
336 127 0.03
337 113 0.03
338 279 0.08
339 221 0.06
340 118 0.03
341 412 0.11
342 506 0.14
343 707 0.19
344 584 0.16
345 75 0.02
346 6 0.00
347 20 0.01
348 43 0.01
349 107 0.03
350 50 0.01
351 27 0.01
352 9 0.00
353 13 0.00
354 167 0.04
355 83 0.02
356 19 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTACCAATGAATGTACTT
TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAA
TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGTTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAG
Found at i:14429 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 14412--14438 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
14402 GATTGTAAAA
14412 AGTTTTAAAGCT
1 AGTTTTAAAGCT
14424 AGTTTTAAAGCT
1 AGTTTTAAAGCT
14436 AGT
1 AGT
14439 AATAAAGCTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (12 bp):
AGTTTTAAAGCT
Found at i:15894 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15599--18090 Score: 2364
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 171
15589 AAATTTAATC
* * * * *
15599 TATAGTCGCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGCTTTTATATTCTCATAATTA
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* *
15664 ATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAGAAAT-TGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* * *
15728 AAATGTGAACCAAAGGCCATCCA-TAGA-AGGAAAAAGTCCATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA-G-AAAAGTCCATT
* * * * * **
15770 TGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATATCCTTTTAATTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * * * *
15835 ATTTGAAGTCAGATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATTTATTATAA-TGAAATCTCTGCCTCAAG
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTG-AATGTCTGCCTTAGG
* * * **
15899 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAGTGAAACA-TAAATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA-AGTCCATT
* * * * *
15941 TATATTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * *
16006 A-TTTAA---AG-----TTGA-A-TATT--TT----TATGTTATAACTGAATGTCTGCTC-CAGG
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGC-CTTAGG
* * * * *
16053 AACCATAG-AGCAAATGCCATTCATTAGAGAAAAAAAGTCCATT
130 AAACGT-GAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AGAAAAGTCCATT
* * * * * *
16096 TATAGTTACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTAC-CTGCTTGAAATAGTTTTATATTCTCATATTT
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
* *
16160 GATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTT-GG
65 GATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* * *
16224 AAA-ATGCTAAGCAAAAGCCATCGATGAGAGAGAAAAGTCCATT
130 AAACGTG--AAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
* * *
16267 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTA
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * * * * *
16332 ATTTGAACTTCA-ATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAATTTTGTTATAATTGAATCTTTTCCATAAG
66 ATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* * *
16395 AAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGACGA-AAAAGTCCATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATT
* ** * *
16437 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAATGGTTTATTACTCGCTCTAAAT-GTGTTTATATTCACATAATT
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATATTCTCATAATT
* * * * *
16501 GATTTTAAGTTAGATTCTTTTTATACTTTTGGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTCTGTCTT-G
65 GATTTTAAGTTAGATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * * *
16565 GAAAACATGAAGCAAAAGCTAGCCATTTGAGAGAAAAGTCTATT
129 G-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
* * * * *
16609 TATAGTTACTTAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCTCATAATT-
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * *
16673 AGTTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAATATGTTATAATTAAAT-T-T--C-TA--
66 A-TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
*** **
16731 CCCCGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTGTATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
* * * *
16773 GATAGTCACTCAAGCCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTGTATTCTCATAATT
1 TATAGTCACTCAAGCC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
* * * *
16837 GATTTTAAGTTGGATTTTTTTGCATTTTTGGCTAATATATGTTATAATTGAATGTCTGTCC-TAG
65 GATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CCTTAG
* **
16901 GACACACGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
129 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
*** * * *
16944 TATAGTCACTCAAATGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTAGATTCTCATACTTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * ** *
17009 ATTTGATGTTGGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATGTCGTAATTGAATGTATGCCTTAGG
66 ATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* *
17074 AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATT--AGAGAAAAGTCTATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
** * * *
17114 TATAGTCGTTAAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
1 TATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
* * *
17178 GGTTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGTCTCAGG
65 GATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
** *** **
17243 AAGTGTGAAGC-ATTTCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
*
17284 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTC---A-T-
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * ** * * *
17344 A----AAGTTGGATATTTTTACATTTTTAATTAAAATTTGTTATACTTGAATGTCTGCCTTGGGA
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
** * * * *
17405 AACAAGAAGTAAGAGCCATCCATTGGATAGAAAAGTCCATT
131 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
* * * * *
17446 TATAGCCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * * * *
17511 ATTTTAAGTTGGATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAGTTGAATGTTTACGTCAGAA
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
* * * *
17576 AACAT-ATAGCAAAAGCTATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATA
131 AACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
* * * *
17617 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAAATTCACATAATTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * * * * **
17682 ATTTTGAGTTGGATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATCTGCTATAATTGAATGTTTGTCTCAAAA
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
* * *
17747 AATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATA
131 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
** ** * * * *
17788 TGCAGTCGTTCAAGCCTTTAAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAGAATTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* ** * * *
17853 ATTTGAAGTTAGATTTTTTTGTATATTTT-GTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* * ** *
17917 AAACGAGAAGCTAAAGATATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
* * * *
17959 TATAGTCATTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTATTCTCATAATTG
1 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * *
18024 ATTTTAAGTTGGATTCTTTTATA-TTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCGTTGGGA
66 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
18088 AAC
131 AAC
18091 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1895, Mismatches: 350, Indels: 153
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
154 42 0.02
155 64 0.03
156 5 0.00
158 2 0.00
159 2 0.00
160 2 0.00
161 57 0.03
162 80 0.04
164 108 0.06
165 29 0.02
166 6 0.00
167 5 0.00
168 11 0.01
169 69 0.04
170 334 0.18
171 834 0.44
172 243 0.13
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
Done.