Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397425.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_637.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20560
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.26
Warning! 5487 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:913 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 629--1129 Score: 512
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 167
619 NNNNNNNNNN
*
629 AAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATTGAACTTTTCGTA
1 AAAATCATTT-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAATTG-ACTTTTCGTA
* * ** * * **
694 CCAGTGAATGGCCTTTCTTTACAT-TTTCTAGGGTAAACATTTGATTATAATTTGTTTTAACCAA
64 CTAATGAATGGTTTTTC-TT-CATGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAA
* *
758 AAATGCTAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
127 AAATGCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
799 AAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTA-GCATTAGGTGTA-TATAATTTGAC-TTTCG
1 AAAATCATTTA-AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTG-ACTATAA-TTGACTTTTCG
* *
861 TGCTAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
62 TACTAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
* * *
926 AGAAAT-ATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
125 AAAAATGCTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * *
969 AAAACCATTTGAAGAGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTC
1 AAAATCATTT-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT-AATTGACTTTTCGTA
* * **
1034 CTAAAGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATCTT-TTTTAATGA
64 CTAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACCA
*
1098 AAAATGC-AAAACAATTGAACTTAAAATCAATT
126 AAAATGCTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
1130 TTAAGGCCAT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 37, Indels: 35
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 29 0.11
170 149 0.54
171 91 0.33
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
AAAATCATTTAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAATTGACTTTTCGTACT
AATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAT
GCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:1121 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 728--1203 Score: 494
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
718 TTTCTAGGGT
** *
728 AAACATTTGATTATAAT-TTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGC-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * *
792 AGGTTATAAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTA-GCATTAGGTGTA-TATAATTTGA
64 AGGTTATAAAACCATTTA-AGAGAGTAATAACGCTTTTAAAGGC-TTAGGTG-ACTATAAATGGG
* * * *
855 C-TTTCGTGCTAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGGC
126 CTTTTCTTCCTAAAGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAAAGC
* * ** *
898 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGCAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
963 GATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACAATAAATGGGCTT
65 GGTTATAAAACCATTT-AAGAGAGTAATAACGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTT
*
1028 TTCTTCCTAAAGAA-TGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGC
129 TTCTTCCTAAAGAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTCTGAAAGC
** * * *
1069 AAACATTCAATTATAATCTTTTTTAATGAAAAATGCAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTAA
1 AAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGCAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** ** * * *
1134 GGCCATAAAACTGTTTAAAGAAAGTAACAACGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
65 GGTTATAAAACCATTT-AAGAGAGTAATAACGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTT
1199 TTCTT
129 TTCTT
1204 GCCAATGAAT
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 45, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 96 0.38
171 149 0.59
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
GTTATAAAACCATTTAAGAGAGTAATAACGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTT
CTTCCTAAAGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAAAGC
Found at i:3399 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3113--3428 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
3103 TATAAATAGG
* ** * * *
3113 CTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTTATGTTTCTGAAGGAAAACATTCAATTATAATTTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTGAAGCAAAACATTCAACTATAATCTGT
* *
3178 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGC
66 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
*
3243 GTGCAATAAGGCTTTTGAAGGGTTAAGTGAATATATATGGC
131 GAGCAATAAGGCTTTTGAAGGGTTAAGTGAATATATATGGC
* * * *
3284 CTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCACATTTCTTG-AGCCAAACATTCAACTGTAGTCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTC-TGAAGCAAAACATTCAACTATAATCTG
* * * * * * *
3348 TTTTAGCCAACAATGTAATAAAATTCTACTTAAAAT-ATATT-TTACGATTATAAAACCATTTAA
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCA-ATTATGA-GATTATAAAACCATTTAA
*
3411 AGAGAGTAATAAGGCTTT
128 AGAGAGCAATAAGGCTTT
3429 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 116 0.96
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCACATTTCTGAAGCAAAACATTCAACTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
GAGCAATAAGGCTTTTGAAGGGTTAAGTGAATATATATGGC
Found at i:4128 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3761--4164 Score: 449
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
3751 NNNNNNNNNN
* *
3761 CAAACATTTAA-TAATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAACAATTAAACTTAAAATCAATTT
1 CAAACA-TTAATTAA-AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
3824 TAAGGCCATGAACCGTTTAAAGAGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGC
63 TAAGACCATAAACCATTTAAAGAGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGC
* * ***
3889 TTTTCTTGCCAATGAATAGCATTTTTTTCAAGTTTTTGAAGG
128 TTTTATTGCCAATGAATAGCATTTTCTTCAAGTTTCCCAAGG
* * *
3931 -AATACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATGAATTAT
1 CAA-ACATT-AATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
*** * ** * *
3995 AAGATTGTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
64 AAGACCAT-AAACCATTTAAAGAGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGC
* *
4060 TTTTATTGCCAATGAATGGGC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
128 TTTTATTGCCAATGAAT-AGCATTTTCTTCAAGTTTCCCAAGG
* * * *
4102 CAAACATGTAATTAAAATCAGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTA
1 CAAACAT-TAATTAAAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
4165 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 30, Indels: 17
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 49 0.25
171 137 0.70
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CAAACATTAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAA
GACCATAAACCATTTAAAGAGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTT
TATTGCCAATGAATAGCATTTTCTTCAAGTTTCCCAAGG
Found at i:4560 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4267--4778 Score: 645
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
4257 NNNNNNNNAC
* * *
4267 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTTACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTAT
* * * * *
4332 AAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTGT
66 AAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGA-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAT
* * * * *
4397 AATCTGTTTTAACCAAAACTAGAAAAAATTTCAAGTTAAAA
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
4438 TCAATTATGAGATTATATAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAGGTCATTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTAT
** *
4503 AAATGGGCTTCCCTTACCAATGAATGGGTTGTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAT
66 AAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATT-TTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAT
* *
4568 AATTTG-TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAT
130 AATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** *
4608 TCAATTAT-AGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAACAATAATACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTA
1 TCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTA
* * * * * *
4672 CAAATGGGCTTTTCTTGCC-ATGAACAGCATTTTCTTCAGGTTT-CTGAAGGAACACATTCAATT
65 TAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAA-TGGATTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGAAAACATTCAATT
*
4735 ATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
128 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
4778 T
1 T
4779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 44, Indels: 11
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 39 0.13
170 135 0.46
171 116 0.40
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTAT
AAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATA
ATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
Found at i:8319 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7807--9988 Score: 2078
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 169
7797 NNNNNNNNNN
* * *
7807 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
7872 TGAATGTTTATCTTTG-GAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCGTTTATAG
65 TGAATGTTT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
*
7936 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* **************** * * *
7978 TTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGCTGAATGGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * ** *
8043 TGGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAGGCCCATTTATAG
64 TTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * *
8108 TCACCC-AGACCTTCAAAAGCATTATTGCGCT-TTATAAATGGT
128 TCACCCAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT-TAAATGGT
** * * *
8150 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTCTTTTTTTGGTTAAAATAGATTCTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * ** *
8215 TGAATGTTTTCCATGGGAAACCTTAAGAAACAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATACATAGC
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
*
8280 CACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * * ** *
8321 CTTATAATCCCATAATTCATTTAAAGTT-AATTTTTTTATTATTTTTACTTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
8385 TTG-ATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGT
64 TTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * ** **
8449 CACCAAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTACAAATCAT
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* ********* * * *
8490 TTTATAATCTTATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
8555 TGAATGTATTCCTTCAGAAACCTGAAGAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* *
8620 CACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAACGGT
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
*** * * * * ** *
8661 TTTATGGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTCCATTTTTCATTAAAACATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * *
8726 TGAATATTCTCTTTAAGAAAAATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAG-
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * *
8790 CTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGT
129 C-ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * * *
8832 TTTATAATCACAAAATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTATTAC-ATTGTTGGCTAAAACAGACTGTA
1 TTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-CTATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * *
8895 ATTGAATGTTTGT-CTCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGGCCAGTTAT
63 ATTGAATGTTT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* *
8959 ATTCACCTAA-CCTTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGT
126 AGTCACCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGT
* * * *
9003 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTT-CTATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
9067 ATGGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATA
63 ATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
*
9132 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGT
127 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * **
9175 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
9240 TGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAATAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * **
9305 CACCCAAGCCTTTAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAACAGT
129 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
** * * * * * * **
9346 TTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTGTGTTTCTCATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* *
9411 TGAATGTTTT-CTTCGAGAAATATGAAGAAAAACACAATCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
65 TGAATGTTTTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* ***
9475 TCACCTAATATTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * * **
9517 TTTATAATCGT-AAAATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTGTTGGCTAAAACAGACTGCA
1 TTTATAATC-TCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* ** ** *
9580 GTTGAATGTTTGGCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATA
63 ATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * *
9645 TTCACCTAACCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGT
127 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * * *
9688 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* *
9753 TGAATGTTTTCCTTGACAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-G-ATAGGAAAGCCCATTTATAG
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAG
* * *
9816 TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATAGT
128 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * *
9858 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAG
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCT--ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * *
9922 TTGAATGTTTTCCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAG
64 TTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
9987 TC
128 TC
9989 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1629, Mismatches: 332, Indels: 100
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 107 0.07
170 226 0.14
171 1009 0.62
172 280 0.17
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
Found at i:9297 original size:685 final size:677
Alignment explanation
Indices: 7807--9988 Score: 2508
Period size: 685 Copynumber: 3.2 Consensus size: 677
7797 NNNNNNNNNN
*
7807 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAA-ATTATAA
* *
7871 TTGAATGTTTATCTTTG-GAAACATGAAGAAAAA-TACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCGTTTAT
64 TTGAATGTTT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * ****************
7934 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNN
127 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATT
* * * ** * *
7999 TTAAGCTGAATGGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTACCTCGAGAAA
192 TTAAGTTTAATTG-TTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CTTCGAGAAA
* ** ** * * *
8064 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACCCAGACCTTCAAAAGCA
255 AATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAG-CCTTCAAAAGCC
* * * * * ** *
8129 TTATTGCGCTTTATAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTCAAATTATT-TT-CTT
319 TTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATAT-ATTTTAAGTTGAATT-TTATTAC-A
* * * * * * * * * *
8191 TTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTT-TC-CATGGGAAACCTTAAGAAACAGCCATTC
381 TTGTTGGCTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGTCTCA--AGAAACATGAAGAAA-AACAATTC
* ** *
8254 ATTGGCAAGAAAAGCCCATACATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAT
443 ATTGGCAAGAAAAGCCCAT-TATATTCACCTAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
8318 GGTCTTATAATCCCATAATTCATTTAAAGTTAAT-TTTTTTATTATTTTTACTTAAAACATATTA
505 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATGTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAATAGATTA
* * *
8382 TAATTGATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTAT
569 TAATTGATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTAT
* * **
8446 AGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTACAAATCA-T
634 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-AGT
* ********* *
8490 TTTATAATCTTATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
* * * *
8555 TGAATGTATTCCTTCAGAAACCTGAAGAAAAGGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-ACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
*
8619 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATGGCCTTAAAATTGATTTT
129 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTT
** * * **
8684 AAGTTTAATTGTTTTCCATTTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATATTCTCTTTAAGAAAAAT
194 AAGTTTAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TCTTCGAGAAAAAT
* * *
8749 GAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAATTATAG-CTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
258 GAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-AC-CAAGCCTTCAAAAGCCTT
*
8813 ATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAATATATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTGTT
321 ATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATATATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTGTT
8878 GGCTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCA
386 GGCTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAC-AATTCATTGGCA
* * *
8943 AGAAAAGGCCAGTTATATTCACCTAACCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGT
450 AGAAAAGCCCA-TTATATTCACCTAACC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
9008 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATGGAG
513 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA-
*
9073 TGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
576 TGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* *
9138 CAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGT
641 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
* ** *
9175 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
* * *
9240 TGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAATAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * *
9305 CACCCAAGCCTTTAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAACAGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTA
130 CACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTA
* * * *
9370 AGTTTAATTGTTTTGTGTTTCTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCTTCGAGAAATATG
195 AGTTTAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCTTCGAGAAAAATG
* ***
9435 AAGAAAAACACAATCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAATATTTCAAAAGCCTTAT
259 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** *
9500 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCGTAAAATATATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTGTTGG
323 TACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATATATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTGTTGG
* * * *
9565 CTAAAACAGACTGCAGTTGAATGTTTGGCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAA
388 CTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CAATTCATTGGCAAG
**
9630 AAAAGCCCATTTATATTCACCTAACCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAA
452 AAAAGCCCA-TTATATTCACCTAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
9695 TTTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-GTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
515 TCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATGTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG-AT
* * * *
9758 GTTTTCCTTGACAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GATAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTC
577 GTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
*
9822 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATAGT
642 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
* * * * *
9858 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
* * ** *
9923 TGAATGTTTTCCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGT
65 TGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
9988 C
130 C
9989 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1273, Mismatches: 194, Indels: 64
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 8 0.01
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686 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (677 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT
GAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
ACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAA
GTTTAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTTCGAGAAAAATGAA
GAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCTTTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATATATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTGTTGGCTA
AAACAGACTGTAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAA
GCCCATTATATTCACCTAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATGTTTTCCTT
GAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGT
Found at i:10490 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10126--10795 Score: 704
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
10116 TTACCTTTGA
* * * *
10126 AAACATGAAGAAAAA-CACATTTATTGGCAA-AAGAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
1 AAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * * * * *
10189 AATCCTTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATTGATGTTAAGCTGAATGATTTT
64 AAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * * *
10253 TACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATGGAATGTTTTCCTCGAG
127 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT-GAG
* *
10298 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGACCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
* * * ********** *
10362 AGTCTTATTACTCTCTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTCT
65 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
*
10427 ATTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTTTTCCATGAG
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TGAG
* * **
10469 AAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATACATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
* * * *
10534 GCCTTATCACTCTCTTTAAATGGTCTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * *
10599 TTTTTGGTTGAAACAGATTGTAATTGAAT-TTTTACCTTGGG
131 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT-CC-TGAG
* * * * * * * *
10640 AAATAAGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACACAAGCTTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
* * * *
10705 GCCGTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAG-TGAAATATTTTTAC
66 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTAT
**
10769 ATTTTTGGTTAAAAGTGATTATAATTG
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
10796 CACGTTTGCC
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 79, Indels: 17
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.01
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTGAG
Found at i:11618 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11058--11761 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
11048 NNNNNNNNTG
* * * * * * * *
11058 GTTTTGTAATCCCATAATTGATTTTAAGCT-GAATGGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAG-TGGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGATTA
* * * * * * * * * * *
11122 TAATAGAATGTTTTCCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCTAGTCATTGGCAAG-AAAGACCTATT
64 TAATTGAATATTTACC-CAAAAAAACAAGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAG-CCCATT
* * * ** * *
11185 TATAGTCACGCAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTATAAATG
127 TATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATA
* * * * * * **
11230 GTTTTATAATCTCATAATTGACTTCAACTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGATTATA
* * * * * ** * * * * *
11295 ATTAAATGTTT-TCCATGAGAAACCTAAG--GAAAAAGTCATTCATTGACAGGAAAAGTCCATAT
66 ATTGAATATTTACCCA--AAAAAAC-AAGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTT
** * * * *
11357 ATAG-CCACTTGAGCCCTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATG
128 ATAGTCC-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATA
* * * *********** *
11401 GTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNATATTTTTGGTTAAAA-TAGATTGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACT-GATTAT
* * *
11465 AATTGAAT-TTTAACCCAAAAAAATAAGAAGGAAAACCCATTCAGTGGCTAGAAAAGCCCATTTA
65 AATTGAATATTT-ACCCAAAAAAACAAGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* ** * * *
11529 TAGTCACCT-AAGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCTTTTTAAATA
129 TAGTC-CCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATA
*
11572 GTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACTGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGATTATA
* *** * * * *
11637 ATTGCATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGACAAGCCCATTTATA
66 ATTGAATATTTACCCAAAAAAACAAGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* *
11702 GTCGCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATG
131 GTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATA
11743 GTTTTATAATCTCATAATT
1 GTTTTATAATCTCATAATT
11762 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 109, Indels: 35
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGATTATA
ATTGAATATTTACCCAAAAAAACAAGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
GTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATA
Found at i:12170 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11874--14404 Score: 2478
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 170
11864 AGAAAATGCT
* * * *
11874 ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTTTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
** * * * * * *
11939 AACAGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAAATGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
***
12004 TATAATTGAAT-TTTTTTTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
130 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * * * * *
12044 ATTCATTGGCAAGAAAAACTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCTCTTCA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * ** *
12109 AATAGTTTTATAACCGT-AAAATAT-ATTTTAATTTTAATTTTATTACATTGCTGGCTAAAACAG
66 AATGGTTTTATAACC-TCAAAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * **
12172 ATTGTAATTGAATGTTTGGCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTA-
128 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-AC
* * ** * * * *
12215 ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTTTAGTCACTTAAACCTTCGAAAG-CTATATTAATCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCTCTTT
* * * * * * *
12279 AAATGGCTTTATAACTTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTT-TATATTTTGGTTGAAACAGA
65 AAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGA
* *
12343 TTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
129 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
** * * *
12385 ATTCATTGATAAGAAAACCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* *
12450 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTGGTTAAAACAGA
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGA
* * *
12514 TTACAATTGAATATTTACCTTCG-GAAACATGAAGAAAAACAC
129 TTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * * *
12556 ATTTATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-TGCTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTT
* * * * *
12620 AAATAGTTTCATAATCC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATGATTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
65 AAATGGTTTTATAA-CCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * *
12684 GTTTATAATGGAATGTTTGCC-TCAAAAGATATGAAGAAAAAGC-C
127 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ACATGAAGAAAAA-CAC
* * * * *
12728 ATTCATTGGCAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTATA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * *
12793 AATTGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTGGATTCTTTTATATTTTT-GTCTAGACCAGA
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGA
* * * * *
12857 TTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACTTAAAGAAAGAGC-C
129 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAA-AACAC
* ** * *
12899 ATTCATTGGTAAGAAAAGCATATTTATAGACACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
** *** * *
12964 AATGGTTTTATATTCTCATTTTTGGTTAAAAGCCTTATTAAGTTGAGTTTTTACACATTTTTGGT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATT-G-----A---TT-TTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGT
* * * * *
13029 TAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACGTAAAACAAAAAC-C
120 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAACAC
* * * * * * * *
13080 ATTCATCGGTACA-AAAAGTCCAATTATAGTCTCCTAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
* * * * * * *
13144 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGACGTTGAATTACTTTACATTTTTGATTAACACAGA
65 AAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * * *
13209 TTATAATTGAATGTTTGACTCAAGAAGCCTGAAGAAAAACTC
129 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * * *
13251 ACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
** * * *
13316 AATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * *
13381 TATATTTAAATGTTTGCCTT-AGGAAATATGAAGAAAAACCC
130 TATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAACAC
* * * * *
13422 ATTCATTGGCACG--AACCCCATGTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
13485 AACGG-TTTAGTAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAACGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-A
66 AATGGTTTTA-TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
13548 TTTATCATTGAATGTTTGCATTGTGAAACATGAAGAAAATCCC
129 -TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * *
13591 ATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAATAGCCTTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* *
13656 AATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT---TTTAT--TTAAAACAGATT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * *
13716 ATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAGGAAAGACAC
131 ATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * * * *
13756 ATTCATTGTCAAGAAAAGCTCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTATTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
13821 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * *
13886 TATAATTAAATGTTTTCCATG-GAAAACCTAAAGAAAGAGC-C
130 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAA-AACAC
* * * * * *
13927 ATTCATTGCCAAG-AAA-CCTCATGTATAGTCATCTAATCCTGCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
* * * * * *
13990 AAACGGTTTAATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-A
65 AAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
14054 TTTATCATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAATCCC
129 -TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
* * *
14097 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAATAGCCTTATTACTCCCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
** * ** **
14162 AATAATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTATTTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * *
14227 TATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAGACAC
130 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
** * **
14268 ATTCATTATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGTATTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
** * * ** ** *
14333 AATGGTTTTATGGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTGTATTTTTTATTAGAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
14398 TATAATT
130 TATAATT
14405 AAACTAAATT
Statistics
Matches: 1947, Mismatches: 342, Indels: 143
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 134 0.07
166 7 0.00
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169 149 0.08
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
Found at i:12511 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11854--14404 Score: 2427
Period size: 341 Copynumber: 7.5 Consensus size: 340
11844 GTATTCCTTT
* * * *
11854 AGAAACCTGAAGAAAATGCTATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* * ** * * * * *
11919 AAGCGTTATTACTTTCTTTAAACAGTTTTATAGCCTT-AAAATTGATTTTAAGTTTAAATGTTTT
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA-ACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** *** *
11983 GCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-TTTTTTTTGAGAAACATGAAGAAAAACACATT
129 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
* * * * * *
12047 CATTGGCAAGAAAAACTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCTCTTCAAAT
194 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * * * ** *
12112 AGTTTTATAACCGT-AAAATAT-ATTTTAATTTTAATTTTATTACATTGCTGGCTAAAACAGATT
259 GGTTTTATAACC-TCAAAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* *
12175 GTAATTGAATGTTTGGCTCA
322 ATAATTGAATGTTT-CCTCA
* * * * * *
12195 AGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTTTAGTCACTTAAACCTTCGA
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* * * * *
12260 AAG-CTATATTAATCGCTTTAAATGGCTTTATAACTTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTT
65 AAGCCT-TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
12324 ATA-TTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
129 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
** * * *
12388 CATTGATAAGAAAACCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCTCTTTAAAT
194 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* *
12453 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTGGTTAAAACAGATTA
259 GGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTA
* *
12517 CAATTGAATATTTACCTTC-
323 TAATTGAATGTTT-CC-TCA
* * * * *
12536 GGAAACATGAAGAAAAACACATTTATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* * * * * *
12601 AAGCCTTATTACT-TGCTTAAAATAGTTTCATAA-TCCCATAATTGATTTTAAGCTGAATGATTT
65 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * * *
12664 TTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATGGAATGTTTGCC-TCAAAAGATATGAAGAAAAAGCC
127 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ACATGAAGAAAAACCC
* * * * *
12728 ATTCATTGGCAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTATA
191 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * * *
12793 AATTGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTGGATTCTTTTATATTTTT-GTCTAGACCAGA
256 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGA
**
12857 TTATAATTGAATGTTTTCCTTG
320 TTATAATTGAATG-TTTCCTCA
* * * * * ** *
12879 GGAAACTTAAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCATATTTATAGACACCTAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* **
12944 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT-ATTCTCATTTTTGGTTAAAAGCCTTATTAAGTT
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACT-TCATAATT-G-----A---TT-TTAAGTT
* ** * * * * * *
13008 GAGTTTTTACACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACGT-AAAA
119 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * * * *
13072 CAAAAACCATTCATCGGTACA-AAAAGTCCAATTATAGTCTCCTAAGCCATCAAAAGCCTTATTA
184 -AAAACCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * ** *
13136 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGACGTTGAATTACTTTACATTTTTGATT
247 CTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* *
13201 AACACAGATTATAATTGAATGTTTGACTCA
312 AAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTCA
* * * * * *
13231 AGAAGCCTGAAGAAAAACTCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* * *
13296 AAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT-ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
13360 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTTGCCTT-AGGAAATATGAAGAAAAACCCAT
129 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAACCCAT
* * * * *
13424 TCATTGGCACG--AACCCCATGTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
193 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * **
13487 CGG-TTTAGTAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAACGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATT
258 TGGTTTTA-TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-T
* * **
13550 TATCATTGAATGTTTGCATTG
321 TATAATTGAATGTTT-CCTCA
* * * * *
13571 TGAAACATGAAGAAAATCCCATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* * * *
13636 TAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA----TTT-
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
13696 T-TTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAGGAAAGACACATTC
130 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTC
* * * * *
13760 ATTGTCAAGAAAAGCTCATTTATAGACACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTATTTAAATG
195 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
*
13825 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
260 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* *
13890 ATTAAATGTTTTC-CA
325 ATTGAATGTTTCCTCA
* * * * * * * * *
13905 TGGAAAACCTAAAGAAAGAGCCATTCATTGCCAAG-AAA-CCTCATGTATAGTCATCTAATCCTG
1 -AG-AAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGCAAGAAAAGCC-CATTTATAGTCACCTAAGCCTT
* * * * * *
13968 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTAATAGCCTT-AAAATTGATTTTAAGTTTAACTTT
62 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA-ACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
14032 TTTACATTTTTAGTTAAAACA-ATTTATCATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAATCC
126 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC
* * *
14096 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAATAGCCTTATTACTCCCTTT
190 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
** * ** **
14161 AAATAATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTATTTAAAACAGA
255 AAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
**
14226 TTATAATTGAATGTTTACCTTT
320 TTATAATTGAATGTTT-CCTCA
* ** * *
14248 AGAAACATGAAGAAAGACACATTCATTATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
** ** * *
14313 AAGTATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATGGCCTT-AAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT-AACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
*
14377 GTAT-TTTTTA-TTAGAACAGATTATAATT
128 -TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
14405 AAACTAAATT
Statistics
Matches: 1795, Mismatches: 345, Indels: 139
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 62 0.03
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339 8 0.00
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349 1 0.00
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353 15 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTCCTCA
Found at i:15904 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 15397--15912 Score: 547
Period size: 165 Copynumber: 3.0 Consensus size: 167
15387 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
15397 GTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTCTAAACGGTTTAATAGCCTTAAAATTGATTT
1 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
* * * * *
15462 TAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATCATTGAAAGTTTTCATTGGGAAACA
65 TAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACA
* *
15527 TGAGGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
128 TGAAGAAAGA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
************
15568 GTCACCCAAGCCNNNNNNNNNNNNATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
1 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAA-GTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
* * * *
15633 TAAGTTGAA---TTT-T-TTTTTGTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACAA
65 TAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TTGGAAACAT
* *
15693 GAAGAAAGACGCATTCATTGTCAGGAAAAGCCCATTTATA
129 GAAGAAAGAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* *
15733 GACACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTGTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
1 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
* *
15798 TGAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTTCCTTGGTAAAC
65 TAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGG-AAAC
15863 ATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
127 ATGAAGAAAGA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
15905 GTCACCCA
1 GTCACCCA
15913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 57, Indels: 25
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 127 0.46
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167 3 0.01
170 3 0.01
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172 80 0.29
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAACATGA
AGAAAGACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
Found at i:16591 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16247--16592 Score: 390
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
16237 NNNNNNNNNN
* * * *** *
16247 AAACATGAAGAAAAACCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATATTTACCCAAGCCTTCAATA
1 AAACATGAAGAAAAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAAACACCCAAGCCTTCAAAA
* *
16312 GCCTTATTACTCTCTTTACATGGTTTTATAACCTTAAAATTAATTCTAAGTTGAATTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTAATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATA
*************
16377 TTTTTGTTTAAAACAGATTATAATNNNNNNNNNNNNNTTGG
131 TTTTTGTTTAAAACAGATTATAATAGAATGTTTTCCATTGG
** *
16418 AAACATGAAGAATGACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAAACATCCAAGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAAACACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * *
16483 GCCTTATTATTCTGTTTAAATGGTTTTGTAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTAATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATA
16548 TTTTTAG-TTAAAACAGATTATAA-ATGAATGTTTTCCATTGG
131 TTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATA-GAATGTTTTCCATTGG
16589 AAAC
1 AAAC
16593 CTAATNNNNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 30, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 142 0.99
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAACATGAAGAAAAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAAACACCCAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTAATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATA
TTTTTGTTTAAAACAGATTATAATAGAATGTTTTCCATTGG
Found at i:17139 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16778--17343 Score: 451
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
16768 NNNNNNNNNN
* * *
16778 TTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGAAAAACACAATCAC
1 TTTTTCGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAGACACAATCAT
* * * * * *
16843 TAGCAAGAAAAACCCATTCATAGTCACTCAAGCATTCAATAGCCTTATTAGTCTGTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
**
16908 TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATNN
129 TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAA
************ * *** *
16950 NNNNNNNNNNNNCAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAGACACACTCATT
1 TTTTTCGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAGACACAATCATT
* *
17015 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGTT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* *
17080 TTATAGCCTCAAAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTT-TATA
130 TTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-A
* * ********** *
17121 TTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATATTTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAGAGC-CATTCAT
1 TTTTTCGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAGA-CACAATCAT
* ** *
17185 TGGCAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTGTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGG-
65 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * *
17249 TTTATAATCGT-AAAATAT-ATTTTAAGTTGAGTTTTATTAT-A
129 TTTATAA-CCTCAAAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAA
* * * * * * * * * *
17290 TTGGTTGGTCAAACTGACTGTATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAGCATGAAGAAA
1 TT-TTTCGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAA
17344 AACCCATTCA
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 85, Indels: 16
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 62 0.21
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172 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAGACACAATCATT
GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAA
Found at i:19668 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 19491--19800 Score: 401
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
19481 NNNNNNNNNN
** * *
19491 CTTTTCTTGCCAATG-AATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGAAAACATGCAATTATAACCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAAATG-CATTTTCTTCAGGTTTCTCAAAGAAAACATGCAATTATAACCTA
* * * * * * *
19555 TTTTAACTAAAAAT-GTGAAAC-AATTAAACTTCAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCGTTTAA
65 TTTTAACCAAAAATAG-AAAACAAATTAAACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAA
19618 AGAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGG
129 AGAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGG
* ** * * *
19662 CTTTTCTTGCCAATGAAATGCATTTTCTTCAGGTTTCTGATGGAATACATTCAATTATAATCTAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAAATGCATTTTCTTCAGGTTTCTCAAAGAAAACATGCAATTATAACCTAT
* * *
19727 TTTAACCAAAAATAGAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
66 TTTAACCAAAAATAGAAAACAAATTAAACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAG
19792 AGAGTAATA
131 AGAGTAATA
19801 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 66 0.57
172 50 0.43
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAAATGCATTTTCTTCAGGTTTCTCAAAGAAAACATGCAATTATAACCTAT
TTTAACCAAAAATAGAAAACAAATTAAACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAG
AGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGG
Found at i:20390 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19880--20560 Score: 672
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
19870 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
19880 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAATATGCAATTATAATCAGTTTTAAACAAAAATGT-
1 ATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
19944 AAAA-AGTTCCACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
20008 CGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAGTGA
130 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * * *
20050 ATGGGTTTTGCTTCTTGTTTCTCAAGGAAAAAATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-
1 ATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
********** *
20114 AAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTT
66 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* *
20179 TGAAGGCTTGGGTGACTATATGTGGGCTTTTCCTGCCAATGA
130 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGA
********** *
20221 ATGGNNNNNNNNNNAGGTTTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAG-
1 ATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GT
* * *
20285 AAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATGAAACCATTTATAGAGGGTAATAAGGCTT
65 AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * *
20350 TTAAAGGCTTGAGTGACTATAAGT-GGATATTTCTTGCCAATGA
129 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCT-TTTCTTGCCAATGA
* * * *
20393 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCCATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
** * * * * *
20458 AAAACGGTTCAGCTT-AAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTT
66 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
*
20522 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
130 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAA
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 93, Indels: 17
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 60 0.15
171 203 0.50
172 144 0.35
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
ATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCTTGGGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGA
Done.